PBS管理系统
HPC作业调度系统openPBS说明
认的设置就行，这里说一下要注意的几个选项。 --enable-docs 这个选项是用来安装 PBS 的文档的，默认是 disable 的。 --enable-debug 这个选项允许 PBS 进行 debug,默认也是 disable 的。 --set-default-server=your_server_name,指定默认的 server --set-server-home=your_pbs_Home_path, 指 定 PBS_HOME 的 路 径 ， 默 认 是 在 /usr/spool/PBS
openpbs 的安装及使用
【一】 简介 PBS是Portable Batch System的简称，是一个管理任务和计算机资源的系统。它能接受由shell
脚本和控制属性组成的任务，并且保存任务直到任务被运行，运行完任务后会把结果送回提交作 业的用户。
openpbs就是开源可以免费使用的PBS。 openpbs既可以运行在单机系统上，也可以运行在机群上，适应性很强。
set queue medium max_running = 10 set queue medium resources_max.cput = 02:00:00 set queue medium resources_min.cput = 00:20:01 set queue medium resources_default.cput = 02:00:00 set queue medium enabled = True set queue medium started = True # # Create and define queue small # create queue small set queue small queue_type = Execution set queue small Priority = 100 set queue small max_running = 10 set queue small resources_max.cput = 00:20:00 set queue small resources_default.cput = 00:20:00 set queue small enabled = True set queue small started = True # # Create and define queue default # create queue default set queue default queue_type = Route set queue default max_running = 10 set queue default route_destinations = small set queue default route_destinations += medium set queue default route_destinations += long set queue default route_destinations += verylong set queue default enabled = True set queue default started = True # # Set server attributes. # set server scheduling = True set server max_user_run = 6 set server acl_host_enable = True set server acl_hosts = * set server default_queue = default set server log_events = 63 set server mail_from = adm set server query_other_jobs = True set server resources_default.cput = 01:00:00 set server resources_default.neednodes = 1 set server resources_default.nodect = 1 set server resources_default.nodes = 1
pbs批量删除作业
pbs批量删除作业PBS是一种流行的作业调度系统，常用于管理大规模计算集群中的作业。
在使用PBS时，有时我们需要批量删除已经提交的作业，以释放资源或纠正错误。
下面将详细介绍如何使用PBS命令来实现批量删除作业。
我们需要登录到PBS集群的管理节点上。
在终端中输入以下命令：```ssh username@pbs_cluster```其中，username是你的用户名，pbs_cluster是PBS集群的地址。
登录成功后，我们可以使用qstat命令查看当前正在运行的作业列表。
为了批量删除作业，我们需要先确定要删除的作业的ID或名称。
假设我们要删除的作业ID分别为job1、job2和job3。
接下来，我们可以使用qdel命令来删除作业。
该命令的基本语法如下：```qdel job_id```其中，job_id是要删除的作业的ID或名称。
如果要批量删除多个作业，可以将多个job_id用空格分隔，放在qdel命令后面。
例如：```qdel job1 job2 job3```执行以上命令后，PBS系统会按照指定的顺序依次删除这些作业。
如果作业正在运行，系统会尝试终止作业并删除。
需要注意的是，只有作业的所有任务都处于“Running”或“Idle”状态时，才能被删除。
如果有些任务已经完成或处于其他状态，那么这些任务对应的作业无法被删除。
如果要删除所有作业，可以使用如下命令：```qdel -u username```其中，username是要删除作业的用户名。
执行以上命令后，系统会删除该用户提交的所有作业。
除了使用qdel命令，还可以使用qdel命令的其他选项来删除作业。
例如，我们可以使用“-a”选项来删除所有作业，无论其状态如何：```qdel -a```还可以使用“-p”选项来删除指定优先级范围内的作业：```qdel -p priority_start-priority_end```其中，priority_start和priority_end分别是优先级的起始值和结束值。
pbs作业管理系统
当为1是表示守护进程启动，0为守护进程不启动
start_mom=1
• 系统启动脚本 /etc/init.d/openpbs
• Server的系统启动脚本 /etc/init.d/pbs_server
• Scheduler系统启动脚本 /etc/init.d/pbs_sched
• Mom系统启动脚本 /etc/init.d/pbs_mom
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PBS 作业脚本举例
2020/7/12
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详细示例
编辑PBS脚本内容如下：（注意，#PBS行不是注释，所有说明行均 以###开始，即红色字体部分）
###声明作业名为mpi
#PBS -N mpi ###申请资源数为10个节点，每个节点16个cpu
#PBS -l nodes=10:ppn=16 ###将标准输出信息与标准错误信息合并输出到文件中
• 编译安装
[root@node1 /public/OpenPBS_2.3.16]# make [root@node1 /public/OpenPBS_2.3.16]# make install
2020/7/12
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PBS在机群上安装
由于节点系统相同，因而可以用如下SHELL script在 node2~node8上安装；
• 编译设置Leabharlann [root@node1 /public/OpenPBS_2.3.16]＃./configure --disable-gui -set-server_home=/var/spool/pbs --enable-docs --xlibraries=/usr/X11R6/lib64
其中，--x-libraries=/usr/X11R6/lib64是在X86_64 (AMD64或 EM64T)上安装时，需要指明系统64位库的位置。
pbs使用手册
pbs使用手册PBS（Portable Batch System）是一种用于管理和调度作业的软件系统，广泛应用于高性能计算和云计算环境。
以下是PBS使用手册的简要介绍：1. 作业提交：用户可以使用PBS命令行工具或脚本提交作业。
提交作业时，需要指定作业的名称、脚本文件、执行所需的资源等信息。
作业提交后，PBS会将作业放入队列中等待调度。
2. 作业调度：PBS使用作业调度器来决定作业的执行顺序。
调度器会根据作业的优先级、资源需求和可用资源的情况来选择合适的作业执行。
3. 作业执行：一旦作业被调度器选中，PBS会将作业分配到指定的计算节点上执行。
在作业执行期间，PBS会监控作业的运行状态，确保资源的正确使用和管理。
4. 作业管理：用户可以通过PBS命令行工具或Web界面查看作业的状态、资源使用情况、执行日志等信息。
用户还可以对作业进行控制，如暂停、恢复、杀死等操作。
5. 资源管理：PBS提供了一套完整的资源管理机制，包括对计算节点、存储设备和网络资源的管理。
用户可以通过PBS来申请和释放资源，以满足作业的资源需求。
6. 用户认证和权限管理：PBS支持用户认证和权限管理功能，以确保只有授权用户才能提交和管理作业。
用户需要使用有效的用户名和密码登录系统，并具有相应的权限来执行特定的操作。
7. 日志和监控：PBS提供了详细的日志记录和监控功能，以便用户了解作业的执行情况和系统的运行状态。
用户可以通过查看日志文件来获取作业的执行日志、系统事件等信息。
以上是PBS使用手册的简要介绍，具体的操作细节和配置选项可能因版本和实际应用而有所不同。
建议查阅具体版本的PBS文档或向专业人员咨询以获得更详细的信息和使用指导。
pbs原理
pbs原理
PBS原理是在计算机科学中，用于实现并发计算的一种技术，也是一个在集群环境下实现任务调度的标准。
PBS即Portable Batch System，又称为PBS Pro。
PBS Pro最初由NASA的Ames研究中心开发，目前由Oracle公司维护。
PBS系统是一个分布式、可扩展、模块化的任务调度与管理系统，提供了高效的作业提交和进程管理方式，可以控制大规模并行计算环境中的作业分配和资源分配。
PBS Pro 主要用于处理大规模计算机群，例如超级计算机。
它可以让用户和管理人员对计算机群的使用和资源进行管理。
PBS系统可以被用于处理一个以上的任务或作业，这些作业可以在集群中的任何节点上运行。
PBS系统提供了一个统一的接口来管理所有的作业，并为用户提供了对系统资源的访问控制。
此外，PBS系统还提供了可扩展性和可靠性，这使得它可以在不同的操作系统和处理器体系结构上运行，并提供全天候的操作。
在PBS系统中，任务提交可以通过一个命令行工具或脚本来完成。
这个命令指定了所需的资源（包括节点数、处理器数、内存大小和磁盘空间），以及任务的执行脚本。
PBS 系统会将任务放置在系统的计算节点上执行，并可持续跟踪和报告任务的状态。
用户可以在系统中直接提交作业，也可以使用PBS Pro的Web界面来完成这个任务。
PBS系统提供了强大的资源管理和作业调度功能。
当有新的作业到达时，PBS系统会为其分配可用的资源，并安排适当的执行顺序。
此外，系统还能够自动处理失败的任务，并重新开始运行。
PBS管理系统--torque
PBS 管理系统（一）作业提交系统Torque 个人安装总结(PBS)PBS 是功能最为齐全，历史最悠久，支持最广泛的本地集群调度器之一。
PBS 的目前包括openPBS，PBS Pro 和Torque 三个主要分支。
其中OpenPBS 是最早的PBS 系统，目前已经没有太多后续开发，PBS pro 是PBS 的商业版本，功能最为丰富。
Torque 是Clustering 公司接过了OpenPBS，并给与后续支持的一个开源版本。
下面是本人安装torque 的过程。
一、Torque 安装在master（管理结点上）1、解压安装包[root@master tmp]# tar zxvf torque-2.3.0.tar.gz2、进入到解压后的文件夹./configure --with-default-server=mastermakemake install3、（1）[*********************.0]#./torque.setup<user><user>必须是个普通用户（2）[*********************.0]#makepackages把产生的 tpackages , torque-package-clients-linux-x86-64.sh,torque-package-mom-linux-x86-64.sh 拷贝到所有节点。
（3）[root@mastertorque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install[*********************.0]#./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install（4）编辑/var/spool/torque/server_priv/nodes （需要自己建立）加入如下内容master np=4node01 np=4........node09 np=4（5）启动pbs_server,pbs_sched,pbs_mom,并把其写到/etc/rc.local 里使其能开机自启动。
PBS管理系统
PBS管理系统1、引言本文档旨在提供关于PBS（Project-Based System，项目管理系统）的详细说明和使用指南。
PBS是一款用于项目管理的系统，通过集成各种功能和工具，提供项目计划、资源分配、进度跟踪、任务分配等管理功能。
2、系统概述2.1 系统目的PBS管理系统的目的是提供一个统一的平台，以便项目经理和团队成员能够更好地协作、交流，实现项目的高效管理。
2.2 系统特性- 项目计划管理：包括项目的定义、范围、目标、阶段和任务的制定以及任务间依赖关系的建立。
- 资源管理：管理项目所需的人力、物力和资金等资源，包括资源的分配、调度和优化。
- 进度跟踪：实时监控项目的进展情况，及时发现和解决潜在问题，确保项目按时完成。
- 任务分配与协作：将项目任务分配给团队成员，并提供协作工具，方便成员之间的沟通和合作。
- 报告与分析：各类报告，帮助管理层进行决策分析和项目评估。
3、系统功能详细说明3.1 用户管理- 用户注册与登录：用户通过注册账号并登录系统，才能使用系统的功能。
- 用户权限管理：根据用户角色的不同，赋予不同的系统访问权限和操作权限。
3.2 项目管理- 项目创建：项目经理根据项目需求，创建项目并设置项目基本信息。
- 项目计划制定：制定项目计划，包括项目范围、里程碑和任务的设定。
- 项目进度跟踪：实时跟踪项目进展情况，记录实际完成情况并与计划进行比较。
- 项目风险管理：识别和管理项目的潜在风险，采取相应的措施进行风险防范和应对。
3.3 资源管理- 资源录入：录入项目所需的人员信息、设备信息、材料信息等。
- 资源分配：根据项目需求，对资源进行合理分配和调度，确保资源的最优利用。
- 资源报表：资源使用情况报表，用于资源的监控和分析。
3.4 任务管理- 任务分配：项目经理将项目任务分配给对应的团队成员，并设定任务的优先级和截止日期。
- 任务进度追踪：团队成员实时更新任务的完成情况，与项目计划进行对比。
PBS管理系统(两篇)2024
引言概述：本文将详细介绍PBS管理系统的相关内容。
PBS管理系统是一种专门设计用于管理和调度计算机集群资源的系统。
随着计算机集群的规模和复杂性不断增加，PBS管理系统在提高资源利用率、优化作业调度、降低负载等方面发挥着重要作用。
本文将从五个主要方面进行阐述，分别是资源管理、作业调度、性能优化、用户界面和安全性。
正文内容：一、资源管理1. 节点管理：介绍如何通过PBS管理系统对计算机集群中的节点进行管理，包括添加、删除、配置等操作。
2. 队列管理：详细介绍如何创建和管理多个队列，以及如何为不同类型的作业分配合适的队列。
3. 资源分配策略：探讨不同的资源分配策略，如按照节点数量、负载情况、作业优先级等进行资源分配。
4. 优先级管理：解释如何设置作业的优先级，以便合理分配资源和满足用户需求。
5. 负载平衡：说明如何通过PBS管理系统实现计算机集群的负载平衡，提高资源利用率和系统性能。
二、作业调度1. 作业提交与监控：介绍如何通过PBS管理系统提交和监控作业的状态、进程和资源使用情况。
2. 作业依赖性管理：讨论如何设置作业之间的依赖关系，以实现作业之间的顺序执行和数据传递。
3. 作业调度策略：探讨不同的作业调度策略，包括先来先服务、最短作业优先、公平分享等，以满足用户需求和提高系统性能。
4. 作业优化技巧：介绍一些优化作业调度性能的技巧，如并行作业调度、负载预测等。
5. 容错与恢复：详细说明如何通过PBS管理系统实现作业容错和故障恢复，保证作业的可靠执行。
三、性能优化1. 系统调优：介绍如何通过调整系统参数、优化硬件设备和网络等方式提高系统的整体性能。
2. 作业性能分析：讨论如何通过PBS管理系统对作业性能进行分析，找出性能瓶颈并进行优化。
3. 资源利用率优化：探讨如何通过合理的资源分配和负载平衡来提高资源利用率和系统性能。
4. 作业并行计算优化：解释如何通过并行计算技术优化作业的计算性能，提高作业执行速度和效率。
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PBS管理系统（一）作业提交系统Torque个人安装总结(PBS)PBS是功能最为齐全，历史最悠久，支持最广泛的本地集群调度器之一。
PBS 的目前包括openPBS，PBS Pro和Torque三个主要分支。
其中OpenPBS是最早的PBS系统，目前已经没有太多后续开发，PBS pro是PBS的商业版本，功能最为丰富。
Torque是Clustering公司接过了OpenPBS，并给与后续支持的一个开源版本。
下面是本人安装torque的过程。
一、Torque安装在master（管理结点上）1、解压安装包[root@master tmp]# tar zxvf torque-2.3.0.tar.gz2、进入到解压后的文件夹./configure --with-default-server=mastermakemake install3、（1）[root@master torque-2.3.0]#./torque.setup <user><user>必须是个普通用户（2）[root@master torque-2.3.0]#make packages把产生的 tpackages , torque-package-clients-linux-x86-64.sh,torque-package-mom-linux-x86-64.sh 拷贝到所有节点。
（3）[root@mastertorque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install[root@master torque-2.3.0]# ./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install（4）编辑/var/spool/torque/server_priv/nodes （需要自己建立）加入如下内容master np=4node01 np=4........node09 np=4（5）启动pbs_server,pbs_sched,pbs_mom,并把其写到/etc/rc.local里使其能开机自启动。
（6）创建队列[root@master ~]# qmgrcreate queue studentsset queue students queue_type = Executionset queue students Priority = 40set queue students resources_max.cput = 96:00:00set queue students resources_min.cput = 00:00:01set queue students resources_default.cput = 96:00:00set queue students enabled = Trueset queue students started = True4、在node0x （x=1-9,计算结点上）[root@node0xtorque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install[root@node0x torque-2.3.0]# ./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install然后启动pbs_mom ,把pbs_mom写入/etc/rc.local二、Torque PBS使用1、创建用户在master的root下useradd testpasswd test输入test密码到/var/yp下make一下2、配置普通用户的sshsu testcdssh-keygen -t dsacd .sshcat id_pub.dsa >>authorized_keyschmod 600 authorized_keys3、编写作业脚本[test1@master t]vi pbsjob#!/bin/tcsh#PBS -o /home/test1/pbstest/t/output 标准输出文件#PBS -e /home/test1/pbstest/t/error 错误输出文件#PBS -l nodes=5:ppn=4 规定使用的节点数以及每个节点能跑多少核#PBS –q students 把任务提交到students队列中cd $PBS_O_WORKDIR 到工作目录下（此为PBS提供的环境变量）mpirun –machine $PBS_NODEFILE -np 20 ./vasp4、启动mpdmpdboot -n 10 -f mfamfa内容：master:4node01:4….node09:45、提交，查询，删除作业提交作业：qsub pbsjob作业提交后会有一个作业号[test1@master pbstest]$ qsub pbsjob48.master查询作业：qstat[test1@master pbstest]$ qstatJob id Name User Time Use S Queue------------------------- ---------------- ----------------------- - -------------------------------48.master pbstest test1 00:00:00 R students删除作业：qdel 作业号[test1@master pbstest]$ qdel 48链接/danganxi521/blog/item/2b23c03db6cea1e93c6d975f.ht ml/cmtid/b4f2450700f2e5c77b89478f（二）PBS脚本使用qsub -N Relax -l nodes=1:ppn=8 pbs#!/bin/shVASP="/home/user15/soft/mpi/bin/mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np 8 avasp < /dev/null "i=36times=1000while((i<=times))docp RStru_$i POSCARrm WAVECAR CHG*./produKPTS.x$VASPcp CONTCAR POSCARrm WAVECAR CHG*./produKPTS.x$VASPcp CONTCAR POSCARrm WAVECAR CHG*./produKPTS.x$VASPcp CONTCAR pos.$icp OUTCAR out.$ilet i=i+1donecd /temp/user15/RST1000./relax.sh >& log（三）pbs常用命令和选项一、基本选项pbs是Protable Batch System的缩写，是一个任务管理系统。
当多个用户使用同一个计算资源时，每个用户用PBS脚本提交自己的任务，由PBS对这些任务进行管理和资源的分配。
下面是一个简单的PBS脚本：#PBS -l nodes=20#PBS -N snaphu#PBS -j oe#PBS -l walltime=24:00:00#PBS -l cput=1:00:00#PBS -q dquecd $PBS_O_WORKDIRcat $PBS_NODEFILE $PBS_NODEFILE> NODEFILEmpirun -hostfile NODEFILE -np `cat NODEFILE |wc -l` ./mpiTest将这个脚本保存成submit然后qsub submit就将这个mpiTest的任务提交给了系统。
脚本中#PBS为脚本选项，用于设置一些参数。
#PBS -l表示资源列表，用于设定特定任务所需的一些参数。
这里的NODES表示并行环境下可以使用的节点数，而walltime表示任务最大时限，而cput表示cpu时间的最大时限，运行时间和cpu使用时间超过对应的时限，任务就会以超时退出。
这三个参数不是PBS脚本参数，而是并行环境所需的参数。
#PBS -N表示任务名称#PBS -j表示系统输出，如果是oe，则标准错误输出(stderr)和标准输出(stdout)合并为stdout，如果是eo，则合并为stderr，如果没有设定或设定为n，则stderr 和stdout分开。
#PBS -q表示当前任务选用的队列。
在并行环境下，一个系统中往往有多个队列，任务提交后，将在所选的队列中排除等候。
系统中有哪些队列可以用qstat -q 查看。
二、简单命令任务提交后，需要查看任务信息和环境信息，有如下常用命令。
qstat 查看本用户提交的任务qstat -n 同上，输出内容稍有不同qstat -q 查看系统中所有的队列，以及每个队列中任务的运行和等候情况。
showq 查看系统中所有运行的任务。
qdel id 删除JOBNAME为id的任务。
该任务如果在等待，则可以有这个命令删除，如果已经开始运行，则无法删除。
三、参数传递qsub submit -l nodes=4 -v x=1,y=2其中，-l nodes=4本来就是一个#PBS选项，既可以放在submit文件中，又可以放到命令行上。
-v x=1,y=2为一个变量列表，和shell命令一样，在submit文件中可以用$x,$y 来调用这两值链接/pkuwwt/blog/item/d6e094b1b910df5c0923022f.html （四）PBS 命令与使用PBS(Portable Batch System)是由NASA开发的灵活的批处理系统。
它被用于集群系统、超级计算机和大规模并行系统。
PBS主要有如下特征：∙易用性：为所有的资源提供统一的接口，易于配置以满足不同系统的需求，灵活的作业调度器允许不同系统采用自己的调度策略。
∙移植性：符合POSIX 1003.2标准，可以用于shell和批处理等各种环境。
∙适配性：可以适配与各种管理策略，并提供可扩展的认证和安全模型。
支持广域网上的负载的动态分发和建立在多个物理位置不同的实体上的虚拟组织。
∙灵活性：支持交互和批处理作业。
OpenPBS( /)是PBS的Open Source的实现。
商业版本的PBS可以参照：/。
1、PBS命令PBS提供4条命令用于作业管理。
(1) qsub 命令—用于提交作业脚本命令格式：qsub [-a date_time] [-c interval] [-C directive_prefix][-e path] [-I] [-j join] [-k keep] [-l resource_list] [-mmail_options][-M user_list][-N name] [-o path] [-p priority] [-q destination] [-r c][-S path_list] [-u user_list][-v variable_list] [-V][-W additional_attributes] [-z][script]参数说明：因为所采用的选项一般放在pbs脚本中提交，所以具体见PBS 脚本选项。