Poly结构或者重复序列
3.BLAST及序列的提交
E值上限 种子长度 如果你对blast的命令行选项熟悉的话，可以在这里加入更多的参数
BLAST结果（1）
1）查询序列的描述
2）显示比对区域的 框图 3）被搜索到的序列 信息 4）比对结果 5）统计信息与算法 过程的参数
BLAST结果（1-1）
BLAST搜索发现序列的生物意义（2）
Pyrococcus abyssi GTTCC AATAA GACTA AAA repeat sequence 随机出现的序列？VS 具有生物学意义的序 列？
BLAST搜索发现序列的生物意义（3）
Pyrococcus abyssi 环状DNA的全长为1765118 bp repeat sequence GTTCC AATAA GACTA AAA 为随机序列的概率。 出现一次的概率： （1765118-17）*4-18 = 2.57*10-5
HSP片段2：
att c
(-3+1+1+1=0)
(1+1-3+1+1+1=2)
HSP片段3： ac att c
则删除HSP2,保留HSP1和HSP3
BLAST基本原理—Step 6
统计各HSP片段的分值（Score)和E值
分值(Score): 是衡量查询序列同命中序列间 相似性的测度。分值越高，命中序列与查 询序列越相似。
BLAST的基本算法原理
BLAST
BLAST 是由美国国立生物技术信息 中心（NCBI）开发的一个基于序列 相似性的数据库搜索程序。 BLAST是“局部相似性基本查询工 具”(Basic Local Alignment Search Tool)的 缩写。
一代测序常见问题及解决策略
测序常见问题及解决策略一、PCR常见问题1.假阴性，不出现扩增条带PCR出现假阴性结果，可从以下几个方面来寻找原因：1）模板：①模板中有杂蛋白；②模板中有Taq酶抑制剂；③在提取制备模板时丢失过多；④模板核酸变性不彻底。
2）酶：酶失活或反应时忘了加酶。
3）Mg2+浓度：Mg2+浓度过高可降低PCR扩增的特异性，浓度过低则影响PCR 扩增产量甚至使PCR扩增失败而不出扩增条带。
4）反应条件：变性对PCR扩增来说相当重要，如变性温度低，变性时间短，极有可能出现假阴性;退火温度过低，可致非特异性扩增而降低特异性扩增效率退火温度过高影响引物与模板的结合而降低PCR扩增效率。
5）靶序列变异：靶序列发生突变或缺失，影响引物与模板特异性结合，或因靶序列某段缺失使引物与模板失去互补序列，其PCR扩增是不会成功的。
2.假阳性假阳性：出现的PCR扩增条带与目的靶序列条带一致，有时其条带更整齐，亮度更高。
常见原因有：1）引物设计不合适：选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性，因而在进行PCR扩增时，扩增出的PCR产物为非目的性的序列。
靶序列太短或引物太短，容易出现假阳性。
需重新设计引物。
2）靶序列或扩增产物的交叉污染：这种污染有两种原因：一是整个基因组或大片段的交叉污染，导致假阳性。
这种假阳性可用以下方法解决：操作时应小心轻柔，防止将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外。
二是空气中的小片段核酸污染，这些小片段比靶序列短，但有一定的同源性。
可互相拼接，与引物互补后，可扩增出PCR产物，而导致假阳性的产生，可用巢式PCR方法来减轻或消除。
3.出现非特异性扩增带PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致，或大或小，或者同时出现特异性扩增带与非特异性扩增带。
非特异性条带的出现，其原因：一是引物与靶序列不完全互补、或引物聚合形成二聚体。
二是Mg2+离子浓度过高、退火温度过低，及PCR循环次数过多有关。
三是酶的质和量，往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶则不出现，酶量过多有时也会出现非特异性扩增。
核酸的结构和功能 (2)
均有形成 四股螺旋DNA
的可能
3’---AATCCCAATCCC-5’ • 着丝点附近的高度重复序列
已有实验结果表明－－真核细胞端粒中存在四链结构
G G
结构特点
G G
Linked by Hoogsteen Bonding
可能的功能
A、 稳定真核生物染色体结构 B、 保证DNA末端准确复制 C、 与DNA分子的组装有关 D、 与染色体的 meiosis & mitosis 有关
的3’酯键到5’酯键 的方向
(5’→-U3C’AG)GCUA-3’ = UCAGGCUA
默认书写顺序5‘→3’
双螺旋模型的特征
1953. Watson & Crick
Chatgaff （查塔姆）对DNA 碱基组成的研究结果
Wilkins（威尔金斯）及其同事 Franklin（富兰克林）等用X射 线衍射方法获得的DNA结构资料
（1）核苷酸顺序；
（2）碱基组成；
（3）盐的种类；
（4）相对湿度。
B-DNA：生理状态下，每螺圈10.4个碱基对，右手螺旋； A-DNA：高盐浓度下，每螺圈11个碱基对，右手螺旋； Z-DNA：序列富含GC，嘌呤和嘧啶交替出现，每螺圈12个碱基对， 左手螺旋。
DNA钠盐在相对湿度92％或活 细胞生理状态下，以及A－T 较丰富的大多数自然DNA。
作业
1，名词解释： siRNA，分子生物学，蛋白质组学
2，维持DNA双螺旋的作用力有哪些？ 3，真核生物和原核生物从DNA到染色质的组装有何不同?
感谢下 载
Watson（沃森） 和 Crick（克 里克）建立的双螺旋模型
分子诊断学完整终结版
1.分子诊断学:是以分子生物学理论为基础，利用分子生物学的技术和方法来研究人体内源性或外源性生物大分子和2.SNP：单核苷酸多态性，指在基因组上单个核苷酸的变异，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富。
3．基因(gene)：是有功能的DNA片段，含有合成有功能蛋白质多肽链或RNA所必学的全部核苷酸序列，是遗传的结构和功能单位。
分为结构基因和调控基因。
4．结构基因：编码蛋白质或RNA的编码序列调控基因：保证转录功能起调控作用的非编码序列5．操纵子（operon）操纵基因与其控制下的结构基因共同组成的功能单位6．断裂基因：指基因的内部存在间隔区，间隔区的DNA序列与该基因所决定的蛋白质没有关系。
间隔区又称为内含子。
出现在成熟RNA中的有效区段为外显子。
7.重叠基因：指基因的开放阅读框（ORF）存在一个或多个核苷酸重叠的基因8.跳跃基因：又称转座子，基因在染色体上的位置不固定，能由一条染色体跳到另一条染色体上。
9.必须基因：生物体中存在的一些维持生物细胞生长所必需的基因，缺少或突变这些基因均能导致生物体死亡10.基因组（genome）：细胞中一套完整单倍体的遗传物质的总和.11.基因组结构主要指不同的DNA功能区在DNA分子中的分布和排列12．多顺反子（polycistron）：操纵子中常常有一至多个功能相关的结构基因串连一起，受同一个调控区调控，转录在同一个mRNA分子中。
13.黏性末端：基因组双链两端具有能够互补的单链DNA部分14.末端正向重复序列：又称末端冗余，指病毒双链DNA分子两端有一段相同的核苷酸15.末端反向重复序列（ITR）：指病毒基因组两端的反向互补重复序列16.重叠基因：指两个或两个以上基因的ORF共有一段DNA序列17.分段基因：指病毒基因组由几条不同的核酸分子组成，多冗于tDNA病毒，RNA病毒及双链RNA病毒18.LTR：即长末端重复序列，逆转录病毒逆转录后生产的dsDNA中，两端有LTR结构19.DNA重组：是指将不同来源的DNA分子通过磷酸二酯键将末端连接形成重组DNA.20.DNA克隆（分子克隆）：将某一特定DNA片段通过重组DNA技术插入到一个载体（质粒和病毒等）中，然后在宿主细胞中进行自我复制所得到的大量完全相同的该DNA片段的群体。
生物信息学名词解释
1.生物信息学：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科模型;处理及分析，并以生物学知识2.二级数据库：3.FASTA序列格式：是将DNA始，其他无特殊要求。
4.genbank序列格式：是GenBank身，以“//”结尾。
5.Entrez检索系统：是NCBI点。
6.BLAST：7.查询序列（query sequence）索并进行相似性比较的序列。
P988.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。
包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。
P29 9.空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。
P2918.直系同源：指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，具有相似或不同的功能。
（书：在缺乏任何基因复制证据的情况下，具有共同祖先和相同功能的同源基因。
）19.旁系（并系）同源：指同一个物种中具有共同祖先，通过基因重复产生的一组基因，这些基因在功能上可能发生了改变。
(书：由于基因)UPGMA）：最初，每个序列归为一类，然后找到）：是一种不仅仅计算两两比对距算法要求进化速率保持恒定的缺陷。
）：在一系列能够解释序列差异的的进化树中找）：它对每个可能的进化位点分配一个概率，然tree）：在同一算法中产生多个最优树，合并这）：放回式抽样统计法。
通过对数据集多次）：开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段codon bias）：氨基酸的同义密码子的使用频率与相量高的同功tRNA所对应的密码子，这种效应称为密码子偏好性。
30.基因预测的从头分析：依据综合利用基因的特征，如剪接位点，内含子与外显子边界，调控区，预测基因组序列中包含的基因。
31.结构域（domain）：保守的结构单元，包含独特的二级结构组合和疏水内核，可能单独存在，也可能与其他结构域组合。
蛋白低复杂度结构域
蛋白低复杂度结构域一、前言蛋白质是生命体中重要的组成部分，其结构和功能对生命体的正常运作至关重要。
而蛋白低复杂度结构域则是其中一个研究热点，本文将从以下几个方面对其进行详细介绍。
二、什么是蛋白低复杂度结构域1.定义蛋白低复杂度结构域（low complexity domain）是指由少量种氨基酸组成（通常只有一种或几种）的序列区域，这些区域在相应的蛋白质中通常呈现出高度的序列保守性。
2.特点蛋白低复杂度结构域通常具有以下特点：（1）含有大量重复单元；（2）序列内部的变异性较小；（3）易于形成β-折叠或无规则卷曲。
三、蛋白低复杂度结构域的分类1.根据氨基酸组成分类根据氨基酸组成不同，蛋白低复杂度结构域可以分为以下几类：（1）富含谷氨酸/天冬氨酸（poly-Q，poly-E）的结构域；（2）富含丝氨酸/脯氨酸（poly-S，poly-P）的结构域；（3）富含甘氨酸/丙氨酸（poly-G，poly-A）的结构域等。
2.根据功能分类根据其在蛋白质中扮演的角色不同，蛋白低复杂度结构域可以分为以下几类：（1）转录调控因子；（2）RNA结合因子；（3）信号传导相关因子等。
四、蛋白低复杂度结构域的生物学功能1.转录调控蛋白低复杂度结构域在转录调控中扮演着重要角色。
例如，一些转录激活因子中存在着富含谷氨酸/天冬氨酸（poly-Q，poly-E）的结构域，这些区域能够与其他蛋白质相互作用，并通过这种相互作用来调节基因表达。
2.RNA结合蛋白低复杂度结构域在RNA识别和绑定中也发挥着重要作用。
例如，许多RNA结合蛋白中都含有富含丝氨酸/脯氨酸（poly-S，poly-P）的结构域，这些区域能够与RNA相互作用，并调节其稳定性和功能。
3.信号传导蛋白低复杂度结构域还在信号传导中发挥着重要作用。
例如，一些信号转导因子中存在着富含甘氨酸/丙氨酸（poly-G，poly-A）的结构域，这些区域能够与其他蛋白质相互作用，并通过这种相互作用来调节信号通路的激活和抑制。
常规测序服务
常规测序服务美吉生物常规测序服务基于Applied Biosystems 3730XL常规测序平台，利用Sanger法进行实验，可完成合作伙伴所提供的质粒、菌液、PCR 未纯化、PCR已纯化样品测序。
根据不同合作伙伴的要求，我们还可以提供质粒提取、PCR切胶纯化、菌液活化服务、长片段walking测序后的序列拼接等生物信息学分析服务。
Sanger法测序原理实验流程1.样品编号：美吉生物将为您的每个测序反应编写一个美吉流水号，以此避免样品测序人为错误的可能。
2.样品的制备:菌液样品采用碱裂解法提取质粒，PCR未纯化样品采用琼脂糖凝胶电泳回收目的片段，质粒与PCR已纯化样品实验前需经过浓度鉴定。
3.测序PCR样品制备：根据样品浓度，加入不同浓度的BIGDYE，确保PCR 反应顺利进行。
4.PCR仪扩增产物。
5.样品沉淀。
6.上机测序。
美吉优势1.以市场最低的价格提供最优质的服务：测序质量高(正确读长不少于750碱基)；2.效率高(2个工作日内发送电子版测序结果)3.PCR未纯化样品非特异性条带间差异低于150bp的，美吉生物项目平台可以为合作伙伴进行转化入载体测序，从而得到可以目的片段。
4.我们为可以提供免费的测序引物设计和评估，序列拼接，及载体去除服务。
送样要求1.菌样需注明载体类型和抗性，我们常备Amp, Kan两种抗生素，其他抗性自备；应为高拷贝质粒，对于低拷贝质粒，请直接提供约3μg左右纯化质粒；需培养的菌液：要求提供的量至少500μl过夜培养的菌液，封口保存，防止交叉污染或渗漏；若是特殊抗生素：请提供5ML菌液或质粒用于测序；无需培养的菌液：要求提供的量至少为4ml已培养好的菌液；大量样品测序：建议在Eppendorf管中用牙签穿刺培养；注意：关于噬菌体，我们绝对不收菌液，只收抽提好的质粒，请一定要注意；2.质粒（除特殊样品，我们一般不建议客户提供质粒）您自行抽提的质粒务必溶于20μl双蒸水中，电泳检测浓度大于100ng/μl浓度；如有可能，同时提供1ml左右含有相应质粒的菌液备用；若您要长期测序请您加大质粒的量，大质粒必需注明载体长度，拷贝数低也要注明；必须写明载体名称，插入片段长度；3.PCR已纯化您自行纯化的PCR产物务必溶于双蒸水，浓度要求至少50ng/μl，量至少20μl 以，浓度大于50ng/μl，并注明片段长度，长片段需适当增加量，便于核对样品测序是否有问题，同时方便安排需要测通的样品测序和拼接工作；若您要长期测序请您加大PCR纯化产物的量；您回收的PCR产物务必为单一条带，否则将无法测序或影响测序结果。
假基因的特征
假基因的特征
假基因具有以下特征：
假基因与功能基因的核苷酸序列具有高度相似性。
假基因不具有转录功能或者转录但不能翻译成蛋白质。
假基因与相应的正常基因在顺序组成上的相似性只限于相应的mRNA的3'末端之前的部分序列。
假基因DNA顺序可在相应基因名称之前加φ表示。
假基因可视为基因组中与编码基因序列非常相似的非功能性基
因组DNA拷贝，一般情况都不被转录，且没有明确生理意义。
假基因的四个显著特点：没有内含子、具有与mRNA的poly（A）尾的相应结构、两侧有顺向重复序列、随机出现在非正常的位置上。
假基因可视为基因组中与编码基因序列非常相似的非功能性基
因组DNA拷贝，广泛存在于真核生物的多基因家族中。
此外，假基因在形成机理上，可划分为复制型假基因、单一型假基因和加工型假基因。
其中，复制型假基因是基因组DNA串联复制或者染色体不均等交换过程中基因编码区或调控区发生突变，导致复制后的基因失去正常功能而成为假基因。
单一型假基因是原本具有功能的单一拷贝基因在编码区或调控区发生自发突变（Spontaneous mutations），导致该基因无法转录和翻译而成为假基因。
复制型假基因和单一型假基因又被称为未加工型假基因，因为它们都是直接由DNA序列演化而来，具有内含子-外显子的结构和调控元件。
如需获
取更多关于假基因的信息，建议咨询生物领域专家或查阅相关生物书籍。
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Poly结构或者重复序列
1.Poly T 导致此区域后面产生非特异套峰；
2.Poly A导致此区域后面产生非特异套峰；
3.GT重复序列导致此区域后面产生非特异套峰；
4.AT重复序列导致此区域后面产生非特异套峰；
可能的原因：
重复序列会导致酶的滑动，所以造成套峰。
解决方案：
1.现有的Sanger测序技术无法确保重复序列测序时酶的忠实性；
2.从另一个方向测序；
3.如果客户的目的就是测出重复序列，只能建议其更换测序方法；
4.用锚定引物结合重复序列及其后的序列。
此种方法也不会测出准确的重复序列；
5.在偏短的PCR片段中，重复序列的问题尤为突出。
可以将片段克隆到载体上增加测序长度已降低酶滑动的几率。