第六章 表观遗传学
分子生物学之表观遗传学

分子生物学:表观遗传学表观遗传学( epigenetics):指非基因序列变化导致的基因表达的可遗传的改变。
细胞中生物信息的表达受两种因素的调控:遗传调控提供了“生产’维持生命活动所必需的蛋白质的“蓝本”,而表观遗传调控则指导细胞怎样、何时和何地表达这些遗传信息。
表观遗传学研究的主要内容:DNA的甲基化,染色质的物理重塑和化学修饰,非编码RNA基因调节。
依赖ATP的染色质的重塑由ATP水解释放的能量可以使DNA和组蛋白的构象发生改变;包括DNA的甲基化和组蛋白N端尾巴上特殊位点的化学基团修饰,同样可以直按或间接地影响染色质的结构和功能。
二者之间相互渗透,相互作用,共同影响着染色质的结构和基因的表达。
此外,近些年发现转录组(transcriptome)中组有多种非编码RNA广泛参与基因表达调控,非编码RNA的基因调节也可属于表观遗传学的研究的范畴。
DNA甲基化的概况DNA的甲基化既可以发生在腺嘌呤的第6位氮原子上,也可以发生在胞嘧啶的第5位碳原子上。
*在真核生物中,DNA甲基化只发生在胞嘧啶第5位碳原子上。
真核DNA甲基化由DNA甲基转移酶(Dnmt, DNA methyltransferase)催化,S-腺苷甲硫氨酸(SAM, S-adenosyl methionine)作为甲基供体,将甲基转移到胞嘧啶上,生成5一甲基胞嘧啶(5-mC)。
在哺乳动物中,DNA甲基化主要发生在CpG双核苷酸序列,全部CG二核苷酸中约70%~80%的C是甲基化(mCpG), 所以CpG称为甲基化位点。
CG抑制:DNA中CG的排列出现的概率小于期望值1/16(A42+4=16),如人的基因组中CG排列小于1%,而非随机期望的约6%(1/16).基因组中的CpG位点并非均一分布。
在某些区域中(大约有300~3 000 bp),CpG位点出现的密度高(50%或更高),这些区域即所谓的CpG岛。
大部分CpG岛(>200bp, C+G含量=/>50%. CpG观测值/期望值=/>0.6) 位于基因的5’端,包括基因的启动子区域和第一外显子区,而且60%的人类(哺乳动物40%)基因组的启动子区都含有CpG岛(几乎所有管家基因都存在CpG岛),它们在基因表达调控中可能发挥着重要的作用。
表观遗传学(共20张PPT)

• 近几年来RNAi研究取得了突破性进展,被《Science》杂志评为2001年的十大科 学进展之一,并名列2002年十大科学进展之首。由于使用RNAi技术可以特异性剔 除或关闭特定基因的表达,所以该技术已被广泛用于探索基因功能和传染性疾病及 恶性肿瘤的基因治疗领域。
表观遗传学 EPIGENETICS
什么是表观遗传学?
表观遗传学是研究除DNA序列 变化外的其他机制引起的细胞表 型和基因表达的可遗传的改变。 表观遗传学调控真核基因表达, 与人类重大疾病,如肿瘤、神经 退行性疾病、自身免疫性疾病等 密切相关。
举两个例子~
在胚胎发育过程中,果蝇存在很多体节。对 Hox 基因来 说,在有些体节中表达,有些中不表达。一开始,这种表 达或不表达经不在了,由原来不 表达(Hox 基因)的细胞衍生的后代呢,这些基因仍然不 表达;表达那些 Hox 基因的细胞衍生的细胞,仍然表达。
• 最常见的DNA甲基化形式是将甲基加到胞嘧啶环的 5‘位置上,形成5’-甲基胞嘧啶。哺乳动物中大约有 5%的胞嘧啶被甲基化,而甲基化与否,基因的转录活 性相差了上百万倍。
• DNA甲基化的作用主要体现于抑制基因转录活性,而具 体的抑制机制还尚未明确
• MeCP1所结合的DNA序列常需要有10个以上的甲基化CpG, 这一蛋白广泛存在于许多组织。
工蜂和蜂王都由同种受精卵发育而来,如 果能吃到蜂王浆,就变成蜂后;吃不到就 变成工蜂。
与工蜂相比,蜂王的成熟期短平均在半
个月左右,而工蜂则需要二十天以上;
寿命长蜂王可以活几年,而工蜂则只有
几十天的寿命;有生殖能力蜂王每天可
蜂王
工蜂
以产下几百枚卵,而工蜂一般终生都不
表观遗传学(共49张PPT)

• 1. DNA自身通过复制传递遗传信息;
• 2. DNA转录成RNA; • 3. RNA自身能够复制 (RNA病毒);
• 4. RNA能够逆转录成DNA;
• 5. RNA翻译成蛋白质。
• 1939年,生物学家 Conrad Hal Waddington首先在《现代遗传学导论》
微小RNA(microRNA ,miRNA—单链)。
• RNA干扰(RNAi):是通过小RNA分子在mRNA水平上介导mRNA 的降解诱导特异性序列基因沉默的过程。
• 诱导染色质结构的改变,决定着细胞的分化命运,还对 外源的核酸序列有降解作用以保护本身的基因组。
21
2.长链非编码RNA (long noncoding RNA, lncRNA)
DXPas34 长度超过200bp;
DNA甲基化状态的保
持
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• (一)DNMTs(DNA methyltransferases)
DNA甲基转移酶 结构特点:
-NH2末端调节结构域,介导胞核定位,调节与其他蛋白相互 作用。DNMT2无。
-COOH末端催化结构域,参与DNA甲基转移反应。 • 1.DNMT1
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• 三、其他表观遗传过程
• (一)非编码RNA的表观遗传学
• 非编码RNA(non-protein-coding RNA,ncRNA)
• tRNA,rRNA;短链非编码RNA,长链非编码RNA。
• 短链RNA(又称小RNA),小干涉RNA(short interfering RNA ,siRNA—双链) 和
S-腺苷甲硫氨酸: S-adenosylmethionine,SAM S-腺苷同型半胱氨酸:S-adenosylhomocysteine,SAH
表观遗传学

表观遗传学
❖ 经典遗传学以研究基因序列影响生物学功能为核心相比, ❖ 表观遗传学主要研究这些“表观遗传现象”的建立和维持
的机制。
多少年来,基因一直被认为是生物有机体一代代相传的一个 并且仅有的一个遗传载体。越来越多的生物学家发现了一 个被称为表观遗传的现象------生物有机体后天获得的非遗 传变异有时可以被遗传下去。有详细记录的100个关于代 间表观遗传的例子,提示非基因遗传要比科学家们以前想 象的多得多。
其他例子 Rats whose agouti gene is unmethylated (i.e., expressed) have a yellow-ish coat color and are
表观遗传学(研究生课件)

染色质重塑的研究方法
• 研究染色质重塑的方法包括遗传学方法、生物化学方法以及显 微镜技术等。遗传学方法包括基因敲除和转基因技术等,可以 用于研究染色质重塑酶和组蛋白修饰酶的功能。生物化学方法 包括蛋白质纯化和结晶化技术、质谱分析和代谢组学技术等, 可以用于研究染色质重塑酶和组蛋白修饰酶的相互作用和生物 化学性质。显微镜技术则可以用于观察染色质结构和动态变化。
基因组学方法
通过基因组学技术,研究非编码RNA的基因组位置、 序列和结构等信息。
转录组学方法
通过转录组学技术,研究非编码RNA的表达水平和转 录本信息。
蛋白质组学方法
通过蛋白质组学技术,研究非编码RNA对蛋白质表达 和功能的影响。
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表观遗传学与疾病
表观遗传学与肿瘤
肿瘤表观遗传学
研究肿瘤发生发展过程中表观遗传机 制的改变,包括DNA甲基化、组蛋白 修饰和非编码RNA等。
表观遗传学的研究内容
总结词
表观遗传学的研究内容包括表观遗传修饰的机制、表观遗传与疾病的关系以及表观遗传修饰的干预策 略。
详细描述
表观遗传学研究DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA调控等机制,探讨这些修饰如何影响基因表达 和细胞功能。同时,研究表观遗传学与各种疾病的关系,包括癌症、神经退行性疾病和代谢性疾病等 。此外,还研究如何通过干预表观遗传修饰来治疗疾病。
表观遗传学的重要性
总结词
表观遗传学在理解生物学过程、疾病机制和治疗策略方面具有重要意义。
详细描述ห้องสมุดไป่ตู้
表观遗传学在理解细胞分化、胚胎发育和衰老等生物学过程中发挥关键作用。同时,表观遗传学与许多疾病的发 生和发展密切相关,为疾病的诊断和治疗提供了新的视角。此外,表观遗传修饰的可逆性为疾病治疗提供了潜在 的干预策略,有助于开发新的治疗方法和药物。
表观遗传学(研究生课件)

一、表观遗传学的基本概念表观遗传学(Epigenetics)一词最早由英国生物学家康韦·里德(ConradWaddington)于1942年提出,意为“基因表达调控的研究”。
表观遗传学关注的是基因表达的可遗传变化,这种变化不涉及DNA序列的改变,而是通过染色质重塑、DNA甲基化、组蛋白修饰等机制实现。
二、表观遗传学的调控机制1.染色质重塑:染色质重塑是指染色质结构发生变化,使DNA 暴露或隐藏于核小体中,从而影响基因表达。
染色质重塑主要通过ATP依赖的染色质重塑复合体实现。
2.DNA甲基化:DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶的作用下,将甲基基团转移至DNA上的过程。
DNA甲基化通常发生在CpG岛上,高甲基化状态往往与基因沉默相关,而低甲基化状态与基因活化相关。
3.组蛋白修饰:组蛋白修饰是指组蛋白上的氨基酸残基发生甲基化、乙酰化、磷酸化等修饰。
这些修饰可以改变组蛋白与DNA的相互作用,进而影响基因表达。
4.非编码RNA:非编码RNA包括微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)等,它们在基因表达调控中发挥重要作用。
例如,miRNA可以通过与目标mRNA结合,抑制其翻译过程。
三、表观遗传学与疾病表观遗传学异常与多种疾病的发生密切相关。
例如,肿瘤的发生往往伴随着表观遗传学调控机制的紊乱,如DNA甲基化异常、组蛋白修饰异常等。
表观遗传学还与心血管疾病、神经系统疾病、代谢性疾病等密切相关。
四、表观遗传学的应用1.肿瘤诊断与治疗:表观遗传学在肿瘤诊断和治疗方面具有重要应用价值。
例如,通过检测肿瘤相关基因的DNA甲基化状态,可以早期发现肿瘤;同时,针对表观遗传学调控机制的药物研发,为肿瘤治疗提供了新策略。
2.农业育种:表观遗传学在农业育种领域也具有广泛应用。
通过改变植物表观遗传状态,可以提高作物产量、抗病性和适应环境能力。
3.神经科学与心理学:表观遗传学研究为揭示神经系统疾病和心理学问题的发生机制提供了新视角。
表观遗传学 - EpigeneticsPPT课件

(3)通过改变染色质结构而抑制基因表达。染色质构型 变化伴随着组氨酸的乙酰化和去乙酰化,许多乙酰化 和去乙酰化本身就分别是转录增强子和转录阻遏物蛋 白。
表观遗传学 Epigenetics
概念
表观遗传学
研究不涉及DNA序列改变的基因表达和调控的可遗传变 化的,或者说是研究从基因演绎为表型的过程和机制 的一门新兴的遗传学分支。
表观遗传
所谓表观遗传就是不基于DNA差异的核酸遗传。即细胞 分裂过程中,DNA 序列不变的前提下,全基因组的基 因表达调控所决定的表型遗传,涉及染色质重编程、 整体的基因表达调控(如隔离子,增强子,弱化子, DNA甲基化,组蛋白修饰等功能 ), 及基因型对表型的 决定作用。
表观遗传学的特点:
可遗传的,即这类改变通过有丝分裂或减数分 裂,能在细胞或个体世代间遗传;
可逆性的基因表达调节,也有较少的能用DNA序列变化来解 释。
表观遗传学的研究内容:
基因选择性转录表达 基因转录后的调控 的调控
DNA甲基化
❖ 目前认为基因调控元件(如启动子)的CpG岛中发生 5mC修饰会在空间上阻碍转录因子复合物与DNA的结 合。因而DNA甲基化一般与基因沉默相关联。
DNA甲基化的转录抑制机制:
(1)直接干扰特异转录因子与各自启动子结合的识别位 置。DNA的大沟是许多蛋白因子与DNA结合的部位,胞 嘧啶的甲基化干扰转录因子与DNA的结合。
染色质重塑是由染色质重塑复合物介导的 一系列以染色质上核小体变化为基本特征 的生物学过程。
表观遗传学课件 PPT

核小体
• 核小体定位是核小体在DNA上特异性定位的现象。 • 核小体核心DNA并不是随机的,其具备一定的定向特性。 • 核小体定位机制:
内在定位机制:每个核小体被定位于特定的DNA片断。 外在定位机制:内在定位结束后,核小体以确定的长度 特性重复出现。
• 核小体定位的意义:
核小体定位是DNA正确包装的条件。 核小体定位影响染色质功能。
• 组蛋白修饰种类
乙酰化-- 一般与活化的染色质构型相关联,乙酰化修饰 大多发生在H3、H4的 Lys 残基上。
甲基化-- 发生在H3、H4的 Lys 和 Arg残基上,可以与 基因抑制有关,也可以与基因的激活相关,这往往取决 于被修饰的位置和程度。 磷酸化-- 发生与 Ser 残基,一般与基因活化相关。 泛素化-- 一般是C端Lys修饰,启动基因表达。 SUMO(一种类泛素Байду номын сангаас白)化-- 可稳定异染色质。 其他修饰(如ADP的核糖基化)
组蛋白修饰的检测方法
1.免疫染色
2.染色质免疫共沉淀
3.质谱
三、染色质重塑
• 染色质重塑(chromatin remodeling)是一个重要的表观遗传学 机制。 • 染色质重塑是由染色质重塑复合物介导的一系列以染色质上核小 体变化为基本特征的生物学过程。 • 组蛋白尾巴的化学修饰(乙酰化、甲基化及磷酸化等)可以改变 染色质结构,从而影响邻近基因的活性。
ton) 在 Endeavour 杂志
首次提出表观遗传学。
基因型的遗传(heredity)或
传承(inheritance)是遗传学
研究的主旨 ,而基因型产生
表型的过程则是属于表观
遗传学研究的范畴。
1987 年 ,霍利德( Holliday) 进一步指出可在两个层面上 研究高等生物的基因属性。 第一个层面是基因的世代间传递的规律 ——遗传学。 第二个层面是生物从受精卵到成体的发育过程中基因
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NIH-National Institutes of Health(美国)
Epigenetic changes have been associated with disease, but further progress requires the development of better methods to detect the modifications and a clearer understanding of factors that drive these changes. 192 million USD for 5 years ( 2008 to 2012)
获得性遗传( Inheritance
of acquired characteristics)
Jean-Baptiste Lamarck
(1744-1829)
问题 环境的作用能否改变个体的遗传 特性,并传递给下一代?
这种被称为“拉马克学说”(Lamarckism) 的观点一直被正统的生物学家拒之门外。
AHEAD(人类表观基因组与疾病联合会) (Alliance for the Human Epigenome and Disease)计划.
The international AHEAD scientific committee will discuss the issue of the global collaborative efforts in light of the recent launch of NIH routemap Epigenetics program
effect variegation (PEV) —— 第一种表观遗
传学现象。 1942年,Waddington提出现代Epigenetics的
概念,认为基因型通过一些“偶然的、不确定
的机制”决定了不同的表型。 1958年,R.A.Brink发现paramutation现象。 1961年,Mary Lyon发现X染色体失活现象。 1983年,DNA甲基化的发现。
三、人类表观遗传学及表观基因组研究
人类基因组:~22,000个基因vs. 100,000个蛋白 质—可变剪切(Alternative Splicing)
全球最大表观遗传学项目启动
2010/09/07 南都讯 记者刘凡 通讯员王静思 昨日,深圳华大基因 研究院与伦敦国王学院的知名双胞胎研究团队TwinsUK共 同发起一项专门针对双胞胎的遗传学项目———Epitwin。 该项目为目前全球最大的表观遗传学项目,将对全球5000 对双胞胎进行深入研究。 据介绍,这个项目计划对双胞胎中的基因进行分别研 究,并且在同卵双胞胎间进行比较。与以往研究不同的是, 此次研究不是寻找相似之处,而是寻找那些能够解释为什么 同卵双胞胎不得同样疾病的差异。这个项目首先将以肥胖、 糖尿病、过敏反应、心脏病、骨质疏松症和长寿等为主要研 究对象,但研究方法可应用于各种常见性状和疾病。
一种结论:个体在发育和生长过程中获得的环境 影响,被遗传给了后代。 什么决定基因?大自然(环境)如此丰富多彩、如 此变化不停,很难想象,对于一个开放的复杂生 命系统,不会打上它的烙印。
人类同卵双生的孪生子: 具有完全相同的基因组,在同样的环境下成长, 俩人的气质和体质应该非常相似。 实际情形: 一些孪生子的情况并不符合预期的理论。往往在 长大成人后出现性格、健康方面的很大差异。这 种反常现象长期困扰着遗传学家。 现在科学家们发现:可以在不影响DNA序列的情况 下改变基因组的修饰.这种改变不仅可以影响个 体的发育,而且还可以遗传下去。
人类表观基因组和疾病联合会 于2003 年10月正式宣布开始 投资和实施旨在解析人类全基 因组中表观遗传信息及其与疾 病状态相关的特定表观遗传修 饰的人类表观基因组计划 (Human Epigenome Project , HEP) 。 HEP 的提出和实施,标志着与 人类发育和肿瘤疾病密切相关 的表观遗传学(epigenetic) 和 表 观 基 因 组 (epigenome) 研 究跨上了一个新的台阶。
Science 7 April 2000:Vol. 288. no. 5463, p. 38
Was Lamarck Just a Little Bit Right?
Michael Balter
Although Jean-Baptiste Lamarck is remembered mostly for the discredited theory that acquired traits can be passed down to offspring, new findings in the field of epigenetics, the study of changes in genetic expression that are not linked to alterations in DNA sequences, are returning his name to the scientific literature. Although these new findings do not support Lamarck's overall concept, they raise the possibility that "epimutations," as they are called, could play a role in evolution.
表观遗传学
概念:指基因的DNA序列不发生改变的情况 下,基因的表达水平与功能发生改变,并产 生可遗传表型的遗传学分支学科。 Epigenetics is the study of stable genetic modifications that result in changes in gene expression and function without a corresponding alteration in DNA sequence.
第六章 表观遗传学 (epigenetics )
x骡子更象谁?x来自马骡驴骡表观遗传学
主要内容:
第一节 表观遗传概述 第二节 表观遗传调控机制 第三节 表观遗传研究的应用
第一节 表观遗传概述
一、表观遗传现象
分子生物学的中心法则
( ent ral dogm a )
碱基序列(基因)决定性状,序列改变,引起性状的改变。
Epigenetics comes of age
“The major problem, I think, is chromatin… you can inherit something beyond the DNA sequence. That’s where the real excitement of genetics is now” (Watson, 2003).
12.5 M euro 2004-2009
表观基因组
The epigenome is a catalog of the epigenetic modifications that occur in the genome.
表观遗传学
特征:
可遗传;
可逆性;
DNA不变
基因表达模式
相同的基因型
不同的表型
一个多细胞生物机体的不同类型细胞
影响基因表达的遗传变异因素 基因突变(错义突变)
基因缺失/倍增
染色体结构及数目变异
问题: 基因表达的变化(或性状的变化)一定是 DNA序列变异的结果吗?
BUT…
“Some authors use the term “variation” in a technical sense, as implying a modification directly due to the physical conditions of life; and “variations” in this sense are supposed not to be inherited; but who can say that the dwarfed condition of shells in the brackish waters of the Baltic, or dwarfed plants on Alpine summits, or the thicker fur of an animal from far northwards, would not in some cases be inherited for at least a few generations (Darwin, 1859)?” Lamarck was the first man whose conclusions on the subject excited much attention. This justly celebrated naturalist first published his views in 1801. . . he first did the eminent service of arousing attention to the probability of all changes in the organic, as well as in the inorganic world, being the result of law, and not of miraculous interposition.( Darwin, 1861)
Paramutation
原因一:染色体发生交联,使得等位基因受到 影响;
Paramutation
原因二 :RNA参与调控
X-chromosome inactivation
雌性的一条X染色体完全失去活性
X染色体失活
Copy Cat
Allie Rainbow