医学外显子组测序检测遗传病拷贝数变异的初步探索
全外显子测序检验的临床意义与样本要求
全外显子测序检验的临床意义与样本要求在当今医学领域，全外显子测序检验正逐渐成为临床诊断和治疗中不可或缺的重要工具。
全外显子测序是一种高通量的基因组测序技术，能够对所有外显子区域进行全面的检测和分析，从而帮助医生发现患者潜在的遗传变异和突变，为疾病的诊断和治疗提供更精准的信息。
针对全外显子测序检验的临床意义和样本要求，本文将从多个角度进行探讨，并共享个人观点和理解。
一、全外显子测序检验的临床意义1. 诊断和治疗指导：全外显子测序能够为医生提供全面的遗传变异信息，帮助精准诊断疾病类型和确定治疗方案。
尤其对于罕见遗传病、癌症等复杂疾病的诊断和治疗指导具有重要意义。
2. 遗传沟通和家族风险评估：通过全外显子测序检验，可以帮助患者进行遗传沟通，评估患病风险，并为家族成员提供相关遗传信息，帮助他们进行风险评估和健康管理。
3. 个性化医学：全外显子测序检验为个性化医学提供了重要的基础数据，可以根据个体的基因组信息，制定个性化的预防、诊断和治疗方案，实现精准医疗。
二、全外显子测序检验的样本要求1. 样本类型：全外显子测序通常需要采集患者的血液样本，获取其中的DNA进行测序分析。
对于一些特定疾病或研究项目，还可能需要获取肿瘤组织样本等特定样本。
2. 样本质量：样本的质量直接影响着全外显子测序的准确性和可靠性。
在采集和保存样本时，需要注意避免血液凝块和样本污染等情况，保证样本的纯度和完整性。
3. 样本数量：通常情况下，全外显子测序需要一定数量的DNA样本才能进行测序分析。
对于不同的实验项目和测序评台，样本数量的要求可能会有所不同，需要根据具体情况进行调整。
三、个人观点和理解全外显子测序作为一种新型的基因组测序技术，对于临床诊断和治疗具有重要意义。
通过对个体基因组的全面检测，我们能够更好地了解疾病的遗传基础，为精准医学提供数据支持。
然而，在进行全外显子测序检验时，我们也需要考虑样本的要求和质量，以确保测序结果的准确性和可靠性。
外显子组测序信息分析
外显子组测序信息分析外显子组测序技术的基本步骤包括DNA提取、文库构建、高通量测序和生物信息学分析。
首先，从样品中提取DNA，通常使用血液或组织样本。
然后，将DNA片段切割，并使用特定的引物将其扩增为文库。
接下来，将文库中的DNA片段进行高通量测序，产生大量的短读取序列。
最后，使用生物信息学工具对测序数据进行分析，以寻找变异并解读其意义。
外显子组测序的结果可以提供大量有关基因组的信息。
首先，可以检测SNV和Indel等单个碱基突变，这些突变可能与人类疾病的发生相关。
其次，可以检测到外显子区域的读框错移突变，这些突变可能会导致蛋白质的功能改变。
此外，还可以通过检测外显子区域的拷贝数变异(CNV)来揭示与疾病相关的基因缺失或复制。
最后，外显子组测序还可以帮助发现新的基因和调控元件，以及对个体之间的遗传差异和基因底物关系进行研究。
虽然外显子组测序技术已经取得了很大的成功，但仍然面临一些挑战。
首先，外显子组测序只能揭示外显子区域的变异，而无法揭示基因组的其他部分。
其次，由于测序数据的复杂性，需要进行大量的生物信息学分析，对于没有相关经验的研究者来说可能会有一定的难度。
此外，由于运营和存储测序设备的成本较高，外显子组测序对实验室和研究者的设施和经济资源要求较高。
总之，外显子组测序是一种强大的技术，可以揭示与人类疾病相关的基因变异。
通过对测序数据的分析和解读，可以帮助我们更好地理解基因组的结构和功能，为疾病的诊断和治疗提供重要的信息。
尽管面临一些挑战，随着技术的进步和成本的下降，外显子组测序在个性化医学和遗传学研究中将发挥越来越大的作用。
外显子组测序技术在遗传疾病检测中的应用
外显子组测序技术在遗传疾病检测中的应用随着遗传学研究的深入，越来越多的遗传疾病得到了解决。
而随着科技的不断进步，人们开发出了越来越多的工具来解决遗传疾病的检测问题。
其中，外显子组测序技术已成为一项非常有效的检测手段，被广泛应用于遗传疾病的检测中。
本文将会对外显子组测序技术在遗传疾病检测中的应用进行探究，旨在为大家更好地了解这一技术。
外显子组测序技术的原理和特点外显子组测序技术（Exome Sequencing）是一种高通量测序技术，能够快速而准确地对人类基因组中存在的编码蛋白的外显子进行测序，包含人类基因组中的大约2%的基因部分，是人类基因组测序的有效手段。
外显子组测序技术是一种基于高通量测序技术的分子生物学技术，是通过将人类基因组中的编码蛋白的外显子与大量的引物反复杂交，在使得这些引物与DNA序列结合的过程中，将其扩增并进行序列测序。
拥有比全基因组测序更高的覆盖度、更快的处理速度以及更低的成本，使得外显子组测序技术成为大规模测序的主流工具之一。
外显子组测序技术不仅可以用于人类基因组的测序，同时也可以用来分析外显子，从而更好地了解人类的基因遗传机制。
外显子组测序技术的应用外显子组测序技术具有高精度和高可靠性的特点，使其在遗传疾病的诊断和基础研究领域中广泛应用。
此外，外显子组测序技术可以通过测序结果，实现遗传疾病的基因诊断和基因分型，探究基因底层的遗传机制，便于更好地分析和解决遗传疾病的治疗问题。
同时，外显子组测序技术还可以用来进行遗传病毒病例筛查、幼儿常见疾病筛查、基础分子遗传学研究、基因功能研究和人群遗传学研究等领域，具有广泛的应用前景。
外显子组测序技术的优缺点虽然外显子组测序技术在遗传疾病检测方面具有很大的优势，但是在实际应用中还存在着一些缺点，需要进行全面评估和优化。
其优点主要表现在以下几个方面：首先，外显子组测序技术可以对大量的外显子序列进行高通量测序。
与以往的Sanger测序方式相比，外显子组测序技术可以大大提高测序效率和速度。
外显子测序原理
外显子测序原理
外显子测序是一种基因组测序技术，它的原理是通过对DNA中编码蛋白质的外显子区域进行测序，来揭示个体基因组的遗传信息。
外显子是基因组中编码蛋白质的部分，相对于整个基因组来说，外显子只占据了很小的比例，但却包含了大部分人类疾病相关的变异。
外显子测序的原理主要包括以下几个步骤，DNA提取、文库构建、高通量测序和数据分析。
首先，从样本中提取DNA，然后将DNA片段通过特定的方法构建成文库，接着进行高通量测序，获取大量的DNA序列信息。
最后，利用生物信息学分析软件对测序数据进行分析，鉴定外显子区域的变异信息。
在DNA提取过程中，需要保证提取的DNA质量和纯度，以确保后续测序的准确性和可靠性。
文库构建是将DNA片段连接到载体上，形成文库，这一步骤的关键是要避免DNA片段丢失或错位。
高通量测序是通过高通量测序技术对文库中的DNA片段进行大规模并行测序，产生海量的DNA序列数据。
数据分析是将测序得到的原始数据进行质控、比对、变异检测等一系列生物信息学分析过程，最终得到外显子区域的变异信息。
外显子测序技术的应用非常广泛，它可以用于研究人类疾病的发病机制、遗传变异的关联分析、药物靶点的筛选等领域。
通过对外显子的测序，可以发现与疾病相关的致病基因突变，为疾病的早期诊断和个体化治疗提供重要的依据。
同时，外显子测序也可以用于研究种群遗传结构、演化过程和基因型-表型关联等基因组学研究领域。
总的来说，外显子测序技术以其高通量、高效率、高准确性的特点，成为了当前研究基因组学和临床遗传学的重要工具。
随着测序技术的不断发展和成熟，外显子测序的应用前景将会更加广阔，为人类健康和疾病治疗带来更多的机遇和挑战。
基因组拷贝数变异测序报告
基因组拷贝数变异测序报告随着基因组测序技术的迅猛发展,个人基因组测序已逐渐成为疾病诊疗、健康管理以及探寻生命奥秘的主要手段之一,极大推动了遗传学、基因组学和医学等相关学科的发展。
与此同时,越来越多的科学实验表明,拷贝数变异作为基因组变异中一种重要的结构性变异,与生命进化、生物多样性以及多种复杂疾病、罕见病的发生和发展紧密关联。
因此,全面、准确检测拷贝数变异对于探索生命体自然规律、揭示生命奥秘以及理解疾病产生机制、寻找致病靶点和疾病诊疗都具有十分重要的研究意义。
然而,由于人类基因组自身的高度复杂性、测序数据的超大数据量以及现有测序技术自身的局限等因素,如何快速、有效地检测和分析拷贝数变异面临着巨大的挑战。
本文围绕基于基因组测序技术的拷贝数变异检测方法为研究重点开展相关研究。
本研究的目标是通过对现有外显子组测序数据拷贝数变异检测方法的系统评价,提出具有更高敏感性和特异性的外显子组拷贝数变异检测方法;同时,提出一种基于广义拓扑熵的基因组序列分析方法,对拷贝数复制序列进行检测与分析。
本文的主要研究内容、研究方法如下:第一,针对目前外显子组测序数据拷贝数变异检测方法在真实数据中检测效果不明确以及没有系统的测评标准等问题,本文首先提出客观评价外显子组测序数据拷贝数变异检测效果的测评方法,并对业内主流的外显子组拷贝数变异检测方法进行系统测评。
测评标准及测评结果可以为相关科研人员针对其各自的科学实验选择不同的检测方法提供理论依据,同时为进一步提出新的拷贝数变异检测方法奠定基础。
第二,针对现有基于外显子组测序数据拷贝数变异检测方法检测效果不理想的问题,提出新的基于群体样本模式的拷贝数变异检测方法。
该方法首先使用主成分分析等手段对外显子组测序数据进行降噪;随后,该方法全面整合reads深度和单核苷酸变异(Single Nucleotide Variation,SNV)信息,共同组成双链隐马尔科夫模型进行拷贝数变异检测。
全外显子测序报告解读原则与技巧
全外显子测序报告解读原则与技巧全外显子测序是利用高通量测序技术对生物体全基因组外显子区域进行测序，从而揭示人类个体及群体基因组中与疾病相关的基因变异，是现代个性化医学的重要技术手段之一。
下面我们将介绍全外显子测序报告的解读原则和技巧。
解读原则：1.全面性：全外显子测序提供了全面、高通量的大量数据，必须对其进行全面、深入的解读。
同时需要结合临床资料，以全面、系统性的方式进行解读。
2.多参考性：全外显子测序可能会检测到一些变异，但并不一定与致病性相关。
因此，需要根据多个参考数据库、文献资料以及基于家系检测的疾病遗传性等多方面的数据进行判断和筛选。
3.个体化：全外显子测序报告需要与具体个体相关的临床资料、家族病史等进行结合，重点考虑与之相关的变异是否致病、临床意义何在等方面。
4.实用性：全外显子测序报告应当具有实用性，得出的结论应当能指导个体的诊断、治疗与遗传咨询。
解读技巧：1.对阳性结果进行验证：全外显子测序可能会检测到大量的单核苷酸多态性（SNP）、小的结构变异等，为了保证结果的精确性，最好对阳性结果进行验证，可以使用参考文献、数据库或其他现代检验技术进行检验。
2.避免过度解读：全外显子测序结果的解读需要考虑基因本身的复杂性，并非所有的变异都与疾病相关。
因此不应过度解读，需要根据科学方法进行分析和评价。
3.结合病史、家族史等临床资料：全外显子测序结果需要结合实际临床背景进行解读，包括基因检测的目的、临床表现、影响家庭、遗传风险等因素。
4.遵循实践指南：目前许多学会和机构都制定了全外显子测序报告解读的指南，如美国基因组医学协会（ACMG）和全球基因组联盟（GA4GH）等，解读应该遵循指南的原则和标准。
总之，全外显子测序是一项高复杂性的技术，其结果的解读需要谨慎，需要全面、深入地理解和分析，以确保结果的准确性和实用性。
同时，我们需要结合个体的临床信息和基因组数据来指导临床医生的决策和个体的诊断治疗方案，为个性化医学做出贡献。
利用外显子组测序检测一个家系突变的分析方法介绍201412
Fastq文件示例>>
第二步：测序质量评估及过滤
• 评估数据产量和质量（Illumina报告示例）， 并根据需要去除接头污染和低质量序列， 如：
– FastQC可对Illumina和ABI SOLiD测序序列质量 进行快速评估（FastQC质量报告示例） – FASTX-Toolkit和Galaxy即可评估序列质量，还 可去除污染碱基和低质量碱基并对序列进行 质量过滤
变异注释工具比较
(Pabinger, et al. Brief in Bioinform, 2013)
实际应用中，具体运用某个特定的软件是可以根据需要调整、优化的
常用注释工具ANNOVAR
• /annovar/
• 较全面的功能注释，广为使用 • 需在本地安装注释数据库，如dbSNP、 1000genomes、SIFT、DGV等，按需灵活使用 • 可基于基因注释、基于区间注释，还可过滤 • 对于SNP和indel，结果包括基因注释、氨基酸 置换预测评分、保守性预测评分、dbSNP ID、 千人基因组变异频率、NHLBI-ESP 6500 个外显 子测序变异频率等 • Annovar注释结果示例
– 目前是验证DNA序列突变的金标准
• 全基因组或全外显子组的第二代测序(Nextgeneration sequencing, NGS)(Illumina: 30-150bp)
– 优点：是通量高，成本较低 – 缺点：需PCR易引入误差，容易在高GC和同聚物的区域 出现错误，无法对高重复区域和单倍体型或杂合子序 列等这些复杂区域进行测序
可在线使用的注释工具 SeattleSeq Annotation
• /SeattleSeqAnnotation137/
• 可接受多种输入格式，如Maq、GFF、CASAVA、VCF、 自定义格式、一行一基因型格式、GATK BED • 可根据NCBI 全基因注释、或CCDS（仅编码区）、 或NCBI和CCDS两者兼有 • 注释的结果内容较SnpEff丰富，但不及ANNOVAR全 面
人类基因外显子组的研究与分析
人类基因外显子组的研究与分析人类基因组是由近3亿个碱基对构成，其中包括约2万个基因。
然而，这些基因只占人类基因组的1.5%左右。
而剩下的98.5%则被称为非编码基因组。
这些非编码区域过去被认为是无用的“垃圾”DNA，但是越来越多的研究表明它们其实包含着很多重要的信息。
其中，基因外显子组是一个备受关注的研究领域。
一、基因外显子组的定义与特征基因外显子是指基因的编码区域，包括基因剪接后的外显子序列以及与其相关的三个非编码区域，即5'非翻译区（UTR）、3'UTR和内含子。
外显子编码了蛋白质的氨基酸序列，而UTR和内含子则对基因的调控和调节起到了重要的作用。
基因外显子的序列长度平均为1800个碱基，占到了人类基因组的约2%。
这些编码区域是遗传信息的主要表达部位，也是遗传变异的主要来源。
二、基因外显子组的研究进展随着高通量测序技术的不断发展，基因外显子组研究进展迅速。
2011年，人类基因外显子组计划（Human Exome Project）正式启动，旨在对人类基因外显子组进行全面的测序研究。
该项目对17,000个人进行了外显子组测序，共鉴定出了220,000个单核苷酸多态性（SNP）和13,000个小型插入/缺失（Indel）。
基因外显子组中的SNP和Indel是基因遗传变异的主要形式，它们的分布与基因本身的表达和功能密切相关。
因此，基于基因外显子组的遗传变异分析已成为人类遗传学、系统生物学和个性化医疗研究的重要手段。
同时，越来越多的研究表明，基于基因外显子组的突变检测也能够为肿瘤诊断和治疗提供重要的参考。
例如，在患有癌症的患者中，通过测序研究发现基因外显子组中的突变信息，可以帮助精准诊断肿瘤类型并定制最适合患者的治疗方案。
三、基因外显子组研究的挑战基因外显子组研究面临着数据分析和解读的巨大挑战。
首先，由于基因外显子组测序是高通量、高精度的技术，产生的数据量非常庞大，需要大量的计算资源和分析技术支持。
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医学外显子组测序检测遗传病拷贝数变异的初步探索张彦;孙樱桐;许艺明;丁红珂;张巍;尹爱华【摘要】[目的]评价医学外显子组高通量测序技术用于拷贝数变异(CNV)检测的可行性.[方法]两个不相关的遗传病家系案例,患者除了有智力障碍的类似症状外,无其他明显共同点.通过脆性X染色体综合征基因筛查、染色体G显带技术、染色体微阵列技术以及医学外显子组测序技术等对患者及其家属进行遗传学检测.[结果]在两个家系的患者中均发现染色体拷贝数变异,片段大小从11.4 kb到13.03 Mb不等.拷贝数变异得到了其他技术的验证.[结论]医学外显子组高通量测序技术用于拷贝数变异相关的遗传病临床辅助诊断是可行的,但其有效性和准确度有待进一步大量数据的评估和验证.【期刊名称】《中山大学学报（医学科学版）》【年(卷),期】2019(040)001【总页数】6页(P144-149)【关键词】高通量测序;医学外显子组;拷贝数变异;孟德尔遗传病【作者】张彦;孙樱桐;许艺明;丁红珂;张巍;尹爱华【作者单位】广东省妇幼保健院医学遗传中心,广东广州511442;广州嘉检医学检测有限公司,广东广州510300;广州嘉检医学检测有限公司,广东广州510300;广东省妇幼保健院医学遗传中心,广东广州511442;广州嘉检医学检测有限公司,广东广州510300;广东省妇幼保健院医学遗传中心,广东广州511442【正文语种】中文【中图分类】R446.9遗传病种类繁多，临床表现大多不特异，常规手段诊断困难，常常需要对整个基因组或基因组特定区域进行检测才能起到辅助诊断的作用。
染色体微阵列技术和高通量测序技术作为基因组检测技术的代表，对于遗传病的临床诊断具有重要价值［1-2］，但由于费用和检测周期等问题，临床病例急需一种相对单一的解决方案。
对于孟德尔遗传病，除了种类繁杂的单核苷酸变异（single nucleotide variation，SNV）相关的遗传病外，拷贝数变异（copy number variation，CNV）也与多种遗传病相关［3］。
高通量测序技术虽然针对不同种类的疾病有不同的检测方案，但大多是针对SNV的检测，对于CNV的检测，仍然有较多的争议，大多数的检测方案是依据全外显子组（whole exome）或特定基因包（panel）进行算法优化［4-5］。
虽然不同的算法在特定的病种或群体中显示出一定的有效性，但并未得到广泛认可。
医学外显子组（medical exome）测序，也叫临床外显子组（clinical exome）测序，是指针对目前已知的与遗传病相关的所有基因的编码区及其侧翼区进行捕获后测序［6］。
不同的检测机构依据的数据库版本有差异、采用的捕获策略不同，因此方案设计上会有部分区别，但对于大多数遗传病的检测，尤其是SNV的检测，设计上的差别基本上可以忽略。
然而对于CNV的检测，目前可获得的资料相对较少。
本单位从2015年开始应用医学外显子组测序进行遗传病基因诊断，逐渐建立了较为完善的CNV检测方法，已经在较多病例中得到不断验证。
本文仅以两个家系为例对医学外显子组测序在CNV相关的遗传病基因检测中的可行性进行分析。
1 材料与方法1.1 研究对象家系1（图1A）正常个体1-II-3于2017年8月来我中心咨询，自诉有智力低下家族史：2位哥哥（1-II-1和1-II-2）均为患者。
患者1-II-1（36岁）和1-II-2（34岁）表现为头型偏长（似长方形），智力轻度低下，语言能力差，运动能力正常。
患者1-II-2伴有单侧眼睑下垂，可识汉字，读书到小学5年级，期间成绩较差。
家系2（图1B）患者2-II-1，男，9岁，2016年8月来我中心咨询。
患儿出生时手指、脚趾偏长，指关节屈曲。
1岁时大脑CT提示脑发育异常（未见影像资料），智力评估低下，发育落后，并伴有房间隔缺损，三尖瓣反流（未见影像资料）。
父母带患儿来我中心咨询时身高126 cm，体质量19 kg，身型较瘦，呈特殊面容，眉毛粗短，左眼斜视，舌无法正常外伸，不会讲话，外耳廓呈半圆形，耳位偏低（图2）。
患者弟弟2-II-2正常，男，7岁。
1.2 方法1.2.1 样本采集经患者及家属知情同意，采集家系1、2患者和父母及部分正常个体外周血2 mL（EDTA-Na抗凝）。
取得家系1患者基因结果后，抽取个体1-II-3妻子腹中胎儿1-III-1脐血1 mL（孕26+周时）。
使用德国Qiagen公司生产的Qiamp DNA Blood Mini Kit提取试剂盒进行基因组DNA提取（操作步骤参照试剂盒说明书）。
1.2.2 脆性X综合征基因检测 FMR1基因CGG三碱基重复数检测，采用德国Roche公司生产的Expand Long Template PCR System试剂盒进行PCR扩增，反应条件：98 ℃ 10 min，循环数1；97 ℃ 35 s，64 ℃ 35 s，68 ℃ 4 min，循环数 10；97 ℃ 35 s，64 ℃ 35 s，68 ℃ 4 min（每个循环增加20 s），循环数25；68℃10 min。
后经毛细管电泳（ABI 3 500-XL测序仪）进行片段长度判断，最后计算CGG三碱基重复数。
图1 两个家庭的家系图Fig.1 Pedigree for the two families图2 病例2-Ⅱ-1部分表型Fig.2 Photos of patient 2-Ⅱ-11.2.3 染色体核型分析采用G显带技术对外周血进行常规核型分析（500～550条带）。
1.2.4 染色体微阵列分析（chromosome microarray analysis，CMA）使用美国Affymetrix公司生产的CytoScan 750 k芯片和扩增、杂交试剂盒进行CMA检测。
参照Infinium HD Assay标准操作流程进行操作，检测结果使用Chromosome Analysis Suite（Ch AS；version 2.1）软件进行分析。
结果判读参照DGV、ISCA、OMIM、DECIPHER等数据库。
1.2.5 医学外显子组测序取质检合格的1 μg基因组DNA于Q800R超声破碎仪中打断，电泳质检打断后DNA片段大小为500 bp以下，峰值在350 bp左右。
参照KAPA library Preparation kit Illumina platforms条件及方法进行文库构建：在DNA扩增酶的作用下进行末端修复，3’端加“A”，并在两端加上特定序列的接头，不同样本连接不同序列的barcode，经PCR对带有接头的文库扩增。
Qubit测定文库浓度，每例样本取300 ng进行混合。
往混合后样本中加入基于NimbleGen SeqCap技术的定制探针（Roche NimbleGen，Madison，Wis），杂交 24 h后，采用 Streptavidin Dynabeads进行目标区域捕获，并将捕获后产物进行纯化，PCR富集目标区域基因。
琼脂糖凝胶电泳测定文库大小，Qubit3.0及荧光定量PCR测定文库浓度。
将质检合格的文库稀释至上机测序浓度，使用Illumina Nextseq 500测序仪进行测序分析。
1.2.6 捕获区域CNV分析使用NextGene对测序原始数据进行转换，生成质控文件，对低质量的测序数据（样本编码序列平均覆盖度小于3×的数据）进行剔除。
然后，通过均一化计算，分析出单（多）个外显子的拷贝数变化，方法依据Feng 等［7］发表文献，简要如下：收集每个样本的单个外显子所有DNA单个碱基信号，得出单个外显子的平均覆盖深度，然后对比参考样本中特定外显子的覆盖深度，进而得到拷贝数变异数据。
理论上，正常水平标注为1，即正常；缺失一个拷贝标注为0.5，即杂合缺失；缺失2个拷贝标注为0，即纯合/半合缺失。
实际检测到的杂合缺失平均值为0.55±0.07。
参考序列版本号：GRCh37/hg19，根据美国医学遗传学学会（American college of medical genetics，ACMG）指南［8］，对 SNVs和 CNVs进行评估和致病性分类。
2 结果2.1 家系12.1.1 脆性X染色体综合征基因检测首先对患者1-II-2进行脆性X基因检测，结果为阴性（结果未显示）。
2.1.2 医学外显子组测序考虑家系正常个体1-II-3妻子当时已妊娠20周，为节省检测时间，征得家属同意后，行核心家系临床医学外显子组（约4 000个已知致病基因）的综合检测和分析（1-I-1、1-I-2、1-II-2）。
共检测50 585 个编码区，8 423 367 bp。
平均覆盖深度344×±218，大于10×覆盖区间占99.1%，大于20×覆盖区间占98.8%。
结果发现患者1-II-2 7q36.3区域有约3.14 Mb的杂合缺失片段（chr7：155 595 594-158 738 470；图3A），16p13.3区域有大约11.4 kb的杂合缺失片段（chr16：215997-227410；图3B），同时19p13.3区域有大约330.8 kb的重复片段（拷贝数为3）（chr19：589946-920748；图3C）。
其中7q36.3区域3.14 Mb片段的杂合缺失和19p13.3区域330.8 kb片段的重复未在父母中检测到，16p13.3区域11.4 kb片段的杂合缺失遗传自母亲。
图3 利用NGS覆盖深度进行综合CNV分析Fig.3 CNV analysis data after medical exome sequencing图4 家系2患者胞弟（2-II-2）外周血核型图Fig.4 Karyotype of 2-II-22.1.3 染色体微阵列分析为明确家系患者病因，根据高通量测序结果，对患者1-II-1、正常个体1-II-3及其妻子腹中胎儿1-III-1同时进行了CMA检测。
结果发现患者1-II-1存在7q36.2-q36.3区域约4.5 Mb的杂合缺失片段（chr7：154655991-159119707）合并19p13.3区域约841 kb的重复片段（chr19：260911-1102063）；正常个体1-II-3及其胎儿未检测到明确异常。
2.2 家系22.2.1 医学外显子组测序核心家系（2-I-1、2-I-2、2-II-1）进行临床医学外显子组（约4000个已知致病基因）综合检测和分析。
共检测50585个编码区，8423367 bp。
平均覆盖深度220×±127，大于10×覆盖区间占99.0%，大于20×覆盖区98.7%。