T细胞受体基因重排
t细胞淋巴瘤tcrγ基因重排特征的分析及检测方法优化
Ｔ细胞淋巴瘤ＴＣＲＴ基Ｎ重排特征分析及检测方法的优化摘要研究背景与目的淋巴瘤在组织和细胞形态学方面与高度反应增生性淋巴组织的鉴别诊断十分困难，容易造成误诊。
淋巴瘤病理诊断是临床病理工作的难题之一。
目前国内主要依靠以形态学为主、免疫组化为辅的诊断手段。
随着分子生物学的发展，从基因水平研究和分析诊断疾病的技术不断出现并且日趋成熟，为淋巴瘤诊断提供了有效工具。
淋巴瘤是由单克隆淋巴细胞增生所致，而反应增生性淋巴组织则来自于多克隆淋巴细胞，这是二者的重要区别。
编码免疫球蛋白（Ｉｇ）或Ｔ细胞受体（ＴＣＲ）的基因经过重排以后，不同克隆之间的重排基因互不相同，因此，基因重排对淋巴瘤的诊断具有特异性价值。
以ＰＣＲ技术为基础的方法以其简便、高效、廉价及适用面广而在淋巴瘤基因重排研究方面越来越受重视。
但不同研究文献中所采用的引物、ＰＣＲ条件、ＰＣＲ产物检测方法等都不尽相同，结果也有差异。
因此，难以找到适于常规临床病理诊断之用的标准程序。
Ｊｕｒｋａｔ细胞是Ｔ细胞淋巴瘤基因重排研究中常用的阳性对照细胞，但有关Ｊｕｒｋａｔ细胞基因重排的详细情况也未见报道。
假基因是Ｉｇ和ＴＣＲ胚系ＤＮＡ中常见的基因，有关假基因参与重排的情况以及在设计引物方面是否应将假基因包括在内也未见有关研究报道。
本实验以ＴＣＲ基因重排为研究对象，通过优化引物选择、ＰＣＲ条件及ＰＣＲ产物的检测方法等，分析Ｔ细胞淋巴瘤基因重排检测的最佳方法。
同时，分析ＴＣＲ基因重排的特点，为进一步研究ＴＣＲ基因重排提供理论和技术支持。
方法１以ＴＣＲｙ基因重排为研究对象，选用通用引物ＴＶＧ、ＶｖＩ及ＴＣＲ７家族特异性引物为工具。
用正交设计实验优化ⅥＩ引物的ＰＣＲ条件。
另选一对ＴＣＲ［ｊ通用引物作为ＴＣＲｙ引物的补充和比较。
２利用ＰＣＲ和测序研究Ｊｕｒｋａｔ细胞基因重排情况，分析ＴＣＲ基因重排的基本特点。
３ＰＣＲ产物检测方法①利用ＴＣＲ通用引物检测淋巴瘤克隆性基因重排阳性率，分别用琼脂糖电泳和ＳＳＣＰ分析ＰＣＲ产物；②将ＰＣＲ产物分别进行直接测序和克隆后测序，分析ＴＣＲ基因重排的特点及探索测序方法在基因重排检测中的应用；⑧分析ＰＣＲ产物中ＤＮＡ的克隆数与ＳＳＣＰ中条带数目的关系。
分子生物学考试名词解释与考点(精要)
一，名词解释1.（Northern blot）Northern印迹杂交。
这是一种将RNA从琼脂糖凝胶中转印到硝酸纤维素膜上的方法。
Northern 印迹杂交的RNA吸印与Southern印迹杂交的DNA吸印方法类似，RNA印迹技术正好与DNA相对应，故被称为Northern印迹杂交。
（Southern blot）Southern印迹杂交是一种常用的DNA定量的分子生物学方法。
一般利用琼脂糖凝胶电泳分离经限制性内切酶消化的DNA片段，将胶上的DNA变性并在原位将单链DNA片段转移至尼龙膜或其他固相支持物上，经干烤或者紫外线照射固定，再与相对应结构的标记探针进行杂交，用放射自显影或酶反应显色，从而检测特定DNA分子的含量。
2.（cis-acting element）顺式作用元件。
存在于基因旁侧序列中能影响基因表达的序列，它们的作用是参与基因表达的调控，本身不编码任何蛋白质, 仅仅提供一个作用位点, 要与反式作用因子相互作用而起作用。
(trans-acting factor)反式作用因子。
是指能直接或间接地识别或结合在各类顺式作用元件核心序列上参与调控靶基因转录效率的蛋白质。
3. (VNTR )可变数目串联重复多态性。
可变数目串联重复序列是重复单位为9~24bp，重复次数变化大，呈高度多态性的DNA序列，又称小卫星DNA，拷贝数10~1000不等。
（STR）短串联重复序列。
又称微卫星DNA，是一类简单的寡核苷酸串联重复序列，其重复单位为2~6bp，重复次数10~60次左右，其长度通常小于150bp，分布在所有染色体中。
4.（viral oncogene）病毒癌基因。
病毒（大多是逆转录病毒）具有的一种可以使宿主细胞发生癌变的基因。
源自细胞中的正常基因。
(cell-oncogene)细胞癌基因。
存在于正常的细胞基因组中，与病毒癌基因有同源序列，具有促进正常细胞生长、增殖、分化和发育等生理功能。
在正常细胞内未激活的细胞癌基因叫原癌基因，当其受到某些条件激活时，结构和表达发生异常，能使细胞发生恶性转化。
基因重排名词解释
基因重排名词解释
基因重排（Gene Rearrangement）是指在某些生物体的基因组中，由于基因片段的移动、插入、删除或倒位等现象，导致基因在DNA分子上的排列顺序发生改变。
基因重排是基因组进化中的一个重要机制，可以增加基因组的多样性和复杂度，同时也可能对生物体的适应性和健康产生影响。
下面是一些与基因重排相关的名词解释：
1. 基因片段（Gene Segment）：指编码蛋白质的DNA序列中的一段区域，通常具有特定的功能和序列特征。
2. 重组酶（Recombinase）：一类催化基因重排的酶，能够切割DNA链并促使基因片段的互相重组。
3. V(D)J重排（V(D)J Rearrangement）：在脊椎动物免疫系统中，负责生成抗体和T细胞受体的基因由不同的V、D和J基因片段
组成，通过V(D)J重排来产生不同的抗原识别结构，以应对不同的病原体。
4. 染色体易位（Chromosome Translocation）：指两个染色体之间的基因重排，通常发生在染色体的两端或中间，可能影响基因的表达和功能。
5. 基因分化（Gene Divergence）：由于基因重排等机制，在不
同物种或个体之间，基因片段序列和组合会发生变化，导致基因的结构和功能差异增加，称为基因分化。
T细胞性淋巴瘤诊断中TCR基因重排检测的应用
T细胞性淋巴瘤诊断中TCR基因重排检测的应用潘鑫艳;杨长绍;黎贵芸;杨举伦;王丽【摘要】目的：探讨T细胞受体( T cell receptors, TCR)基因重排检测对T细胞性淋巴瘤诊断的价值。
方法收集T细胞性淋巴瘤30例和淋巴反应性增生组织30例,提取DNA,应用BIOMED-2引物系统中的56条引物进行PCR扩增,核酸分子异源双链凝胶电泳分析结果。
结果30例T细胞性淋巴瘤标本中TCRβ、TCRγ、TCRδ的检出率分别为83．3%(25/30)、93．3%(28/30)、13．3%(4/30),三者联合检测的检出率为96．7%(29/30),30例淋巴反应性增生组织中均未检测出TCR 基因重排。
结论利用BIOMED-2引物系统检测TCR 基因重排可作为T细胞性淋巴瘤的辅助诊断工具。
%Purpose To discuss the TCR gene rearrangements in the diagnosis of T-cell lymphomas. Methods Formalin-fixed and paraffin-embedded samples including 30 cases of T-cell lymphomas and 30 cases of reactive lymphoid hyperplasia were chosen for ex-tracting genomic DNA and PCR amplification using 56 BIOMED-2 primers. PCR products were analyzed by heteroduplex and polyacryl-amide gel electrophoresis. Results In all 30 cases of T-cell lymphomas, 25 cases (83. 3%) showed TCRβ gene monoclonal rear-ran gements, 28 cases (93. 3%) of TCRγ gene monoclonal rearrangements, 4 cases (13. 3%) of TCRδ gene monoclonal rearrange-ments. 29 cases (96. 7%) with TCRβ+TCRγ+TCRδ gene monoclonal rearrangements were detected. but no clonal TCR gene rear-rangements were found in 30 cases of reactive lymphoid hyperplasia. Conclusions The detection of TCR gene rearrangements using BIOMED-2 primers is a useful assistant method for the diagnosis of T-cell lymphomas.【期刊名称】《临床与实验病理学杂志》【年(卷),期】2015(000)004【总页数】4页(P400-403)【关键词】T细胞性淋巴瘤;基因重排;BIOMED-2;TCR基因【作者】潘鑫艳;杨长绍;黎贵芸;杨举伦;王丽【作者单位】成都军区昆明总医院病理科，昆明 650032;成都军区昆明总医院病理科，昆明 650032;成都军区昆明总医院病理科，昆明 650032;成都军区昆明总医院病理科，昆明 650032;成都军区昆明总医院病理科，昆明 650032【正文语种】中文【中图分类】R733.4非霍奇金淋巴瘤(non-Hodgkin lymphoma，NHL)包括B细胞性淋巴瘤(B-cell lymphoma)和T细胞性淋巴瘤(T-cell lymphoma)，因T细胞性淋巴瘤种类繁多，分类复杂，病理诊断较难。
淋巴瘤的分子生物学诊断知识点
淋巴瘤的分子生物学诊断知识点淋巴瘤是一种以淋巴细胞增生异常为特征的恶性肿瘤，包括多种亚型，具有不同的生物学特征和临床表现。
分子生物学诊断技术在淋巴瘤的分类、预后评估和治疗选择等方面起到了重要的作用。
本文将介绍淋巴瘤分子生物学诊断的一些重要知识点。
一、免疫组织化学检测（IHC）免疫组织化学检测通过检测肿瘤细胞表面或细胞内的特定分子标志物，帮助确定淋巴瘤的亚型和对应的治疗策略。
例如，CD20和CD79a是B细胞标志物，CD3是T细胞标志物，CD30是霍奇金淋巴瘤的标志物等。
免疫组织化学检测可以通过染色的强度和分布情况来判断特定标志物的阳性率，并结合其他临床和病理学特征进行综合分析。
二、基因重排检测淋巴瘤的发生和发展与基因重排异常密切相关。
通过检测重排的免疫球蛋白（Ig）和T细胞受体（TCR）基因，可以帮助确定淋巴瘤的亚型和起源。
例如，典型的霍奇金淋巴瘤患者常存在免疫球蛋白基因的重排。
PCR和Southern blot是常用的基因重排检测方法，可以通过扩增和分析特定基因区域的DNA序列来判断重排情况。
三、染色体异常检测淋巴瘤中常伴随着染色体异常，如染色体重排、整倍体性改变和部分染色体缺失等。
通过检测染色体异常，可以帮助确定淋巴瘤的亚型、预后风险和治疗选择。
常用的染色体异常检测方法包括常规染色体核型分析、荧光原位杂交（FISH）和比较基因组杂交（CGH）等。
FISH 可以通过探针标记的染色体特定区域来检测染色体重排和缺失。
而CGH则可以全基因组范围内分析基因拷贝数变异。
四、新一代测序技术随着新一代测序技术的发展，淋巴瘤分子生物学诊断也得到了进一步的提升。
新一代测序技术可以高效地获得淋巴瘤患者的全基因组、外显子组、转录组和甲基化组等信息。
这些信息可以帮助识别新的突变驱动基因和疾病相关的生物学过程，为个体化治疗提供重要依据。
总结：以上介绍了淋巴瘤分子生物学诊断的一些重要知识点，包括免疫组织化学检测、基因重排检测、染色体异常检测和新一代测序技术。
基因重排和突变对细胞凋亡的影响
基因重排和突变对细胞凋亡的影响细胞凋亡是生物体内维持正常生理功能的主要方式之一，在人体的许多生理和病理过程中都扮演着重要的角色。
基因重排和突变是细胞凋亡发生的两个主要原因，它们对细胞凋亡的影响如何，是近年来生物学研究中的热点问题之一。
基因重排是指基因组中发生重排，使某个基因的片段与另一个不同的基因的片段拼接在一起，形成新的基因，这种现象在人类淋巴细胞中特别常见。
研究表明，基因重排可以促进细胞凋亡的发生。
由于基因重排的不可逆性和多样性，一些与肿瘤抑制基因或调控凋亡相关的基因发生重排后，往往会失去正常的功能，有可能导致肿瘤的发生。
但是在某些情况下，基因重排也会促进细胞的正常发育，例如对免疫细胞发育中B细胞产生的抗体和T细胞产生的受体的产生起到了重要的促进作用。
突变是指基因组中某一位置的DNA序列发生改变，可能是碱基替换、插入或缺失。
突变可以影响蛋白质的编码，改变蛋白的结构和功能，从而引发细胞凋亡。
最近的研究表明，一些突变会导致从细胞周期的G1期到S期转变时通常发生的误差引起DNA损伤和细胞凋亡。
这可能解释了为什么许多癌症患者的细胞中会有这类突变。
研究表明，突变也可以直接通过影响凋亡相关基因的表达来影响细胞凋亡。
例如，压抑性基因p53是控制凋亡、DNA修复和细胞周期进程的重要基因，常常受到突变的影响。
p53精细的调控网络可以使细胞在面临外部或内部的应激情况下进入凋亡，从而防止肿瘤的发生。
总体上来说，基因重排和突变是细胞凋亡发生的两个主要原因，它们通过改变基因组的DNA序列和蛋白质的结构和功能，影响细胞凋亡的发生和效率。
但是，在我们理解不同种类的基因重排和突变导致的细胞凋亡的过程中，还有许多需要研究探索的空间。
皮肤T细胞淋巴瘤皮损和外周血T细胞受体γ基因重排的研究
溶液以 Ｔ Ｅ缓 冲液 １ ５ ： ０稀 释混 匀 后 ， 紫 外 分 在 光光 度计 （ 国 Ｓ ｅｔ ｎ ｉ Ｇ ｎ Ｓｓ 产 品 ， ） 美 ｐｃｒ ｎ ｅ ｅ ｙＴ ｏ ｃ Ｍ ２型
下测 定 Ｄ Ａ溶 液在 ２ ０ ｎ Ｎ ６ ｍ和 ２ ０ ｎ 的光 密度 ８ ｍ
组织 化学诊 断证实 的 Ｉ 期 ＭＦ患者 ｌ Ｉ ４例 ， 周抗 外 凝血标 本及皮 损标本各 １ 。可疑 ＭＦ患者 （ ４份 最 后发展 为 Ｍ ） １ 。非 ＭＦ患者 ： 疹 ８例 ； Ｆ ：７例 湿 神
健康人血作为对照。结果 ： Ｆ患者皮损 Ｔ Ｒ一 基因重排总 阳性率 为 ７ ． ％ ． Ｍ Ｃ ８６ 夕 周血 总阳性 率为 ３ ．％ ； ５ ７ ＭＦ 患者皮损和血液中有 ３例患者同时出现 Ｔ Ｒ一 基因重排 ， Ｃ ２例在皮损 中无基因重排 的情况下血 液单独 出现 Ｔ Ｒ一 Ｃ 基 因重排。可疑 ＭＦ皮损总阳性率为 ４ ． ％ ， １２ 血液总 阳性率为 １ ．％ 。神经性皮炎 、 ７６ 湿疹 、 巴瘤样丘 淋 疹病 、 红皮病患者皮损 和外周血及正常皮损和健康人血中无 Ｔ Ｒ— 基 因重 排。结论 ： Ｃ 皮损 Ｔ Ｒ一 Ｃ 基 因重排 可作为辅助诊 断的手段之一 ， 血液中的 Ｔ Ｒ一ｙ Ｃ －基因重排 与 ＭＦ疾病进展关系有待于进一步研究 。
（ ． ５ ｒ 一硼 酸 ，． ｌＭ Ｅ Ｔ 、 ｒ 饱 和 酚 ０ ４ Ｍ Ｔｉ ｓ ０ Ｏ Ｄ Ａ） Ｔ ｉ ｓ
的临床 、 组织病 理和免疫 表 型的额外诊 断标准 ， 且
可 以用 于 ＭＦ的鉴别 诊断 ¨ 。虽 然 Ｂ ｎ ｊＶ ｅ Ｊ ｕ ｎ 、 ｅ｝ 一
（ａ ａ ａ产 品 ） ＾ ＴＫ Ｒ 、ｙ—Ｔｑ Ｄ Ａ 聚 合 酶 （ 京 ａ Ｎ 北
医学免疫学 抗原识别受体的基因重排及受体多样性的产生
多样性机制之三：基因片段结合处的变化
基因重排和轻重链随机组合理论上仅能 产生1.9x106个不同抗原特异性的抗体， 远远低于实际抗体数。基因片段在结合处 的变化大大增加了多样性。
多样性机制之四： 体细胞高突变（Somatic Hypermutation, SHM)
对抗体可变区的序列分析
抗体的亲和力成熟 (affinity maturation)
IFNg诱导组成性表达的蛋白酶体成免疫蛋白酶体 （immunoproteosome）
b1￫b1i (LMP2) b5￫b5i (LMP7) b2￫b2i (MECL-1) PA28a PA28b
免疫蛋白酶体更能将蛋白降解成抗原肽
免疫蛋白酶体将蛋白降 解成正确的C末端肽，它 们再被一些酶降解成可 提呈的肽
Aaron Ciechanover
Avram Hershko Irwin Rose
细胞用泛素(ubiquitin)/蛋白酶体(proteasome) 系统降解蛋白质
泛素是76个氨基酸组成的多肽，负责给要降 解的蛋白加上标签。
泛素加标签的步骤：
1、泛素末端羧基通过硫酯 键与泛素活化酶（E1)结合。
1. 单链DNA上的胞苷在 AID的作用下转变为尿苷， dC:dG形成 dU:dG错配
2. uracil-N-glycosylase （UNG)除去dU
3. APE1（脱嘌呤/脱嘧啶 核酸内切酶1）使DNA的一 条链形成缺口
4. Mismatch repair (MMR) 蛋白识别G-U错配碱基或 G-缺失碱基
三、TCR的基因结构和多样性的产生
BCR和TCR都是识别抗原，那么TCR的 基因结构和多样性的产生究竟是否和 BCR相似呢？
（1）TCR和BCR的相似之处