NCBI序列比对方法与实例操作
预测：马铃薯 单酰基甘 油脂酶 ABHD-6相似 mRNA
ZB04091969(MALINGSHU)-A69-M13+_E09
番茄ch03染色体全基因组
相似序列一：番茄ch07染色体全基因组
相似序列二：潘那丽番茄ch07染色体全基因组
序列编号
对比空白
匹配序列长度
匹配 范围
输入序列被随机搜索出来 的概率，该值越小越好
相似序列，即输入序列 和搜索到序列的匹配率
分数越高，则同源性越好
空白
询问序列和数据库 里面序列的互补链 匹配
ZB04091969(MALINGSHU)-A68-M13+_D09
点击 进入
点击此处进入核酸序列比对
将FASTA格式的序列输入 这里
此处可自动识别比对序 列名称
点击此处进入序列比对
பைடு நூலகம்
已知序列编号 数据库名称 比对序列长度 所查询分子类型
序列相似性比对图谱
序列长度
不同颜 具有的 例如， 核酸序 是相同
序列相似性比对结果
类似性 积分
相似度
数据库相似序列名称 数据库 标识 E值为匹配期望 值。说明可以找 到与搜索序列相 匹配的其它序列 的几率。E值越 接近零，越不可 能找到其它的匹 配序列，其背后 的含义就是E值 越少，匹配度越 好
序列比对(双序列比对)
二：实验内容及操作步骤
1. 进入
/blast/bl 2seq/wblast2.cgi
2. 下载核酸或蛋白质序列分别放在 sequence1和sequence2中 3. 核酸使用blastn程序，蛋白使用blastp程序 4. 设置不同罚分值进行比对，比较结果 5. 自己选取 个序列来比对。 自己选取2个序列来比对 个序列来比对。
三：作业
1. 将以前作业中的基因的DNA序列和cDNA序 列下载下来，并运用BLAST2进行比对，根 据比对结果将该基因结构示意图画出来。
三：作业
2. 如果你获得了以下一段序列，请你说明这段序列是 DNA还是cDNA？是何物种的？列出其完整的DNA、 cDNA和蛋白质序列并绘出该基因的结构示意图 。如 果有功能请列出其功能并标出功能域。
二：实验内容及操作步骤
1. 进入
/blast/bl 2seq/wblast2.cgi
2. 下载核酸或蛋白质序列分别放在 sequence1和sequence2中 3. 核酸使用blastn程序，蛋白使用blastp程序 4. 设置不同罚分值进行比对，比较结果
运用：
请查询（或搜索）Os11g37990的 请查询（或搜索） 的 DNA、mRNA(cDNA)和蛋白质序列。 、 和蛋白质序列。 和蛋白质序列
实验三：
双序列比对
一、实验目的
了解使用NCBI上的BLAST工具进行双 序列比对。
二：实验内容及操作步骤
比对两条序列，分析其结果 设置不同的参数进行比对，比较参数所造成 的结果差异
cgcggttccg acggcgggga gggggcgagg tggggccgtg gcggcgagcc caccgacgga ggaggcggtg cagatgacgg agccgctcac caaggaggac ctcgtggcct acctcgtctc cgggtgcaag cccaaggaga actggagaat tggcacagaa catgagaagt tcggttttga agttgataca ttgcgtccta taaagtacga tcagatccgt gacatcctga atggacttgc tgagaggttt gattgggaca agatagttga agaaaataac gttatcggtc tcaagcaggg aaaacaaagc atttcactag aacctggcgg tcagtttgaa cttagtggtg ctcctcttga
ncbi序列比对步骤
ncbi序列比对步骤嘿，朋友们！今天咱就来聊聊 ncbi 序列比对那档子事儿。
你知道不，这 ncbi 序列比对就像是给基因们来一场相亲大会！咱得让它们找到最合适的那个“伴儿”。
首先呢，咱得把咱手头的序列准备好，就像给基因们打扮得漂漂亮亮的，准备去见心仪的对象。
这可不能马虎，得仔细着呢！然后呢，就到了关键的一步，打开 ncbi 的大门，就像走进了一个神奇的基因世界。
在那里面，各种序列都在等着和咱的宝贝序列来个亲密接触。
接着，按照指示一步步操作，选择合适的比对工具，这就好比给基因们选一个最合适的约会场所。
这可不能瞎选，得选个能让它们尽情展示自己的地方。
在比对的过程中，你就想象基因们在那里面欢快地交流、互动，看看谁和谁最合拍。
有时候啊，可能会出现一些不太理想的结果，就好像相亲的时候遇到了不太对眼的，但别灰心，咱继续找呀！等啊等，终于等到比对结果出来了。
这时候可得瞪大眼睛好好瞅瞅，看看哪些基因是真正的“天作之合”。
这感觉，就像是看到了自己的基因宝贝找到了真爱一样开心。
要是结果不太满意，咱也别着急上火，再重新来一遍呗，就当是给基因们多几次相亲的机会。
哎呀，这 ncbi 序列比对啊，真的是既有趣又充满挑战。
就像我们在生活中寻找自己的位置一样，需要耐心和细心。
咱可不能小瞧了这每一个步骤，一个不小心可能就错过了最佳的比对结果。
所以啊，每一步都得认真对待，就像对待生活中的每一个选择一样。
总之呢，ncbi 序列比对就是一场基因的奇妙之旅，让我们一起在这个神奇的世界里探索吧，说不定会有很多意想不到的惊喜等着我们呢！你说是不是？。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。
先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。
与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。
此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。
下面是具体操作方法1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。
不同的blast程序上面已经有了介绍。
这里以常用的核酸库作为例子。
2，粘贴fasta格式的序列。
选择一个要比对的数据库。
关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。
一般的话参数默认。
3，blast参数的设置。
注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。
筛选的标准。
最后会说明一下。
4，注意一下你输入的序列长度。
注意一下比对的数据库的说明。
5，blast结果的图形显示。
没啥好说的。
6，blast结果的描述区域。
NCBI-Blast 比对方法
BLAST比对
每个设计网站blast使用的底层数据库有差别（NCBI数据一直在更新，不同时段有不同的数据版本，网站blast数据库不一定实时更新），导致blast结果不一。
因此在设计时我们舍弃网站本身blast选项，直接以NBCI-blast比对靶点。
打开BLAST网站：
填入核酸序列，选择比对数据库点击“blast”。
人、小鼠有快速选项，若为其他物种，则点击“others”，“nr/nt”默认，物种输入指定的即可，下方给出三大物种指令：
Norway rat (taxid:10116)；house mouse (taxid:10090) ；Homo sapiens (taxid:9606)
结果界面，Max Score列数值除以2表示匹配的碱基数；完全匹配的全部都是TP53基因的15个转录本，所以，靶点位于同源区；其次，非完全靶向的Max Score最大值为30.2，也就是跟基因SIPA1L2实际结合15个碱基，错配四个，符合特异性原则，该靶点blast结果OK。
以上即靶点设计及比对的流程，该方法同样适合非编码RNA，选择多个网站设计的共有靶点以及设计2~3个靶点进行验证，更加有利于筛选出有效靶点。
实验六序列相似性的比对和搜索
实验六序列相似性的比对和搜索一、实验目的1．能够熟练使用NCBI网站的BLAST系列工具，通过NCBI中的BLAST功能，对所提供的基因组序列或蛋白质序列进行相似性比对，找到在GenBank中与之相似的序列，推测所比对序列的功能。
2．能够熟练掌握用Clustalx软件进行双序列和多序列比对。
3．学会使用EMBL上的Clustalw工具进行比对。
二、实验内容及操作步骤（一）BLAST的使用1．Blastn：进入NCBI主页下载关于AY125911、AF513548、AF525146、AF492473、AY497910、AY497911等核酸序列或其它你感兴趣的核酸序列（Fasta格式）。
1)进入/BLAST/；2)选择Nucleotide→Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)进行核酸相似性数据库搜索；3)在search对话框中粘贴入下载的相关核酸序列(Fasta格式)；4)调整各参数值，直到获得最佳比对；5)点击进行比对；6)点击Format!对结果进行格式化，可在下面的选项中自行设计结果的显示方式；7)查看比对结果，看在数据库中找到的序列与你的序列是否相似或相同。
2．Blastp：进入NCBI主页下载某一蛋白质序列(Fasta格式)，如cytochrome oxidase, peroxidase, SOD (Superoxide Dimutase)。
1)选择Protein→Protein-protein BLAST (blastp)进行蛋白质相似性数据库搜索；2)在search对话框中粘贴入下载的蛋白质序列(Fasta格式)；3)调整各参数值，直到获得最佳比对；4)点击进行比对；5)点击Format!对结果进行格式化，可自行设计结果的显示方式；6)查看比对结果，看在数据库中找到的序列与你的序列是否相似或相同。
3．Bl2seq：进入NCBI主页下载某两条核酸或蛋白质序列(Fasta格式)1)进入/BLAST/；2)点击Special目录下的Align two sequences (bl2seq)；3)将两条序列分别输入Sequence 1和Sequence 1区域；4)点Align进行比对；5)根据结果查看bl2seq是否允许插入空位。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解NCBI在线BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种广泛使用的生物信息学工具，用于比对和分析DNA、RNA或蛋白质序列。
它可以对已知和未知序列进行，找到与查询序列相似的序列，并提供有关相似性和功能的信息。
使用NCBI在线BLAST可以分为四个主要步骤：选择BLAST程序，输入查询序列，选择目标数据库，解析和分析结果。
第一步：选择BLAST程序NCBI提供了多种BLAST程序可供选择，包括BLASTN（DNA对DNA的比对）、BLASTP（蛋白质对蛋白质的比对）、BLASTX（DNA对蛋白质的比对）等。
根据实际需求选择相应的BLAST程序。
第二步：输入查询序列在查询序列的文本框中输入待比对的序列。
可以输入单个序列，也可以上传包含多个序列的文件。
如果输入的序列是DNA或RNA序列，需要选择相应的序列类型。
此外，还可以选择是否使用掩码序列或低复杂性筛选来优化比对结果。
第三步：选择目标数据库用户可以选择目标数据库来与查询序列相似的序列。
NCBI提供了多个常用的数据库，如nr（非冗余蛋白质数据库）、nt（核酸数据库）等。
此外，还可以选择特定的物种数据库来限制比对范围。
第四步：解析和分析结果在BLAST运行完成后，会生成一个结果页面，其中包含了比对结果的详细信息。
结果页面包括比对统计信息、序列比对图、E值、分数等。
通过分析这些信息，可以了解查询序列与目标数据库中的序列之间的相似性和可能的功能。
此外，NCBI在线BLAST还提供了一些高级选项，例如使用特定的算法或参数来进行比对、设置比对阈值、选择比对输出格式等。
这些选项可以根据实际需求进行调整。
总结起来，使用NCBI在线BLAST可以通过选择BLAST程序、输入查询序列、选择目标数据库以及解析和分析结果来比对和分析序列。
通过权衡算法和参数选择，在特定数据库中找到与查询序列相似的序列，从而获得有关其相似性和功能的信息。
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、...最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。
先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。
与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。
此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。
下面是具体操作方法1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。
不同的blast程序上面已经有了介绍。
这里以常用的核酸库作为例子。
2，粘贴fasta格式的序列。
选择一个要比对的数据库。
关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。
一般的话参数默认。
3，blast参数的设置。
注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。
筛选的标准。
最后会说明一下。
4，注意一下你输入的序列长度。
注意一下比对的数据库的说明。
5，blast结果的图形显示。
没啥好说的。
6，blast结果的描述区域。
NCBIBLAST比对结果详细分析
NCBI BLAST比对结果详细分析
NCBI Blast结果-菜单与基本信息 1.下一步操作的菜单，你可以调整参数，重新比对、保存你的搜索条件以便下次比对、调整报告显示的参数，
以更符合你的要求、下载你比对的结果; 2.此次比对的标题，优先是你填写的，如果没有填写可能是你输入fasta序列头(大于号后面的)，如果这个也没 有找到，NCBI 会自动生成一个; 3.你输入序列的信息，包括标识号、描述信息、类型、长度; 4.数据库的信息以及你选择的Blast程序; 5.查看其他报告，比如摘要、分类、距离树、结构、多重比对等。 Graphic Summary
Alignments 比对详细信息
1.比对上的序列信息;
2.比对的各种得分，这里不做一一说明，这里我最关注的是Identities，比对上(一致)的数字、一共有多少个，比 对上所占的比例。
3.具体的比对序列显示，一目了然，知道了哪些序列比对上了，哪些序列是不一样的，这里也要注意序列的位 置关系;
5.复选框，可以选择感兴趣的比对序列，在⑥处进行相应的操作;
BLAST地址： blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome 比对用的例子：
>gi|16758036|ref|NP_445782.1| ribosomal protein L21 [Rattus norvegicus] MTNTKGKRRGTRYMFSRPFRKHGVVPLATYMRIYKKGDIVDIKGMGTVQKGMPHKCYHGKTGRVYNVTQH AVGIIVNKQVKGKILAKRINVRIEHIKHSKSRDSFLKRVKENDQKKKEAKEKGTWVQLNGQPAPPREAHF VRTNGKEPELLEPIPYEFMA 数据选择：nr 比对时间：2009年9月9日12:46:23 解读报告前需要掌握的概念