PubMed
PubMed检索

一、PubMed简介
内容涵盖基础医学、临床医学、护理学、 口腔医学、兽医学、营养卫生、卫生保健 系统、药理和药剂学、卫生管理、医学信 息学等领域,目前网上免费检索MEDLINE数 据库的网站有30多个,PubMed是其中使用 频率最高、影响力最大、最具权威性的医 学网站。
一、PubMed简介
1.进入 主题词 数据库
2.输入FK506 并进行检索
3.点击主题词
主题词轮排表
主题词细节屏 (上)
词义注释
历史注释
可 组 配 的 副 主 题 词 不扩展检索
加权检索
主题词细节屏 (下)
入口词(同义词)
曾用词
药理作用:免疫抑制剂
树状结构
4.选择副 主题词
5.添加至检索生成 器,选择逻辑组 配模式(此例应 为AND),再点 击检索PubMed
三、检索结果处理
1.检索结果显示(可以查看MeSH字段) 2.检索结果保存 3.检索结果进一步限定 4.检索策略显示(PubMed自动采取的策略) 5.获取全文
1.检索结果的显示
记录显 示格式
每页显示 记录数
排序方式
纯文本方式 显示记录
例1
这条记录包括几个什么字段?
Expression of pro- and anti-inflammatory cytokines in relation to apoptotic genes in Egyptian liver disease patients associated with HCV-genotype-4. Zekri AR, Bahnassy AA, Abdel-Wahab SA, Khafagy MM, Loutfy SA, Radwan H, Shaarawy SM. J Gastroenterol Hepatol. 2008 Nov 27. [Epub ahead of print] PMID: 19054267 [PubMed - as supplied by publisher] Related Articles
pubmed文献检索方法

pubmed文献检索方法摘要:一、PubMed简介二、文献检索方法1.基本检索2.高级检索3.检索策略三、检索实例四、检索技巧1.关键词选择2.运用布尔操作符3.限制检索范围五、文献管理与分析工具六、总结与建议正文:一、PubMed简介PubMed是由美国国立卫生研究院(NIH)开发和维护的一个免费生物医学文献数据库,包含了大量的生物医学、生命科学、化学等领域的研究文献。
它为广大科研工作者、医生和药师等提供了便捷的文献查询途径。
二、文献检索方法1.基本检索在PubMed首页,可以通过输入关键词或输入文献的题名、作者、出版年份等进行基本检索。
基本检索的结果会按照相关性排序。
2.高级检索点击检索框下方的“高级检索”按钮,可以进入高级检索界面。
高级检索允许用户对检索词、检索范围、文献类型等进行更详细的设定,从而提高检索的准确性。
3.检索策略在检索过程中,可以采用一些策略提高检索效果。
例如,使用截词符(*)进行词干检索,或将关键词用引号括起来进行精确检索。
三、检索实例以下是的一个检索实例:假设我们想查找关于“新冠病毒”(SARS-CoV-2)的研究文献,可以在检索框中输入“SARS-CoV-2”或“新冠病毒”,然后点击检索按钮。
检索结果会包括与新冠病毒相关的文章,如病毒基因序列、疫苗研究、治疗方法等。
四、检索技巧1.关键词选择选择合适的关键词是提高检索效果的关键。
可以通过查阅相关领域的专业词典、综述文章等,了解研究领域的主要术语和概念。
2.运用布尔操作符布尔操作符(AND、OR、NOT)在检索过程中起到筛选和组合检索词的作用。
例如,输入“新冠病毒AND 疫苗”,可以检索到同时涉及新冠病毒和疫苗的文章。
3.限制检索范围在检索过程中,可以通过设置文献类型、发表年份、语言等限制条件,缩小检索范围,提高检索的针对性。
五、文献管理与分析工具PubMed提供了多种文献管理与分析工具,如引文导出、文献收藏、文献标签等。
PubMed检索

发展历程
NLM早在1879年即开始编译医学文献的检索刊物 《医学索引》(Index Medicus ,IM)
从1964年起,采用计算机进行电子编辑和排版,在此 基础上开发了“医学文献分析与检索系统”(Medical Literature Analysis & Retrieval System),即著名 的MEDLARS系统
MeSH转换表 Vitamin h→ "biotin"[MeSH Terms] OR "biotin"[All Fields] OR "vitamin h"[All Fields]
期刊转换表 new england journal of medicine → "N Engl J Med"[Journal] OR "new england journal of medicine"[All Fields]
临床查询(Clinical Queries)
Clinical Study Categories(临床研究类文献) Systematic Reviews(系统评价) Medical Genetics(医学遗传学)
MeSH: Clinical Queries
结果限定选项
直接以systematic review、Cochrane、meta-analysis、 Randomized Controlled Trial等为关键词进行检索
PubMed每条记录均有惟一的识别号 PMID(PubMed Unique Identifier) 。
❖ MEDLINE: PubMed主体部分,记录均标有 [PubMed-indexed for MEDLINE]
关于pubmed的字段的描述 -回复

关于pubmed的字段的描述-回复1. 什么是PubMed?PubMed是美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)开发的一个生物医学文献数据库,旨在为医学研究人员和医疗保健专业人士提供全球范围内最新的生物医学科学文献。
PubMed免费开放,并且包含了各种医学领域的学术期刊、书籍章节、会议论文和硕博士论文等。
2. PubMed的主要字段有哪些?在PubMed中,每篇文章都有一些特定的字段,用于描述和组织文献信息。
以下是PubMed的主要字段:- Title(标题):文章的标题,通常概括了研究的主题。
- Authors(作者):文章的作者或作者团队的姓名。
- Affiliation(机构):作者所属的机构或组织。
- Abstract(摘要):文章的摘要,用于简要描述研究目的、方法、结果和结论。
- Keywords(关键词):反映文章主题的关键词或术语。
- Journal(期刊):文章所发表的期刊名称。
- Year(年份):文章的发表年份。
- Volume(卷号):文章所在期刊的卷号。
- Issue(期号):文章所在期刊的期号。
- Page(页码):文章在期刊中的页码范围。
- DOI(数字对象标识符):文章的唯一标识符,用于确保持久性链接。
3. 如何使用PubMed的字段进行文献检索?使用PubMed进行文献检索时,可以利用以上字段的组合来进行精确的筛选和搜索。
以下是一些常用的文献检索技巧:- 标题和摘要检索:通过在“Title/Abstract”字段中输入关键词或术语,可以快速筛选出相关主题的文章。
- 作者和机构检索:通过在“Authors”或“Affiliation”字段中输入作者或机构的名称,可以找到特定作者或机构的文献。
- 期刊和年份检索:通过在“Journal”和“Year”字段中输入期刊和年份,可以限定搜索结果范围在某个期刊或特定年份内。
- DOI检索:通过在“DOI”字段中输入文章的DOI,可以直接访问或引用该文章。
医学文献检索(PubMed)

检索方法
基本检索 (search):主界面默认的检索方法
自动词语匹配 (Automatic Terms Mapping) 精确检索 截词检索 字段限定检索 著者检索 期刊检索 逻辑组配检索
Part 2 检索方法 基本检索-自动语言匹配
对输入的有实际意义的检索词、短语,系统会自动进行词语 的匹配转换,并返回检索结果。 匹配原理 输入的检索词、短语依次在多个词表(MeSH转 换表、刊名转换表、著者转换表、著者索引表、合作者转换 表及合作者索引表)中进行搜索、比对,并自动转换为相应 的MeSH词、刊名或著者,再将短语、构成短语的单词分别 在所有字段中检索,输出检索结果。
美国医学文献数据库 PubMed
主要内容
Part 1 Part 2 Part 3 Part 4
了解 PubMed 检索方法
检索结果的解读与处理 同类推荐
Part 1
了解PubMed
P美国国立医学图书馆 NCBI 美国国立生物技术信息中心
检索出篇名中出现 糖尿病的综述文献
Part 2 检索方法 基本检索-著者检索
在检索框中输入著者姓名时,通过“自动词语匹配”,系统 会自动执行著者检索。
检索2002年前的论文时要求姓前名后,姓用全称,名用首字母缩写。 2002年以后的论文还可用姓和名的全称检索,且前后顺序不限。
使用著者字段进行限定检索可实现特殊的检索要求。如检索 某著者作为第一作者或排名最后的作者发表的论文时,即可 用字段限定检索来实现。
临床试验(Clinical Trials) 点击Clinical Trials进入Clinical 页面, 可检索来自全球178个国家的12万个实验信息。
临床查询(Clinical Queries) 专为医生设计的检索服务,输入疾病名称后, 可选择查询临床研究分类(Clinical Study Categories)、系统评价 (Systematic Reviews)和医学遗传学(Medical Genetics)三大类文献, 仍可再细分。
pubmed

考虑到作者姓名的不同形式,PubMed采用自动 转换功能进行作者姓名检索,如:smith j将检索 成smith ja,smith jm,smith jr 等。
精确检索避免 PubMed自动 词汇转换。
(7)杂志名称检索
在检索框中键入期刊名,如:ACCOUNTS OF CHEMICAL RESEARCH ,系统的“自动词语匹配” 功能会将它转换成"Acc Chem Res"[Journal]进行检 索。 也可以直接输入Medline的期刊标准缩写形式,如: mol biol cell,或者是输入刊物的ISSN(国际标准出 版物代码)进行检索,如:1059-1524。 如果一个杂志名恰好是主题词或关键词,如:cancer, science,cell等,PubMed会首先将这些词转换成 MeSH词表中的主题词进行检索。因此,需要将检索 请求进行标准化处理,即在杂志名后面加[TA]。如: "cell"[ta]
(2)In Process Citations
是临时性的医学文献数据库,最新的MEDLINE处理 中数据,未标引,无MeSH字段,日更新。
记录标注:[PubMed-in process]。
In Process Citations 中的数据经标引部门标引主 题词、文献类型、GenBank获取号等标引数据后加 入到Medline数据库之中。标识改为:[PubMedindexed for MEDLINE]。
PubMed将自动地利用它的“自动词汇匹配”功能将不 规范的词语转换成MeSH词表中规范的用词进行检索。
(2)精确检索(强制检索)
PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语检索。
如:在PubMed主页的检索提问框中键入“gene therapy”,并用双引号引起来。点击“search”按 钮,系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的 全部字段中进行检索。
【医学课件】PubMed检索指南

学术评价
PubMed主要针对生物医学领域的文献,而Google Scholar则涵盖了各个学科领域,但并不提供专门的学术评价功能。
与Web of Science的比较
学科范围
Web of Science涵盖了多个学科领域,包括社会科学、自然科学、人文科学等,而PubMed主要针对生物医学领域。
Web of Science提供了引文追踪功能,可以方便地查看文献被引用的情况,而PubMed则主要关注文献的内容而非引用情况。
学术交流
PubMed也是学术交流的重要平台,学者可以通过它发表自己的研究成果,并与其他学者分享和交流。
历史
PubMed是由美国国家医学图书馆(NLM)和国立卫生研究院(NIH)于1996年共同开发的。它已经成为全球使用最广泛的生物医学文献数据库之一。
发展
随着生物医学领域的发展,PubMed也在不断更新和改进,包括增加更多的文献来源和优化检索功能。同时,PubMed还与其他数据库和信息系统合作,提供更全面和准确的信息服务。
时间限定
检索限定
文献类型限定
语言限定
数据库限定
主题词检索
可以使用MeSH词进行主题词检索,以获得更全面和准确的检索结果。
高级检索
布尔运算符
使用AND、OR、NOT等布尔运算符进行更精确的检索。
字段限定
可以限定检索的字段范围,如标题、摘要、关键词等。
引用追踪
可以通过引用追踪功能查找与已发表论文相关的文献。
显示全文
点击摘要下方的“显示全文”链接,可以查看该文章的全文。
01
03
02
筛选与排序
在检索结果页面,可以通过选择特定的条件(如文章类型、发表时间、研究类型等),对结果进行筛选。
第五讲 PUBMED

“N Engl J Med”[Journal]
2.词汇自动转换
3. Phrase List
该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文 词汇书写形式的统一医学语言系统(UMLS: Unified Medical Language System)和补充概 念(物质)名称表[Supplementary Concept (Substance) Name]。 如果PubMed 系统在MeSH词表和刊名转换表中未发 现与检索词相匹配的词,就会查找该短语表。
三、检索方法与技巧
基本检索 - Basic Search 高级检索 - Advanced Search 主题检索 - MeSH Database 检索结果过滤—Choose additional filter
(二)高级检索 界面
生成检索表达式 显示区域 检索表达式 生成器
检索历史
三、检索方法与技巧
基本检索 - Basic Search 高级检索 - Advanced Search 主题检索 - MeSH Database 检索结果过滤—Choose additional filter
(三)主题检索
(三)主题检索
问题:PubMed本身具有自动智能功能为什么 还需要单独用MeSH进行检索呢?
对话框中的AND OR NOT in builder是直接 选择逻辑关系进行组配
高级检索——检索历史
高级检索——检索历史
显示检索结果
高级检索——检索历史
Show search details
高级检索——检索历史
功能:将检索表达式保存到my ncbi 中,需要注册MY NCBI,并登录
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
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系统同时还显示检索的限定。如主要主题词限定;限制下位词扩检。
42
系统同时还显示其树状结构表。
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用liver neoplasms选择副主题词radiotherapy、therapy,点击GO按扭, 出现search PudMed 按扭,及检索策略。(见后页)
44
点击 search PudMed 按扭。系统把检索词转PudMed检索系统自动进 行检索。
11
选择Medline格式,点击disply,显示检索结果。
12
例2:允许用双引号(“ ”)来强制系统进行 短语检索。输入 “single cell”,点击GO按扭。
13
用“Single cell”检索的结果181861篇。
14
(二)辅助检索
• 辅助检索栏又称特征栏(Features Bar),位于检索框下 面。包括四种功能: Limites条件限定;Preview/Index 预览/索引;History检索史; Clipboard粘贴板; • 1、Limites“条件限定”
2
美国生物技术信息中心 ( NCBI)网上检索系 统的网页。
3
PubMed检索系统
• 一、PubMed检索系统数据来源包括: 1、MEDLINE 2、PreMEDLINE是一个临时性医学文献数据库, 其数据经过标引和加工,每周向MEDLINE移 加一次。 PreMEDLINE的记录有[PreMED—in process ]的 标识。 3、Record supplied by Publisher 出版商提供而未被MEDLINE、PreMEDLINE收 录的数据。
• (((“paclitaxel”[Mesh Terms] OR taxol [Text Word] AND
(“lung neoplams”) [Mesh Terms] OR lung cancer [Text Word] )) AND notpubref[sb]) 子文档
5
• (3)如果不愿意对提问词进行转换,可以用“”双引 号加以限制。如“paclitaxel AND lung neoplasms” • 匹配用的四个索引按顺序是: • Mesh Translation Table( Mesh 转换表) • Journals Translation Table(刊名转换表) • Phrase List(短语列表) • Author Index (著者索引) • 2、自动扩展检索功能,如果没有说明系统会对主题词、 副主题词进行扩展检索。如果不扩展可用标识符 “noexp” 。 • “hypertension/therapy[mh:noexp]”
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输入.,选择PUBMED检 索界面。
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例1:在框内可输入任何有实质意义的词,系统将进行自动匹配。 还可输入逻辑符号(大写)、及截词符(*)。输入lung AND smok* 点击“GO”
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lung cancer AND smok* 点击“GO”,检索结果9254篇
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(2)删除第一次输入的检索式,在检索框内键入Hearing loss, 点击Preview按扭。系统返回检索序号2,共 37873条记录。
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(3) 删除第二次输入的检索式,在检索框内键入infants ,点击 Preview按扭。系统返回检索序号3,共 645790条记录。
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(4)在检索框内输入 #1 AND #2 AND #3 的检索结果为 122条。
38
点击Mesh Database按扭,进入主题词检索界面。
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例 :主题词检索界面的输入框内输入liver cancer,点击GO按扭,系 统提示liver cancer不是Mesh词,规范主题词应该是liver neoplasms。
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点击主题词liver neoplasms,显示副主题词,可供选择。
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点击主题词neoplasms,系统出现NLM MeSH Brwser 按钮。
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点击NLM MeSH Brwser 按钮。系统出现Medical Subject Headings 检索界面。
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在输入框内输入neoplasms,点击find exact term按钮,系统出现 Medical Subject Headings 、See also和MeSH Tree Structures。
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三、检索方法 基本检索、辅助检索、其他检索 • (一)基本检索
• 在检索框中可输入任何具有实质性意义的词, 系统将进行自动匹配。点击检索框边的“GO” 按扭,即可执行检索。 • 著者:姓在前, 名在后。
• 刊名可输入全称;或MEDLINE认可的标准缩 写形式;以及ISSN。 • 输入逻辑符号、及截词符(*) • 举例如下:
• 相当于PubMed的高级检索界面。除基本检索以外,还 以下拉菜单的形式提供对某些检索字段的限制,如: 年龄、性别、人或动物、语种、文献类型、出版年份 以及子集数据库(包括MEDLINE,PREMEDILE, PUBLISHER和AIDS数据库)的限定。
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点击“条件限定”(Limits)。系统进入高级检索 界面,显示多种限定条件供选择。
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(2)Details:点击Details按扭,显示经PubMed自动匹配转换后的 检索策略。如lung cancer AND smok*一例,可以修改后,按Search按 钮重新检索。
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(3)Send to clipboard,给选中的文献前的小方框打钩, 选择clipboard,点击Send to 按扭。
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1、结果显示( disply ):在显示结果屏中,有检索式、文 献总篇数,并有show、send to等按扭。
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(1)选择显示格式 Display按钮右边有下拉式菜单,可提供选择 显示格式,如文摘、引文格式等待,其中Medline格式最为完整。
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例:lung cancer AND smok*的检索结果显示。先在下拉菜单 中选择显示格式,然后点击Display按扭。
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二、检索原理
• 1、具有自动转换匹配功能(Automation Term mapping)对输入检 索框中的检索式,PudMed将与它的四个索引进行对照、匹配和转 换,然后进行检索。 • (1)输入的是关键词,系统会找出与之对应的Mesh词,以文本 词(关键词)与Mesh词同时进行检索。例如输入taxol,系统转换 为(“paclitaxel”)[Mesh Terms]OR “ taxol”[Text Word] • (2)如果输入的是多个词,系统未能在四个索引中找到与之一致 的词组形式,会自动将每一个词用“AND”联接起来进行检索。 如taxol lung cancer 系统转换成:
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Medical Subject Headings
• (4)、Index功能,在加词检索框中输入若干个字母,在左下边 的下拉菜单中选择该词所在的字段,点击最右边的Index按扭,系 统就会显示该字段中以这几个字目开头所有的词、词组,可选择, 点击preview按钮进行预检。如aspirin,title字段。(见后图)
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例1:点击特征栏Preview/Index按扭,进入预览/索引功能界面, 检 索框右侧增加了Preview按扭。在检索框输入检索式,点击 Preview按扭,显示检索结果的数量。
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加词检索:在加词检索框输入的检索词可通过左下角的All Fields的 下拉菜单进行限制。
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Index:从索引表中选词检索。例如aspirin,在All Fields选title字段, 点击Index按钮,系统显示aspirin的索引词表。每词按字顺排列,词后数 字为纪录数,可选其中的词进行检索。
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• • • • • • • • • • •
限定条件如: All Fields Only items with abstracts Publication Types Ages Languages Subsets 三个数据库和 AIDS Human or Animal Gender:male 、female Entrez Date:PubMed收录数据的日期。 Publication Date
Pub Med
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PubMed系统
PubMed系统是由美国国立医学图书馆附属 美国国立生物技术信息中心National Center for Biotechnology Information ( NCBI)开发 的用于检索MEDLINE、PreMEDLINE数据 库的网上检索系统。 网址为:http://
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• 3、短语检索(Phrase Searching) 也可称为强迫词组检索,即,将短语用双引号 “”引起来,作为一个词组检索。如“single cell”,作为一个词组检索,系统不进行自动转 换匹配,也不进行Mesh词的扩检。 • 4、支持布尔逻辑符 AND、OR、NOT 和截词 *的使用。逻辑符 用大写。在采用多个逻辑符 表达的检索式中,括号( )内的检索式优先 运行。
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检索结果448篇,题名左边书的符号为文摘,点击即可。
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MeSH Brwser:
• MeSH Brwser:可用于查找某自由词的MeSH专 业主题词和主题检索。 • 在MeSH字段,输入任意词,如cancer,点击 GO,系统显示neoplasms为主题词。点击(红 色)的主题词。
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点击主题词neoplasms将出现NLM MeSH Brwser 按钮。
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2、Preview/index预览/索引
• 在预检索界面可执行以下功能: • (1)、在显示检索结果前先显示检索结果的记录数量(Result)。 在检索框内输入检索式,点击preview按钮,将会显示检索结果的 篇数。点击记录数的链接,系统显示当前检索策略的检索结果。