ubuntu下并行安装lammps教程(需联网)超简单 亲测成功,适合小白

ubuntu下并行安装lammps教程（需联网）超简单亲测成功，适合小白写在前面的话：手册很重要，一定要看手册！！！本人小白一个，没用过任何linux系统，前天才安装了ubuntu，linux系统和win系统有很大的区别，很多操作需要在终端中进行，因此想要安装lammps，最好先熟悉一下linux的基本操作，然后根据手册进行编译安装。

安装过程中我走了很多弯路，下载lammps以后就先看了看手册，关于安装那一部分写的很详细，但由于对linux基本操作都不熟悉，以至于根本看不懂，没办法，只能按照网上的教程安装，但装了一天也没成功，最后舍弃所有教程，还是自己根据手册安装成功的。

熟悉了linux的基本操作以后就能发现，如何安装lammps手册上其实说的很清楚了，很多教程都走了弯路，进行了很多不必要的步骤，特别是对ubuntu系统的用户来说。

这个教程意在帮助ubuntu和lammps小白少走弯路，我尽可能详细地列出了安装过程中的每一个步骤，并对步骤进行了说明，希望能帮助小白们在了解linux基本操作的同时完成lammps的安装。

但最好还是根据手册自行安装，因为手册上说的真的很详细。

由于我也是小白，加上写作水平有限，难免有纰漏，有不足之处，还请见谅。

lqjunzi2016.6.2首先安装ubuntu系统，不会的自行查看相关教程1.进入安装好的ubuntu系统，先打开software updater（桌面左下角有个类似Windows开始菜单的图表，点击，搜索updater）更新系统，不是必要的，但不更新可能会出现问题，更新比较慢，要联网下载很多东西2.打开终端（以下在终端中所需输入指令均高亮标出），系统默认是没有root密码的，但安装lammps时需要在root账户下进行，创建初始root密码的命令如下：lqjunzi@lqjunzi:~$ sudo passwd root #输入sudo passwd root按回车，可以鼠标复制粘贴，但ctrl+c不管用[sudo] lqjunzi 的密码： #输入密码，回车（输完指令按回车执行，后面省略），输入过程不显示输入新的 UNIX 密码： #再次输入密码，输入过程不显示重新输入新的 UNIX 密码： #再次输入密码，输入过程不显示passwd：已成功更新密码 #提示root密码更新成功lqjunzi@lqjunzi:~$ su #输入su，回车Password: #输入密码，回车root@lqjunzi:/home/lqjunzi# #可以看到最前面的用户名已经由lqjunzi变成啦root，而后面的~$也变成了#，#是在root下操作的标志3.下载lammps安装包，下载后的安装包默认在/home/lqjunzi/Downloads目录下，这里的lqjunzi是安装系统时的用户名，习惯的将下载后的lammps-stable.tar.gz复制至/home/lqjunzi/sw 目录下（完全可以不复制，就在Downloads下操作，只是个人习惯，如不移动则后面操作目录相应改变）root@lqjunzi:/home/lqjunzi# mkdir sw #在/home/lqjunzi目录下建立sw文件夹root@lqjunzi:/home/lqjunzi# cd Downloads #进入 Downloads文件夹root@lqjunzi:/home/lqjunzi/Downloads# cp lammps-stable.tar.gz ../sw #复制到vm目录下，文件名在输入的时候可以输入lamm后按table键，会自动补全剩余文件名，简化输入root@lqjunzi:/home/lqjunzi/Downloads# cd ../sw #进入sw目录root@lqjunzi:/home/lqjunzi/sw# gunzip lammps-stable.tar.gz #解压root@lqjunzi:/home/lqjunzi/sw# tar xvf lammps-stable.tar #解压root@lqjunzi:/home/lqjunzi/sw# ls #显示该文件夹下的文件/文件夹。

发现一个lammps-14Mayxxx之类的文件夹root@lqjunzi:/home/lqjunzi/sw# mv lammps-14Mayxxx lmp #将解压后的文件夹命名为lmp，方便操作，这里 lammps-14Mayxxx可能会因为你下载的软件不同（lammps经常更新）而不同root@lqjunzi:/home/lqjunzi/sw# cd lmp/src/MAKE/MACHINES #进入该文件夹root@lqjunzi:/home/lqjunzi/sw/lmp/src/MAKE/MACHINES# ls #显示该文件夹下的文件/文件夹。

看到存在一个Makefile.ubuntu文件，这就是编译lammps所需要的文件，文件内容付在教程最后，其他教程中都需要改这个文件，然而对于新手来说很容易出错，通过查看手册发现根本不需要对这个文件进行修改，这就避免了出错。

root@lqjunzi:/home/lqjunzi/sw/lmp/src/MAKE/MACHINES# gedit Makefile.ubuntu #打开这个文件，这一步与安装无关，只是为了说明为什么要装下面那几个packages，但建议打开阅读一遍，并结合手册，看有没有需要更改的地方，我就是看了手册以后发现这个文件根本不用修改，而我查到的很多教程都需要修改，修改就容易出错，当然对于非ubuntu系统就不一定了，这里不作讨论。

可以看到需要安装几个packages才能安装4.安装必要packages，依次输入并执行以下命令，时间根据电脑配置和网速不同，几分钟一般，以下为安装必要packages指令，不再一一解释。

apt-get install build-essentialapt-get install g++apt-get install mpi-default-binapt-get install mpi-default-devapt-get install libfftw3-devapt-get install libjpeg-devapt-get install libpng12-dev# 如果上述packages安装过程中出现依赖关系错误，就执行apt-get -f install语句，然后再次安装（我安装的时候没出现问题）5. 编译cd ../.. #回到/home/lqjunzi/sw/lmp/src/目录make clean-all #先清理一下make ubuntu #开始编译，时间很长，十几分钟大约，没提示错误的话就是成功了ls #检查编译结果，如果编译成功在/home/lqjunzi/sw/lmp/src/下会生成一个lmp_ubuntu文件，如下图所示。

6. 运行例子,以friction为例cp lmp_ubuntu ../examples/friction/ #将 lmp_ubuntu复制到../examples/friction/ 文件夹下mv lmp_ubuntu lmp #改名，方便操作./lmp<in.friction #运行运行结果生成的log文件以上就是教程全部内容，祝安装成功！下面是Makefile.ubuntu的文件内容和我安装时所查的linux基本操作命令（都是复制的别人的，没有标出处，见谅。

内容不是很全，太基础的没放，且格式很乱，将就着看吧，希望能有所帮助）。

Makefile.ubuntu文件内容：# ubuntu = Ubuntu Linux box, g++, openmpi, FFTW3# you have to install the packages g++, mpi-default-bin, mpi-default-dev,# libfftw3-dev, libjpeg-dev and libpng12-dev to compile LAMMPS with this # makefileSHELL = /bin/sh# ---------------------------------------------------------------------# compiler/linker settings# specify flags and libraries needed for your compilerCC = mpic++CCFLAGS = -g -O3 # -WunusedSHFLAGS = -fPICDEPFLAGS = -MLINK = mpic++LINKFLAGS = -g -O3LIB =SIZE = sizeARCHIVE = arARFLAGS = -rcSHLIBFLAGS = -shared# ---------------------------------------------------------------------# LAMMPS-specific settings, all OPTIONAL# specify settings for LAMMPS features you will use# if you change any -D setting, do full re-compile after "make clean"# LAMMPS ifdef settings# see possible settings in Section 2.2 (step 4) of manualLMP_INC = -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_JPEG -DLAMMPS_PNG -DLAMMPS_FFMPEG# MPI library# see discussion in Section 2.2 (step 5) of manual# MPI wrapper compiler/linker can provide this info# can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial # use -D MPICH and OMPI settings in INC to avoid C++ lib conflicts # INC = path for mpi.h, MPI compiler settings# PATH = path for MPI library# LIB = name of MPI libraryMPI_INC =MPI_PATH =MPI_LIB =# FFT library# see discussion in Section 2.2 (step 6) of manaul# can be left blank to use provided KISS FFT library# INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings# PATH = path for FFT library# LIB = name of FFT libraryFFT_INC = -DFFT_FFTW3FFT_PATH =FFT_LIB = -lfftw3# JPEG and/or PNG library# see discussion in Section 2.2 (step 7) of manual# only needed if -DLAMMPS_JPEG or -DLAMMPS_PNG listed with LMP_INC# INC = path(s) for jpeglib.h and/or png.h# PATH = path(s) for JPEG library and/or PNG library# LIB = name(s) of JPEG library and/or PNG libraryJPG_INC =JPG_PATH =JPG_LIB = -ljpeg -lpng# ---------------------------------------------------------------------# build rules and dependencies# do not edit this sectioninclude Makefile.package.settingsinclude Makefile.packageEXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC) $(JPG_INC) $(PKG_SYSINC)EXTRA_PATH = $(PKG_PATH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(JPG_PATH) $(PKG_SYSPATH)EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB) $(JPG_LIB) $(PKG_SYSLIB)EXTRA_CPP_DEPENDS = $(PKG_CPP_DEPENDS)EXTRA_LINK_DEPENDS = $(PKG_LINK_DEPENDS)# Path to src filesvpath %.cpp ..vpath %.h ..# Link target$(EXE): $(OBJ) $(EXTRA_LINK_DEPENDS)$(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o $(EXE)$(SIZE) $(EXE)# Library targetslib: $(OBJ) $(EXTRA_LINK_DEPENDS)$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)shlib: $(OBJ) $(EXTRA_LINK_DEPENDS)$(CC) $(CCFLAGS) $(SHFLAGS) $(SHLIBFLAGS)$(EXTRA_PATH) -o $(EXE) \$(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB)# Compilation rules%.o:%.cpp $(EXTRA_CPP_DEPENDS)$(CC) $(CCFLAGS) $(SHFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $< %.d:%.cpp $(EXTRA_CPP_DEPENDS)$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) $(DEPFLAGS) $< > $@ %.o:%.cu $(EXTRA_CPP_DEPENDS)$(CC) $(CCFLAGS) $(SHFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $<# Individual dependenciesdepend : fastdep.exe $(SRC)@./fastdep.exe $(EXTRA_INC) -- $^ > .depend || exit 1 fastdep.exe: ../DEPEND/fastdep.ccc -O -o $@ $<sinclude .depend以下是没有整理的基本linux命令汇总：sudo passwd root 创建初始root密码lqjunzi@lqjunzi:~$ sudo passwd root[sudo] lqjunzi 的密码：输入新的 UNIX 密码：重新输入新的 UNIX 密码：passwd：已成功更新密码lqjunzi@lqjunzi:~$解压gunzip mpich2-1.3.1.tar.gztar xvf mpich2-1.3.1.tar新建文件夹1如果你要在那里建一个叫test的文件夹输入 cd /home 回车就到了home目录输入 mkdir test 就可以了2如果在文件夹里添加（就是创建）一个文件例如a.txt输入 touch test/a.txt 回车3删除 rm -rf test/ 回车删除文件/夹rm - remove files or directoriesBy default, rm does not remove directories. Use the --recursive (-r or -R) option to remove each listed directory, too, along with all of its contents.-r, -R, --recursive remove directories and their contents recursively-d, --dir remove empty directoriesTo remove a file whose name starts with a '-', for example '-foo', use one of these commands:rm -- -foorm ./-foo检查下自己的机器是否已经安装c和fortran编译器。