新型图形硬件支持下的动态规划局部比对算法加速研究

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动态规划算法及其在序列比对中应用分析

动态规划算法及其在序列比对中应用分析序列比对是生物信息学中一个重要的问题，用于比较两个或多个生物序列的相似性和差异性。

在序列比对过程中，动态规划算法是一种常用和有效的方法。

本文将介绍动态规划算法的基本原理和应用，并深入分析其在序列比对中的应用。

1. 动态规划算法基本原理动态规划算法是一种通过把问题分解为相互重叠的子问题，并通过将每个子问题的解存储起来来解决复杂问题的方法。

它通常用于处理具有重叠子问题和最优子结构特性的问题。

动态规划算法的核心思想是将原问题拆解成若干个子问题，通过计算每个子问题的最优解来得到原问题的最优解。

这个过程可以通过建立一个状态转移方程来实现，即找到子问题之间的关联关系。

2. 动态规划在序列比对中的应用序列比对是生物信息学研究中常见的任务之一，用于比较两个或多个生物序列的相似性和差异性。

动态规划算法在序列比对中被广泛应用，最为著名的例子是Smith-Waterman算法和Needleman-Wunsch算法。

2.1 Smith-Waterman算法Smith-Waterman算法是一种用于局部序列比对的动态规划算法。

它通过为每个可能的比对位置定义一个得分矩阵，并计算出从每个比对位置开始的最优比对路径来找到最优的局部比对。

Smith-Waterman算法的基本思路是从比对矩阵的右下角开始，根据得分矩阵中每个位置的得分值和其周围位置的得分值进行计算，并记录下最大得分值及其对应的路径。

最终，通过回溯从最大得分值开始的路径，得到最优的局部比对结果。

2.2 Needleman-Wunsch算法Needleman-Wunsch算法是一种用于全局序列比对的动态规划算法。

它通过为每个比对位置定义一个得分矩阵，并通过计算出从第一个比对位置到最后一个比对位置的最优比对路径来找到最优的全局比对。

Needleman-Wunsch算法的基本思路与Smith-Waterman算法类似，但不同之处在于需要考虑序列的开头和结尾对比对结果的影响。

序列比对算法实践与优化

序列比对算法实践与优化序列比对算法是生物信息学中非常重要的一项技术。

通过比对不同序列之间的相似性，我们可以了解它们的结构、功能以及进化关系。

然而，由于生物学序列的数量庞大且复杂，序列比对算法的效率和准确性成为了研究的重点。

本文将介绍序列比对算法的实践和优化方法，以提高比对的准确性和效率。

首先，我们将介绍序列比对的基本原理。

序列比对即是将一个序列与另一个序列进行比较，找出它们之间的相似性。

在比对过程中，会计算两个序列之间的分数来评估它们的相似程度。

经典的序列比对算法包括全局比对、局部比对和多序列比对。

全局比对算法是最简单也是最常用的一种序列比对方法。

它将两个序列进行完全比对，从头到尾逐个字符进行匹配。

全局比对算法的代表性算法是 Needleman-Wunsch 算法，它采用动态规划的思想，通过逐步计算比对得分矩阵，最后回溯得到最优比对方案。

全局比对算法的优点是能够找到最优的比对方案，但是对于大规模序列的比对，计算复杂度较高。

局部比对算法主要针对两个序列的局部相似区域进行比对。

与全局比对不同，局部比对算法通过忽略序列的起始和终止部分，将比对范围缩小到局部，从而提高比对效率。

局部比对算法的代表性算法是 Smith-Waterman 算法，它也是基于动态规划的思想，通过填充得分矩阵，找到两个序列的最优局部比对方案。

局部比对算法的优点是能够发现序列中的局部相似区域，但是对于大规模序列的比对，仍然存在较高的计算复杂度。

多序列比对算法是在全局比对的基础上进行扩展的。

它可以同时比对多个序列，进而揭示这些序列之间的共同点和差异性。

多序列比对算法的代表性算法是 CLUSTALW 算法，它采用分治策略，将多序列比对问题分解为两两比对的问题，然后通过集合比对的方式，获得最终的多序列比对结果。

多序列比对算法的优点是能够找到多个序列之间的共同模式，但是当序列较多时，计算复杂度会急剧增加。

随着生物学序列的快速增长，传统的序列比对算法逐渐显露出其性能瓶颈。

生物信息学中的序列分析算法研究

生物信息学中的序列分析算法研究生物信息学是一门涵盖生物学、统计学、计算机科学和数学等多个学科的交叉领域。

生物信息学的目的是从生物序列数据中提取有用的信息，以便于进一步的研究和应用。

而序列分析算法，作为生物信息学领域的核心算法之一，是对生物序列数据进行分析和解释的重要手段。

本文将从序列比对、序列类别划分和序列结构预测三个方面介绍几种常用的序列分析算法，并结合实例进行解释。

一、序列比对算法序列比对是指将两个或多个生物序列进行比较并找出它们之间的相似性，是生物信息学领域的重要应用之一。

常见的序列比对方法有全局比对、局部比对和多重比对。

1.全局比对（Needleman-Wunsch算法）全局比对指的是将两个序列进行完整的比较，在此过程中需要对齐相似的区域和插入一些间隔符号，以便比对结果的可读性。

Needleman-Wunsch算法是一种基于动态规划的全局比对算法，其核心思想是对两个序列进行全局的比较，寻找相似的区域和插入合适的符号。

该算法的复杂度为O(N^2)，其中N为序列的长度。

2.局部比对（Smith-Waterman算法）与全局比对相比，局部比对仅仅比较序列中的一部分。

Smith-Waterman算法也是一种基于动态规划的局部比对算法，它通过赋分矩阵计算每个个体序列与待比较序列中相似的区域的最高得分，进而寻找相似的区域。

该算法的复杂度也为O(N^2)，其中N为序列的长度。

3.多重比对（CLUSTALW）多重比对可以将多个生物序列进行比对，进而分析序列之间的相似性和进化关系。

CLUSTALW是一种常用的多重序列比对软件，其核心思想是将多个序列在一定程度上对齐以匹配共性区域，再根据比对结果进行序列相似性分析和进化分析。

该方法的主要优势在于其可扩展性和对新序列的处理能力。

二、序列类别划分算法序列类别划分指的是将多个生物序列按照一定的类别进行划分，以便于分类分析和应用。

常见的序列类别划分方法有聚类分析、支持向量机和神经网络。

一种新型求解多序列比对问题的方法

整体的进化，终得到比较理想的解空间，独用其中最单
定的成果。这些进化算法主要有模拟退火算法
的一种算法来求解往往难度比较大。因此，它们通常都是结合起来使用以加快寻优的速度１７彻。
（）１多重序列比对描述
多的内存［随着一些优化进化算法的研究与发展，７１，许
多研究人员均用这种比较先进的演化算法用于求解ＭＡ问题，在求解效率上有了一定的提高并取得了Ｓ
一
法，它们都是通过个体的自适应演化来逐步进行呈现出
关键词：多重序列比对；遗传算法；蚁群算法；局部搜索
引言
多序列比对（ＡＭｕｔｌＳｑｅｃｌｎｎ）ＭＳ，ｌｐｅｅｕｎｅＡｉｍｅｔｉｇ
【０ｌ】中在解决优化问题时都用到了遗传算法结合ｌ一７局部优化的机制来求解，算法同时具有了遗传算法的优点，另外还能够避免早熟现象的发生，免陷入局避部最优。本文提出的用蚁群算法进行局部搜索来协助遗传算法就属于这种情况。
今仍然没有找到一个非常有效的办法。问题提出至从
ｌ背景知识
多序列比对是生物信息学的一个重要工具，它对于蛋白质或ＲＡ结构预测、进化分析或者功能分析Ｎ
今，曾出现了多种解法用来求解ＭＡ问题，中比较Ｓ其常见的多序列比对方法有Ｐｌｕ法、ｌｓｌｉｐ算ｅＣｕｔＷ算法嘲ａ、Ｃｒｌ — ｉｍｎ算法【还有ＤＡ算法［ａｒｌＬｐａｉｏ引，Ｃ６１。但这些算法

CUDA兼容图形卡作为BLAST序列比对的有效硬件加速器研究

ＳＥＲＨ的执行。方案与最新公布的ＧＰＳＡＣＵ执行情况和一个ＳＭＤ解决方案进行了比较，试表明，Ｉ测实现了在硬件产品上获得更大速度的目的，降低了大规模比对的执行成本。也
关键词：ＡＴ，列比对，ＢＬＳ序ＣＵＤＧＰＡ，Ｕ
片段大大减少了所需的时间和存储空间。ＢＡＴ算法的缺点ＬＳ是：果同源性搜索匹配片段增大，减少搜索时间，搜索的如可但
敏感性得不到满足，若减少同源搜索匹配片段，索结果的敏感搜性提高了，所需搜索时间又会增加。但
Ａｂｔａｔｓｒｃ
ＴｈｓｉｐａｒｒｓｔｈｓｕｉｏｔｅｐｅｐｅｅｎｔｅｏｌｔｏｎｆｈＢＬＴａｇｉＡＳｌｏｒｈｍｒｎｎｔｕｎｉｇｏｎｃｏｍｏｄｉｈｄｗａｅａｂｉｖｉｓｈｆｓｅｓｍｔａｒｙｒ．ｎｄｅｌｅｔｔｅａｔｔｅｉｓｌｔｕｔｄｅ．ｉｍｐｌｍｅｔｄｎｔｅｅｃｔｒｌａｅｄｏｕｉｏｎｐｏａｔＩｓｔｉｅｎｅｉｈｒｅｎｌｅｅｓＣＵＤＡｏａｍｍｉｇｙｐｒｇｒｎｅｎｒｎｅｔｖｉｍｎｂｙＮＶｌＡ．ｉｐａｒａｅｏＤＩＴｈｓｐｅｈｖ
２ＣＵＤＡ编程模型
２００７年６月，ＶＤＡ推出通用的ＧＰＮＩＩＵ处理架构即统一计

双目视觉立体匹配算法研究

双目视觉立体匹配算法研究双目视觉立体匹配算法是计算机视觉领域中的一项重要研究内容，主要是通过分析两个视野稍有不同的图像，来确定每个像素点在三维空间中的位置。

立体匹配算法的研究旨在通过计算机模拟人眼的视觉感知能力，实现深度信息的获取和三维重建，为许多计算机视觉应用提供基础支持。

目前，双目视觉立体匹配算法主要包括了基于图像的局部匹配算法和全局匹配算法两类。

基于图像的局部匹配算法是立体匹配算法中最简单的一种方法，它主要通过比对两个图像中的像素，寻找最佳的匹配对应点。

常见的方法包括以下几种：1.窗口匹配算法：将两个图像中的局部窗口进行匹配，通过比较窗口中像素的相似性来确定最佳匹配。

2.匹配代价算法：基于窗口匹配的原理，通过定义匹配误差度量指标（如均方差、绝对差等），计算每个像素点的匹配代价。

3.匹配代价聚合算法：将匹配代价进行聚合，通过横向、纵向或斜向的扫描来减少误差，并提高匹配效率。

然而，基于图像的局部匹配算法存在几个问题，如像素间的不连续性、边界的不唯一性等。

因此，全局匹配算法应运而生，主要用于解决这些问题。

常见的全局匹配算法包括以下几种：1.动态规划算法：以图像像素为节点构建图，通过最小化能量函数来寻找最佳匹配点。

2.基于图割算法：将图像像素看作图中顶点，以像素之间的关系为边，通过割集的划分来确定最佳匹配点。

3.代价聚合算法：通过代价聚合来减少匹配误差，常用的方法有图像金字塔、多尺度匹配等。

此外，近年来，深度学习技术的快速发展，也为双目视觉立体匹配算法的研究带来了新的思路。

采用深度学习模型进行立体匹配可以有效地解决传统算法中存在的问题，提高匹配的准确性和鲁棒性。

常见的深度学习方法包括使用卷积神经网络（CNN）进行特征提取和匹配，使用生成对抗网络（GAN）进行深度图像估计等。

总之，双目视觉立体匹配算法的研究涉及到图像处理、计算机视觉、优化算法等多个领域，目前已经取得了很多重要的研究成果。

随着计算机硬件性能的不断提高和深度学习技术的迅速发展，双目视觉立体匹配算法将在未来更广泛地应用于三维重建、虚拟现实、自动驾驶等领域。

面向图像分类的视觉Transformer研究进展

面向图像分类的视觉Transformer研究进展彭斌;白静;李文静;郑虎;马向宇【期刊名称】《计算机科学与探索》【年(卷),期】2024(18)2【摘要】Transformer是一种基于自注意力机制的深度学习模型,在计算机视觉中展现出巨大的潜力。

而在图像分类任务中,关键的挑战是高效而准确地捕捉输入图片的局部和全局特征。

传统方法使用卷积神经网络的底层提取其局部特征,并通过卷积层堆叠扩大感受野以获取图像的全局特征。

但这种策略在相对短的距离内聚合信息,难以建立长期依赖关系。

相比之下,Transformer的自注意力机制通过直接比较特征在所有空间位置上的相关性,捕捉了局部和全局的长距离依赖关系,具备更强的全局建模能力。

因此,深入探讨Transformer在图像分类任务中的问题是非常有必要的。

首先以Vision Transformer为例,详细介绍了Transformer的核心原理和架构。

然后以图像分类任务为切入点,围绕与视觉Transformer研究中的性能提升、计算成本和训练优化相关的三个重要方面,总结了视觉Transformer研究中的关键问题和最新进展。

此外,总结了Transformer在医学图像、遥感图像和农业图像等多个特定领域的应用情况。

这些领域中的应用展示了Transformer的多功能性和通用性。

最后,通过综合分析视觉Transformer在图像分类方面的研究进展,对视觉Transformer的未来发展方向进行了展望。

【总页数】25页(P320-344)【作者】彭斌;白静;李文静;郑虎;马向宇【作者单位】北方民族大学计算机科学与工程学院;图像图形智能信息处理国家民委重点实验室【正文语种】中文【中图分类】TP311【相关文献】1.面向视觉检测的深度学习图像分类网络及\r在零部件质量检测中应用2.基于计算机视觉的Transformer研究进展3.基于数据增强视觉Transformer的细粒度图像分类4.面向高光谱医学图像分类的空-谱自注意力Transformer5.基于ResNeSt和改进Transformer的多标签图像分类算法因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

Canny算法的GPU并行加速

Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＤｕｅｔｏｔｈｅｓｌｏｗｅｘｅｃｕｔｉｏｎｓｐｅｅｄｏｆＣａｎｎｙａｌｇｏｒｉｔｈｍｉｎＰＣ，ｔｈｅｐｒａｃｔｉｃａｌｉｔｙｏｆｔｈｉｓａｌｇｏｒｉｔｈｍｉｓｇｒｅａｔｌｙｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄ．Ｂａｓｅｄｏｎｔｈｅｐｒｅｖｉｏｕｓｓｔｕｄｉｅｓ，ｗｅｆｕｒｔｈｅｒｏｐｔｉｍｉｚｅｓａｎｄｉｍｐｒｏｖｅｓｔｈｅａｌｇｏｒｉｔｈｍ．Ｆｉｒｓｔｏｆａｌｌ，ｗｅｕｓｅｔｈｅｄｉｇｉｔａｌｉｍａｇｅｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙｔｏｉｍｐｒｏｖｅｔｈｅｏｒｉｇｉｎａｌａｌｇｏｒｉｔｈｍｕｎｄｅｒｔｈｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｏｆＶＳ２０１２，ａｎｄｔｈｅｎａｃｃｅｌｅｒａｔｅｔｈｅＣａｎｎｙａｌｇｏｒｉｔｈｍｂｙｔａｋｉｎｇａｄｖａｎｔａｇｅｏｆｔｈｅｌａｒｇｅｎｕｍｂｅｒｏｆＧＰＵｓｔｒｅａｍｐｒｏｃｅｓｓｏｒｓａｎｄｐｏｗｅｒｆｕｌｍｕｌｔｉｔｈｒｅａｄｅｄｃｏｎｃｕｒｒｅｎｔｅｘｅｃｕｔｉｏｎｃａｐａｂｉｌｉｔｙ．ＥｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓｗｅｒｅｍａｄｅｏｎｔｈｅｉｍｐｒｏｖｅｄａｌｇｏｒｉｔｈｍａｎｄｔｈｅｏｒｉｇｉｎａｌＣａｎｎｙａｌｇｏｒｉｔｈｍ．Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｔｈａｔｉｎｔｈｅ４０９６×４０９６ｐｉｘｅｌｓｉｚｅｉｍａｇｅｓ，ｔｈｅＧＰＵｍｉｇｒａｔｉｏｎａｌｇｏｒｉｔｈｍｐｒｅｓｅｎｔｅｄｉｎｔｈｉｓｐａｐｅｒｃａｎｒｅｄｕｃｅｔｈｅｅｘｅｃｕｔｉｏｎｓｐｅｅｄｆｒｏｍ８０ｍｓｔｏｌｅｓｓｔｈａｎ６ｍｓ．Ｔｈｒｏｕｇｈｔｈｉｓｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ，ｉｔｃａｎｇｒｅａｔｌｙｉｍｐｒｏｖｅｔｈｅｐｒａｃｔｉｃａｂｉｌｉｔｙｏｆｔｈｅａｌｇｏｒｉｔｈｍｗｉｔｈｏｕｔａｆｆｅｃｔｉｎｇｔｈｅｅｄｇｅｄｅｔｅｃｔｉｏｎｅｆｆｅｃｔ．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｅｄｇｅｄｅｔｅｃｔｉｏｎ；ＧＰＵ；ｐａｒａｌｌｅｌｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ；ｃｏｎｎｅｃｔｅｄｃｏｍｐｏｎｅｎｔｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ

布尔逻辑DNA序列比对系统的软件平台设计

布尔逻辑DNA序列比对系统的软件平台设计陈亚东;冯萍;王进科【摘要】针对目前基于动态规划的DNA序列全局比对算法时间复杂度较高,设计了一个DNA序列全局比对系统.该系统用FPGA进行序列的比对,并配备一个软件平台存储数据、发送命令以及发送和接收数据.测试数据表明,该系统的DNA序列比对时间在序列相似度较低情况下,为Needleman的42%;在序列相似度较高的情况下,为Needleman的6%.%Present DNA sequence alignment algorithms based on dynamic programming have a high time complexity.A global alignment system is introduced to address this problem.The system aligns sequences in FPGA and store sequences and aligning results in PC memory.The system also send commands to FPGA.The experiment results show compared to Needleman algorithm, the aligning time decreases by 58 when the sequences have a low similarity, and by 94 when the sequences have a high similarity.【期刊名称】《科学技术与工程》【年(卷),期】2011(011)007【总页数】7页(P1468-1473,1479)【关键词】FPGA;DNA序列;软件平台;动态规划【作者】陈亚东;冯萍;王进科【作者单位】西北工业大学计算机学院,西安,710072;西北工业大学计算机学院,西安,710072;西北工业大学计算机学院,西安,710072【正文语种】中文【中图分类】TP311.1一条DNA序列可以看成A(腺嘌呤)、C(胞嘧啶)、G(鸟嘌呤)、T(胸腺嘧啶)四种碱基字符的线性排列。

计算生物学中DNA序列比对和反向推导算法

计算生物学中DNA序列比对和反向推导算法计算生物学是将计算机科学和生物学相结合的学科领域，它运用计算机技术来处理和分析生物学数据。

在计算生物学中，DNA序列比对和反向推导算法是两个关键的研究方向。

本文将对这两个算法进行详细的介绍和分析。

一、DNA序列比对算法DNA序列比对是指在两条或多条DNA序列之间识别相同或相似的部分，并对它们进行比较和分析的过程。

它在生物学研究中扮演着重要角色，可以用于基因的功能预测、物种鉴定、疾病诊断等方面。

1. 动态规划算法动态规划算法是一种常用的DNA序列比对方法，它通过建立一个动态规划矩阵来求解最优比对。

算法的基本思想是通过不同的得分体系，为每个碱基匹配或不匹配设置不同的分数，并根据分数构建矩阵。

通过从矩阵的右下角开始向左上角回溯，可以找到最佳的比对路径。

动态规划算法可以对序列进行精确比对，但计算复杂度较高。

2. 快速比对算法为了解决动态规划算法在比对大规模序列时的效率问题，研究者们提出了一系列快速比对算法。

例如，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）算法是一种常用的快速比对算法，它通过建立索引和预处理过程来加速比对的速度。

BLAST将查询序列与数据库中的参考序列进行比对，通过查找局部匹配来发现相似性区域，从而实现快速比对的目的。

二、反向推导算法反向推导算法是通过已知的DNA序列信息，推导出相应的表达或功能。

该算法广泛应用于基因功能预测、基因信号识别、蛋白质结构预测等方面。

1. 序列比对反向推导算法基于序列比对的反向推导算法是一种常见的基因功能预测方法。

它通过将未知DNA序列与已知功能的参考序列进行比对，根据相似性来推测未知序列的功能。

这种方法适用于已经有相关参考序列的基因。

2. Motif预测算法Motif预测算法是一种寻找DNA序列中共有或保守区域的方法。

Motif是指在一组DNA序列中出现频率较高的短序列模式，可能具有特定的生物学功能。

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ｕｐｄａｔｅｓｐｅｒｓｅｃｏｎｄ（ＭＣＵＰＳ）ｗｅｒｅｕｓｅｄｔｏｅｖｌａｕａｔｅｔｈｅｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅｏｆｔｈｅａｃｃｅｌｅｒａｔｅｄａｌｇｏｉｒｔｈｍｂｙａｎｅｘａｍｐｌｅｏｆ
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（ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＬｆｉｅＳｃｉｅｎｃｅ，ＺｈｅｊｉａｎｇＣｈｉｎｅｓｅＭｅｄｉｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｈａｎｇｚｈｏｕ３１００５３，Ｃｈｉｎａ）
新型图形硬件支持下的动中医药大学生命科学学院，浙江杭州３１００５３）
摘要：为探索准确、高效、低成本、通用性并存的生物序列局部比对方法。将点阵图算法、启发式算法等各种序列局部比对
ｏｔｈｅｒｌｏｃａｌａｌｉｇｎｍｅｎｔａｌｇｏｉｔｒｈｍｓ，ｓｕｃｈａｓｌａｔｔｉｃｅｄｉａｇｒａｍａｌｇｏｒｉｔｈｍａｎｄｈｅｕｒｉｓｔｉｃａｌｇｏｉｔｒｈｍ，ｉｎｃｏｍｐｕｔｅｒａｎｄｍａｐｐｅｄｉｔｔｏｔｈｅｇｒａｐｈｉｃｓｈａｒｄｗａｒｅｂｙｓｔｒｅａｍｍｏｄｅｌｔｏｓｐｅｅｄｕｐｔｈｅａｌｇｏｒｉｔｈｍ．Ｔｈｅａｌｉｇｎｍｅｎｔｔｉｍｅａｎｄｍｉｌｌｉｏｎｃｅｌｌ
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ｃｏｓｔａｎｄｕｎｉｖｅｒｓａｌｉｔｙ．Ｗｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄｄｙｎａｍｉｃｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇｌｏｃａｌａｌｉｇｎｍｅｎｔａｌｇｏｉｔｒｈｍｓｗｉｔｈｈｉｇｈｅｒａｃｃｕｒａｃｙｔｈａｎｔｈｅ
算法中准确性最高的动态规划局部比对算法在计算机中实现，并通过流式模型将其映射到图形硬件上以实现算法加速，再通
过实例比对搜索数据库完成比对时间和每秒百万次格点更新（ＭＣＵＰＳ）性能值评测。结果表明，该加速算法在保证比对准确性的同时，能显著提升比对速度。与目前最快的启发式算法相比，比对平均加速为１４．５倍，最高加速可达２２．９倍。
关键词：生物分子；序列局部比对；动态规划局部比对算法；图形硬件中图分类号：Ｑ－３３２，Ｒ３１８文献标志码：Ａ文章编号：１６７２ — ５５６５（２０１４）一０３ — １７９－０６
第１２卷第３期
２０１４年９月
生物信息学
ＣｈｉｎｅｓｅＪｏｕｒｎａｌｏｆＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ
Ｖ０１．１２Ｎｏ．３
Ｓｅｐ．，２０１４
ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ — ５５６５．２０１４．０３．０５
Ｒｅｓｅａｒｃｈｏｆｄｙｎａｍｉｃｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇｌｏｃａｌａｌｉｇｎｍｅｎｔａｌｇｏｒｉｔｈｍａｃｃｅｌｅｒａｔｉｏｎｂａｓｅｄｏｎａｎｅｗｔｙｐｅｏｆｇｒａｐｈｉｃｓｈａｒｄｗａｒｅ
ｄａｔａｂａｓｅａｌｉｇｎｍｅｎｔｓｃａｎｎｉｎｇ．Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅａｃｃｅｌｅｒａｔｅｄａｌｇｏｉｔｒｈｍｇｒｅａｔｌｙｉｍｐｒｏｖｅｄｔｈｅａｌｉｇｎｍｅｎｔｓｐｅｅｄａｎｄｅｎｓｕｒｅｄｔｈｅａｌｉｇｎｍｅｎｔａｃｃｕｒａｃｙａｔｔｈｅｓａｍｅｔｉｍｅ．Ｔｈｅｌｉａｇｎｍｅｎｔｓｐｅｅｄａｖｅｒａｇｅｌｙｗａｓ１４．５ｔｉｍｅｓａｎｄｍａｘｉｍａｌｌｙ
Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｉｓｐａｐｅｒｉｓａｉｍｅｄｔｏｅｘｐｌｏｒｅｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓｅｑｕｅｎｃｅｌｏｃａｌａｌｉｇｎｍｅｎｔｍｅｔｈｏｄｗｉｔｈａｃｃｕｒａｃｙ，ｅｉｃｆｉｅｎｃｙ，ｌｏｗ