Discovery Studio Visualizer简易教程
Discovery Studio官方教程--使用LibDock进行快速分子对接(虚拟筛选)
Discovery Studio LibDock教程Libdock –最快的分子对接技术介绍基于结构的药物设计技术在药物研发中起着非常重要的作用。
在药物分子产生药效反应的过程中，药物分子要与靶标相互结合，首先需要两个分子充分接近，采取合适的取向，使两者在必要的部位相互契合，发生相互作用，继而通过适当的构象调整，才能得到一个稳定的复合物构象。
基于结构的药物设计主要采用的是分子对接技术。
分子对接就是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、能量互补以及化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的好坏，并找到两个分子之间最佳的结合模式。
分子对接是从整体上考虑配体与受体结合的效果，能够较好避免其他方法中容易出现的局部作用较好而整体结合欠佳的情况。
在药物设计中，分子对接方法主要用来从小分子数据库中搜寻与受体生物大分子有较好亲和力的小分子，进行药理测试，从中发现新的先导化合物；或者用于解释药靶之间的作用机制，并在得到作用模式的基础上指导化合物结构改造。
LibDock是Discovery Studio中的其中一种对接方法。
该对接方法首先会针对受体活性位点计算得到热区图，该热区图包含极性和非极性部分；接着不同构象的配体分子分别刚性地叠合至热区图以形成比较合适的相互作用；然后进行能量优化；最后保留打分较高的对接构象。
本教程将采用LibDock将一组配体分子对接到胸苷激酶（thymidine kinase）中，包括：•准备分子对接体系•执行分子对接计算•分析配体对接结果准备分子对接体系在文件浏览器（Files Explorer）中，找到并双击打开Samples| Tutorials| Receptor-Ligand Interactions| 1kim_prot.dsv文件。
该蛋白将在一个新的分子窗口中出现，该蛋白已经预处理过，且活性位点也已定义好。
在工具浏览器（Tools Explorer）中，展开Receptor-Ligand Interactions | Define and Edit Binding Site，依次点击Show/Hide Residues Outside Sphere和Show/Hide Sphere。
esko studio visualizer使用方法
ESKO STUDIO VISUALIZER使用方法
ESKO STUDIO VISUALIZER是一款功能强大的可视化工具，可以帮助用户快速创建高质量的图形和可视化内容。
以下是使用ESKO STUDIO VISUALIZER的一些基本步骤：
1.打开ESKO STUDIO VISUALIZER软件，选择要创建的图形类型，例如条形
图、饼图、散点图等。
2.在弹出的窗口中，选择要使用的数据源。
您可以选择现有的Excel、CSV
或其他数据文件，或连接到数据库。
3.在数据源中选择要使用的数据列，并设置相应的图表属性，例如标题、坐
标轴标签、图例等。
4.根据需要调整图表的外观和样式，例如颜色、字体和标记等。
5.单击“预览”按钮以查看图表的最终效果。
如果需要更改图表，请返回上
一个窗口并修改相应的属性。
6.单击“保存”按钮以保存图表。
您可以选择保存为PNG、JPG、PDF或其他
格式的文件。
以上是使用ESKO STUDIO VISUALIZER的一些基本步骤。
通过掌握这些步骤，您可以轻松地创建高质量的图形和可视化内容，并将其用于报告、演示和其他用途。
dbvisualizer使用技巧
dbvisualizer使用技巧DBVisualizer使用技巧DBVisualizer是一款功能强大的数据库管理工具，提供了许多方便实用的功能和技巧，让数据库操作更加高效。
本文将介绍一些DBVisualizer的使用技巧，帮助您更好地利用这个工具。
连接数据库•在DBVisualizer的主界面，点击”创建连接”按钮，打开连接设置页面。
•在连接设置页面，填写数据库的连接信息，包括数据库类型、主机名、端口、数据库名、用户名和密码等。
•确认连接信息后，点击”测试连接”按钮，验证连接是否成功。
•点击”保存连接”按钮，保存连接信息。
•在主界面点击已保存的连接，即可连接到数据库。
数据库浏览•在DBVisualizer的主界面，选择一个已连接的数据库，可以查看数据库中的表、视图、过程等对象。
•双击一个表名，可以查看表的结构和数据。
•在表视图中，右键点击表名，可以进行各种操作，如查看表数据、编辑表结构、执行SQL脚本等。
搜索和过滤•在DBVisualizer的表视图中，可以使用搜索和过滤功能，快速定位到需要的数据。
•在搜索框中输入关键字，DBVisualizer会自动过滤显示匹配的数据。
•可以使用过滤条件，精确地查找需要的数据。
SQL编辑和执行•在DBVisualizer中，可以编写和执行SQL脚本，进行数据查询、更新和删除等操作。
•在主界面点击”新建SQL编辑器”按钮，打开一个新的SQL编辑器。
•在SQL编辑器中，可以编写SQL语句，并点击”执行”按钮执行SQL语句。
•执行结果将在结果面板中显示，可以查看查询结果或执行日志。
数据导入和导出•DBVisualizer提供了数据导入和导出的功能，可以方便地将数据从数据库导出为文件，或将文件中的数据导入到数据库中。
•在表视图中，右键点击表名，选择”导出数据”，可以将表数据导出为文件。
•在表视图中，右键点击表名，选择”导入数据”，可以将文件中的数据导入到表中。
数据库管理•DBVisualizer支持对数据库的管理操作，如创建表、修改表结构、执行数据库备份等。
Discovery Studio官方教程(Help-Tutorials) 分子对接前的准备受体和配体
Discovery Studio基本操作介绍在使用软件进行课题研究前，我们首先应该了解并掌握该软件使用的一些基本操作。
为后续的体系处理做好准备工作。
这个教程包括：●小分子配体准备●蛋白文件的处理小分子配体准备在Discovery Studio（DS）中，可以直接构建分子结构，也可以将在其它画图软件中画好的结构直接拷贝到DS中，本教程演示如何在DS中构建小分子结构。
1. 调用Sketching功能从View菜单下，打开Toolbars，选择Sketching。
Toolbars中将显示各种Sketching的工具，这些工具可以用来构建化合物的初始结构。
2. 利用Sketching构建化合物的3D空间构象打开一个分子显示窗口（Molecule Window），菜单栏File|New|Molecule Window。
注：DS中有四种窗口模式，包括Molecule window（显示分子结构），Protein Sequence Window （显示蛋白序列），Nucleotide Sequence Window（显示核酸序列），Script Window（显示脚本语言），因此我们需要根据载入的文件类型选择窗口。
DS中构建化合物的3D空间构象非常容易，也非常灵活。
本教程以以下化合物为示例，以图示的方法演示如何构建化合物的结构。
NHCl OOSOHNNH选择，在窗口中画出结构1。
点击（可以通过菜单栏View|Toolbars|Sketching调出）将其选中，然后选择菜单栏Chemistry|Bond|Aromatic得到结构2。
选择，鼠标指于芳环单键处并单击，构建稠环结构3。
选择，构建连接单键，再选择，鼠标指于C原子处并单击构建环状结构，最后得到结构4。
选择和构建单键和环状结构，选择再次点击相应的键就可以构建双键结构，最终可得到结构5。
更换元素类型，选中某个碳原子，选择菜单栏Chemistry|Element更换相应元素即可，最后得结构6。
Discovery Studio 讲义中文
附录：准备一个PDB文件作为同源性建模模板同源建模的基本原理是，你映射的一个未知的蛋白质序列一种已知蛋白质的结构。
因此，如果你没有已知的蛋白质，或模板，你将无法建立模型。
模板的共同来源是蛋白质在结构生物信息学研究的实验室数据银行（目标）。
该网站RCSB是HTTP：/ /。
org /。
蛋白质数据库（PDB）可能是世界上领先的公共源三维生物分子数据（1）。
截至七月2006，超过37000项可在PDB。
每个月都有更多的人加入。
X射线衍射仪和其它固态技术占大多数的结构。
然而，超过5500的核磁共振结构还可用。
这些沉积的结构包括蛋白质，肽，核酸，碳水化合物，这些分子的配合物。
在发现工作室环境中工作的这些分子是一个关键的过程给你的建模工作。
这个练习如何准备一个PDB文件作为一个模板同源建模项目。
你将在课程中学习如何：•加载PDB文件直接从蛋白质数据银行，•生产和检验蛋白质报告，•清除晶体单元电池，•分裂分子，•删除不需要的组件，和保存已完成的文件。
1、开始发现工作室2PDB3D HDAC8抑制剂，684个晶体的水，和几个离子。
抑制剂是曲古抑菌素A，一个很好的研究组蛋白去乙酰化酶抑制剂（）。
的结构。
3、检查蛋白质报告在深入了解蛋白质，我们应该花一点时间来看看有什么。
一种快HTML1t64连锁。
但我们要清楚我们几个非原子以及。
4、删除单元电池晶体单元单元在分子力学计算中的意义不大。
有时它只是更容易5这个文件是由多个部分组成的。
我们可以通过层次结构查看组件其他练习窗口。
然而，我们实际上可以分开的组件的PDB文件更快的四的成分是蛋白质（1t64_a和1t64_b），配体（1t64_nonprotein），和结晶水（1t64_water）。
拆分命令的三个选项允许在如何处理对象的操作中有一定的灵活性。
所有打出的层次结构视图中所有链和非蛋白结构为独立的对象，并列出每个氨基酸序列为序列单独序列。
蛋白打出所有的蛋白链结构为独立的对象层次结构中的每个视图和列表的氨基酸序列为序列单独序列。
Discovery-Studio-讲义中文
附录：准备一个PDB文件作为同源性建模模板同源建模的基本原理是，你映射的一个未知的蛋白质序列一种已知蛋白质的结构。
因此，如果你没有已知的蛋白质，或模板，你将无法建立模型。
模板的共同来源是蛋白质在结构生物信息学研究的实验室数据银行（目标）。
该网站RCSB是HTTP：/ /。
org /。
蛋白质数据库（PDB）可能是世界上领先的公共源三维生物分子数据（1）。
截至七月2006，超过37000项可在PDB。
每个月都有更多的人加入。
X射线衍射仪和其它固态技术占大多数的结构。
然而，超过5500的核磁共振结构还可用。
这些沉积的结构包括蛋白质，肽，核酸，碳水化合物，这些分子的配合物。
在发现工作室环境中工作的这些分子是一个关键的过程给你的建模工作。
这个练习如何准备一个PDB文件作为一个模板同源建模项目。
你将在课程中学习如何：•加载PDB文件直接从蛋白质数据银行，•生产和检验蛋白质报告，•清除晶体单元电池，•分裂分子，•删除不需要的组件，和保存已完成的文件。
1、开始发现工作室2在3D窗口中显示的结构是两人HDAC8蛋白的晶体结构在复杂的抑制剂，684个晶体的水，和几个离子。
抑制剂是曲古抑菌素A，一个很的结构。
3、检查蛋白质报告在深入了解蛋白质，我们应该花一点时间来看看有什么。
一种快连锁。
但我们要清楚我们几个非原子以及。
4、删除单元电池晶体单元单元在分子力学计算中的意义不大。
有时它只是更容易这个文件是由多个部分组成的。
我们可以通过层次结构查看组件其他练习窗口。
然而，我们实际上可以分开的组件的PDB文件更快的四的成分是蛋白质（1t64_a和1t64_b），配体（1t64_nonprotein），和结晶水（1t64_water）。
拆分命令的三个选项允许在如何处理对象的操作中有一定的灵活性。
所有打出的层次结构视图中所有链和非蛋白结构为独立的对象，并列出每个氨基酸序列为序列单独序列。
蛋白打出所有的蛋白链结构为独立的对象层次结构中的每个视图和列表的氨基酸序列为序列单独序列。
discovery简明操作手册
一、软件安装：（Discovery installation）安装：安装软件考在D盘（或非软件盘，比如E盘），打开文件夹GNT→打开文件夹ggx2003.1→双击图标Install（安装）→出现界面，选择第一个→Next→选中我接受，单击Next→填入用户名，单击Next →选中典型安装，单击Next→选中米制（第二个），单击Next→单击Install（安装）→单击Finish→单击EXIT→单击内部退出安装系统。
（此时桌面上出现两个图标）安装之后打补丁(支持安装)：双击GXR20031SU1图标（补丁）→单击Finish；双击GXR20031SU2图标（补丁）→单击Finish。
拷贝gxdb.db至C盘，（Documents and settings→All users→Application Data→Geographix→data→templates→project→粘贴。
）双击桌面上的油藏描述软件（地球图标）→正常情况下出现一个选择框，选择第三个（如果没有狗或临时许可证过期，则无法进行下一步），单击NEXT→在GNT文件夹中选中GGXLIC（许可证），单击NEXT →出现对话框，选择Activate an existing project …，选中一个，Next，则激活了一个存在的工区。
（如果不是初次使用，则选择Activate the last active project ，将自动进入近期使用过的工区。
隐含文件的建立：Tools→Folder options。
未显示地球图标时：打开ACDSEE.6→TOOLS→file Association(文件关联) →ZCO中的对钩去掉→单击OK。
重新打开即可。
二、建立工区目录在D盘上建立一个子目录做为工区目录。
建立过程：打开油藏描述软件（桌面中的小地球）→选中FILE中的NEW，再单击HOME，出现一个对话框，在该对话框中选中D盘，单击新建文件夹，取名，确定。
Discovery Studio 2.5操作教程
蛋白质结构预测技术简介简介蛋白质结构的解析对其功能的理解至关重要。
然而，由于技术手段的限制，利用实验方法（主要为X-ray，NMR）解析蛋白质结构投入大、周期长、风险大。
对于某些膜蛋白，只利用现有技术条件，其结构甚至无法解析。
另一方面，随着分子生物学技术的成熟及高通量测序技术的发展，越来越多的基因序列可以轻松被找到。
这造成了现代蛋白质科学中一个奇怪的现象：蛋白质序列数据的累积量及积累速度远远超过蛋白质结构。
这种序列与结构间不平衡的现象极大地限制了我们对蛋白质功能及其相关作用机理的理解。
所以我们需要一种能够简单、快速且相对准确的技术来确定蛋白质的空间结构。
蛋白质建模技术可以很好的解决上面的问题。
该方法利用信息技术的手段，可以直接从蛋白的一级结构（氨基酸序列）预测蛋白质的高级结构（主要为三级结构）。
根据最新一届国际建模大赛（CASP）的分类，目前主要的蛋白质建模方法包括两种：基于模板的建模（Template-based Modeling）和自由建模（Free Modeling）。
前者又包括两种方法：同源建模法（Homology Modeling）和“穿线法”（Threading）。
后者主要以从头计算法（ab initio）为主。
所有的建模方法中，以同源建模法(Homology Modeling)使用最为广泛，预测结果的准确性最大。
同源建模的理论基础为蛋白质三级结构的保守性远远超过一级序列的保守性。
因此，人们可以通过使用一个或多个已知结构的蛋白（模板蛋白，template）来构建未知结构蛋白（目标蛋白，target）的空间结构。
其主要的步骤包括：1.搜索用于建模的template(s)2.将target与templates进行比较3.将步骤(2)中的比较信息用于建模Discovery Studio为用户提供了一整套利用Homology Modeling方法自动预测蛋白质空间结构的工具。
用户只需要提供蛋白质的氨基酸序列就可以轻松完成模型构建及模型可信度评估的工作。
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Discovery Studio Visualizer精简教程
哈尔滨医科大学
解鸿波
PDB: 3K9F
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氨基酸残基
氨基酸相应性质
Ctrl+D
线型显示必须先
棍型显示选择原
子
球棍显示
线型显示
棍型显示必须先
选择原
线型条带子
条带
改变背景颜色
View > Toolbars > View View > Toolbars > Sketching 区旋平放画分子工具
域转移大（不推荐使用）选缩
择小
PDB编号代表晶格
侧链编号
按字母顺序排列
*不同部分蛋白（或DNA
等大分子）
点加号+
查看侧链
所含有氨
基酸残基
点加号+
查看氨基酸所
含有原子
氨基酸及编号
字母重新循环配体分子去除对勾
表示隐藏其他分子
例如水等
显示配体和周围形成的氢键作用
2. Structure > Monitor > HBonds
1. 仅显示配体
分子，并双击
选中，分子显示为黄色。
3. 显示和配体可以形成氢键的氨基酸序号及相应原子
将氨基酸以棍状形态显示，Stick
默认氢键为绿色size调整为0.10和配体以示区别，并
不显示其带状二级结构
选中分子，查看其他相互作用Tools > Analyze Complexes > Show 2D Diagram
Structure > Surface > Add
Structure > Monitor > Distance 选中两个原子，测距离
单位为（Å）
选中两根化学键，测角度
查看蛋白序列
Chart > Ramachandran Plot
选择原子> 右键> Attributes of … 查看原子坐标
Build and Edit Nucleic Acid工具
Build and Edit Protein工具（不是蛋白三维结构，需要做从头预测）
Create Pharmacophore Manully工具（根据已知分子构建药效团，但不实用）
写字板打开*.pdb文件查看信息，内附原子坐标，原子类型及氨基酸序号等信息。
HIV-1蛋白酶
No.1 PDB code: 3OXC
沙奎那韦（Saquinavir）
p38 MAP激酶
PDB code: 3GCS No.2
索拉菲尼（Sorafenib）
HMG-CoA还原酶
PDB code: 1HWI No.3
氟伐他汀（Fluvastatin）
神经氨酸酶
PDB code: 4KS1No.4
达菲（Tamiflu）
青霉素结合蛋白
No.5 PDB Code: 3ITA
氨苄西林（Ampicillin）。