利用SeqMan进行序列拼接

利用SeqMan进行序列拼接利用SeqMan进行序列拼接Step1:打开Seqman软件Step2:加入你要拼接的序列点击Add sequences查找并选中要拼接的序列（可按住control键进行多选）点击Add按钮填加选择的序列填加完后点击done注：最好用测序的图谱尽量不要直接用测序得到的序列Step3:去除末端序列主要是去除序列末端测序质量差或是载体序列有两种方法可以用来去除这类末端序列其一：利用Seqman自带的去除工具自动去除（利用Trim ends 按钮进行）其二：手工去除个人感觉手工去除方法最有效，因此下边我们以后工去除为例进行演示手工去除侧翼序列双击要去除侧翼序列的目标序列将鼠标放到测序图谱左边的一个黑色的竖线上，此时鼠标会变成一个有两个箭头的水平线按住左键拖动黑竖线，那么你就会发现侧翼序列的颜色变浅，这部分变浅的序列则就被去除，不再参加后面的拼接此步请将测序不准确或认为是载体的序列用这种方法去除。

测序准确的峰形图峰形规则，一般在序列的中部，如下图所示测序不准确的峰形图峰形较乱，很难判断是哪个碱基，一般位于序列两端，如下图所示Step4:进行序列拼接点击Assemble按钮在新出现窗口处点击拼接好的contig1在出现的Alignment of contig1 窗口中点击左三角显示序列的测序图谱点击菜单contig->strategy view可以观察序列拼接的宏观图Step5:查找拼接错误find conflict 点击菜单Edit点击Find Previous或Find Next查找接接中出现的错误还可以通过Seqman左下角的快捷按钮查找错误的拼接查找错误的拼接错误的拼接的类型类型1：两条序列的测序结果不一致并明显一条测序质量好而另一条质量差处理：直接将该处修改为正确的碱基类型2：两条序列的测序结果不一致并两条测序质量都比较差处理：重新测序或用新的合适引物重新测定类型3：两条序列的测序结果不一致并明显两条测序质量都好处理：测序过程出现问题，重新测定Step6:导出拼接的序列可选择合适的格式，导出拼接好的序列通过以上几步我们就能很快将几个测序片段进行拼接，大家可以拿着自己的序列试试!当然如果两个测序片段的拼接片段太短可能利用默认的参数不能完成拼接，大家可以试着修改一下拼接参数试试!如降低Match size及Minimum Match Percentage的值!修改参数命令。

利用SeqMan进行序列拼接课件PPT

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Step5：修改拼接错误
1. 两条序列的测序结果不一致并明显一条测序质量好而另一条质量差
处理：直接将该处修改为正确的碱基
2021/3/10
错误拼接的类型 13
Step5：修改拼接错误
2. 两条序列的测序结果不一致并两条测序质量都比较差
处理：重新测序或用新的合适引物重新测定
2021/3/10
2021/3/10
22
Pre-Assembly Options 操作及序列装配
• 在拼接前面，可以将所要拼接的片段中清除载体和污染序列，优化装配顺序，设定片段末端和标记重复序列
2021/3/10
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去除载体序列
2021/3/10
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去除载体序列
2021/3/10
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去除载体序列
• seqman在拼接前，有--点击Unassembled Sequences窗口的右上角的“options“按钮选择相应功能。默认设定Trim sequence ends， scan for vector，optimize sequence assembly order.。
隆群的处理；基因寻找；蛋白质结构域的
查找；多重序列的比较和两两序列比较；寡核苷酸设计（PCR引物，测序引物，探针）。
2021/3/10
2
SeqMan
•SeqMan主要用于多序列的拼接，可以将成千上万的序列（最多可以支持64000多序列）装配成contigs，同时在拼接前，可以修整质量差的序列以及清除自动测序的序列结果中的污染序列或载体序列。seqman还提供完善的编辑和输出功能。
报告
• 选择Project 菜单的Trim Report打开Trim report窗口。

seqman教程

seqman教程利⽤SeqMan进⾏序列拼接Step1:打开Seqman软件Step2:加⼊你要拼接的序列点击Add sequences查找并选中要拼接的序列（可按住control键进⾏多选）点击Add按钮填加选择的序列填加完后点击done注：最好⽤测序的图谱尽量不要直接⽤测序得到的序列Step3:去除末端序列主要是去除序列末端测序质量差或是载体序列有两种⽅法可以⽤来去除这类末端序列其⼀：利⽤Seqman⾃带的去除⼯具⾃动去除（利⽤Trim ends按钮进⾏）其⼆：⼿⼯去除个⼈感觉⼿⼯去除⽅法最有效，因此下边我们以后⼯去除为例进⾏演⽰⼿⼯去除侧翼序列双击要去除侧翼序列的⽬标序列将⿏标放到测序图谱左边的⼀个⿊⾊的竖线上，此时⿏标会变成⼀个有两个箭头的⽔平线按住左键拖动⿊竖线，那么你就会发现侧翼序列的颜⾊变浅，这部分变浅的序列则就被去除，不再参加后⾯的拼接此步请将测序不准确或认为是载体的序列⽤这种⽅法去除。

测序准确的峰形图峰形规则，⼀般在序列的中部，如下图所⽰测序不准确的峰形图峰形较乱，很难判断是哪个碱基，⼀般位于序列两端，如下图所⽰Step4:进⾏序列拼接点击Assemble按钮在新出现窗⼝处点击拼接好的contig1在出现的Alignment of contig1 窗⼝中点击左三⾓显⽰序列的测序图谱点击菜单contig->strategy view可以观察序列拼接的宏观图Step5:查找拼接错误find conflict点击菜单Edit点击Find Previous或Find Next查找接接中出现的错误还可以通过Seqman左下⾓的快捷按钮查找错误的拼接查找错误的拼接错误的拼接的类型类型1：两条序列的测序结果不⼀致并明显⼀条测序质量好⽽另⼀条质量差处理：直接将该处修改为正确的碱基类型2：两条序列的测序结果不⼀致并两条测序质量都⽐较差处理：重新测序或⽤新的合适引物重新测定类型3：两条序列的测序结果不⼀致并明显两条测序质量都好处理：测序过程出现问题，重新测定Step6:导出拼接的序列可选择合适的格式，导出拼接好的序列通过以上⼏步我们就能很快将⼏个测序⽚段进⾏拼接，⼤家可以拿着⾃⼰的序列试试!当然如果两个测序⽚段的拼接⽚段太短可能利⽤默认的参数不能完成拼接，⼤家可以试着修改⼀下拼接参数试试!如降低Match size及Minimum Match Percentage的值!修改参数命令。

seqman使用说明

修改参数命令

关于Seqman的简单介绍就到这里，另外由于资料准备仓促，如有不完善或不准确的地方，请大家指出，谢谢！下期讲座预告 “轻松学用生物软件(3)”，具体时间及内容将在螺旋课堂上做出预告，欢迎大家参加！

手工去除侧翼序列

测序准确的峰形图
峰形规则，一般在序列的中部，如下图所示

测序不准确的峰形图
峰形较乱，很难判断是哪个碱基，一般位于序列两端，如下图所示

轻松学用生物软件(2) 利用SeqMan进行序列拼接
主讲人：huaxing 2008年4月11日
螺旋课堂系列讲座
主要内容
大家好，首先感谢大家关注、支持螺旋网！今天我们一起一步一步的学习利用Dnastar 6.0中的子程序Seqman进行序列拼接，希望能对大家有所帮助。注意：Dnastar 6.0的安装程序及破解补丁大家可以到螺旋网的“生物信息学及生物软件交流”版块免费下载!

手工去除侧翼序列
1. 双击要去除侧翼序列的目标序列 2. 将鼠标放到测序图谱左边的一个黑色的竖线上，此时鼠标会变成一个有两个箭头的水平线 3. 按住左键拖动黑竖线，那么你就会发现侧翼序列的颜色变浅，这部分变浅的序列则就被去除，不再参加后面的拼接 4. 此步请将测序不准确或认为是载体的序列用这种方法去除。

错误的拼接的类型
1. 两条序列的测序结果不一致并明显一条测序质量好而另一条质量差处理：直接将该处修改为正确的碱基 2. 3. 两条序列的测序结果不一致并两条测序质量都比较差处理：重新测序或用新的合适引物重新测定两条序列的测序结果不一致并明显两条测序质量都好处理：测序过程出现问题，重新测定

seqman教程

利用SeqMan进行序列拼接Step1:打开Seqman软件Step2:加入你要拼接的序列点击Add sequences查找并选中要拼接的序列（可按住control键进行多选）点击Add按钮填加选择的序列填加完后点击done注：最好用测序的图谱尽量不要直接用测序得到的序列Step3:去除末端序列主要是去除序列末端测序质量差或是载体序列有两种方法可以用来去除这类末端序列其一：利用Seqman自带的去除工具自动去除（利用Trim ends按钮进行）其二：手工去除个人感觉手工去除方法最有效，因此下边我们以后工去除为例进行演示手工去除侧翼序列双击要去除侧翼序列的目标序列将鼠标放到测序图谱左边的一个黑色的竖线上，此时鼠标会变成一个有两个箭头的水平线按住左键拖动黑竖线，那么你就会发现侧翼序列的颜色变浅，这部分变浅的序列则就被去除，不再参加后面的拼接此步请将测序不准确或认为是载体的序列用这种方法去除。

测序准确的峰形图峰形规则，一般在序列的中部，如下图所示测序不准确的峰形图峰形较乱，很难判断是哪个碱基，一般位于序列两端，如下图所示Step4:进行序列拼接点击Assemble按钮在新出现窗口处点击拼接好的contig1在出现的Alignment of contig1 窗口中点击左三角显示序列的测序图谱点击菜单contig->strategy view可以观察序列拼接的宏观图Step5:查找拼接错误find conflict点击菜单Edit点击Find Previous或Find Next查找接接中出现的错误还可以通过Seqman左下角的快捷按钮查找错误的拼接查找错误的拼接错误的拼接的类型类型1：两条序列的测序结果不一致并明显一条测序质量好而另一条质量差处理：直接将该处修改为正确的碱基类型2：两条序列的测序结果不一致并两条测序质量都比较差处理：重新测序或用新的合适引物重新测定类型3：两条序列的测序结果不一致并明显两条测序质量都好处理：测序过程出现问题，重新测定Step6:导出拼接的序列可选择合适的格式，导出拼接好的序列通过以上几步我们就能很快将几个测序片段进行拼接，大家可以拿着自己的序列试试!当然如果两个测序片段的拼接片段太短可能利用默认的参数不能完成拼接，大家可以试着修改一下拼接参数试试!如降低Match size及Minimum Match Percentage的值!修改参数命令。

利用SeqMan进行序列拼接

类型3错误拼接的类型13 2• 为了区分修整过和没有修整过的数据，我们给修整过的数据加一个有颜色的背景。选择菜单 Project→Parameters→Editing Color打开下面的对话框。确定use consensus match color 和use other color已被选中。
• 修整完毕后 Alignment View 中在序列的左边会有一个黑色的垂直棒，右边有一个小的黑三角形。
• 要找回修整去掉的序列末端，只需把垂直棒向序列的两端拖动即可，以前修整去掉的序列有明亮的黄色背景。
Pre-Assembly Options 操作及序列装配
• 在拼接前面，可以将所要拼接的片段中清除载体和污染序列，优化装配顺序，设定片段末端和标记重复序列
查看修整序列前后的跟踪数据
• 右键选择6 号样本，然后Show Original Trace Data,打开Trace：Sample 6.abi 窗口
• 从 5’末端起变淡的部分是载体序列，将不会用于序列装配，故被清除。 • 垂直的黑棒出现于修整和未修整的序列之间，根据需要拖动垂直黑棒，可以调
整用于装配的序列末端。
利用SeqMan进行序列拼接
Step2:加入你要拼接的序列
点击Add sequences
查找并选中要拼接的序列
点击Add按钮
填加完后点击done
注：最好用测序的图谱（*.abi)尽量不要直接用测序得到的序列 (.seq)
1 点击Assemble按钮 2 点击拼接好的co
Alignment of contig1 窗口中点击左三角显示序列的测序图谱
1. 两条序列的测序结果不一致并明显一条测序质量好而另一条质量差
处理：直接将该处修改为正确的碱基

生物学软件seqman序列拼接步骤

测序后的序列为两种形式：abi，seq
abi：波峰图seq：atcg序列
seqman→file→new→skip→add sequences→选择一对引物的.seq和.abi 格式的文件双击（或者选中文件→add）→done→assemble→双击右侧的conting→看峰的好坏进行裁剪→contig→save consensus→single file→命名保存为.fas格式→file→close
mega比对
用mega打开所需比对的文件，如果要添加序列可以选中最下面一个基因序列的一个碱基，右键copy。

选中一个碱基→W→align DNA→OK→OK
→alignment→align by clustalw→OK→OK
将比对完的数据另存为mega格式
用mega打开该文件
点击TA
C：保守位点V：变异位点Pi：简约信息位点S：单个位点0 ：0倍退化位点 2 ：2倍退化位点 4 ：4倍退化位点Statistics→nucleotide composition 核苷酸组成
Distance→compute pairmise distance…→OK→compute两两遗传距离。

seqman教程

利用SeqMan进行序列拼接Step1:打开Seqman软件Step2:加入你要拼接的序列点击Add sequences查找并选中要拼接的序列（可按住control键进行多选）点击Add按钮填加选择的序列填加完后点击done注：最好用测序的图谱尽量不要直接用测序得到的序列Step3:去除末端序列主要是去除序列末端测序质量差或是载体序列有两种方法可以用来去除这类末端序列其一：利用Seqman自带的去除工具自动去除（利用Trim ends按钮进行）其二：手工去除个人感觉手工去除方法最有效，因此下边我们以后工去除为例进行演示手工去除侧翼序列双击要去除侧翼序列的目标序列将鼠标放到测序图谱左边的一个黑色的竖线上，此时鼠标会变成一个有两个箭头的水平线按住左键拖动黑竖线，那么你就会发现侧翼序列的颜色变浅，这部分变浅的序列则就被去除，不再参加后面的拼接此步请将测序不准确或认为是载体的序列用这种方法去除。

测序准确的峰形图峰形规则，一般在序列的中部，如下图所示测序不准确的峰形图峰形较乱，很难判断是哪个碱基，一般位于序列两端，如下图所示Step4:进行序列拼接点击Assemble按钮在新出现窗口处点击拼接好的contig1在出现的Alignment of contig1 窗口中点击左三角显示序列的测序图谱点击菜单contig->strategy view可以观察序列拼接的宏观图Step5:查找拼接错误find conflict 点击菜单Edit点击Find Previous或Find Next查找接接中出现的错误还可以通过Seqman左下角的快捷按钮查找错误的拼接查找错误的拼接错误的拼接的类型类型1：两条序列的测序结果不一致并明显一条测序质量好而另一条质量差处理：直接将该处修改为正确的碱基类型2：两条序列的测序结果不一致并两条测序质量都比较差处理：重新测序或用新的合适引物重新测定类型3：两条序列的测序结果不一致并明显两条测序质量都好处理：测序过程出现问题，重新测定Step6:导出拼接的序列可选择合适的格式，导出拼接好的序列通过以上几步我们就能很快将几个测序片段进行拼接，大家可以拿着自己的序列试试!当然如果两个测序片段的拼接片段太短可能利用默认的参数不能完成拼接，大家可以试着修改一下拼接参数试试!如降低Match size及Minimum Match Percentage的值!修改参数命令。