(完整word版)计算机辅助药物设计重点

第一章

1、药物研发二期有双盲实验，三期之后药物可以上市

2、新药研发特点: 费用大，投入高，时间长

3、计算机辅助药物设计的优势

（1）指导有目的地开发新药，减少盲目性和偶然性。

（2）加快研制新药速度，节省人力、物力和财力。

（3）为研究者提供理论思维形象化的表达，直观设计，理解和解释实验结果。

（4）只是辅助性工具，仍需研究者的经验判断和指导。

4、什么是先导化合物？

在创新药研究过程中，大量合成的有机化合物和分离得到的天然产物有效成分，经过有效的药理模型进行随机筛选，从而发现具有进一步开发价值的化合物，称之为先导化合物。

5、药物的研发流程包括哪些步骤？（I,II,III,IV期都干了什么）

第二章

1.键长：分子中两个成键原子核之间的距离。

2.键角：在多原子分子中，两个或者两个以上的原子与其他原子在成键以后，键与键之间的夹角。

3.键的极性：

（1）非极性共价键：两个相同原子组成的共价键。

（2）极性共价键：两个不相同原子组成的共价键，

4.药物成盐的主要作用

（1）产生较理想的药理作用

（2）调节适当的PH值

（3）使药物有良好的溶解性

（4）降低药物对机体的刺激性

5.手性一词指一个物体与其镜像不重合

6.会画手性

7.R / S 命名法（会判断RS）

（1）按次序规则将手性碳原子上的四个基团排序。

（2）把排序最小的基团放在离观察者眼睛最远的位置，观察其余三个基团由大→中→小的顺序，若是顺时针方向，则其构型为R，若是反时针方向，则构型为S。

次序规则：

（1）原子序数大者优先，同位素者以质量大为优先；

（2）第一原子相同，则比较第二个原子，余类推；

（3）不饱和键视为两个或三个单键；

CH3

C

HO CH

2CH3

CH3

C

HO

CH2CH3

H

C

CH2CH3

HO CH

3

S R R

8.药物代谢是指在酶的作用下将药物（通常是非极性分子）转变成极性分子，再通过人体的正常系统排出体外

9.毒性避免策略

（1）避免警戒结构出现

（2）提供较警戒结构更易代谢的基因

（3）减小药物剂量

（4）堵塞活性位点，利用卤代素取代

10.药物代谢的意义

当药物进入机体后，一方面药物对机体产生诸多生理作用，即药效和毒性；另一方面，

机体也对药物产生作用，即对药物的处置，包括吸收、分布、排泄和代谢。

11.药物代谢反应对药物活性的影响：

由活性药物转化成无活性代谢物

由无活性药物转化成活性代谢物

由活性药物转化成仍有活性的代谢物

由无毒性或毒性小的药物转化成毒性代谢物

经生物转化改变药物的药理作用

12.官能团化反应类型

氧化反应、还原反应、水解反应

13.结合反应

药物在体内通过氧化、还原、水解等转化后，与内源性物质如葡糖醛酸、硫酸盐、氨基酸或谷胱甘肽等结合，生成水溶性的、无药理作用的产物，从尿液（分子量<300）或胆汁排出体外，这一过程称为结合反应

14.结合反应类型

与葡糖醛酸的结合、与硫酸基结合、与氨基酸的结合、与谷胱甘肽的结合、乙酰化反应、甲基化反应

第三章

1.生物大分子结构方面的特征与共性

（1）具有多种单体的共聚物

（2）具有多层次结构

（3）生物大分子结构的可变性

2.生物大分子功能方面的特征与共性

（1）作用的专一性

（2）作用的配合与协调

3.药物靶点分类

受体（G蛋白偶连受体）、酶、离子通道、核酸、其他

4.氨基酸有无数种，天然氨基酸有200-300种，在生物体内的氨基酸有20多种

5.药物进行糖基化的主要作用：

（1）增加药物的溶解性

（2）调节药物的血浆半衰期

（3）提高药物的结合特异性

（4）改变母体药物的药理活性

6.为什么蛋白质是有手性的？

组成蛋白的基本结构单元有手性

第五章

1.化学信息学

化学信息学是近几年发展起来的一个新的化学分支，它利用计算机技术和计算机网络技术，对化学信息进行表示、管理、分析、模拟和传播，以实现化学信息的提取、转化与共享，揭示化学信息的实质与内在联系，促进化学学科的知识创新

2.mol2文件写出二维化学结构式

3.SMILES文件存储的优点

（1）高度浓缩和简洁地表达化学结构信息

（2）快速数据转换格式，支持立体结构和反应编码

（3）灵活易学，不依赖于软件和硬件

（4）在全球得到广泛应用

4.SMILES的基本规则

①原子由各自的原子符号表示；有歧义的双字母符号必须写在方括弧内；

如：[Fe＋2]或[Fe++] 表示Fe2+

②氢原子自动地添加直至自由价饱和而被省略（简单的氢连接）；

如：C 表示CH4

③相邻的原子表示彼此相连；用“.”表示原子间或分子各部分之间没有联结，各部分的排列是随意的；

如：CO 表示H3COH ；[Na+].[OH-] 表示NaOH

④双键和三键分别用“＝”和“#”表示；单键和芳香键可以省略；

如：C=C 表示H2C=CH2；C#C 表示HC≡CH；O=CO 表示HCOOH

⑤分支用小括弧表示；

如：CC(=O)O 表示

⑥环通过在两个原子之间的断环来描述，用分配的同一数字来表示“断开”环的“闭合”，不同的数字代表不同的环。

C1CCCCC1 表示

（7）用小写字母表示芳香结构中的原子

（8）在芳香结构中的N原子上连接有一个H原子，需要用[nH]表示

（9）用“/”和“\”表示双键两端的顺反结构

（10）用@和@@表示手性结构（@是逆时针，@@是顺时针）

5.会写结构的SMILES格式如

C1CNCCC1 O=C1OCCCC1