肿瘤个体化治疗基因检测流程
肿瘤基因检测的解读作业流程
从临床进入基因检测步骤是入口，检测结果结合临床信息进行合了解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、试验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个步骤。
其中第四部分临床解读部分即是依据检测结果、患者信息、医生共识综合判定，临床和遗传咨询有效衔接、充足沟通，最终出具临床解读汇报。
在做成临床解读汇报之前，首先需要将解读各个步骤进行明确，包含解读步骤步骤，解读技术细节。
这么才有可能真正做到解读规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好临床解读汇报，基因检测才能愈加好服务患者和临床医生。
从大框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库解读→和患者个体表征/临床病例结合解读。
1、读懂原始数据将测序原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard去除反复序列，使用GATK检测SNV和Indel变异，使用ANNOVAR 进行变异注释。
最终取得一份.vcf文件（图1）。
图1 从测序原始序列数据到vcf文件步骤一份vcf文件包含以下基础信息。
Chr：变异所在染色体Start：变异在染色体上起始位置End：变异在染色体上结束位置Ref：参考基因组序列Alt：检测样本基因组序列Func.refGene：变异所处参考基因功效区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处exonic特指外显子编码氨基酸区，不包含外显子UTR区）Gene.refGene：变异所处参考基因名称（假如是基因间，则是两侧基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中具体位置（假如是基因间，则是距离两侧基因距离）ExonicFunc.refGene：外显子区变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），假如这一栏是一个“.”话，就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene：氨基酸水平改变（同一个基因可能含有多个转录本，氨基酸改变位置在不一样转录本中有可能不一样）经注释后vcf文件还会包含以下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引发疾病名称CLINACC：该变异登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引发疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引发疾病所在数据库中IDPopFreqMax：该变异人群中最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组计划数据库中人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所ESP6500数据库中人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所ESP6500数据库中非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所ESP6500数据库中欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中人群等位基因频率。
肿瘤基因检测的解读流程
从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。
其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。
在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。
这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。
从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。
1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard 去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进行变异注释。
最后获得一份.vcf文件（图1）。
Func.refGene：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区）Gene.refGene：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离）ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax：该变异人群中的最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。
肿瘤基因检测的解读流程
从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。
其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。
在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。
这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。
从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。
1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard 去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进行变异注释。
最后获得一份.vcf文件（图1）。
图1 从测序的原始序列数据到vcf文件的流程一份vcf文件包含如下基本信息。
Chr：变异所在的染色体Start：变异在染色体上的起始位置End：变异在染色体上的结束位置Ref：参考基因组的序列Alt：检测样本基因组的序列：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区）：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离）：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax：该变异人群中的最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。
肿瘤基因检测的解读流程
从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。
其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。
在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。
这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。
从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。
1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard 去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进行变异注释。
最后获得一份.vcf文件（图1）。
Func.refGene：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区）Gene.refGene：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离）ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax：该变异人群中的最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。
肿瘤基因检测的解读流程
从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。
其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。
在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。
这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。
从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。
1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard 去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进行变异注释。
最后获得一份.vcf文件（图1）。
Func.refGene：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区）Gene.refGene：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离）ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax：该变异人群中的最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。
肿瘤个体化治疗检测技术指南(试行)
肿瘤个体化治疗检测技术指南(试行)-标准化文件发布号：（9456-EUATWK-MWUB-WUNN-INNUL-DDQTY-KII肿瘤个体化治疗检测技术指南（试行）前言肿瘤的个体化治疗基因检测已在临床广泛应用，实现肿瘤个体化用药基因检测标准化和规范化，是一项意义重大的紧迫任务。
本指南从诊断项目的科学性、医学实验室检测方法的准入、样本采集至检测报告发出的检测流程、实验室质量保证体系四个方面展开了相关论述，使临床医生能够了解所开展检测项目的临床目的、理解检测结果的临床意义及对治疗的作用；医学实验室为患者或临床医护人员提供及时、准确的检验报告，并为其提供与报告相关的咨询服务。
检测技术的标准化和实验室准入及质量保证对临床和医学实验室提出了具体的要求，以最大程度的保证检测结果的准确性。
本指南是参考现行相关的法规和标准以及当前认知水平下制定的，随着法规和标准的不断完善，以及肿瘤个体化治疗靶点基因的不断发现，本技术规范相关内容也将进行适时调整。
本指南起草单位：中国医学科学院肿瘤医院分子肿瘤学国家重点实验室、苏州生物医药创新中心，经国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会、中国抗癌协会相关专业委员会、中华医学会检验医学分会、中华医学会肿瘤学分会的专家修订。
本指南起草人：詹启敏、曾益新、王珏、姬云、钱海利、李晓燕、孙石磊目录1. 本指南使用范围 (1)2. 简介 (1)3. 标准术语和基因突变命名 (1)3.1标准术语 (1)3.2 基因突变命名 (2)3.3 参考序列 (2)3.4 各类变异 (3)4. 分析前质量保证 (6)4.1 样本类型及获取 (6)4.2 采样质量的评价 (7)4.3 样本采集中的防污染 (8)4.4 样本运送和保存 (8)5.分析中质量保证 (9)5.1 实验室设计要求 (9)5.2 检测方法 (9)5.3 DNA提取方法与质量控制 (17)5.4 RNA提取方法与质量控制 (18)5.5 试剂的选择、储存及使用注意事项 (18)5.6 核酸扩增质量控制 (19)5.7 设备维护和校准 (19)5.8 人员培训 (20)5.9 方法的性能验证 (20)6. 分析后质量保证 (22)6.1 检测结果的记录 (22)6.2 失控结果的记录与分析 (22)6.3 报告及解释 (22)6.4 记录保留 (23)6.5 检测后基因咨询 (23)6.6 样本（及核酸）保留与处理 (23)6.7 检测与临床数据收集与分析 (24)7. 肿瘤个体化医学检测的质量保证 (24)7.1 标准操作程序 (24)7.2 质控品 (24)7.3 室内质量控制 (25)7.4 室间质量评价 (26)7.5 PCR污染控制 (26)附录A：常见的检测项目 (28)A.1 基因突变检测项目 (28)A.2 基因表达检测项目 (39)A.3融合基因检测项目 (43)A.4 基因甲基化检测项目 (45)参考文献： (48)1. 本指南使用范围本指南由国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会制定，是国家卫生计生委个体化医学检测指南的重要内容，旨在为临床分子检测实验室进行肿瘤个体化用药基因的检测提供指导。
肿瘤个体化治疗基因检测教程课件
需要建立完善的法律框架来规范肿瘤个体化治疗基因检测 的相关活动，保护患者的权益和隐私，同时也保障技术的 正常发展。
监管体系的完善
为了确保基因检测的准确性和可靠性，需要建立完善的监 管体系，对相关机构和实验室进行严格的认证和监管。
05
肿瘤个体化治疗基因检测 案例分析
肺癌基因检测案例
患者情况
患者为52岁男性，长期吸烟史，诊断为肺腺 癌。
个体化治疗方案
针对T790M突变，采用第三代EGFR抑制剂 奥希替尼进行治疗。
基因检测结果
检测到EGFR基因突变，为T790M突变。
治疗效果
患者病情得到有效控制，肿瘤缩小，生活质 量提高。
结直肠癌基因检测案例
01
患者情况
患者为45岁女性，有家族遗传史， 诊断为结直肠癌。
肿瘤个体化治疗基因检测教 程课件
目 录
• 肿瘤个体化治疗基因检测概述 • 肿瘤个体化治疗基因检测的方法与技术 • 肿瘤个体化治疗基因检测的应用领域 • 肿瘤个体化治疗基因检测的挑战与前景 • 肿瘤个体化治疗基因检测案例分析
01
肿瘤个体化治疗基因检测 概述
定义与重要性
定义
肿瘤个体化治疗基因检测是指通过检测肿瘤组织或血液样本 中的基因变异情况，为患者提供针对性的治疗方案。
基因表达谱分析的结果有助于临床医生深入了解肿瘤的生 物学特征，为制定更加精准的治疗方案提供科学依据。
03
肿瘤个体化治疗基因检测 的应用领域
靶向治疗
靶向治疗是一种针对特定基因突变的治疗方法，通过抑制肿 瘤细胞的生长和扩散来达到治疗目的。基因检测可以检测出 与靶向治疗相关的基因突变，为患者提供更精准的治疗方案 。
个体化治疗方案
肿瘤的基因检测与个体化治疗
肿瘤的基因检测与个体化治疗在癌症治疗中，个体化医疗一直是一个重要的领域。
个性化医疗旨在根据病人个体特征和基因组信息，为其提供量身定制的治疗方案。
近年来，基因检测逐渐受到人们的关注，现在许多医院都提供基因检测服务。
本文将讨论基因检测在肿瘤治疗中的作用以及如何利用基因检测实现个性化治疗。
什么是基因检测？基因检测是一种使用生物技术和生物信息学技术对人类基因组进行分析和检测的方法。
基因检测是一种用来寻找人类基因与疾病之间的相关性的方法。
对于肿瘤来说，基因检测可以检测出与肿瘤相关的基因变异。
肿瘤的基因检测肿瘤的基因检测主要关注的是病人身上的肿瘤基因变异。
肿瘤基因变异是指肿瘤细胞与正常细胞基因不同的基因，肿瘤细胞基因的突变可能导致癌症的发生。
通过检测肿瘤基因变异，医生可以识别出哪些突变是有可能导致癌症的，从而为治疗提供更多的选择。
基因检测提供了一个非常有力的工具来研究肿瘤。
有了这个工具，医生们可以检测出患者肿瘤基因的突变，并帮助医生进行治疗选择。
同时，基因检测还可以指导患者进行预防和筛查。
例如，如果一个人携带了某种基因变异，那么医生将会建议他进行特定的筛查和预防措施。
个体化治疗在癌症治疗中，个体化治疗已经成为一个有力的工具。
个体化治疗根据病人的基因组信息和整体状况定制药物治疗方案。
个性化治疗方案的制定主要包括两个方面：一是基于患者的基因检测结果制定出符合患者基因特征的治疗方案，并将其称为“精准医学”；二是通过临床试验和细胞治疗等个性化方法，找到适合不同患者的治疗方法。
精准医学为个性化治疗提供了重要的前提条件。
通过基因检测，医生可以了解到患者的基因变异情况，从而制定出针对特定基因变异的治疗方案。
这种治疗可以针对特定的基因变异，更有针对性，因此更加高效。
同时，精准医学也为患者提供了更好的治疗结果，减少了药物的副作用。
结论肿瘤的基因检测和个性化治疗提供了新的治疗思路。
通过这些方法，医生可以更好地了解患者的基因特征和疾病情况，制定更为精确的治疗方案，从而改善治疗效果和生活质量。
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肿瘤个体化治疗基因检测流程1、目的：保证所有肿瘤组织准确检测，符合技术要求。
2、范围：所有技术人员及质检人员均适用。
3、职责：3.1技术主管负责本规程的执行和监督。
3.2所有技术人员必须严格按照本规程的要求进行操作。
4、主要内容：4.1病理常规操作4.1.1病理样本的接收4.1.1.1首先核对病理申请单与标本上的红色号码是否一致。
4.1.1.2核查病理申请单上写明的送检标本及数目是否与实际送检标本一致。
4.1.1.3观察送检标本的大小及固定液比例是否合适。
(1)穿刺活检及纤支镜所取的小标本，4％中性甲醛(10％中性福尔马林)固定组织的量应在6～10倍。
(2)对于较大的手术切除标本，应及时切开固定；核对后将病理申请单和标本编上病理标本号。
4.1.1.4将病人姓名、性别、年龄、病历号、科别、临床诊断、部位、标本来源、标本例数等逐项录入电脑存储。
4.1.1.5作为病理资料不仅要做好计算机录入工作，还须进行文字登记，以便病理档案长期保存。
4.1.2组织固定临床医师切取标本后，应尽快将标本置于盛有足够量固定液的容器内，尽量避免可能出现固定不及时或不充分导致标本干涸或腐败，无法进行切片制作。
添加的量应6～10倍于标本体积.4.1.3取材及其后期处理4.1.3.1病理科病理医生取材4.1.3.2核对标本及其标志与申请单是否一致。
4.1.3.3按照病理取材规范选取病变及正常组织。
4.1.3.4对送检标本进行大体描述。
4.1.3.5取材后的标本保存至少两周。
4.1.3.6放入自动脱水机进行水洗－脱水－透明－浸蜡前处理。
4.1.4包埋4.1.4.1先将熔化的石蜡倾入模具，再用加热的镊子夹取已经浸蜡的组织块，注意：特定的制定面或最下面向下埋入熔蜡。
4.1.4.2注意标本的编号和标本要对准，防止污染。
4.1.4.3为下一步切片准备，提供介质。
4.1.5切片4.1.5.1刀片锋利，组织块预冷。
4.1.5.2切5-10um的连续组织切片，置于玻片上。
4.1.5.3捞片，烘干。
4.1.6HE染色苏木素－伊红染色。
苏木素染细胞核（核酸），伊红染细胞质（蛋白），使组织细胞对比清晰，便于显微镜下观察。
主要流程：二甲苯脱蜡－梯度酒精脱二甲苯－苏木素染色－分化、返蓝－伊红－梯度酒精、二甲苯－封片。
4.2标本前处理4.2.1申请单填写4.2.1.1登记患者基本情况，包括姓名、性别、年龄、送检单位、床位、门诊号/住院号、送检日期、取材部位、病理诊断、标本病理号等4.2.1.2患者签署知情同意书，留下联系方式4.2.1.3患者病史及临床情况有无手术（穿刺标本）、手术时间、术前术后有无化疗、化疗方案及化疗效果及毒副作用（相关血项指标、胃肠反应、皮肤反应、神经反应等）、治疗的单位、癌症有无转移、复发或者不能切除、相关病史及家族史4.2.2送检标本种类外周全血；胸腹水；痰；尿新鲜(冰冻)标本；内镜活检标本；手术标本蜡块或切片外周血4.2.3送检标本要求新鲜标本用10%中性福尔马林固定或用RNAlater浸泡20分钟以上（常温可保存10天）外借病理蜡块，常规病理大小即可常规石蜡切片（10张白片），5-10um，常温送检4.2.4样本评估血：保存温度、时间，是否凝固胸腹水、尿及痰：涂片HE染色观察结果是否有癌细胞蜡块或白片：组织保存时间、福尔马林固定时间、组织大小、有无癌细胞4.2.5申请单登记入册登记基因检测申请号、姓名、送检单位、病理号、检测项目4.3基因检测前处理4.3.1石蜡白片前处理4.3.1.1烤片（90-95℃，0.5小时）4.3.1.2脱蜡（过夜，最后一缸换新二甲苯）4.3.1.3HE染色4.3.1.4镜下区分选择肿瘤组织4.3.1.5刮片4.3.1.6消化肿瘤组织（200μlTL+20μlOB酶，55℃2-3h消化时间视具体情况定）4.3.2DNA的提取4.3.2.1血液DNA提取4.2.2.1.1250μl抗凝血加入250μl Buffer BL和25μl OB酶，70℃孵育15分钟。
4.3.2.1.2加入260μl无水乙醇震荡混合约20秒。
4.3.2.2.3取上清转入收集柱中，12000rpm离心2分钟。
4.3.2.2.4将收集柱置一新收集管上，加入500μl HB solution，12000rpm离心2分钟。
4.3.2.2.5加入700μl wash Buffer，12000rpm离心2分钟。
空甩离心，12000rpm2分钟。
4.3.2.2.6将收集柱置一新1.5ml离心管上，加入50μl70℃预热的洗脱液，静置5分钟，12000rpm离心4分钟洗脱，即为DNA模板。
4.3.2.2.7琼脂糖电泳检测提取DNA质量（或用分光光度计定量并记录）。
4.3.2.2石蜡DNA提取4.3.2.2.1在消化充分的组织中加入220μl BUffer BL，震荡混合，于70℃孵育。
4.3.2.2.2加入220μl无水乙醇震荡混合约20秒。
4.3.2.2.3取上清转入收集柱中，12000rpm离心2分钟。
4.3.2.2.4将收集柱置一新收集管上，加入500μl HB solution，12000rpm离心2分钟。
4.3.2.2.5加入700μl wash Buffer，12000rpm离心2分钟。
4.3.2.2.6空甩离心，12000rpm2分钟。
4.3.2.2.7将收集柱置一新1.5ml离心管上，加入50μl70℃预热的洗脱液，静置5分钟，12000rpm离心4分钟洗脱，即为DNA模板。
4.3.2.2.8琼脂糖电泳检测提取DNA质量（或用分光光度计定量并记录）。
4.3.3RNA的提取4.3.3.1石蜡组织RNA的提取RNAlater样本处理另注4.3.3.1.1加入250μlbufferPKD和10μl的蛋白酶K,涡旋混匀后，55°C孵育2-3h，80°C15min。
4.3.3.1.2然后加入500μl的bufferRBC，充分混匀。
4.3.3.1.3将溶液转入gDNA Eliminator spin柱内，10000g离心30s，吸取收集管内液体至新的离心管，重复操作直至溶液都过滤收集柱。
4.3.3.1.4在溶液内加入1200μl无水乙醇，混匀，将溶液转入RNeasy MinElute spin柱内，10000g离心15s，弃收集管内液体。
4.3.3.1.5加入500μl buffer RPE，10000g离心15min，弃收集管内液体。
4.3.3.1.6加入500μl buffer RPE,10000g离心2min。
小心将柱取出，放入一新的收集管内，最大速度离心5min（将柱盖打开）4.3.3.1.7将柱放入1.5ml收集管内，加入40-60μl无Rnase酶水，盖上盖子，室温放置2min，最大速度离心1min洗脱RNA.4.3.3.2血RNA的提取4.3.3.2.1300μl全血+1500μl1×buffer ERL（150μl10×ERL+1350μl H2O）混匀。
同时做3管。
4.3.3.2.2冰上孵育10min，至半透明。
4.3.3.2.3450g4℃，10min，弃上清。
4.3.3.2.4600μl1×buffer ERL混匀，洗涤细胞。
洗涤后合并3管液体。
4.3.3.2.5450g4℃，10min，弃上清。
4.3.3.2.6600μl TRK裂解液+12μlβ-巯基乙醇吹打混匀（可以暂时-70℃冻存）。
加等体积70%乙醇，吹打混匀。
4.3.3.2.7将液体转入HiBind RNA提取柱内（<800μl/次），10000g 离心1min，弃收集管内液体，重复操作直至所有液体都过柱。
4.3.3.2.8加700μl RNA wash BufferⅠ，10000g离心1min弃收集管内液体。
4.3.3.2.9换新的收集管，加500μl RNA wash BufferⅡ，10000g 离心1min弃收集管内液体。
4.3.3.2.10柱内加500μl RNA wash BufferⅡ，10000g离心1min 弃收集管内液体。
4.3.3.2.1112000g空柱离心2min。
4.3.3.2.12取一新的1.5ml离心管，在柱中央加入40μl洗脱液，12000g离心1min。
4.3.3.2.13核酸蛋白仪检测提取RNA纯度及浓度。
-70℃保存RNA。
4.4基因操作4.4.1PCR扩增（以K-ras为例）4.4.1.1反应体系为：4.4.1.2PCR反应条件：置PCR扩增仪中95℃预变性15min用TouchdownPCR，94℃变性50秒，63℃-58℃退火1分钟，72℃延伸1分钟，共循环10次，94℃变性50秒，57℃退火1分钟，72℃延伸1分钟，共循环30次，最后于72℃延伸10分钟。
4.4.1.3电泳图用1.5%琼脂糖凝胶电泳观察PCR扩增产物是否为单一目的条带。
4.4.1.4PCR产物纯化4.4.1.4.1加100μlPCR-A液，混匀，转入纯化柱内，室温静置10min，12000rpm离心2min。
4.4.1.4.2弃收集管内液体，加700μlwashing buffer，12000rpm 离心2min。
4.4.1.4.3弃收集管内液体，加400μlwashing buffer，12000rpm 离心2min。
4.4.1.4.4弃收集管内液体，12000rpm离心2min。
4.4.1.4.5柱内加30μl70°C预热洗脱液，12000rpm离心2min。
4.4.1.5测序反应（以K-ras为例）4.4.1.5.1反应体系为：4.4.1.5.2测序产物纯化a.每管加1μlEDTA（125mM）;1μlNaAc（3M）到管里。
b.每管加100μl100%酒精，震荡混匀，室温静置15min。
c.10°C;4000rpm离心30min，马上倒置，1200rpm离心1min。
d.每管加100μl70%酒精，5°C;4000rpm离心30min，马上倒置，1200rpm离心1min。
e.37°C;30min挥发净酒精，加10μl Hi-Di溶解DNA。
f.95°C；变性5min，4°C；4min，加样上机。
4.4.1.6片段分析操作a多重荧光PCR：15μlPCRmix＋五种（胃肠）或七种（尿）引物0.8μl（其中D17S283加1.2μl）＋1μlDNA.条件：95°C15min，94°C1min，56°C1min，72°C1min，30个cycle.b２μlPCR产物＋0.4μlLIZ size standard+8μl HiDi,95°C5min,4°C冰冷5min。