2017 研究生 生物信息学 蛋白部分(上机)_2
生物数据上机实验报告
一、实验名称生物数据上机实验二、实验目的1. 熟悉生物数据处理的常用软件及其基本操作。
2. 学习生物数据的整理、分析和可视化方法。
3. 培养对生物数据的敏感性和分析能力。
三、实验原理生物数据是指生物科学研究中收集到的各种数据，包括基因组学、蛋白质组学、代谢组学等领域的实验数据。
本实验旨在通过上机操作，学习如何使用生物信息学软件对生物数据进行整理、分析和可视化，从而更好地理解生物学现象和规律。
四、实验器材1. 电脑2. 生物信息学软件（如R、Python、MATLAB等）3. 生物数据集五、实验步骤1. 数据整理- 下载并导入生物数据集。
- 检查数据完整性，包括数据类型、缺失值等。
- 对数据进行清洗，去除异常值和噪声。
2. 数据分析- 使用R或Python等软件进行数据分析。
- 根据实验目的，选择合适的统计方法进行分析，如相关性分析、差异分析等。
- 使用可视化工具（如ggplot2、Seaborn等）展示分析结果。
3. 结果可视化- 将分析结果以图表形式展示，如散点图、柱状图、热图等。
- 对图表进行美化，包括字体、颜色、标题等。
4. 结果讨论- 根据分析结果，对生物学现象进行解释和讨论。
- 提出进一步研究的方向和假设。
六、实验结果1. 数据整理- 导入数据集：成功导入基因组学数据集，数据包含基因表达水平、样本信息等。
- 数据检查：发现数据集中存在缺失值，已进行清洗处理。
2. 数据分析- 相关性分析：分析基因表达水平与样本信息之间的相关性，发现某些基因与样本类型之间存在显著相关性。
- 差异分析：分析不同样本类型之间的基因表达差异，发现某些基因在特定样本类型中表达水平显著升高或降低。
3. 结果可视化- 散点图：展示基因表达水平与样本信息之间的相关性。
- 柱状图：展示不同样本类型中基因表达水平的差异。
- 热图：展示基因表达水平的聚类情况。
4. 结果讨论- 根据分析结果，推测特定基因可能与特定样本类型相关，进一步研究该基因在生物学过程中的作用。
生物信息学实验报告3（三）蛋白质序列分析
⽣物信息学实验报告3（三）蛋⽩质序列分析（三）蛋⽩质序列分析实验⽬的：掌握蛋⽩质序列检索的操作⽅法，熟悉蛋⽩质基本性质分析，了解蛋⽩质结构分析和预测。
实验内容：1、检索SOX-21蛋⽩质序列，利⽤ProParam⼯具进⾏蛋⽩质的氨基酸组成、分⼦质量、等电点、氨基酸组成、原⼦总数及疏⽔性（ProtScale⼯具）等理化性质的分析。
2、利⽤PredictProtein、PROF、HNN等软件预测分析蛋⽩质的⼆级结构；利⽤Scan Prosite软件对蛋⽩质进⾏结构域分析。
3、利⽤TMHMM、TMPRED、SOSUI等⼯具对蛋⽩质进⾏跨膜分析；采⽤PredictNLS进⾏核定位信号分析；利⽤PSORT进⾏蛋⽩质的亚细胞定位预测；利⽤CBS（http://www.cbs.dtu.dk/services/ProtFun/）⽹站⼯具预测蛋⽩的功能，将序列⽤Blocks、SMART、InterProScan、PFSCAN等搜索其保守序列的特征，进⾏motif 的结构分析。
4、利⽤Swiss-Model数据库软件预测该蛋⽩的三级结构，结果⽤蛋⽩质三维图象软件Jmol查看。
CPHmodels 也是利⽤神经⽹络进⾏同源模建预测蛋⽩质结构的⽅法和⽹络服务器I-TASSER预测所选蛋⽩质的空间结构。
5、分析蛋⽩质的翻译后修饰：分析信号肽及其剪切位点: SignalIP http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/；分析糖链连接点:分析O－连接糖蛋⽩,NetOGlyc，http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/；分析N－连接糖蛋⽩，NetNGlyc，http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/。
6、利⽤检索的序列，进⾏同源⽐对，获得并分析⽐对结果。
实验步骤（⼀）1、在NCBI 蛋⽩质数据库中查找SOX-21蛋⽩质序列分别选择⽖蟾（Xenopus laevis）、⼩家⿏[Mus musculus]、猕猴[Macaca mulatt a]的SOX-21蛋⽩质序列，并保存其FASTA格式。
生物信息学揭示蛋白质网络互作关系方法总结
生物信息学揭示蛋白质网络互作关系方法总结引言：生物信息学作为一门交叉学科，将计算机科学和统计学等方法应用于生物学研究中。
蛋白质是生物体中非常重要的分子，它们在细胞内发挥着许多关键的功能。
蛋白质之间的相互作用关系对于理解细胞活动的调控机制，以及疾病的发生和发展具有重要意义。
生物信息学为研究蛋白质网络互作关系提供了一系列的方法和工具，本文将对其中一些常用的方法进行总结。
一、蛋白质互作网络构建蛋白质互作网络是研究蛋白质相互作用关系的重要工具。
构建蛋白质互作网络的方法主要包括实验方法和计算方法。
实验方法包括酵母双杂交（yeast two-hybrid）和蛋白质亲和纯化等。
酵母双杂交是最常用的实验方法，它能够鉴定蛋白质之间的直接相互作用关系。
蛋白质亲和纯化则通过分离互作蛋白质复合物，从而揭示其互作关系。
计算方法主要基于蛋白质的序列和结构信息进行预测和推断，常用的方法包括序列相似性、结构相似性和基于功能注释的预测。
二、蛋白质互作网络分析蛋白质互作网络分析是研究蛋白质网络拓扑结构和功能模块的重要手段。
网络拓扑结构包括节点度数分布、网络密度、聚类系数等指标，通过分析这些指标可以了解蛋白质网络的内在特性和功能模块的组织结构。
功能模块指的是在蛋白质网络中相互连接的一组蛋白质，这些蛋白质在生物学功能上具有一定的相似性。
常用的蛋白质网络分析方法包括模块识别、关键节点识别和基因本体富集分析等。
1.模块识别模块识别是研究蛋白质网络中相互关联的蛋白质子网络的方法。
常用的模块识别算法包括MCL算法、GN算法和Louvain算法等。
这些算法能够将蛋白质网络分解成若干个相互关联的子网络，并且可以根据模块的特点进行功能注释和富集分析。
模块识别的结果可以帮助我们理解蛋白质网络中功能模块的组织结构，揭示蛋白质之间的相互作用关系。
2.关键节点识别关键节点在蛋白质网络中具有重要的功能和调控作用。
关键节点识别的方法主要基于网络拓扑结构和节点的重要性指标。
蛋白质生物信息学(共45张PPT)
利用生物信息学软件DNAman将VH-L-L的核苷酸序列翻译
为氨基酸序列
利用NCBI提供的ORF Finder预测VH-L-L的 ORF，从预测结果看出VH-L-L是一段连续 的较长的ORF，它可能是一个完整的编码 序列
利用ProtParam对VH-L-L的氨基酸序列及基本 理化性质进行了分析。
析，更加深入地理解DNA序列，结构，演化及其 与生物功能之间的关系。
研究课题涉及到分子生物学，分子演化及结构生 物学，统计学及计算机科学等许多领域。
研究过程
以数据（库）为核心 1 数据库的建立 2 生物学数据的检索 3 生物学数据的处理 4 生物学数据的利用：计算生物学
研究展望
由于生物信息学是基于分子生物学与多种学科交叉而成的 新学科，现有的形势仍表现为各种学科的简单堆砌，相互之 间的联系并不是特别的紧密。在处理大规模数据方面，没 有行之有效的一般性方法；而对于大规模数据内在的生成 机制也没有完全明了，这使得生物信息学的研究短期内很 难有突破性的结果。
第一节生物信息学与蛋白质工程 一、生物信息学概述
生物信息学是利用应用数学、信息学、统计 学和计算机科学的方法研究生物学的问题。
1987年，林华安首创Bioinformation 一词，被誉为”世界生物信息之父”。
概述
生物信息学分子生物学与信息技术（尤其是互联网 技术）的结合体。
研究材料和结果就是各种各样的生物学数据 研究工具是计算机
由于DNA自动测序技术的快速发展，
DNA数据库中的核酸序列公共数据量 以每天106bp速度增长，生物信息迅速 地膨胀成数据的海洋。毫无疑问，我们 正从一个积累数据向解释数据的时代转 变，数据量的巨大积累往往蕴含着潜 在突破性发现的可能。 “生物信息学” 正是从这一前提产生的交叉学科。
研究生 生物信息学 蛋白部分(上机)_1[30页]
![研究生 生物信息学 蛋白部分(上机)_1[30页]](https://img.taocdn.com/s3/m/2c2e9d8f83c4bb4cf6ecd138.png)
蛋白质表达
蛋白质参与的相互作用
STRING数据库中 SOD1蛋白与其他蛋白相互作用信息
蛋白质结构
点击进入PDB数据库中该蛋白的链接
蛋白家族和结构域
Prosite数据库中的保守结构域
Prosite数据库中的人SOD1蛋白的保守结构域
蛋白质序列
FASTA格式序列
蛋白涉及5条通路 点击进入详细条目
SOD1参与的过氧化物酶途径
蛋白质在其他数据库中的链接
SOD1 相关的文献
课堂练习作业： 查询人类P53蛋白，说明其主要功能、主
要的结构域、主要的翻译后修饰、参与的代 谢途径、相互作用的蛋白、主要涉及的疾病
GO分析 分子功能、生物过程
Gene Ontology（GO分类）
Gene Ontology包含了基因参与的生物过程，所处的细 胞位置，发挥的分子功能三方面功能信息，并将概念 粗细不同的功能概念组织成DAG（有向无环图）的结 构。
Gene Ontology是一个使用有控制的词汇表和严格定义 的概念关系，以有向无环图的形式统一表示各物种的 基因功能分类体系，从而较全面地概括了基因的功能 信息。
UniProKB数据库
实例： 获取SOD1人超氧化物歧 化酶的功能及结构信息。
输入
以人类SOD1为例，介绍Uniprot数据库中贮存形式
选择目标数据库
输入目标蛋白
点击查找
最常见物种
选择物种为人的SOD1蛋白
快速导航栏 方便查找
蛋白主要的功能
特征序列注释
KEGG通路分析
KEGG日本京都基因和基因组百科全书
全球影响力最大的代谢数据库之一，它的生物学 途 径 （ pathway ） 数 据 库 有 细 分 成 代 谢 （ metabolism ） 、 遗 传 信 息 处 理 （ genetic information processing ） 、 环 境 信 息 处 理 （environmental information processing）细胞代谢 （cellular process）和人类疾病（human disease）5 个方面
《生物信息学》练习题剖析
《⽣物信息学》练习题剖析1、在Genbank中查找以下6个植物蛋⽩序列：protein1:NP_974673.2; protein2: NP_187969.1; protein3: NP_190855.1; protein4: NP_565618.1; protein5: NP_200511.1; protein6: NP_191407.1 (以FASTA格式)。
（1）⽤EBI上的ClustalW2⼯具对其进⾏多序列⽐对，分析各蛋⽩序列之间的同源性。
序列⽐对结果⽐对结果表明：protein1:NP_974673.2和protein4: NP_565618.1的亲缘关系最近。
（2）利⽤Phylip软件，选择距离法构建其进化树（要求写出具体的建树步骤）。
1．将蛋⽩序列保存为FASTA格式，存于txt⽂档；2.⽤Clustalx打开txt⽂本，保存为*.phy⽂件；3.⽤seqboot程序打开phy⽂件，输出结果⽂件*_seqboot4.⽤protdist程序打开*_seqboot⽂件，输出为*_protdist⽂件5. ⽤neighbor程序打开*_protdist⽂件,输出为*_neighbor⽂件6. ⽤consense程序打开*_neighbor⽂件,输出为*_consense⽂件7.⽤dratree程序打开*_consense⽂件得到进化树。
（注：由于seqboot软见⽆法正常运⾏，因此进化树⽆法显⽰）（3）任意选取其中的⼀个蛋⽩进⾏蛋⽩质⼀级序列分析、⼆级结构预测及三维结构的模拟。
选择protein3: NP_190855.1⼀级结构⽹址：/doc/37d58381b04e852458fb770bf78a6529647d350c.html /tools/protparam.html Number of amino acids: 456 氨基酸数⽬Molecular weight: 51154.5 相对分⼦质量Theoretical pI: 8.69 理论 pI 值Amino acid composition 氨基酸组成Ala (A) 30 6.6%Arg (R) 28 6.1%Asn (N) 15 3.3%Asp (D) 27 5.9%Cys (C) 5 1.1%Gln (Q) 18 3.9%Glu (E) 28 6.1%Gly (G) 37 8.1%His (H) 16 3.5%Ile (I) 16 3.5%Leu (L) 42 9.2%Lys (K) 32 7.0%Met (M) 5 1.1%Phe (F) 17 3.7%Pro (P) 16 3.5%Ser (S) 46 10.1%Thr (T) 21 4.6%Trp (W) 8 1.8%Tyr (Y) 19 4.2%Val (V) 30 6.6%Pyl (O) 0 0.0%Sec (U) 0 0.0%(B) 0 0.0%(Z) 0 0.0%(X) 0 0.0%正/负电荷残基数Total number of negatively charged residues (Asp + Glu): 55Total number of positively charged residues (Arg + Lys): 60Atomic composition: 原⼦组成Carbon C 2270Hydrogen H 3531Nitrogen N 645Oxygen O 686Sulfur S 10Formula: C2270H3531N645O686S10 分⼦式Total number of atoms: 7142 总原⼦数Extinction coefficients: 消光系数Extinction coefficients are in units of M-1 cm-1, at 280 nm measured in water.Ext. coefficient 72560Abs 0.1% (=1 g/l) 1.418, assuming all pairs of Cys residues form cystines Ext. coefficient 72310Abs 0.1% (=1 g/l) 1.414, assuming all Cys residues are reducedEstimated half-life: 半衰期The N-terminal of the sequence considered is M (Met).The estimated half-life is: 30 hours (mammalian reticulocytes, in vitro).>20 hours (yeast, in vivo).>10 hours (Escherichia coli, in vivo).Instability index: 不稳定系数The instability index (II) is computed to be 48.99This classifies the protein as unstable.Aliphatic index: 75.26 脂肪系数Grand average of hydropathicity (GRAVY): -0.554 总平均亲⽔性/doc/37d58381b04e852458fb770bf78a6529647d350c.html /tools/protscale.html蛋⽩质亲疏⽔性分析所⽤氨基酸标度信息Ala: 1.800 Arg: -4.500 Asn: -3.500 Asp: -3.500 Cys: 2.500 Gln: -3.500 Glu: -3.500 Gly: -0.400 His: -3.200 Ile: 4.500 Leu: 3.800 Lys: -3.900 Met: 1.900 Phe: 2.800 Pro: -1.600 Ser: -0.800 Thr: -0.700 Trp: -0.900 Tyr: -1.300 Val: 4.200 : -3.500 : -3.500 : -0.490分析所⽤参数信息Weights for window positions 1,..,9, using linear weight variation model:1 2 3 4 5 6 7 8 91.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00edge center edge跨膜结构预测结果（没有跨膜结构）信号肽分析：⼆级结构预测三级结构预测⽹站/doc/37d58381b04e852458fb770bf78a6529647d350c.html /~phyre2、在拟南芥基因组数据库中（/doc/37d58381b04e852458fb770bf78a6529647d350c.html /）查找编号分别为At4G33050, At3G13600，At3G52870或At2G26190基因，针对所查找的基因进⾏初步的⽣物信息学分析（每⼈任选其中⼀个基因）。
生物信息学-蛋白质性质和结构分析
（二） 分析蛋白质的二级结构 二级结构：主要是氢键维持的结构 －螺旋（-helix） －折叠（-sheet）
转角（turn） 环（loop）
无规则卷（random coil）
Chou-Fasman method
蛋白质的 pI、Mw、氨基酸组成等
2. 分析蛋白质的疏水性 打开/tools/ 在“Primary structure analysis”栏目选择 “ProtScale”分析软件 在ProtScale主页 （/protscale/） 粘贴序列、选择分析方法
（三） 分析蛋白质的三级结构 1. 根据已知蛋白质结构推测未知蛋白质结构
BLAST 检索 在蛋白质结构数据库（PDB） 中检索同源蛋白质的结构
2. 通过分子建模（molecular modeling）分析蛋白质结构
分析复杂 适用于专业人员
Phyre2 /phyre2/html/page.cgi?id=index
蛋白质性质和结构分析
ExPASy (Expert Protein Analysis System)
Nucleic Acids Research 2003, 31:3784-8
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) 的分析工具
蛋白质的亲水和疏水性分析结果，有文字 和图形两种显示方式
3. 分析蛋白质的保守结构域
在文本框“Scan a sequence against PROSITE patterns and profiles”粘贴序列
使用缺省参数（ exclude patterns with a high probability of occurrence）
生物信息学上机指南3
《生物信息学》上机指南（三）实验三、分子系统发育分析 2学时教学要求：1、了解系统发育分析原理、步骤、方法。
2、掌握phylip、Mega等软件的下载与使用。
3、学习进化树结果分析。
重点掌握phylip、Mega的使用。
实验步骤：1.基于细胞色素c氨基酸序列的真核生物系统发育分析细胞色素c（cytochrome c）是一种含血红素的电子转运蛋白，它存在于所有真核生物的线粒体中，参加呼吸作用。
细胞色素c的氨基酸顺序分析资料已经用来核对各个物种之间的分类学关系，以及绘制进化树。
本实验利用Mega软件，采用邻位相接法，构建43种真核生物细胞色素c系统进化树。
类群中文名称拉丁学名蛋白质登录号哺乳类人Homo sapiens P99999黑猩猩Pan troglodytes P99998恒河猴Macaca mulatta P00002大袋鼠Macropus giganteus P00014家兔Oryctolagus cuniculus P00008小家鼠Mus musculus CAA25899 马Equus caballus P00004绵羊Ovis aries P62896牛Bos taurus P62894野猪Sus scrofa P62895狗Canis familiaris P00011南象海豹Mirounga leonina P00012长翼蝠Miniopterus schreibersii P00013河马Hippopotamus amphibius P00007鸟类鸸鹋Dromaius novaehollandiae P00018 鸵鸟Struthio camelus P00019 原鸡Gallus gallus P67881 火鸡Meleagris gallopavo P67882企鹅Aptenodytes patagonicus P00017 家鸽Columba livia P00021绿头鸭Anas platyrhynchosP00020爬行类拟鳄龟Chelydra serpentina P00022 两栖类牛蛙Rana catesbeiana P00024硬骨鱼类长鳍金枪鱼Thunnus alalunga P81459 太平洋鲣鱼Katsuwonus pelamis P00025 斑马鱼Danio rerio Q6IQM2软骨鱼类角鲨Squalus sucklii P00027 圆口类七鳃鳗Entosphenus tridentatus P00028 棘皮动物红海星Asterias rubens P00029 环节动物赤子爱胜蚓Eisenia fetida P00030昆虫沙漠蝗Schistocerca gregaria P00040 烟草天蛾Manduca sexta P00039 眉纹天蚕蛾Samia cynthia P00037 铜绿蝇Lucilia cuppina P00036植物小麦Triticum aestivum P00068水稻Oryza sativa BAA02159 向日葵Helianthus annuus P00070菠菜Spinacia oleracea P00073银杏Ginkgo biloba P00074芝麻Sesamum indicum P00054真菌毕赤酵母Pichia anomala P00042 白色念珠菌Candida albicans P53698 粗糙脉胞菌Neurospora crassa P000481.1.序列获取（1） 用记事本将蛋白质登录号粘进去，每个登录号占一行，存为Sequence_ID.txt。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
分析蛋白质的跨膜区
直接输入http://embnet.vital-it.ch/software/TMPRED
采用的氨基酸标度 采用Tmbase作为跨膜蛋白数据库
最短和最长的跨膜螺旋疏水区长度 选择合适的输入格式
1、贴入蛋白质序列 2、选择合适的参数 3、运行计算
氨基酸数量 分子量 理论等电点
氨基酸组成
消光系数
预测半衰期 不稳定系数 脂肪氨基酸系数
GRAVY值
消光系数—反映了蛋白在特定波长下吸收可见光或 不可见光的能力，可用来测蛋白浓度。
不稳定系数—预测对应蛋白质在试验中稳定性。
小于40时，预测蛋白稳定
大于40时，预测蛋白不稳定
脂肪系数—计算球状蛋白脂肪族氨基酸侧链所占相 对体积，反映了蛋白质的热稳定性。
比对的数据库
该序列结构域信息 （PROSITE数据库信息）
图形化比对结果
可能匹配的序列列表
BLAST结果评价
Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这是
对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和的结果，一般来 说，匹配片段越长、 Score值越大，则相似性越高 。
E value:在相同长度的情况下，两个氨基酸残基（或
选择“TMHMM”分析软件 （ http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/)
在TMHMM主页粘贴序列进行分析
分析蛋白质的跨膜区
直接输入 http://embnet.vital-it.ch/software/TMPRED
1、输入序列 2、运行软件
结果输出
1、胞外区 2、跨膜区 3、胞内区
选择“protparam”分析软件 （ /protparam/)
在protparam主页粘贴序列进行分析
计算蛋白质的氨基酸组成、等电点、 分子量、疏水性等
也可以直接输入 /protparam/
1、贴入蛋白质序列 2、运行计算
结果输出1
可能的跨膜区
相关性列表
起始 终止 得分 中心
位置 位置
位置
以P02699牛型 推荐备选模型 注意跨膜方向
结果输出3
图形化结果输出
横坐标为氨基酸位置，纵坐标为跨膜性得分
1.4.2. TMHMM：分析蛋白质跨膜区
进入ExPASy 的“Resource A…Z”网页 （/resources)
其跨膜区预 测位置和 TMpred预测 结果基本吻 合
1.5. SignaIP：分析蛋白质信号肽
进入ExPASy 的“Resource A…Z”网页 （/resources)
选择“SignaIP”分析软件 （ http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)
蛋白质序列分析
一、蛋白质一级结构分析
1、蛋白质序列比对 2、蛋白质的基本理化性质 3、疏水性分析 4、跨膜区预测 5、信号肽预测
EXPASY 资源预览
Database
EXPASY
Tools
•UniProtKB/Swiss-Prot •ENZYME •PROSITE •SWISS-2D PAGE •Swiss-Model Repository •etc
每个位置的得分
1.4.1. TMPred：分析蛋白质跨膜区
进入ExPASy 的“Resource A…Z”网页 （/resources)
选择“TMPred”分析软件 （ http://embnet.vital-it.ch/software/TMPRED/)
碱基）随机排列的序列进行打分，得到上述Score值的 概率的大小。E值越接近零，越不可能找到其它的匹配 序列，其背后的含义就是E值越小，则匹配度越好。
匹配序列的两两比对
1.2. ProtParam：蛋白质理化性质分析
进入ExPASy 的“Resource A…Z”网页 （/resources)
Gravy值—预测蛋白质的疏水性。Gravy值的范围在 -2 与2之间，正值表明此蛋白为疏水性蛋白，负值 表明为亲水蛋白。
1.3. ProtScale：分析蛋白质疏水性
进入ExPASy 的“Resource A…Z”网页 （/resources)
选择“ProtScale”分析软件 （ /protscale/)
选择“Blast”序列分析软件 （ /blast/ )
在blast主页粘贴序列进行分析
蛋白质的同源性
直接输入 /blast/
1、输入蛋白质序列
2、选择合适的数据库，限制物种
3、调整参数
4、运行Blast
1、贴入蛋白质序列 4、运行Blast
在ProtScale主页粘贴序列进行分析
分析蛋白质的疏水性
也可以直接输入 /protscale/
1、贴入蛋白质序列 2、选择合适的参数 3、运行计算
ProtScale参数设置 氨基酸标度
计算窗口7-11
是否归一化
相对权重值 相对权变化趋势
ProtScale结果输出
所用氨基酸标度信息 分析所用参数信息
图形化结果输出
>0值表示疏水性 <0值表示亲水性
横坐标为蛋白质氨基酸位置
氨基酸标度
表示氨基酸在某种实验状态下相对其他氨基酸在某些性质 的差异，如疏水性、亲水性等
Hphob. Kyte & Doolittle标度采用较为普遍
文本结果输出
最大最小值 分析所用参数信息
•Proteomics tool •Primary analysis •Sturcture prediction •Modification •Pattern search •Similarity search •etc
1.1. BLAST：分析蛋白质的同源性
进入ExPASy 的“Resource A…Z”网页 （/resources)