分子分型方法在流行病学调查中的应用(景怀琦)
分子流行病学(全套课件56P) PPT课件
这些区段是由小的低LD的 重组热点区域分隔的
一个单倍型区段可以由一 些常见的单倍型的组合来 代表
Patil, Science, 2001
Haplotype Block Chromosomes S N P S
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分子流行病学的应用
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生物标志
生物标志的概念 生物标志 (biological markers , biomarkers) 是指能代表生 物结构和功能的可识别物质(Phenotype,可测量)。
分子生物标志物 (molecular biomarkers)直接反映外来理 化因素与细胞靶分子, 特别是生物大分子如核酸和蛋白质 的相互作用及其后果, 是生物标志的主要部分。
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4、防治效果评价 传染病预防
提出的控制措施更有针对性，更有成效 基因工程疫苗研制 非传染病的预防 分子机理的探讨、易感标志物的确定，为筛选和确定高危 险人群提供了科学依据，使慢性病的预防更具有针对性。
可以缩短效果评价周期!
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研究方法
测量指标的一般原则
生物标志应特异、稳定； 标本采集、储存方便； 检测方法比较简单、实用，而且操作规范，便于
吸烟 - 血或尿中的烟草代谢产物可的宁浓度 多环芳烃 - 尿中的1- 羟基芘水平 饮食暴露- 黄曲霉毒素B1(AFB1)和尿中N-亚硝基化合
物的浓度 工作暴露和环境污染 - 血清或脂肪组织中的杀虫剂
DDT、多氯联苯PCBs、二氧杂芑环氧化物含量
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2. 生物有效剂量标志（BED）：表示已与靶组织 细胞内 DNA或蛋白质相互作用的外源性物质或 其反应产物的含量。它是反映靶细胞分子内接触 剂量的生物标志物, 主要包括蛋白质加合物 (Protein adduct) 、DNA 加合物 (DNA adduct) 。
流行病学中的病例分类和疾病分型方法
流行病学中的病例分类和疾病分型方法病例分类是流行病学中的重要内容之一，它是指将疾病的患者按照一定的标准进行分类的过程。
通过对病例的分类，可以更好地了解疾病的发病规律，为疾病的预防和控制提供科学依据。
而疾病分型方法则是根据不同的疾病特点，将疾病进行不同的类型划分，以便于病例的分类和研究。
本文将详细介绍流行病学中常用的病例分类和疾病分型方法。
一、病例分类方法病例分类是流行病学调查的基础，不同的病例分类方法适用于不同的疾病类型。
常见的病例分类方法主要包括以下几种：1.按病因分类按照疾病的病因将病例进行分类，这是最常见的病例分类方法之一。
病因可以是传染源、传播途径、致病因子等。
例如，对于传染病，可以按照人际传播、物品传播等进行分类。
2.按疾病类型分类按疾病的临床表现和病理特点将病例进行分类，这是一个比较普遍的分类方法。
常见的疾病类型包括感染病、肿瘤、心血管病等。
3.按病程分类按照疾病的发展过程将病例进行分类，这一分类方法可用于了解疾病的自然演变规律。
常见的病程分类包括急性病、慢性病、亚急性病等。
4.按年龄和性别分类按照患者的年龄和性别将病例进行分类，这一分类方法常用于研究特定人群的疾病发生情况。
例如，对于儿童疫苗接种，可以按照年龄划分不同的疫苗接种计划。
5.按地区分类按照病例所在的地理位置将病例进行分类，这一分类方法常用于研究流行病的地理分布规律。
例如，对于疟疾病例，可以按照感染地区的不同进行分类。
二、疾病分型方法疾病的准确分型对于流行病学的研究具有重要意义，它有助于了解疾病的发病机制、病理变化和治疗方法等。
常见的疾病分型方法主要包括以下几种：1.按病理特点分型根据疾病的病理特点将其分为不同类型，这一分型方法常用于肿瘤和疾病的病理学研究。
例如，对于乳腺癌，可以按照癌细胞类型、浸润深度等进行分型。
2.按病因分类分型根据不同的病因将疾病进行分类，这一分型方法广泛应用于传染病的研究。
例如，对于流感，可以按照病毒亚型进行分型。
分子流行病学
第十六章分子流行病学名词解释1．molecular epidemiology2．biological marker3．susceptibility biomarker4．molecular biomarker5．exposure-disease continuum, EDC6．exposure marker填空题1．人类基因组流行病学是指应用＿＿＿＿与＿＿＿＿＿＿相结合的研究方法，开展以＿＿为基础的研究，评价＿＿＿＿＿对人群健康和疾病的流行病学意义，是遗传流行病学与分子流行病学交叉的前沿领域。
2．效应标志是指宿主暴露后产生＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿的生物标志。
3．常用的核酸技术包括一下五种＿＿＿＿、＿＿＿＿、＿＿＿＿、＿＿＿＿和＿＿＿＿。
4．狭义的克隆是指＿＿＿＿＿＿。
选择题单项选择题1．在下列哪项研究中，血清学调查是唯一可行的方法A．疾病监测与预测B．疾病的三间分布C．疾病早期诊断D．预防接种免疫学效果评价E．病因及危险因素探索2．生物标志的类型．主要包括A．暴露标志、免疫标志、效应标志B．免疫标志、易感性标志、暴露标志C．暴露标志、病理标志、易感性标志D．暴露标志、效应标志、易感性标志E．效应标志、免疫标志、易感性标志3．在分子流行病学研究中，暴露标志和效应标志是结合疾病的不同阶段和研究需要确定的；根据研究目的不同，大多情况下，一项生物标志A．作为暴露标志就不能作为效应标志B．作为效应标志就不能作为暴露标志C．有时作为效应标志，有时也可作为暴露标志D．可以同时既是暴露标志又是效应标志E．只易作为暴露标志4．在分子流行病学研究中，暴露标志和效应标志是结合疾病的阶段和研究需要确定的；根据研究目的不同，大多情况下，一项生物标志A．作为暴露标志就不能作为效应标志B．作为效应标志就不能作为暴露标志C．有时作为效应标志，有时也可作为暴露标志D．可以同时既是暴露标志又是效应标志E．只易作为暴露标志5．分子流行病学与传统流行病学的主要区别是A．研究目的不同B．研究对象不同C．测量的结局不同D．设计思想不同E．群体调查方法不同6．在分子流行病学研究中，选择偏倚除样本选择偏倚外，还可能出现A．标本储存偏倚B．标本采集偏倚C．检测偏倚D．混杂偏倚E．信息偏倚多项选择题1．用于血清流行病学研究的血清指标有A抗原B．抗体C．生化物质D．核糖核酸E．血清蛋白2．在血清流行病学调查研究中，抗原抗体类血清指标的影响因素主要有A性别B．年龄C．遗传因素D．人工免疫E．免疫反应消长规律3．分子流行病学可以研究A．传染性疾病B．慢性非传染性疾病C．意外伤D．健康状态E．遗传病4．下列哪些属于分子生物学标志A．基因异常表达B．功能变异的蛋白质C．头发中某微量元素含量较高D．尿液中钙离子浓度升高E．突变的DNA问答题1．简述分子流行病学的概念及其应用。
第十二章分子流行病学
第十二章分子流行病学Molecular Epidemiology近20年来，由于分子生物学理论和技术的快速发展，使得分子生物学在各个领域被广泛应用，分子流行病学(molecular epidemiology)作为一门新兴的边缘学科也逐渐为人们所熟知。
目前，分子流行病学主要用于传染病的研究，也用于慢性病、遗传及代谢疾病、健康状态及医学有关事件的研究，其研究内容在不断丰富，研究手段也在不断增多，对人类健康所起的重大作用将越来越受到人们的重视。
分子流行病学现在正处于发展和形成的阶段，它代表着流行病学发展的一个重要方向，成为流行病学的一个重要分支。
【案例】1986年6月7日至26日在以色列海法市(Haifa)Rambam医学中心有4例暴发性乙型肝炎(患者①～④)入院，均死亡；8月17日又有l例(患者⑥)同样入院后病故。
查阅实验室记录，1985年9月至1986年8月一年中仅检测11名急性乙肝，其中包括上述5例暴发性乙肝。
并发现患者①～④于同年4月23日至5月8日同住在一个病房，而患者⑥于6月7日至6月28日曾与已发病的患者①～④同住一个病房。
因此初步判断这5例暴发性乙肝很可能是一次乙肝爆发流行。
经过血清学调查又发现1例亚临床型乙肝(患者⑤)抗-HBclgM阳性，6个月后转阴，出现高滴度抗-HBs，其与患者①～④同时期住同一病房，有共同暴露史，因此考虑为同一爆发事件中的患者。
作者进行了描述性与分析性流行病学调查，确定这是一次乙肝的爆发流行，共发生上述6例患者或亚临床患者；患者①～⑤的传播媒介很可能是冲洗heparin-lock用的注射器或冲洗液；传播时间很可能在4月29日；传染源为一名HBsAg 携带者，当时也住在同一病房。
推测整个传播过程是这样的：护士先用针筒抽取冲洗液冲洗了传染源(HBsAg携带者)的heparin-lock，然后，未换针筒，用同一针筒抽取冲洗液去冲洗患者①～⑤的heparin-lock；而患者⑥可能是通过患者①～④污染血引起的接触传播所致。
肿瘤分子流行病学
肿瘤分子流行病学肿瘤是一种严重影响人类健康的疾病。
为了深入了解肿瘤的发病机制以及研究有效的治疗手段，科学家们在过去几十年中逐渐发展了肿瘤分子流行病学这一新兴领域。
肿瘤分子流行病学以分子水平研究肿瘤的遗传变异、环境因素等，并探索这些因素对肿瘤流行病学特征的影响。
本文将介绍肿瘤分子流行病学的基本概念、研究方法以及对肿瘤预防和治疗的意义。
一、肿瘤分子流行病学的概念肿瘤分子流行病学是流行病学的一个分支，通过分子遗传学方法和技术研究肿瘤的分子特征以及其与人群之间相关的因素。
与传统流行病学相比，肿瘤分子流行病学更加关注致病基因和环境因素对肿瘤发生风险的作用，以及这些因素对个体间肿瘤发生的差异的影响。
二、肿瘤分子流行病学的研究方法肿瘤分子流行病学的研究方法主要包括：1.基因检测技术：利用现代分子生物学技术，如PCR、基因芯片等，对肿瘤相关基因进行检测，以了解特定基因的突变、表达等情况。
2.疫苗研发：通过研发针对肿瘤关键基因或蛋白的疫苗，以提高人体对这些致病因子的免疫抗体水平，达到预防或治疗肿瘤的目的。
3.遗传流行病学：通过家族调查和基因关联研究，探寻肿瘤的遗传易感因素，从而有效预测和干预个体肿瘤的风险。
4.生物信息学分析：利用数学、信息学和统计学方法分析大规模基因数据，挖掘潜在的肿瘤相关基因、信号通路和环境因素。
三、肿瘤分子流行病学的意义和应用肿瘤分子流行病学的研究对于肿瘤的预防和治疗具有重要意义：1.早期筛查：通过对特定基因或蛋白的检测，可以早期发现肿瘤患者，有助于及早进行治疗，提高治愈率。
2.个体化治疗：通过对基因变异和表达的检测，可以为每个患者制定个体化的治疗方案，提高疗效，降低不良反应。
3.预测风险：通过分析个体基因遗传背景以及暴露在环境因素中的情况，可以预测患者患上肿瘤的风险，从而采取相应的干预措施。
4.研发新药：通过分析肿瘤相关基因的功能和调控机制，有助于发现新的治疗靶点以及开发更有效的抗肿瘤药物。
流行病学第八版题库 流行病学题库(含答案)
流行病学第八版题库流行病学题库（含答案）流行病学习题集第一章绪论（一）单项选择题 1、现代流行病学的形成与发展不包括下面哪个部分：DA.对传染病流行因素的研究 B.对慢性病流行因素的研究 C.对疾病防治措施的研究 D.对疾病临床治疗的研究 E.流行病学研究方法的发展 2、关于流行病学，下列哪种说法是正确的：C A.流行病学从基因水平认识疾病 B.流行病学从细胞水平认识疾病C.流行病学从群体水平认识疾病 D.流行病学从个体水平认识疾病E.流行病学从分子水平认识疾病3、流行病学的研究范围是：E A.传染病 B.地方病 C.传染病和地方病 D.传染病和非传染病E.疾病和健康状况 4、关于流行病学，下列哪种说法正确：D A．从个体的角度研究疾病和健康状况及其影响因素 B．只研究传染病的流行特征和防治措施 C．只研究慢性病的危险因素 D．研究人群中疾病和健康状况的分布及其影响因素 E.只研究疾病的防制措施 5、流行病学工作的三个阶段是：B A.描述分布、提出假设、验证假设 B.揭示现象、找出原因、提供措施 C.整理资料、分析^p 资料、得出结论D.观察性研究、实验性研究、理论性研究E.筛查病人、确诊病人、治疗病人 6、流行病学主要应用于：E A．考核疾病的防制效果 B．评价人群的健康状况 C．研究疾病预防和控制 D．研究疾病的病因 E.以上均是 7、以下哪一个不是流行病学的特征：C A.群体特征 B.以分布为起点的特征 C.以治疗疾病为主的特征 D.对比的特征E.预防为主的特征 8、关于流行病学下列哪条是不正确的：BA．它是医学的基础学科，B．它以个体为研究对象C．它可以评价药物或预防措施的有效性和安全性D．它可以研究疾病的自然史E.它能为卫生决策提供依据 9、流行病学研究对象的三个层次是指：A A.疾病、伤害、健康 B.病人、高危人群、一般人群 C.传染病、慢性非传染性疾病、伤害 D.死亡，患病，伤残 E.以上均不对（二）多项选择题 1、流行病学和临床医学的区别在于：ABCD A.流行病学以人群为研究对象，而临床医学以个体为研究对象 B.流行病学研究以描述疾病和健康的分布为起点并分析^p 决定分布的因素，而临床医学从个体的症状、体征和各种理化检查入手以作出临床诊断 C.流行病学以预防疾病和促进健康为目的，而流床医学以治疗疾病为目的 D.从学科特征上讲，流行病学具有宏观性，而临床医学属于微观范畴 E.流行病学主要研究传染病的特征，而临床医学的重心在非传染病 2、流行病学在病因未明疾病研究中的一般程序是：ABCDE A.描述疾病的分布 B.分析^p 影响分布的因素 C.提出病因假设 D.检验或验证病因假设 E.制定针对病因的预防策略和措施 3、流行病学的主要特征有：ABCDE A.群体特征 B.以分布为起点的特征 C.社会医学的特征 D.对比的特征 E.预防为主的特征 4、流行病学的基本原理是：ABDE A.疾病与健康在人群中的分布 B.疾病在群体中的发生、发展和消亡过程 C.疾病与健康的社区诊断与临床决策 D.病因观与病因推断 E.疾病防制的策略（三）名词解释流行病学（epidemiology）：是研究人群中疾病与健康状况的分布及其影响因素，并研究防制疾病及促进健康的策略和措施的科学。
《流行病学》综合练习题与答案.
一、解释下列名词并说明用途
流行病学Secondary attack rate Endemic Outbreak Sporadic Epidemic患病率Attack rate长期变异描述流行病学生态学研究SMR Cohort study Exposure发病密度PAR AR Population attributable risk percent Biomarkers PYLL抽样调查分层分析Nest case-control study Matching Overmatching Selection bias Confounding bias Bias Odds ratio confounding Screening validity Sensitivity可靠性Youden’s index信度阳性预测值流行病学数学模型cause of disease p risk factor流行病学实验干预实验流行病学效果评价保护率安慰剂盲法双盲二级预防Risk factor传播途径传染源疫源地国境卫生检疫计划免疫垂直传播Surveillance of disease
59.试验可提高灵敏度,但特异度有一定程度降低。(—
60.对照研究可直接计算RR。(—
61.病因应当包括必要病因。(—
62.通过普查,可以基本搞清疾病的病因。(—
63.传染病和非传染病的发病率都存在季节性升高的现象。(+
64.某病的患病率愈高,进行该病筛检时所获得的阳性预测值也愈高。(+ 65.移民中某病的发病率及死亡率不同于移居国当地居民,而接近原居住地人群的发病率和死亡率,据此可认为该病的发生与原居住地人群的生活习惯有关,因而判断环境因素的作用较大。(—
3.在患病率为10%的5000名40岁以上的人群中,进行了糖尿病患病情况的调查。基层医生筛查糖尿病的敏感度和特异度均为80%。凡经基层医生检出的“阳性” (可疑糖尿病者送专科医生检查,专科医生检查的敏感度和特异度均为90%。列出整理分析表并回答下列问题:
《流行病学》综合练习题与答案
《流行病学》综合练习题一、解释下列名词并说明用途流行病学Secondary attack rate Endemic Outbreak Sporadic Epidemic 患病率Attack rate 长期变异描述流行病学生态学研究SMR Cohort study Exposure 发病密度PAR AR Population attributable risk percent Biomarkers PYLL 抽样调查分层分析Nest case-control study Matching Overmatching Selection bias Confounding bias Bias Odds ratio confounding Screening validity Sensitivity 可靠性Youden’s index信度阳性预测值流行病学数学模型cause of disease p risk factor 流行病学实验干预实验流行病学效果评价保护率安慰剂盲法双盲二级预防Risk factor 传播途径传染源疫源地国境卫生检疫计划免疫垂直传播Surveillance of disease二、填空题1.病例对照研究对象选择的原则为和。
2.影响筛检试验可靠性的因素有、和。
3.混杂因素具备的条件是、、。
4.消灭疫源地的条件有、、。
5.定群研究的特点是、、和。
6.流行病学研究中的误差包括和。
7.常见偏倚的种类有、和。
8．疾病年龄分析的两种方法是：和。
9．流行病学研究中常见的偏倚有、和三种。
10．定群（队列）研究的种类有、和三种。
11．病例对照研究的特点是、、和。
12．垂直传播的方式有、和。
13．疫源地消灭的条件是、和。
14．预防接种流行病学效果评价常用指标为和。
15．计划免疫接种及其效果评从、、四个方面进行。
16．影响人群易感性升高的主要因素、、。
17．评价筛检试验应从、和等方面进行。
18．我国进行国境检疫的传染病有、。
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细菌的分子分型方法
• 在实际应用过程中，任何单一的方法所 得出的结论都具有片面性，所以，联合 应用几种方法是目前较为理想的分子分 型方法。
细菌的分子分型方法
• 这其中又以PFGE与其它方法相结合的效 果为最佳，先用分辨力较低的方法进行 初筛，然后用分辨力较高的方法进行进 一步的分型，这是目前大多数实验室所 采取的策略。随着科学技术的发展和进 步，会有更好的方法问世。
细菌的分子分型方法
• 一种方法是否能应用于分子分型以及其 分型效果如何大致可以从以下几个方面 考虑：
细菌的分子分型方法
• 1、分型力 是指对所分析菌株能够得到 明确的阳性结果的能力。 • 2、重复性 是指当重复测试相同菌株时 能够得到相同结果。 • 3、鉴别能力 是指区别非相关菌株的能 力。理想的分型方法应该能识别每一无 关的分析菌株。 • 4、结果易于解释 这是非常重要的。 • 5、快速、廉价、技术简单。
细菌的分子分型方法
• 基于PCR的分型系统 • 随机引物PCR（AP-PCR），也就是随机 扩增多态性DNA分析（RAPD）。使用那 些不针对任何已知遗传位点的短引物 （通常8-10bp），可以随机地与染色体 DNA结合，并有足够的亲和力启动聚合酶 反应。
细菌的分子分型方法
• 然而，在实践中，用AP-PCR获得可重复 的高分辨力的结果还存在一定的困难。 • 第一，如果条带的强弱可以证明菌株之 间的差异时，我们很难比较和解释图谱； • 第二，由于某些产物可能代表效率相对 低的反应，技术因素的微小改变就可以 导致不同的扩增反应中一个特定菌株产 生的实际片段差别很大。
E.coli O157：H7的分子分型方法
徐州地区E.coliO157:H7动物粪便分离株PFGE图谱
ICDC, China CDC
基因芯片的分子诊断研究
基因芯片技术是90 年代兴起的一项前沿生物技术, 它可以将生物学中许多不连 续的分析过程, 移植到固相的介质芯片上, 并使其连续化和微型化。由于它横 跨生命信息、生物物理等众多研究领域, 涉及生命科学、化学、微电子技术、 计算机科学、统计学和生物信息学等诸多自然学科, 故已成为当今多学科交叉、 综合的前沿研究热点。
细菌的分子分型方法
• 我国部分地区分离到的E.coli O157:H7菌株的PFGE图谱
E.coli O157：H7的分子分型方法
病 人 身 上 ：分 离 到 的的 无 毒 图株 谱的 E.coli O157 H7 PFGE
E.coli O157：H7的分子分型方法
病 人 身 上 ：分 离 到 的的 有 毒 图株 谱的 E.coli O157 H7 PFGE
• 从理论上来讲，AFLP可以应用于所有的 细菌且重复性和分辨力都好。 • 有报道应用于E.coli O157：H7的分子分型。 他们认为，AFLP技术可以作为E.coli O157： H7分子流行病学研究的一种方法。
细菌的分子分型方法
• 核糖体分型（Ribotyping） • Ribotyping指一种特殊的Southern Blot分析 法。在此方法中，用与核糖体操纵单元 有关的RFLP来对菌株进行分析。
点样以及结果分析所用的仪器设备 1 点样仪 SDDC-2 arrayer（ VIRTEK）
基因芯片的分子诊断研究
探针和引物的设计与合成 引物在目的基因片段上的位置
基因芯片的诊断开发工作
• 探针的合成、修饰及固定 20 mers探针，5’-端氨基修 饰
Labeled target (DNA or RNA) Capture probe (DNA)
• 靶DNA的扩增与荧光标记 dUTP-Cy3 • PCR产物的纯化与测定
细菌的分子分型方法
• • • •
肠道致病性的分型技术大致如下：
1、表现型分型方法。 抗生素敏感性 噬菌体分型
细菌的分子分型方法
• 2、基因分型技术， • A 质粒图谱分析 • B 以PCR为基础的分型方法，如随机扩 增多态性分析法（RAPD）、扩增片段长 度多态性（AFLP）； • C 限制性片段长度多态性（RFLPs）的 Southern Blot分析。 • D 脉冲场凝胶电泳方法（PFGE）。
• 其操作过程可简述为：将纯化的细菌培 养物用仪器自带的取样棒蘸取并加入样 品缓冲液中，置于热处理器上灭活，然 后加入细胞裂解液使细菌DNA释放。按 照操作程序打开仪器，将样品和试剂放 到固定的位置，该仪器便可进行如下的 自动操作：酶切→电泳→转膜，电泳和 转膜同时完成。转好的膜与结合了化学 发光物质的探针结合（杂交），数码照 相系统通过捕获化学发光物质，对所发 出的光进行拍照，这样我们即可得到最 后的结果。
细菌的分子分型方法
• 1、抗生素敏感性试验 • 抗生素敏感性测试是临床微生物实验室 常规应用的方法，手工和自动的方法都 可以做到，也可以进行严格地质量控制。 操作简单，相对经济。
细菌的分子分型方法
• 如果要进行详尽的流行病学分析，抗生 素敏感性试验资料的用途就相对有限了。 这不仅是因为表现型有变种的存在，更 是因为现代的医院中，存在中非常大的 抗生素的选择压力。一个特定的菌株， 可以通过多种遗传学机制，“突然”对 某种抗生素表现出抗性。
细菌的分子分型方法
• 另一方面，如果没有特定的选择压力， 这些遗传元件也可以丢失（如R因子）。 所以，不同的菌株可能具有相同的抗性 图谱，在患者不同时期分离到的同一种 细菌菌株，也可能会表现出不同的抗生 素敏感性图谱。
细菌的分子分型方法
• 噬菌体分型分析 噬菌体裂解细菌细胞具 有一定的特异性。一些噬菌体只能感染 一个种或属的细菌，一些噬菌体可以裂 解同一种细菌的不同株。因此，可以利 用不同噬菌体的裂解细菌细胞的特异性， 可以分离、筛选一组噬菌体，用于传染 源的追踪和菌株的分析。
细菌的分子分型方法
• 总的来说，核糖体分型方法稳定、可重 复。在一般情况下，来源于一个暴发的 菌株有相同的核糖体型.。 • 然而，流行病学上无相关性的菌株经常 有相同的图谱，这就直接限制了该方法 的应用.。
核糖体分型（Ribotyping） Ribotyping指一种特殊的Southern Blot分析 法。在此方法中，用与核糖体操纵单元有 关的RFLP来对菌株进行分析。在国际上 已有完全自动化的仪器，如美国杜邦公司 生产的RiboPrinter Microbial Characterization System，操作快速简便， 完全排除了人为因素对实验结果的影响， 重复性好结果稳定。
细菌的分子分型方法
• 英国把噬菌体分析和PFGE方法结合使用， 对E.coli O157：H7大肠杆菌进行分型。可 以把E.coli O157：H7大肠杆菌至少分为66 个噬菌体型。 • 小肠结肠炎耶尔森菌亦可谱方法 最先应用于流行病学研究 的以DNA为基础的技术就包括质粒的分析。 分别提取分离菌株的质粒DNA，在琼脂糖 凝胶上电泳分离，测定质粒的数目及大 小。该方法简单经济，易于推广。临床 分离的E.coli O157：H7大多数菌株都含有 质粒，可以应用质粒图谱法来进行分型。
细菌的分子分型方法
• 五、脉冲电场凝胶电泳（PFGE） 这一方
法在凝胶上外加正交的交变脉冲电场。每当电 场方向改变后，大DNA分子便滞留在爬行管里， 直至沿新的电场轴向重新定向后，才能继续向 前移动。DNA分子越大，这种重排所需要的时 间就越长。若DNA分子变换方向的时间小于电 脉冲周期时，DNA分子就可以按其大小分开。
• 我们利用这一系统提供的核糖体基因 DNA指纹的相似度值和鉴定结果，便可 进行分型。我们利用本系统对我国分离 的部分O：3，O：9小肠结肠炎耶尔森菌 进行了分型，这种分型基本上和血清型 相符合（见图）。
型分体糖核的株菌型清血 9：Ｏ表代别分、 6、 5、 4、 3、 2、 1： 3 图 果结型分体糖核的株菌型清血 3：Ｏ表代 8、 7，果结
细菌的分子分型方法
• 尽管如此， PFGE分析技术在O157：H7大肠杆 菌的分子流行病学分析中得到了广泛的应用， 也是目前最推崇的方法。美国CDC已经建立一 个O157：H7的PFGE图谱的网上数据库，为疾病 的监测和调查提供有力的依据和帮助。但是， 目前这个数据库的使用还有着严格的限制， 并非所有的科学家都能够使用。
分子分型方法在流行病学调查中的 应用
•
中国疾病预防控制中心 传染病预防控制所 景怀琦
细菌的分子分型方法
• 近年来分子生物学技术在各个方面得到 广泛地应用，这些技术渗透到流行病学 之中，形成了一门新的分支学科— 分子 流行病学。分子流行病学中重要的一点 是利用合适的分型方法对分离到的病原 进行分析。
细菌的分子分型方法
• 缺点是除了一些参比实验室外，很少实 验室能拥有种类比较完全的噬菌体，在 应用方面受到了很大的限制。其次，噬 菌体分型技术的要求比较严格，需要经 验丰富的工作人员。同时， 噬菌体分型 常常会遇到多样性结果， 需要仔细推敲。 还有，使用认可的噬菌体，许多菌株不 能获得满意的结果，不得不考虑使用其 它噬菌体， 给结果的分析带来困难。
细菌的分子分型方法
• 其引物是根据接头和酶切位点的序列来 确定的。由于其引物延伸至限制性片段 内部，所以只有限制性位点两侧的核苷 酸序列与引物延伸端匹配的片段才能被 扩增，这样就实现了选择性扩增。使用 这种方法，在不知道核苷酸序列的情况 下，就可以应用PCR观察到一组限制性片 段。
细菌的分子分型方法
1 杂交模型的建立 • 现有病原体的分子生物学检测方法通常需36~48小时 • Real-time PCR可在1h内得到结果，但有其局限性 • 基因芯片可同时检测多个病原体的许多参数 • 选择的探针具有敏感、重复性好的杂交信号 2 其它实验条件的探索和优化
基因芯片的分子诊断研究
基本的技术路线
0,6 nl per spot (spacing = 0,5 mm) 108 to 1013 oligonucleotides/µ l (~105 to 1010 oligos/spot) 2 扫描仪 ScanArray 4000XL（GSI Lumonics）