甘蔗MYB2转录因子的电子克隆和生物信息学分析
甘蔗F2KP基因的克隆与表达的开题报告
甘蔗F2KP基因的克隆与表达的开题报告
一、研究背景与意义
甘蔗是一种重要的经济作物，广泛分布于亚洲、非洲和美洲等地区。
杂交育种是甘蔗品种改良的主要手段，然而甘蔗的生殖力较低，难以进行有效的杂交育种。
近年来，基因编辑技术的出现为甘蔗的育种提供了新的思路。
F2KP (Forkhead-associated (FHA) and 2 Kelch repeats (KELCH)-containing Protein)基因是近年来被发现的一种参与开花发育的关键基因，在水稻、拟南芥等模式植物中已有不少研究，但在甘蔗中尚未进行深入研究。
因此，本研究旨在克隆甘蔗F2KP基因，并进行初步表达分析，为进一步探究F2KP基因在甘蔗花发育中的作用奠定基础。
二、研究内容与方法
本研究将采用RT-PCR技术克隆甘蔗中的F2KP基因，并对该基因进行基本的生物信息学分析。
同时，利用qRT-PCR技术对F2KP基因在不同组织和不同生长阶段的甘蔗中的表达水平进行分析。
最后，利用原核表达系统对该基因进行初步功能验证。
三、预期结果
本研究将成功克隆甘蔗中的F2KP基因，并进行初步的生物信息学分析。
利用qRT-PCR技术将揭示F2KP基因在不同组织和不同生长阶段的表达水平，为后续进一步探究该基因在甘蔗中的作用提供参考。
四、研究意义
本研究将在一定程度上揭示F2KP基因在甘蔗花发育中的作用及分子机制，对于探究甘蔗的遗传调控机制，促进甘蔗育种以及提高甘蔗生产具有一定的意义。
甘蔗MYB2转录因子的电子克隆和生物信息学分析
甘蔗MYB2转录因子的电子克隆和生物信息学分析李国印;阙友雄;许莉萍;郭晋隆;闫学兵;陈如凯【摘要】用电子克隆方法获得甘蔗MYB2基因,采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析.结果表明:甘蔗MYB2基因全长991 bp,包含570 bp的ORF,编码189个氨基酸.甘蔗MYB2基因包含有MYB功能域,在序列组成、高级结构及活性位点等方面,与玉米等其它植物的MYB2基因具有高度的相似性.研究结果为该基因的实验克隆奠定基础.%An novel MYB2 gene from Saccharum officinarum was cloned in silico based on the EST seqences from Unigene of NCBL Some characters of the MYB2 encodes amino acid were analyzed and predicted by the tools of bioinformatics in the following aspects, including the compositon of amino acid sequence, hydrophobicity or hydrophilicity, secondary and tertiary structure of protein and funcion. Bioinformatical analysis showed that the full length of MYB2 gene from S. officinarum was 991 bp and it contained a complete ORF which encoded 189 amino acid. The MYB2 gene contained an typical MYB domain and was highly conservative compared with MYB2 from several different plant species in sequence compositon, advanced structure and activity sites. The results will provide the basis for MYB2 gene cloning in experiment.【期刊名称】《生物信息学》【年(卷),期】2011(009)001【总页数】4页(P24-27)【关键词】甘蔗;MYB2基因;电子克隆;生物信息学【作者】李国印;阙友雄;许莉萍;郭晋隆;闫学兵;陈如凯【作者单位】福建农林大学,农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,福建,福州,350002;福建农林大学,农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,福建,福州,350002;福建农林大学,农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,福建,福州,350002;福建农林大学,农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,福建,福州,350002;福建农林大学,农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,福建,福州,350002;福建农林大学,农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,福建,福州,350002【正文语种】中文【中图分类】Q785在植物中首先从玉米中克隆了含有MYB结构域的转录因子C1基因［1］，此后在植物中发现的MYB相关基因的数量迅速增加。
甘蔗转录激活因子ScCBF1基因的克隆与表达分析
作物学报ACTA AGRONOMICA SINICA 2015, 41(5): 717-724/ISSN 0496-3490; CODEN TSHPA9E-mail: xbzw@ DOI: 10.3724/SP.J.1006.2015.00717甘蔗转录激活因子ScCBF1基因的克隆与表达分析成伟郑艳茹葛丹凤程光远翟玉山邓宇晴彭磊谭向尧徐景升*福建农林大学 / 农业部福建甘蔗生物学与遗传改良重点实验室, 福建福州 350002摘要: 植物在受到低温、高盐、干旱等非生物逆境胁迫后, CBF结合因子(C-repeat/dehydration-responsive element binding factor)会诱导一系列非生物胁迫应答基因的表达, 在提高植物抗逆性方面具有重要作用。
本研究利用生物信息学和RT-PCR (reverse transcription-polymerase chain reaction)方法从甘蔗中克隆到1个新的CBF类基因, 命名为ScCBF1。
该基因的开放读码框(open reading frame, ORF)长度为603 bp, 编码200个氨基酸, 编码蛋白相对分子质量为22.80 kD, 理论等电点为10.31。
氨基酸序列比对结果表明, ScCBF1与高粱(Sorghum bicolor)和玉米(Zea mays)中该蛋白相似度分别是96%和94%。
进化分析表明ScCBF1与高粱的亲缘关系最近。
qRT-PCR表达分析结果表明, ScCBF1在甘蔗根、茎、叶中均有表达, 在根中表达量最高。
ScCBF1在低温、干旱、脱落酸(ABA)胁迫下诱导表达, 而高盐抑制ScCBF1的表达。
成功构建了原核表达载体pGEX-6P-1-ScCBF1, 通过IPTG诱导, 实现了ScCBF1蛋白在大肠杆菌中的表达。
关键词:甘蔗; CBF结合因子; 荧光定量PCR; 原核表达Molecular Cloning and Expression Analysis of Transcriptional Activators ScCBF1 Gene from SugarcaneCHENG Wei, ZHENG Yan-Ru, GE Dan-Feng, CHENG Guang-Yuan, ZHAI Yu-Shan, DENG Yu-Qing, PENG Lei, TAN Xiang-Yao, and XU Jing-Sheng*Fujian Agriculture and Forestry University / Key Laboratory of Sugarcane Biology and Genetic Breeding, Ministry of Agriculture, Fuzhou 350002, ChinaAbstract: C-repeat/dehydration-responsive element binding factor (CBF) plays an important role in improving plant stress resis-tance. The CBF can induce a series of abiotic stress responsive gene expression when the plants are subjected to low temperature, high salt, drought or other abiotic stresses. In this paper, a new CBF-like gene, designed as ScCBF1, was cloned by bioinformatics and RT-PCR method from sugarcane. Sequence analysis showed that ScCBF1 contained a 603 bp open reading frame (ORF) and encoded a deduced protein of 200 amino acids. Its molecular weight and isoelectric point were predicted as 22.80 kD and 10.31, respectively. The amino acid sequence alignment results showed that ScCBF1 shared the similarity of 96% and 94% with the CBF1 protein from Sorghum bicolor and Zea mays, respectively. Phylogenetic tree analysis revealed that ScCBF1 had closer rela-tionships with Sorghum bicolor. qRT-PCR showed that ScCBF1 expressed in root, stem and leaf in sugarcane with the highest expression level in roots. ScCBF1 gene was induced by low temperature, drought or abscisic acid (ABA), but was downregulated under high salinity. The protokaryotic expression vector pGEX-6P-1-ScCBF1 was successfully constructed and transformed into E. coli. Under the induction of IPTG, ScCBF1was successfully expressed in E. coli. This study sheds light on the understanding ofthe function of ScCBF1.Keywords: Sugarcane; C-repeat/Dehydration-responsive element binding factor; Quantitative Real-time PCR; Prokaryotic ex-pression本研究由国家高技术研究发展计划(863计划)项目(2013AA102604)和国家自然科学基金(31171605, 31371688)资助。
植物MYC转录因子的克隆与功能研究进展
植物MYC转录因子的克隆与功能研究进展作者：王颜那杰来源：《安徽农业科学》2021年第12期摘要 MYC转录因子属于植物bHLH类转录因子家族，为该家族中研究较多的转录因子。
综述了不同植物分离克隆的MYC转录因子的结构与特性，分析了其在植物的生长发育、抗逆反应、次生代谢产物合成、激素信号途径中起着重要的作用，为MYC转录因子在不同植物基因工程和代谢工程中改造应用，提高非生物胁迫耐受性以及药用活性成分的产量等研究提供参考。
关键词植物MYC转录因子;克隆;调控中图分类号 Q-943 文献标识码 A文章编号 0517-6611（2021）12-0013-03doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2021.12.004开放科学（资源服务）标识码（OSID）：Advances on Cloning and Function Study of Plant MYC Transcription FactorWANG Yan，NA Jie （School of Life Sciences，Liaoning Normal University，Dalian，Liaoning 116081）Abstract As one member of the plant bHLH family，MYC transcription factor，which is studied widely，plays vital roles in plant growth and development，stress tolerance，secondary metabolite synthesis and hormone signaling pathway.With the gradually cloning of MYC transcription factor from different plants，some researches such as applications in gene engineering and metabolism engineering，improvement of tolerence against non biological stress and production output of active pharmaceutical ingredients in order to meet the need of current production become research highlights.Advances on studies in recent years on cloning methods and diversity regulating functions of plant MYC transcription factor were reviewed in this paper.Key words Plant MYC transcription factor;Clone;Regulation转录因子又称反式作用因子，定位于细胞核，能识别并特异性结合真核生物基因启动子顺式作用元件。
甘蔗中一个NBS-LRR类基因的全长克隆与表达分析
作物学报 ACTA AGRONOMICA SINICA 2009, 35(6): 1161−1166/zwxb/ISSN 0496-3490; CODEN TSHPA9E-mail: xbzw@本研究由国家高技术研究发展计划(863计划)项目(2007AA100701), 农业部引进国际先进农业科学技术计划(948计划)项目(2006-G37), 国家自然科学基金项目(30170639), 福建省科技厅国家科技项目备案(F2007AA100701), 现代农业产业技术体系建设专项资助。
*通讯作者(Corresponding author): 许莉萍, E-mail: xlpmail@第一作者联系方式: E-mail: queyouxiong@Received(收稿日期): 2008-09-13; Accepted(接受日期): 2008-12-13.DOI: 10.3724/SP.J.1006.2009.01161甘蔗中一个NBS-LRR 类基因的全长克隆与表达分析阙友雄 许莉萍* 张木清 徐景升 张积森 陈如凯福建农林大学 / 农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室, 福建福州350002摘 要: 采用RACE 技术, 从甘蔗高抗黑穗病品种NCo376中克隆了一个NBS-LRR 类基因的cDNA 全长序列, 命名为SNLR 。
生物信息学分析显示, 甘蔗SNLR 基因的cDNA 全长为2 985 bp (GenBank 登录号为EF155654), 包括一个2 661 bp 的完整开放读码框以及一个典型的29 bp poly-A 。
同时, 还具有NBS-LRR 类抗病基因的所有保守结构域, 包括4个NBS 区域保守结构域和6个潜在LRR 结构域; 蛋白疏水性分析和二级、三级结构分析表明, 该基因编码的蛋白质为弱碱性蛋白, p I 为7.76, 无明显的疏水结构域, 以卷曲结构和螺旋结构为骨架, 三级结构未见明显的跨膜信号蛋白区。
甘蔗ScF-box基因cDNA全长克隆和生物信息学分析
（１ ． Ｉ ｎ ｓ ｔ ｉ ｔ ｕ ｔ ｅ ｏ ｆ Ｓ ｕ ｇ ａ ｒ ｃ ａ ｎ ｅ ／ Ｋ ｅ ｙ Ｌ ａ ｂ ｏ ｒ ｔ ｏ ｒ ｙ ｏ ｆ ｇ ｅ ｎ ｅ ｔ ｉ ｃ Ｉ ｍｐ ｒ ｏ ｖ ｅ ｍｅ ｎ ｔ ｏ ｆ Ｓ ｕ ｇ ａ ｒ ｃ ａ ｎ ｅ ，Ｙ Ａ Ａ Ｓ ，Ｙ ｕ ｎ ｎ ａ ｎ Ｋ ａ ｉ ｙ ｕ ａ ｎ ６ ５ １ ６ ９ ９ ，Ｃ ｈ ｉ ｎ ａ ； Ｉ ｎ ｓ ｔ ｉ ｔ ｕ ｔ ｅ ｏ ｆ Ａ ｇ ｎ —
关键词 ： 甘蔗 ； 独 脚 金 内酯 ； Ｓ ｃ Ｆ － ｂ ｏ ｘ ； 克隆； 生 物信 息 学
中 图分 类 号 ： ￥ ５ ６ ６ ． １ 文献标识码 ： Ａ
Ｃｌ ｏ ｎｉ ｎｇ ａ ｎ ｄ Ｂｉ ｏ ｉ ｎ ｆ ｏ ｒ ｍａ ｔ ｉ ｃ ｓ Ａｎａ ｌ ｙ ｓ ｉ ｓ ｏ ｆ Ｆｕｌ ｌ － Ｌｅ ｎ ｇ ｔ ｈ
蛋 白存在一个 Ｆ ． ｂ ｏ ｘ 结构 ， 能特异识别与之作用的底物。【 结论 】 推测 Ｓ ｃ Ｆ － ｂ ｏ ｘ可能作 为独脚 金 内酯调 控甘蔗分蘖 信号转 导途径 中
一
个具有特异性识别功能的组分而起 作用 。进 化树分析表 明该 蛋 白与高粱 、 玉米等单子 叶植物进化关 系较近。
ｃ ｕ ｌ ｔ ｕ ｒ ｅ ａ ｎ ｄ Ｂｉ ｏ ｔ ｅ ｅ ｈ ｎ ｏ ｌ ｏ ｇ ｙ ，Ｙｕ ｎ ｎ ａ ｎ Ａ ｃ ｕ ｌ ｔ ｕ ｒ ｌ ａ Ｕｎ ｉ ｖ ｅ ｒ ｓ ｉ ｔ ｙ，Ｙｕ ｎ ｎ ａ ｎ Ｋｕ ｎ ｍｉ ｎ ｇ ６ ５ ０ ２ ０１，Ｃｈ ｉ ｎ ａ ；２．Ｉ ｎ ｓ ｔ ｉ ｔ ｕ ｔ ｅ ｏ ｆ Ａｇ ｒ ｉ ｃ ｕ ｌ ｔ ｕ ｒ ｅ ｎｄ ａ Ｂ ｉ ｏ ｔ ｅ ｃ ｈ ｎ ｏ ｌ ｏ —
ｇ Ｙ ， Ｙ ｕ ｎ ｎ ａ ｎ Ａ ｃ ｕ ｌ ｔ ｕ ｒ ａ ｌ Ｕ ｎ ｉ ｖ ｅ ｓｉ ｒ ｔ ｙ ，Ｙ ｕ ｎ ｎ ｎ ａ Ｋ ｕ ｎ ｍｉ ｎ ｇ ６ ５ ０ ２ ０ １ ，Ｃ ｈ ｉ ｎ ａ ）
甘蔗eEF1A基因表达及遗传转化的研究的开题报告
甘蔗eEF1A基因表达及遗传转化的研究的开题报告一、选题背景甘蔗是热带地区重要的经济作物之一，其主要用途为制糖、酿酒等，具有广阔的应用前景。
目前，基因工程技术在甘蔗育种、改良中发挥着重要的作用。
其中，外源基因的遗传转化技术对于甘蔗植株抗病性、抗逆性等的提高有重要的意义。
而基因表达也是外源基因的表现与作用的关键因素之一。
在甘蔗eEF1A基因及其表达与遗传转化的研究方面，也是一个热点和难点问题。
二、选题目的本研究的目的在于：1、探究甘蔗eEF1A基因的基础信息及其与甘蔗发育和抗病抗逆方面的关系；2、研究甘蔗eEF1A基因的表达调控机制和异源表达效果；3、探究甘蔗eEF1A基因的遗传转化技术，并对其在甘蔗遗传改良中的应用进行探讨。
通过这些研究，旨在为甘蔗育种和甘蔗病虫害等问题的解决提供理论依据和实践应用。
三、研究内容及方案1、甘蔗eEF1A基因的基础信息及其与发育和抗病抗逆性的关系（1）甘蔗eEF1A基因的克隆和生物信息学分析；（2）研究甘蔗eEF1A基因在发育过程中的表达变化；（3）研究甘蔗eEF1A基因在病、虫害等胁迫条件下的表达变化。
2、甘蔗eEF1A基因的表达调控机制和异源表达效果（1）研究甘蔗eEF1A基因的转录调控机制，分析其启动子和编码序列的特点；（2）构建甘蔗eEF1A基因的表达载体，并在转化后的植株中检测异源表达效果。
3、甘蔗eEF1A基因的遗传转化技术（1）研究甘蔗遗传转化技术的最优条件及其效率的影响因素；（2）构建植物表达甘蔗eEF1A基因的遗传转化载体；（3）通过遗传转化技术将甘蔗eEF1A基因导入到目的植物中，并检测其遗传稳定性及对植物生长、发育的影响。
四、研究预期结果1、获得甘蔗eEF1A基因的序列信息及其表达调控机制，明确该基因在甘蔗发育和抗病抗逆方面的潜在作用；2、构建甘蔗eEF1A基因的表达载体，并成功实现其在转化后的植株中的异源表达；3、探究甘蔗eEF1A基因的遗传转化技术，并在目的植物中成功导入该基因，检测到其在植物体内的表达情况，为甘蔗遗传改良提供有力支持和理论基础。
甘蔗割手密种转录因子NAP亚家族的鉴定及SsNAP2a参与叶片衰老的功能分析
作物学报ACTA AGRONOMICA SINICA 2024, 50(1): 110 125 / ISSN 0496-3490; CN 11-1809/S; CODEN TSHPA9E-mail:***************DOI: 10.3724/SP.J.1006.2024.34037甘蔗割手密种转录因子NAP亚家族的鉴定及SsNAP2a参与叶片衰老的功能分析王恒波1,**冯春燕1,**张以星1谢婉婕1杜翠翠1吴明星1张积森2,*1 福建农林大学农业农村部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室 / 国家甘蔗工程技术研究中心 / 福建农林大学生命科学学院, 福建福州 3500022；2 广西大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室，广西南宁，530004摘要: NAP (NAC-like, activated by apetala3/pistillata)是转录因子NAC基因家族中一类参与调控植物生长发育、叶片衰老及响应激素和非生物胁迫应答的亚家族。
本研究利用甘蔗割手密种基因组数据和生物信息学方法, 首先, 基于比较基因组学对NAP亚家族成员进行鉴定、系统进化分析、保守结构域及顺式调控元件预测; 其次, 克隆获得割手密种SsNAP2的等位基因SsNAP2a, 分析该基因在不同生长发育阶段的表达及其在激素和非生物胁迫下的表达特征;最后, 利用瞬时表达和亚细胞定位分析SsNAP2a基因的功能。
结果表明, 在割手密种基因组中共鉴定5个NAP亚家族成员, 亚细胞定位预测所有成员编码蛋白均定位于细胞核上, 这些基因的K a/K s比值均小于1, 表明纯化选择在演化中起到关键作用。
系统聚类分析表明, 5个代表性的被子植物(拟南芥、菠萝、水稻、玉米和高粱)与已报道的12个物种及甘蔗的NAP亚家族成员, 共计46个, 分为4个Clade, 其演化的顺序Clade I > Clade II> Clade III > Clade IV。
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第9卷第1期2011年3月生物信息学China Journal of Bioinformatics Vol．9No．1Mar．，2011收稿日期：2010－04－29；修回日期：2010－09－06．基金项目：国家948项目（2010－C21）。
作者简介：李国印，男，山东菏泽，硕士研究生E －mail ：lyion029@163．com．*通讯作者：许莉萍，女，福建莆田，博士，博导、研究员，E －mail ：xlpmail@yahoo．com．cn．doi ：10.3969/j．issn．1672－5565．2011．01．006甘蔗MYB2转录因子的电子克隆和生物信息学分析李国印，阙友雄，许莉萍*，郭晋隆，闫学兵，陈如凯（福建农林大学农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室，福建福州350002）摘要：用电子克隆方法获得甘蔗MYB2基因，采用生物信息学方法，对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析。
结果表明：甘蔗MYB2基因全长991bp ，包含570bp 的ORF ，编码189个氨基酸。
甘蔗MYB2基因包含有MYB 功能域，在序列组成、高级结构及活性位点等方面，与玉米等其它植物的MYB2基因具有高度的相似性。
研究结果为该基因的实验克隆奠定基础。
关键词：甘蔗；MYB2基因；电子克隆；生物信息学中图分类号：Q785文献标识码：A文章编号：1672－5565（2011）－01－024－04Electronic cloning and characterization of MYB 2gene from Saccharum officinarum using bioinformatics toolsLI Guo-yin ，QUE You-xiong ，XU Li-ping *，GUO Jin-long ，YAN Xue-bing ，CHEN Ru-kai（Key Laboratory of Sugarcane Genetic Improvement ，Ministry of Agriculture ，Fujian Agriculture＆Forestry University ，Fuzhou 350002，China ）Abstract ：An novel MYB2gene from Saccharum officinarum was cloned in silico based on the EST seqences from Unigene of NCBI．Some characters of the MYB2encodes amino acid were analyzed and predicted by the tools of bioinformatics in the following aspects ，including the compositon of amino acid sequence ，hydrophobicity or hydro-philicity ，secondary and tertiary structure of protein and funcion．Bioinformatical analysis showed that the full －length of MYB2gene from S．officinarum was 991bp and it contained a complete ORF which encoded 189amino acid．The MYB2gene contained an typical MYB domain and was highly conservative compared with MYB2from several different plant species in sequence compositon ，advanced structure and activity sites．The results will pro-vide the basis for MYB2gene cloning in experiment．Key words ：Saccharum officinarum ，MYB2gene ，In silico cloning ，Bioinformatics在植物中首先从玉米中克隆了含有MYB 结构域的转录因子C1基因［1］，此后在植物中发现的MYB 相关基因的数量迅速增加。
对其功能的研究表明，植物MYB 转录因子具有广泛的生理功能，几乎参与植物发育和代谢的各个方面，重点是调控环境胁迫，如干旱和病害逆境胁迫、次生代谢调节、激素调控应答及控制细胞分化等。
植物MYB2转录因子是MYB 大家族中一个小的亚族，虽然不同植物的MYB2基因具有不同的生物学功能［2，3］，但它们都是在转录水平上调控植物各个阶段的生长发育。
通过突变体及基因敲除技术，已克隆了很多植物MYB 类基因，但在甘蔗MYB 方面研究甚少。
以NCBI 数据库为基础，电子克隆得到甘蔗中编码MYB2的cDNA 序列，利用生物信息学方法，对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、疏水性、亚细胞定位及结构功能等方面进行预测和分析，为后续通过实验手段克隆甘蔗MYB2基因和基因功能研究奠定基础。
1材料和方法1．1电子克隆获得新基因序列以玉米（Zea mays）MYB2转录因子基因（Gene Id：732760）作为探针，利用NCBI中的tblastn工具，搜索甘蔗EST数据库，得到具有同源性的甘蔗EST 序列，在拼接的基础上，以拼接好的EST拼接群（Contig）为新探针，在甘蔗EST数据库里重新搜索，直到没有新的甘蔗EST可供拼接为止。
将人工拼接完成的新基因序列在非冗余数据库中进行搜索，确认为新基因序列。
1．2生物信息学分析核酸及氨基酸序列组成分析、理化性质分析、开放阅读框（open reading frame，ORF）的查找和翻译，利用DNAstar软件及Prot－Param、pI/Mw、ORF Finder等在线工具进行；核酸和氨基酸序列的同源性比对及多序列比对利用Blast和Clustal W在线工具完成；亲水性/疏水性的分析利用在线工具ProtScale完成；蛋白质二级及三级结构的预测利用SOPMA和ESyPred3D等在线工具完成［5，6］。
2结果与分析2．1新基因的识别以玉米（Zea mays）MYB2转录因子基因（Gene Id：732760）作为探针，利用NCBI中的甘蔗EST数据库进行BLAST搜索，得到两个高度同源的EST 序列CA168157和CA207162。
进一步通过DNAstar 进行拼接，获得一个全长为991bp的cDNA序列。
通过ORF Finder分析可知，该cDNA序列包含570 bp的完整开放阅读框，编码189个氨基酸，见图1。
图1电子克隆获得的甘蔗MYB2基因cDNA序列及其推导的氨基酸序列（*表示终止密码子）Fig．1The nucletide acid sequence and deduced aminoacid sequence for MYB2Gene of S．officinarum obtainedby in silico cloning Stop codon is indicated by asterisk（*）2．2甘蔗MYB2基因编码氨基酸的一级结构预测经预测，甘蔗MYB2基因编码氨基酸的一级结构如下：编码的氨基酸数：189等电点（PI）：8．88分子量（MW）：21144．1负电荷残基（Asp+Glu）：20正电荷残基（Arg+Lys）：24分子式：C926H1480N280O272S8不稳定系数（II）：43．49平均疏水性（GRAVY）：－0．436脂肪系数（AI）：88．362．3甘蔗MYB2信号肽预测和分析采用SignalP3．0Server预测甘蔗MYB2的信号肽，结果如图2。
根据图2的预测结果，MYB2基因所编码的蛋白不存在信号肽，为非分泌蛋白，该蛋白在细胞质中合成后，不进行蛋白转运。
图2甘蔗MYB2信号肽预测Fig．2The Signal P－NN prediction for MYB2of S．officinarum注：C score：原始剪切位点的分值；S score：信号肽的分值；Y score：综合剪切位点的分值2．4甘蔗MYB2蛋白疏水性/亲水性分析用ProtScale对甘蔗MYB2基因编码的氨基酸序列的疏水性/亲水性进行预测，结果如图3。
图3甘蔗MYB2氨基酸疏水性/亲水性进行预测Fig．3Predicted hydrophobicity/hydrophilicity of the sequence of MYB2deduced amino acid from S．officinarum52第1期李国印，等：甘蔗MYB2转录因子的电子克隆和生物信息学分析图3显示，多肽链的第181号的亮氨酸基（Leu）具有最高的分值2．256，疏水性最强；第16号的甘氨酸（Gly）具有最低的分值－2．45，其次是第103号的酪氨酸（Tyr），为－2．18，均属于亲水性氨基酸。
进一步比较玉米（Gene Id：732760）、小麦（GeneID：543160）和拟南芥（GeneID：819332）中的MYB2多肽链的亲水性和疏水性，其结果均显示亲水特性。
由此预测甘蔗MYB2蛋白属于亲水性蛋白。
2．5甘蔗MYB2蛋白的亚细胞定位通过软件psort预测，结果显示定位在细胞膜的可能性最大，为95．5%，而定位在细胞质和细胞壁的可能性分别只有3．2%和1．2%，所以，推测甘蔗MYB2蛋白是定位于细胞膜。
2．6甘蔗MYB2蛋白的二级结构预测分析通过SOPMA方法，对甘蔗MYB2蛋白二级结构进行预测，结果如图4。
该蛋白二级结构预测的分析结果见表1。
可以看出，α螺旋占的比例最高，为44．97%，其次是无规则卷曲，而β折叠和延伸链所占的比例低，分别只有9．52%和5．29%。
）图4预测的甘蔗MYB2蛋白二级结构Fig．4Predicted secondary structure of MYB2protein from S．officinarum注：Helix：Alpha helix（α螺旋）Sheet：Extended strand（延伸链）Turn：Beta turn（β折叠）Coil：Random coil（无规则卷曲）表1甘蔗MYB2蛋白的二级结构预测分析Table1The analysis of secondary structure predictionof MYB2protein from S．officinarum二级结构类型氨基酸残基数百分比α螺旋Alpha helix8544．97%延伸链Extended strand105．29%β折叠Beta turn189．52%无规则卷曲Random coil7640．21%2．7甘蔗MYB2蛋白结构域分析及功能预测使用NCBI的CDD（Conserved Domain Database）数据库，对甘蔗MYB2基因全长序列中可能有的蛋白功能结构域进行预测的结果如图5。