第十二讲美国医学文献数据库介绍
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国内外常用数据库介绍-meiguo
国内外常用数据库介绍-meiguoPubMedPubMed是互联网上最著名的免费Medline数据库，由美国国立医学图书馆的生物信息技术中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI)提供，网址为：。
该系统于1997年开始使用，与以往的Medline光盘数据库相比，收录范围广、更新速度快、界面友好。
PubMed的数据主要有4个部分: Medline：与我们通常使用的Medline数据库收录的范围、年代、内容相同，但数据更新速度较快。
OLDMEDLINE:收录了1950－1965年间的美国医学索引（IM）中的题录。
In Process Citations：临时性的数据库，收录准备进行标引的题录和文摘信息，每天都在接受新的数据，进行文献的标引和加工，每周把加工好的数据加入到Medline中，同时从In Process Citations 库中删除。
InProcess Citations中的记录标有[PubMed- in process]的标记。
Record supplied by publisher：出版商将期刊文献信息电子版提供给PubMed后，每条记录都标有[PubMed- as supplied by publisher]的标记，这些记录每天都在不停地向In Process Citations 库中传送，加入到InProcess Citations后，原有的标记将改为[PubMed- in process]的标记。
由于被Medline收录的有些期刊所涉及学科范围较广，有些文献已超出了Medline的收录范围（如地壳运动、火山爆发等），从而不能进入Medline，但仍然存在于PubMed 中，其标记为[PubMed]。
10、MEDLINEMEDLINE是美国国立医学图书馆(The National Library of Medicine，NLM)开发的当今世界上最具权威性的文摘类医学文献数据库之一。
一PubMed数据库简介-文档资料
四、PubMed的基本检索功能（一）
自动词语匹配
PubMed 能自动利用它的“自动词语匹配
”功能将重要的词语结合在一起，并将不 规范的词语转换成规范的用词。 如：输入vitamin c common cold，系统会将自动
转 换 成 (“ascorbic acid”[MeSH Terms] OR vitamin c[Text Word]) AND (“common cold”[MeSH Terms] OR common cold [Text Word]) 进行检索。这种处理能使检索结果更精 确和全面。
பைடு நூலகம்
四、PubMed的基本检索功能
词语检索及自动词语匹配 作者姓名检索 杂志名称检索 截词检索 短语检索 逻辑运算符检索
四、PubMed的基本检索功能（一）
词语检索及自动词语匹配
在检索框中键入一到多个检索词，按
“GO”键，即显示检索结果。 “clear” 按钮可以帮你清除查询框中的内容，然 后开始一个新的查询。
杂志名检索
在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写 形式，如：mol boil cell， 键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码） 进行检索，如1059-1524。 Cell transplantation [ta]
PubMed辅助检索工具
Limits （限制功能） Preview/Index（预览/索引） History（检索史） Clipboard（剪贴板或文件夹） Details（明细栏）
Journal Browser-杂志浏览器
服务功能
•MeSH Browser-主题词浏览器 •Citation Matcher-在表格输入刊物的引文信息 来定位特定文章。 •Clinical Queries-与临床相关的疗法，诊断，病 因，预后
美国医学文献数据库
17
2018/10/26
三、PubMed 基本检索规则
刊名检索：全称或MEDLINE认可的标准缩写, [so] 如：Journal of investigative dermatology[so] J invest dermatol[so]
输入刊名检索发表在该刊上 的文献（限定出处字段SO）
18
Publisher-Supplied
出版商提供的电子文献题录，每条记录标有: [PubMed-as supplied by publisher]，分为两类： MEDLINE 收录，逐步转为In Process, Indexed状态。 Not MEDLINE：PubMed 收录，MEDLINE不收录，一 直标注[PubMed-as supplied by publisher]或[PubMed]
2018/10/26
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二、PubMed的检索功能
高级检索 基本检索输入框 检索工具： 特定文献检索 临床查询 专题查询 个人空间 其他资源： 规范词数据库 期刊数据库 临床试验等
检索指南
14
2018/10/26
三、PubMed 基本检索规则
检索栏可输入一个或多个检索词（系统默认空格 为AND检索） 如：stroke thrombolysis（中风与溶栓）
任务:
利用计算机信息处理技术，建立分子生物学、生物化 学、遗传学知识的自动存储和分析系统，并开展相关 先进方法的研究。 促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件 的使用。
8
促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。
2018/10/26
NCBI网站
9
2018/10/26
NCBI提供的数据库
2018/10/26
一PubMed数据库简介
Process] 标志。工作人员在一周内将这
些记录标引，然后转入 MEDLINE ，同时
从PreMedline中删去。
New Data
PubMed
Collect
Pre-Medline
Process
Medline
PubMed
出版商提供的书目信息：出版商
提供的是整本期刊的信息，若有
部分没有被MEDLINE收录，PubMed 仍保存，在记录中做[PubMed--as
检索提示区
对各项检索功能的简单描述
NCBI数据库
Nucleotide：DNA序列数据库
Protein：蛋白质序列数据库 Genome：基因组序列数据库 Structure：分子结构模型数据库 Popset：种群、种系发生或突变序列数据库
Taxonomy：微生物类别数据库
OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库。
五、 PubMed辅助检索工具（二）
2. Preview/Index： Preview是对检索结果进行预览，显示检索结果的
条数和最近三次检索式，用户可根据具体情况在 检索提问框中用逻辑运算符组配新的检索式。 Index是对提交的检索词列出按字顺排列的某一字段 的索引词表的位置和数量（括弧内），可用流动 条来回进行查看列表。选中的词高亮显示，然后 选择合适的逻辑运算符进行检索。
杂志名检索
在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写 形式，如：mol boil cell， 键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码） 进行检索，如1059-1524。 Cell transplantation [ta]
些记录标引，然后转入 MEDLINE ，同时
从PreMedline中删去。
New Data
PubMed
Collect
Pre-Medline
Process
Medline
PubMed
出版商提供的书目信息：出版商
提供的是整本期刊的信息，若有
部分没有被MEDLINE收录，PubMed 仍保存，在记录中做[PubMed--as
检索提示区
对各项检索功能的简单描述
NCBI数据库
Nucleotide：DNA序列数据库
Protein：蛋白质序列数据库 Genome：基因组序列数据库 Structure：分子结构模型数据库 Popset：种群、种系发生或突变序列数据库
Taxonomy：微生物类别数据库
OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库。
五、 PubMed辅助检索工具（二）
2. Preview/Index： Preview是对检索结果进行预览，显示检索结果的
条数和最近三次检索式，用户可根据具体情况在 检索提问框中用逻辑运算符组配新的检索式。 Index是对提交的检索词列出按字顺排列的某一字段 的索引词表的位置和数量（括弧内），可用流动 条来回进行查看列表。选中的词高亮显示，然后 选择合适的逻辑运算符进行检索。
杂志名检索
在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写 形式，如：mol boil cell， 键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码） 进行检索，如1059-1524。 Cell transplantation [ta]
pubmed检索教程(课堂PPT)
stroke[ti] thrombolysis[ti]
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2020/8/8
三、PubMed 基本检索规则
著者检索：姓全称在前，名首字母在后，[au]。 如: smith ab[au] “paulsen e”[au]
思考题：中国学者的名字该如何转换呢？ 如： 闻玉梅 卢正宏
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2020/8/8
三、PubMed 基本检索规则
国际标准期刊号
美国立医学图书馆识别号
20
期刊全称
2020/8/8
最后修订日期
规范词表词
规范词确立日期
系统组织的文摘
版权拥有者
题录提供机构的识别号
病史相关与原始记录
据库检索。
PubMed等文献数据。
10
2020/8/8
（二） PubMed的特点
广域网免费提供题录和文摘 提供与原文的网址链接(部分免费获取） 提供检索词智能转换匹配 界面简洁，操作简便(须IE7.0以上版本)
11
2020/8/8
（三） PubMed收录数据
MEDLINE Indexed
促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。
8
2020/8/8
NCBI网站
9
2020/8/8
NCBI提供的数据库
检索大分子生物学数据
获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列；
获 取 Swiss-port,PIR,PRF,PDB 等 蛋 白 质 序 列 ， 从核酸序列翻译到蛋白质的序列；
获取基因和染色体图谱；蛋白质三维结构数据 及大分子模式（MMDB）等其他生物信息数
7
2020/8/8
一、 PubMed简介
开发机构：
PubMed数据库简介PPT
• Display Settings • Send to • Filters
• Results by year • Related searches • Titles with • Full text • Search details • Recent activity
17
3. Search Results
18
3. Search Results
• See Abstracts • Full Text
– Free Full Text in PMC – Full Text at Journal Site – Full Text in other Database
19
4. My NCBI
• 定题检索 • 注册后提供个性化服务 • 可保存检索策略并定期推送
Searching by author
作者姓名输入格式：姓（全称）□名（首字母） 如：古练权 Gu LQ 黄民 Huang M
精确检索输入格式：“作者姓名”[au] “Huang M”[au] tags 2002年以后收录的文章可以按作者全名检索
Use Advanced Search
8
2.1 Basic Search & Advanced Search
输入格式：
journal_title|year|volume|first_page|author_name|your_key|
如： proc natl acad sci u s a|1991|88|3248|mann bj|P32022-1| proc natl acad sci u s a|1999|89|3271|gould se|P26261-1| res microbiol|1992|143|467|ivey dm|P25966-1| science|1987|235|182|palmenberg ac|P12296-2| eschatology|1993|12|22|public jq|C12233-2| virology|1993|193|492|hardy me|Q02945-1|
medline数据库
medline数据库1. 概述Medline数据库是一个医学文献数据库，由美国国家医学图书馆（National Library of Medicine）创建和维护。
它收录了自1946年以来的生物医学和生命科学领域的文献，包括医学研究、临床实验、医学教育及相关领域的文献。
2. 数据内容Medline数据库涵盖了各种医学和生命科学的领域，包括但不限于：•临床医学：医学研究、临床试验、疾病诊断和治疗等方面的文献。
•生物医学研究：生物医学实验室研究、动物模型、细胞研究等方面的文献。
•基因组学和生物信息学：基因组学研究和生物信息学分析等方面的文献。
•药物研发：药物研发、药理学、药效学等方面的文献。
Medline数据库中的文献主要来源于定期索引的期刊文章，也包括各种学术会议论文、学位论文和专著。
目前，Medline数据库每年都有新的更新和添加内容，以保持数据库的及时性和准确性。
3. 检索和访问用户可以通过以下方法来检索和访问Medline数据库中的文献：3.1 在线检索可以通过访问美国国家医学图书馆的网站，使用Medline数据库的在线检索功能。
用户可以在检索框中输入关键词、作者、标题等信息，以找到与所查询主题相关的文献。
3.2 数据下载Medline数据库提供了数据下载的功能，用户可以按照自己的需求将数据库中的文献下载到本地进行深入研究和分析。
下载的文献可以以多种格式提供，包括文本格式、XML格式等。
4. 应用场景Medline数据库在医学和生命科学领域具有广泛的应用价值，主要包括以下几个方面：•临床医学研究：医生和临床医学研究人员可以利用Medline数据库来查找最新的疾病诊断和治疗方法的相关文献，以提高临床实践的准确性和效果。
•生物医学研究：科研人员可以通过Medline数据库来了解最新的生物医学研究进展，帮助他们更好地设计实验和解读实验结果。
•教育和培训：教育机构和培训机构可以使用Medline数据库来提供学生和研究人员面对面的教学和培训，以培养他们在医学和生命科学领域的科研能力。
医学中外文献数据库介绍
未来展望
随着人工智能和大数据技术的不断发展，医学中外文献数 据库将更加智能化、个性化和专业化，为医学领域的发展 提供更加有力的支持。
02
医学中外文献数据库介绍
国内医学文献数据库
中国知网（CNKI）
中国最大的学术文献数据库，收录了国内大多数医 学期刊和学术论文，提供全文检索和下载。
万方数据
收录了大量医学期刊和学位论文，重点在于中文文 献的收录。
多模态与多媒体资源整合
随着多媒体技术的快速发展，医学中 外文献数据库将进一步整合图像、视 频、音频等多种模态的资源，提供更 丰富的学术资源。
语义检索与知识图谱
通过语义技术和知识图谱的构建，医 学中外文献数据库将进一步提升检索 效率和知识发现能力。
人工智能辅助决策支持
利用人工智能技术，医学中外文献数 据库将为科研人员和临床医生提供更 精准的决策支持，助力医学研究和医 疗水平的提升。
医学中外文献数据库的更新频率较高，能够及时收录最新 的医学研究成果和临床实践经验，为用户提供最新的医学 信息。
检索方便
数据库提供了多种检索方式，用户可以根据关键词、作者 、标题等字段进行检索，同时支持模糊匹配和精确匹配， 方便用户快速找到所需文献。
质量保证
医学中外文献数据库的收录标准较高，主要收录国内外知 名期刊、会议等高质量的医学文献，保证了文献的质量和 可靠性。
维普资讯
以中文期刊和学位论文为主，提供全文检索和下载。
国外医学文献数据库
PubMed
美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的生物医学文献数据库， 主要收录了生命科学领域的期刊论文和专利。
Cochrane Library
专注于医学领域的循证医学数据库，提供高质量的综述和系统评价。
随着人工智能和大数据技术的不断发展，医学中外文献数 据库将更加智能化、个性化和专业化，为医学领域的发展 提供更加有力的支持。
02
医学中外文献数据库介绍
国内医学文献数据库
中国知网（CNKI）
中国最大的学术文献数据库，收录了国内大多数医 学期刊和学术论文，提供全文检索和下载。
万方数据
收录了大量医学期刊和学位论文，重点在于中文文 献的收录。
多模态与多媒体资源整合
随着多媒体技术的快速发展，医学中 外文献数据库将进一步整合图像、视 频、音频等多种模态的资源，提供更 丰富的学术资源。
语义检索与知识图谱
通过语义技术和知识图谱的构建，医 学中外文献数据库将进一步提升检索 效率和知识发现能力。
人工智能辅助决策支持
利用人工智能技术，医学中外文献数 据库将为科研人员和临床医生提供更 精准的决策支持，助力医学研究和医 疗水平的提升。
医学中外文献数据库的更新频率较高，能够及时收录最新 的医学研究成果和临床实践经验，为用户提供最新的医学 信息。
检索方便
数据库提供了多种检索方式，用户可以根据关键词、作者 、标题等字段进行检索，同时支持模糊匹配和精确匹配， 方便用户快速找到所需文献。
质量保证
医学中外文献数据库的收录标准较高，主要收录国内外知 名期刊、会议等高质量的医学文献，保证了文献的质量和 可靠性。
维普资讯
以中文期刊和学位论文为主，提供全文检索和下载。
国外医学文献数据库
PubMed
美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的生物医学文献数据库， 主要收录了生命科学领域的期刊论文和专利。
Cochrane Library
专注于医学领域的循证医学数据库，提供高质量的综述和系统评价。
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版权拥有者
题录提供机构的识别号 病史相关与原始记录
其他关键词
提供其他关键词的机构 数据提供者机构 文章总页数 出版商提供数据时间 期刊出版国 数据库文献编号
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
25
作为主题词的个人姓名
出版状态 文献类型 出版模式（纸张或电子） 参考文献数 已撤回的文献 酶或化学物质代码
12
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
（三） PubMed收录数据
MEDLINE Inprocess
最新的MEDLINE处理中数据，未标引，无MeSH字 段。每条记录标有： [PubMed-in process]。
Publisher-Supplied
出版商提供的电子文献题录，每条记录标有:
2018/10/21 复旦大学图书馆文献检索教研室
3
二、 MEDLINE的检索平台
广域网免费平台：
NCBI-PubMed（含非MEDLINE数据）
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
4
二、 MEDLINE的检索平台
校园网内可用平台（IP控制）：
Ovid SP Web of Knowledge EBSCO OCLC First Search
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
29
结果显示页右侧Details 显示系统自动匹配转换 的检索词
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
30
三、PubMed 基本检索规则
自动转换匹配检索词： 如：hypertension therapy Details: ("hypertension"[MeSH Terms] OR "hypertension"[All Fields]) AND ("therapy"[Subheading] OR "therapy"[All Fields] OR "therapeutics"[MeSH Terms] OR "therapeutics"[All Fields])
MEDLINE
Indexed
1966 to prensent的MEDLINE已标引数据， 有MeSH字段和摘要，每条记录标有： [PubMed-indexed for MEDLINE]
OldMEDLINE
1946-1965年间的MEDLINE数据，无 MeSH字段和摘要，每条记录标有： [PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966]
复旦大学图书馆文献检索教研室
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2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
28
三、PubMed 基本检索规则
自动转换匹配检索词：
对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、 副主题词、物质名称）中转换、并默认在所有记 录字段中匹配。 如：liver cancer "liver neoplasms"[MeSH Terms]
2018/10/21 复旦大学图书馆文献检索教研室
13
PubMed记录状态子集
PubMed记录状态子集
二、PubMed的检索功能
高级检索
基本检索输入框 检索限制 检索指南 检索工具： 特定文献检索 临床查询 专题查询 个人空间 其他资源： 规范词数据库 期刊数据库 临床试验等
2018/10/21
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
31
四、PubMed 检索滤过( filter) ：
PubMed结果显示页
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
32
五、PubMed 高级检索功能
一个网页中集多种功能于一体
基本检索
检索细节
结果预览
显示转换规范词及运算的详细过程，可确定规范词
41
检索结果
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
OR ("liver"[All Fields] AND "neoplasms"[All Fields]) OR "liver neoplasms"[All Fields] OR ("liver"[All Fields] AND "cancer"[All Fields]) OR "liver cancer"[All Fields]
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
21
三、PubMed 基本检索规则
刊名检索：全称或MEDLINE认可的标准缩写, [so] 如：Journal of investigative dermatology[so] J invest dermatol[so]
输入刊名检索发表在该刊上 的文献（限定出处字段SO）
字段限定 stem cell transplantation[ti]
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
20Biblioteka 三、PubMed 基本检索规则
著者检索：姓全称在前，名首字母在后， [au] 。 如: smith ab[au] “paulsen e”[au]
逻辑运算式输入： Paulsen E撰写的芦荟 治疗银屑病的文章
数据加入PubMed日期 文献勘误 参考文献勘误 全部著者姓名 全部调研者姓名 作为文章主题的著者全称
文献相关注释
基金编号 基因符号 期编号
资助调研者
资助调研单位 国际标准期刊号 美国立医学图书馆识别号 期刊全称
2018/10/21 复旦大学图书馆文献检索教研室
24
最后修订日期 规范词表词 规范词确立日期 系统组织的文摘
医学文献数据库 MEDLINE
2012.12
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
1
一、数据库概况
（一）编制单位：美国国立医学图书馆(NLM) 。 （二）收录学科内容：
主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关 文献。 包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工 艺学、基础研究；临床、护理、公共卫生、卫生 政策发展或相关教育活动的内容。 2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植 物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学 方面的研究内容。
利用计算机信息处理技术，建立分子生物学、生物化 学、遗传学知识的自动存储和分析系统，并开展相关 先进方法的研究。 促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件 的使用。 促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。
复旦大学图书馆文献检索教研室
2018/10/21
8
NCBI网站
2018/10/21
[PubMed-as supplied by publisher]，分为两类： MEDLINE 收录，逐步转为In Process, Indexed状态。 Not MEDLINE：PubMed 收录，MEDLINE不收录， 一直标注[PubMed-as supplied by publisher]或[PubMed]
正在撤消中的文章 初版文献 修订和再版的文章 子专题文档 太空署提供的数据 二次文献数据库以及文章讨论的 分子序列访问号 原文来源 引用了病例的文献内部处理代码 标准期刊缩写 文献标题 翻译标题 更新文献 文献正在更新 期刊卷号
2018/10/21 复旦大学图书馆文献检索教研室
26
三、PubMed 基本检索规则
截词检索：treat* 可检出：treat, treated, treatment... 强迫短语检索：“ ”，不进行自动转换匹配 和扩展检索 如：“acute low back pain” “ang 1”（血管紧张素1缩写）检出1085篇 比较：ang 1 检出9956篇，误检多，其中有：
2018/10/21
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
10
（二） PubMed的特点
广域网免费提供题录和文摘 提供与原文的网址链接(部分免费获取） 提供检索词智能转换匹配 界面简洁，操作简便(须IE7.0以上版本)
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
11
（三） PubMed收录数据
复旦大学图书馆文献检索教研室
9
NCBI提供的数据库
检索大分子生物学数据 获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列； 获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质序列， 从核酸序列翻译到蛋白质的序列； 获取基因和染色体图谱；蛋白质三维结构数 据及大分子模式（ MMDB ）等其他生物信息 数据库检索。 PubMed等文献数据。
2018/10/21 复旦大学图书馆文献检索教研室
2
一、数据库概况
（三）文献来源：
70多个国家和地区；近5600种生物医学期刊 美国卫生研究院文献选择技术评估委员会 Literature Selection Technical Review Committee(LSTRC)评估挑选 NLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。 近年数据涉及39种语种，回溯至1946年的数据涉及 60种语种。45%为美国本土出版文献，91%为英文文 献，83%的文献有文摘。(根据2012年数据库help文 档）
进入途径：
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
进入 MeSH
2018/10/21
复旦大学图书馆文献检索教研室