土壤微生物分析方法
土壤微生物研究法

土壤微生物研究法土壤微生物是指生活在土壤中、具有生命活动能力的微生物种类,包括细菌、真菌、放线菌、放线杆菌、病毒等微生物,是土壤中一种极其重要的生物群落。
由于其对土壤生态系统的功能和稳定性有着极其重要的作用,因此对其进行研究具有重要的意义。
土壤微生物研究法包括传统的培养技术和现代的分子生物学技术。
传统的培养技术主要是通过对土壤样品进行适当处理后,将其分离出来并在特定培养基上生长,以获得代表土壤微生物种群的纯培养菌株。
而分子生物学技术则直接对土壤中的微生物DNA进行分析,以获得同时存在于土壤中的多种微生物群落的信息。
1. 传统的培养技术传统的培养技术主要是通过将土壤样品进行适当处理后,将其中的微生物进行分离、纯化、形态鉴定和鉴定物种等各种步骤。
该方法需要依靠生物培养基,通过对各种因素进行调控,使不同菌株能够在培养基上良好地生长繁殖。
其优点是可以准确地进行细胞计数、分离菌株、进行鉴定等,但也有不少局限性,如对部分微生物的培养需要非常特殊的培养基和条件,有时其培养数量也不足以代表真实的微生物群落。
在实际应用中,培养技术被广泛应用于微生物的鉴定和功能研究。
通过培养得到的不同菌株,可以进行各种实验,比如酶活性测定、基因表达等,以此来分析微生物的功能。
但是,在应用中仍然存在一些限制:1)在土壤中,存在许多有效菌株是难以在培养板上培养的;2)微生物分离所得的纯培养菌株有时会引起歧义或误判,无法准确反应真实的微生物群落;3)培养上的试验存在人为干扰,如微量元素的添加和实验条件等,可能影响微生物的形态和生长情况。
2. 分子生物学技术随着分子生物学技术的进步,直接对微生物DNA进行分析已经成为了研究微生物的重要方法之一。
这种方法不需要进行任何的培养步骤,能够直接获得土壤微生物胞外DNA信息,并可以分析土壤中细菌、真菌、原核生物等微生物量的水平和组成,其优点是准确、简便、迅速、全面。
目前常用的技术包括:1)宏基因组测序技术:该技术使用高通量测序机器,直接对土壤微生物DNA进行测序分析。
土壤微生物生物量的测定方法

土壤微生物生物量的测定方法1土壤微生物碳的测定方法(熏蒸提取----仪器分析法)基本原理新鲜土样经氯仿熏蒸后(24h),土壤微生物死亡细胞发生裂解,释放出微生物生物量碳,用一定体积的LK2SO4溶液提取土壤,借用有机碳自动分析仪测定微生物生物量碳含量。
根据熏蒸土壤与未熏蒸土壤测定有机碳的差值及转换系数(K EC),从而计算土壤微生物生物量碳。
实验仪器自动总有机碳(TOC)分析仪(Shimadzu Model TOC—500,JANPAN)、真空干燥器、烧杯、三角瓶、聚乙烯熟料管、离心管、滤纸、漏斗等。
实验试剂1)无乙醇氯仿(CHCL3);2)L硫酸钾溶液:称取87g K2SO4溶于1L蒸馏水中3)工作曲线的配制:用L硫酸钾溶液配制10ugC/L、30ugC/L、50ugC/L、70ugC/L、100ugC/L系列标准碳溶液。
(其实一般情况下,仪器会自带的标曲,一般不用自己做的)操作步骤土壤的前处理(过筛和水分调节略)熏蒸称取新鲜(相当于干土,这个可以根据自己土样的情况而定)3份分别放入25ml小烧杯中。
将烧杯放入真空干燥器中,并放置盛有无乙醇氯仿(约2/3)的15ml烧杯2或3只,烧杯内放入少量防暴沸玻璃珠,同时放入一盛有NaOH溶液的小烧杯,以吸收熏蒸过程中释放出来的CO2,干燥器底部加入少量水以保持容器湿度。
盖上真空干燥器盖子,用真空泵抽真空,使氯仿沸腾5分钟。
关闭真空干燥器阀门,于25℃黑暗条件下培养24小时。
抽真空处理熏蒸结束后,打开真空干燥器阀门(应听到空气进入的声音,否则熏蒸不完全,重做),取出盛有氯仿(可重复利用)和稀NaOH溶液的小烧杯,清洁干燥器,反复抽真空(5或6次,每次3min,每次抽真空后最好完全打开干燥器盖子),直到土壤无氯仿味道为止。
同时,另称等量的3份土壤,置于另一干燥器中为不熏蒸对照处理。
(注意:熏蒸后不可久放,应该快速浸提)※浸提过滤从干燥器中取出熏蒸和未熏蒸土样,将土样完全转移到80ml聚乙烯离心管中,加入40ml L硫酸钾溶液(土水比为1:4,考虑到土样的原因,此部分熏蒸和不熏蒸土均为4g,即,4g土:16ml的硫酸钾溶液,当然这个加入量要根据TOC仪器的进入量决定)300r/min振荡30min,用中速定量滤纸过滤。
土壤中的微生物分离纯化和菌相分析

(二)平板划线分离法
1.倒平板 2.划线:在近火焰处,左手拿皿底,右手拿接种环, 挑取待测菌悬液一环在平板上划线。划线的方法很 多,但无论采用哪种方法,其目的都是通过划线将 样品在平板上进行稀释,培养后能形成单个菌落。
划线方法 方法一:用接种环按无菌操作挑取土壤悬液一环, 先在平板培养基的一边作第一次平行线3-4次,再 转动平板约70°角,并将接种环上剩余物烧掉,待冷 却后挑取悬液穿过第一次划线部分进行第二次划线, 再用同样的方法穿过第二次划线部分进行第三次划线 或再穿过第三次划线部分进行第四次划线。划线完毕 后,盖上培养皿盖,倒置于温室培养。 方法二:将挑取有样品的接种环在平板培养基上作连 续划线,完毕后,盖上培养皿盖,温室培 养。
二、实验原理
三、实验器材
1.土壤 2.培养基: 牛肉膏蛋白胨琼脂培养基(营养琼脂)(50μg/mL制霉菌素 乙醇溶液) 高氏一号琼脂培养基(10滴100g/L石碳酸和50μg/mL制霉菌 素乙醇溶液) 马铃薯葡萄糖琼脂(PDA)(1000mL培养基中加入2mL氯霉素) 3.溶液与试剂: 9mL或4.5mL无菌水的试管,90mL无菌水并带有玻璃珠的三角 烧瓶
这种计数法的优点是能测出样品中的活菌数。 但平板菌落计数法的手续较繁,而且测定值常受各 种因素的影响。
二、实验步骤(方法一)
1.编号:取无菌培养皿6套,分别用记号笔表明 10-4、10-5、10-6各2套。另取6支4.5mL无菌水 的试管,依次表明10-1、10-2、10-3、10-4、10-5和10-6。 2.稀释:用1mL无菌吸管准确吸取0.5mL已充分混匀 的大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的混合培养液,加入标 有10-1字样的试管中,此为10倍稀释,吸管中多余的菌 液放回试管中。将10-1试管在手掌中或置于振荡器上振 荡,使菌液充分混匀。另取一支1mL吸管插入10-1试管 菌液中吸取1mL,精确的放0.5mL菌液于10-2试管中, 此为100倍稀释……其余依次类推直至所需倍 数。
土壤微生物生物量的测定方法氯仿熏蒸

土壤微生物生物量的测定方法1土壤微生物碳的测定方法(熏蒸提取----仪器分析法)1.1 基本原理新鲜土样经氯仿熏蒸后(24h),土壤微生物死亡细胞发生裂解,释放出微生物生物量碳,用一定体积的0.5mol/LK2SO4溶液提取土壤,借用有机碳自动分析仪测定微生物生物量碳含量。
根据熏蒸土壤与未熏蒸土壤测定有机碳的差值及转换系数(K EC),从而计算土壤微生物生物量碳。
1.2 实验仪器自动总有机碳(TOC)分析仪(Shimadzu Model TOC—500,JANPAN)、真空干燥器、烧杯、三角瓶、聚乙烯熟料管、离心管、滤纸、漏斗等。
1.3 实验试剂1)无乙醇氯仿(CHCL3);2)0.5mol/L硫酸钾溶液:称取87g K2SO4溶于1L蒸馏水中3)工作曲线的配制:用0.5mol/L硫酸钾溶液配制10ugC/L、30ugC/L、50ugC/L、70ugC/L、100ugC/L系列标准碳溶液。
(其实一般情况下,仪器会自带的标曲,一般不用自己做的)1.4 操作步骤1.4.1 土壤的前处理(过筛和水分调节略)1.4.2 熏蒸称取新鲜(相当于干土10.0g,这个可以根据自己土样的情况而定)3份分别放入25ml 小烧杯中。
将烧杯放入真空干燥器中,并放置盛有无乙醇氯仿(约2/3)的15ml烧杯2或3只,烧杯内放入少量防暴沸玻璃珠,同时放入一盛有NaOH溶液的小烧杯,以吸收熏蒸过程中释放出来的CO2,干燥器底部加入少量水以保持容器湿度。
盖上真空干燥器盖子,用真空泵抽真空,使氯仿沸腾5分钟。
关闭真空干燥器阀门,于25℃黑暗条件下培养24小时。
1.4.2 抽真空处理熏蒸结束后,打开真空干燥器阀门(应听到空气进入的声音,否则熏蒸不完全,重做),取出盛有氯仿(可重复利用)和稀NaOH溶液的小烧杯,清洁干燥器,反复抽真空(5或6次,每次3min,每次抽真空后最好完全打开干燥器盖子),直到土壤无氯仿味道为止。
同时,另称等量的3份土壤,置于另一干燥器中为不熏蒸对照处理。
土壤微生物群落在生态系统中的样品分析与测定

土壤微生物群落在生态系统中的样品分析与测定土壤是生态系统中非常重要的组成部分,同时也是最为丰富复杂的环境之一。
土壤环境中存在着大量的微生物,这些微生物与土壤之间相互作用,对土壤的物质转化、有机质分解和植物生长等方面具有重要的作用。
如何准确地了解土壤微生物群落的数量和多样性,对于揭示土壤生物学的功能和作用,以及发展生态农业,提高土壤质量和农产品产量等都具有重要意义。
一、土壤微生物群落的样品分析方法为了测定土壤微生物群落,必须进行样品的分析和测定。
在对土壤进行样品分析时,需要注意:1.土壤样品的收集在进行样品分析之前,必须进行土壤样品的收集。
土壤样品应该收集大约20-30厘米深度的土壤。
由于土壤菌群、真菌群和放线菌群在不同土层中的数量和种类也不相同,因此,收集的土壤深度需要根据研究的目的而定。
2.土壤样品的处理一般来说,土壤样品要进行粗碎,去杂质、去石头等处理。
此外,还需去除土壤中的植物残渣、动物排泄物等有机物。
在进行处理时,应该注意不破坏土壤结构和微生物活性。
3.土壤样品的储存土壤样品储存的温度和湿度等条件应根据微生物的生长需求而定。
如果储存时间长,应该对样品进行冷冻或低温干燥处理,以防止微生物的生长。
二、土壤微生物群落测定的方法以下是常用的样品测定方法:1.培养计数法该方法是通过使用培养基和适宜环境条件来促进微生物产生可见的生长。
然后通过计数方法确定细菌的数量。
虽然该方法能够对所有培养细菌进行计数,但是只适用于对可培养细菌群的测定,并且样品测定时间较长。
2.生物分子测定法该方法使用了PCR(多聚酶链式反应)等方法,通过分析土壤中微生物的核酸以及基因来测定微生物数量和多样性。
该方法可以对所有微生物进行分析,但精确度受到PCR扩增的准确度和反应的复杂性影响。
3.牢固偏最小二乘回归分析法(PLS-DA)该方法是通过采集土壤样品,并进行数据处理、筛选,最终运用牢固偏最小二乘回归分析法(PLS-DA)来测定微生物数量和多样性。
土壤微生物测定方法

土壤微生物测定方法
目前常用的土壤微生物测定方法主要包括直接计数法、培养法、DNA
分析法和生化方法等。
1.直接计数法:直接计数法是指通过显微镜观察和计数土壤中微生物
的数量。
这种方法简单直观,可以快速测定土壤中微生物的数量。
但是,
由于土壤微生物数量庞大,直接计数方法需要大量的样品和时间,且对操
作者的要求较高。
2.培养法:培养法是指通过将土壤样品接种在富含营养物质的培养基上,并在一定温度和湿度下培养一段时间,通过观察和计数可见的菌落来
测定土壤中微生物的数量和种类。
这种方法可以有效地测定土壤中常见的
细菌和真菌等,但是对于无法培养的微生物种类相对有限。
3.DNA分析法:DNA分析法是指通过提取土壤中微生物的DNA,并通
过PCR扩增和DNA测序等技术来测定土壤中微生物的种类和多样性。
这种
方法可以检测到所有存在的微生物,无论是否可以培养。
因此,DNA分析
法可以更全面地测定土壤中微生物的多样性和种类。
但是,这种方法对实
验条件和技术要求较高。
4.生化方法:生化方法是指通过测定土壤中微生物代谢产物的含量或
活性来测定土壤中微生物的数量。
例如,通过测定脲酶、葡萄糖酶、氧化
还原酶等土壤微生物常见的酶活性来评估微生物的活性和数量。
生化方法
可以快速测定土壤微生物的数量和活性,但是受土壤理化性质的影响较大。
总之,以上所述的方法各有优缺点,可以根据实际情况选择合适的方
法或多种方法相结合来测定土壤微生物的数量和多样性。
此外,测定方法
的选择还要考虑实验所需的样品数量、可行性和经济性等因素。
土壤微生物多样性与健康评估分析

土壤微生物多样性与健康评估分析土壤是地球上最重要的非活体资源之一,它是植物生长的基础和生态系统的重要组成部分。
土壤微生物是土壤生态系统中至关重要的组成部分,对土壤健康和生态系统功能发挥着重要作用。
了解土壤微生物的多样性和其对土壤健康的影响,对于提高农田生产力、保护土壤和环境、维持生态平衡具有重要意义。
土壤微生物是指生活在土壤中的微小生物,包括细菌、真菌、放线菌、原生动物等。
它们的种类繁多,数量庞大,与土壤中的其他生物和化学过程密切相关。
土壤微生物参与了许多重要的土壤功能,如有机物的分解和循环、养分转化和固定、植物营养与健康的维持等。
因此,土壤微生物多样性的评估和健康分析对于维持土壤生态系统的平衡至关重要。
土壤微生物的多样性是指土壤中微生物的种类丰富度和数量。
多样性较高的土壤微生物群落具有更高的资源利用能力和适应性,能够更好地应对环境变化和胁迫。
土壤微生物的多样性受到多种因素的影响,包括土壤性质、土壤水分、土壤温度、土壤pH值等。
这些因素会直接或间接地影响土壤微生物的生存和活动,从而对土壤功能和植被生长产生影响。
土壤微生物多样性评估可以通过多种方法来进行。
其中最常用的方法是使用分子生物学技术,如高通量测序技术,对土壤中微生物的DNA或RNA进行提取和测序分析。
通过测定微生物的DNA序列,可以快速鉴定出不同的微生物种类,并了解它们的数量和相对丰度。
此外,还可以利用传统的培养方法和微生物生理特性分析来评估土壤微生物的组成和功能。
土壤微生物多样性与土壤健康之间存在着紧密的关系。
健康的土壤微生物群落能够提供各种生态系统功能并维持土壤的生产力。
首先,它们通过有机物的分解和循环,促进土壤中的养分转化和固定。
这种过程有助于提供植物所需的营养物质,并改善土壤的肥力。
其次,土壤微生物还参与了抑制植物病原菌和分解有害物质的作用,有助于保持植物的健康和抵抗力。
此外,土壤微生物还能影响土壤结构和稳定性,对减轻土壤侵蚀和保护土壤质量具有重要作用。
土壤微生物分析方法

土壤微生物分析方法
一、引言
土壤是地球上肥沃的生活空间,也是物质循环的重要环节。
微生物在土壤中起着重要作用,它们参与着养分、水、氮的循环,帮助植物吸收养分和水,并发挥抗病虫、降解污染物等作用,是土壤生态系统中的重要组成部分。
随着科学技术的发展,目前的研究已经逐渐从单一微生物研究转变成研究其复杂而多样的群落,并且研究微生物群落的多样性和功能。
因此,准确研究土壤微生物以及其群落结构及功能,对于土壤环境的分析和调控有重要意义。
1、液体培养法
液体培养法是一种用于分析土壤微生物群落的常用方法,它的工作原理是在恒温的培养箱中,用有机物质和无机物质组成的培养基培养土壤中的微生物,并监测它们的生长。
培养基的组成成分可以根据需要变化,以考察特定微生物的生长情况及功能。
液体培养法可以清楚的显示不同类型的微生物群落的数量和组成,为分析其功能及其影响环境的作用提供重要的参考依据。
2、分子生物学技术
分子生物学技术包括核酸提取、PCR扩增、PCR测序等技术,主要用于检测土壤中的微生物群落结构,研究其适应性、多样性、抗药性等方面的知识。
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土壤微生物分析方法
周丽霞
1. 土壤微生物生物量碳(氯仿熏蒸提取法)
Jenkinson and Powlson(1976)比较了γ-射线、高压灭菌、干热灭菌、氯仿熏蒸灭菌的效果,发现氯仿熏蒸灭菌处理可杀死99%以上的土壤微生物,并且未改变土壤的理化性质,且容易从土壤中除去。
因此,现在多利用氯仿熏蒸法进行土壤微生物生物量的测定。
(1)原理:土壤经氯仿熏蒸处理后土壤中的微生物被杀死,造成细胞破裂,使细胞内容物释放到土壤中,导致土壤中可提取的碳增加。
用盐溶液提取出由死后的微生物体内渗透出来的有机碳,通过测定浸提液中的碳含量,可以计算土壤微生物量碳。
(2)操作步骤:
①预处理:一般不需要。
如果担心土壤状况可能会影响分析结果(如土壤太
干,土壤中微生物生长不好等),可以将采集到的土壤调节其含水量达到最大持水量的60%,在25℃预培养1周。
②氯仿熏蒸处理(在通风橱内进行):
在低温下保存的土壤要先从冰箱中取出,待放置到室温时再进行分析。
称取20 g过2mm筛的新鲜土样置于50 ml 小烧杯中,放入真空干燥器内,并在真空干燥器内放置一装有去乙醇氯仿的小烧杯,烧杯内可放置几片防爆沸的干净小瓷片。
同时放入一小烧杯稀氢氧化钠溶液以吸收熏蒸期间释放出来的
CO2,还应放一装水的小烧杯(或在干燥器底部放一层湿滤纸)以保持湿度。
用少量凡士林密封干燥器,在真空泵与干燥器之间可以加一缓冲瓶以防止氯仿爆沸或由于抽真空使干燥器内外压力变化而造成干燥器破裂等现象发生,然后用真空泵抽气至干燥器内氯仿沸腾。
关闭真空干燥器阀门,在25℃下暗处放置24小时。
熏蒸完成后,打开干燥器阀门(此时应听到空气进入的声音,否则可能熏蒸不彻底,要重新熏蒸),取出装水的小烧杯(或湿润的滤纸)、装有碱液和氯仿的烧杯(氯仿可倒回瓶中重复使用),用真空泵反复抽真空,并打开干燥器以除去土壤中残存的氯仿(止闻不到土壤中的氯仿气味)。
另称取等量土壤样品放入另一干燥器中,但不熏蒸,作为对照土壤。
③K2SO4浸提:
熏蒸结束后,将土壤转移到100 ml振荡瓶中,加入60ml (或土水比1:4)0.5 M K2SO4溶液,中速振荡60分钟以使土壤完全振荡开,静置后用中速定量滤纸过滤。
对照样品除不经氯仿熏蒸处理外,其他操作同熏蒸处理。
④测定分析:一般采用K2Cr2O7容量法或碳分析仪(TOC)测定法。
K2Cr2O7容量法:
吸取10ml上述土壤浸提液于150ml消化管中,准确加入10ml 0.018 mol L-1 K2Cr2O7-12 mol L-1 H2SO4溶液,再加入2~3片干净小瓷片(防爆沸),混匀后在175℃煮沸10分钟,冷却后转移至150ml三角瓶中,用去离子水洗涤3~4次消化管使溶液体积约为70~80ml,加入1滴邻啡罗啉指示剂,用0.05 mol L-1 FeSO4标准溶液滴定,溶液颜色由橙黄色变为蓝绿色,再变为棕红色即为滴定终点。
TOC法:用TOC总有机碳分析仪测定土壤浸提液中的有机碳含量。
(3)结果计算:
K2Cr2O7容量法:
式中M 为FeSO4溶液浓度(mol L-1),V0、V分别为空白和样品消耗的FeSO4溶液体积(ml),f为稀释倍数,12为碳毫摩尔质量(g),103为换算系数。
TOC法:
C mic(mg kg-1)=(熏蒸与对照TOC差值×稀释倍数)/(k Ec×土壤干重)
k Ec为将熏蒸提取法提取液的有机碳增量换算成土壤微生物生物量碳所采用的系数(转换系数), 目前采用的k Ec值是根据FI 方法间接获得。
一般量容法采用的k Ec值为0.38, 仪器分析法k Ec取值0.45 (在极酸性土壤中k Ec 偏低,要根据土壤情况选择适当的k Ec ) 。
(4)注意事项:
①实验结果以土壤干重来表示,计算时一定要考虑土壤含水量;
②如果数据结果变异较大时,要认真分析可能的原因,如:
a 是由于样点的异质性造成的还是操作过程造成的?
b 操作过程中土样采集与处理过程是否一致(土样是否混匀,土中杂质,
尤其是根与植物残体是否清除干净等)?
c 熏蒸、浸提是否同批进行?浸提液是否立即进行分析?
(5)方法特点:
优点:氯仿熏蒸提取法测定土壤微生物生物量碳总量快速、简便,适合大量样品分析。
不足之处:无法确定土壤中不同菌类的数量与比例。
2. 土壤微生物区系组成(平板法)
(1)原理:在自然条件下,土壤中大多数微生物处于休眠状态,一旦供给可利用的碳源(如培养基),一些微生物将快速生长繁殖。
根据在特殊培养基上生长并形成的微生物菌落数量,可以估算土壤微生物的数量。
(2)操作步骤:必须在超净工作台或无菌工作间进行
①培养基配制。
根据需要测定的微生物种类(如细菌用牛肉膏蛋白胨培养基,真菌用马丁氏培养基,放线菌用高斯一号培养基等),按配方配制好培养基并在121℃灭菌20分钟。
待培养基冷却至45-50℃左右时分装入灭菌后的培养皿内。
②接种培养。
取新鲜土样10克,放入装有90ml无菌水的广口瓶中振荡混匀,此为10-1土壤稀释液。
迅速用灭菌移液管吸取10-1土壤稀释液10ml,放入装有90ml无菌水的广口瓶中振荡混匀,此为10-2土壤稀释液。
依次配置10-3、10-4、10-5、10-6土壤稀释液。
取3个稀释倍数的土壤稀释液(根据微生物在土中的数量多少选择),吸取0.1ml分别放入已注入培养基的培养皿中(每变换一次稀释液,应更
换一次吸管),并立即用灭菌玻璃刮刀将土壤稀释液均匀涂抹于琼脂表面。
每个稀释倍数至少应有3个重复。
然后将培养皿倒置于28℃培养箱中培养一定时间(一般细菌2-3天、真菌3-5天、放线菌7-14天)后统计菌落数。
(3)结果计算:
土壤微生物数量(菌落数/克干土)=平均菌落数×稀释倍数/土壤干重(4)注意事项:
①培养基现配现用,防止因污染、脱水等影响而变质;
②需临时储存的培养基,应放在低温、避光、清洁的地方;
③接种用的器械如吸管、接种针等要先灭好菌,并制备无菌水。
(5)方法特点:
优点:操作简便,最适合于菌体大小差不多的类群。
可测定土壤中可培养的、不同类型的微生物数量,特别是具有特殊功能的微生物类群,如氨化细菌、硝化细菌、固氮菌等。
不足之处:测定结果的精确度和重复性较差,在培养基上形成的菌落可能来自多个细胞,或多个菌成群聚集在一起。
而且大部分土壤微生物种群不能在培养基上生长,所测得的微生物数量通常不到土壤中微生物实际数量的1%,故不能作为土壤微生物的真实数量。