文献检索pubmed讲解资料
pubmed文献检索PPT课件

编辑版
77
2. PubMed的主题词检索是其最具特色的 功能之一,能保证较好的查准率及查准 率。主题词组配副主题词使检索结果更 为专指,限定在主要主题词检索能使结 果更准确。
编辑版
78
3.但是主题词检索也有一些固有的缺陷, 比如很多专指的概念没有相应的主题词, 一些新出现的概念要几年后才收录为主 题词这种情况下,不宜采用主题词检索, 采用字段限定检索等方法也能得到较好 的查准率。此外,主题词检索还可能会 漏掉一些最新的文献(in process citations),这也是需要注意的。
编辑版
69
Clinical Queries临床咨询
研究范畴:一般疾病的病因学、预后、
诊断、预防以及治疗 Finding Systematic Reviews:提供系统 评价、meta分析、临床试验综述临床指 南等循证医学文献信息的查找
Medical Genetics Searches
编辑版
70
编辑版
编辑版
59
4)应用MeSH主题词的Major Topic(主 要主题词)检索:
可以使检索结果更加准确。
点选Restrictions Search to Major Topic headings only,
限定检索结果为主要主题词。
编辑版
60
建立检索式
如果有多个主题词, 可以先分别对每个主题词进行检索, 再在高级检索的Search History中用检索 序号进行布尔逻辑运算; 也可以通过主题词检索页面的PubMed search 直接建立检索式
形变异词。 ▪ 截词功能只限于单词,对词组无效
编辑版
30
布尔检索
布尔运算符AND,OR,NOT必须大 写 从左至右进行布尔运算 以通过加圆括符改变运算顺序
【医学课件】PubMed检索指南

学术评价
PubMed主要针对生物医学领域的文献,而Google Scholar则涵盖了各个学科领域,但并不提供专门的学术评价功能。
与Web of Science的比较
学科范围
Web of Science涵盖了多个学科领域,包括社会科学、自然科学、人文科学等,而PubMed主要针对生物医学领域。
Web of Science提供了引文追踪功能,可以方便地查看文献被引用的情况,而PubMed则主要关注文献的内容而非引用情况。
学术交流
PubMed也是学术交流的重要平台,学者可以通过它发表自己的研究成果,并与其他学者分享和交流。
历史
PubMed是由美国国家医学图书馆(NLM)和国立卫生研究院(NIH)于1996年共同开发的。它已经成为全球使用最广泛的生物医学文献数据库之一。
发展
随着生物医学领域的发展,PubMed也在不断更新和改进,包括增加更多的文献来源和优化检索功能。同时,PubMed还与其他数据库和信息系统合作,提供更全面和准确的信息服务。
时间限定
检索限定
文献类型限定
语言限定
数据库限定
主题词检索
可以使用MeSH词进行主题词检索,以获得更全面和准确的检索结果。
高级检索
布尔运算符
使用AND、OR、NOT等布尔运算符进行更精确的检索。
字段限定
可以限定检索的字段范围,如标题、摘要、关键词等。
引用追踪
可以通过引用追踪功能查找与已发表论文相关的文献。
显示全文
点击摘要下方的“显示全文”链接,可以查看该文章的全文。
01
03
02
筛选与排序
在检索结果页面,可以通过选择特定的条件(如文章类型、发表时间、研究类型等),对结果进行筛选。
新版PubMed文献检索ppt课件

BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序,还可作为鉴别 基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整 个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有: 开放阅读框寻觅器(ORF Finder),电子PCR,和序列提交工 具,Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从 HTTP或FTP来获得。
与分子生物社群互动,利用计算与理论方法提 高实验研究质量。
NCBI组织架构
Information Engineering Branch(IEB)
进行数据表现与分析的应用研究,包括在分子生物、遗 传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。
设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书,包 括核酸、蛋白质与结构信息。
Entrez可以检索的数据库
Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库 Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of
Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、 临床与文献相关数据 Conserved Domain Database(CDD),蛋白质功能区块保留序列数据库 3D Domains,蛋白质功能区块立体结构数据 Gene,包含许多物种的基因数据库 Genome,包含超过800种物种的基因组数据库 GENSAT,小鼠中枢神经系统基因表现图谱 GEO Datasets,基因表现实验与生物芯片数值结果数据 GEO Profiles,基因表现图谱 HomoloGene,同源基因批注数据库 Journals,期刊文献(包含PubMed) MeSH,医学主题词数据库 NCBI Web Site,所有NCBI网页 NLM Catalog,美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录 Nucleotide sequence database,核酸序列数据库(包含GenBank、 RefSeq和PDB等三大序列数据库)
文献检索 第四课 Pubmed

温州医科大学图书馆
林薇
Contents
初识PubMed PubMed基本检索 PubMed高级检索 PubMed主题词检索 PubMed期刊检索 PubMed检索结果处理
初识 PubMed
标引质量高
更新速度快 使用方便
信息量大
选择PubMed的n个理由
/pubmed
Pubmed基本检索
一、Pubmed检索系统
(三)Pubmed基本检索 基本检索
Pubmed基本检索
一、 Pubmed的检索规则
1.
逻辑运算符: AND OR NOT
AND diabetes therapy NOT nifedipine
将检索出同时包含阿司匹林和糖尿病两个检索词的文献。
/美国国立卫生研究院
/美国国立医学图书馆
/国家生物技术信息中心
Entrez资源整合系统
NCBI资源整合系统,基于Web界面的综合生物信 息数据库,可实现跨库检索,包括
GenBank和Nucletide (2) Genoma (3) OMIM (4) Protein (5) Structure (6) Pubmed (7) PMC
(1)
初识Pubmed
一、Pubmed检索系统
(一)Pubmed收藏范围:
(1)
(P46)
Medline:标注为[Pubmed-indexed for Medline] (2) OldMedline:标注为[Pubmed-OldMedline] (3) In Progress Citations:标注为[Pubmed-in Process] (4) Publisher Supplied Citation:标注为[Pubmed-as supplied by Publisher]
pubmed数据库检索ppt课件

Web of Science
学科覆盖面较广,不仅限于医学 领域,还涵盖了工程技术、物理 、化学、社会科学等众多领域, 提供引文追踪和分析功能;
Google Scholar
搜索引擎性质,可以搜索到各种 类型的文献,包括学术论文、专 利、会议论文等,覆盖面广泛。
06
PubMed数据库检索应用案 例
临床疾病研究检索案例
总结词
临床疾病研究检索案例
详细描述
PubMed数据库在临床疾病研究方面具有广泛的应用,例如检索关于糖尿病、心 血管疾病、癌症等领域的最新研究成果。通过关键词、主题词、作者等检索条件 ,研究人员可以快速获取相关文献,为临床实践和研究提供科学依据。
药物研发检索案例
总结词
药物研发检索案例
详细描述
在药物研发过程中,PubMed数据库也发挥了重要作用。研究人员可以利用PubMed数据库检索新药 研发相关的文献,了解药物的作用机制、药效学和药代动力学等方面的信息。这有助于加速药物研发 进程,提高新药的成功率和效益。
基础医学研究检索案例
总结词
基础医学研究检索案例
详细描述
基础医学研究是医学领域的重要组成部分,而PubMed数据库在基础医学研究检索方面 也有广泛应用。例如,研究人员可以利用PubMed数据库检索基因、蛋白质、细胞等方 面的最新研究成果,了解生命科学领域的最新进展,为进一步的基础医学研究提供思路
和方向。
提供多种检索方式,支持 关键词、作者、标题等字 段的检索,同时支持高级 检索和模糊检索。
数据库发展历程
01
02
03
04
1996年
美国国家医学图书馆(NLM) 建立PubMed数据库,最初只 收录MEDLINE数据库中的文献。
pubmed检索综述

pubmed检索综述PubMed是生命科学和医学领域的一种重要文献检索工具,被广泛用于学术研究、医学实践和科学进展。
本文将深入探讨如何在PubMed上进行综述检索,以帮助研究人员更有效地获取相关文献,了解领域的最新动态。
1. PubMed简介在讨论综述检索之前,我们首先要了解PubMed的基本情况。
1.1 PubMed的来源PubMed是由美国国立医学图书馆(NLM)提供的免费文献数据库,涵盖了生物医学、生命科学和相关领域的大量文献。
1.2 PubMed的特点PubMed具有广泛的学科覆盖范围,包括医学、生物学、生物化学、药学等,是医学和生命科学领域研究者获取信息的重要工具。
2. 关键词的选择与构建在进行PubMed检索时,选择和构建合适的关键词是获取准确结果的关键。
2.1 主题词与自由词利用PubMed的主题词(MeSH词)和自由词进行关键词选择,以确保检索结果的广泛性和准确性。
2.2 同义词与扩展词考虑使用相关的同义词和扩展词,以涵盖不同表达方式的文献,提高检索的全面性。
2.3 关键词的组合合理组合关键词,使用AND、OR、NOT等逻辑运算符,构建复杂而精确的检索式,以确保检索结果符合研究目的。
3. 高级检索与筛选PubMed提供了丰富的高级检索和筛选功能,帮助研究者更精准地定位所需文献。
3.1 时间范围的设定通过设定检索时间范围,可以获取最新的研究成果,同时限制检索结果的数量。
3.2 文献类型的筛选在高级检索中,可以选择特定的文献类型,如综述、临床研究、病例报告等,以便更有针对性地获取信息。
3.3 作者、期刊和机构的限定通过指定作者、期刊或机构,可以进一步缩小检索结果的范围,确保文献的质量和相关性。
4. 利用PubMed工具优化检索PubMed提供了多种工具和功能,帮助用户更方便、更快速地进行文献检索。
4.1 My NCBI账户的建立通过建立My NCBI账户,用户可以保存检索历史、创建自定义检索、设置提醒等,提高检索的效率和个性化。
Pubmed检索系统介绍

Entrez其他主要数据库
• • • • • • • Nucleotide:核酸序列数据库 Protein :蛋白质序列数据库 Structure: 分子结构模型数据库 Taxonomy :生物分类数据库 Genome :基因组数据库 Expression :基因表达数据库 Chemical :化学数据库
hepatitis/dt 或 hepatitis/drug therapy
• 布尔逻辑表达式 vitamin c AND hepatitis/dt • 字段限制 hepatitis[titile] 或 zhang[au]
4、基本检索
作者检索:
格式:姓全称在前,名缩写在后。 例:检索Jim Smith发表的文章 检索词: Smith J 精确检索:在检索词加“Smith J”,避免 扩展检索( Smith Ja)
• Details:显示检索细节
4、基本检索
输入检索词:
在检索框中输入检索词(主题、 作者、刊名)、词组、句子,回车或 点击 Go 系统执行检索,将自动对 检索词进行转换,显示检索结果。
CT诊断肺癌的动物学研究
显示检索结果
限定检索动物
检索词的形式:
• • • • 单个词语 hepatitis 词组 vitamin c 截词形式 hepat* 主题词/副主题词
主题词检索策略
5-1、主题词检索方法
1. 在“基本检索”框中输入检索词后自动默认主题
词
2. 点击窗口左侧PubMed Services下的MeSH
Database
3. 点开Search窗口的下拉菜单,选择 MeSH 4. 默认主题词扩展、全部副主题词检索
6、结果显示、保存、输出
【医学PPT课件】PubMed检索指南

限 定 检 索 窗 口 全 貌
添加作者检索
添加期刊检索
限定记录有全文、免费全文或 摘要
文献发表时间限定
记录添加到PubMed时间限定
限定记录有全文、免费全文或 摘要
人类与动物限定 性别限定
文献语种限定
文献子集限定
Terms, MeSH Subheadings, Chemical Substance Names, Personal Name as Subject 等 字段
Title/Abstract [TIAB]
四、PubMed检索功能
检索
1、自由词智能检索
在检索框中键入一到多个单词,如键入: vitamin c AND common cold hepatitis b AND (diagnosis OR therapy)
SubHeadings 副主题词
对一个主题词的多个方面进行修饰限定 的词,又称限定词。
特征栏功能介绍-Clipboard
(四) Clipboard功能介绍
将每次满意的检索结果暂时保存至此 最后集中处理(下载存盘或发E-mail) 最多500条记录,断开连接后保存8小时
(五) Details功能介绍
Details:显示计算机响应的本次检索式。
点击“URL”
/entrez/query.fcgi?cmd=Pu reSearch&db=pubmed&details_term=effect%5BAll%2 0Fields%5D%20AND%20%28%28%22magnetic%20r esonance%20imaging%22%5BTIAB%5D%20NOT%2 0Medline%5BSB%5D%29%20OR%20%22magnetic% 20resonance%20imaging%22%5BMeSH%20Terms% 5D%20OR%20MRI%5BText%20Word%5D%29%20A ND%20Review%5Bptyp%5D%20AND%20%222005/0 2/13%2000.01%22%5BEDAT%5D%20%3A%20%222
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
PubMed基本检索
smith j
作者姓名检索 按照姓(全写) +名(缩写), 之间不用标点 键入作者姓名
PubMed基本检索
"smith j"[au]
精确检索避免 PubMed自动 词汇转换,实 现精确查找
PubMed基本检索
期刊检索
在检索框中键入期刊名,如:European journal of immunology,系统的“自动词语匹配”功能会将它转换成"Eur J Immunol"[Journal] OR "european journal of immunology"[All Fields]进行检索。
期刊数据库的作用: 1、可以查看期刊的详细信息,包括出版国家,出版社,出版语言, 期刊类目等等; 2、可以根据期刊的主题分类,查看medline收录的各学科的期刊, 比如查看medline收录的关于麻醉学(Anesthesiology)方面的期 刊; 2、方便检索某本期刊上被PubMed收录的所有文章。
• PubMed收录的期刊最早追溯至1865年,共收录了70余个国家
36000余种期刊,1900多万篇文献;
• PubMed 的子集Medline收录的文献最早追溯至1902年,现有
记录1790多万篇;
• 目前每年增加约60余万条文献记录; • 在全部记录中有76%的文献为英文;在2000年以来的记录中
提纲
• PubMed概况 • PubMed功能栏介绍 • 认识PubMed文献 • PubMed基本检索 • PubMed高级检索 • 主题词MeSH检索 • 循证及临床查询检索 • PubMed全文获取 • PubMed RSS学科跟踪
概况
• 网址:/pubmed • 或
A
B
逻辑非(NOT) --在含检索词A的记录中,去掉含检索词B的记录。 如:A NOT B
A
B
PubMed基本检索
作者姓名检索
按照姓+名缩写(不用标点)的格式键入作者姓名,如: smith ja或jones k, 系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第 一个字母可用大写也可用小写,姓前名后,姓用全称,名字一般用 缩写。
考虑到作者姓名的不同形式,PubMed采用自动转换功能进 行作者姓名检索,如:smith j将检索成smith ja,smith jb,smith jr 等。
精确检索:可以用双引号将作者名引起来,再加作者字段限 定[AU],如:"smith j"[au],这样可避免PubMed自动转换,实 现精确查找。
也可以直接输入Medline的期刊标准缩写形式,如: Eur J Immunol ,或者是输入刊物的ISSN(国际标准出版物代码)进 行检索,如:0014-2980。
如果一个杂志名恰好是主题词或关键词,如:cancer, science,cell等,PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中 的主题词进行检索。因此,需要将检索请求进行标准化处理,即在 杂志名后面加[TA]。如:"cell"[ta]
Medline
认识PubMed文献
英文文献
[ 篇名 ]
土耳其语 英文文献
非英文的文献 篇名上有方括 号[ ]且注明 有语种
认识PubMed文献
电子优先
电子优先即最 新文献,一般 比印刷出版提 前三个月以上
2009年5月 2008年9月
PubMed基本检索
自由词检索
在检索框中键入一个或多个英文单词(大写或小写均可), 点击GO按钮,PubMed系统会自动在主题词表,期刊名表,短语 表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式,这就是它特有的 “自动词汇匹配功能”。
PubMed基本检索
自动词汇转换
自由词检索时 PubMed自动 将不规范的词 转换成规范的 词进行检索
PubMed基本检索
逻辑与(AND) --检出记录中同时含有检索词A和检索词B. 如:A AND B
A
B
布尔逻辑组合 检索,常用的 逻辑关系词有 AND,OR, NOT等
Hale Waihona Puke 逻辑或(OR) --检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。 如:A OR B
排序模式
调整显示设置 可改变显示模 式,显示数量 及检索结果排 序
文献篇名
认识PubMed文献
文献作者
作者地址
文献摘要
在摘要显示模 式下可以看到 详细的文献信 息
全文链接 文献类型 文献主题词
认识PubMed文献
出版社上传 PreMedline PubMed
PubMed数据 库收录的文献 的状态,主要 为Medline
PubMed基本检索
Eur J Immunol
期刊的一般检 索,是在检索 输入框中键入 期刊名或期刊 的ISSN号
PubMed基本检索
"cell"[ta]
期刊的标准检 索,是在期刊 名后面加字段 限定[TA]. 比 如:"cell"[ta]
PubMed基本检索
期刊数据库(journal database)
例如:检索肿瘤 (cancer)方面的文章。 在检索框中输入:“cancer”,再点击“Go”按钮。
PubMed将自动地利用它的“自动词汇匹配”功能将重要的 词语结合在一起,并将不规范的词语转换成MeSH词表中规范的用 词进行检索,比如,检索“cancer” 将自动转换为:
"neoplasms"[MeSH Terms] OR "neoplasms"[All Fields] OR "cancer"[All Fields]
90%的文献为英文,共计收录国内出版的期刊170余种。
/pubmed
检索词输入框
Welcome to PubMed
使用帮助
常用工具
更多服务
认识PubMed文献
Summary 作者AU 出处SO
篇名TI
文献类型(状态)
认识PubMed文献
显示设置
显示摘要
显示数量
PubMed文献服务系统 及PubMed RSS学科跟踪服务
PubMed简介
PubMed(Medline)由美国国立医学图书 馆(NLM)、国际MEDLARS成员(中国为第 16个成员国)及合作的专业组织共同研制开发 ,是目前国际上公认的检索生物医学文献最具权 威、利用率最高、影响最广的数据库,也是我国 卫生部认定的科技查新必须检索的国外医学数据 库。