1.DICOM格式数据的自编程序显示和处理实验报告
DICOM格式数据的自编程序显示和处理实验
❖ 第五部分：数据结构及编码。描述了怎样对信息对象类和服务类进行构造和编码。
❖ 第六部分：数据字典。描述了所有信息对象是由数据元素组成的，数据元素的属性 及涵义。
❖ 第七部分：消息交换。定义了进行消息交换通讯的医学图像应用实体所用到的服务 和协议。
、(窗宽)
Window Center(0x0028,1050)： Value
。(窗位)
➢ 采用VC++、VB、或Delphi Pascal开发平台编程读DICOM图像文件 ankle.dcm，显示图像：
➢ 采用VC++、VB、或Delphi Pascal开发平台编程读其他DICOM图像文 件（MR或Brain目录中的文件），并显示图像。
❖ 第八部分：消息交换的网络通讯支持。说明了在网络环境下的通讯服务和支 持DICOM应用进行消息交换的必要的上层协议。
❖ 第九部分：消息交换的点对点通讯支持。说明了与ACR-NEMA2.0兼容的点对 点通讯的服务和协议。
❖ 第十部分：用于介质交换的介质存储和文件格式。该部分说明了在可移动存 储介质上医学图像信息存储的通用模型。提供了在各种物理存储介质上交换 不同类型的医学图像的框架，支持封装任何信息对象定义的文件格式。
%存储信息
metadata <CR>
%显示图像元素信息
• 请找出DICOM图像中的一下元素的值：
Rows：_______、
Columns：_______、
Bits Depth：________、
PixDataGroupLength：_______。
Window Center：
Dicom医学图像与nii标签数据处理
Dicom医学图像与nii标签数据处理Dicom 医学图像与 nii 标签数据处理Ⅰ. Dicom医学dicom 图像就长这样dicom图像的源数据范围相当⼤，⽽转化为图像形式保存的数据则为uint8类型，直接转化会有损失，本⽂将其转为.npy形式。
Ⅱ. nii标记数据处理使⽤ITK-SNAP对dicom 图像进⾏标记同样转化为.npy格式Ⅲ. 综合数据处理1. code1使⽤本代码是在dicom数据转化为.npy格式，⽽.nii的标记数据还未进⾏转化的情况下import numpy as np import os #遍历⽂件夹import nibabel as nib #nii 格式⼀般都会⽤到这个包import imageio #转换成图像from matplotlib import pyplot as plt import cv2 def nii_to_image (niifile ): filenames = os .listdir (filepath ) #读取nii ⽂件夹 slice_trans = [] for f in filenames : #开始读取nii ⽂件 img_path = os .path .join (filepath , f ) img = nib .load (img_path ) #读取nii img_fdata = img .get_fdata () fname = f .replace ('.nii','') #去掉nii 的后缀名 #开始转换为图像 (x ,y ,z ) = img .shape for i in range (0,z ): silce = img_fdata [:, :, i ] slice_trans .append (silce ) return slice_trans def get_image_file (file_dir ): image_data = [] files = os .listdir (file_dir ) files .sort (key = lambda x :int (x [:-4])) for file in files : if os .path .splitext (file )[1] == '.npy': img_item = np .load (file_dir + file ) image_data .append (img_item ) return image_data if __name__ == '__main__': filepath = './imgData/seg12190000' label = nii_to_image (filepath ) file_dir = './Documents/dicom2npy_75989854/' image_data = get_image_file (file_dir ) imgfile = './imgData/label/' for i in range (len (image_data )): filename_item = imgfile + str (i + 1) img_item = image_data [i ] # 简单对 img 进⾏处理 img_item [img_item < 0] = 0 img_item [img_item > 512] = 512 # img_item.dtype = np.uint8 img_item = img_item .astype (np .uint8) # 不知道为什么只有这样才能整出来 label_item = label [149-i ] label_item = np .rot90(label_item , -1) label_item = np .flip (label_item , 1) # 图⽚做成三通道查看⼀下效果 img_item = cv2.merge ([img_item , img_item , img_item ]) img_item [label_item > 0] = img_item [label_item > 0] * 0.6 + (80, 0, 0) # imageio.imwrite(os.path.join(imgfile, '{}.png'.format(i)), img_item) # imageio.imwrite(os.path.join(imgfile, '{}.png'.format(i)), label_item) # 保存调试好的label, 反序 + 左右翻转 + 旋转-1*90 np .save (os .path .join (imgfile , '{}.npy'.format (i )), label_item ) print (i )12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364652. 需要说明不知道为什么，采⽤上述博客的做法即对提取出的标记数据以silce = img_fdata[:, :, i]直接进⾏切⽚效果对不上。
DICOM文件格式与编程1
1. Patient IE:
a. Patient Module (参考 C.7.1.1)
2. Study IE:
a. Study Module (参考 C.7.2.1)
b. Patient Study Module (参考 C.7.2.2)
int length,
fwrite(&lComboTag, 1, sizeof(long), fp);
// Write VR
fwrite(CRDataSet[i].VR, 1, 2, fp);
if (lComboTag != 0x7fe00010)
{
fwrite(CRDataSet[i].length, 1, sizeof(short), fp);
0x7fe0, 0x0010, "OB", ' '' ', 0xffffffff // tag, VR, 长度
0xFFFE, 0x0000, 0xffffffff // Offset item begins
0x00000000 // Offset of first image = 0
0x00001000 // Offset of second image = 4096 (for example)
{
lComboTag = (CRDataSet[i].group_tag << 16) | CRDataSet[i].element_tag;
tch(lComboTag)
{
case 0x00280010:
医学成像原理实验报告
实验一DICOM图像的读取和显示DICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）即医学数字成像和通信，是医学图像和相关信息的国际标准。
它定义了质量能满足临床需要的可用于数据交换的医学图像格式，利用不同的灰度值实现成像。
DICOM被广泛应用于放射医疗，心血管成像以及放射诊疗诊断设备（X射线，CT，核磁共振，超声等），并且在眼科和牙科等其它医学领域得到越来越深入广泛的应用。
当前大约有百亿级符合DICOM标准的医学图像用于临床使用。
I = dicomread('CT-MONO2-16-ankle.dcm');info = dicominfo('CT-MONO2-16-ankle.dcm');I = dicomread(info);imshow(I,'DisplayRange',[]);dicomwrite(I,'ankle.dcm');info = dicominfo('CT-MONO2-16-ankle.dcm');I = dicomread(info);dicomwrite(I,'ankle.dcm',info);（2）图像读取程序如下：I = dicomread('CT-MONO2-16-ankle.dcm');imtool(I,'DisplayRange',[])info = dicominfo('CT-MONO2-16-ankle.dcm');info.SeriesInstanceUIDmax(I(:))min(I(:))Imodified = I;Imodified(Imodified == 4080) = 32;imshow(Imodified,[])2040608010012020406080100120204060801001202040608010012020406080100120204060801001202040608010012020406080100120实验二 MRI 图像显示和读取MRI 可获得人体横面、冠状面、矢状面及任何方向断面的图像，实现三维定位图像。
《医学影像DICOM的显示和处理》范文
《医学影像DICOM的显示和处理》篇一一、引言医学影像在医疗诊断和治疗过程中起着至关重要的作用。
而DICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）作为医学影像的标准，广泛应用于各种医疗设备和系统之间。
DICOM 的显示和处理是医疗影像工作中不可或缺的环节，它不仅要求有高质量的显示效果，还要求能进行高效的处理和解析。
本文旨在探讨医学影像DICOM的显示和处理的相关内容。
二、DICOM格式及特点DICOM是医学影像信息的国际标准，具有高度的标准化和兼容性。
它包含图像数据、患者信息、设备信息等多种内容，并以二进制格式存储。
DICOM格式的特点主要表现在以下几个方面：1. 标准化：DICOM标准为医学影像的传输、存储和交换提供了统一的规范，使得不同厂商的设备能够互相兼容。
2. 丰富性：DICOM文件包含丰富的信息，如患者信息、图像参数等，为医生提供了全面的诊断依据。
3. 兼容性：DICOM格式能够与各种医疗设备和系统进行无缝连接，方便了医疗信息的共享和交流。
三、医学影像DICOM的显示医学影像DICOM的显示是诊断过程中的重要环节。
高质量的显示效果能够提高医生的诊断准确性和效率。
在DICOM的显示过程中，需要注意以下几个方面：1. 显示设备：选择合适的显示设备是保证显示质量的关键。
常用的显示设备包括显示器、数字放射成像设备等。
这些设备应具有高分辨率、大屏幕和真实的色彩表现等特点。
2. 图像处理：图像处理包括对比度调整、亮度调整、窗口设置等操作。
这些操作能够优化图像质量，使医生能够更清晰地观察和分析图像。
3. 界面设计：界面设计应简洁明了，易于操作。
同时，应提供丰富的显示模式和选项，以满足不同医生的需求。
四、医学影像DICOM的处理医学影像DICOM的处理主要包括图像处理和数据分析两个方面。
通过对DICOM文件的处理和分析，可以提取出有用的诊断信息，为医生提供准确的诊断依据。
DICOM医学图象文件格式分析与显示实现
0789:;<; =7 >?@ ;>=A8B@ C=AD8> 87E $DF9@D@7>8><=7 =C E<;F98: =C #$%&’ ’@E<G89 $D8B@ 9:7;< =>?@ABC?@5D# EC*F>?@5G# $HI?JHK>5LM;< NCO PDC?@QRI S?>TIUV>QW 3OXYKQIU 3OFFI@I5 Z>?@RHOK 0,0(’,[ 0H;>A8G> "NH>V YCYIU >V QO C?CFWRI QHI VQUK\QKUI O] "#3%& XI^>\CF >XC@I5>?\FK^>?@ QHI VQUK\QKUI O] E>FI &IQC #?]OUXCQ>O?5^CQCVIQ C?^ ^CQC IFIXI?QV4 3OX_>?I B>QH UI\I?Q QI\H?>‘KIV O] "#3%& >XC@I ^>VYFCW>?@5QO \UICQI C \OUI \FCVV QO YUO\IVV QHI ^>VYFCW>?@ O] "#3%& >XC@I5C?^ #Q CFVO ^IV\U>_IV VOXI >XYOUQXI?Q ]K?\Q>O?V4 I@: J=AE; ""#3%&a6738a">VYFCWaNUC?V]IU 8W?QCb
2-2 !"#$% 数据集和数据元素
收稿日期 !’(()*(+*,( 项目基金 ! 中国博士论文基金支持 "
影像学数据处理实训报告
一、实训背景随着医学影像技术的飞速发展，影像学数据在临床诊断、科研教学等方面发挥着越来越重要的作用。
为了提高影像学数据处理的技能，本人在某三甲医院影像科进行了为期一个月的实训，现将实训过程及收获总结如下。
二、实训目的1. 掌握影像学数据采集、传输、存储的基本流程；2. 熟悉常用影像学数据处理软件，如PACS、DICOM等；3. 学会影像学图像的预处理、增强、分割、配准等处理方法；4. 提高影像学数据分析能力，为临床诊断和科研提供有力支持。
三、实训内容1. 影像学数据采集与传输实训期间，我学习了影像学数据采集的基本流程，包括患者信息采集、设备操作、数据传输等。
在操作过程中，我掌握了PACS系统的基本操作，学会了如何将影像数据从设备传输到服务器，以及如何查询和下载所需数据。
2. 影像学数据处理软件学习实训期间，我重点学习了DICOM格式影像数据的处理。
首先，了解了DICOM标准的基本概念和特点；其次，熟悉了常用影像学数据处理软件，如PACS、ImageJ、ITK 等；最后，掌握了图像的预处理、增强、分割、配准等处理方法。
3. 影像学图像处理在实训过程中，我学习了图像预处理的基本方法，如去噪、锐化、对比度增强等。
通过实际操作，我掌握了这些方法在临床诊断中的应用，如提高图像质量、突出病变特征等。
此外，我还学习了图像分割、配准等高级处理方法，为后续的影像学数据分析奠定了基础。
4. 影像学数据分析在实训的最后阶段，我参与了影像学数据分析的实际项目。
通过查阅文献、与导师讨论，我了解了影像学数据分析的基本方法，如定量分析、定性分析等。
在实际操作中，我学会了如何使用统计软件（如SPSS、R等）对影像学数据进行分析，为临床诊断和科研提供依据。
四、实训收获1. 提高了影像学数据处理技能，为临床诊断和科研提供了有力支持；2. 深入了解了影像学数据采集、传输、存储的基本流程；3. 掌握了常用影像学数据处理软件的操作方法；4. 学会了图像预处理、增强、分割、配准等处理方法；5. 提高了影像学数据分析能力，为临床诊断和科研提供了新的思路。
DICOM医学图像文件格式解析与应用研究综述
DICOM医学图像文件格式解析与应用研究综述摘要：由于生产医学影像设备的国内外厂商众多，其产品遵守DICOM3．0标准的程度也各不相同，而DICOM3．0是一个不断扩充和扩展的标准，因此，在进行医学影像处理应一用开发时，一般只能针对特定厂商的设备进行数据采集和处理，不大可能开发出一个能读取和显示所有医学影像设备中的DICOM格式图像的工具软件，除非国内外所有生产医学影像设备的制造商都严格遵守DICOM3．0标准的规定。
论文主要探讨了DICOM3．0标准的产生经过及DICOM医学图像文件格式的大致组成。
通过对DICOM图像文件的剖析，基本解决了医学影像应用开发的数据接31问题，为进一步针对医学影像处理应用的研究和开发提供了数据准备。
关键词：DICOM3.0标准PACS系统医学图像文件格式The Overview of research on the File format Analysis and Application of DICOMDanni Huang （school of Tianjin Medical University,07class 2,NO.2007093107）Abstract:Becouse threre are many the production of domestic and foreign manufacturers of medical imaging equipment companies,their products for adherence to standards of the degree DICOM3.0 are different. but DICOM3.0 is expanding and the expansion of a standard. the article is mainly to discusses the generation after DICOM3.0 standard DICOM medical image file format and the general composition. Through analysis of DICOM image files, basically solved the medical imaging application development, data access 31 problem, for further processing applications for medical imaging research and development provides the data preparation.Keywords: DICOM3.0 standardization;PACS system;format of Medical image file一．引言从20世纪90年代初开始，随着计算机技术、通信技术以及网络技术的发展，图像分析和处理以及PACS(PictureArchivingandCommunicationSystem)在临床诊断、远程医疗以及医学教学中发挥着越来越重要的作用。
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读取DICOM文件；
分析关键数据元素； 显示图像。
四、实验步骤
1. 采用Matlab读取DICOM图像文件：
I=dicomread(‘ankle.dcm'); <CR>
%读取图像 %存储信息
读取和显示DICOM图像数据元素：
%显示图像元素信息
Columns：__512_____、 PixDataGroupLength：___524296____。
第七部分：消息交换。定义了进行消息交换通讯的医学图像应用实体所用到的服务 和协议。
第八部分：消息交换的网络通讯支持。说明了在网络环境下的通讯服务和支 持DICOM应用进行消息交换的必要的上层协议。 第九部分：消息交换的点对点通讯支持。说明了与ACR-NEMA2.0兼容的点对 点通讯的服务和协议。 第十部分：用于介质交换的介质存储和文件格式。该部分说明了在可移动存 储介质上医学图像信息存储的通用模型。提供了在各种物理存储介质上交换 不同类型的医学图像的框架，支持封装任何信息对象定义的文件格式。 第十一部分：介质存储应用框架。用于医学图像及相关设备信息交换的兼容 性声明。给出了心血管造影、超声、CT、核磁共振等图像的应用说明和CD-R 格式文件交换的说明。 第十二部分：用于介质交换的物理介质和介质格式。提供了在医学环境中数 字图像计算机系统之间信息交换的功能。这种交换功能将增强诊断图像和其 它潜在的临床应用。这部分说明了在描述介质存储模型之间关系的结构以及 特定的物理介质特性及其相应的介质格式。具体说明了各种规格的磁光盘， PC机上使用的文件系统和1.44M软盘，以及CD-R可刻写光盘。
支持点对点（PPP）和TCP/IP网络通讯协议。
三、实验内容
1. 采用Matlab打开DICOM图像文件、观察数据元素变量 中的信息； 2. 采用UltraEdit编辑器观察DICOM图像文件结构；
3. 分析DICOM图像文件结构，分解出DICOM各数据元素；
4. 采用VC++、VB或Delphi等开发工具之一编写程序：
metadata = dicominfo(‘ankle.dcm'); <CR> metadata <CR>
Rows：___512____、 Bits Depth：___16_____、
• 请找出DICOM图像中的一下元素的值：
Window Center：
1024
、
Window Width：
4095
。
显示DICOM图像：
%显示图像
imagesc(I); <CR>
2. 采用UltraEdit编辑器观察DICOM图像文件结构, 打开 ankle.dcm 文件；
3. 分析DICOM图像文件结构，分解出DICOM各数据元素：
DICOM文件是按照DICOM标准而 存储的医学图像文件，组成如左图 所示。 图中的SOP 指服务－对象对 （Service-Object Pair）。 一般由一个DICOM文件头和一 个DICOM数据集合组成。 DICOM数据集合是按照DICOM标 准的PS 3.5部分来编码组成的。
UltraEdit文本/十六进制编辑器
VC++2006及以上 VB6.0及以上 Delphi7.0及以上
二、实验原理
DICOM：全称是Digital Imaging Communications in
Medical 该标准包括数字医学成像和通讯两个方面。 由美国放射学院（ACR），美国国家电子制造协会（ NEMA）共同制定。
这几部分文档是既相关又相互独立的。
其中规定了Patient、Study、Series、Image 四个层 次的医学图像信息结构，以及由它们组成的信息 对象（Information Object）； 采用服务类客户/服务类提供者（Service Class User/Service Class Provider）概念组成的服务－对 象对（Service－Object Pair）；
生物医学影像系统实验
DICOM格式数据的自编程序显示和处理
张日欣
2018年10月11日
生命科学与技术学院 实验教学中心 HTTP：//115.156.250.205
V2015版
Hale Waihona Puke 一、实验目的：了解DICOM标准内容 研究DICOM图像数据结构 自编程序读取数据与显示图像
二、实验软件
Matlab 6.5版本及以上
DICOM3.0 的组成
DICOM 3.0标准随着技术的发展，不断地进行更新，目前由18部分组成：
第一部分：引言与概述。简要介绍了DICOM的概念及其组成。 第二部分：兼容性。定义了要求制造商精确地描述其产品的DICOM兼容性，即构 造一个该产品的DICOM兼容性声明，它包括选择什么样的信息对象、服务类、数 据编码方法等，每一个用户都可以从制造商处得到这样一份声明。 第三部分：信息对象的定义：定义了两类信息对象类：普通性、复合型。 第四部分：服务类规范。说明了许多服务类，服务类详细论述了作用与信息对象上 的命令及其产生的结果。 第五部分：数据结构及编码。描述了怎样对信息对象类和服务类进行构造和编码。 第六部分：数据字典。描述了所有信息对象是由数据元素组成的，数据元素的属性 及涵义。
第十三部分：点对点通信支持的打印管理。定义了在打印用户和打印提供方 之间点对点连接时，支持DICOM打印管理应用实体通信的必要的服务和协议 。点对点通信框架提供了与第8部分相同的上层服务，因此打印管理应用实体 能够应用在点对点连接和网络连接。点对点打印管理通信也使用了低层的协 议，与已有的并行图像通道和串行控制通道硬件硬拷贝通信相兼容。 第十四部分：说明了灰度图像的标准显示功能。这部分仅提供了用于测量特 定显示系统显示特性的方法。这些方法可用于改变显示系统以与标准的灰度 显示功能相匹配或用于测量显示系统与标准灰度显示功能的兼容程度。 第十五部分：安全措施 第十六部分 内容映射资源(content mapping resource)定义了标准使用的模板和 上下文组。 第十七部分 说明信息 第十八部分 由WEB接入DICOM持久对象 DICOM3标准下载