细菌分类鉴定方法的研究进展
植物病原棒形细菌的分类研究进展
植物病原棒形细菌的分类研究进展
郭坚华;蔡永健;陈永芳;葛云英
【期刊名称】《微生物学通报》
【年(卷),期】2002(029)001
【摘要】植物病原棒形细菌从棒杆菌属中独立出来之后,对于其中各菌分类地位的确立一直有较多争议.近年来已分别归入棒形杆菌属(Clavibacter)、短小杆菌属(Curtobacterium)、节杆菌属(Arthrobacter)、红球菌属(Rhodococcus)和拉氏杆菌属(Rathayibacter)5个属中.但此后又有人提出有些属中仍有异质性.这些分类上的变化主要是由于分类手段逐渐由传统的形态学分类方法向分子生物学方法和多相分类法过度.新的方法还在不断的完善之中.此外,植物病原棒形细菌分类系统的完善还有赖于植物病理学家和微生物学家等多学科科学家的合作.
【总页数】6页(P74-79)
【作者】郭坚华;蔡永健;陈永芳;葛云英
【作者单位】南京农业大学植保学院植病系,南京,210095;南京农业大学植保学院植病系,南京,210095;南京农业大学植保学院植病系,南京,210095;南京农业大学植保学院植病系,南京,210095
【正文语种】中文
【中图分类】S432.4
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5.小麦上一种新的植物病原棒形细菌的初步鉴定 [J], 刘庆都;郭坚华;任欣正
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细菌分子鉴定技术的研究进展
Ｗ ＡＮＧ ｏ－ｈ ｅ ｌ ｆ ｙ Ｌ ｂ ｒｔｒ ｆＩｄ ｔ ａ ｏｅ ｈｎ ｌｇ Ｈａ ｚ ｕ ｔａ ａ ｏ ａｏｙ ｏ ｎ ｕｓｒ ｌＢｉｔｃ ｏｏ ｙ．Ｃｕ ｔｒ ｎｄ Ｉｆ ｒ ｔ ｎ Ｃｅ ｔｒｏ ｎ ｕ ｔ ａ ｃｏ ｒ ａ ｉｍｓｏ ｉａ Ｋｅ ｉ ｌｕ ｅ ａ ｎｏ ｍａｉ ｎ ｅ ｆＩ ｄ ｓｒ ｌＭｉｒ ｏｇ ｎｓ ｆＣｈｎ ｏ ｉ
细菌在 生化循环 （ 、 以及其他 矿物质 ） 能 源转化 、 碳 氮 、 生
物催化等方 面扮演着重 要角色 ， 这使得 细菌 在新 的工业 和生
物 医学方法领 域成为重 要 的资源 。然 而 ， 目前 已知 的细 菌 种类有 限 ， 大概 有 ６３０种 。随 着越来 越 多 的细菌 的发 ７ 现， 对其分类 鉴定也就 变得非常 重要 。虽然 目前传 统 的表型 和化 学鉴定方 法是不可 缺少 的 ， 但是很 多种 属之 间生理生 化
鉴 定方法 。 １ 多位点 测序技 术 （ Ｓ ＭＬ Ｔ）
注 ： 用 限 制 性 片段 长度 分 析 （ Ｆ Ｐ）扩 增 的 ｒＮ 限制 性 分 应 ＲＬ 、 ＤＡ 析 （ Ｒ Ｒ 、 性梯 度 凝 胶 电泳 （ Ｇ Ｅ） 温 度 梯 度 凝 胶 电 Ａ Ｄ Ａ） 变 ＤＧ 、 泳 （ Ｇ Ｅ）单 链 构 象 多肽 性 （Ｓ Ｐ 、 光 原 位 杂 交 （ ＩＨ） ＴＧ 、 ＳＣ ）荧 ＦＳ 方 法 进 行 格局 分 析 。
Ｕ ｉｅｓ ｙ ｎｖ ｒｔ ，Ｍｉｉ ｒ ｆ ｄ ｃ ｔ ｎ Ｗｕ ｉ Ｊａ ｇｕ２ ４ ２ ） ｉ ｎｓ ｏ ｕ ａｉ ， ｘ． ｉｎ ｓ １ １ ２ ｔ ｙ Ｅ ｏ
DNA测序鉴定非结核分枝杆菌的研究进展
DNA测序鉴定非结核分枝杆菌的研究进展DNA测序是一种广泛应用于研究和诊断领域的技术，它能够揭示生物体的遗传信息。
对于非结核分枝杆菌（non-tuberculous mycobacteria，NTM）的鉴定和分类也可以借助DNA 测序的技术手段进行研究。
非结核分枝杆菌是一类常见的病原微生物，可以引起多种疾病，如肺炎、淋巴结炎等。
由于非结核分枝杆菌的种类繁多，传统的病原学鉴定和分类方法往往存在一些局限性，例如需要繁重的实验操作、缺乏灵敏度等。
而DNA测序则可以通过测定非结核分枝杆菌的基因组序列，来准确鉴定并分类不同的菌株。
近年来，随着高通量测序技术的发展，使得DNA测序研究在非结核分枝杆菌的鉴定和分类中得到了广泛应用。
通过对非结核分枝杆菌的基因组DNA进行测序，可以获取大量的遗传信息，例如基因组组成、基因间的序列差异等。
这些信息可以用于构建非结核分枝杆菌的遗传关系树，进而进行鉴定和分类。
在非结核分枝杆菌的DNA测序研究中，常用的方法包括全基因组测序和16S rRNA基因测序。
全基因组测序是一种高通量的测序方法，可以获得非结核分枝杆菌的整个基因组序列，从而揭示其完整的遗传信息。
而16S rRNA基因测序则是一种相对简单的测序方法，可以通过对非结核分枝杆菌的16S rRNA基因进行测序，来获取其与其他细菌的区别。
通过DNA测序的方法，研究人员已经对非结核分枝杆菌的分类和鉴定进行了一系列的研究。
利用全基因组测序技术，可以将非结核分枝杆菌进一步分为不同的种类和亚种，进而帮助医生选择更合适的治疗方法。
一些新的非结核分枝杆菌的种类也得到了发现和鉴定。
一项研究发现了一种名为Mycobacterium sherrisii的新的非结核分枝杆菌种类，并对其进行了基因组分析和药物敏感性测试。
DNA测序技术在非结核分枝杆菌的鉴定和分类方面取得了显著的进展。
随着技术的不断发展和完善，相信DNA测序技术将在非结核分枝杆菌的研究和临床应用中发挥越来越重要的作用。
黄单胞菌属的分类研究进展
黄单胞菌属的分类研究进展黄单胞菌属的分类研究进展郭亚辉(河北省邯郸农业高等专科学校05引起植物病害的细菌约有300多种,广义的细菌是原核生物界中引起各种植物病害的一类最大的群体.黄单胞菌属的所有种都是植物病原细菌,引起植物病害症状多为叶斑,叶枯,少数为萎蔫,溃疡.黄单胞菌属(Xa.thomo.a~)属于薄壁菌门,假单胞菌科,菌体短杆状,0.4--1.0×L2—3.0m,根极生鞭毛,严格好气性,革兰氏染色阴性.DNA中的G+C含最为63--71moi铀.细菌的分类地位和分类系统曾有过多次变动,迄今仍不完善.过去,黄单胞菌属的分类单一利用寄主的专化性划分种,即从一株寄主植物上分离到新的黄单胞菌菌株,便定为一个种,由此过多地命名了许多不适当的种.在第七版的伯杰氏手册中,黄单胞菌属包括125个种,但细菌分类学家认为这些种除了在致病的寄主范围和症状方面略有不同外,很少有细菌学方面的差异.在第八版的伯杰氏手册中,除保留5个种外,其它的病菌都安排在甘兰黑腐黄单胞菌下,称为不同的致病变种,这样,在甘兰黑腐黄单胞菌种内有120个致病变种,黄单胞菌属共有6个种.近年来,分子遗传学技术引入到细菌的分类中,分子遗传学技术包括G+Ctool嘶测定,DNDNA分子杂交,16sRNA寡聚核苷酸序列分析,核糖体蛋白的组成分析等多种分类方法.7l5.)/在黄单胞菌属的分类研究中,DNDNA分子杂交的方法用的较多.此方法的原理是提取细菌的DNA,在108~C高温下DNA分子的双链解离成单链状态(变性),待冷却到60—75℃时,其解离的单链又会互相结合(复性),重新形成双链的DNA.不同细菌的DNA混在一起令其变性后再复性,在重新结合成双链的过程中,不同细菌的DNA单链也能结合成双链,其结合率的高低随菌株的亲缘关系远近而定.Murata等最早采用DNA—DNA杂交试验对黄单胞菌属的分类进行研究,提出了50铀DNA结合值作为.种的命名依据. 后来,Schroth等广泛根据蛋白质PAGE, FAME,RFLP及rRNA谱型分析和DNA —DNA杂交实验结果,证明在油菜黄单胞菌种下的致病变种群体中存在异质性,认为黄单胞菌DNA同源值矩阵应作为属下种和致病变种重新分类的依据.1995年, L.V auterin用DNA—DNA杂交的方法对黄单胞菌属的183个菌株进行了分类分析,结合BiologGN微板分析自动系统的生理生化测定,将黄单胞菌株分为20个DNA基因组,而把对植物无致病能力的放在一组为未归类组,20个DNA基因组可以认为是20个种.同一基因组菌株之间DNA结合值水平较高,约为80一iO0嘶,而不同基因组菌株之间DNA结合值低于第4期郭亚辉:黄单胞菌属的分类研究进展515O%,所以,60—7O%DNA同源值可作6,.codiae变叶木黄单胞菌为黄单胞菌属内同种菌系的最低标准.7,.bramei雀麦黄单胞菌对于命名的更改,尽可能使其命名与8,.cucurbitd8瓜类黄单胞菌植物病理学名称相关,并且遵守国际细菌9,.axonopodis地罐草黄单胞菌学命名规砌,在来自不同寄主植物的致病l0,.oryzae水稻黄单胞菌变种构成一个新种的情况下,采用一个普ll,.vaSicola维管束黄单胞菌遍,通用的名称,如树生黄单胞菌为树术l2,.pisi豌豆黄单胞菌上的病原物.当新种不包括以前的油菜黄l3,.melonis甜瓜黄单胞菌单胞菌致病变种的代表菌株时,刚建议重l4,.sicat0r辣椒黄单胞菌新命名.’15,campe~frfs甘蓝黄单胞菌新的黄单胞菌分类系统的2O个种名如l6,.fran~l”c8s透明黄单胞菌下:l7,.hyacinthf风信子黄单胞菌1,.fragarae草毒黄单胞菌l8,.f8icola茶黄单胞菌2,.hortorum花草黄单胞菌lg.sacchari甘蔗黄单胞菌3,.populi杨树黄单胞菌20,.albilineans甘蔗白条黄单胞菌4,.arbolicola树生黄单晦菌21,.尚束归组黄单胞菌5,.caSavae木薯黄单胞菌(1j王大耜细菌分类基础科学出越社1977h~b:idizationasataxonomictoolfor[2)林万明细菌DNA中G+C含量测定和桉酸phytopath—ogenlcbacteria.JapsnAg分子杂置技术殛其在细菌分类鉴定中拘应用rlcultareResearchQnar(er~.yl975科学出版社分析微生物专辑73:549—553[3)任欣正主编植物病原细菌的分类和鉴定[6]V attterinL.Rec’~asslficationofXan一生国高等农业院校教材农业出发社1994thomonas,InternationalJoaraalof(4)林万明细菌分子遗传学分类鉴定注上海systematiecterio’.Ey,19997:科学技术出版社1990472—489(5)Mn~ataN,Improvs~DNA—DNA(上接59页)[1)张树政等社1984C2)谢舜珍等299--264[3)施巧琴等[4)豫家立等136一l42参考文献酶豁耕工业(下册)科学出版655—670微生物193986(3):微生物100292(6):真菌199314(2)[5)Ibrahim?C.0.etalAgIicBiolchum198791(8):2145—2191[6)黄建忠等工业微生物199525(3):1J8[T)MotoyasuJO.etal:.FermentThchnol1986.94(5):韩7—3T1(8)Okumara,S.etal:AgrieBioIthem,1978?40,655[9)孙万儒药物生物技水19993(4):238--245[1o)曹i鼠挂等生物化学与生物物理进展1895 22(1)lS--I3。
基于生物信息学的微生物分类与鉴定研究
基于生物信息学的微生物分类与鉴定研究第一章概述微生物是一类重要的生物资源，具有丰富的生物学功能和广泛的应用前景。
其中，微生物分类与鉴定是微生物学研究中至关重要的一环。
近年来，随着生物信息学技术的快速发展，基于基因组学等手段对微生物分类与鉴定的研究得到了极大的促进。
本文将对基于生物信息学的微生物分类与鉴定的相关研究进行介绍和探讨。
第二章基于生物信息学的微生物分类生物信息学技术能够帮助我们更深入地理解微生物之间的生物学关系并进行更精确的分类。
其中，微生物分类的主要手段包括基因序列分析、代谢物分析、形态学特征等。
基于基因序列分析的微生物分类方法主要包括传统的16S rRNA序列分析和全基因组序列分析。
16S rRNA序列是细菌和古菌的小亚基核糖体RNA的部分序列，是进行细菌和古菌分类的重要工具。
与之相关的16S rRNA分析方法是一种基于比较序列相似度的分类方法，可以用于快速鉴定和分类细菌。
近年来，由于基因组学技术的发展，全基因组序列分析也被广泛应用于微生物分类中。
全基因组序列分析方法可以通过比对细菌全基因组的变异点来准确地分类和鉴定不同的微生物。
此外，微生物菌种分类的目的之一是确定该菌的有效名称。
基于基因组序列的分类方法可以使得命名更加准确和规范化。
第三章基于生物信息学的微生物鉴定微生物鉴定是通过对微生物形态特征、生理生化指标及代谢物等进行分析，根据某些标准，确定微生物种属及其学名的过程。
随着微生物鉴定技术的不断升级和生物信息学技术的发展，基于生物信息学的微生物鉴定方法也不断更新。
基于多重PCR技术的微生物鉴定技术是一种便捷、快速的鉴定方法。
在该技术中，通过选择和设计特定的引物，以鉴定特定目标基因的变异模式为依据，对微生物进行快速鉴定。
此外，基于基因测序技术的微生物鉴定方法也相当流行。
这种方法利用基因测序技术，通过对微生物基因组序列的分析，进行物种鉴定。
它可以进行更加快速、精确的微生物鉴定和分类。
第四章生物信息学在微生物分类和鉴定中的应用近年来，生物信息学在微生物学研究中的应用越来越广泛。
两株异养硝化—好氧反硝化细菌的分离、筛选、鉴定和特性研究
两株异养硝化—好氧反硝化细菌的分离、筛选、鉴定和特性研究一、本文概述本文旨在探讨两株异养硝化-好氧反硝化细菌的分离、筛选、鉴定及其特性研究。
异养硝化-好氧反硝化细菌是一类特殊的微生物，能够在好氧条件下进行硝化和反硝化过程，对于氮循环和环境保护具有重要意义。
本文首先通过分离和筛选方法，从自然环境中获取两株具有异养硝化-好氧反硝化功能的细菌，并对其进行初步的生理生化特性分析。
接着，采用分子生物学手段对这两株细菌进行鉴定，明确其分类地位和系统发育关系。
在此基础上，进一步深入研究这两株细菌的生长特性、硝化反硝化性能、以及环境因子对其生长和代谢的影响。
本文的研究结果不仅有助于深入了解异养硝化-好氧反硝化细菌的生物学特性和生态学功能，同时也为该类微生物在环境修复、污水处理等领域的应用提供理论支撑和实践指导。
二、材料与方法为了分离和筛选异养硝化—好氧反硝化细菌，我们从多个不同的生态环境中采集了土壤和水样，包括污水处理厂、河流、湖泊以及农田土壤等。
为了培养和筛选目标细菌，我们使用了多种培养基，包括常规的好氧反硝化培养基和异养硝化培养基。
这些培养基根据细菌的生长特性和需求进行了优化。
实验过程中使用了多种分子生物学试剂，如PCR引物、DNA提取试剂盒等。
同时，还使用了多种仪器，如PCR仪、凝胶电泳仪、微生物培养箱等。
采用稀释涂布法将采集的样品接种到含有相应培养基的平板上，通过观察菌落的形态、大小和颜色等特征，初步筛选出具有异养硝化—好氧反硝化能力的细菌。
通过形态学观察、生理生化特性分析以及分子生物学方法（如16S rDNA序列分析）对筛选出的细菌进行鉴定。
对筛选和鉴定出的细菌进行详细的特性研究，包括生长曲线测定、异养硝化速率测定、好氧反硝化速率测定等。
还研究了环境因子（如温度、pH、碳源和氮源等）对细菌生长和硝化反硝化活性的影响。
实验数据采用统计学方法进行分析，以揭示细菌的生长规律和硝化反硝化特性。
还通过图表等形式直观地展示了实验结果。
细菌分类鉴定的分子生物学方法研究进展
细菌分类鉴定的分子生物学方法研究进展一、本文概述随着分子生物学技术的快速发展，其在细菌分类鉴定领域的应用已经取得了显著的进展。
本文旨在对细菌分类鉴定的分子生物学方法研究进展进行系统的梳理和总结，以期为相关领域的学者和从业人员提供全面的科研进展参考。
本文将重点介绍分子生物学技术在细菌分类鉴定中的应用，包括基因测序技术、PCR技术、基因芯片技术、宏基因组学方法等，并探讨这些技术在细菌分类鉴定中的优势、挑战以及未来发展趋势。
同时，本文还将对近年来细菌分类鉴定领域的重要研究成果进行综述，以期为细菌分类鉴定领域的研究提供有益的参考和启示。
二、细菌分类鉴定的传统方法及其局限性传统的细菌分类鉴定方法主要依赖于细菌的表型特征，包括菌落形态、细胞形态、生理生化特性、血清学反应以及生态习性等。
这些方法在过去的一个多世纪里为细菌学的发展做出了重要贡献，随着科学技术的进步和细菌学研究的深入，传统方法的局限性逐渐显现。
传统方法的鉴定过程往往繁琐耗时，需要经过多步实验操作，包括细菌培养、形态观察、生理生化试验等，这不仅增加了实验成本，也限制了鉴定效率。
传统方法对于某些表型特征相似的细菌种类往往难以准确区分，容易出现误判或漏判的情况。
传统方法对于新出现的、未知的或者难以培养的细菌种类往往束手无策，无法进行有效的鉴定。
随着分子生物学技术的发展和应用，人们开始尝试将分子生物学方法引入细菌分类鉴定领域，以期能够更快速、更准确地进行细菌鉴定。
分子生物学方法以其高灵敏度、高分辨率和高通量的特点，为细菌分类鉴定提供了新的可能性和解决方案。
三、分子生物学方法在细菌分类鉴定中的发展与应用近年来，分子生物学技术的飞速发展极大地推动了细菌分类鉴定领域的研究进展。
这些技术以其高度的特异性和灵敏度，为细菌分类鉴定提供了全新的视角和强大的工具。
在细菌分类鉴定中，16S rRNA基因序列分析已成为最常用的方法之一。
16S rRNA基因在细菌中高度保守，同时又在不同种属间存在足够的变异，使得其成为细菌分类鉴定的理想靶标。
细菌的分类
放线菌、酵母菌与真菌的分类与特点
• 放线菌（Actinomycetes） • 分类：属于放线菌门（Actinomycetes），放线菌纲（Actinomycetales） • 特点：具有分支状菌丝体，需用显微镜观察，具有多种代谢途径，部分放线菌具有致病性，如结核分枝杆菌（ Mycobacterium tuberculosis）
生长环境
• 厌氧细菌主要分布在缺氧环境中，如肠道、沼泽、土壤 等 • 厌氧细菌可与其他细菌共生，形成复杂的微生物生态系 统
厌氧细菌的主要类群与代表物种
梭菌科（Clostridiaceae）
• 代表物种：梭状芽孢杆菌（Clostridium）、肉毒梭菌（Clostridium botulinum） 等 • 生理特性：严格厌氧，可产生多种毒素，如肉毒毒素、破伤风毒素等
02 弧菌科（Vibrionaceae）
• 代表物种：霍乱弧菌（Vibrio cholerae）、副溶血性弧 菌（Vibrio parahaemolyticus）等 • 生理特性：好氧或兼性厌氧，代谢多样性，可产生多种 酶和毒素，部分菌种具有致病性
03 嗜血杆菌科（Haemophilusaceae）
生长繁殖方式： 革兰氏阳性细 菌主要通过二 分裂方式进行 生长繁殖，生 长速度较快
革兰氏阳性细菌的主要类群与代表物种
01 链球菌科（Streptococcaceae）
• 代表物种：链球菌（Streptococcus）、乳球菌 （Lactococcus）等 • 生理特性：嗜氧或兼性厌氧，代谢多样性，可产生多种 酶和毒素
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细菌分类鉴定方法的研究进展目录细菌分类鉴定方法的研究进展 (2)摘要 (2)ABSTRATC (3)1、引言 (4)1.1细菌分类鉴定 (4)1.1.1 细菌常规鉴定方法 (4)1.1.2细菌的数值分类和自动化鉴定 (4)1.1.3化学分类鉴定法 (4)1.1.4分子遗传学分类鉴定法 (4)1.2细菌分类鉴定方法的前景 (5)细菌的鉴定方法的介绍与总结 (5)1、细菌常规鉴定方法 (5)1. 1 免疫诊断技术 (5)1. 1. 1 凝集试验 (5)1. 1. 2 免疫酶技术 (5)1.1. 3 免疫荧光技术 (5)1. 1. 4 放射免疫测定技术 (6)1. 1. 5 免疫胶体金标记技术 (6)1. 2 蛋白质图谱分析 (6)2、细菌的数值分类和自动化鉴定 (6)3、化学分类鉴定法 (7)3.1 磷脂脂肪酸分析技术（PLFA）[6] (7)3．2 高效液相色谱（HPLC）[7] (7)3.3 气相色谱（GC）[7] (7)4、分子遗传学分类鉴定法 (7)4. 1 细菌染色体DNA G+ C mol %含量测定 (7)4. 2 核酸杂交技术 (7)4. 3 限制性核酸内切酶分析法 (7)4. 4 质粒图谱分析法 (7)4. 5 脉冲场凝胶电泳分析法 (8)4. 6 PCR技术 (8)4. 7 16SrRNA 序列和16S～23SrRNA 间区序列分析法 (8)4. 8 微生物全基因组测序 (8)6、参考文献 (9)细菌分类鉴定方法的研究进展摘要细菌分类鉴定方法包括表型鉴定法和分子遗传学鉴定法两大类,分成4个水平:细菌形态和生理生化水平、细胞组分水平、蛋白质水平和核酸水平。
表型鉴定法是对前3个水平的鉴定,包括常规鉴定法、数值分类鉴定法和化学分类鉴定法。
分子遗传学鉴定法[1]是核酸水平的鉴定,对细菌染色体或质粒DNA 进行分析,核酸杂交、PCR 技术、16SrRNA 和16 ～23SrRNA 序列分析、全基因组测序等,此类方法使细菌种属定位和亲源关系判别由表型特征深化为基因型鉴定。
本文主要来介绍各种分类方法以及每种方法的优缺点。
关键词：细菌分类鉴定表型鉴定分子遗传学鉴定Bacterial classification and identification of theresearch progressABSTRATCBacterial classification and identification method two categories, including the the phenotype identification method and molecular genetic identification method is divided into four levels: the bacterial morphological and physiological and biochemical level, the level of cellular components, protein level and the nucleotide level. The phenotypic identification law is the identification of the first three levels, including conventional identification method, numerical classification and identification and chemical classification identification method. Identification of molecular genetics method [1] is the identification of the nucleic acid level, analysis of the bacterial chromosome or plasmid DNA, nucleic acid hybridization, PCR, 16SrRNA and the 16 ~ 23SrRNA sequence analysis of whole-genome sequencing, such positioning method bacterial species and phylogenetic discrimination by the deepening of the phenotypic characteristics of genotyping. This paper is mainly to introduce the various classification methods as well as the advantages and disadvantages of each method.Key word ：Bacterial classification and identificationPhenotypic identification Molecular genetic identification1、引言1.1细菌分类鉴定1.1.1 细菌常规鉴定方法细菌常规鉴定法是细菌形态和生理生化水平及蛋白质水平的鉴定,前者是最经典、最常用的分类鉴定指标,也是现代化分类鉴定的依据,后者包括免疫诊断技术、蛋白质图谱分析和氨基酸序列分析等。
1.1.2 细菌的数值分类和自动化鉴定目前应用较多的自动化鉴定系统主要有:Vitek - AMS(Automated Microbic System) [2]、Biolog、MicroScan 、Entero2tube 、MIDI、Sensititte 、Autosceptor 、Crystal 等鉴定系统。
数值分类法是近20 年来发展起来的细菌分类理论,它应用大量已知菌对相关生化试验反应出现的频率得出数据进行分析,优化组合数10 项生理生化指标集合成套试剂,根据相似系数大小判断细菌种属间的亲源性。
自动化微生物鉴定系统即采用数值分类原理。
微生物数值分类鉴定集数学、电子、信息及自动分析技术于一体,具有系统化、标准化、微量化和简易化等优点,采用商品化的鉴定测试卡,将未知菌鉴定到属、种、亚种或生物型,可不同来源的临床标本进行针对性鉴定,所得结果以数字方式表达,与数据库数据(手册或软件) 对比得出鉴定结果。
1.1.3 化学分类鉴定法20 世纪50 年代中期由Cummins 和Harris 建立起来的化学分类鉴定法[3]主要通过细菌细胞壁化学成分即氨基酸和糖的分析进行分类鉴定,属的分类主要测定各种氨基酸组分,种的鉴定主要是对糖的分析。
另外,还有全细胞水解液糖型分析、脂肪酸分析、磷酸类脂成分分析、枝菌酸分析、醌类分析和光合色素成分分析等,常使用红外光谱、气相色谱、高效液相色谱和质谱等新技术。
1.1.4 分子遗传学分类鉴定法分子遗传学分类法是以微生物的遗传型（基因型）特征为依据，判断微生物间的亲缘关系，排列出一个个的分类群。
目前较常使用的方法有：细菌染色体DNA G+ C mol %含量测定、核酸杂交技术、限制性核酸内切酶分析法、质粒图谱分析法、脉冲场凝胶电泳分析法、PCR技术、16SrRNA 序列和16S～23SrRNA 间区序列分析法、微生物全基因组测序1.2细菌分类鉴定方法的前景每种鉴定方法均有其优点和缺陷,常规鉴定法常出现表型表达不稳定、敏感性不高、测试项目多、费时费力等问题;免疫诊断技术若无相应抗体则无法鉴定;细菌自动化鉴定适于快速鉴定,但目前数据库中模式菌种数量有限,部分细菌只能鉴定至属,对革兰氏阳性菌和厌氧菌的鉴定效果较差;分子遗传学鉴定是从本质上阐明细菌间的亲源关系,但所需试剂和仪器昂贵,鉴定时间较长,专业性强,适于科研上的细菌分类研究,不适于基层和临床微生物的快速鉴定。
因此,细菌分类鉴定必须同时使用几种方法或系统全面鉴定,表型鉴定和分子遗传学鉴定结合可对未知菌进行准确合理定位,目前应充分利用和完善现有鉴定技术,继续积累核酸数据库资源,研究和推广新的分子遗传学鉴定法,使其在敏感性、特异性和实用性上更适合细菌快速准确鉴定的需要,使其发挥应有的和更大的作用。
随着细菌鉴定方法的不断建立和完善,将为科研和临床工作者提供简便、快速、准确、微量、灵敏和成本低廉的检测方法和更先进、更全面的检测手段。
细菌的鉴定方法的介绍与总结1、细菌常规鉴定方法1. 1 免疫诊断技术1. 1. 1 凝集试验目前常用的是葡萄球菌协同凝集试验(SPA - CoA) ,金黄色葡萄球菌细胞壁的A 蛋白(SPA) 能与动物血清中IgG的Fc 结合,成为致敏的颗粒载体,特异性IgG 的Fc 与SPA 结合后, F ( ab’) 2 段暴露在葡萄球菌表面,与相应细菌反应呈现凝集现象,此法用于细菌快速鉴定和分型。
1. 1. 2 免疫酶技术免疫酶技术( EIA , Enzymeimmunoa2ssay) 是将酶标记的抗抗体与抗原—抗体复合物结合形成抗原- 抗体- 酶标记抗抗体复合物,加入酶底物产生有色产物。
以酶联免疫吸附测定( ELISA) 和斑点酶联免疫吸附技术(Dot - ELISA) 应用较广泛。
1.1. 3 免疫荧光技术免疫荧光技术( FIA , Fuorescenceimmunoassay) 是将一抗滴加于待检抗原上,再加一抗的荧光抗体(二抗) ,呈现特异性的荧光抗原抗体复合物以鉴定病原菌。
此法比ELISA 更直观,可直接观察到菌体形态。
1. 1. 4 放射免疫测定技术放射免疫测定( RIA , Rad2ioimmunoassay) 是用放射性同位素标记抗原或抗体,与相应的抗体或抗原结合后通过放射自显影定性和定量抗原或抗体。
1. 1. 5 免疫胶体金标记技术胶体金是继酶、荧光素和放射同位素后免疫标记技术中令人瞩目的新标记物。
胶体金是氯金酸(HAuCl4) 在还原剂如白磷、枸橼酸钠等的作用下,聚合成特定大小的金颗粒,通过静电作用与抗体或抗原形成一种稳定的胶体状态,即为免疫金,免疫金与相应的抗原抗体结合后,呈现特定的颜色反应。
1. 2 蛋白质图谱分析蛋白质图谱分析主要采用聚丙烯酰胺凝胶电泳( PAGE ,Polyacrylamide Gel Electrophoresis)和SDS - PAGE。
聚丙烯酰胺凝胶是单体丙烯酰胺(Acr) 和N ,N’- 亚甲双丙烯酰胺(Bis) 在催化剂过硫酸铵和加速剂四甲基乙二胺(TEMED) 作用下聚合为含酰胺基侧链的脂肪族长链,相邻长链通过甲叉桥连接形成三维网状结构物质,PAGE 根据电荷、形状和分子大小分离和定性、定量分析蛋白质和多肽。