多种测序技术在药品检测环境微生物鉴定分析中的应用研究_郑小玲
微生物鉴定技术的研究与应用
微生物鉴定技术的研究与应用微生物是存在于环境中的一种生物，它们具有微小的体积、短得不能被肉眼观察的生命历程，但又是生态系统中不可或缺的组成部分。
微生物鉴定技术是通过一定的实验手段，对微生物进行种属鉴定和分类的一种技术。
它不仅是微生物学研究领域的重要组成部分，同时也被广泛应用于食品、医药、环保等多个领域。
微生物鉴定技术的研究在微生物鉴定技术的研究方面，核酸鉴定技术是当前的研究热点。
人们利用PCR技术对微生物种类进行鉴定和分类，从而得到更准确的种属信息。
PCR技术可以直接从微生物中提取DNA进行扩增，将扩增的产物进行测序，基于测序结果进行物种鉴定和分类。
此外，蛋白质组学也是微生物鉴定技术的主要研究方法之一。
通过质谱分析等手段，人们可以对微生物中的蛋白质进行鉴定与分类，为微生物研究提供了新的思路和方法。
另外，随着人们对微生物的深入研究，人们发现微生物种群结构对生态环境的影响非常显著。
为了研究微生物种群结构，人们沿用传统环境学方法，通过培养分离、形态学观察等手段，对微生物进行研究。
随着分子生物学技术的发展，人们将DNA芯片应用于微生物研究，大大提高了微生物分析的效率和准确率。
同时，人们也逐渐深入研究微生物间的交流和互作关系，发现微生物之间存在协同作用和“竞争”关系，这为微生物的资源利用和生态调控提供了新的解决思路和方法。
微生物鉴定技术的应用微生物鉴定技术的应用非常广泛，其中医药和食品工业是其中最为典型的领域。
在医药领域，微生物鉴定技术被广泛应用于细菌分离、组分分析、药物筛选等方面，有助于开发新型药物。
同时，微生物分类学还可以为感染性疾病的诊断和治疗提供更准确的依据。
此外，微生物鉴定技术在微生物药物研究、疫苗设计以及基因工程等方面也起到了重要作用。
在食品工业方面，微生物鉴定技术被广泛用于食品安全检测和质量控制。
食品中存在大量的微生物，其中一些可引起食品腐败和污染。
因此，食品生产企业需要对食品中的微生物进行检测，确保食品的安全性和质量。
微生物群落多样性测序与功能分析报告
微生物群落多样性测序与功能分析微生物群落测序是指对微生物群体进行高通量测序，通过分析测序序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。
借助不同环境下微生物群落的构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之间的关系，寻找标志性菌群或特定功能的基因。
对微生物群落进行测序包括两类，一类是通过16s rDNA，18s rDNA，ITS区域进行扩增测序分析微生物的群体构成和多样性；还有一类是宏基因组测序，是不经过分离培养微生物，而对所有微生物DNA进行测序，从而分析微生物群落构成，基因构成，挖掘有应用价值的基因资源。
以16s rDNA扩增进行测序分析主要用于微生物群落多样性和构成的分析，目前的生物信息学分析也可以基于16s rDNA的测序对微生物群落的基因构成和代谢途径进行预测分析，大大拓展了我们对于环境微生物的微生态认知。
目前我们根据16s的测序数据可以将微生物群落分类到种（species）（一般只能对部分菌进行种的鉴定），甚至对亚种级别进行分析，几个概念：16S rDNA（或16S rRNA）：16S rRNA基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因，长度约为1542bp，其分子大小适中，突变率小，是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。
16S rRNA基因序列包括9个可变区和10个保守区，保守区序列反映了物种间的亲缘关系，而可变区序列则能体现物种间的差异。
16S rRNA基因测序以细菌16S rRNA基因测序为主,核心是研究样品中的物种分类、物种丰度以及系统进化。
OTU：operational taxonomic units (OTUs)在微生物的免培养分析中经常用到，通过提取样品的总基因组DNA，利用16S rRNA或ITS的通用引物进行PCR扩增，通过测序以后就可以分析样品中的微生物多样性，那怎么区分这些不同的序列呢，这个时候就需要引入operational taxonomic units，一般情况下，如果序列之间，比如不同的16S rRNA序列的相似性高于97%就可以把它定义为一个OTU，每个OTU对应于一个不同的16S rRNA序列，也就是每个OTU对应于一个不同的细菌（微生物）种。
基于新一代测序技术的微生物多样性分析
基于新一代测序技术的微生物多样性分析随着新一代测序技术的发展，微生物多样性分析已成为当今热门的研究领域之一。
这种技术能够快速、精准地分析出各种微生物的类型、数量、分布及其功能，从而窥探微生物在环境、人类健康等方面的作用。
本文将以基于新一代测序技术的微生物多样性分析为主题，探讨该技术应用的原理、发展以及前景。
一、新一代测序技术应用于微生物多样性分析的原理传统的微生物多样性分析方法主要是通过培养和分离微生物，然后进行形态学和生理学特征分析，从而确定微生物的种类和数量。
这种方法非常耗时、效率低、无法检测无法培养的微生物等不足之处。
而新一代测序技术不需要对微生物进行培养，而是直接对微生物DNA序列进行高通量测序，获取大量序列数据。
然后通过计算机软件处理这些序列数据，进行比对、聚类、分类和功能预测等操作，最终获得微生物的多样性信息。
具体来说，新一代测序技术主要包括Illumina、454、IonTorrent和PacBio等技术平台。
其中最常用的是Illumina技术平台，它采用二代测序技术，能够快速、准确地测序大量DNA序列。
在微生物多样性分析中，通过构建不同类型的文库（如16S rRNA、18S rRNA和ITS等），将微生物DNA片段进行扩增，然后将文库测序。
再通过不同的软件分析，如Qiime、Mothur、RDP和MG-RAST等，可以得到微生物的分类信息、群落结构、功能潜力等数据。
二、新一代测序技术应用于微生物多样性分析的发展自从新一代测序技术问世以来，微生物多样性分析得到了极大的提升。
与传统方法相比，新一代测序技术具有更高的灵敏度、精准度和可重复性，可以检测到更广泛的微生物种类，同时也能更好地描述微生物的群落结构和生态功能。
这种技术的出现已经彻底改变了微生物学的研究方法和技术手段。
在微生物多样性分析中，新一代测序技术已经被广泛应用。
它能够有效地应用于环境微生物多样性研究、人体微生物群落分析、动植物肠道微生物菌群分析、食品安全微生物检测等领域。
提升药品检验检测能力的措施
提升药品检验检测能力的措施摘要：近些年来，随着人们安全意识的提升，对药品需求量也逐渐提升。
而药品质量直接影响人们的身体健康，在这种情况下，食品药品检验中心不断加强基础设施建设，全面提升药品检验检测能力。
因此，本文主要提出药品检验检测能力提升的意义，分析目前药品检验检测中存在的问题，探究提升药品检验检测能力的措施。
关键词：药品检验检测；能力提升；措施引言药品质量和安全是现阶段民生发展中的一大问题，直接关系到人们的身体健康和生命安全。
在一定程度上，提升药品检验检测能力，能够有效保证药品的安全性和质量，实现社会稳定和谐的发展。
针对药品安全问题，国家也制定了相对完善、明确的法律制度，主要是对药品生产、经营和应用的行为进行规范，避免出现药品安全问题。
因此，实施药品检验检测对保证药品安全具有重要意义，但是目前我国药品检验检测中存在水平低、覆盖面不够、检测效率低等问题，急需要改善，以提升药品检验检测能力，推动社会和谐稳定发展。
一、药品检验检测能力提升的意义第一，提升政府对药品安全监督管理的水平。
科学合理的实施药品监督和管理工作，能够确定药品安全状况是否符合标准，进而获取药品相关的关键信息，为政府实施药品检验监督管理工作以及药品安全保证提供参考。
第二，增强药品市场安全水平。
开展药品检验检测工作的主要原则在于科学性原则和可靠性原则，针对性的对市场中的药品进行抽样检验化验，检验结果可以将市场药品质量状况真实的呈现出来，还能检查出一些不符合安全标准的药品。
第三，有助于建设和谐社会。
通过提升检验检测能力，能够避免社会上出现不良药品，保护消费者的合法权益，才能推动社会良好发展。
药品检测以安全性为出发点，保证药品安全才能保证人民群众的身体安全，才能实现社会和谐发展。
二、目前药品检验检测中存在的问题从目前药品检验检测发展状况而言，在实施药品检验检测工作的过程中，存在一些的问题影响药品检验检测能力的提升。
第一，检测水平低。
现阶段社会发展越来越快，信息技术得到广泛的应用，但是依旧有一些药品检验检测机构中心缺乏足够的资金，未构建先进的检测系统，依旧采用以往的检测手段，技术落后的同时，检测人员综合素质也参差不齐，无法满足药品检验检测的要求。
二代测序在微生物领域的应用
宏基因组-技术参数
宏基因组-分析结果
微生物多样性
宏基因组-分析结果
微生物功能
转录组测序
转录组测序
原核转录组
研究原核生物在某个时期或在某种环境条件下 转录出来的所有mRNA。 由于原核生物mRNA没有polyA尾结构，需要去 除rRNA。
基因组测序-分析结果
圈图 进化树
基因组测序-分析结果
基因在不同菌株中的分布热图
基因组测序-分析结果
样本间变异位点与性状间的关联热图
扩增子测序
扩增子测序
扩增子测序：通过对特定长度的 PCR 产物进行测序分析，
针对土壤、水体、活性污泥、肠道等环境和混合菌群样本， 16S/18S/ITS 等基因扩增子测序是研究环境微生物多样性及群 落组成差异的重要技术手段之一。
产品 真菌重测序
测序平台 测序-真菌基因组
真菌多为二倍体或多倍体，以二倍体为例： 纯合二倍体对组装没有影响；杂合二倍体是一 种有性生殖和无性生殖共存的菌株，杂合率往 往较高，建议选择无性生殖阶段的单孢子进行 重测序。
基因组测序-分析结果
基因组测序-真菌基因组
真菌基因组
de novo
对真菌基因组进行从头组装的方法。基于组装结果，可 以预测真菌基因组中所包含的基因，并通过功能数据库比对 获得基因的功能信息。
产品 细菌框架图 测序0≥500 kb 复杂真菌 SN50≥300 kb
细菌精细图
PE150
*真菌复杂度主要取决于 GC含量、重复序列和杂合度； SN50： scaffold N50，将得 到的scaffold从长到短依次累加，当累加长度达到从长度的50%时，最后加入的一条 scaffold的长度。
新一代测序技术在鉴定微生物资源中的应用
新一代测序技术在鉴定微生物资源中的应用微生物是指肉眼看不见的微小生物体，包括细菌、真菌、病毒、原生动物等。
微生物在生态环境、食品加工、医学卫生等领域中都起着重要的作用，因此对微生物的研究和鉴定至关重要。
此时，测序技术就成为了不可或缺的工具。
在测序技术中，传统的Sanger测序已经被新一代测序技术所取代，新一代测序技术已经广泛应用于生物学领域，其中包括微生物资源的鉴定。
本文将介绍新一代测序技术在鉴定微生物资源中的应用。
1. 新一代测序技术简介新一代测序技术是近年来发展起来的一种高通量、高精度、高效率的DNA序列测定技术，主要包括Illumina、Ion Torrent、Oxford Nanopore等。
其优势主要体现在以下几个方面：（1）高通量。
相比传统Sanger测序仅能同时对单个样本进行测序，新一代测序技术能够同时对数以千计的样本进行测序，大大加快了测序速度。
（2）高精度。
新一代测序技术具有较高的准确性，测序错误率相对较低。
（3）高效率。
新一代测序技术不仅速度快，成本也相对较低，几乎所有生物实验室都可以进行测序。
2. 随着新一代测序技术的发展，它已经广泛应用于微生物资源的鉴定和研究中。
新一代测序技术优势主要体现在以下几个方面：（1）扩大鉴定范围。
传统鉴定方法对部分微生物无法鉴定，而新一代测序技术能够扩大鉴定范围，更准确地鉴定微生物。
（2）减少操作流程。
传统鉴定方法需要进行多次培养、分离、染色等操作，而新一代测序技术能够直接进行基因测序分析，减少了操作流程。
（3）提高鉴定准确率。
由于新一代测序技术的高准确性，能够有效地避免误判或漏判，提高鉴定准确率。
3. 新一代测序技术在微生物资源鉴定中的应用案例（1）土壤微生物群落分析。
通过对土壤中微生物群落进行测序分析，可以了解不同环境下微生物群落的组成和分布情况，更好地研究土壤微生物的生态功能和生物多样性。
（2）病原微生物检测。
通过新一代测序技术可以对疾病样本中的微生物进行检测和鉴定，从而快速准确地诊断疾病。
微生物群落多样性测序与功能分析(总结版)
微生物群落多样性测序与功能分析（总结版）微生物群落测序是指对微生物群体进行高通量测序，通过分析测序序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。
借助不同环境下微生物群落的构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之间的关系，寻找标志性菌群或特定功能的基因。
对微生物群落进行测序包括两类，一类是通过16s rDNA，18s rDNA，ITS区域进行扩增测序分析微生物的群体构成和多样性；还有一类是宏基因组测序，是不经过分离培养微生物，而对所有微生物DNA进行测序，从而分析微生物群落构成，基因构成，挖掘有应用价值的基因资源。
以16s rDNA扩增进行测序分析主要用于微生物群落多样性和构成的分析，目前的生物信息学分析也可以基于16s rDNA的测序对微生物群落的基因构成和代谢途径进行预测分析，大大拓展了我们对于环境微生物的微生态认知。
目前我们根据16s的测序数据可以将微生物群落分类到种（species）（一般只能对部分菌进行种的鉴定），甚至对亚种级别进行分析，几个概念：16S rDNA（或16S rRNA）：16S rRNA 基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因，长度约为1542bp，其分子大小适中，突变率小，是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。
16S rRNA基因序列包括9个可变区和10个保守区，保守区序列反映了物种间的亲缘关系，而可变区序列则能体现物种间的差异。
16S rRNA基因测序以细菌16S rRNA基因测序为主,核心是研究样品中的物种分类、物种丰度以及系统进化。
OTU：operational taxonomic units (OTUs)在微生物的免培养分析中经常用到，通过提取样品的总基因组DNA，利用16S rRNA或ITS的通用引物进行PCR 扩增，通过测序以后就可以分析样品中的微生物多样性，那怎么区分这些不同的序列呢，这个时候就需要引入operational taxonomic units，一般情况下，如果序列之间，比如不同的16S rRNA序列的相似性高于97%就可以把它定义为一个OTU，每个OTU对应于一个不同的16S rRNA序列，也就是每个OTU对应于一个不同的细菌（微生物）种。
多种测序技术在药品检测环境微生物鉴定分析中的应用
多种测序技术在药品检测环境微生物鉴定分析中的应用【摘要】目的围绕药品检测环境微生物，采用多种测序技术对其实施鉴定分析，评定其应用价值。
方法以药品微生物实验室为对象，采集、收集其环境当中的细菌（248株）、霉菌（6株），实施鉴定操作（全自动微生物生化鉴定仪）。
依据所得到的生化鉴定结果，基于种属分类学，选择20种具有代表性的细菌（28株）与霉菌（6株），分别用宏基因组测序技术（Hiseq2000与Ion torrent测序平台）、一代测序技术（基于ABI3500测序平台）实施鉴定分析，对菌株鉴定方法所具有的准确性进行相互验证。
结果在28株细菌当中，较之生化鉴定，16SrDNA一代测序鉴定有23株属水平分类一致，10株种水平分类一致。
用Hiseq2000对细菌混合实施全基因测序鉴定，较之16SrDNA一代测序，15株种水平一致，2株属水平一致；针对霉菌全基因组测序而言，得到菌信息3株，相比于一代测序结果（霉菌LSU rDNA），3株菌信息缺失。
用Ion torrent开展16S rDNA宏基因组测序鉴定，与16S rDNA一代测序结果相比较，有11种对应，且10种属对一代测序当中的28株菌进行了覆盖。
结论针对新一代的宏基因组测序技术及配套的分析方法而言，需持续健全与优化，方能快速、准确的对环境微生物混合菌株实施鉴定，更好的实施建库溯源工作。
【关键词】药品检测环境；测序技术；微生物鉴定针对微生物污染而言，从基础层面来分析，乃是药品生产及评估产品质量的关键性指标，同时还是对药品安全生产造成影响的常见隐患。
现阶段，在生产药品时，环境监控的监测指标多为空气当中的沉降菌、浮游菌计数，缺少对微生物污染实施调查、溯源的方法。
伴随分子生物学技术的逐渐成熟，依据DNA序列所存在的差异，可鉴定微生物，此法较之常规的生化鉴定技术，简便且准确。
比如LSU rDNA序列（真菌中）、16S rDNA序列（细菌中），由于其存在明显的特异性、保守性，通过对此序列展开测序分析，可实现对微生物的快速分类。
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药 物 分 析 杂 志 Chin J Pharm Anal 2016,36(1)
多种测序技术在药品检测环境微生物鉴定分析中的应用研究
郑小玲， 王知坚， 李珏， 王征南， 洪利娅
（浙江省食品药品检验研究院， 杭州 310004）
摘要 目的： 探索多种测序技术在药品检测环境微生物鉴定分析中的应用。方法： 从药品微生物实验室 环境中连续 7 个月采样收集获得 248 株细菌和 6 株霉菌， 并对收集的细菌采用全自动微生物生化鉴定 仪 （Vitek 2 Compact） 进行鉴定。根据生化鉴定结果选择在种属分类学上具有代表性的 20 种细菌 （共 28 株） 和 6 株霉菌分别采用一代测序技术 （ABI 3500 测序平台） 和宏基因组测序技术 （Hiseq 2000 测序平台 和 Ion torrent 测序平台） 进行鉴定分析， 相互验证菌株鉴定方法的准确性。结果： 28 株细菌的 16S rDNA 一 代测序鉴定与生化鉴定相比， 属水平分类一致的有 23 株， 种水平分类一致的有 10 株。采用 Hiseq 2000 对 28 株细菌混合进行全基因组测序鉴定获得 78 种菌株信息， 与 16S rDNA 一代测序相比， 种水平一致的有 15 株， 属水平一致的有 2 株， 缺失了 3 株菌的信息， 多出了 61 株菌的信息； 霉菌全基因组测序获得 3 株菌信 息， 与霉菌 LSU rDNA 的一代测序结果相比， 缺失了 3 株菌的信息。采用 Ion torrent 对 28 株菌混合进行 16S rDNA 宏基因组测序鉴定， 获得信息包含 7 科、 10 属和 13 种， 与 16S rDNA 一代测序结果对应的有 11 种， 且 10 种属覆盖了一代测序中的 28 株菌； 霉菌 ITS2 宏基因组测序结果包含 4 属和 3 种， 4 属覆盖了霉菌一代 测序结果中的 6 株菌， 但种水平只有烟曲霉和一代测序结果一致。结论： 新一代宏基因组测序技术及分析 方法需要进一步改进与完善， 才能对环境微生物混合菌株进行快速准确鉴定从而开展建库溯源工作。 关键词： 药品检测环境； 一代测序； 宏基因组测序； 微生物试验环境； 生化鉴定； 高通量测序 中图分类号： R 917 文献标识码： A 文章编号： 0254-1793 （2016） 01-0046-07 doi： 10.16155/j.0254-1793.2016.01.07
1.1 主要仪器 数码摄影生物显微镜 ECLIPSE 50i （日本奥林巴斯公司） ； VITEK 2 Compact 全自动微生 物生化仪 （法国梅里埃公司） ； 全自动革兰氏染色仪 （法国梅里埃公司） ； 梯度 96 孔 Verti PCR 仪 （美国 ABI 公司） ； PowerpacBasic 电泳仪 （美国 Bio-Rad 公 司） ； 3500 MicroSeq 全自动微生物基因分析鉴定系 统 （美国 ABI 公司） 。 1.2 菌 株 来 源 连 续 7 个 月 对 作 者 工 作 的 微 生 物实验室环境中不同部位、 人员及设备材料采用 胰蛋白胨大豆琼脂 （TSA）平板， 分别通过接触碟 法、 空 气 沉 降 法 及 擦 拭 法 进 行 微 生 物 样 本 采 集， 共 获 得 248 株 细 菌 和 6 株 霉 菌， 划线分离纯化后
identification of environmental microorganisms
Abstract Objective: To explore the application of a variety of sequencing technology in the identification of environmental microorganisms in medicines. Methods: Totally 248 strains of bacteria and 6 strains of fungi were collected from the author’s pharmaceutical microbiology laboratory during consecutive 7 months， and these microorganisms were identified by biochemical identification instrument of Vitek 2 Compact． The representative 20 kinds of bacteria （28 strains） and 6 strains of fungi based on species taxonomy were chosen and identified by first-generation sequencing technology （ABI 3500 sequencer） and metagenomic pyrosequencing （Hiseq 2000 and Ion torrent） respectively to mutually validate the accuracy of strain identification method． Results: The comparison between the identification by 16S rDNA first-generation sequencing and the biochemical identification of 28 strains of bacteria showed that 23 isolates were at a consistent species level and 10 isolates at
第一作者 Tel（ ：0571） 86459427； E-mail： 88920169@
药物分析杂志
Chinese Journal of Pharmaceutical Analysis
药 物 分 析 杂 志 Chin J Phar来自 Anal 2016,36(1)
Application of a variety of sequencing technology in the
ZHENG Xiao-ling， WANG Zhi-jian， LI Jue， WANG Zheng-nan， HONG Li-ya
（Zhejiang Institute for Food and Drug Control， Hangzhou 310004， China）
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a consistent genus level.The whole genome sequencing of 28 mixed strains of bacteria were identified by Hiseq 2000， which provided information of 78 species of bacteria． Compared with 16S rDNA first-generation sequencing， 15 isolates at a consistent species level and 2 isolates at a consistent genus level were obtained， 3 isolates were missed and 61 isolates were obtained additionally； 3 isolates were obtained by the whole genome information sequencing and 3 isolates were missed when compared with the result by fungi LSU rDNA firstgeneration of sequencing. The 28 strains of bacteria by Ion torrent were mixed and identified by 16S rDNA metagenomic sequencing， and the information of 7 families， 10 genera and 13 species were obtained． 11 isolates were at a consistent species level and 10 genera covered 28 isolates of first-generation sequencing compared with 16S rDNA first-generation sequencing． Totally 4 genera and 3 species were obtained by metagenomic sequencing of fungi ITS2； 4 genera covered 6 isolates of first-generation fungus sequencing， but only Aspergillus Conclusion: Metagenomic fumigatus was consistent with the first-generation sequencing results on species level． pyrosequencing and analysis methods need further improvement and perfection to accurately identify the mixed strains of environmental microbes rapidly and carry out the construction and traceability of microbe database. Keywords: drug testing environment； first-generation DNA sequencing； metagenomic pyrosequencing； microbiology experiment environment； biochemical identification； high-throughput sequencing 微生物污染是药品生产过程监控及最终产品 质量评估的重要指标， 也是影响药品安全生产的潜 ［1］ 在隐患 。目前药品生产过程中的环境监控以空 气中的浮游菌和沉降菌计数为监测指标， 缺乏对微 ［2］ 生物污染进行溯源和调查的方法 。随着分子生 物学技术的发展， 根据 DNA 序列的差异可进行微生 物鉴定， 该法与传统生化鉴定技术相比更为准确、 快 ［3-4］ 捷 。如细菌中的 16S rDNA 序列和真菌中的 LSU rDNA 序 列 及 ITS 序 列 具 有 高 度 的 保 守 性 和 特 异 性［5-6］ ， 对该序列测序分析后可对微生物进行快速 分类。16S rDNA 测序鉴定微生物一般至属或种水 平［7-8］ ， 但 若 对 微 生 物 污 染 进 行 溯 源 分 析， 需将 微 生 物 鉴 定 至 种 以 下 水 平， 因此需要更精确的 微 生 物 鉴 定 技 术。 基 因 组 重 测 序 是 对 已 知 基 因 组序列的物种进行不同个体的基因组测序， 并在 此 基 础 上 对 个 体 或 群 体 进 行 差 异 性 分 析， 从而 可对同一种属的微生物进行进一步分类及溯源 分 析。 随 着 新 一 代 测 序 技 术 的 发 展， 高通量和 ［ 9-10 ］ 低成本已经成为测序技术的主流 。人们可 将 环 境 中 收 集 的 微 生 物 混 合 后 提 取 总 DNA 进 行 宏 基 组 测 序， 通过序列结果分析快速获得样 品中所有微生物菌株的基因组信息［11］。理论上 根据微生物宏基因组的信息不仅可以对样品中 所 有 的 微 生 物 进 行 种 属 鉴 定， 还可以通过建立 环 境 微 生物基因信息库对污染微生物展开溯源 分析。