聚类分析实验课件

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聚类分析-基因芯片ppt课件

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§6.4 动态聚类法
❖ 动态聚类法的基本思想是,选择一批凝聚点或给出 一个初始的分类,让样品按某种原则向凝聚点凝聚, 对凝聚点进行不断的修改或迭代,直至分类比较合 理或迭代稳定为止。类的个数k可以事先指定,也可 以在聚类过程中确定。选择初始凝聚点(或给出初始 分类)的一种简单方法是采用随机抽选(或随机分割) 样品的方法。
❖ 聚类分析根据分类对象不同分为Q型和R型聚类分析。
§6.2 距离和相似系数
❖ 相似性度量:距离和相似系数。 ❖ 距离常用来度量样品之间的相似性,相似系数常用
来度量变量之间的相似性。 ❖ 样品之间的距离和相似系数有着各种不同的定义,
而这些定义与变量的类型有着非常密切的关系。
变量的测量尺度
❖ 通常变量按测量尺度的不同可以分为间隔、有序和 名义尺度变量三类。
2
分别为第 j

最常用的两个相似系数
❖ 相似系数除常用来度量变量之间的相似性外有时也
用来度量样品之间的相似性,同样,距离有时也用 来度量变量之间的相似性。
❖ 由距离来构造相似系数总是可能的,如令
cij
1 1 d ij
这里d i j 为第 i 个样品与第 j 个样品的距离,显然 c i j 满 足定义相似系数的三个条件,故可作为相似系数。
❖ 距离必须满足定义距离的四个条件,所以不是总能 由相似系数构造。高尔(Gower)证明,当相似系
数矩阵 c ij 为非负定时,如令
dij 21cij
则 d i j 满足距离定义的四个条件。
§6.3 系统聚类法
❖ 系统聚类法是聚类分析诸方法中用得最多的一种。 ❖ 基本思想是:开始将个样品各自作为一类,并规定
❖ (4) 对 D 1 重复上述对D 0 的两步得 D 2 ,如此下去直 至所有元素合并成一类为止。

第8章-聚类分析PPT课件

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5
XXXXXXXXX
XXX
XXXXX
XXXXX
XXX
6
XXXXXXXXX
XXX
XXXXX
XXXXX
X
X
7
X
XXXXXXX
XXX
XXXXX
XXXXX
X
X
8
X
XXXXXXX
XXX
XXX
X
XXXXX
X
X
9
X
XXXXXXX
XXX
XXX
X
X
XXXXX Nhomakorabea10
X
X
XXXXX
XXX
XXX
X
X
XXX
X
X
11
X
X
XXXXX
对于顺序变两量个:案例在变量上 值的 相取 同时S, ijk 1,取不同值 时,Sijk 0;
对于等距变量 Sijk: 1-
xik -xjk Rk
,
Rk为变量 k的全距。
-
17
8.3 聚类方法
8.3.1 层次聚类法(Hierarchical Cluster Procedures) •聚集法(Agglomerative Method) •分解法(Divisive Method)
以上几种方法,离差平方和法和平均联结法的分类效果
较好。
-
21
主要结果
•聚合进度表 •冰柱图(垂直、水平) •树状图 •案例归类表
-
22
Agglomeration Schedule
Stage Cluster First
Cluster Combined
Appears
聚 Stage Cluster 1 Cluster 2 Coefficients Cluster 1 Cluster 2 Next Stage

聚类分析及其应用实例ppt课件

聚类分析及其应用实例ppt课件
在整堂课的教学中,刘教师总是让学 生带着 问题来 学习, 而问题 的设置 具有一 定的梯 度,由 浅入深 ,所提 出的问 题也很 明确
Outlines
聚类的思想 常用的聚类方法 实例分析:层次聚类
在整堂课的教学中,刘教师总是让学 生带着 问题来 学习, 而问题 的设置 具有一 定的梯 度,由 浅入深 ,所提 出的问 题也很 明确
3. 实例分析:层次聚类算法
定义:对给定的数据进行层次的分解
第4 步

凝聚的方法(自底向上)『常用』
思想:一开始将每个对象作为单独的
第3 步
一组,然后根据同类相近,异类相异 第2步 的原则,合并对象,直到所有的组合
并成一个,或达到一个终止条件。 第1步
a, b, c, d, e c, d, e d, e
X3 Human(人) X4 Gorilla(大猩猩) X5 Chimpanzee(黑猩猩) X2 Symphalangus(合趾猿) X1 Gibbon(长臂猿)
在整堂课的教学中,刘教师总是让学 生带着 问题来 学习, 而问题 的设置 具有一 定的梯 度,由 浅入深 ,所提 出的问 题也很 明确
离差平方和法( ward method ):
各元素到类中心的欧式距离之和。
Gp
Cluster P
Cluster M
Cluster Q
D2 WM Wp Wq
G q
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凝聚的层次聚类法举例
Gp G q
Dpq max{ dij | i Gp , j Gq}
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聚类分析部分 PPT课件

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距离
设xij 为第i个样品的第j个指标,数据矩阵表如下:
在上表中,每个样品有p个变量,故 p 每个样品都可以看成是 R 中的一个点,n p 个样品就是 R 中的n个点。在 R p中需定义 某种距离,将第i个样品与第j个样品之间 的距离记为dij ,在聚类过程冲,相距较近的 点倾向于归为一类,相距较远的点应归属 不同的类。
聚类时,比较相似的变量倾向于 归为一类,不太相似的变量归属不同 的类。
相似系数性质
变量 xi 与 x j 的相似系数用 cij 来表示,它一般应满 足如下三个条件: (1)cij 1 ,当且仅当 xi ax j b, a( 0)和b为常 数; (2) cij 1,对一切i,j; (3) cij c ji ,对一切i,j。
正因为如此,判别分析和聚类 分析往往联合起来使用,例如判别 分析是要求先知道各类总体情况才 能判断新样品的归类,当总体分类 不清楚时,可先用聚类分析对原来 的一批样品进行分类,然后再用判 别分析建立判别式以对新样品进行 判别。
聚类分析与判别分析、主成分 分析、回归分析等方法联合起来使 用,往往效果更好。
x1 y1
s11
2
x2 y2 s22
2

x
p
yp
2
1 1 所加的权是 k1 , k2 , s11 s22
1 , k p ,即用样本方差 s pp
s pp
除相应坐标。当取 y1 y2 y p 0 时,就是点P 到原点O的距离。若 s11 s22 s pp 时,为欧氏距 离。
距离的性质
距离dij 一般应满足如下四个条件: (1) dij 0,对一切i,j; dij 0,当且仅当第i个样品与第j个样品的 (2) 各变量值都相同; dij d ji ,对一切i,j; (3) dij dik dkj ,对一切i,j,k。 (4)

聚类分析 PPT课件

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(f) (f) p dij f 1 ij d (i, j) (f) p f 1 ij
f is binary or nominal: dij(f) = 0 if xif = xjf , or dij(f) = 1 otherwise f is ordinal Compute ranks rif and Treat zif as interval-scaled
x1 x2 x3 x4
x1 0 3.61 5.1 4.24
x2 0 5.1 1
x3
x4
5
0 5.39
0
第二节 相似性的量度
一 样品相似性的度量
二 变量相似性的度量
含名义变量样本相似性度量
例: 学员资料包含六个属性:性别(男或女);外语语种
(英、日或俄);专业(统计、会计或金融);职业(教师 或非教师);居住处(校内或校外);学历(本科或本科以 下) 现有两名学员: X1=(男,英,统计,非教师,校外,本科)′ X2=(女,英,金融,教师,校外,本科以下)′ 对应变量取值相同称为配合的,否则称为不配合的 记配合的变量数为m1,不配合的变量数为m2,则样本之间 的距离可定义为
第五章 聚类分析
第一节 第二节 第三节 第四节 第五节 引言 相似性的量度 系统聚类分析法 K均值聚类分析 K中心点聚类
第六节
R codes
第一节 引言
“物以类聚,人以群分” 无监督分类聚类分析 分析如何对样品(或变量)进行量化分类的 问题 Q型聚类—对样品进行分类 R型聚类—对变量进行分类
用他们的序代替xif
zif
rif 1 M f 1
10
混合型属性
A database may contain all attribute types Nominal, symmetric binary, asymmetric binary, numeric, ordinal 可以用加权法计算合并的影响

聚类分析详解ppt课件

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以上我们对例6.3.1采用了多种系统聚类法进行聚类,其结果 都是相同的,原因是该例只有很少几个样品,此时聚类的过 程不易有什么变化。一般来说,只要聚类的样品数目不是太 少,各种聚类方法所产生的聚类结果一般是不同的,甚至会 有大的差异。从下面例子中可以看到这一点。
动态聚类法(快速聚类)
(4) 对D1 重复上述对D0 的两步得 D2,如此下去 直至所有元素合并成一类为止。
如果某一步Dm中最小的元素不止一个,则称此现 象为结(tie),对应这些最小元素的类可以任选一对 合并或同时合并。
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二、最长距离法
类与类之间的距离定义为两类最远样品间的距离, 即
DKL
max
iGK , jGL
聚类分析应注意的问题
(1)所选择的变量应符合聚类的要求
如果希望依照学校的科研情况对高校进行分类,那么可以 选择参加科研的人数、年投入经费、立项课题数、支出经 费、科研成果数、获奖数等变量,而不应选择诸如在校学 生人数、校园面积、年用水量等变量。因为它们不符合聚 类的要求,分类的结果也就无法真实地反映科研分类的情 况。
主要内容
引言 聚类分析原理 聚类分析的种类 聚类分析应注意的问题 聚类分析应用 聚类分析工具及案例分析
聚类分析的种类
(1)系统聚类法(也叫分层聚类或层次聚类) (2)动态聚类法(也叫快速聚类) (3)模糊聚类法 (4)图论聚类法
系统聚类法
对比
常用的系统聚类方法
一、最短距离法 二、最长距离法 三、中间距离法 四、类平均法 五、重心法 六、离差平方和法(Ward方法)
对比
k均值法的基本步骤
(1)选择k个样品作为初始凝聚点,或者将所有样品分成k 个初始类,然后将这k个类的重心(均值)作为初始凝聚点。

聚类分析法ppt课件全

聚类分析法ppt课件全

8/21/2024
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1.2.2 动态聚类分析法
1.2 聚类分析的种类
(3)分类函数
按照修改原则不同,动态聚类方法有按批修改法、逐个修改法、混合法等。 这里主要介绍逐步聚类法中按批修改法。按批修改法分类的原则是,每一步修 改都将使对应的分类函数缩小,趋于合理,并且分类函数最终趋于定值,即计 算过程是收敛的。
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1.2.2 动态聚类分析法
1.2 聚类分析的种类
(2)初始分类 有了凝聚点以后接下来就要进行初始分类,同样获得初始分类也有不同的
方法。需要说明的是,初始分类不一定非通过凝聚点确定不可,也可以依据其 他原则分类。
以下是其他几种初始分类方法: ①人为分类,凭经验进行初始分类。 ②选择一批凝聚点后,每个样品按与其距离最近的凝聚点归类。 ③选择一批凝聚点后,每个凝聚点自成一类,将样品依次归入与其距离
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1.2 聚类分析的种类
(2)系统聚类分析的一般步骤 ①对数据进行变换处理; ②计算各样品之间的距离,并将距离最近的两个样品合并成一类; ③选择并计算类与类之间的距离,并将距离最ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ的两类合并,如果累的个
数大于1,则继续并类,直至所有样品归为一类为止; ④最后绘制系统聚类谱系图,按不同的分类标准,得出不同的分类结果。
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1.2 聚类分析的种类
(7)可变法
1 2 D kr
2 (8)离差平方和法
(D k 2 pD k 2 q)D p 2q
D k 2 rn n ir n n p i D i2 pn n ir n n q iD i2 qn rn in iD p 2 q
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spss聚类分析PPT课件

spss聚类分析PPT课件

G7
G3
G4
G8
G7
0
G3
3
0
G4
5
2
0
G8
7
4
2
0
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(3)在D(1)中最小值是D34=D48=2,由于G4与G3合并, 又与G8合并,因此G3、G4、G8合并成一个新类G9,其与其 它类的距离D(2)
G7
G9
G7
0
G9
3
0
31
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(4)最后将G7和G9合并成G10,这时所有的六个样品聚为一 类,其过程终止。 上述聚类的可视化过程如下:
1
2
3
4
5
1
0
8.062 17.804 26.907 30.414
2
8.062 0
25.456 34.655 38.21
3
17.804 25.456 0
9.22 12.806
4
26.907 34.655 9.22 0
3.606
5
30.414 38.21 12.806 3.606 0
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系统聚类过程是:假设总共有n个样品(或变量)
第一步:将每个样品(或变量)独自聚成一类,共有 n类;
第二步:根据所确定的样品(或变量)“距离”公式, 把距离较近的两个样品(或变量)聚合为一类,其 它的样品(或变量)仍各自聚为一类,共聚成n 1 类;
第三步:将“距离”最近的两个类进一步聚成一类, 共聚成n 2类;……,以上步骤一直进行下去,最后17 将所有的样品(或变量)全聚成一类。
(1)选择样品距离公式,绝对距离最简单,形成D(0)
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§3.7 计算步骤与上机实践
2020/8/10
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§3.7 计算步骤与上机实践
输出结果中,表3.9表示接近度矩阵,是反映样品之间相似性 或者相异性的矩阵。本例中由于计算距离使用的是平方欧氏距 离,所以样品间距离越大,样品越相异,如果我们计算距离选 择Pearson相关系数,则接近度矩阵是相似性矩阵。由表中矩 阵可以看出,Bangladesh(孟加拉国)与Cambodia(柬埔寨) 的距离是最小的,因此它们最先聚为一类。
我们可以看出全国城镇居民得消费结构大致可以分为三个方面,一类是各 种副食、日用品及交通通信、文化教育和住房等支出,这是在消费结构中 起主导作用的方面;其次是居民购买烟、酒、饮料及着装支出;粮食和水 电燃料是两项很重要的消费指标,但目前在城镇居民的消费中占的比例较 小,可将它们归并为同一类。
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计算步骤与上机实践
在这个数据文件中,我们选择的变量(Variables(s))有 Urban(城市人口比例),Lifeexpf(女性平均寿命)、 Lifeexpm(男性平均寿命)、Literacy(有读写能力的人 所占比例)、Gdp_cap(人均国内生产总值),以Country (国家或地区)来标识(Label Cases)本例中的17个亚洲国 家或地区,并以其他5个变量进行Q型聚类分析,即对国家 进行聚类。 这里我们将原始变量标准化(在Method选项下Transform Values的Standardize空白框内,选择Z Scores),在 Statistics选项中选择Agglomeration Schedule,聚类方 法选择组内联结法(Within-group linkage),计算距离选 择平方欧氏距离,输出冰柱图和树状聚类图。得到的结果 如下:
水平居中。
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§3.7 计算步骤与上机实践
3.7.2 快速聚类法(K-means cluster)。
同样我们使用上面的数据文件World95.sav,从中筛
选出亚洲国家,试图将亚洲国家按经济和文教
水平分为3类。可以使用快速聚类法对样品进
行聚类。
我们使用的变量有Country(国家或地区)、Urban
(城市人口比例),Lifeexpf(女性平均寿
命)、Lifeexpm(男性平均寿命)、Literacy
(有读写能力的人所占比例)、Gdp_cap(人
均国内生产总值),以Country来标识本例中
的17个亚洲国家或地区,并以其他5个变量进

行Q型聚类分析,即对国家进行聚类。
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§3.8 社会经济案例研究
上面介绍的几种系统聚类方法,并类的原则和步 骤基本一致,所不同的是类与类的距离有不同的 定义。其实可以把这几种方法统一起来,有利于 在计算机上灵活地选择更有意义的谱系图。
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§3.8 社会经济案例研究
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§3.8 社会经济案例研究
表3.16中最大的相关系数为r4,8=0.837,将G4和G8并成一新类G9,然后 计算G9与各类的相关系数,再找最大的相关系数,每次缩小一类得图3- 17。
§3.8 社会经济案例研究
例3.5 城镇居民消费水平通常用表3.15中的八项 指标来描述,八项指标间存在一定的线性相关。 为研究城镇居民的消费结构,需将相关性强的指 标归并到一起,这实际就是对指标聚类。原始数 据列于表3.15。
将原始数据录入SPSS,并依次点击“Analyze”→ “Correlate” →“Bivariate”,打开Bivariate Correlations对话框,把八个变量选入Variables 栏中,单击“OK”,得到这八个指标对应的相关系 数,列于表3.16。
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§3.7 计算步骤与上机实践
图3.11是树状聚类图,从图中可以由分类个数得到 分类情况。如果我们选择分类数为3,就从距离为 10的地方往下切,得到分类结果如下。{1:孟加 拉国、柬埔寨、阿富汗、印度、巴基斯坦};{2: 香港、新加坡、日本};{3:泰国、越南、中国、 印度尼西亚、马来西亚、菲律宾、韩国、台湾和 朝鲜}。我们可以从经济发展水平和文化教育水平 来理解所作的分类。第2类应该是亚洲国家中经济 发达程度最高的国家或地区,第1类的经济水平和 文教水平都比较低,第3类国家的经济水平和文教
图3.9是冰柱图,也是反映样品聚类情况的图,如果按照设定
的类数,在那类数的行上从左到右就可以找到各类所包含的样
品。比如我们希望分为三类,最左边的类数应选3,每个样品
右边都有一列X,如果某个样品右边的X个数少于3,那么它和
前面多于3个X的样品聚为一类,如此下去,直到找到全部三类
为止。例如,Hong Kong右边的列只有两个X,那么它就与Japan
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聚类分析计算步骤与上机实践
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§3.7 计算步骤与上机实践
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§3.7 计算步骤与上机实践
将表3-8的聚合系数利用Excel作出聚合系数随分类 数变化曲线,如图3-13.
和Singapore聚为一类了,而China右边的列只有一个X,那么
从Taiwan到China又被聚为一类,后面样品聚为另一类。
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§3.7 计算步骤与上机实践
表3.10是反映每一阶段聚类的结果,Coefficients表 示聚合系数,第2列和第3列表示聚合的类,比如第一 阶段时(Stage=1)第2个样品——Bangladesh(孟加 拉国)与第三个样品——Cambodia(柬埔寨)聚为一 类,注意这时有16类(17-1=16)。因此某阶段的分类 数等于总的样品数减去这个阶段的序号。 图3.10是聚合系数随分类数变化的曲线。由图可以看 出,当分类数为3或4时, 曲线变得比较平缓,这 个分类数也符合我们分类的目的。
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