人类基因突变及疾病相关数据库
人类DNA单个碱基突变引发的遗传疾病
人类DNA单个碱基突变引发的遗传疾病遗传疾病是指由基因突变导致的疾病，它们可以通过传递给下一代而在家族中遗传。
人类DNA是由四种碱基组成的：腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、鸟嘌呤（G）和胞苷（C）。
当DNA序列中的一个碱基发生突变，可能会导致遗传疾病的发生。
单个碱基突变是基因突变中最常见的形式之一。
它可以通过三种基本方式发生：点突变、插入突变和缺失突变。
点突变是指一个碱基被另一个碱基替换，插入突变是指一个或多个新的碱基被插入到DNA序列中，缺失突变是指一个或多个碱基被从DNA序列中删除。
单个碱基突变在人类DNA中是很常见的，但并非所有突变都会引发遗传疾病。
事实上，大部分突变可能没有明显的影响或只引起轻微的变化。
然而，一些突变却可能对人体产生严重的影响，导致各种遗传疾病的发生。
单个碱基突变可以引发各种类型的遗传疾病，包括遗传性心脏病、遗传性癌症、遗传性血液病等。
这些疾病可通过基因检测进行早期诊断，帮助医生进行有效的治疗和干预措施。
例如，囊性纤维化是一种常见的单基因遗传疾病，由于基因突变导致蛋白质的产生异常，进而导致大量粘稠的粘液在各个部位积聚，引发呼吸系统、消化系统和生殖系统的功能异常。
该病通常在婴儿期就会出现症状，包括反复的肺部感染、营养不良和生殖系统问题。
目前，囊性纤维化的治疗主要是通过基因治疗、药物治疗和症状缓解治疗来控制疾病的进展。
另一个例子是亨廷顿舞蹈症，它是一种由基因突变引发的神经退行性疾病。
该疾病由含有异常的反复复制的碱基序列的HTT基因突变引起。
这种突变导致了蛋白质产生异常，从而损害大脑细胞的功能和生存。
患者通常在成年后出现不同程度的运动障碍、认知能力下降和情绪问题等症状。
目前，对亨廷顿舞蹈症的治疗主要是通过药物治疗来缓解症状。
此外，单个碱基突变还可以引发一些较为罕见的遗传疾病，如罗氏症候群、坏死性家族性失眠和克雅氏症等。
这些疾病可能具有更加特异性的症状和影响，因此需要更专门的诊断和治疗方法来应对。
遗传病分析常用数据库介绍
omim Online Mendelian Inheritance in Man
HGMD Human Gene Mutation Database
人类基因突变数据库（HGMD）收集公开发表的引起人类遗传疾病的germline突变 信息。其范围限定在导致明确遗传表现型的突变，体细胞突变和线粒体突变。 HGMD接受来自于研究者提交的资料。但大多记录直接来自超过250种期刊中的 突变报道和数据库。
GeneCards
KAL1
GeneCards
KAL1
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
HPO
Human Phenotype Ontology
HPO
Human Phenotype Ontology
Proteinuria
HPO
Human Phenotype Ontology
Thank You!
Clinvar
Clinvar
dbVar
dbVar[chr:start-end(copy number,pathogenicity,dbvar ID);] 17:525-14667519 (3,Pathogenic,胎儿宫内发育迟缓,nsv996083)
dbVar
dbVar
Decipher
遗传病常用数 据库介绍
目录
omim HGMD Clinvar dbVar Decipher 正常人数据库 GeneCards HPO
omim Online Mendelian Inheritance in Man
PAH
omim Online Mendelian Inheritance in Man
Decipher
Decipher
Decipher
NCBI、OMIM、HGMD数据库使用教程
NCBI数据库
National Center for Biotechnology Information https:///
NCBI-Literature-PubMed
PubMed数据库：文献查询数据库
PMID号：文章编号
文章下载部分免费，其他可借助https://sci-hub.shop/下载
The Human Gene Mutation Database /ac/index.php
目前已更新到2019年第二季度
错义/无义 剪切
调空区
小缺失
小插入 小缺失插入 缺失 插入/重复
重排
重复
1.报告中关联的文献 2.之前的报告查询是否有新的报道 3.查询某一基因的变异情况 4.查询某一基因的变异类新 5.写文章
➢ 基因型与表型的关系
1.空隙位置的突变更易导致婴儿期严重肌阵挛性癫痫，发病年龄早。 2.癫痫相关的突变主要聚集在C端和蛋白质前3个结构域的第5段和第6段之间的环。 3.并不是所有的基因都有该项描述
➢ 突变位点
报道的突变的位点及家系的基本情况： Baulac等人报道了一个家系，三代存在 全身癫痫伴发热性癫痫加2型，检测发现ARG1648HIS位点突变，其中家系中一位 成员存在突变确无表型，提示外显不全 发病年龄、性别发病情况（XL）、外显不全
突变位点数据库 基因的突变位点情况 基因的突变类型
基因与疾病的关联 遗传方式 基因功能 疾病表型 疾病特点
基因：别名查询、表达、 定位、转录、保守结构域 文献查询：PubMed 疾病综述：GeneReviews 突变位点：ClinVar 缺失重复案例：dbvar
2020
谢谢观看
baby安
OMIM数据库
生物信息学常用数据库(已分类)
疟原虫属(Plasmodium)基因组 酵母基因组数据库(SGD) /Saccharomyces 酿酒酵母基因组 TIGR微生物数据库 /tdb/mdb/mdbcomplete.html
COMPEL http://compel.bionet.nsc.ru/ 复合调控元件（Composite regulatory elements）
CUTG http://www.kazusa.or.jp/codon/ 遗传密码使用表
DBTBS http://dbtbs.hgc.jp/ 枯草杆菌反式作用因子和启动子
ArkDB /sites.html 农业相关和其他动物的基因组数据库
综合的微生物资源(CMR) /tigr-scripts/CMR2/CMRHomePage.spl 已完成测序的微生物基因组
CropNet / 农作物基因组图谱
CyanoBase http://www.kazusa.or.jp/cyano/
Synechocystis sp.基因组
EMGlib http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html 已完成基因组测序的细菌、古细菌、酵母
EcoGene /EcoGene/EcoWeb/ 大肠杆菌(E.coli)K-12的序列
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名称 地址 说明
AceDB /Software/Acedb/ 线虫(C.elegans),酵母(S.pombe)的序列和基因组信息
AmmtDB r.it/mitochondriome/ 寄生虫(Metazoan)线粒体DNA序列
第四章 人类基因组变异数据库
基因组浏览器同样是检索和观察多态性的最好
工具。
人类基因组浏览器有三个；EnsemblUCSC人类
基因组浏览器（UCSC-HGB）和NCBI Map Viewer，他们都保持着对人类基因组SNP不同 水平的注解，但三者都没有保留突变的资料。
三个浏览器中大部分信息是重叠的,但它们
各自含有一部分独特的信息和资料，所以至少
GDB数据库还包括了与核酸数据库
GenBank和EMBL、遗传疾病数据库OMIM、文献 摘要数据库Medline等其他网络信息资源的超 文本链接。 GDB数据库是国际合作的成果，其宗旨是 为从事基因组研究的生物学家和医护人员提 供人类基因组信息。
第四节 观察SNP和突变的工具
一、在基因组水平上观察SNP和突变的工具 人类基因组是SNP和变异资料的最终框架，
库。 与dbSNP不同的是，HGVbase试图将所有已知
SNP概括为一组精简的记录，HGVdase是被严格筛选和 注释的。
HGVbase是一个可被广泛应用的数据库，还
提供一些对实验设计很有帮助的工具，包括
一个特定单元型的标记工具——Tag’nTell。
该工具能够找出可以特异描绘所选择单元型 所需的、根据用户说明最少的一组标记物。 HGVbase搜索界面比较简单，提供的工具 可以促进对数据库进行的BLAST搜索和关键 词查询。
第二节 突变数据库
突变数据库是根据功能定义的，并且和 疾病性质与流行以及疾病传播渠道都有密切 的联系。本节介绍几个目前能够检索和提供 更大资源的链接的中央资源，而其他集中的
数据库可以通过公共网查询。
一、人类基因变异数据库
人类基因变异数据库（HGMD）收集公开 发表引起人类遗传疾病的胚系突变信息。其 范围限定在导致明确遗传表现型的突变，体 细胞突变和线粒体突变也列入其中。 HGMD接受来自于研究者提交的资料。但 大多记录直接来自超过250种期刊中的突变 报道和有广泛链接的LSDB（链路状态数据 库 ）。
关于遗传基因检测中基因变异临床意义分级的建议
561
建议与共识
关于遗传基因检测中基因变异临床意义分级的建议
天津市医学会医学遗传学分会，天津市医学会遗传咨询分会
摘要：目前基因检测报告主要对基因变异的致病性及临床含义进行描述，实验室人员撰写报告时往往把焦点放 在变异本身的性质，而临床医生的关注点主要在案例的临床情况。这种关注点的差异时常造成临床医生对检测报 告的误解。本建议提出基因变异的临床分级方案，即在基因检测报告中不仅应对基因变异的致病性进行分类，还应 增加临床意义的分级。推荐将基因变异的临床指导意义分为 5 个级别：具有明确的临床指导意义、具有潜在的临床 指导意义、临床指导意义不明确、具有意外发现的临床指导意义和没有明显的临床指导意义。本方案强调了临床表 型的准确性、全面性，以及实验室-临床沟通的重要性，并且提倡表型描述的标准化，这将有助于临床医生与实验室 人员之间的相互理解，有利于基因检测报告的解读和遗传咨询。
基金项目：国家重点研发计划项目（2017YFC1001900，2020YFC2008100）；国家自然科学基金资助项目（81771589）；京津冀专项项目 （19JCZDJC65400）；天津市卫生行业重点攻关项目（16KG166）；天津市重大疾病防治科技重大专项（18ZXDBSY00170，18ZXDBSY00230）；天津 市卫生健康科技项目（ZC20120，KJ20166）
在完成了基因检测之后，还可以根据基因检测 报告所提示的疑似诊断再次进行表型采集，以便发 现较为次要的表型，进一步确认或者排除诊断。尤 其是针对携带可疑基因变异的家庭成员，也应尽量 采集其表型，帮助对基因型-表型之间的相关性进行 评估及确认。 1.2 辅助进行表型描述以及查询的数据库和网站 1.2.1 人 类 表 型 标 准 用 语 联 盟（Human Phenotype Ontology，HPO）和 中 文 人 类 表 型 标 准 用 语 联 盟 （CHPO）表型标准化数据库 随着对人类疾病研究 的逐渐深入，科研工作者们越来越意识到临床表型 数据的重要性，对基因型与表型数据进行联合分析 成为众多疾病研究的一个方向。HPO 旨在提供人类 疾病中用于描述表型异常的标准词汇，目前包含约 11 000 个名词和超过 115 000 条关于遗传性疾病的 注 释 ，还 提 供 了 一 套 针 对 约 4 000 种 疾 病 的 注 释
生物信息学数据库
BLAST：碱基局部对准检索工具
Basic Locul Alignment Search Tool
可进行核苷酸序列、蛋白质序列方面的 同源性分析，能在8秒内在整个DNA数据库 中进行序列比较。
diabetes
顺序号中第1位数字表示所涉及 基因的遗传类型： 1：常染色体显性（1994.5.15前创建） 2：常染色体隐性（1994.5.15前创建） 3：X连锁基因座或表现型 4：Y连锁基因座或表现型 5：线粒体基因座或表现型 6：常染色体基因座或表现型 （1994.5.15后创建的条目）
比较结果页面
彩色积 分图
序 列 相 似 存贮号 描 述
描述
积分
检索 范围
E值 统计
链接
相似率为100%
序列对准 描述
三、基因组数据库
1、Genome：可获得800多种生物体的基 因组数据，部分已完成测序。
2、人类基因组资源： human genome resources
整合了多种相关的分子生物学数据库和 公共分析软件，为科研人员提供了自动化 的实验数据获得、加工和整理途径，为基 因区域的预测和基因功能预测提供了一系 列便捷的方法。
序列数据库 结构数据库 生物信息学数据库的种类 图谱数据库 突变数据库 文献数据库
专业杂志 生物信息学数据库的查找方法 专门数据库目录的网站
著名的生物信息学中心
参见教材p227--p242
NCBI数据库组织
一、NCBI中的生物信息数据库
1）、PubMed： 生物医学文献数据库 2）、Nucleotide：核酸序列数据库 3）、Protein sequence database：
PHIP基因突变所致Chung-Jansen综合征一例
PHIP基因突变所致Chung-Jansen综合征一例作者：王慧超李田华杨柳卢园园来源：《新医学》2023年第11期【摘要】 Chung-Jansen综合征（CHUJANS）是一种常染色体显性遗传病，是新近发现的罕见肥胖综合征，主要表现为发育迟缓、智力障碍、肥胖和畸形。
该文报道1例以肥胖、睾丸小为主要表现的CHUJANS患儿，该患儿发育迟缓、智力障碍，伴有左肾缺如及低促性腺激素性性功能减退，基因检测结果提示PHIP基因突变，突变位点c.600+1G>C，最终诊断为CHUJANS。
经过长期综合性治疗，患儿远期生活质量获得极大改善。
CHUJANS发病率低，且累及多系统，该例扩展了CHUJANS的基因突变谱，有助于提高临床医师对该疾病的认识水平，及早识别并给予干预将有助于改善患者预后。
【关键词】 Chung-Jansen综合征；PHIP基因；杂合突变；儿童A case of Chung-Jansen syndrome caused by PHIP gene mutation Wang Huichao△， Li Tianhua， Yang Liu， Lu Yuanyuan. △970 Hospital of the PLA Joint Logistic Support Force，Weihai 264299， ChinaCorresponding author， Lu Yuanyuan， E-mail：*******************【Abstract】 Chung-Jansen syndrome （CHUJANS）， an autosomal dominant genetic disorder， is a newly discovered rare obesity syndrome， mainly manifesting as developmental delay， mental retardation， obesity and dysmorphism. We reported one CHUJANS child with obesity and small testes as the main manifestations. The patient had developmental delay， mental retardation， complicated with left renal agenesis and hypogonadotropic hypogonadism. Genetic testing prompted PHIP gene mutation at c.600+1G>C. The child was diagnosed with CHUJANS. After long-term comprehensive treatment， the long-term quality of life was significantly improved. As Chung-Jansen syndrome is low in prevalence and multi-systemic， this case report expands the spectrum of mutations in CHUJANS，which can deepen clinicians’ understanding of this disease. Early diagnosis and intervention contribute to enhancing clinical prognosis.【Key words】 Chung-Jansen syndrome； PHIP gene； Heterozygous mutation； ChildrenChung-Jansen综合征（CHUJANS，OMIM#617991）是一种以发育迟缓、智力障碍、肥胖和畸形为特征的常染色体显性遗传病，由位于6q14染色体上的PHIP基因（OMIM#612870）中的杂合突变所致，可在婴儿期发病，大多为基因突变从头合成，少数为家族遗传［1］。
人类基因组中的热点突变
人类基因组中的热点突变在人类基因组中，存在着许多热点突变，也称突变热点。
这些突变点在人类的进化历史中扮演着非常关键的角色。
本文将简要介绍几个人类基因组中的热点突变及其相关的医学意义。
第一个热点突变是APOE基因的ε4等位基因，它是阿尔茨海默病（Alzheimer's disease）的主要风险因素之一。
APOE基因编码一种胆固醇转运蛋白，除了阿尔茨海默病外，它还与阿泊尔脑病（ApoE-related dementia）、心脑血管疾病等多种疾病有关。
APOE基因的突变与智力、认知能力等人类特性也有关系。
APOE基因的ε2等位基因、ε3等位基因和ε4等位基因在人类种群中频率差异较大，ε4等位基因的频率最高，但不同种族和地区的差异较大。
APOE基因突变的相关性在医学上已经被广泛研究，并被用于制定预防和治疗方案。
第二个热点突变是CFTR基因中的F508del突变，它是囊性纤维化（cystic fibrosis，CF）的最常见突变之一。
CF是一种遗传性疾病，主要表现为慢性呼吸道感染、胰腺功能不全和生殖器官发育障碍等。
CFTR基因是编码一种质子通道的基因，F508del突变导致该基因的编码产物无法正常折叠和定位到细胞膜上，从而使细胞内的离子通道功能丧失。
目前，CFTR基因突变的筛查已经被广泛应用于新生儿筛查和育龄女性的产前检查。
第三个热点突变是BRCA1和BRCA2基因中的多种突变，它们与乳腺癌和卵巢癌的风险有关。
BRCA1和BRCA2基因编码一种DNA修复蛋白，这些蛋白参与了人类细胞DNA修复和基因组稳定性的维持。
一些突变会导致这些蛋白的功能失调，从而增加了患上乳腺癌和卵巢癌的风险。
目前，BRCA1和BRCA2基因突变的筛查已经被广泛应用于高危人群的风险评估和治疗方案的制定。
此外，在人类基因组中还存在着许多其他的热点突变，比如BRAF基因的V600E突变和EGFR基因的L858R突变与肿瘤的发生有关。
基因组遗传变异与人类疾病的关系研究
基因组遗传变异与人类疾病的关系研究随着生物技术的不断发展，基因组学成为了一门非常重要的科学领域。
基因组学的研究主要关注人类DNA序列的编码和表达，以及基因组变异的性质和影响。
人类基因组的遗传变异与许多疾病的发生密切相关。
本文将探讨基因组变异与人类疾病的关系。
基因组变异是什么？基因组变异是指个体基因组DNA顺序的任何改变，这些改变可以涉及单个碱基的替换、插入或删除，也可以涉及整个基因、染色体甚至整个基因组片段的缺失与重排。
这些变异可以导致基因序列的不同，在不同的基因表达水平、蛋白质组成和代谢过程中产生不同的影响。
基因组变异是导致人类生物多样性的重要因素，也是导致许多疾病原因的重要原因。
单个碱基多态性的影响单个碱基多态性是指DNA序列中单个碱基存在两种或多种变异，这些变异存在于人群中的频率不同。
单个碱基多态性广泛存在于人类基因组中，种类非常多。
单个碱基多态性对基因表达水平的影响是通过转录因子的结合和RNA剪切方式上的改变实现的。
这些改变导致基因的表达稳定性、蛋白质合成和代谢过程的增强或抑制。
单个碱基多态性是导致肿瘤和心脏病等常见疾病的原因之一。
例如，研究表明，单个碱基多态性与乳腺癌、前列腺癌、结肠癌、子宫内膜癌、膀胱癌、甲状腺癌、白血病等恶性肿瘤密切相关。
复杂基因型的影响除了单个碱基多态性，复杂基因型也是导致人类疾病的因素之一。
复杂基因型是指由多个位点的变异组成的基因型。
与单个碱基多态性相比，复杂基因型更为复杂和多变。
由于复杂基因型受到基因间或基因内相互作用的影响，其对细胞和生物代谢的影响也更复杂。
因此，复杂基因型与复杂疾病的关系更紧密。
这些关系表明了疾病的发生往往不是由单一基因或单个突变导致的，而是由多种基因的相互作用以及遗传和环境因素的相互作用引起的。
人类疾病与基因组变异的相关性人类基因组的变异是导致许多人类疾病发生的原因之一。
人类疾病可以分为两大类：遗传性疾病和非遗传性疾病。
其中，遗传性疾病是由单一突变或复杂基因型引起的，非遗传性疾病是由环境因素、个体行为和遗传因素的相互作用引起的。
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人类基因突变及疾病相关数据库
人类基因突变及疾病相关数据库
1. HGMD
人类基因变异数据库（HMGD）收集公开发表的引起人类遗传疾病的胚系突变信息。
范围限定在导致明确遗传表型的突变，体细胞突变和线粒体突变也列入其中。
HGMD检索界面主要以文本为基础，目标检索依赖正常的基因的HUGO命名知识。
2. HGBASE(Gwas central)
人类遗传双等位基因序列数据库（HGBASE）是人类基因从启动子到转录终点，即基因及其前后所发现的所有单核苷酸多态性和其他变化的数据库。
3. OMIM
人类孟德尔遗传在线（OMIM）是以人类孟德尔遗传与疾病（MIM）为基础的人类基因及其相关突变的在线目录。
可用于查找疾病相关基因及位点，并涵盖了不同程度的综合性疾病的资料。
4. KMDB/MutationView
/MutationView/jsp/index.jsp
Keio Mutation Databases, 提供人类疾病相关基因突变，涵盖眼、耳、心脏、肿瘤、自身免疫性疾病、肌肉及血液等方面疾病基因。
5. KinMutBase
酪氨酸激酶区域突变导致疾病的数据库，同时可链接其他突变数据库。
6. Atlas Chromosomes in Cancer
Atlas of Genetics and Cytogenetics，提供癌症和癌症倾向疾病的生物学和分子方面信息。
7. dbSNP
人类单核苷酸多态性数据库（dbSNP）是由NCBI与人类基因组研究所合作建立的，关于单碱基替换以及短片段插入、删除多态性的资源库。
8. TGDB
肿瘤基因家族数据库（TGDBs）包含了有关肿瘤的一系列基因数据，如：原癌基因和抑癌基因。
基因信息包括：原癌基因的激活、调节的机制、在不同癌症类型中的相关频率以及染色体的定位。
有关蛋白的信息包括：该蛋白存在于何种细胞类型，亚细胞的定位，DNA序列，配体的结合，在发育过程中的作用等等。
9. CGAP
癌症基因组剖析计划（CGAP）是由NCI建立和主持的交叉学科的计划，用来产生用于解码肿瘤细胞的分子就够所需的信息和技术工具。
所有数据和材料对于研究人员无任何限制的完全开放，可用于查询关于正常、癌前和恶性细胞的全面的分子学特征。
10. MDPD
帕金森病的突变数据库。
帕金森病的突变数据库（MDPD）是一个设计来满足信息整合需要，以使用户能轻松地获取，审视和增强他们对PD了解的数据库。
这个数据库包含了从576篇文献获取的202个基因的2391条记录，并且数据库内容由生化研究员经手工检验过。
每一个基因替换和相应影响都被清晰地标注出来，并配以其主要文献。
每一个被报导的基因都有一个提供了变异影响，突变位置和文献系列的总结页面。
另外，MDPD为用户提供了可以比较不同人种的突变类型的独特功能。
11. GAD
疾病关联数据库（GAD）收集了多种复杂疾病与相关基因关系的数据库。
研究人员可以从数据库免费获取基因突变信息，为临床大规模SNP筛查，突变研究等提供便利。
12. FaCD
家族性肿瘤数据库（FaCD），FaCD数据库的目标是协助临床医生和遗传顾问对癌症患者进行遗传鉴别诊断,以及识别肿瘤谱相关遗传疾病,并且这些遗传疾病已经在其他病人诊断出。
13. MethylCancer
人类DNA甲基化与癌症数据库（MethylCancer）用于研究DNA 甲基化，基因表达以及癌症之间的关系。
该数据库整合了DNA甲基化，癌症相关基因，突变，肿瘤信息以及从大规模测序来源的CpG岛克隆等多种信息，研究人员可直接查询基因DNA甲基化图谱。
14. ID bases（locus-specific database for immunodeficiency-causing variations）
免疫缺陷引起的变异，该数据库主要整合了单个基因突变及其导致的疾病，包括致白化病基因突变、X-连锁无丙种球蛋白血症基因突变等，研究者可有效获得基因与疾病之间的关系。