曙光集群用户使用手册样本
云南大学高性能计算中心曙光集群系统使用指南
云南大学高性能计算中心曙光集群系统使用指南1、使用SSH客户端软件用在高性能计算中心申请的用户名和密码登录到集群系统（Windows系统可使用SSHSecureShellClient-3.2.9软件包，下载地址/structure/download Linux系统可直接使用ssh命令登录）。
登录成功后你所在的节点是登录节点，系统会有一些通知信息显示，操作提示符是[username@node34 ~]$。
这个节点是作用户帐号管理，不要在上面运行程序。
2、编译与调试程序请用rsh转到相关作业区节点。
本集群系统共有32个计算节点（每个节点有4个CPU 8G 内存），分为4个作业区。
小作业区small包含4个节点（node1..node4），中型作业区medium包含8个节点（node5..node13），专用作业区long包含8个节点(node13..node20)，大作业区large包含12个节点(node21..node32)。
每一个作业区的第一个节点该作业区的服务节点，small为node1，medium为node5，long为node13，large为node21。
例如从登录节点转到一号节点：[hbli@node34 ~]$rsh node1Last login: Mon Aug 28 15:33:16 from node34[hbli@node1 ~]$3、编译链接、运行用户程序串行程序可使用GCC或PGI编译器，并行程序可使用mpicc, mpiCC, mpif77，mpif90进行编译。
以下是一个c使用mpi的例子：/* hello.c *//* MPI sample c program *//* compile "with mpicc -o hello hello" *//* run with "mpirun -np 8 hello" *//* or submit with pbs script "qsub hello.pbs" *//* you can use "qstat" to dislay your job statusa */#include <stdio.h>#include "mpi.h"int main( argc, argv )int argc;char **argv;{int rank, size;MPI_Init( &argc, &argv );MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, &size );MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, &rank );printf( "Hello world from process %d of %d\n", rank, size );MPI_Finalize();return 0;}可以用如下命令对上面的程序进行编译：$ [hbli@node1 sample]mpicc –o hello hello.c生成可运行的文件hello，用ls –l 命令可以看到生成的可执行文件：$ [hbli@node1 sample]ls –l-rwxrwxr-x 1 hbli hbli 507375 Oct 10 10:39 hello-rw-r--r-- 1 hbli hbli 532 Jun 20 08:01 hello.c这样就可运行hello 这个程序了。
曙光集群用户使用手册
1. 登录和文件传输登录方式为ssh，与telnet功能类似，推荐的登录工具为putty或者Secure Shell （/html/download/ser/20070917/35112.html，绿色版无需安装）在地址栏输入本集群的登录地址(node1对应的局域网IP)，点击“打开”，就会出现登录窗口，输入用户名、密码即可。
文件传输为sftp，与传统ftp类似，但其协议更安全可靠，推荐工具为filezilla。
（https:///p/filezilla/download?filename=FileZilla_3.3.2_win32.zip，绿色版无需安装）输入登录地址222.222.21.29，输入用户名和密码，端口填22（本软件支持ftp，端口为21），点击快速连接，即可使用，操作办法与常用ftp工具类似。
2. 图形窗口支持Linux推荐使用vnc。
vnc可以将用户的操作状态保持在服务器端，即使断开连接也不会影响到正在进行的操作、计算等。
登录到linux服务器中，在命令行运行vncserver。
第一次运行时需要输入VNC登陆用的密码：根据提示输入新的vnc密码。
此密码与用户登录密码无关，将在登录vnc时需要。
此处提示的node1:2即为vnc成功打开的端口。
运行vncclient，输入登录服务器地址和端口号，点确定，输入前面设置的密码，即进入了图形窗口。
注意：1、在第一次启动了vncserver之后，vnc的连接一直可用，全部图形窗口保持在Linux 服务器上。
因此，只在每次服务器重新启动后运行一次vncserver即可，由于用户较多，请勿启动多个。
2、如果需要使用node2的图形界面，可执行ssh -X node2。
3. 作业提交3.1. Fluent3.1.1. 图形方式运行首先通过VNC登陆到图形界面，如果没有Terminal的话在桌面点击左键选择Xterm，输入以下命令即可运行：此处myhosts为用户指定的host文件，内容如下所示：node1node1node1node1node2node2node2node2-t8即指定8个核心参与计算，分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。
曙光集群简明使用手册ppt课件
2020/2/20
曙光集群系统使用和管理
8/56
集群系统的体系结构
2020/2/20
曙光集群系统使用和管理
9/56
集群系统的物理架构
(InfiniBand)
2020/2/20
曙光集群系统使用和管理
10/56
曙光集群的计算系统
计算节点
一般为双路或四路 刀片或机架式服务 器，为计算系统的 主力。
SMP 胖节点 一般用于一些有大 内 多存核内、处容高理I的O需或求单，机 满足一些特殊应用 的需求。
计算 系统
2020/2/20
曙光集群系统使用和管理
GPGPU节点
GPU即图形处理单元， GPGPU的意思为使用显 卡做通用计算，由于 GPU卡具有更多计算核 心数，更高的能效比和 更强的浮点计算能力， 所以对于适合GPU，并 在GPU上移植成功的应 用软件提供更高的性能
14/56
曙光集群网络拓扑图(示例)
2020/2/20
曙光集群系统使用和管理
15/56
曙光集群用户视图(示例)
2020/2/20
曙光集群系统使用和管理
16/56
三、曙光集群的使用
• 远程登录系统 • 上传下载数据 • Linux常用命令 • 安装和运行程序 • 使用作业调度
2020/2/20
曙光集群系统使用和管理
VNC是一款优秀的远程控制工具软件，由AT&T的欧洲研究实验室开 发，是基于UNIX和Linux操作系统的免费开放源码软件，远程控制能 力强大，高效实用。
11/56
曙光集群功能节点
管理节点
•用于运行系统级的管 理软件，性能要求不 高，但可靠性要求高， 数量少
QBD-CB-UMD-201806050023 曙光天阔I840-G30用户手册V1.2(2)
“SUGON”及图标是曙光信息产业股份有限公司的商标或注册商标。 “中科曙光”及图标是曙光信息产业股份有限公司的商标或注册商标，文中“曙光信息产业股份有限公司”简称“曙 光公司”。
“Intel”、“Xeon”图标是 Intel 公司的注册商标。 “Microsoft”、“Windows”、“Windows Server”及“Windows Server System”是微软公司的商标或注册商标。
上面未列明的本手册提及的其他产品、标志和商标名称也可能是其他公司的商标或注册商标，并由其各自公司、其 他性质的机构或个人拥有。
在本用户手册中描述的随机软件，是基于最终用户许可协议的条款和条件提供的，只能按照该最终用户许可协议的 规定使用和复制。
版权所有©2013 曙光信息产业股份有限公司，所有权利保留。
带子。 请使用导电的现场维修工具。 配合使用耗散静电的折叠工具垫和便携式现场维修工具包。
危险警告声明
【警告】
电源、电话和通信电缆中的电流具有危险性。为避免电击危险： 请勿在雷电期间连接或断开本产品的任何电缆，也不要安装、维护或重新配置本产品。 将所有电源线连接至正确接线且妥善接地的电源插座。 将所有要连接到本产品的设备连接到正确接线的插座。 尽可能仅使用单手连接信号电缆或断开信号电缆的连接。 切勿在有火灾、水灾或房屋倒塌迹象时开启任何设备。 除非在安装和配置过程中另有说明，否则请在打开设备外盖之前断开已连接的电源线、远程通信系统、网络和调
天阔 I840-G30
用户手册
DAWNING INFORMATION INDUSTRY CO.,LTD.
声明
本手册的用途在于帮助您正确地使用曙光公司服务器产品(以下称“本产品”)，在安装和第一次使用本产品前，请 您务必先仔细阅读随机配送的所有资料，特别是本手册中所提及的注意事项。这会有助于您更好和安全地使用本产 品。请妥善保管本手册，以便日后参阅。
clusconf 用户手册
Clusconf-1.5.1用户手册曙光信息产业股份有限公司解决方案中心马少杰2013年3月目录第1章高性能集群三要素 (3)第2章clusconf功能介绍 (3)2.1 集群配置功能 (3)2.2 集群管理功能 (3)2.3 IPMI配置及管理功能 (4)第3章使用前要求 (4)第4章安装和配置 (4)4.1 安装clusconf (4)4.2 配置/etc/hosts文件 (4)4.3 配置nfs.cfg 文件 (6)4.4 配置ipmi.cfg文件 (7)第5章Clusconf使用帮助 (8)5.1 clusconf 使用选项 (8)5.2 配置操作(setting Operation) (10)5.3 管理操作(Managing Operation) (11)5.4 IPMI相关操作(IPMI Operation) (12)第6章环境变量说明： (14)第1章高性能集群三要素对于一个高性能集群，至少需要满足三个要求：1 全网全通，实现rsh或ssh的无密码访问2 统一的用户信息，可以通过同步用户信息来实现或配置NIS来实现。
3 统一的文件印象，可以通过nfs（或并行文件系统）来实现。
第2章clusconf功能介绍clusconf为一个设置集群并行环境的程序，能够完成Linux系统下的整个集群的配置、管理。
默认为根据/etc/hosts 表来认定集群中所有的节点，可以通过选项-p prefix和-n number 来自己定义集群中的节点包含功能：2.1 集群配置功能1.为某个用户设置ssh 无密码访问(--set-ssh|-ss)2.为所有用户设置rsh 无密码访问(--set-rsh|-sr)3.按照集群规范设置服务(--set-service|-sv)4.设置整个集群的nfs服务(--set-nfs|-sf)5.按照预定的流程一键配置集群(--set-all|-sa)2.2 集群管理功能1.测试全网是否完全通过(--test-net|-tn)2.显示集群信息(--sys-info|-si)3.显示整个集群的cpu负载(负载大于5％的进程) (--disp-cpu|-dc)4.同步整个集群的用户(--sync-user|-yu)5.添加一个用户到整个集群(--useradd|--adduser|-au|-ua username)6.删除一个用户到整个集群(--deluser|--uerdel|-du|-ud username)7.同步整个集群的时间(--sync-time|-yt)8.同步整个集群的某个文件(--sync-file|-yf file|files|path|paths)9.在整个集群上执行相同的命令(--sync-do|-yd command)2.3 IPMI配置及管理功能1.配置ipmi IP地址(--set-ipmi|-si)2.显示ipmi的IP地址及显示电源状态（--ipmi-info|-ii）3.IPMI远程开机(--ipmi-poweron|-in)4.IPMI 远程关机(--ipmi-poweroff|-if)5.IPMI 远程智能开机，可根据集群的角色自动规划开机顺序(--ipmi-ipoweron|-iin)6.IPMI 远程智能关机，可根据集群的角色自动规划开机顺序(--ipmi-ipoweroff|-iif)第3章使用前要求1 整个集群中所有节点操作系统安装好。
曙光天阔A840r-G用户手册V1.1
硬件及数据损坏负责； 8、 当服务器出现故障时，如果您不能确定故障的原因，请及时与曙光技术支持部门联系以
获得帮助； 9、 如主板 CMOS 电池失效，请使用与本机配备的电池相同型号的电池进行更换，替换下的
的稳定运行，并将可以延长服务器的使用寿命； 2、 请使用带接地保护的三芯电源线与插座，并使用220V 交流电，不正确的电源设置可能
会导致漏电、烧毁、爆炸甚至人身伤害； 3、 请不要在服务器正在运行时插拔背板连线或是移动服务器，否则将可能造成服务器当机
或是部件损坏； 4、 请尽量避免频繁重启或开关机，以延长服务器的使用寿命； 5、 请用户及时备份重要数据，曙光信息产业有限公司不为任何情况导致的数据丢失负责； 6、 请使用正版操作系统及软件，并进行正确配置。曙光信息产业有限公司对由于操作系统
声明及注意事项
感谢您选用曙光服务器！
曙光服务器将给您带来强大的应用支持和全新的性能体验。为了您能够更安全、方便的 使用曙光服务器，在使用之前，请详细阅读本节所提示的信息。
曙光服务器在设计和制造过程中均遵循了严格的标准，以保证您所使用的服务器拥有卓 越的品质和完美的“SUMA”特性。但是服务器属于精密电子设备，在使用过程中仍然可能因 为各种原因而导致异常，所以请务必明确以下事项： 1、 请将服务器放置在阴凉、干燥、通风、洁净、无强磁场的环境中使用，这有助于服务器
电池请妥善回收处理。 曙光信息产业有限公司保留对以上条款的解释权。
再次感谢您选用曙光服务器！
-3-
曙光天阔 A840r-G 服务器用户手册 V1.1
目录
第一章 系统简介 ........................
曙光DS800-G25磁盘阵列用户手册V1.1
本手册的用途在于帮助您正确地使用曙光公司服务器产品(以下称“本产品”)，在安装和第一次使用本产品前，请您务必先仔细阅读随机配送的所有资料，特别是本手册中所提及的注意事项。这会有助于您更好和安全地使用本产品。请妥善保管本手册，以便日后参阅。
本手册的描述并不代表对本产品规格和软硬件配置的任何说明。有关本产品的实际规格和配置，请查阅相关协议、装箱单、产品规格配置描述文件，或向产品的销售商咨询。
商标和版权
“SUGON”及图标是曙光信息产业股份有限公司的商标或注册商标。
“曙光”及图标是曙光信息产业股份有限公司的商标或注册商标，文中“曙光信息产业股份有限公司”简称“曙光公司”。
“Intel”、“Xeon”图标是Intel公司的注册商标。
“Microsoft”、“Windows”、“Windows Server”及“Windows Server System”是微软公司的商标或注册商标。
上面未列明的本手册提及的其他产品、标志和商标名称也可能是其他公司的商标或注册商标，并由其各自公司、其他性质的机构或个人拥有。
在本用户手册中描述的随机软件，是基于最终用户许可协议的条款和条件提供的，只能按照该最终用户许可协议的规定使用和复制。
版权所有©2013曙光信息产业股份有限公司，所有权利保留。
本手册受到著作权法律法规保护，未经曙光信息产业股份有限公司事先书面授权，任何人士不得以任何方式对本手册的全部或任何部分进行复制、抄录、删减或将其编译为机读格式，以任何形式在可检索系统中存储，在有线或无线网络中传输，或以任何形式翻译为任何文字。
对于您在本产品之外使用本产品随机提供的软件，或在本产品上使用非随机软件或经曙光公司认证推荐使用的专用软件之外的其他软件，曙光公司对其可靠性不做任何保证。
曙光MPI用户手册(TC1700&TC4000L)
曙光MPI用户手册(TC1700 & TC4000L)曙光信息产业有限公司2003-9目录MPI的使用 (1)1.MPI简介 (1)2.MPI的程序设计 (1)2.1 MPI的基本功能 (1)2.2 MPI的几个重要元素 (2)2.3 消息 (2)2.4 point-to-point通信 (3)2.5 集群通信 (5)3. MPI应用程序的编译 (6)3.1 环境设置 (6)3.2 make (6)3.3 mpif77和mpicc (7)4. MPI应用程序的运行 (8)5. 常见问题分析 (8)附录MPI函数简表 (9)MPI的使用1.MPI简介MPI（M essage P assing I nterface）是消息传递接口的标准，当前通用的是MPI1.2规范。
不久前制定的MPI2.0规范除支持消息传递外，还支持MPI的I/O规范和进程管理规范。
MPI正成为并行程序设计事实上的工业标准。
MPICH含三层结构，最上层是MPI的API，基本是点到点通信和点到点通信基础上构造的集群通信（Collective Communication）；中间层是ADI层（Abstract Device Interface），其中device可以简单地理解为某一种底层通信库，ADI就是对各种不同的底层通信库的不同接口的统一标准；最下层是具体的底层通信库，例如工作站机群上的p4通信库。
MPICH在不同平台上的实现都是根据不同的device（即平台或底层通信）实现不同的ADI 接口，这种实现机制的好处有：将与device有关和无关的代码分开，减小实现难度；利于MPI的不断升级；提高MPI的性能。
2.MPI的程序设计2.1 MPI的基本功能MPI1.2标准中没有对如何产生多个MPI进程作标准性规定，而把这一工作交给了具体的实现。
但是它有如下众所周知的假设：静态加载，即所有进程在加载完以后就全部确定，直至整个程序结束才终止，在程序正常运行期间没有进程的创建和结束。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
1. 登录和文件传输
登录方式为ssh, 与telnet功能类似, 推荐的登录工具为putty或者Secure Shell
( , 绿色版无需安装)
在地址栏输入本集群的登录地址(node1对应的局域网IP), 点击”打开”, 就会出现登录窗口, 输入用户名、密码即可。
文件传输为sftp, 与传统ftp类似, 但其协议更安全可靠, 推荐工具为filezilla。
( , 绿色版无需安装)
输入登录地址222.222.21.29, 输入用户名和密码, 端口填22( 本软件支持ftp, 端口为21) , 点击快速连接, 即可使用, 操作办法与常见ftp工具类似。
2. 图形窗口支持
Linux推荐使用vnc。
vnc能够将用户的操作状态保持在服务器端, 即使断开连接也不会影响到正在进行的操作、计算等。
登录到linux服务器中, 在命令行运行vncserver。
第一次运行时需要输入VNC登陆用的密码:
根据提示输入新的vnc密码。
此密码与用户登录密码无关, 将在登录vnc时需要。
此处提示的node1:2即为vnc成功打开的端口。
运行vncclient, 输入登录服务器地址和端口号, 点确定, 输
入前面设置的密码, 即进入了图形窗口。
注意:
1、在第一次启动了vncserver之后, vnc的连接一直可用, 全部图形窗口保持在Linux服务器上。
因此, 只在每次服务器重新启动后运行一次vncserver即可, 由于用户较多, 请勿启动多个。
2、如果需要使用node2的图形界面, 可执行ssh -X node2。
3. 作业提交
3.1. Fluent
3.1.1. 图形方式运行
首先经过VNC登陆到图形界面, 如果没有Terminal的话在桌面点击左键选择Xterm, 输入以下命令即可运行:
此处myhosts为用户指定的host文件, 内容如下所示:
node1
node1
node1
node1
node2
node2
node2
node2
-t8即指定8个核心参与计算, 分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。