药物设计原理和方法三价基团的电子等排体
第六章生物电子等排原理与新药设计

H2N
SO2NHCONHC4H9 丁磺酰脲
CH3
SO2NHCONHC4H9
甲磺丁脲
Cl
SO2NHCONHC4H9
氯磺丁脲
例3:叶酸的-OH被其电子等排体-NH2取代,生成
其代谢拮抗剂氨基喋呤(aminopterin),同样次 黄嘌呤和鸟嘌呤的6-OH被-SH取代,得到抗代谢 类抗癌药6-巯基嘌呤(6-mercaptopurine)和6-巯基 鸟嘌呤(6-thioguamine),
Es 0.78 0.27 0.08 -0.16 -0.16
由表6-5可知,所列10种官能团的σm相近,具 有等电性,为等电性电子等排体。表中Cl、Br 及CF3的π值相近,为等疏水性电子等排体,COMe与-CHO也属此类。就Es而论,I与CF3 为等立体性电子等排体。
任意两种上述相近性质的官能团可为兼有这些 性质的电子等排体。如I与CF3即具有等电性又 具有等立体性,可称为等电性-等立体性电子 等排体。就Br与CF3而论,其σm、π有相近性, 可称为等电性-等疏水性电子等排体。
(thiopental)为另一例子,后者由于脂溶性 大,迅速透过血脑屏障沉积于脂质中,产生迅 速短暂的作用,适于静脉诱导麻醉。
C2H5 CO NH
C
CO
C2H5 CO NH
巴比妥
C2H5 CO NH
C
CS
C2H5 CO NH
硫巴比妥
二、二价原子或基团的交换
1、酯和酰胺的交换
生物电子等排体取代最常见于二价原子和基团之间 发生,此处的立体相似性是借助于键角的相似性, 如表所示。
NH2
SO2NHR
构象与生物活性之间也存在重要相关性,具有相近构 象的电子等排体或基本结构称作等构象性电子等排异 构体。
药物设计——精选推荐

生物靶点:与药物特异性结合的生物大分子统称为药物作用的生物靶点。
特殊转运:如离子泵、特定物质的载体以及胞摄、胞吐等转运过程均需依赖酶促反应,并需消耗一定的能量,但可不随浓度梯度而定向转运,因此称特殊转运。
信息:指将体内固有的遗传因素和环境变化因素传递到功能调整系统的消息或指令。
信号:指传递信息的载体,有许多小分子和大分子化学物质,也有物理因素(生物电、温度等)。
信号转导:指经过不同的信号分子转换,将信息传递到下游或效应部位。
类肽:一类能够模拟天然肽分子,具有配基或底物样识别功能,可以与受体或酶相互作用,从而激活或阻断某种内源性活性肽的生物学作用的肽类似物或非肽。
假肽:当多肽的一个或几个酰胺键被电子等排体取代得到的肽类似物称假肽。
前药原理:在体内,尤其是在作用部位经酶或非酶作用,前药的修饰性基因被除去,恢复成原药而发挥药效。
这一药物设计方法称为前药原理。
孪药:两个相同的或不同的药物经共价键连接,缀合成新的分子,称为孪药。
靶向药物:是利用对某些组织细胞具有特殊亲和力的分子作载体,与药物耦联后将其定向输送到作用的靶器官部位的一种药物设计方法,是前体药物的一种特殊形式,它是以受体或酶与配基特异性结合为基础的。
类药性:是药代动力学性质和安全性总和,包括药物的理化性质、拓扑结构特征、药代动力学性质以及毒性特征。
组合化学:是将一些基本小分子构建模块通过化学或者生物合成的手段,将它们系统的装配成不同的组合,由此得到大量具有结构多样性特征的分子,从而建立化学分子库的方法。
高通量筛选技术(HTS):是指以分子水平和细胞水平的试验方法为基础,以微板形式作为实验工具载体,以自动化操作系统执行实验过程,以灵敏快速的检测仪器采集实验结果数据,以计算机对实验数据进行分析处理,同一时间对数以千万样品检测,并以相应的数据库支持整体运转的体系。
化学信息学:是一门应用信息学方法来解决化学问题的学科,研究范围是化合物以及化合物的性质和转化。
药物化学第二章-药物设计的基本原理和方法

§ 2. 先导化合物的优化
Lead Optimization
先导化合物的优化
Izant等人于1984年首次提出反义寡核苷酸技术,该技术是根据
核酸间碱基互补原理,利用一小段外源性的人工或生物合成的特
异互补RNA或DNA片断,与靶细胞中的mRNA或DNA通过碱基
互补结合,通过这种寡核苷酸键抑制或封闭其基因的表达。与反
义寡核苷酸相似的是反义DNA,是用一小段人工会成的约8~23
碱基组成的脱氧核苷酸单链,与靶mRNA形成碱基配对的DNA-
S
可旋转键的数量不超过10个。(删去)
ADMET
ADMET (药物的吸收、分配、代谢、排泄 和毒性)药物动力学方法是当代药物设计和 药物筛选中十分重要的方法。
A:吸收 Absorption D:分配 Distribution M:代谢 Metabolism E :排泄 Excretion T: 毒性 Toxcity
3.综合技术平台
目前最快速的发现先导化合物的途径是被各国称为综合技术平台的方法, 简单说就是用液相串联质谱( LC MS/MS)作为化合物的分离和分析结构 的工具,与药理学、组合化学的高通量筛选、计算机辅助设计、分子生物学、 受体(酶)学,及化学基因组学等学科结合起来,可迅速而大量地确定具有 不同活性药物的基本母核(scaffold),作为先导化合物。
药物进入体内后发生的代谢过程实质上是药物在体内 发生的化学转化过程。 代谢失活:体内代谢的结果主要是产物降低或失去 活性,排出体外 代谢活化:有些药物却发生代谢产物活化或产生其 它新的作用,转化为保留活性、毒副作用小的代谢 物,这样的代谢产物可成为新的先导化合物。
生物电子等排体

生物电子等排原理在药学设计中的应用敬娟(西南交通大学生命科学与工程学院,四川成都610031)摘要:生物电子等排原理在药物设计和结构修饰中起着重要作用。
本文介绍了生物电子等排体的概念,分类以及常见的生物电子等排体在药物优化中应用。
关键词:生物电子等排体;药物设计;结构修饰中图分类号:R97Applications of Bioisosterism in Pharmaceutical DesignJingJuan(School of Life Science and Engerring,Southwest Jiaotong Universty,Chengdu,Sichuan,610031)Abstract: Bioisostere principle plays an important role in drug design and structural modification. Concepts and classifications of bioisosteres and applications of common bioisostere in drug optimization have been introduced in this paper.Key word: Bioisostere; drug design; structure modification我国医药生产多年来以仿制为主,为保障我国人民健康做出来出色贡献。
可是,随着我国经济的日益开放,我们必须将立足点逐渐转移到自己创制新药上来。
创制新药的战术,应先易后难。
将已有的药物或活性物质进行局部化学结构改造,一方面较易从事,另方面保持高效,开发另具特色新药的可能性较大[1]。
在药物结构改造中,生物电子等排体发挥着决定性的作用。
生物电子等排体除了常见的一价、二价、三价和四价原子与基团外,还包括环与非环结构、可交换的基团、基团反转。
第2章 药物设计基本原理和方法

S
肾损伤和粒细胞缺乏症
H3C S
HN N
H
N
NHCH3
NCN
西咪替丁 Cimetidine 1976
(CH3)2N
O
S
H
N
NHCH3
CHNO2
雷尼替丁 Ranitidine 1983
NH2 S
S
H2N
NN
NSO2NH2 NH2
法莫替丁 Famotidine 1986
二、先导化合物的发现
Approaches for lead discovery
Mechanism-based drug design
❖ 体内的组胺有多种生物活性,组胺的受体有 H1、H2等亚型,可产生不同的生理活性。
❖ 以H受体的配体组胺为先导化合物,保留乙 胺链,对咪唑部分进行改造,设计出了H1受 体拮抗剂,因而发展了H1受体拮抗剂类的 抗过敏药。
❖ 组胺作用于H2受体时,可刺激胃酸分泌。通 过研究H2受体的功能和组胺的结构后,以组 胺为先导物进行化学修饰,发现了H2受体 拮抗剂类抗溃疡药物,如西咪替丁 (Cimetidine)等,用于溃疡病的治疗。
异丙嗪的镇静作用
❖ 异丙嗪(Promethazine)是抗过敏药,研究其 构效关系时发现,将支链的异丙基用直链的丙基 替代时,抗过敏作用下降,而精神抑制副作用增 强,由此启发找到了新的先导化合物氯丙嗪 (Chlorpromazine)
S
N CH2CH(CH3)N(CH3)2
Promethazine异丙嗪(抗过敏药)
2、生物电子等排 Bioisosteris
❖ 电子等排体
▪ 元素周期表中同族元素最外层 的电子数目相等,它们的理化 性质亦相似
生物电子等排体在药物设计中的应用

生物电子等排体在药物设计中的应用船本11级药学1班谢海潭20119830144【前言】生物电子等排概念最初应回溯到1919 年。
当时Langmuir 用它解释具有相同原子数和相同价电子数的分子或离子在理化性质方面的相似性, 如O2-、F- 和Ne, N2和CO, N2O 和CO2, N3和NCO, 以及NO3-与CO32-等。
在这些相似分子和离子的基础上, 他确定了21 组电子等排体, 进一步推断这些分子的电子数目和排列状况也相同, 提出了电子等排体( isostere) 的概念, 即凡是具有相同数目的原子和相同数目电子, 并且电子排列状况也相同的分子、原子或基团( 离子) 称为电子等排体。
1925 年, Grimm结合了Hinsbeng 和Huckel 的环等价部分概念并加以扩展, 提出氢化物替代规律( hydride displacement law ) , 它的内容是: 从元素周期表中第Ⅳ主族起, 任何一种元素与一个或几个氢原子结合形成的分子或基团称为假原子( pseudoatom) , 即某一元素与一个或两个氢原子结合形成的假原子的性质与比它高1 族或2 族的元素相似。
1932 年, ERLENMEYER 将GRIMM定义的电子等排体进一步扩展到外围电子数目相等的原子、离子和分子, 并首先把电子等排概念与生物活性联系起来, 应用其解释电子等排体生物活性的相似性。
1947 年, Hansch 提出, 凡在同一标准的实验系统中能引起相似生化或药理作用的化合物均是电子等排体。
1951 年, Friendman 把有些分子或基团的理化性质与生物活性联系起来, 提出了生物电子等排及生物电子等排等新概念。
至此,电子等排体已经突破了应用在医药化学领域中的传统内涵。
1971 年, Arins 指出生物电子等排应是在许多类型化合物中可以相互替换的基团。
1979年, Thornber 综合了电子等排体的概念, 提出凡具有相似理化性质且由其产生广泛的相似生物活性的分子或基团都应是生物电子等排体[1]。
2015年1月31日《药物化学》简答题

2015年1⽉31⽇《药物化学》简答题1.为什么环磷酰胺的毒性⽐其它氮芥类抗肿瘤药物的毒性⼩?答:环磷酰胺是利⽤潜效化原理设计出来的药物。
由于氮原⼦上连有吸电⼦的磷酰基,降低了氮原⼦的亲核性,因此在体外对肿瘤细胞⽆效。
进⼊体内后,由于正常组织和肿瘤组织中所含的酶的不同,导致代谢产物不同。
在正常组织中的代谢产物是⽆毒的4-酮基环磷酰胺和羧基化合物,⽽肿瘤组织中缺乏正常组织所具有的酶,代谢途径不同,经⾮酶促反应β-消除(逆Michael加成反应)⽣成丙烯醛和磷酰氮芥,后者经⾮酶⽔解⽣成去甲氮芥,这三个代谢产物都是较强的烷化剂。
因此环磷酰胺对正常组织的影响较⼩,其毒性⽐其他氮芥类药物⼩。
2.6-APA发现的意义?3. 磺胺类药物发现的意义?4.磺胺类药物及抗菌增效剂的作⽤机制?5.简述代谢拮抗原理(抗代谢作⽤)。
答:所谓代谢拮抗就是设计与⽣物体内基本代谢物的结构有某种程度相似的化合物,使之竞争性地和特定的酶相作⽤,⼲扰基本代谢物的被利⽤,从⽽⼲扰⽣物⼤分⼦的合成;或以伪代谢物的⾝份掺⼊⽣物⼤分⼦的合成中,形成伪⽣物⼤分⼦,导致致死合成,从⽽影响细胞的⽣长。
例如:尿嘧啶是体内正常的嘧啶碱基,其掺⼊肿瘤组织的速度⽐其它嘧啶快,利⽤⽣物电⼦等排原理,以氟原⼦代替尿嘧啶5位上的氢原⼦,得到氟尿嘧啶。
由于氟尿嘧啶和尿嘧啶的化学结构⾮常相似,在代谢过程中能在分⼦⽔平代替正常代谢物尿嘧啶,抑制了胸腺嘧啶合成酶,从⽽⼲扰了DNA的合成,导致肿瘤细胞死亡。
6.什么是先导化合物?答:先导化合物(Lead Compound )是指有独特结构的具有⼀定活性的化合物。
即可以⽤来进⾏结构改造的模型,从⽽获得预期药理作⽤的药物。
亦称模型化合物。
简称先导物,⼜称原型物,是通过各种途径得到的具有⼀定⽣物活性的化合物。
⼀般⽽⾔,先导化合物的发现是新药研究的起始点。
先导化合物的发现有多种途径和⽅法。
7.什么是药物的化学结构改造?什么是药物的化学结构修饰?答:化学结构改造——利⽤各种化学原理,将药物化学结构加以衍化或显著改变,以寻求新药的⽅法。
基于生物电子等排体的药物设计.doc

基于生物电子等排体的药物设计1.生物电子等排体的概念生物电子等排体的概念脱胎于物理化学家Langmuir 在1919年提出的化学电子等排体的概念。
狭义的电子等排体是指原子数、电子总数以及电子排列状态都相同的不同分子或基团。
如N 2与CO ;CH 2=C=O 与CH 2=N=N 等。
广义的电子等排体是指具有相同数目价电子的不同分子或基团,不论其原子及电子总数是否相同。
如-F 、-OH 、-NH 2;-O-、-CH 2-、-NH-等。
近代生物电子等排体的概念认为:生物电子等排体不仅应具有相同总数外层电子,还应在分子大小、形状(键角、杂化度)、构象、电子分布(极化度、诱导效应、共轭效应、电荷、偶极等)、脂水分布系数、pKa 、化学反应性(代谢相似性)和氢键形成能力等方面存在相似性。
这些参数并不要求完全相似,仅在某些重要参数上相似即可。
2.生物电子等排体的分类1970年,Alfred Burger 等人将生物电子等排体分为经典的生物电子等排体与非经典的生物电子等排体两大类。
经典的生物电子等排体包括,一价原子和基团(如-OH 与-NH 2)、二价原子与基团(如-CH 2-与-O-)、三价原子与基团(如=N-与=CH-)、四价原子与基团(如=C=与=Si=)。
非经典的生物电子等排体包括,环与非环结构、可交换的基团(如羧基与四氮唑)、基团反转(如-COOR 与-OCOR )。
非经典的生物电子等排体,即前述的近代生物电子等排体概念,它不是简单地满足经典生物电子等排体的立体性和电性规则。
3.生物电子等排体在药物设计中的应用举例 3.1 一价原子或基团的取代 在抗炎药的研究过程中,人们一直致力于寻找选择性的环氧合酶-2(COX-2)抑制剂。
先导化合物SC-58125(化合物1)具有很高的COX-2选择性和抑酶活性,但其半衰期却超过200小时,将其结构中的-CH 3用-NH 2取代,-F 用-CH 3取代,得到化合物celecoxib (化合物2),于1999年由辉瑞/西尔公司引入巴西市场,用于治疗类风湿性关节炎和其他炎症,成为第一个选择性的非甾体抗炎药,且无胃刺激性的副作用。
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➢2.4.1.1 血管紧张素II受体拮抗剂
✓坎特沙坦分子中含有两个酸性基团-羧基和四氮唑 基,胃肠道吸收性差。将羧基制成碳酸-羧酸酯前药 后,提高了生物利用度,为长效降压药。
N
NN
N O C2 H5 N NH
CO2 H
Candsartan
O CH3
N
NN
N O C2 H5 N NH
OOOO
Prodrug
影响临床应用的药效学性质:
✓选择性不高所造成的副作用。
➢构建前药的设计策略:
要针对需要克服的原药缺点,并确定达到 最大效应或最大转运效果的物化性质,同 时确定前药的载体结构及所具有的物化性 质,在希望的靶器官处释放原药。
➢所设计的前药应具有:
✓在原药的最适宜功能基处键合载体基团。 ✓原药与载体的连接键应是化学稳定的,在体内经酶或非酶。 ✓作用释放出原药,为此应明确前药在体内的活化机理。前。 ✓药应容易合成和纯化。 ✓应当在体内定量地转变成原药,且转变的速率应当有足够 的反应动力学,以保持靶器官有准备的作用浓度。 ✓前药和裂解掉的载体分子应无生物活性。
SO3 K
O
O
O
(CH3)3 CCO CH2 OPO CH2 O CC(CH3)3 O
SO3 K
BM S-187745
BM S-188494
➢2.4.2 增加水溶性的前药
+
H3 CN C H3
C O O-
10
H3 C N H2
+
H3 CN
C O O-
Байду номын сангаасC H3
11
H3 C N H2 C O O-
H3 C C H3
12
➢3.5 环和非环的电子等排体 ➢雌激素激动剂 ➢雌二醇的开环类似物已烯雌酚同样具有雌激素活性。为了 维持两个酚基和两个乙基在空间适宜的配置,以便与雌激素 受体结合,已烯雌酚分子中间的反式双键是非常重要的。
SO2NH2
➢3.4 四取代原子的电子等排体
➢包括:季碳和季硅原子、季铵、季磷、季砷离子等,其中 最常见于季碳原子替代季氮离子。 ➢肉碱酰基转移酶(CAT)抑制剂有望用于治疗糖尿病。将 肉碱(10)的羟基用氨基置换得化合物(11),再进一步 用叔丁基替代三甲铵基得(12),均对CAT有抑制作用。
H3 C O H
影响临床应用的药剂学性质:
➢化学不稳定性; ➢溶解性不佳; ➢患者难以接受的味道或气味; ➢引起刺激性或疼痛。
➢影响临床应用的药代动力学性质:
✓吸收性:难以穿越细胞膜或血脑屏障,不易吸收; ✓首过效应:在进入血液循环前被代谢转化; ✓长效性:吸收或消除太快,能以发挥长程治疗作用; ✓毒性:局部刺激或不适当的分布引起副作用; ✓较低的特异性分布。
OH OH
§2.4 前 药 原 理
➢前药(Prodrug):是指体外活性较 小或无活性,在体内经酶促或非酶化 学反应,释放出活性物质而发挥药理 作用的化合物。
➢前药原理(Prodrug):为了改善药物的药 剂学、药代动力学或药效学性质,将药物(原 药)与某种载体经化学键连接,形成新的物质, 改变了原药的物理化学性质,在克服了原药药 学或药代动力学的缺点和障碍后,在体内经酶 促或非酶化学反应,转变成原药而发挥药效。
➢3.3.2.1 H1受体拮抗剂 ➢芬苯扎胺(7)、曲吡那敏(8)、美沙吡林(9) 均是H1受体拮抗剂。
N N
7
N N
N
8
N N
N
S 9
➢3.3.2.2 沙星类抗菌药 ➢诺氟沙星和伊诺沙星也是环中-CH=与N=的变换,二者均保持较高抗菌活性。
F
N HN
O CO2H
N C2H5
O
F
CO2H
NNN
HN
➢2.4.1.2 抗病毒药物
➢阿地弗韦是抗乙肝和HIV病毒药物,它的作用环节是抑制病 毒的逆转录酶。由于分子中含有游离的带有电荷的膦酸基不 利于吸收,制成双新戊酰氧甲基酯前物后,增加了脂溶性, 提高了生物利用度。
NH2
N
N
NN
O O PO
O Adefovir
NH2
N
N
NN
O OCH2OCC(CH3)3
C2H5
➢3.3.2.3 H2受体拮抗剂
H N
CH3
S N
CN N N N CH3 HH
Cimetidine
CH3
H3C N
S
O
Ranitidine
NO2 N N CH3 HH
CH3 S
H3C N
S
N
Nizatidine
N NO2
NH2 S
N N CH3
H2N
N
N
S
HH
Famotidine
NH2 N
O
P
O O
Adefovir
OCH2OCC(CH3)3
➢2.4.1.3 角鲨烯合成酶抑制剂
BMS-187745 是角鲨烯合成酶抑制剂,能抑制胆固醇 的合成。但由于分子中含有膦酸基和磺酸基,存在多 个电荷,口服难以吸收,制成双酯( BMS-188494 ) 增加了在脂相中的分配性,提高了生物利用度。
O KOPO K O
地昔帕明(3)、去甲替林(4)和普罗替林 (5)是三环类抗精神病药,相互之间是三价原 子等排变换。
N 3
NCH3 CH3
NCH3 CH3 4
NCH3 CH3 5
3.3.2 芳香环等排体
➢在芳环和芳杂环之间的变换常涉及三价原子或片 段的等排替代,其中苯环与吡啶环变换更为常见。 用吡啶环替换苯环,可增加分子的极性和成盐。
药物设计原理和方法 三价基团的电子等排体
➢3.3.1 脂肪族三价等排体
➢最常见的三价电子等排体是-CH=与-N=的变换, 广泛应用于新药设计中。
➢3.3.1.1 胆固醇 胆固醇的C20和C25被N替换,得化合物(2) 是体内胆固醇生物合成的强效抑制剂。
HO
Cholesterol
HO
N N
2
➢3.3.1.2 抗抑郁药
➢适宜衍生化的功能基及衍生化物:
✓醇羟基或酚羟基可衍生成酯或活泼醚; ✓羧基可衍生成酯或酰胺; ✓氨基(包括胺、酰胺和亚胺)可衍生成烷氧 羰 ✓酰胺
➢2.4.1 提高生物利用度的前药
✓若原药分子中含有羟基、羧基或磷酸基,会因极 性强或带有电荷而难以吸收。应用前药原理引入 酯键可提高脂溶性,改善了脂/水分配系数,有利 肠道吸收,或克服了首过效应。
OH
HO
HO
OH
HO
HO
OH HO
OH HO
OH OH
➢3.5 环和非环的电子等排体 ➢雌激素激动剂 ➢雌二醇的开环类似物已烯雌酚同样具有雌激素活性。为了 维持两个酚基和两个乙基在空间适宜的配置,以便与雌激素 受体结合,已烯雌酚分子中间的反式双键是非常重要的。
OH
HO
HO
OH
HO
HO
OH HO
OH HO