全基因组序列的系统发育与重组分析鉴定我国马铃薯Y病毒株系
植物物种全基因组的测序与分析
植物物种全基因组的测序与分析随着现代生物技术的不断发展和完善，越来越多的研究者开始将目光放在了植物的基因组测序和分析上。
植物物种的全基因组测序和分析可以帮助我们更好地了解植物的生长和发育规律，发现新的基因和蛋白质，促进植物育种和改良等方面的应用。
本文将从植物基因组测序和分析的意义、方法和应用等方面进行探讨。
一、植物基因组测序的意义植物基因组测序是现代遗传学和分子生物学领域的一项重要研究内容。
通过对植物基因组的测序和分析，可以为植物学、农业和生态学等方向的研究提供重要的基础数据。
首先，全基因组测序能够为我们提供大量的基因序列信息。
通过基因组测序，可以获得植物基因组的完整序列信息，为后续的基因鉴定、新基因发现、基因功能研究等提供基础，为植物学的研究提供了更全面的基础知识。
其次，基因组测序有助于发现新基因。
通过基因组测序，我们可以获取所有基因序列的信息，并进行比对分析，以发现新的、以前未知的基因，这对于数据驱动型的生物学研究具有重要的意义。
此外，基因组测序还可以促进生物信息学领域的发展。
基因组测序技术和生物信息学处理技术的结合，可以更好地研究基因与生态之间的关系，为生态学和植物保护提供更多的数据支撑。
二、植物基因组测序的方法目前，植物基因组测序主要采用Illumina高通量测序技术、 PacBio和Nanopore第三代测序技术、等温测序技术以及荧光原位杂交技术等方法。
其中，Illumina高通量测序技术是全球最为普遍的测序平台之一，其分辨率高、准确率高、数据量大，可以快速、高通量地测序，成为植物基因组测序的主流技术之一。
而PacBio和Nanopore第三代测序技术主要具有长读长和高准确性的特点，能够获得更全面的基因组序列信息，用于高质量的基因组组装。
等温测序和荧光原位杂交技术等方法也可以用于获得植物基因组信息。
在选择测序平台时，需要根据样品的特性、分辨率、数据量、费用等多个方面进行综合评估。
三、植物基因组测序的应用植物基因组测序的应用范围十分广泛，涉及到植物学、种质资源保护、农业种植和育种等多个领域。
PVY株系间的分子变异及分子鉴定方法
（１ 黑 龙 江八 一 农 垦大 学 ，黑 龙 江 ． 大庆 １３ １ ；２ 河 南 工 业 大 学 生 物 工程 学 院 ，河 南 ６３９ ． 郑州 ４ ００ ５ ０ １）
摘
要：马铃薯 Ｙ病毒（ｏａ ｍｓ ’ Ｖ ）株 系分化现象明显 ，难于准确鉴定。本研究利用核酸序列分析工具 Ｐｔｔｖ Ｐ Ｙ ｏｉ Ｙ
（ｏａ ｂ ｒ ｅ ｒ ｉ ｒ ｇｐ ｔ ｉ ａｅ Ｔ Ｒ ） Ｐ ｔｔ ｔ ｅ ｃｏ ｃ ｉ ｓｏ ｄｓ ｓ ，Ｐ Ｎ Ｄ ，在 ｏ ｕ ｎ ｔ ｎ ｅ
Ｋ ｙＷ ｏｄ ： ｏ ａｏｖｒ ｓＹ： ｔ ｉ； ｌｃ ｌｒ ａｒ ｔ ｎ ｍｏｅ ｕａ ｅ ｔ ｃ ｔ ｎ ｅ ｒ ｓ ｐ ｔｔ ｉ ｓ ｒ ｎ ｍｏｅ ｕａ ｉ ｉ ； ｌｃ ｌｒｄ ｎｉ ａｉ ｕ ａ ｖ ａｏ ｉ ｉ ｆ ｏ
马 铃 薯 Ｙ病 毒 （ ｏ ｔ ｖｒｓＹ Ｐ Ｙ） 马 铃 薯 Ｐｔ ｏ ｉ ， Ｖ 是 ａ ｕ
ｃ ｎ ｌｇ ｎ ｓｏ ｉｅｅ ｔ ｐ ａ ｄｐ ｅ ｅ ｆ ｆ ｒｎ ｄ ＰＶＹ ｓ ｒ ｉｓ ｗｅ ｅ ａ ａｌｚ ｄ ｗｉ ｆ ｒ ａ ｉｓ ｔ ｏｌ， ｄ ｔ ｅ ｍｏ ｅ ｕ ａ ａ ｉ ｔ ｈ ｒ ｃ ｅ ｓ ａ ｔａ ｎ ｒ ｎ ｙ ｅ ｔ ｉ ｏ ｍ ｔ ｏ ｓ ａｎ ｌ ｃ ｌ ｒ ｒ ｉ ｃ ａ ａ ｔ ｒ ｍｏ ｇ ｈｎ ｃ ｈ ｖ ａ ｏｎ ｎ ｄｆｅ ｅ ｔ ｉ ｒ ｎ ＰＶＹ ｓ ｒ ｎ ｒ ｒ ｖ ｄ ｕ ．ｔ ｓｃ ｎ ｒ ｅ ａ ｅ ｎ ｃｅ ｔ ｅ ａ ０ ｎ ｉ ｓａ ｄ ８ ｔ ｉ ｓｉ ｐｇ ｎ ｓｄ ｆ ｒ ｎ ｔ ａｉｓｗｅ ｐ ｏ ｅ ｐ Ｉｗａ ｏ ｆ ｍ ｄｔ ｔ ｈ ｕ ｌｏ ｉ ｔ ｔ ｔ ｎ ６ ｎ ｔ ｃ ｅ ｅ ｗａ ｉ ｅ ｅ ｔ ｅ ｉ ｈ ｔ ｄ ５ ｓｅ ｓｅ ｎ
近5_年马铃薯基因组及重要性状基因研究进展
宁夏农林科技，Ningxia Journal of Agri.and Fores.Sci.&Tech.2023，64（11）：6-11基金项目：马铃薯育种专项（2019NYYZ01-2）、国家自然科学基金（32260504）、宁夏自然科学基金（2021AAC05015）、宁夏回族自治区农业科技自主创新专项科技创新引导项目（NKYG-22-02）。
作者简介：巩檑（1981—），男，宁夏石嘴山人，理学博士，副研究员，主要从事马铃薯分子育种相关研究。
收稿日期：2023-09-06习近平总书记指出，“中国人的饭碗必须牢牢地端在自己手里”。
马铃薯具有适应性广、高产潜力大、营养全面等多种优势，不仅是三大主粮作物之外的重要补充，而且因主食和加工产品产业开发前景十分广阔，将给我国粮食安全提供更多保障。
我国70%左右的马铃薯集中种植于资源条件有限的西北、西南等地区，作为当地重要的粮食作物、经济作物和饲料作物，为地区经济发展贡献重要力量，已成为重要的支柱产业。
国家统计数据显示，自2015年我国农业部启动马铃薯主粮化战略以来，全国种植面积稳定在475.8万hm 2左右，单产逐年上升，2019年平均单产为3804.7kg/hm 2（折合原粮）。
2022年，我国马铃薯制品进出口总额5.41亿美元，其中出口4.24亿美元。
马铃薯产业对巩固脱贫攻坚成果、促进乡村产业振兴、粮食安全战略保障国家经济安全等方面均具有重要意义。
近5年马铃薯基因组及重要性状基因研究进展巩檑宁夏农林科学院农业生物技术研究中心，宁夏银川750002摘要：马铃薯是保障我国粮食安全的重要补充。
高质量的参考基因组和重要性状形成基因是分子育种工作的两个核心要素。
相对于水稻、小麦、玉米等作物分子育种的迅猛发展，马铃薯还处于常规育种向分子育种的转型阶段，尤其需要构建高质量参考基因组，挖掘并充分利用重要性状调控基因在辅助育种中的作用。
简要总结了近5年上述两方面的国内外研究现状和重要成果，简要分析了我国马铃薯分子育种面临的瓶颈问题，以期为马铃薯遗传育种等研究提供参考。
马铃薯Y病毒的株系种类、分子特征及鉴定方法研究进展
马铃薯Y病毒的株系种类、分子特征及鉴定方法研究进展吴兴泉;李月;孙强;李萌萌;王梦科【摘要】There are many strains of potato virus Y ( PVY ) identified in the last few decades. As molecular technology and immunity technology were applied in the identification of the PVY strains, a series of strain identification methods were developed. Here the types of the strains and substrains, molecular characters and the identification methods of PVY are reviewed.%马铃薯Y病毒( PVY)株系分化现象明显，具有多个株系类型。
随着分子生物学技术和免疫学技术逐渐被引入PVY的株系鉴定中，产生了一系列的株系鉴定方法。
为此，对PVY的主要株系、亚株系的种类及分类依据、分子特征以及近年来应用于PVY株系鉴定的传统生物学方法、分子生物学方法、免疫学方法等进行了综述。
【期刊名称】《河南农业科学》【年(卷),期】2015(000)003【总页数】4页(P5-8)【关键词】马铃薯Y病毒;株系;分子特征;鉴定【作者】吴兴泉;李月;孙强;李萌萌;王梦科【作者单位】河南工业大学生物工程学院，河南郑州450001;河南工业大学生物工程学院，河南郑州450001;黑龙江北大荒农业股份有限公司八五四分公司，黑龙江虎林158403;河南工业大学生物工程学院，河南郑州450001;河南工业大学生物工程学院，河南郑州450001【正文语种】中文【中图分类】S435.32马铃薯Y病毒(potato virus Y, PVY)是马铃薯上危害最严重的病毒之一，可造成马铃薯严重减产。
马铃薯六种主要病毒通用RT-PCR检测体系的建立
马铃薯六种主要病毒通用RT-PCR检测体系的建立张威;白艳菊;景芝;范国权;高艳玲;申宇;张抒;孟宪欣;王军【摘要】马铃薯X病毒（PVX）、马铃薯Y病毒（PVY）、马铃薯S病毒（PVS）、马铃薯卷叶病毒（PLRV）、马铃薯M病毒（PVM）和马铃薯A病毒（PVA）是马铃薯生产田中发生率较高、危害较严重的病毒，因此，建立特异性强、灵敏度高、检测速度快的RT-PCR分子检测体系对保障马铃薯种薯质量具有非常重要的意义。
试验筛选了6种病毒的特异引物、优化了PCR部分的试剂以及确定了退火温度。
结果表明，当Mg2+浓度为2.6 mmol/L、dNTPs浓度为0.1mmol/L、Taq DNA聚合酶浓度为0.03 U/μL，以及退火温度为55.5℃时反应体系最稳定。
最终，建立了一套通用RT-PCR检测体系，只需要变换每种病毒的引物，就可以实现对PVX、PVY、PVS、PLRV、PVM和PVA病毒的RT-PCR检测。
每种病毒检测灵敏度均能达到pg以上。
%The higher incidence and more serious viruses in potato fields are potato virus X (PVX), potato virus Y (PVY), potato virus S (PVS), potato leafroll virus (PLRV), potato virus M (PVM), and potato virus A (PVA), so it is very important to guarantee the quality of seed potato by establishment of RT-PCR molecular detection system with specificity, high sensitivity and fast detection speed for these viruses. In this research, the primer for each virus was screened, PCR reagents were optimized, and annealing temperature was determined. The results indicated that when the concentration of Mg2 + was 2.6 mmol/L, dNTPs was 0.1 mmol/L, Taq DNA polymerase was 0.03 U/μL, and annealing temperature was 55.5℃, the reaction system was the most stable. Finally, a universal RT-PCR detection system was established, which only need tochange primer for each virus when the RT-PCR detection for PVX, PVY, PVS, PLRV, PVM and PVA was needed. The detection sensitivity of each virus could reach the level of pg.【期刊名称】《中国马铃薯》【年(卷),期】2015(000)004【总页数】6页(P222-227)【关键词】马铃薯;PVX;PVY;PVS;PLRV;PVM;PVA【作者】张威;白艳菊;景芝;范国权;高艳玲;申宇;张抒;孟宪欣;王军【作者单位】黑龙江省农业科学院植物脱毒苗木研究所，黑龙江哈尔滨 150086;黑龙江省农业科学院植物脱毒苗木研究所，黑龙江哈尔滨 150086;东北农业大学农学院，黑龙江哈尔滨 150030;黑龙江省农业科学院植物脱毒苗木研究所，黑龙江哈尔滨 150086;黑龙江省农业科学院植物脱毒苗木研究所，黑龙江哈尔滨150086;黑龙江省农业科学院植物脱毒苗木研究所，黑龙江哈尔滨 150086;黑龙江省农业科学院植物脱毒苗木研究所，黑龙江哈尔滨 150086;黑龙江省农业科学院作物育种研究所，黑龙江哈尔滨 150086;北大荒垦丰种业股份有限公司，黑龙江哈尔滨 150090【正文语种】中文【中图分类】S532马铃薯是世界上最重要的粮食作物之一，具有分布范围广、适应性强、产量高、用途广等特点。
2024年沪教版选修3生物上册月考试卷598
2024年沪教版选修3生物上册月考试卷598考试试卷考试范围：全部知识点；考试时间：120分钟学校：______ 姓名：______ 班级：______ 考号：______总分栏题号一二三四五总分得分评卷人得分一、选择题(共7题，共14分)1、将一黑色公绵羊的体细胞核移入到一白色母绵羊去除细胞核的卵细胞中，再将此细胞植入一黑色母绵羊的子宫内发育，生出的小绵羊即是“克隆绵羊”。
那么此“克隆绵羊”为A. 黑色公绵羊B. 黑色母绵羊C. 白色公绵羊D. 白色母绵羊2、治疗性克隆有希望最终解决供体器官的短缺和器官移植出现的排异反应。
下图表示治疗性克隆的过程；下列说法正确的是。
A. 上述过程利用了动物体细胞融合技术B. 上述过程实现了动物细胞的全能性C. 胚胎干细胞的不断增殖和分化潜能保证①过程的进行D. ①、②过程不进行DNA复制和蛋白质合成3、基因工程培育的“工程菌”通常经发酵工程生产的产品有（）①石油②人生长激素③紫草素④聚乙二醇⑤胰岛素⑥重组乙肝疫苗A. ①③⑥B. ②⑤⑥C. ③⑤⑥D. ②③⑤4、下列有关生物技术应用的叙述，不正确的是（）A. 利用植物组织培养技术培育花药获得单倍体植株B. 利用转基因技术把正常基因导入病人细胞进行基因治疗C. 将α-抗胰蛋白酶基因转入乳腺细胞培育乳汁中含有该酶的转基因羊D. 将愈伤组织细胞进行诱变处理并筛选得到抗盐碱的烟草新品种5、在基因工程的步骤中，不进行碱基互补配对的是（）A. 制备重组DNA分子B. 分子杂交技术C. 人工合成目的基因D. 目的基因导入受体细胞6、科学家将含有人体α-抗胰蛋白酶基因的表达载体注射到羊的受精卵中，该受精卵发育的雌羊乳汁中含有α-抗胰蛋白酶。
上述过程一般不会发生（）A. α-抗胰蛋白酶基因与载体间基因重组B. α-抗胰蛋白酶基因在乳腺细胞中大量扩增C. RNA聚合酶识别乳腺特异表达基因的启动子D. 乳腺细胞的高尔基体分泌α-抗胰蛋白酶7、禾本科三倍体具有重要的育种价值，下图表示利用三倍体获得新品种的四种方式。
马铃薯Y病毒株系分化研究进展
株 系分化情 况等 方 面对 目前 Ｐ Ｙ 株 系分化 方 面 已取得 的研 究进展 进 行 了综述 。 Ｖ
关 键词 ：马铃 薯 Ｙ 病毒 ； 系；分化 ；鉴定 方法 株
（ 南工业大学 生物工程学院 ， 南 郑州 ４００） 河 河 ５ ０ １
摘 要 ：马铃 薯 Ｙ病毒 （ ＶＹ） 我 国马铃 薯上 最 重要 的病 毒之 一 ， 布广 泛 ， 害严 重 。Ｐ Ｐ 是 分 危 ＶＹ 株 系
分化 现 象 明显 ， 已被 广 泛认 同的 Ｐ ＶＹ株 系种 类 包括 ３种 ： ＶＹ ｔ Ｐ 。株 系、 ＶＹ Ｐ 株 系和 Ｐ 株 系。 ＶＹ 近年 来 ， 有很 多研 究表 明 ， ＶＹ 可通 过基 因突变或基 因重组等 方式 分化 出多种 不 同类 型 的株 系， Ｐ 引
铃 薯 Ｙ 病毒 （ ｏａｏｖｒ ｓ Ｐ Ｙ） 马铃 薯上 最常 ｐ ｔｔ ｉ ｕ Ｙ， Ｖ 是
１ Ｐ ＶＹ株 系种类及 各株 系的主要特 征
目前 ， 已被广 泛认 同 的 Ｐ Ｙ株 系种类 包括 ３ ： Ｖ 种 Ｐ 。株 系 、 ｖｙ ＶＹ ｐ Ｎ株 系和 ｐ ｃ株 系 。ｐ ｙ 系 ＶＹ ｖ （株
中图分 类号 ： ３ Ｑ９ ３ 文献 标识 码 ：Ａ 文章编 号 ： ０ ４ ２ ８ ２ １ ） ０— ０ ０— ３ １ ０ —３ ６ （ ０ １ １ ０ １ ０
Ｐｒ ｇ ｅ ｓｏ ｆｅ ｅ ｔａ ｉｎ ｏ ｔ ｔ ｉｕ Ｓ ｒ ｉ ｓ ｏ ｒ ｓ ｎ Ｄｉ ｒ ｉｔ ｆＰｏ ａ ｏ Ｖ ｒ ｓＹ ｔａｎ ｆ ｎ ｏ
Ｋｅ ｏ ｄ ：Ｐ ｔ ｔ ｉ ｓＹ （ ＶＹ）；Ｓ ｒ ｉ｛Ｄｉ ｅ ｅ ｔ ｔｏ ｙ ｗ ｒ ｓ ｏ ａ ｏｖｒ Ｐ ｕ ｔａｎ ｆ ｒ ｎ ｉ ｉｎ；Ｄｅｅ ｔｏ ｔ ｏ ｆ ａ ｔ ｃｉｎ ｍｅｈ ｄ
贵州黔南烟草马铃薯Y病毒(PVY)株系的血清学鉴定
贵州黔南烟草马铃薯Y病毒(PVY)株系的血清学鉴定罗红香;李余湘;刘会忠;徐明勇;王林玉;赵中汇;何玉安;李章海;江彤【摘要】2010年从贵州省黔南州烟草产区共采集201个表现明显马铃薯Y病毒病症状的烟草样本.采用Tas-ELISA检测PVY的3个株系PVYN、PVYO和PVYC.结果显示,201个样本中共检测出171个样本受到PVY侵染,其中PVYN 37个,占21.6%；PVYO 133个,占77.8%；PVYC 0个,PVYN和PVYO复合侵染1个,占0.6%.PVY株系分布具有一定规律,侵染黔南州烟草的PVY以PVYO为主要株系,PVYN侵染相对较少,为次要株系,所有样本均没有检测到PVYC侵染,复合侵染零星发生.%10.3969/j.issn.1007-5119.2012.05.011【期刊名称】《中国烟草科学》【年(卷),期】2012(000)005【总页数】3页(P60-62)【关键词】贵州;烟草;马铃薯Y病毒;ELISA;株系鉴定【作者】罗红香;李余湘;刘会忠;徐明勇;王林玉;赵中汇;何玉安;李章海;江彤【作者单位】贵州省黔南州烟草公司,贵州都匀 558000;贵州省黔南州烟草公司,贵州都匀 558000;贵州省黔南州烟草公司,贵州都匀 558000;贵州省黔南州烟草公司,贵州都匀 558000;贵州省黔南州烟草公司,贵州都匀 558000;贵州省黔南州烟草公司,贵州都匀 558000;贵州省黔南州烟草公司,贵州都匀 558000;中国科学技术大学烟草研究中心,合肥 230051;安徽农业大学植保学院,合肥 230036【正文语种】中文【中图分类】S572.08马铃薯Y病毒（Potato virus Y，PVY）是马铃薯Y病毒属（Potyvirus）的典型成员，能侵染烟草、马铃薯、番茄和辣椒等多种茄科作物[1]。
根据PVY的鉴别寄主症状反应和血清学反应类型，进一步将其划分为多个株系，常见的有PVYO、PVYN和PVYC等株系。
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全基因组序列的系统发育与重组分析鉴定我国马铃薯Y病毒株系蔡伟;杨宏凯;沈建国;邹文超;高芳銮【摘要】To investigate the composition and distribution of Potato virus Y (PVY) strains across different hosts in China, phylogenetic and recombination analyses were studied using 31 complete coding sequences in PVY isolates.Phylogenetic analysis revealed that the NJ and ML bootstrap trees had broadly similar topologies, in which 6 isolates ofGF_YL20, FZ10, DF, SD1, 1116 and 9703-3 are divergent from all known PVY strains and the remaining isolates from the same strain tended to group together with high bootstrap supports, showing a distinct strain feature among PVY isolates.Significant recombination signals were identified in 28 out of the 31 PVY isolates and the majority of them classified to PVYN-Wi, PVYNTN and PVYNTN-NW.Further analysis showed that 5 isolates of 1104, DF, SD1, 1116 and 9703-3 are novel N×O recombinants.Results from the composition and distribution of PVY strains indicated that recombinant strains were dominant in the PYV isolates in China.Thus, it is important to monitor the development of these recombinants in practice.The above results showed that all PVY isolates could be distinguished accurately using phylogenetic combined with recombination analyses.%为明确我国马铃薯 Y 病毒(Potato virus Y,PVY)株系组成及其在不同寄主上的分布特征,文章对31条PVY中国分离物的基因组编码区进行了系统发育及重组分析.系统发育分析结果显示,最大似然法(maximumlikelihood, ML)和邻接法(neighbor-joining,NJ)重建的系统发育拓扑结构基本一致,GF_YL20、FZ10、DF、SD1、1116和9703-3等6个分离物均未与已知株系相聚,其他株系来源相同的分离物以较高的自展值相聚成簇,显示出较强的株系特异性.重组分析显示, 31个PVY分离物中,共有28个PVY分离物均检测到具有显著的重组信号,这些分离物主要包括PVYN-Wi、PVYNTN和PVYNTN-NW三种株系.进一步分析显示,分离物1104、DF、SD1、1116和9703-3为未报道过的PVY新重组分离物.株系统计结果显示PVY重组株系已上升为优势株系,生产上需要密切注意这些株系,尤其新重组分离物的发展动态.以上结果表明,综合应用PVY全基因组序列的系统发育和重组分析,可以实现PVY株系的准确鉴定.【期刊名称】《激光生物学报》【年(卷),期】2017(026)004【总页数】10页(P350-359)【关键词】马铃薯Y病毒;系统发育分析;重组分析;株系鉴定【作者】蔡伟;杨宏凯;沈建国;邹文超;高芳銮【作者单位】福清出入境检验检疫局综合技术服务中心, 福建福清 350300;福建农林大学植物保护学院,福建福州 350002;福建农林大学植物保护学院,福建福州350002;福建出入境检验检疫局检验检疫技术中心, 福建福州 350001;福建出入境检验检疫局检验检疫技术中心, 福建福州 350001;福建农林大学植物保护学院,福建福州 350002;福建农林大学植物保护学院,福建福州 350002【正文语种】中文【中图分类】S435.32马铃薯在保障我国粮食安全、促进农业增效和农民增收等方面的重要作用日趋突显，其中马铃薯病毒病，尤其马铃薯 Y 病毒(Potato virus Y，PVY)是制约马铃薯和烟草可持续生产的主要因素之一。
随着国家马铃薯主粮化战略的实施，我国马铃薯的种植面积不断增加，PVY在我国发生也日益普遍[1]，并呈现进一步扩散的趋势。
该病毒株系繁多，除了常见的PVYO、PVYN、PVYN-Wi和PVYNTN外[2,3]，具有PVYN-Wi和PVYNTN重组特征的PVYNTN-NW株系在我国多个省份也相继被报道[4,5]。
不同的PVY株系对马铃薯和烟草造成的损失程度不同，如：PVYNTN和PVYNTN-NW株系侵染马铃薯后引起马铃薯块茎坏死环斑病(potato tuber necrotic ringspot disease, PTNRD)，直接影响马铃薯品质，造成严重的经济损失[6]；而PVYN株系侵染烟草后导致烟草叶脉坏死，大幅降低烟草的产量和品质，已成为阻碍烟草生产的主要病毒之一[7]。
因此，准确鉴定我国PVY的株系类型有助于了解PVY的发生、流行情况，对可持续的病毒病防控具有重要的指导意义。
PVY属于马铃薯Y病毒属(Potyvirus)成员，寄主范围广，除了可以侵染马铃薯、烟草和番茄等茄科作物外，还可以危害马兰(Kalimeris indica)等植物 [8]。
该病毒在自然条件下主要通过蚜虫以非持久性方式传播，但也可以通过汁液摩擦、嫁接等机械传播 [9]。
PVY基因组由正单链 RNA 组成，开放阅读框(open reading frame，ORF)1编码的多聚蛋白(polyprotein)经过自身编码的3 个蛋白酶切割后，得到 P1、HC-Pro、P3 等10个蛋白；ORF2编码的PIPO蛋白是在P3蛋白内由移码翻译(reading frame shift)产生[10,11]。
基因组翻译策略的多样化使得不同PVY株系的基因组结构也呈现出相应的多样性。
随着农产品贸易全球化的深入，马铃薯种薯和成品贸易日趋频繁，新PVY重组分离物不断被衍生[12-14]，给PVY 株系的准确鉴定带来了极大的困难。
多重RT-PCR方法是生产上鉴定PVY株系应用较广的检测方法。
它适用于检测单一或混合侵染PVY的样品，可以快速检测包括PVYNTN-NW株系在内的常见株系[15]，但对新重组分离物的检测却无能为力。
由于PVY株系不断分化，为了获得更为精确、可靠的结果，Adams 等[16]建议通过PVY全基因组序列的系统发育分析确定株系归属，如：Chang 等[17]利用系统发育分析鉴定了一株PVYN-Wi 株系的CF_YL21分离物。
为明确PVY的株系组成及其在不同寄主上的分布特征，本文拟通过PVY全基因组的系统发育分析结合重组分析，准确鉴定出我国主要的PVY株系，为PVY的流行以及制定防控策略奠定坚实的理论依据。
1.1 材料本研究采用的31条PVY中国分离物全基因组序列由GenBank检索获得，数据的时间跨度为2007-2015年，涵盖了马铃薯(Solanum tuberosum)、烟草(Nicotiana tabacum)和番茄(Solanum lycopersicum)三种寄主，地区遍布我国8个省(或自治区)，具体信息如表1所示。
应用 MAFFT [18] 对31 条 PVY全基因组序列进行多重序列比对，裁去两端的非编码区(untranslated regions, UTRs)序列，多聚蛋白编码区序列采用MEGA 5 [19]中的MUSCLE算法 [20]基于密码子(Codon)方式进行比对。
1.2 方法1.2.1 系统发育分析为明确我国PVY分离物的进化关系，分别采用最大似然法(maximum likelihood, ML)和邻接法(neighbor-joining，NJ)构建系统发育树。
同时，另外30条已知株系的PVY分离物全基因组序列(不含UTRs区)下载自GenBank作为系统发育分析的参考序列。
构建系统发育树前，通过密码子(codon)比对后的PVY基因组序列应用Gblock [21]剔除模糊区序列获得用最终建树的保守区序列，应用DAMBE6.0 [22]进行核苷酸替代饱和检测。
用于ML法分析的最佳核苷酸替换模型使用jModelTest[23]计算并基于AICc标准设置相关参数。
用于NJ法分析的平均遗传距离模型采用最大复合似然法(maximum composite likelihood, MCL)。
系统发育树上各分支节点的置信值(bootstrap confidence level)通过自展(bootstrap)1 000次重复抽样进行评估。
1.2.2 系统发育树的拓扑结构比较为比较ML和NJ法重建的系统发育树拓扑结构，使用 Tree-Puzzle [24] 和Consel [25]进行拓扑检验并统计显著性，包括AU(approximately unbiased)、SH(ahimodaira-hasegawa)、KH(kishino-hasegawa)、加权WSH(weighted shimodaira-hasegawa)和加权WKH(weighted kishino-hasegawa)检验。
1.2.3 重组分析应用R包getopt和ape通过滑动窗口(sliding windows)方式对31条比对后的PVY全基因组序列批量进行序列一致性扫描分析。
Hu 等[26]报道的Oz分离物(PVYO株系，GenBank登录号：EF026074)和Mont(GenBank登录号：AY884983)作为PVY重组分析的参考亲本。
可能潜在的新重组分离物，进一步应用R包Seqcombo(https://guangchuangyu.github.io/seqcombo)分析全基因组上碱基变异，并使用GARD进一步确定重组位点[27]。