罗伯茨绿僵菌线粒体基因组的测序及注释分析
真菌苦马豆素合成途径中SWN基因簇的
Journal of Agricultural Catastrophology 2022, Vol.12 No.11基金项目 国家自然科学基金 (31960130、30860049)；内蒙古自然科学基金（2022MS03014）；内蒙古师范大学研究生科研创新基金 (CXJJS21146)。
作者简介 凯乐（1998—），女，辽宁锦州人，主要从事生物化学与分子生物学研究。
#通信作者：卢萍（1964—）,女，教授，博士，主要从事生物化学与分子生物学研究，E-mail：***************.cn。
收稿日期 2022-08-28Research Progress of SWN Gene Cluster in the Synthetic Pathway of SwainsonineKAI Le et al(College of Life Science and Technology, Inner Mongolia Normal Univ-ersity, Hohhot, Inner Mongolia 010022) Abstract Swainsonine(SW) is a toxic in-dolizidine alkaloid. Livestock eating forage containing SW will lead to poisoning, resulting in economic losses of animal husbandry. SW also has antitumor and immunity enhancing effects, and the cost of chemical synthesis of SW is high. Some scholars have found that SW-producing fungi contain SWN cluster , suggesting that plays an important role in the biosynthesis pathway of SW. This paper reviews the gene composition and gene function of SWN, aiming at providing reference for clarifying the molecular mechanism and metabolic pathway of SW synthesis, and also providing theoretical support for controlling the spread of crazy grass and promoting the development of grassland animal husbandry. Key words Swainsonine; SWN gene cluster; Gene function真菌苦马豆素合成途径中SWN基因簇的研究进展凯 乐，卢 萍#，姜 凯，李玉玲内蒙古师范大学生命科学与技术学院，内蒙古呼和浩特 010022摘要 苦马豆素（Swainsonine，SW）是有毒的吲哚里西啶类生物碱，牲畜采食含SW的疯草植物会导致中毒，造成畜牧业的经济损失。
二化螟线粒体cox1基因的克隆、序列测定和分子系统学分析
二化螟线粒体cox1基因的克隆、序列测定和分子系统学分析汪爱民;共桂云;魏兆军【摘要】[目的]克隆并分析二化螟线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因(cox1).[方法]利用PCR方法扩增了二化螟线粒体cox1基因,并测定了其全序列.通过检索GenBank数据库获得了其他21种鳞翅目昆虫的cox1序列,并进行了同源性比较和分子系统学分析.[结果]cox1基因编码框包含1 531个核苷酸,编码510个氨基酸的蛋白;起始密码子为CGA,终止密码子仅由一个T组成.利用ML方法构建了基于cox1基因编码氨基酸序列的鳞翅目昆虫的分子系统树,发现分子系统树与从形态学角度的系统分类在大方面上是基本一致的,但也略有差异.[结论]为进一步研究cox1基因的表达和应用奠定了基础.%[Objective] The research aimed at cloning and analyzing mitochondrial cytochrome oxidase I gene (coxl) of Chilo suppressalis. [ Method] The mitochondrial coxl gene of Chilo suppressalis was cloned with PCR method and then sequenced. Then, coxl sequences of other 21 Lepidopteran species were obtained by blasting the GenBank with coxl gene sequence of C. Suppressalis. Finally, homology comparison and molecular phylogenitic analysis among the 22 Lepidopteran species were conducted. [ Result] The opening reading frame of coxl gene from C. Suppressalis contained 1 531 nucleotides encoding a putative protein of 510 amino acids. The coxl gene used a start codon CGA, and an incom plete termination codon composed of only T. Based on the amino acid sequences of coxl, the molecular phylogenetic tree of Lepidoptera was reconstructed using the maximum likelihood ( ML) method. The molecular phylogenetic tree was similar to the morphologicalphylogenetic tree mainly, but also showed some differences. [ Conclusion] The result will provide reference for further research on expression and application of the coxl gene.【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2011(039)021【总页数】3页(P12719-12721)【关键词】线粒体DNA;二化螟;cox1基因;系统发育分析【作者】汪爱民;共桂云;魏兆军【作者单位】合肥工业大学生物与食品工程学院,安徽合肥230009;合肥工业大学生物与食品工程学院,安徽合肥230009;安徽建筑工业学院环境工程系,安徽合肥230601;合肥工业大学生物与食品工程学院,安徽合肥230009【正文语种】中文【中图分类】S433.4线粒体（Mitochondrion）是细胞中进行氧化磷酸化和脂肪酸以及某些蛋白质的生物合成的场所［1］，并参与细胞的代谢、发育和衰老过程［2］。
4种昆虫基因组中的线粒体假基因
ａ ｅ ｍ 和 意 大利 蜜蜂 Ａｐ ｓ ｌ ｆ ｒ ｎｕ ｉ ｍｅｌ ｅａ基 因组 中 Ｎｕ ｓ 列超 过 １ ０条 ， ｉ ｍｔ 序 ０ 尤其 是 意 大利 蜜蜂 中的 Ｎｕ ｓ ｍｔ 序
列涵盖 全部 ｍｔ ＮＡ． Ｄ ＮＤ２ ＮＤ４ ＮＤ５ Ｃ ， ， ， Ｏ工与 在使 用其进 行 系统发 育关 系研 究 时 需加 倍谨 慎．
关 键词 ： Ｄ ｍｔ ＮＡ； ｍｔ； 因组 Ｎｕ ｓ基 中图分 类号 ： ６ Ｑ９ 文 献标 志码 ： Ａ 文 章 编 号 ：０ ０—１ ６ （ ０ ２ ０ ０ ６ ０ ｉ０ ５ ５ ２ １ ） ２～ １ ５— ８
ＮＡ 向核 内转 移频 率 高于其 他 ｍｔ ＤＮＡ基 因片段 ， 因此 ，
２ ２笠 ０１
河 北大 学 学 报 （ 自然 科 学 版 ）
Ｊ ｕ ｎ ｌｏ ｂ ｉＵｎ ｖ ｒ ｉｙ （ ｔ ｒ ｌＳ ｉｎ ｅＥｄｔ ｎ ｏ ｒ ａ ｆＨｅ ｅ ｉｅ ｓｔ Ｎａ ｕ ａ ｃｅ ｃ ｉｉ ） ｏ
２ ２ ０１
第 ３ ２卷
第 ２期
Ｖｏ１ ３ ． ． ２ ＮＯ ２
ｍｅｌｆ ｒ ｌｉ ｅ ａ，ｅ ｐ ｃａｌ ｓ ｅ ｉｌ ｉ Ａ．ｍｅｌｆｅ ａ， ｍｔ ｐ ｎ ｅ ｈ ｏ ｅｍｔ ｙｎ ｌｉ ｒ Ｎｕ ｓｓ ａ ｎ ｄｔ ｅｗｈ ｌ ＤＮＡ．Ｔｈ ｅｏ ｓｒ ｃｅ ｒ ｑ ｅ ｃ ｆ ｅｒ ｃ ｎ ｔｕ ｔｄ ｆｅ ｕ ｎ ｙｏ
ＮＤ２，Ｎ Ｄ４Βιβλιοθήκη ，ＮＤ ５ ，Ｃ Ｉ ｎ ， ０ ａ ｄ ＺＲＮＡ ｎ ｅ ｒｔｏ ｓｉ ｔ ｈ ｕ ｌｕ ｒ ｉ ｈ ｒｔ ａ ｔ ｅ ｉ ｃ ｏ ｄ ｉ１ ． ｉ ｔｇ ａｉｎ ｎ ｏ ｔ ｅ ｎ ｃｅ ｓｗｅ ｅ ｈｇ ｅ ｈ ｎ ｏ ｈ ｒｍ ｔ ｈ ｎ ｒａ ｏ
烟草DUF538基因家族鉴定及根结线虫胁迫下表达分析
櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄［２０］ＷａｎｇＢ，ＹｕａｎＪ，ＬｉｕＪ，ｅｔａｌ．Ｃｏｄｏｎｕｓａｇｅｂｉａｓａｎｄｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇｆｏｒｃｅｓｉｎｇｒｅｅｎｐｌａｎｔｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌｇｅｎｏｍｅｓ［Ｊ］．ＪｏｕｒｎａｌｏｆＩｎｔｅｇｒａｔｉｖｅＰｌａｎｔＢｉｏｌｏｇｙ，２０１１，５３（４）：３２４－３３４．［２１］ＳｏｎｇＹＦ，ＹａｎｇＱＨ，ＹｉＸＧ，ｅｔａｌ．ＣｏｍｐａｒａｔｉｖｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆＣｏｄｏｎｕｓａｇｅｐａｔｔｅｒｎｓｉｎｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔｇｅｎｏｍｅｓｏｆｃｈｅｒｒｉｅｓ［Ｊ］．Ｆｏｒｅｓｔｓ，２０２２，１３（１１）：１８９１．［２２］ＭｏｒｔｏｎＢＲ，ＷｒｉｇｈｔＳＩ．ＳｅｌｅｃｔｉｖｅｃｏｎｓｔｒａｉｎｔｓｏｎＣｏｄｏｎｕｓａｇｅｏｆｎｕｃｌｅａｒｇｅｎｅｓｆｒｏｍＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎａ［Ｊ］．ＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙａｎｄＥｖｏｌｕｔｉｏｎ，２００７，２４（１）：１２２－１２９．［２３］ＬｉｕＱＰ，ＸｕｅＱＺ．Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅｓｔｕｄｉｅｓｏｎｃｏｄｏｎｕｓａｇｅｐａｔｔｅｒｎｏｆｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔｓａｎｄｔｈｅｉｒｈｏｓｔｎｕｃｌｅａｒｇｅｎｅｓｉｎｆｏｕｒｐｌａｎｔｓｐｅｃｉｅｓ［Ｊ］．ＪｏｕｒｎａｌｏｆＧｅｎｅｔｉｃｓ，２００５，８４（１）：５５－６２．［２４］陆奇丰，黄至欢，骆文华．番茄ＷＲＫＹ转录因子密码子偏性分析［Ｊ］．分子植物育种，２０２０，１８（１８）：５９０８－５９１６．［２５］段淋渊，戴国礼，焦恩宁，等．枸杞自交不亲和基因Ｓ－ＲＮａｓｅ密码子偏性分析［Ｊ］．西南林业大学学报（自然科学），２０２０，４０（２）：４４－５２．［２６］赵 森，邓力华，陈 芬．秋茄叶绿体基因组密码子使用偏好性分析［Ｊ］．森林与环境学报，２０２０，４０（５）：５３４－５４１．［２７］叶 琦，宋炎峰，李 蒙，等．迎春樱桃叶绿体基因组特征及其密码子使用偏好性分析［Ｊ］．分子植物育种，２０２２，２０（１４）：４５７６－４５８５．［２８］胡晓艳，许艳秋，韩有志，等．酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性分析［Ｊ］．森林与环境学报，２０１９，３９（６）：６２１－６２８．［２９］喻 凤，韩 明．紫花苜蓿叶绿体基因组密码子偏好性分析［Ｊ］．广西植物，２０２１，４１（１２）：２０６９－２０７６．［３０］唐玉娟，赵 英，黄国弟，等．芒果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析［Ｊ］．热带作物学报，２０２１，４２（８）：２１４３－２１５０．［３１］杨祥燕，蔡元保，谭秦亮，等．菠萝叶绿体基因组密码子偏好性分析［Ｊ］．热带作物学报，２０２２，４３（３）：４３９－４４６．［３２］耿晓姗，贾 魏，陈佳宁，等．金花茶叶绿体基因组密码子偏好性分析［Ｊ］．分子植物育种，２０２２，２０（７）：２１９６－２２０３．张路阳，张有建，饶聪颖，等．烟草ＤＵＦ５３８基因家族鉴定及根结线虫胁迫下表达分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０２３，５１（２０）：３４－４２．ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２３．２０．００６烟草ＤＵＦ５３８基因家族鉴定及根结线虫胁迫下表达分析张路阳１，张有建２，饶聪颖２，许燕彪２，谢 可２，李 伟２，郑 聪２（１．河南农业大学烟草学院，河南郑州４５０００２；２．福建省南平市烟草公司，福建南平３５３０００） 摘要：ＤＵＦ５３８基因是没有功能注释的蛋白，在根结线虫胁迫的响应过程中，含有ＤＵＦ５３８结构域的蛋白质的基因表达发生变化。
一株绿僵菌的鉴定、生物学特性及对东亚飞蝗的致病力
一株绿僵菌的鉴定、生物学特性及对东亚飞蝗的致病力侯颖;夏彦飞;徐建强;刘芳芳;林晓民;都胜芳【期刊名称】《中国生物防治学报》【年(卷),期】2015(031)003【摘要】从河南省汝阳县林地里采集到的天然罹病的黑蚱蝉僵虫中,分离到1株绿僵菌Metarhizium spp.,根据菌落培养特征和产孢结构特性,结合菌株ITS1-5.8s RNA-ITS2基因序列,鉴定为金龟子绿僵菌M.anisoliae,编号Ma121.测定了温度、光照、pH值以及碳氮源、微量元素对菌株Ma121菌丝生长和产孢的影响,得到菌株Ma121生长和产孢的适宜条件为温度25～30℃、全黑暗、培养基以大豆粉为碳源和蛋白胨为氮源并添加锰盐、pH 7.室内测定了菌株Ma121对东亚飞蝗若虫的致病力,结果显示菌株Ma121高浓度孢悬液(1×107～1×108孢子/mL)对若虫的校正累计死亡率均达到90％以上,致死中时(LT50)少于5d.说明菌株Ma121能够有效侵染东亚飞蝗若虫并将其致死,菌株Ma121可以作为优良菌株进行杀蝗生物农药的进一步研发.【总页数】7页(P333-339)【作者】侯颖;夏彦飞;徐建强;刘芳芳;林晓民;都胜芳【作者单位】河南科技大学食品与生物工程学院,洛阳471023;河南科技大学林学院,洛阳471003;河南科技大学林学院,洛阳471003;河南科技大学林学院,洛阳471003;河南科技大学林学院,洛阳471003;河南科技大学林学院,洛阳471003【正文语种】中文【中图分类】S476.12【相关文献】1.一株绿僵菌的鉴定、生物学特性及对东亚飞蝗的致病力 [J], 侯颖;夏彦飞;徐建强;刘芳芳;林晓民;都胜芳;2.绿僵菌对东亚飞蝗的室内致病力测定 [J], 代鹏;唐复润;谢玉萍;石晓珍;程子路;黄俊生3.不同温度下绿僵菌对东亚飞蝗3龄蝗蝻的致病力影响 [J], 刘银民; 程雨蒙; 李红梅; 农向群; Belinda LUKE4.不同温度下绿僵菌对东亚飞蝗3龄蝗蝻的致病力影响 [J], 刘银民; 程雨蒙; 李红梅; 农向群; Belinda LUKE5.广州地区一株绿僵菌的鉴定及其对草地贪夜蛾的致病力测定 [J], 雷妍圆;王德森;薛志洪;吕利华;黄少华;章玉苹因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
暹罗炭疽菌转录因子CsAtf1互作蛋白的筛选和鉴定
热带作物学报2022, 43(1): 060 066Chinese Journal of Tropical Crops暹罗炭疽菌转录因子CsAtf1互作蛋白的筛选和鉴定宋苗，方思齐，李潇，刘文波，林春花*，缪卫国*海南大学植物保护学院/热带农林生物灾害绿色防控教育部重点实验室，海南海口 570228摘要：碱性亮氨酸拉链bZIP是真核生物转录因子家族之一，通过调控基因的表达来参与调控生长发育及生物、非生物胁迫应答等生理过程。
已有报道表明bZIP转录因子Atf1与多种病原真菌的生长发育及致病力相关。
由于转录因子通常能够在其他互作蛋白的参与下与顺式作用元件特异性结合，从而调节靶基因表达，因此筛选其互作蛋白对深入了解转录因子的调控机制有重要意义。
本研究克隆获得来自橡胶树炭疽病的暹罗炭疽菌（Colletotrichum siamense）的一个bZIP转录因子CsAtf1，并对CsAtf1互作蛋白进行了筛选和鉴定。
研究结果显示，暹罗炭疽菌CsAtf1的DNA大小为1758 bp，cDNA为1611 bp，编码536个氨基酸，包含2个内含子，具有3个Aft1结构域和1个BRLZ结构域；利用酵母双杂技术，以pGBKT7-CsAtf1为诱饵，从暹罗炭疽菌cDNA酵母文库中筛选获得12个候选互作蛋白，包括细胞壁蛋白PhiA、Rodlet蛋白、乙醇脱氢酶、线粒体缺氧反应区蛋白、发育调控的MAPK相互作用蛋白、自噬相关蛋白、葡萄糖-甲醇-胆碱氧化还原酶、β-葡萄糖苷酶、c-4甲基固醇氧化酶、甲基转移酶和2个假定蛋白；研究还进一步利用免疫共沉淀技术证实了转录因子CsAtf1能够与线粒体缺氧反应区蛋白CsHIG发生体内互作。
关键词：橡胶树；暹罗炭疽菌；转录因子；互作蛋白中图分类号：S763.7 文献标识码：AIdentification and Screening of Proteins Interacting with CsAtf1 Transcription Factor in Colletotrichum siamenseSONG Miao, FANG Siqi, LI Xiao, LIU Wenbo, LIN Chunhua*, MIAO Weiguo*College of Plant Protection, Hainan University / Key Laboratory of Green Forest Control and Prevention, Ministry of Education Haikou, Hainan 570228, ChinaAbstract: The basic leucine zipper (bZIP) is one of the eukaryotic transcription factor families. It participates in the regulation of biological, abiotic stress responses and developmental physiological processes by regulating the expression of genes. It has been reported that bZIP transcription factor Atf1 is related to the growth, development and pathogenicity of many pathogenic fungi. Transcription factors can specifically bind to cis-acting elements with the participation of other interacting proteins, thereby regulating the expression of target genes. Thus, screening the interacting proteins is of great significance to further understand the regulatory mechanism of bZIP transcription factor. In this study, a bZIP transcription factor CsAtf1 from Colletotrichum siamense (the causative species of rubber tree anthracnose in China) was cloned and the proteins interacting with CsAtf1 were screened and identified. The homologous sequence of Atf1 was searched from the transcriptome database of C. siamense HN08 by local BLAST, using genomic DNA and cDNA as the template for PCR amplification respectively. Sequence analysis revealed that CsAtf1 was 1758 bp, a cDNA of 1611 bp, encoding 535 amino acids, including two introns, three Aft1 domains and one BRLZ domain. Then, the CsAtf1 gene was cloned into the yeast expression vector pGBKT7, and identified by PCR and sequencing. The recombinant bait plasmid pGBKT7-CsAtf1 was transformed into yeast strain Y2H Gold competent cells. Besides, self-activation and toxicity detection of bait plasmid yeast showed that pGBKT7-CsAtf1 didn’t have self-activation and toxicity in yeast 收稿日期 2021-09-28；修回日期 2021-11-25基金项目 海南省自然科学基金项目（No. 320RC477）；国家自然科学基金项目（No. 31760499）；现代农业产业技术体系建设专项（No. CARS-33-BC1）。
基于线粒体Cytb基因探讨我国日本囊对虾4个地理群体的遗传结构及种群分化
基于线粒体Cytb基因探讨我国日本囊对虾4个地理群体的遗传结构及种群分化曾凡荣;王军;周孔霖;游欣欣;毛勇【摘要】利用线粒体细胞色素b基因序列分析了4个不同地理群体(北海群体、陵水群体、惠来群体和厦门群体)的野生日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)的群体遗传结构.以特异引物进行PCR扩增,获得了日本囊对虾530 bp的基因片段序列.序列分析结果表明,在120个日本囊对虾个体中,共检测到75个多态位点,获得62个单倍型,其中有44个简约信息位点,占整段序列的8.3%.各单倍型变异无碱基的插入或缺失,全部为转换或颠换,碱基频率含量(fA+fT)为59.4%,大于(fG+fC)(40.6%).核苷酸多态性以惠来群体最高,其它3个群体较低.群体内遗传距离为0.45%～2.60% ,群体间遗传距离在0.50%～5.30%之间.采用分子方差分析(AMOVA)方法,结果显示,群体间遗传变异占总变异的69.9%,群体内的遗传变异占总变异的31.1%,群体间变异是总变异的主要来源.构建的4个群体分子系统树表明,北海群体、陵水群体和部分惠来群体由于亲缘关系较近而聚在一起,而厦门群体则和部分惠来群体聚成另一支,两支的平均遗传距离为5.17%,分化接近亚种水平,据此认为我国东南近海的日本囊对虾可以分为2个种群,2个种群的分布区域在广东惠来海域附近存在重叠.【期刊名称】《厦门大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2010(049)005【总页数】6页(P701-706)【关键词】日本囊对虾;细胞色素b基因;遗传多样性【作者】曾凡荣;王军;周孔霖;游欣欣;毛勇【作者单位】厦门大学海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学海洋与环境学院,福建,厦门,361005【正文语种】中文【中图分类】P745日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)隶属于甲壳纲(Crustacea),十足目(Decapoda),对虾科(Penaeidae),囊对虾属(Marsupenaeus).日本囊对虾的分布极其广泛,在整个印度-西太平洋,从非洲东部和南部到红海穿过马六甲海峡到地中海都有分布,在我国主要分布在长江口以南沿海,是具有重要经济价值的养殖虾类[1].由于市场价格高、需求量大,加剧了对日本囊对虾的过度捕捞,导致其资源不断衰退.因此对其野生资源现状进行调查研究,了解其野生群体的地理分布、遗传结构及种群分化水平,有利于对日本囊对虾野生资源的准确评估,为对其资源的保护和可持续利用提供科学依据.目前国内外已有部分学者对我国近海日本囊对虾的群体遗传学方面做了相关的研究[2-5],但他们的取样范围仍存在一定的不足,从而将影响对日本囊对虾地理分布成因及种群分化的探讨.动物线粒体DNA(mtDNA)由于具有结构简单、严格的母系遗传、几乎不发生重组、进化速度快且不同区域进化速度存在差异等特点,已成为研究动物起源进化、群体遗传、系统发育等的重要标记[6-7].其中,细胞色素b(cytochrome b,简称Cyt b)基因的结构和功能在mtDNA的13个蛋白质编码基因中已被探明[8],且进化速度适中,因此在鱼虾类的种群分化与生物地理学中得到广泛应用[9-10].本文以4个不同地理群体的日本囊对虾为研究对象,利用线粒体Cyt b基因序列对我国日本囊对虾自然群体的遗传结构和种群分化特征进行分析,为进一步开展我国东南近海日本囊的谱系生物地理学研究提供基础数据,并为日本囊对虾种质资源的开发利用及良种选育提供更多理论依据.用于本实验4个群体的日本囊对虾为2008年11月—2009年3月分别从福建厦门、广东惠来、海南陵水和广西北海等4个水域采集的野生群体(图1),每个群体取样30尾,雄虾体质量50～80 g,雌虾则是100～150g.所有样品均取对虾的第6腹节背部肌肉, -20℃无水乙醇保存.1.2.1 基因组DNA的提取和检测每个样品取肌肉组织0.1 g,采用SDS/蛋白酶K消化,酚-氯仿抽提和乙醇沉淀法[11]提取总DNA, 1.0%(质量分数)琼脂糖凝胶电泳检测DNA,于-20℃冰箱中保存备用.1.2.2 PCR扩增及序列测定根据GeneBank中公布的日本囊对虾线粒体基因全序列(序列号:AP006346)中Cyt b基因设计PCR引物,引物的核苷酸序列为:CBF 5′-TCCAAATTGTTACTGGGCTCT-3′和CBR 5′-AAGGGCAGTTAGCATTACGAT-3′,由上海英骏生物技术有限公司合成.反应体积为50μL,其中10×PCR buffer(plus Mg2+)5μL,dNTPs(10mmol/L)1μL,Taq酶(2.5U/ μL)1μL(东盛公司),正反向引物(10pmol/μL)各1 μL,1μL模板(约100 ng),加超纯水至50μL.反应条件为:94℃预变性3min;35个循环,每个包括94℃变性30s,56℃退火30s,72℃延伸45s;再72℃链延伸7min.PCR产物经质量分数为1.0%琼脂糖凝胶电泳检测,OMEGA试剂盒(Cycle-Pure Kit)纯化,纯化产物送北京六合华大基因科技股份有限公司测序.1.2.3 数据分析利用Clustal X软件[12]对测序结果进行对位排列,并辅以人工校正;DnaSP软件[13]确定单倍型,计算多态位点和多态简约信息位点数;以 MEGA软件[14]统计序列的平均碱基组成和转换/颠换比率 R,基于Kimura-2parameter计算遗传距离;用Arlequin3.1软件[15]中的分子方差分析(AMOVA)方法估算遗传变异在群体内和群体间的分布.采用邻接法(Neighbor-joining,NJ)、MEGA软件[14]构建分子系统树,遗传距离模型选择 Kimura双参数模型,将序列中的转换和颠换位点均视为信息位点并对所有位点一致性加权[14].应用NETWORK[16]软件构建单倍型网络关系图.测序结果经过比对校正后,4个群体Cyt b基因序列长度均为 530 bp(GenBank登入号:GU992213-GU992274).总的来说,序列中的转换明显比颠换多,R= 7.2,说明序列突变还未达到饱和,其中T-C转换多于AG,A-C和A-T颠换多于C-G和T-G.在长度为530 bp序列中共检测到75个多态位点,其中有44个简约信息位点,占整段序列的8.3%,无碱基的插入或缺失,全部为转换或颠换.所有被分析序列的相对碱基频率为 fT= 34.8%,fC=24.1%,fA=24.6%,fG=16.5%,fA+f T含量为59.4%,明显高于fG+fC含量(40.6%).单倍型在群体中的分布如表1,在4个群体的120个序列中,共检测到62个单倍型,其中,有9个是群体间共享单倍型,50个单倍型(占80.65%)只在1个个体中检测到. 核苷酸多态性以惠来群体最高,其他3个群体较低(表2).Tajima[17]检验及 Fu和Li[18]检验均支持厦门群体内部存在自然选择作用;Tajima检验不支持陵水、北海和惠来群体有选择作用,而 Fu和Li检验支持其有选择作用.如表3所示,群体内遗传距离为0.45%～2.60%,群体间遗传距离在0.50%～5.30%之间,北海群体与厦门群体之间的遗传距离最大为5.28%,北海群体与陵水群体的遗传距离最小为0.505%,群体内遗传距离惠来群体2.62%为最大,厦门群体则最小为0.45%.日本囊对虾62个单倍型间的遗传距离为0.38%～5.55%.AMOVA分析结果如表4所示,群体间遗传变异占总变异的69.9%,群体内的遗传变异占总变异的31.1%,可见群体间变异是总变异的主要来源.基于日本囊对虾Cyt b基因62个单倍型系列构建的NJ树如图2所示,NJ树采用Kimura双因子参数模型构建,树上各分支上的数字代表1 000次Bootstrap统计分析后对该支的支持百分比(即置信度).由图2可见,62个单倍型构建的邻接关系树显示日本囊对虾群体内存在2个明显的单倍型类群:类群A(上面1支)包括陵水群体、北海群体和部分惠来群体的单倍型,而类群B仅包括厦门群体和部分惠来群体的单倍型.类群A的核苷酸多态性为1.01%,而类群B的则为0.73%.这两类群间平均遗传距离为5.17%,AB类群内遗传距离分别为1.02%和1.07%(表5).日本囊对虾单倍型网络图如图3所示,网络图很明显由2支构成,上支为厦门群体和部分惠来群体,含1个优势单倍型(Hap-36,占14.17%),其他单倍型围绕它呈辐散状发出;下支由余下群体组成,其中拥有3个优势单倍型(Hap-1,Hap-15和Hap-22,分别占8.33%,7.5%和11.67%).图中黑点表示可能存在的但是未被检测到的单倍型. 宋林生等[2]和庄志猛等[3]利用 RAPD和同工酶技术,对日本囊对虾的福建、台湾海峡野生群体和相应的养殖群体间的遗传变异进行了分析,结果显示中国的日本囊对虾野生种群的多态位点比例较高,遗传多样性较为丰富.Tzeng等[4]分析了采自日本海、中国东海和南海5个日本囊对虾群体共95个个体的线粒体控制区序列,在长992bp的序列中共检测到292个变异位点,共定义了95个单倍型,显示出很高的遗传多样性水平.本文研究结果同样也表明,4个不同地理群体的日本囊对虾Cyt b基因不论是从单倍型多样性(0.954)还是从核苷酸多态性(2.74%)来衡量,日本囊对虾的遗传变异水平都是非常高的.上述研究结果表明,目前我国日本囊对虾野生种群的遗传变异水平较高,野生种质资源处于较好状态.在渔业管理过程中,及时有效加强对日本囊对虾野生资源的管理保护,就能够保证日本囊对虾资源的可持续利用,可以避免由于过度捕捞而出现的种质衰退、遗传性状单一的现象.AMOVA分析结果(表4)表明,日本囊对虾群体间的遗传变异百分率(69.9%)显著高于群体内的遗传变异百分率(30.1%),说明遗传变异主要发生在群体之间.北海群体和陵水群体共享5个单倍型,北海群体、陵水群体和惠来群体共享2个单倍型,而厦门群体与惠来群体拥有4个共享单倍型.从NJ树和单倍型网络图上也可以看出,厦门群体只与惠来群体聚在一起,表明日本囊对虾的分化已具有明显的地域性.如图1所示,北海群体和陵水群体被海南岛所隔离,珠江径流影响着它们与惠来群体和厦门群体的基因交流.日本囊对虾的生活史包括了无节幼体、溞状幼体、糠虾、仔虾和幼虾、成虾,它们的迁移距离有限,并没有明显的产卵洄游,仅随个体生长由近岸向远岸迁移[19].因此,作者认为地理分布的差异是日本囊对虾4个群体造成群体遗传分化的主要原因,本身有限的迁移能力是造成群体遗传分化的内在因素.根据群体间及群体内遗传距离的计算结果(表3),群体内单倍型遗传距离为0.45%～2.62%,北海群体与陵水群体的遗传距离最小(0.50%),厦门群体与北海、陵水2个群体的遗传距离较大,分别为5.28%和5.25%.Billington等[20]报道鱼类种内单倍型差异一般在10%以内,对其他一些动物的Cyt b基因系列分析表明,种内个体间的系列差异一般在0～4.06%,差异超过6%的个体间已有明显的亚种或者种的分化[21-22],由此可见,厦门群体与北海和陵水群体的分化已接近亚种水平.Tsoi等[5]根据头胸甲花纹类型的不同将日本囊对虾分为2个类型(类型(I,II)),类型 I主要分布在日本海、中国东海和南海北部,而类型 II则广泛分布于东南亚、地中海和澳大利亚.本文所研究的我国东南近海4个群体中的2个分化类群的地理分布与 Tsoi的2个类型相吻合.日本囊对虾成体的迁移距离有限,但在幼体阶段可以随海流运动而扩散,因此基因流动主要源于幼体阶段的扩散.我国东南沿海的主要流系有南海暖流、黑潮暖流、南海沿岸流和浙闽沿岸流等[23],这些交汇的海洋环流同样加强了该海域日本囊对虾卵和幼体的扩散能力.因此,在自身迁移和海流的共同影响下,南海的日本囊对虾可以往北扩散,同样福建及其以北海域的日本囊对虾也可以向南交汇,因而促进了沿岸各日本囊对虾群体间的交流.除上述海流外,珠江径流对南海北部和东海南部海域的水文状况和生物群落结构也有较大的影响[24],但是目前没有相应的研究表明珠江径流是日本囊对虾扩散的一个有效障碍,对其遗传结构有无显著影响还需进一步验证.最后,作者认为我国东南近海的日本囊对虾可以分为2个种群,是否提升为亚种有待进一步考证,而这2个种群的分布区域在广东惠来海域附近存在重叠.【相关文献】[1] 刘瑞玉,钟振如.南海对虾类[M].北京:农业出版社, 1990.[2] 宋林生,相建海,李晨曦,等.日本对虾野生种群和养殖种群遗传结构的RAPD标记研究[J].海洋与湖沼,1999,30 (3):261-266.[3] Zhuang ZM,MengXH,QuanJX,etal.Geneticdiversity in thewildpopulationandhatchery stockof Penaeus japonicas shrimp by isoenzymeanalysis[J].ZoologicalResearch,2000,21(4):323-326.[4] Tzeng TD,Yeh SY,HuiCF.Populationgenetic structureof the kuruma prawn(Penaeus japonicus)in East Asia inferred from mitochondrial DNA sequences[J]. Journalof MarineScience,2004,61:913-920.[5] Tsoi KH,Wang ZY,Chu KH.Genetic divergence between twomorphologicallysimilarvarietiesof thekuruma shrimpPenaeusjaponicas[J].MarineBiology,2005,147: 367-379.[6] 方李宏,薛俊增,董双林.甲壳动物线粒体DNA的研究[J].海洋湖沼通报,2004,2:59-65.[7] AviseJC.Phylogeography:thehistoryand formationof species[M].Cambridge:Harvard Univ Press,2000.[8] IrwinDM,Kocher TD,WilsonAC.Evolutionof thecytochrome b geneofmammals[J].Mol Evol,1991,32:128-144.[9] 程起群,马春艳,庄平,等.基于线粒体Cyt b基因标记探讨凤鲚3群体遗传结构和进化特征[J].水产学报,2008,32(1):1-7.[10] 张东亚,汪登强,刘绍平,等.怒江濒危鱼类缺须盆唇鱼基于线粒体Cyt b序列的群体遗传结构分析[J].中国水产科学,2009,16(4):477-486.[11] Sambrook J,RussellDW.分子克隆实验指南[M].3版.黄培堂,译.北京:科学出版社,2002.[12] Thompson JD,Gibson TJ,Plewnia F.The Clustal X windows interface:flexible strategies for multiple sequencesalignment aided by quality analysis tools[J]. 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微生物英文文献翻译 嗜线虫沙雷氏菌
昆虫病原线虫共生嗜线虫沙雷氏菌的基因组测序摘要嗜线虫沙雷氏菌，编号21420T（=CGMCC 1.6853T，DZ0503SBS1T），不属于昆虫病原线虫崇明拟异小杆线虫肠杆菌属，具有共生体与治病菌体两种生命周期，与昆虫病原线虫和害虫有多方面的关系。
为了更好得理解沙雷氏菌种这个罕见的特征，我们在这呈现嗜线虫沙雷氏菌21420T的基因组序列，第一个这个物种的基因组序列具有重大意义。
关键词嗜线虫沙雷氏菌共生体单分子实时测序完整基因组嗜线虫沙雷氏菌、编号21420T（=CGMCC1.6853T，DZ0503SBS1T），隶属于肠杆菌科，是一种革兰氏阴性、非孢子生、短杆型的运动型细菌。
作为最具代表性的粘质沙雷氏菌的沙雷氏菌属，观察到这种菌种能被红色素染色（Zhang et。
，2009）。
编号21420T的菌种本来不属于昆虫病原线虫崇明拟异小杆线虫肠杆菌属，是一个新物种。
报告指出，21420T是重要的共生生物，当线虫寄生于目标昆虫时能让线虫生存生长。
与其他沙雷氏菌属物种相比,这种罕见的共生效应已被称作为这种拥有荧光能力的菌种21420T的重要特点。
（Zhang et al.，2008）。
发光杆菌属和异短杆菌属的成员分别与线虫中的异小杆线虫属或斯氏线虫属具有典型的内共生关系。
这些细菌具有相似的生命周期即包括两个明显的角色：昆虫病原体和线虫共生体，并拥有两个不同的调节系统（查斯顿et al.，2011、古德里奇·布莱尔和克拉克，2007）。
在沙雷氏菌属中，一些物种在昆虫寄主中表现出致死效应（莱斯et al.，2002，努涅斯·瓦尔迪兹et al.，2008，帕蒂尔et al.，2011和坦et al.，2006）。
然而，已知的只有很少数成功案例能佐证这些细菌与昆虫病原线虫的共生关系当这些线虫寄生于无脊椎寄主上。
（彼得森和蒂萨，2012、托雷斯·巴拉甘et al.，2011）。
报道称嗜线虫沙雷氏菌21420T与昆虫寄主有同步的死亡率以及其与线虫具有共生关系（Zang et al.，2009）。
生态学实验——精选推荐
⽣态学实验实验⽬录实验⼀光强度的测定※实验⼆温湿度测定※实验三种群空间分布格局的调查※实验四植物群落数量特征的调查※实验五植物群落中种的多样性测定※实验六⼈体内微⽣物菌群分布的测定※实验七⽜乳在⾃然发酵与酸败过程中细菌的⽣态演变※实验⼋种间关系分析实验九饮料和⽔的卫⽣检测实验⼗污染胁迫对⽣物的影响实验⼗⼀等位酶技术实验⼀光强度的测定⼀、⽬的1、了解测定光强度的⼏种途径，并掌握照度计的原理及使⽤⽅法；2、通过不同树冠内及不同群落中光强度的测定，认识植物和光的相互影响。
⼆、仪器ZDS-10型照度计、钢卷尺、⽪卷尺、记录纸。
事先选好被测树⽊及测试群落。
三、原理地球上所有⽣命的维持，均依靠来⾃太阳的辐射能。
⽣物圈所接受的太阳辐射，其波长范围在290纳⽶到3000纳⽶之间，其中，波长380纳⽶到720纳⽶的可见光谱区的能量约占全部辐射的40~45%。
绿⾊植物仅吸收波长380纳⽶到740纳⽶的辐射。
测定太阳辐射有两种途径，第⼀是测定辐射量，即⼊射到接收表⾯上的总辐射量以热量单位、能量单位或功率单位表⽰，如卡.厘⽶-2.分-1；⽡.厘⽶-2等。
所⽤测定仪器为各种辐射仪和⽇射仪，前者是以热电偶为基础的热电装置，后者以双⾦属的变形对⽐做基础。
这⼀途径对研究植物的能量平衡和⽣态系统中的能流过程是必要的。
第⼆种途径是测定照度或光强度，即物体表⾯所获得的光能量，以照度单位⽶烛光（lx）或千⽶烛光（klx）表⽰（100klx=1.5卡.厘⽶-2.分-1）。
由于植物⽣理有效辐射⼤致与可见光谱相吻合，所以这⼀⽅法也常被⽣态学或⽣理学⼯作者所采⽤。
所有测定仪器通常以光电原理为基础，如各种照度计。
照度计通常由光电变换器（光探头）、放⼤器、显⽰器等部件构成，关键部件为光探头。
光探头的⼤⼩、形状可以不同，但其⼯作原理是相拟的。
四、实验步骤（分组进⾏）1、仪器使⽤⽅法：⑴取照度计，将电池放⼊主机箱内，然后放在测量环境位置进⾏测量；⑵将开关拔向“ON”位置；⑶打开按收器遮光罩，则仪表显⽰出被测点的照度读数。
藤黄微球菌AD3的阿特拉津降解基因分析与降解特性研究的开题报告
藤黄微球菌AD3的阿特拉津降解基因分析与降解特性研究的开题报告1. 研究背景和意义阿特拉津是一种广谱抗生素，被广泛应用于畜牧业和兽药工业。
然而，过量使用阿特拉津会导致农产品和环境中的阿特拉津残留，对人类健康和生态环境造成潜在威胁。
因此，开展阿特拉津的降解研究具有重要意义。
藤黄微球菌AD3是一种潜在的阿特拉津降解菌株，能够利用阿特拉津为唯一碳源并降解其残留物。
因此，研究该菌株的阿特拉津降解基因和降解特性有助于深入了解阿特拉津降解机制和优化菌株的降解能力，为农产品和环境中的阿特拉津残留问题提供解决方案。
2. 研究内容和目标本研究将从以下两个方面进行探究：（1）藤黄微球菌AD3的阿特拉津降解基因分析：通过高通量测序技术对藤黄微球菌AD3进行基因组测序，筛选出与阿特拉津降解相关的基因，分析其结构和功能；利用基因克隆表达技术和酶学分析方法研究该菌株的阿特拉津降解基因在降解过程中的作用机制和调控途径。
（2）藤黄微球菌AD3的阿特拉津降解特性研究：通过对藤黄微球菌AD3的培养条件进行优化，研究不同培养条件对菌株生长和阿特拉津降解能力的影响；结合微生物学和生化学的方法，评估藤黄微球菌AD3在不同条件下的阿特拉津降解能力和降解产物的合成情况。
本研究旨在深入了解藤黄微球菌AD3的阿特拉津降解机制和调控途径，进一步提高该菌株的降解效率和稳定性，为解决农产品和环境中的阿特拉津残留问题提供科学依据和技术支撑。
3. 研究方法和技术路线（1）藤黄微球菌AD3的基因组测序：利用Illumina HiSeq平台对藤黄微球菌AD3进行全基因组测序，得到原始序列数据并进行组装、注释和基因预测。
（2）阿特拉津降解基因的筛选和鉴定：利用生物信息学和遗传工程学的方法，筛选出藤黄微球菌AD3中与阿特拉津降解相关的基因；通过基因克隆表达和酶学分析等方法，验证该基因在降解过程中的作用机制和调控途径。
（3）藤黄微球菌AD3的培养条件优化：通过单因素试验和响应面法，优化藤黄微球菌AD3的培养条件，如温度、pH值、碳源和氮源等条件；调节不同条件下的菌株生长和阿特拉津降解特性。
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罗伯茨绿僵菌线粒体基因组的测序及注释分析线粒体基因组因为快速进化、严格遵守母系遗传等特点已广泛应用到遗传结构与系统分类的生物学研究,是研究真菌系统进化与遗传关系的有效工具。
作为昆虫病原真菌中已有普遍应用的绿僵菌属真菌(Metarhizium),其线粒体基因组数据尚不完整。
为了进一步完善绿僵菌属线粒体基因组数据,深入昆虫病原真菌遗传与进化的研究,本论文选取罗伯茨绿僵菌(Metarhizium robertsii)ARSEF 2575,采用PDA固体培养基培养、CTAB法提取总DNA,经高通量测序、PCR扩增、Sanger测序成功组装其线粒体基因组并进行注释分析,结合在NCBI上已有的麦角菌科真菌的相关数据,开展比较线粒体基因组学比较,对17种肉座菌目真菌的14个常见的线粒体蛋白的氨基酸序列进行系统发育关系的重建。
结果如下:罗伯茨绿僵菌ARSEF 2575的完整线粒体基因组大小为24945 bp,包含14个常见蛋白编码基因、2个核糖体RNA基因和25个转运RNA基因,蛋白编码基因的种类和排列顺序与已经报道的麦角菌科真菌基本一致。
此外,同多数真菌相似,罗伯茨绿僵菌线粒体基因组的蛋白编码基因、tRNA 基因以及核糖体RNA基因均有明显的A+T偏好性。
通过分析其蛋白编码基因密码子的3位碱基的组成,发现在密码子中,位于第1位点的A、T含量相差较小,而在第2位点的T含量明显比A多出一倍之多,第3位点的A含量是三个位点中最高的,A+T总占比达到83.4%。
在14个蛋白编码基因均以ATG起始并以TAA结束,并没有发现其他起始或终止密码子。
在罗伯茨绿僵菌氨基酸组成中,亮氨酸的使用频率最高,其次为异亮氨酸、苯丙氨酸以及丝氨酸,四者共占线粒体基因氨基酸总量的42.93%。
选取数据库上已发表的肉座菌目真菌以及罗伯茨绿僵菌,基于14个蛋白质编码基因的氨基酸序列,采用最大似然法,建立系统发育树。
所得拓扑结构与目前已知的肉座菌目的分类基本一致,显示Metarhizium robertsii与Metarhizium anisopliae亲缘关系最近。
比较麦角菌科真菌线粒体基因组后发现,7个麦角菌科真菌在基因间区、基因区内含子的数目、大小以及重叠区中均有不同程度的差异。
本研究对罗伯茨绿僵菌完整的线粒体基因组进行了测定、拼接及注释分析,阐述了其基因组的结构组成及特征,并与已报道的14种肉座菌目真菌线粒体基因组进行比较分析,建立系统发育树。
丰富了麦角菌科真菌的线粒体基因组数据,为进一步开展昆虫病原真菌的进化关系提供一些参考。