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百脉根PIN基因家族的鉴定与分析

百脉根PIN基因家族的鉴定与分析

河南农业科学ꎬ2019ꎬ48(8):39 ̄48JournalofHenanAgriculturalSciencesdoi:10.15933/j.cnki.1004 ̄3268.2019.08.006收稿日期:2019-02-16基金项目:国家自然科学基金项目(31660685)ꎻ贵州省科技计划项目([2017]1044ꎬ[2017]5788ꎬ[2016]4024)作者简介:吕㊀赟(1994-)ꎬ男ꎬ湖南永州人ꎬ在读硕士研究生ꎬ研究方向:植物发育分子生物学ꎮE-mail:1871022767@qq.com通信作者:吴佳海(1969-)ꎬ男ꎬ贵州松桃人ꎬ研究员ꎬ本科ꎬ主要从事草资源与育种应用研究ꎮE-mail:1848266168@qq.com宋㊀莉(1971-)ꎬ女ꎬ贵州纳雍人ꎬ教授ꎬ博士ꎬ主要从事植物基因工程研究ꎮE-mail:lpsssl@126.com百脉根PIN基因家族的鉴定与分析吕㊀赟1ꎬ丘日光1ꎬ杨仕梅1ꎬ吴佳海2ꎬ宋㊀莉1(1.贵州大学生命科学学院/农业生物工程研究院/山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室/贵州省农业生物工程重点实验室ꎬ贵州贵阳550025ꎻ2.贵州省草业研究所ꎬ贵州贵阳550006)摘要:生长素输出载体蛋白PIN-formed(PIN)是一类调控植物生长素极性运输的重要载体元件ꎬ与植物生长发育密切相关ꎮ利用生物信息学方法对百脉根(Lotuscorniculatus)PIN基因家族成员(LjPIN)进行筛选㊁鉴定ꎬ并对其结构特征㊁系统进化㊁编码蛋白质性质㊁顺式作用元件组成和表达特性等进行研究ꎬ为其功能鉴定及利用奠定基础ꎮ结果表明ꎬ百脉根基因组中含有27个LjPIN成员ꎬ主要分布在1 5号染色体上ꎻ27个LjPIN基因含8个可变剪切位点ꎬ编码35个蛋白质ꎻ除了LjPIN4㊁LjPIN13㊁LjPIN23基因外ꎬ其他LjPIN基因均含有内含子ꎬ内含子数和外显子数均为1~10个ꎻLjPIN与拟南芥AtPIN㊁大豆GmPIN在进化关系上较接近ꎬ与水稻OsPIN较远ꎻLjPIN蛋白大多为碱性的两性稳定蛋白质ꎬ一般含有5种保守基序ꎬ基序数量2~9个ꎻLjPIN基因除了含有顺式作用基本元件CAAT-box和TATA-box外ꎬ还含有光响应㊁激素响应及生长发育相关的调控元件ꎻ11个LjPIN基因在根㊁茎㊁叶㊁花和不同形成时期种子中呈时空差异表达ꎮ关键词:百脉根ꎻ生长素输出载体蛋白ꎻPIN基因家族ꎻ生物信息学分析中图分类号:S567㊀㊀文献标志码:A㊀㊀文章编号:1004-3268(2019)08-0039-10IdentificationandAnalysisofPINGeneFamilyinLotuscorniculatusLÜYun1ꎬQIURiguang1ꎬYANGShimei1ꎬWUJiahai2ꎬSONGLi1(1.CollegeofLifeSciencesandInstituteofAgro ̄Bioengineering/TheKeyLaboratoryofPlantResourcesConservationandGermplasmInnovationinMountainousRegion(MinistryofEducation)/GuizhouKeyLaboratoryofAgro ̄bioengineeringꎬGuizhouUniversityꎬGuiyang550025ꎬChinaꎻ2.GuizhouProvincialGrassIndustryResearchInstituteꎬGuiyang550006ꎬChina)Abstract:PIN ̄formedprotein(PIN)isanimportantcarrierregulatingtheauxin spolartransportꎬandiscloselyrelatedtotheplantgrowthanddevelopment.InthisstudyꎬthePINfamilygenes(LjPIN)wereidentifiedfromthegeneticsdatabasesofLotuscorniculatus.Thesegeneswerefurtheranalyzedforthegeneconstructionꎬevolutionrelationshipꎬproteinfeaturesꎬcis ̄actingelementsiteandtissueexpressioncharacteristicsꎬetc..Resultsshowedthat27LjPINgenemembersencoding35proteinsbyeightalternativesplicingsiteswerefoundmainlyinchromosomes1 5.Mostgenesweremadeupof1 10intronsandexonsexceptfortheLjPIN4ꎬLjPIN13andLjPIN23.EvolutionaryrelationshipofLjPINwithArabidopsisAtPINandsoybeanGmPINwascloserthanwithriceOsPIN.MostLjPINproteinswith5kindsofconservedmotifs(itsnumberwas2 9)werealkalineandstable.Thegenesnotonlyincludedcis ̄actingelementsofCAAT ̄boxandTATA ̄boxꎬbutalsocontainedlight ̄responsiveꎬhormone ̄responsiveaswellasgrowth ̄relatedregulatoryelements.11differentialexpressiongeneswerediscoveredindifferentdevelopmentalstagesandvarioustissuesꎬsuchasrootꎬstemꎬleafꎬflowerandseed.河南农业科学第48卷Keywords:LotuscorniculatusꎻAuxineffluxcarrierproteinꎻPINgenefamilyꎻBioinformaticsanalysis㊀㊀植物对外界环境变化的适应性生长发育与激素调控密切相关[1 ̄2]ꎬ生长素(AuxinꎬIAA)是调控该过程的关键激素之一[3 ̄5]ꎬ在植物生长发育过程中呈浓度梯度的时空不对称分布[6]ꎬ这与其极性运输方式有关[7]ꎮ植物生长素极性运输由生长素输出载体蛋白PIN-formed(PIN)家族㊁AUXINRESIST ̄ANT1/LIKEAUX1家族(AUX1/LAX)和ATP-BindingCassettesubfamilyB/P-glycoprotein家族(PGP/ABCB)3类蛋白质介导[8]ꎬ其中PIN和PGP/ABCB属于外向型运输蛋白质ꎬAUX1/LAX属于内向型运输蛋白质ꎮPIN基因结构及其编码的蛋白质特性是其实现生物学功能的基本前提ꎬPIN基因家族的跨膜蛋白是植物特有的生长素输出载体蛋白ꎬ几乎存在于所有的植物中ꎬ在生长素极性运输中发挥关键作用[9 ̄10]ꎮ百脉根(Lotuscorniculatus)为豆科百脉根属多年生草本植物ꎬ其营养丰富㊁皂素含量低㊁适口性好㊁采食率高ꎬ是一种优质牧草[11 ̄12]ꎮ同时ꎬ因其匍匐生长㊁覆盖度好ꎬ根系较为发达ꎬ自繁能力强ꎬ在改造小流域㊁保持水土和提高经济效益中也有着重要价值[13 ̄14]ꎮ此外ꎬ百脉根还具有再生力强㊁自交结实㊁遗传转化效率高㊁易得到稳定遗传的后代等优点ꎬ常用作豆科模式植物进行生物学及基因组学研究[15 ̄17]ꎮPIN基因在拟南芥和水稻等模式植物中研究得较为清楚ꎬ但在百脉根中鲜见报道ꎬ鉴于此ꎬ利用拟南芥PIN蛋白家族信息ꎬ在百脉根全基因组数据中对其PIN基因家族成员(LjPIN)进行鉴定ꎬ并分析该基因家族成员的进化关系㊁编码的蛋白质理化性质㊁顺式作用元件组成及组织差异表达等ꎬ旨在为百脉根LjPIN的功能研究奠定基础ꎮ1㊀材料和方法1.1㊀目的序列来源百脉根PIN基因及编码蛋白质序列来自百脉根全基因组数据库(http://www.kazusa.or.jp/lo ̄tus/)ꎬ拟南芥PIN蛋白家族序列来自KEGG数据库(http://www.kegg.jp/)ꎬ水稻PIN蛋白家族序列来自Pfam数据库(http://pfam.xfam.org/family/PF03547/)ꎬ大豆PIN蛋白家族序列参考WANG等[18]的报道ꎮ1.2㊀PIN基因筛选、鉴定及定位分析通过构建隐马尔科夫模型ꎬ用Pfam数据库(ht ̄tp://pfam.xfam.org/)含Mem_transdomain(PF03547)的模型与百脉根全基因组序列构建比对库ꎬ筛选鉴定百脉根PIN基因ꎻ通过在线软件MG2C(http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/)对获得的PIN基因进行染色体定位ꎬ基因命名根据所在染色体位置进行ꎮ1.3㊀PIN基因结构和进化分析从数据库(http://www.kazusa.or.jp/lotus/)获得百脉根PIN基因的外显子和内含子数据并进行分析ꎬ用GSDS2.0基因结构显示系统(http//gsds.cbi.pku.edu.cn/)绘制基因结构图ꎮ利用MEGA7.0邻接法(Neighbor ̄joiningꎬNJ)构建百脉根㊁拟南芥㊁水稻和大豆的PIN蛋白进化树ꎬBootstrap值设置为1000ꎬ缺口设置 pairwisedeletion ꎬ采用 poissonmodel 验证可信度ꎮ1.4㊀PIN蛋白基本特征分析采用ExPASyProtParam(http://cn.expasy.org)程序对百脉根PIN基因家族编码的蛋白质分子质量㊁理论等电点㊁不稳定系数和亲水性指数进行分析ꎻ利用SOPMA(http://npsa ̄pbil.ibcp.fr/cgi ̄bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)预测蛋白质二级结构ꎻ通过MEME工具(http://meme.nb ̄cr.net/meme/)分析蛋白质保守基序(Motif)ꎬ设置基序数量15个ꎬ其余参数为默认条件ꎮ1.5㊀PIN基因家族顺式作用元件分析参考文献[19]ꎬ利用在线预测工具PlantCARE(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plant ̄care/html/)对获得的百脉根PIN基因上游2000bp序列和主要的顺式作用元件进行预测和分析ꎮ1.6㊀PIN基因家族组织差异表达分析从基因芯片数据库(https://ljgea.noble.org/v2/)获得百脉根PIN基因在根㊁茎㊁叶㊁花等器官及不同时期种子的表达量数据ꎬ并进行分析㊁作图ꎮ2㊀结果与分析2.1㊀百脉根PIN基因家族的结构特征和染色体分布情况经比对共获得35条LjPIN序列(表1)ꎬ属于27个候选基因ꎬ其中ꎬLjPIN2㊁LjPIN6㊁LjPIN7㊁LjPIN19㊁LjPIN25和LjPIN27基因各2条LjPIN序列ꎬLjPIN26基因有3条LjPIN序列ꎬ其他LjPIN基因各1条LjPIN序列ꎮLj0g3v0172269㊁Lj0g3v0320849㊁Lj1g3v0264160㊁Lj3g3v3735560㊁Lj5g3v0323470㊁Lj5g3v1174510和Lj5g3v2166080共7条序列存在可变剪切ꎮ通过Pfam数据库对所有候选基因保守结构域进行分析04㊀第8期吕㊀赟等:百脉根PIN基因家族的鉴定与分析发现ꎬ27个候选基因均含有PIN基因家族保守结构域Mem_trans(PF03547)ꎮ表1㊀LjPIN基因家族基本信息Tab.1㊀BasicinformationofLjPINgenefamilymembers基因Gene编号Genenumber染色体定位Chromosomelocalization基因方向Genedirection蛋白质编号ProteinnumberCDS序列长度/bpCDSlength蛋白质序列长度/aaProteinsequencelengthLjPIN1Lj0g3v0103729Chr0-Lj0g3v0103729.1345114LjPIN2.1Lj0g3v0172269Chr0-Lj0g3v0172269.11366454LjPIN2.2Lj0g3v0172269Chr0-Lj0g3v0172269.21366454LjPIN3Lj0g3v0178829Chr0-Lj0g3v0178829.1939313LjPIN4Lj0g3v0178879Chr0-Lj0g3v0178879.1946314LjPIN5Lj0g3v0276789Chr0-Lj0g3v0276789.1552183LjPIN6.1Lj0g3v0320849Chr0-Lj0g3v0320849.11809602LjPIN6.2Lj0g3v0320849Chr0-Lj0g3v0320849.21872623LjPIN7.1Lj1g3v0264160Chr1+Lj1g3v0264160.1555183LjPIN7.2Lj1g3v0264160Chr1+Lj1g3v0264160.2330108LjPIN8Lj1g3v2556370Chr1+Lj1g3v2556370.11260418LjPIN9Lj1g3v2809230Chr1-Lj1g3v2809230.11113370LjPIN10Lj1g3v4106960Chr1+Lj1g3v4106960.11782592LjPIN11Lj2g3v0661480Chr2-Lj2g3v0661480.11725574LjPIN12Lj2g3v0661490Chr2-Lj2g3v0661490.1732244LjPIN13Lj2g3v0661500Chr2-Lj2g3v0661500.1663221LjPIN14Lj2g3v1034600Chr2-Lj2g3v1034600.11080359LjPIN15Lj2g3v1573100Chr2-Lj2g3v1573100.11254417LjPIN16Lj2g3v1589590Chr2+Lj2g3v1589590.11266420LjPIN17Lj3g3v0526190Chr3-Lj3g3v0526190.11242413LjPIN18Lj3g3v0526200Chr3-Lj3g3v0526200.11155384LjPIN19.1Lj3g3v3735560Chr3-Lj3g3v3735560.1729242LjPIN19.2Lj3g3v3735560Chr3-Lj3g3v3735560.2729243LjPIN20Lj4g3v0633470Chr4+Lj4g3v0633470.11941645LjPIN21Lj4g3v2139970Chr4-Lj4g3v2139970.11923640LjPIN22Lj4g3v3114900Chr4+Lj4g3v3114900.11728574LjPIN23Lj4g3v3114910Chr4+Lj4g3v3114910.1664221LjPIN24Lj4g3v3114920Chr4+Lj4g3v3114920.1735245LjPIN25.1Lj5g3v0323470Chr5+Lj5g3v0323470.11218404LjPIN25.2Lj5g3v0323470Chr5+Lj5g3v0323470.21218404LjPIN26.1Lj5g3v1174510Chr5-Lj5g3v1174510.1954318LjPIN26.2Lj5g3v1174510Chr5-Lj5g3v1174510.2735244LjPIN26.3Lj5g3v1174510Chr5-Lj5g3v1174510.3954318LjPIN27.1Lj5g3v2166080Chr5+Lj5g3v2166080.11347447LjPIN27.2Lj5g3v2166080Chr5+Lj5g3v2166080.21347447㊀注:+表示与染色体测序方向一致ꎻ-表示与染色体测序方向不一致ꎮ㊀Note:+meansconsistentwithchromosomesequencingdirectionꎻ-meansinconsistentwiththedirectionofchromosomesequencing.㊀㊀根据百脉根基因组信息分析27个PIN基因在染色体上的分布情况ꎮ百脉根共有6条染色体(Chr1 Chr6)ꎬ另定义Chr0为无法定位到染色体上的基因所虚构的一条染色体ꎮ分析表明ꎬ在Chr1㊁Chr2㊁Chr3㊁Chr4㊁Chr5上分别分布着4㊁6㊁3㊁5㊁3个PIN基因ꎬChr6上无PIN基因分布ꎬ其中Lj0g3v0103729㊁Lj0g3v0172269㊁Lj0g3v0178829㊁Lj0g3v0178879㊁Lj0g3v0276789和Lj0g3v0320849存在于Chr0上(图1)ꎮ2.2㊀百脉根PIN基因家族结构组成和进化地位对鉴定得到的27个LjPIN基因进行系统进化㊁内含子和外显子分析ꎮ结果(图2)表明ꎬ百脉根PIN基因家族除了LjPIN4㊁LjPIN13㊁LjPIN23这3个以外ꎬ其他均含1~10个内含子和1~10个外显子ꎬ其中LjPIN1和LjPIN2还存在非编码区(UTR)ꎮ根据At ̄PIN与LjPIN的进化关系ꎬ参考文献[20]ꎬ可以将LjPIN分为两大类ꎬ其中LjPIN3㊁4㊁6㊁10㊁11㊁13㊁20㊁21㊁22㊁23为LongPINꎬ其余的LjPIN成员为ShortPINꎮ14河南农业科学第48卷Chr0为虚拟的一条染色体Chr0isavirtualchromosome图1㊀LjPIN基因的染色体定位分布Fig.1㊀LocationmapofLjPINinchromosome图2㊀LjPIN的基因结构和系统发育关系Fig.2㊀GenestructureandphylogeneticrelationshipofLjPIN㊀㊀为了研究百脉根PIN基因与其他植物的亲缘关系ꎬ对植物PIN蛋白家族进化进行探讨ꎮ利用PIN基因研究较多的拟南芥㊁水稻和大豆3种植物与百脉根共78个PIN蛋白序列构建系统进化树(图3)ꎮ分析发现ꎬ百脉根LjPIN蛋白与拟南芥AtPIN㊁大豆GmPIN的进化关系较接近ꎬ而与水稻OsPIN的24㊀第8期吕㊀赟等:百脉根PIN基因家族的鉴定与分析进化关系较远ꎮ其中16个LjPIN未能与其他物种的PIN聚类到一起ꎬ可能与物种分化后因不同选择压力导致的进化方向不同有关ꎬ可作为百脉根LjPIN基因鉴定的分子特征ꎮ•表示未能与其他物种的PIN聚类到一起的16个LjPIN•means16LjPINsthatfailedtoclusterwithPINsfromotherspecies图3㊀拟南芥㊁大豆㊁水稻和百脉根PIN蛋白的系统进化树Fig.3㊀PhylogenetictreeofPINproteinsfromArabidopsisthalianaꎬsoybeanꎬriceandLotuscorniculatus2.3㊀百脉根PIN基因家族编码蛋白质序列特性蛋白质序列特性分析(表2)表明ꎬLjPIN蛋白序列长度在108~645个氨基酸ꎬ其中最长的是LjPIN20ꎬ长度为645个氨基酸ꎬ蛋白质分子质量为70.11200kuꎻ最短的是LjPIN7.2ꎬ长度为108个氨基酸ꎬ分子质量为12.09851kuꎮ35个PIN蛋白的理论等电点在5.33~9.94ꎬ除了LjPIN1㊁LjPIN2㊁LjPIN3㊁LjPIN5㊁LjPIN15㊁LjPIN16和LjPIN27为酸性蛋白质外ꎬ其他均为碱性蛋白质ꎮ不稳定系数比较发现ꎬ除了LjPIN8㊁LjPIN11㊁LjPIN12㊁LjPIN15㊁LjPIN16㊁LjPIN19.2㊁LjPIN21㊁LjPIN22和LjPIN26.2为不稳定蛋白质(不稳定系数>40)外ꎬ大部分PIN蛋白为稳定蛋白质ꎮ亲水性指数分析得到ꎬLjPIN1㊁LjPIN2㊁LjPIN5㊁LjPIN7.1㊁LjPIN8㊁LjPIN9㊁LjPIN14㊁LjPIN15㊁LjPIN16㊁LjPIN17㊁LjPIN18㊁LjPIN25㊁LjPIN27蛋白均为疏水蛋白质ꎬ其余LjPIN蛋白为两性蛋白质ꎬ亲水性介于-0.5~0.5(GRAVY为负值表示亲水性ꎬ正值表示疏水性)ꎮ蛋白质结构分析(表3)表明ꎬLjPIN蛋白由α-螺旋㊁延伸链㊁β-转角㊁无规卷曲4种二级结构元件组成ꎬ并以α-螺旋和无规卷曲2种元件为主ꎮLjPIN1㊁LjPIN2.1㊁LjPIN2.2㊁LjPIN5㊁LjPIN7.1㊁LjPIN7.2㊁LjPIN8㊁LjPIN9㊁LjPIN13㊁LjPIN14㊁LjPIN15㊁LjPIN16㊁LjPIN17㊁LjPIN19.1㊁LjPIN19.2㊁LjPIN23㊁LjPIN25.1㊁LjPIN25.2㊁LjPIN27.1和LjPIN27.2等20个蛋白质中的α-螺旋占比高于无规卷曲ꎬ其他LjPIN蛋白中则是α-螺旋占比低于无规卷曲ꎮ34河南农业科学第48卷表2㊀LjPIN蛋白的基本特性Tab.2㊀BasiccharacteristicsofLjPINproteins蛋白质Protein蛋白质序列长度/aaProteinsequencelength分子质量/kuMolecularmass理论等电点(pI)Theoreticalisoelectricpoint不稳定系数Unstablecoefficient亲水性平均系数(GRAVY)GrandaverageofhydropathicityLjPIN111412.589266.5230.201.154LjPIN2.145449.678835.8030.000.660LjPIN2.245449.678835.8030.000.660LjPIN331334.352685.5135.770.269LjPIN431435.295809.2729.710.092LjPIN518320.003936.6936.780.870LjPIN6.160266.629958.4733.430.033LjPIN6.262368.947938.4633.340.112LjPIN7.118319.852959.9436.630.697LjPIN7.210812.098519.8631.100.398LjPIN841845.319088.7841.460.650LjPIN937040.520187.5535.350.725LjPIN1059263.586448.9934.230.236LjPIN1157463.124199.1441.210.174LjPIN1224426.540949.3540.360.171LjPIN1322125.094608.4530.070.455LjPIN1435939.271089.3337.780.669LjPIN1541744.798825.3340.480.654LjPIN1642046.020175.3742.860.527LjPIN1741344.885458.3032.340.630LjPIN1838441.346278.4737.350.713LjPIN19.124227.338549.5737.720.348LjPIN19.224327.499679.5243.930.312LjPIN2064570.112007.1838.940.148LjPIN2164069.389169.1545.710.102LjPIN2257463.124199.1441.210.174LjPIN2322125.094608.4530.070.455LjPIN2424526.597999.3539.890.169LjPIN25.140443.733698.2035.860.626LjPIN25.240443.733698.2035.860.626LjPIN26.131834.369398.0238.550.484LjPIN26.224426.748508.3440.610.480LjPIN26.331834.369398.0238.550.484LjPIN27.144749.069975.5334.330.588LjPIN27.244749.069975.5334.330.588表3㊀LjPIN蛋白的二级结构Tab.3㊀SecondarystructureofLjPINproteins蛋白质Proteinα-螺旋Alphahelix序列长度/aaSequencelength占比/%Proportion延伸链Extendedstrand序列长度/aaSequencelength占比/%Proportionβ-转角Betabridge序列长度/aaSequencelength占比/%Proportion无规卷曲Randomcoil序列长度/aaSequencelength占比/%ProportionLjPIN15750.002925.4465.262219.30LjPIN2.120444.937817.18153.3015734.58LjPIN2.220444.937817.18153.3015734.58LjPIN310533.556219.8130.9614345.69LjPIN410834.395918.7992.8713843.95LjPIN59551.913619.6742.194826.23LjPIN6.117328.749315.45304.9830650.83LjPIN6.219330.989014.45314.9830949.60LjPIN7.18747.542614.21147.655630.60LjPIN7.25349.071412.961110.193027.78LjPIN818744.747618.18184.3113732.78LjPIN919251.895615.14184.8610428.1144㊀第8期吕㊀赟等:百脉根PIN基因家族的鉴定与分析续表3㊀LjPIN蛋白的二级结构Tab.3(Continued)㊀SecondarystructureofLjPINproteins蛋白质Proteinα-螺旋Alphahelix序列长度/aaSequencelength占比/%Proportion延伸链Extendedstrand序列长度/aaSequencelength占比/%Proportionβ-转角Betabridge序列长度/aaSequencelength占比/%Proportion无规卷曲Randomcoil序列长度/aaSequencelength占比/%ProportionLjPIN1017729.9010217.23274.5628648.31LjPIN1119033.108815.33254.3627147.21LjPIN128534.84249.84145.7412149.59LjPIN139040.725022.6262.717533.94LjPIN1419253.485515.32174.749526.46LjPIN1515737.658720.86204.8015336.69LjPIN1617541.678219.52102.3815336.43LjPIN1716840.688219.85133.1515036.32LjPIN1812733.078121.09225.7315440.10LjPIN19.112752.483715.29104.136828.10LjPIN19.212350.623012.3552.068534.98LjPIN2020131.1610015.50335.1231148.22LjPIN2120131.419114.22274.2232150.16LjPIN2219033.108815.33254.3627147.21LjPIN239040.725022.6262.717533.94LjPIN248936.332610.61166.5311446.53LjPIN25.115839.118220.30143.4715037.13LjPIN25.215839.118220.30143.4715037.13LjPIN26.112438.995517.3092.8313040.88LjPIN26.28434.434819.6752.0510743.85LjPIN26.312438.995517.3092.8313040.88LjPIN27.118842.067216.11163.5817138.26LjPIN27.218842.067216.11163.5817138.26㊀㊀保守基序分析(图4 5)发现ꎬ35个LjPIN蛋白的保守基序数量介于2~9个ꎬ其中ꎬLjPIN1的保守基序数量最少(2个)ꎬLjPIN20的保守基序数量最多(9个)ꎮ基序Motif6㊁Motif7㊁Motif9㊁Motif10和Mo ̄tif13在LjPIN基因编码的蛋白质中分布最广ꎬ分别存在于15个LjPIN基因中ꎬ表明这些基序在LjPIN蛋白的进化上具有相对保守性ꎮ氨基酸位置Aminoacidposition图4㊀LjPIN蛋白的Motif分布Fig.4㊀MotifdistributionofLjPINproteins54河南农业科学第48卷图5㊀LjPIN蛋白的关键MotifFig.5㊀KeymotifofLjPINproteins2.4㊀百脉根PIN基因家族顺式作用元件组成通过对PIN基因上游2000bp序列进行分析发现(图6)ꎬLjPIN基因家族除了存在大量的顺式作用基本元件CAAT-box和TATA-box外ꎬ还存在光合反应㊁激素调控和生长发育相关的3类顺式作用元件ꎬ具体包括:(1)光响应调节元件G-Boxꎻ(2)生长素响应元件TGA-elemnt㊁茉莉酸甲酯(MeJA)反应元件TGACG-motif㊁水杨酸反应元件TCA-element㊁脱落酸反应元件ABRE和赤霉素反应相关元件(TATC-box㊁P-box和GARE-motif)ꎻ(3)参与胚乳表达的调节元件GCN4-motif㊁参与分生组织表达的调控元件CAT-box㊁参与栅栏叶肉细胞分化的HD-Zip1元件ꎮ以上研究表明ꎬLjPIN基因家族在百脉根中以激素调控为主ꎬ与植物生长发育过程密切相关ꎬ其可能通过对生长素与其他激素的共同调控作用实现对植物生长发育的调控ꎮ2.5㊀百脉根PIN基因家族组织表达差异情况对百脉根的根㊁茎㊁叶㊁花及不同形成时期种子(按授粉后天数计算)的芯片数据进行分析ꎬ结果如图7所示ꎮ由图7可以看出ꎬ27个PIN基因中仅有11个在9个样本中出现组织差异表达(上调)ꎬ其中ꎬPIN2.1㊁PIN6.1㊁PIN8㊁PIN9㊁PIN15和PIN25.1在叶中高表达ꎻPIN2.1㊁PIN6.1㊁PIN8㊁PIN9和PIN14在茎中高表达ꎻPIN2.1和PIN8在花中高表达ꎻPIN2.1㊁PIN6.1㊁PIN8㊁PIN10和PIN21在根中高表达ꎻPIN2.1㊁PIN8和PIN18在授粉后10㊁12㊁14d的种子中高表达ꎬPIN2.1㊁PIN8㊁PIN18和PIN25.1在授粉后16㊁20d的种子中均高表达ꎮ64㊀第8期吕㊀赟等:百脉根PIN基因家族的鉴定与分析图6㊀LjPIN基因的顺式作用元件位点组成Fig.6㊀Thecis ̄actingelementsiteofLjPINgenes图7㊀LjPIN基因的时空差异表达变化Fig.7㊀ExpressionofLjPINgenesindifferenttissuesandseedmaturationstages3㊀结论与讨论PIN蛋白是调控植物生长素极性运输的重要载体元件ꎬ参与调控植物生长发育ꎮ拟南芥和水稻等模式植物中的PIN基因研究得较为清楚ꎬ但在百脉根中尚未见报道ꎬ研究百脉根LjPIN基因对其功能74河南农业科学第48卷鉴定和利用具有重要意义ꎮ本研究从百脉根基因组中共鉴定出了27个PIN基因ꎬ编码35个PIN蛋白ꎬ高于拟南芥(8个)㊁水稻(12)和大豆(23个)中的PIN成员数量[10ꎬ18ꎬ21]ꎮ系统进化分析发现ꎬLjPIN与拟南芥和大豆PIN基因家族的进化关系最为密切ꎬLjPIN蛋白大多为碱性稳定蛋白质ꎬ这与其他植物中的相关报道一致[22 ̄23]ꎮ百脉根LjPIN基因的顺式作用元件中含有光响应㊁激素调控相关及生长发育响应元件ꎬ表明LjPIN的生物学活性较为广泛ꎻ百脉根PIN基因中的激素调控元件除了生长素类之外ꎬ还包括茉莉酸甲酯㊁水杨酸㊁脱落酸㊁赤霉素等其他激素的响应元件ꎬ这表明LjPIN基因家族的功能涉及到多种激素调控ꎬ推测其在调控生长素的分布后ꎬ进而在局部与其他激素协作或拮抗ꎬ共同调控植物的生长发育ꎮ本研究发现ꎬ百脉根LjPIN基因由多种顺式作用元件组成ꎬ这为植物体中生长素与其他植物激素通过交互响应调控植物生长发育[5]提供了重要依据ꎮHE等[24]发现ꎬ棉花PIN基因家族中仅有2个PIN基因对棉花的主根㊁侧根发育起关键作用ꎮWANG等[18]发现ꎬ大豆PIN基因存在的表达类型㊁时间和空间差异性对每个组织的发育过程均至关重要ꎬ而来自不同组织的PIN基因协同表达ꎬ有助于大豆进化过程的灵活性及多变性ꎮ本研究中ꎬ在百脉根的根㊁茎㊁叶㊁花和不同发育阶段的种子中ꎬ仅有11个LjPIN基因出现上调差异表达ꎬ表明LjPIN基因存在表达类型差异和时空表达特异性ꎬ这种差异可能与不同PIN基因对不同部位和不同时期的调控有关ꎬ百脉根LjPIN基因家族与上述棉花[24]和大豆[18]中PIN基因家族的表达类型差异和空间表达差异一致ꎬ而这种一致性是各种植物中该基因家族功能丰富和满足特定发育部位和阶段所必需的ꎮ综上ꎬ百脉根中存在PIN基因家族ꎬ该家族基因具有典型的结构特征和特定的表达特性ꎬ对进一步研究百脉根LjPIN奠定了基础ꎬ也为其他植物PIN基因家族的研究提供了参考信息ꎮ参考文献:[1]㊀GALLAVOTTIA.Theroleofauxininshapingshootar ̄chitecture[J].JournalofExperimentalBotanyꎬ2013ꎬ64(9):2593 ̄2608.[2]㊀GRAYWM.Hormonalregulationofplantgrowthandde ̄velopment[J].PLoSBiologyꎬ2004ꎬ2(9):1270 ̄1273. 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基于生物信息学的基因序列分析与识别

基于生物信息学的基因序列分析与识别

基于生物信息学的基因序列分析与识别基因序列是生物体内遗传信息的载体,通过对基因序列的分析与识别,我们可以深入了解生物的遗传特征、功能和进化等重要信息。

而生物信息学则是运用计算机和统计学方法,对基因序列进行解读和分析的学科。

基于生物信息学的基因序列分析与识别,可以帮助科学家们研究生物多样性、疾病的遗传机制、新药开发等领域。

下面,我们将重点介绍几个基于生物信息学的基因序列分析与识别的常见方法和应用。

首先,基因组学是基于生物信息学的一项重要研究领域。

通过对大规模基因组序列进行测序和分析,可以揭示出生物的全基因组信息。

基因组学研究不仅可以帮助我们了解生物体内的基因型与表现型的关系,还可以揭示不同物种之间的遗传关系和进化模式。

基因组学的主要方法包括基因组测序、基因组装配和基因组注释。

基因组信息的研究对于了解生物的进化过程、确定新物种的起源和关系,以及研究疾病的遗传基础等方面有着重要的意义。

其次,转录组学是对基因组内所有基因组成的转录产物进行系统研究的领域。

转录组学可以帮助我们了解生物在不同生理状态下基因的表达情况和调控机制,从而深入揭示生物的功能特征和调控网络。

常见的转录组学方法包括RNA测序和差异表达分析。

通过对细胞、组织或生物体内的RNA进行测序,然后将测序结果与基因组比对,可以获得基因的表达水平信息。

差异表达分析则可以找出在不同条件下表达显著变化的基因,从而推断其可能的生理功能和调控机制。

此外,蛋白质组学也是基于生物信息学的重要研究领域。

蛋白质是生物体内功能最为丰富的分子,研究蛋白质组可以帮助我们了解生物功能和代谢网络。

蛋白质组学的主要方法包括质谱法和蛋白质互作网络分析。

质谱法可以用来鉴定蛋白质样本中存在的蛋白质,以及测量其丰度和修饰情况。

而蛋白质互作网络分析可以帮助我们了解蛋白质之间的相互作用关系,揭示蛋白质功能与细胞调控的相关信息。

此外,基于生物信息学的基因序列分析还包括DNA序列分析、蛋白质结构预测、基因家族分析和基于机器学习的预测等方法。

有机化合物的结构分析和鉴定

有机化合物的结构分析和鉴定

有机化合物的结构分析和鉴定有机化合物是由碳和氢元素组成的化合物,其结构多样,需要通过结构分析和鉴定来确定其分子式和分子结构。

有机化合物的结构分析和鉴定是有机化学中的重要内容,对于研究和应用有机化合物具有重要意义。

一、元素分析元素分析是有机化合物结构分析的起点,通过分析有机化合物中的碳、氢、氧、氮等元素的含量和比例,可以初步推测有机化合物的分子式。

例如,对于含有碳、氢、氧的有机化合物,可以通过燃烧分析确定其中碳和氢的含量,进而计算出氧的含量。

二、红外光谱分析红外光谱分析是一种常用的有机化合物结构分析方法。

有机化合物中的化学键具有不同的振动频率,不同的化学键会在红外光谱中产生特定的吸收峰。

通过观察有机化合物的红外光谱图谱,可以确定有机化合物中存在的官能团和化学键类型,从而推断出有机化合物的结构。

三、质谱分析质谱分析是一种能够确定有机化合物分子式和分子结构的重要手段。

质谱仪可以将有机化合物分子分解成离子,并根据离子的质量和相对丰度,推测出有机化合物的分子式和分子结构。

质谱分析可以提供有机化合物的分子量、分子离子峰、碎片峰等信息,有助于确定有机化合物的结构。

四、核磁共振分析核磁共振分析是一种常用的有机化合物结构分析方法。

核磁共振仪可以通过测量有机化合物中的核自旋和核自旋间的相互作用,得到有机化合物的核磁共振谱图。

通过观察核磁共振谱图,可以确定有机化合物中的官能团、化学环和取代基等信息,从而推断出有机化合物的结构。

五、色谱分析色谱分析是一种常用的有机化合物结构分析方法。

色谱仪可以将有机化合物分离成不同的组分,并根据组分的保留时间和峰面积,推测出有机化合物的相对含量和结构。

常用的色谱分析方法包括气相色谱、液相色谱和高效液相色谱等。

结构分析和鉴定是有机化学研究和应用的重要环节。

通过元素分析、红外光谱分析、质谱分析、核磁共振分析和色谱分析等手段,可以确定有机化合物的分子式和分子结构,为有机化合物的合成、应用和性质研究提供基础数据。

实验二植物染色体组型分析

实验二植物染色体组型分析

附:用Adobe Photoshop进展核型分析
1、图像来源:一是选择染色体分散良好的有丝分 裂中期的细胞,用数码相机拍摄〔100万像素〕, 然后输入电脑;另一个是利用传统方式拍摄,然 后用扫描仪将图像扫描进计算机内。可视图像情 况适当调整比照度、亮度;去除斑点、划痕等, 使图像更适于分析。
2、据目测,对染色体大致归拢,根据染色体较明 显的特征〔如最短、最长、随体等〕进展同源染 色体的配对。根据测量结果在对配对错误的染色 体进展调整。
4、排列
将配对的染色体按由大到小的顺序进展排列并编 号。对于等长的染色体,以短臂长的在前;有特 殊标记〔如随体〕的染色体及性染色体排在后面。 排列时,把各对染色体的着丝粒排在一条直线上。 短臂在上,长臂在下。
5、分类 臂比值实际上反映的是着丝粒的位置,这个位置 在一条染色体中是相对固定的,因而是描述染色 体特征的最有用的指标。
Adobe Photoshop是一款流行的功能强大的图 像处理软件,它较专门的核型分析软件容易获 得,用这款软件,可以容易的完成染色体的排 列、测量工作。同时还具备传统方法不具备的 许多功能,如去除原照片中的斑点、划痕、调 整比照度、亮度等,使分析结果比较完美。
染 色 体 形 态 结 构
三、实验材料、器具
在植物根尖等分生组织中的细胞有丝分裂中期, 染色体具有较为典型的特征,且易于计数,因而 染色体组型分析都以这一分裂时期进展观测。在 染色体组型分析时,染色体制片要求很严格,需 要分裂相多,染色体分散,互不重叠,能清楚显 示着丝点位置。测量放大照片上的每个染色体, 根据染色体的长度和其它形态特征,依次配对排 列、编号,并对各染色体的形态特征作出描述。
配对过程中主要使用套索〔Lasso〕与自由变形 〔Free transform〕两个工具即可。

聚类分析:识别相似群体的方法

聚类分析:识别相似群体的方法

聚类分析:识别相似群体的方法章节一:引言在大数据时代,数据量不断增加,如何从海量数据中提取有价值的信息变得尤为重要。

聚类分析是一种常用的数据挖掘技术,能够将相似的数据对象归为一类,从而帮助人们更好地理解数据。

本文将介绍聚类分析的基本概念和常用方法,以及在不同领域中的应用。

章节二:聚类分析的基本概念聚类分析是一种无监督学习的方法,它通过对数据进行分组,使得组内的数据对象相似度较高,而组间的数据对象相似度较低。

聚类分析的目标是找到数据集中的群体或簇,每个簇内的数据对象应该相似,而不同簇之间的数据对象应该不相似。

在聚类分析中,有两个重要的概念:相似度和距离度量。

相似度用来衡量两个数据对象之间的相似程度,而距离度量则是相似度的一种度量方式。

常用的距离度量方法有欧式距离、曼哈顿距离和余弦相似度等。

章节三:聚类分析的常用方法聚类分析有许多不同的方法,常见的方法包括层次聚类、划分聚类和密度聚类等。

下面将介绍其中的几种常用方法:1. 层次聚类:层次聚类是一种自下而上或自上而下的聚类方法,它通过计算数据对象之间的距离或相似度,不断合并或分割簇,最终形成一个聚类树或聚类图。

层次聚类的优点是不需要预先确定簇的数量,但计算复杂度较高。

2. 划分聚类:划分聚类是一种基于划分的聚类方法,它将数据集分为不相交的簇。

常见的划分聚类算法有k-means和k-medoids算法。

划分聚类的优点是计算复杂度较低,但需要预先确定簇的数量。

3. 密度聚类:密度聚类是一种基于数据对象之间密度的聚类方法,它将高密度区域作为簇的中心,而低密度区域作为簇的边界。

常见的密度聚类算法有DBSCAN和OPTICS算法。

密度聚类的优点是可以发现任意形状的簇,但对参数的选择敏感。

章节四:聚类分析的应用聚类分析在各个领域都有广泛的应用。

下面将介绍几个典型的应用场景:1. 市场分割:聚类分析可以帮助企业将市场细分为不同的群体,从而更好地了解不同群体的需求和行为习惯,为企业的市场营销策略提供依据。

植物遗传信息的组学分析

植物遗传信息的组学分析

植物遗传信息的组学分析一、引言植物遗传信息的组学分析是目前植物生物学领域中备受关注的话题。

植物基因组学、转录组学和代谢组学等方法的发展和应用,使得我们能够更加深入地了解植物的遗传信息和生物学功能。

本文将从植物基因组、转录组和代谢组三个方面来探讨植物遗传信息的组学分析。

二、植物基因组的组学分析1. 植物基因组的结构和特点植物基因组具有复杂性、异质性、重复性、大小差异等特点。

其中,基因的区域质量不一,基因的剪接形式多样,服从多个通路的调控,大小差异较大。

与此同时,植物基因组还包含大量的反转录转座子等转移基因元件,这些元件在导致基因组的异质性和塑性中起着重要作用。

2. 基因家族和基因簇的分布与特点植物基因组存在大量的基因家族和基因簇。

基因家族的成员在分子结构和生物学功能上具有共同性。

基因簇是指在基因组中相邻位置上具有生物学功能相关性的基因们。

基因家族和基因簇在植物基因组的结构和功能重构中起到了重要的作用。

3. 基因序列的比较分析植物基因组内的基因序列具有复杂性和多样性,其比较分析可揭示基因序列的发生学和进化情况,为基因功能研究提供有力支持。

比较分析还可以用来鉴别相似和异质物,研究基因家族或基因簇的演化和功能重构。

三、植物转录组的组学分析1. 转录组测序技术随着高通量测序技术的快速发展,现在可以使用RNA-Seq和蛋白质序列技术高效测定植物转录组的完整性和差异表达。

RNA-Seq技术是使用单端或双端测序方法,很快就能解析植物转录组的完整性和组成。

这种技术可以仅从差异表达基因的丰度和蛋白质结构来评估它们的生物学功能和信号传导通路的影响。

2. 转录因子的鉴定和功能分析转录因子是负责调控基因表达的重要调控分子。

通过分析转录组数据,可以鉴定和分析转录因子的基因组水平及其调控网络的变化情况。

这些分析揭示了植物转录因子与环境适应的相关性以及与相关代谢通路的交互作用。

3. 其他发现在转录组分析之后,植物基因组范围的新基因可以被鉴定出来。

遗传实验人类染色体组型分析

遗传实验人类染色体组型分析
中期染遗色传实体验人的类形染色态体组、型分带析型(G显带)
Q-Banding (Quinacrine)
遗传实验人类染色体组型分析
Q带
荧光染料氮芥喹叶
优点:受制片过程和热处理的影响较小, 制片效果较好,带型鲜明
缺点:荧光持续存在的时间很短 ,必须有荧光 显微镜才能进行观察

E
16-18 较短的近中着丝点,16号更近于中部着丝点 无
F
19-20 短的近中着丝点

G
21-22 很短的末端着丝点

性染色 23 体
X染色体很象6号染色体,中着丝点。Y染色体 无 很象21,22号染色体,但Y染色体无随体
遗传实验人类染色体组型分析
正常男性— 46, XY
遗传实验人类染色体组型分析
实验一 人类染色体组型分析
遗传实验人类染色体组型分析
一、实验原理
组型(核型,karyotype) 是将一个细胞内的染色体按照一定的顺序排列起 来所构成的图像.
通常以模式图的方式表示,它是通过对许多细胞染 色体的测量取其平均值绘制而成的,代表了一物种 染色体组型的特征.由于染色体是遗传物质单位— —基因的载体,组型代表了种属的特征.所以组型 分析对于探讨人类遗传病的机制等方面具有重要 意义.
人体染色体显微照片
遗传实验人类染色体组型分析
四、实验器材
人染色体显微照片,剪刀,镊子,胶 水.
遗传实验人类染色体组型分析
五、本实验的步骤
1.同源染色体配对编号:按图片上的染色体大小, 形态,着丝粒位置,随体有无,进行同源染色体配 对,将染色体分为22对常染色体和一对性染色体. 编号为1-22号,性染色体编号为23号. 2.分组:将大小,形态,着丝粒位置相近的染色体 归为一组,一般分为A-G的7个组,每组3对染色 体。 3.粘贴:在实验报告纸上划8条横线,用剪刀按编 号将图片上的染色体分别剪下,分组排列粘贴 在横线上.如A组排列1-3对染色体,C组排列6-12 对染色体等.性染色体单独排列在一条线上.

3-植物染色体组型分析


染色体长度比:最长染色体/最短染色体
臂比值:长臂/短臂 着丝粒位置:下表
副缢痕及随体的有无及位置,随体的有无、性状和大小。带随体的染色体用SAT
标记。
臂比值及着丝粒位置
臂比值 1.00 1.01~1.70 1.71~3.0 着丝点位置 正中部着丝点 中部着丝点区 亚中部着丝点区 表示符号 M m sm
3.01~7.00
7.01~∞
亚端部着丝点区
端部着丝点区
st
t

端部着丝点
T
实验材料 大

大麦(学名:Hordeum vulgare),
俗称三月黄,禾本科植物,是一种主 要的粮食和饲料作物,也是酿造啤酒 的主要原料。大麦是世界上第五大耕 作谷物,种植面积约达53万平方公里, 俄罗斯和加拿大面积最大。
遗传学实验课
大麦染色体组型分析
第4 周
染色体组型
定义:分析细胞中染色体的数目和形态结构特点, 并用表格、图示将这些特点展示出来。 染色体的特征:包括数目、大小、着丝粒位置、副 缢痕的有无及位置、随体的有无及形态和大小等。 意义:反映了物种染色体水平的整体特征,研究和 比较物种的染色体组型可以确定物种本身的遗传学 特征,有助于对物种的亲缘关系进行判断和分析,
2n=14=10m+2sm(SAT)+ 2st
剪下每条染色体,贴成染色体组型图:同源染色体 配对,由长至短,短臂在上,着丝点在一条水平 线上。
1
2
3
……
思考
为什么要用染色体的相对长度表示各染色体
的长度? 染色体组型分析有什么意义?
.
. 14
调整排序、编号(每对编号),最长的一对染

实验四人类染色体的识别及核型分析

实验四人类染色体的识别及核型分析引言:人类染色体是人类细胞中的遗传物质,负责传递和保存人类遗传信息。

人类染色体共有23对,分为22对体染色体和一对性染色体。

通过对人类染色体的识别和核型分析可以帮助人们了解人类基因组的结构和功能,以及相关的遗传疾病。

一、人类染色体的识别:1.细胞培养和准备:从人群体内采集细胞样本,如口腔上皮细胞、皮肤细胞等。

将细胞样本培养在含有培养基和适宜温度的培养皿中,使细胞得到良好生长。

2.细胞处理:培养细胞到足够的数量后,停止细胞分裂,使染色体得以固定。

常用的处理方法有醋酸乙酯加热法和免疫细胞化学法。

-醋酸乙酯加热法:将细胞溶胀后,加入冷甲醇-冷醋酸乙酯(3:1)混合液,使染色体得以固定。

然后将固定后的细胞涂片中加入碘化钾并加热,使染色体显色。

-免疫细胞化学法:利用特异性的抗原-抗体反应,将标记染色剂连接到染色体上,使其显色。

3.显微镜观察:将染色后的细胞涂片放置在显微镜下观察,通过显微镜的放大倍数和聚焦调节,可以看到显色的染色体。

二、核型分析:1.统计染色体数目:统计观察到的染色体个数,人类正常细胞染色体数目为46个。

2.染色体排序:将染色体按照一定次序进行排列,通常按照染色体大小和带纹特征,可分为7组:1,2,3,4,5,6和X,Y。

对于体染色体,按照从大到小的顺序编号;对于性染色体,女性为XX,男性为XY。

3.染色体的异常分析:检测并分析染色体的异常,如染色体数目异常、染色体结构改变等。

常见的染色体异常有单体、三体、四体等。

4.矫正:如果在染色实验中发现了染色体数目异常或者结构异常的情况,可以进行矫正。

通过进一步的实验,如细胞分裂抑制剂的使用等,可以获得更准确的核型结果。

结论:通过对人类染色体的识别和核型分析,我们可以了解人类基因组的结构和功能,以及与染色体异常相关的遗传疾病。

这些分析对于遗传学研究、遗传疾病的诊断和治疗等方面都具有重要的意义和应用价值。

人类染色体组型分析

对于你
你知道染色体组型分析吗? 你了解哪些相关内容?
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1 实验目的:
掌握染色体组型分析的各种数据指标 学习染色体组型分析的基本方法
7
2 实验原理
核型(Karyotype) :又称染色体组型,是指将动物、 植物、真菌等的某一个体或某一分类群(亚种、种、属等) 的体细胞内的整套染色体,按照一定的顺序排列起来的图 像。
绝对长度通常在放大的照片或图象上以微米 (μm)进行测量,然后按下式换算:
染色体绝对长度 = 放大的染色体长度(μm) × 1000 / 放大倍数
染色体相对长度 =(染色体长度/染色体组总 长度)× 100%
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染色体长度:
绝对长度不大稳定,这是因为预处理条件和染色体的缩短 程度难以完全相同,即使同一个体的不同细胞的染色体,缩 短程度也常常不同。因此,绝对长度只有在染色体大小差异 明显的种或属间的比较才有价值。
核型模式图:指将一个染色体组的全部染色体逐个按其特 征绘制下来,再按长短、形态等特征排列起来的图像。代 表了一个物种的染色体组型特征
8
2 实验原理
染色体组型分析:
是鉴别染色体进行配对分类的基木技术,是在 对染色体进行测量计算的基础上, 进行分组、 排队、配对, 并进行形态分析的过程。
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3 染色体核型分析的意义:
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6 实验用品
毫米尺、剪刀、胶水、计算器、白纸 人染色体放大照片
24
7 实验步骤
(1) 计数,沿边缘剪下染色体,编号 (2) 初步目测配对,分组 (3) 测量长度,计算相对长度、着丝粒指数、
臂比,相同的染色体间配对 (4) 将配对好的染色体排列并粘贴在纸上,染色
体短臂向上,每一组下面画一横线,在两端 注明起止号,并在横线下的中部写明A-G组 号,染色体从大到小编为1-22号,性染色 体单独列为一组
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