宏基因组学测序解决方案

宏基因组学测序解决方案

※ 概述

宏基因组学（Metagenomics）是将环境样品中的微生物群落作为整体进行研究的学科。与传统的微生物

个体研究相比，宏基因组学的研究手段是直接从环境样品中提取基因组DNA后进行测序分析。去年华大测序了124个欧洲人的肠道微生物群，通过基因组比对，GO分析等深入分析了肠道微生物对人体健康的重要作用，文章发表在Nature上。基于此，我们推出宏基因组测序的完整解决方案，协助您一起探索生物奥秘。

※ 实验技术流程

※ 生物信息分析策略

※ 生物信息分析

1、物种鉴定

将所得序列（通常为16S/18S rRNA等兼具保守及高变特性的序列）与专业数据库（Silva、RDP等）进行

比对，得出样品中所含物种的信息。

2、多样性统计学分析

将所得序列（通常为16S/18S rRNA等兼具有保守及高变特性的序列）进行聚类，得到相应的OTUs（分类

操作单元）。通过统计学手段，分析出环境样品中的主要成分及不同样品间的明显差异因素。结合物种鉴定，

可以得到关键菌群。

3、宏基因组拼接

对环境样品DNA进行大规模测序后，通过严格的拼接方式，可获得较长的DNA片段。当样品的生物多样性

较低，且达到一定测序通量后，很有可能直接获得一个或多个微生物基因组草图。

4、功能分析

将所得序列与已有的数据库进行比对，进行基因功能的注释。其中，常用的数据库包括NT、NR、GO、COG、KEGG、SEED、Swiss-Prot等。

5、微生物群落结构及功能

通过大量测序，可以获得样品的群落结构信息，如微生物物种在该环境下的分布情况及成员间协作关系

等。通过实验还可以确定一些特殊的主要基因或DNA片段。对于多个样品，还可做相应的比较分析，发掘样品间的相同点与不同点。

※ 参考文献

1、Zehr JP, et al., Globally distributed uncultivated oceanic N2-fixing cyanobacteria lack oxygenic photosystem II[J]. Science, 2008, 322(5904):1110-1112

2、Qin J, et al., A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature, 2010, 464(7285):59-65.