猪RBP1和RBP4基因的定位、组织表达谱分析、多态研究及相关分析
猪小体型相关受选择基因位点的研究
Abstract：Inthisstudy，weanalyzedgeneticdifferentiationbetweensmall-andlarge-sizedChinese indigenouspigs，aimingto detectsignaturesofselection andtoidentifycandidate genesand mutationsrelatedtosmallbodysize.Fixationindex （Fst）and heterozygosity werecalculated basedon whole-genomeresequencing datafrom miniature pigs （Wuzhishan and Bamaxiang） andlarge-sizedpigs（Jinhua，Erhualianand Hetao）.TheregionswithlargerFstvaluesandlower heterozygosity wereregardedascandidateregionsofselection.Throughfurtherannotation on genefunction，pathwayand mutationsofthegeneslocatedinthecandidateregions，wesoughtto screengenesand mutationsrelated to body size.In total，32 475 218 SNPs were obtained afterstringentfiltering from whole-genome resequencing data.Fst and heterozygosity were calculatedusing40kbsliding window strategy.And242putativeselectionregions werekeptby
猪SBP1基因过表达与干扰重组慢病毒载体的构建及鉴定
54卷猪SBP1基因过表达与干扰重组慢病毒载体的构建及鉴定胡荣斌，洪兴，潘志洪，吴兴凤，李莉，何逸懿，徐娥*（贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州大学动物营养与饲料研究所，贵州贵阳550025）摘要：【目的】构建硒结合蛋白1基因（SBP1）过表达与干扰重组慢病毒载体，并通过感染猪骨骼肌卫星细胞验证SBP1基因的过表达和沉默效果，为后续揭示SBP1基因调控肌纤维类型转化及猪肉品质的分子机理打下基础。
【方法】在对猪SBP1蛋白进行生物信息学分析的基础上，根据GenBank 中猪SBP1基因mRNA 序列（XM_021089863.1）PCR 扩增SBP1基因全长序列，克隆至过表达慢病毒载体pHBLV-CMV 上构建SBP1基因过表达重组慢病毒载体；同时针对猪SBP1基因设计3个干扰靶点序列和1个阴性对照序列，分别克隆至干扰慢病毒载体pHBLV-U6上构建SBP1基因干扰重组慢病毒载体。
以构建的重组慢病毒载体感染猪骨骼肌卫星细胞，经嘌呤霉素筛选获得稳定表达细胞系，并采用实时荧光定量PCR 和Western blotting 检测SBP1基因及其蛋白的表达情况。
【结果】猪SBP1蛋白分子式为C 2523H 3916N 678O 727S 24，相对分子量为56.14839kD ，理论等电点（pI ）为6.40，为稳定的分泌蛋白；存在39个潜在磷酸化位点，包括20个丝氨酸磷酸化位点、6个酪氨酸磷酸化位点及13个苏氨酸磷酸化位点。
以构建的SBP1基因过表达与干扰重组慢病毒载体分别感染猪骨骼肌卫星细胞，经嘌呤霉素筛选2代后，在荧光显微镜下均能观察到绿色荧光。
实时荧光定量PCR 检测结果表明，过表达组的SBP1基因相对表达量极显著上调32.0倍（P <0.01，下同），干扰组中以shRNA-3的沉默效果达极显著水平，对应的SBP1基因相对表达量下调58.45%；Western blotting 检测结果显示，过表达组的SBP1蛋白表达量极显著上调，而shRNA-1、shRNA-2和shRNA-3干扰组的SBP1蛋白表达量均极显著下调。
猪RTL1基因多态性及其与胴体、肉质性状的关联分析
猪RTL1基因多态性及其与胴体、肉质性状的关联分析作者：乔木程碧军武华玉来源：《湖北农业科学》2017年第20期摘要：旨在研究反转录转座子1基因（retrotransposon-like-1，RTL1）潜在的变异与猪胴体和肉质性状的相关性。
测序发现在猪RTL1基因编码区1 209 bp处存在G/A突变，利用PCR-Fnu4H I-RFLP方法在9个猪种中进行了基因分型，并且在360头大白猪×梅山猪F2代群体中进行性状关联分析。
结果表明，该位点与皮率、内脂率、6-7腰椎间膘厚、胸腰椎间膘厚、背最长肌pH、股二头肌肌肉色值呈显著相关（P关键词：猪；RTL1基因；单核苷酸多态性；性状关联分析中图分类号：S828.2 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2017）20-3948-04DOI：10.14088/ki.issn0439-8114.2017.20.038Abstract： This study was conducted to investigate the potential association of variation in the retrotransposon-like-1 （RTL1） gene with carcass and meat quality traits in pigs. Cloning and sequencing found that there was a G/A mutation at 1 209 bp in the porcine RLT1 gene coding region. Using PCR-RFLP， SNP of RTL1 gene was detected in nine different pig breeds and performed associations with carcass and meat quality traits in 360 Large White and Meishan F2 hybrids. The results showed this polymorphism is significant association with skin percentage，internal fat rate，6-7 rib fat thickness，thorax-waist fat thickness，Meat pH（m.longissimus Dorsi，LD） and meat color value（BF）（PKey words： pig； RTL1 gene； single nucleotide polymorphism （SNP）； association analysis反转录转座子1基因（Retrotransposon-like-1，RTL1），又名父本表达基因11（paternally expressed gene 11，Peg11），在人和小鼠中为父本表达的印记基因，不含内含子序列[1，2]。
猪NR4A1基因的多态性与产仔数性状的关联分析
2021第2期 65猪 NR4A1 基 因 的 多 态 性 与 产 仔 数 性 状 的 关 联 分 析刘林清，李庆岗，苏世广，周 梅，张 威，王重龙（安徽省农业科学院畜牧兽医研究所，猪分子数量遗传学安徽省农业科学院重点实验室，畜禽产品安全工程安徽省重点实验室，安徽 合肥 230031） 中图分类号：S828.8 文献标志码：Ａ 文章编号：1002-1957(2021)02-0065-03摘 要 通过比较序列测定法，在NR4A1基因第5内含子发现A/G突变，建立了PCR-DdeI -RFLP分型技术，并在3个中外猪种中进行多态性分型，分析其基因型频率和等位基因频率，还在长白猪猪群中检测该位点的多态性并与产仔数性状进行关联分析。
结果表明，在长白猪猪群中，所有胎次产仔数呈现GG>AG>AA的趋势。
其中，GG型个体和AG型个体的所有胎次产仔数分别显著高于AA型个体（P <0.05）。
因此，NR4A1基因在长白猪猪群中与产仔数性状显著性相关，可能为提高猪产仔数性状提供一个有用的分子标记。
关键词 猪；NR4A1；产仔数；关联分析Analysis of Relationship between Polymorphisms of Porcine NR4A1 Gene with Litter Size Trait LIU Linqing, LI Qinggang, SU Shiguang, ZHOU Mei, ZHANG Wei, WANG Chonglong(Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine, Anhui Academy of Agricultural Sciences, Key Laboratoryof Pig Molecular Quantitative Genetics of Anhui Academy of Agricultural Sciences, Anhui Provincial KeyLaboratory of Livestock and Poultry Product Safety Engineering, Hefei 230031, China)Abstract By comparision of the sequences of NR4A1 gene, a A/G mutation in intron 5 was found and developed a PCR-DdeI -RFLP genotyping assay. Genotype frequencyies and allele frequencies of this SNP were investigated in 3 pig breeds. Association of the SNP and litter size was assessed in New Strain Huai Pig Ⅱ. Statistical analysis demonstrated that it showed the tendency of GG>AG>AA in all parity. In addition, those with the GG genotype and AG genotype had additional piglets born compared to the AA animals(P <0.05), respectively in New Strain Huai Pig Ⅱ. Therefore, NR4A1 gene has significant associated with litter size in New Strain Huai Pig Ⅱ, could be a useful molecular marker in selection for increasing litter size in pigs.Key words pig; NR4A1; litter size; association收稿日期：2020-09-09基金项目：安徽省农业科学院重点实验室项目（2020YL031）；安徽省科技重大专项（17030701008）；国家自然科学基金项目（31371258）；安徽省自然科学基金项目（2008085QC138）；安徽省生猪产业技术体系项目（AHCYTX-05-09）；安徽省生猪遗传改良计划专项（2018FACN4373）作者简介：刘林清（1980-），女，山东莱芜人，助理研究员，博士，主要从事猪的遗传育种研究工作.E-mail:*********************通讯作者：王重龙（1976-），男，安徽怀宁人，研究员，博士，研究方向为猪遗传育种和健康养殖.E-mail:**************NR4A1基因作为一个孤核受体的转录因子，编码类固醇-甲状腺激素超家族，是一类配体依赖转录调节蛋白[1]。
北京黑猪RBP4基因与繁殖性状的关联分析
say,allele B might be a favourable allele on TN B , N B A and WB.
收稿日期：2007-06-08 基金项目：国家“十一五”科技支撑计划项目（2006B A D 01A 08）；国家高技术研究发展计划（863）项目（2006A A 10Z199）资助 作者简介：罗仍卓么（1978-），女，藏族，青海人，主要从事动物遗传育种与繁殖研究，E-mail:luorenzhuoma@ * 通讯作者：王立贤，研究员，博导，主要从事分子数量遗传与猪育种的研究，E-mail:iaswlx@
in this study, and the polym orphism was detected by PCR -RFLP with restriction endom uclease
M sp Ⅰ. T hree genotypes were found in Beijing Black pig,and the frequencies of allele A and B ,
2
χ
test
indicated
that
this
site
fitted
H ardy-Weinberg
equilibrium （P＞0.05）. Meanw hile, the
effect of polym orphism of RBP 4 gene on TN B ,N B A and WB were analyzed,the results indicated
T N B more than those with genotypes AA and AB,and the pigs of first parity with genotypes BB
猪LXRα基因多态性及其与生长性状的相关性分析
猪LXRα基因多态性及其与生长性状的相关性分析祝继原;刘娣;俄广鑫;王嘉博;杨少成【期刊名称】《东北农业大学学报》【年(卷),期】2011(042)003【摘要】肝X受体α(LXRα)是-类与脂类代谢有关的核受体,是重要的脂质传感器,LXRα基因参与调节生命代谢活动的诸多方面并且对动物生长发育过程起着重要作用.本研究采用PCR-SSCP的方法分析LXRα基因单核苷酸多态性与生长性状的相关性.结果发现TB3多态位点的BB基因型对法系长白猪个体的出生胸围的效应值最大.TB4多态位点的AA基因型对法系长白猪个体的断奶重和出生体长的效应值最大.【总页数】4页(P127-130)【作者】祝继原;刘娣;俄广鑫;王嘉博;杨少成【作者单位】东北农业大学动物科学技术学院,哈尔滨150030;东北农业大学动物科学技术学院,哈尔滨150030;黑龙江省农业科学院畜牧研究所,哈尔滨150086;东北农业大学动物科学技术学院,哈尔滨150030;东北农业大学动物科学技术学院,哈尔滨150030;东北农业大学动物科学技术学院,哈尔滨150030【正文语种】中文【中图分类】S828【相关文献】1.IGF-1基因多态性与猪生长性状的相关性分析 [J], 许金根;陶立;王立克;王重龙;刘林清;李庆岗2.IGF-1和Pit-1基因多态性与淮猪新品系生长性状的相关性分析 [J], 许金根;李庆岗;刘林清;陶立3.淮猪新品系LXRα基因Bsl Ⅰ位点多态性及其与生长性能的相关性分析 [J], 李庆岗;王志秀;张博;刘林清;陶立4.牛IGF2基因多态性与大别山牛生长性状的相关性分析 [J], 赵拴平; 徐磊; 金海; 李默; 贾玉堂5.猪HNF-4α基因多态性与肌纤维组织学特性及生长性状的相关性分析 [J], 祝继原;刘娣;王嘉博;俄广鑫;杨少成;郭全和因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
与猪脂肪沉积相关的几个候选基因研究进展_凌飞
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!性浆膜炎均有一定的防治效果，其中组方P优于组方Ⅱ，且预防组的效果优于治疗组；此外，组方Ⅰ（黄莲+黄岑+黄柏等6味）、组方Ⅱ和组方P均能促进鸭PBMC的转化，其中组方P还能促进鸭免疫器官的发育。
参考文献：[1]Bin Huang，Sumathi Subramaniam，Joachim Frey，et al.Vaccination of ducks with recombinant outer membrane protein(OmpA)and a41kDa partialprotein(P45N’)of Riemerella anatipestifer[J].Veterinary Microbiology,2002,84: 219-230.[2]Sandhu T S.Diseases of Poultry[C].Ames:Iowa State UniversityPress,2003：676-682.[3]吴华，李胜利，侯百枝，等.鸭疫里氏杆菌病药物防治研究进展[J].动物医学进展,2007,28(4):96-100.[4]张大丙,曲丰发,郑献进.鸭疫里默氏菌血清型的研究概况[J].中国兽医杂志,2006,12(11):38-40.[5]Pathanasophon P，Phuektes P，Tanticharoenyos T,et al.Apotentialnew serotype of Riemerella anatipestifer isolated from ducksin Thailand[J].J Avian Pathol,2002,31(3):267-270. [6]卢玉葵,张济培,陈建红,等.40种中草药对三株鸭疫里里默氏杆菌的体外抑菌试验[J].养禽与禽病防治,2006(6):18-20.[7]王嵩.中药抗细菌感染的研究[J].北京中医杂志,2002,21(4):249-251.[8]李曼玲.抗菌消炎中药的研究Ⅰ活性成分———有机酸类[J].中药通报,1986,11(6):57-60.[9]Kim H M,Moon E J,Li E,et al.The nitric oxide producingactivities of Scutellaria baicalensis[J].Toxicol,1999,135(2-3): 109-115.[10]管敏强,易礼胜.家禽饲料营养与免疫研究[J].饲料研究,2002(1):13.[11]Rivas A,Fabricant T.Indication of Immunodepression inchicken infected various strain of Marek’s diease virus[J].Avian Diease,1985,32:1-8.[12]黎德兵,崔恒敏,赵翠燕.鸭疫里默氏杆菌感染后雏鸭血清生化指标变化的研究[J].畜禽业,2007（11）:26-27.[13]黎德兵,崔恒敏,章蕾.鸭疫里默氏杆菌病发病机理的研究Ⅰ人工感染雏鸭部分血液指标的动态变化[J].黑龙江畜牧兽医,2004（1）：8-10.与猪脂肪沉积相关的几个候选基因研究进展凌飞1,2，李静2（1.华南理工大学生物科学与工程学院，广东广州510641；2.华南农业大学动物科学学院，广东广州510642）摘要：猪IGF2基因、CUP3基因、ADIPOQ基因、SCAP基因、PPARγ基因、POUIFI基因、GHRL基和Ob基因影响猪脂肪沉积。
RasGRP1基因多态与苏淮猪体尺性状关联分析
112猪业科学 SWINE INDUSTRY SCIENCE 2017年34卷第01期遗传改良GENETIC IMPROVEMENT北京顺鑫农业小店种猪分公司协办RasGRP1基因多态与苏淮猪体尺性状关联分析吴 慧1,2，黄瑞华3，李平华3，周 炼1,2，傅道斌4，李 强4，李新云1,2*，赵书红1,2（1.华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室，湖北 武汉 430070；2.生猪健康养殖协同创新中心，湖北 武汉 430070；3.南京农业大学养猪研究所，江苏 南京 210095；4.淮安市淮阴种猪场，江苏 淮安 223322）摘 要：苏淮猪是我国培育的一个优良品种，具有肉质好、抗逆性强等优良特性，但生长相对较慢，瘦肉率偏低，导致养殖效益偏低，改良其体型、生长等性能指标对苏淮猪的推广具有重要意义。
该实验中首先测量了354头苏淮母猪的部分体尺，对其体尺性状进行了表型相关分析。
性状相关分析结果表明苏淮母猪体长与体高、胸围、腹围、管围极显著相关（P <0.01）；体高与体长、胸围、腹围、腿臀围极显著相关（P <0.01）；胸围与体长、体高、腹围、腿臀围极显著相关（P <0.01）；腹围与体长、体高、胸围、腿臀围极显著相关（P <0.01）；管围与体长极显著相关（P <0.01）；腿臀围与体高、胸围、腹围极显著相关（P <0.01）。
利用网上已有的猪基因组测序数据，对RasGRP1基因进行了选择信号分析，结果表明RasGRP1基因在西方猪种中受到高强度选择。
通过对RasGRP1基因启动子区域G/A 多态位点进行PCR-RFLP 分型，结果表明，在苏淮母猪群体中存在多态，其中A 等位基因频率为0.672 3，为优势等位基因；关联分析结果显示RasGRP1基因G/A 多态与苏淮母猪体高呈显著关联（P <0.05），与管围关联接近显著（P =0.054 8）。
猪长链脂酰辅酶A合成酶1基因多态性与活体背膘厚的相关分析
猪长链脂酰辅酶A合成酶1基因多态性与活体背膘厚的相关分析李庆岗【摘要】长链脂酰辅酶A合成酶1 (ACSL1)是为体内合成甘油三酯提供脂酰CoA 底物的最重要的长链脂酰CoA合成酶之一,文章以ACSL1基因作为猪背膘厚性状的候选基因,进行多态性检测和相关分析,旨在为大白猪的分子标记辅助选择提供依据.试验采用PCR-RFLP方法检测510头大白猪ACSL1基因多态性,分析多态性与活体校正背膘厚的相关性.结果表明:ACSL1基因的T和C等位基因频率分别为0.565 7和0.434 3;等位基因在该大白猪群体中分布处于哈德-温伯格平衡状态;TT 基因型个体的校正背膘厚为8.55 mm,显著薄于TC型个体的9.87 mm(P＜0.05),极显著薄于CC型个体的11.56 mm(P＜0.01);TC型个体显著薄于CC型(P＜0.05);T等位基因的平均效应为-1.117,C等位基因的平均效应为1.455,T等位基因替代C等位基因的平均效应为-2.572.ACSL1基因的T等位基因为该大白猪优良等位基因,有目的地选留TT型个体可有效降低猪的背膘厚,减少脂肪沉积,从而提高瘦肉率.【期刊名称】《养猪》【年(卷),期】2015(000)006【总页数】3页(P57-59)【关键词】猪;ACSL1;多态性;背膘厚【作者】李庆岗【作者单位】安徽省农业科学院畜牧兽医研究所,安徽合肥230031【正文语种】中文【中图分类】S828外源及内源性的脂肪酸要进入其代谢途径必须进行活化，即由长链脂酰辅酶A合成酶（ACSL）催化合成脂酰CoA，这是哺乳动物利用脂肪酸的第一步反应[1]。
Muoio等（2000）[2]研究发现，长链脂酰辅酶A合成酶1（ACSL1）在与能量代谢有关的组织（肝脏、脂肪组织和肌肉组织）中高表达，为合成甘油三酯提供脂酰CoA底物最重要的长链脂酰CoA合成酶之一。
Hendrik等（2007）[3]研究也发现，ACSL1在出生后至成年过程中的表达量逐渐增加，是出生后脂肪酸活化的重要成员之一。
猪铁代谢相关基因的克隆、生物信息学分析及表达分布的开题报告
猪铁代谢相关基因的克隆、生物信息学分析及表达分布的开题报告题目：猪铁代谢相关基因的克隆、生物信息学分析及表达分布研究背景与意义：铁代谢是生物体内最重要的代谢过程之一，对于保持机体的正常生理功能十分关键。
猪作为重要的家畜动物，在农业生产中具有重要的经济价值和社会意义。
因此，研究猪体内铁代谢相关基因的克隆和表达具有重要的理论和应用价值。
近年来，随着生物学研究手段的不断发展，人们对猪体内铁代谢的基因和分子机制也有了更深入的理解。
本次研究的目的是对猪体内铁代谢相关基因进行克隆、生物信息学分析和表达分布研究，为猪的养殖管理和疾病防治提供理论基础和实验依据。
研究内容：1. 猪铁代谢相关基因的克隆：选择与猪铁代谢相关的多个基因进行克隆，包括铁转运蛋白、铁螯合蛋白、铁调节因子等。
2. 生物信息学分析：对克隆的基因进行生物信息学分析，包括氨基酸序列特征、结构和功能分析等。
3. 表达分布研究：通过实时荧光定量PCR技术，研究所克隆基因在猪不同组织和器官中的表达分布情况，探究其与铁代谢相关的功能和作用机制。
研究方法：1. PCR扩增：利用PCR技术从猪基因组DNA中扩增铁代谢相关基因片段。
2. 克隆：将PCR扩增产物进行克隆，获得克隆子。
3. DNA测序：对得到的克隆子进行DNA测序，确保克隆的是目标基因。
4. 序列分析：利用生物信息学软件对DNA序列和氨基酸序列进行多种分析和预测。
5. 实时荧光定量PCR：在不同的组织和器官样本中分别提取总RNA，反转录成cDNA，利用实时荧光定量PCR技术测定所克隆基因的表达量。
预期结果：1. 成功克隆得到猪铁代谢相关基因，并进行生物信息学分析。
2. 研究发现不同基因在猪不同组织和器官中的表达分布差异明显，提示这些基因在猪体内的铁代谢过程中发挥着重要的作用。
3. 通过表达分布研究，可以为猪的铁代谢相关疾病的预防和治疗等提供实验基础和参考。
参考文献：1. Xu, Y., Xia, X., and Yin, J. (2018). Pig iron metabolism: A review of recent advances and future directions. Mol Med Rep 17, 8143-8152.2. Niu, C., Liu, D., Xiao, Y., Wei, F., Sun, L., Yang, G., and Guo, L. (2020). Molecular characterization and expression analysis of the Slc11a2 gene during ontogenetic development in yak (Bos grunniens). Gene 734, 144394.3. Zhang, M., Feng, X., Yang, G., Liu, B., Gao, P., Wei, F., Sun, L., Niu, C., and Guo, L. (2020). Molecular cloning, expression, and functional analysis of NRAMP1 gene from Yak (Bos grunniens). BMC Vet Res 16, 443.。