代谢组学的研究方法和研究流程
代谢组学工作流程
代谢组学工作流程代谢组学的工作流程代谢组学(metabonomics/metabolomics)是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想，对生物体内所有代谢物进行定量分析，并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式，是系统生物学的组成部分。
其研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。
先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。
今天机器猫就来给给大家介绍一下生物样本的代谢组学的基本流程。
样品前处理：血样：100 uL血浆/血清+300 uL甲醇（-20℃ 预冷），涡旋振荡1 min后，于-20℃静置20min，，4℃离心20 min（14000 rps），取上清用水稀释适当倍数后进样分析。
•如果样品不能及时测定，可以取上清低温冷冻干燥后置于-20℃或-80℃保存，于分析前加水复溶，但要保证整个项目前处理的一致性。
•考虑到脂溶性成分的溶解度，也可以在稀释液或复溶液中加入适量甲醇，但要兼顾极性成分的色谱峰形，以不影响测定为宜。
尿样：100 uL尿液4℃高速离心20 min（14000 rps）去除杂质，取50 uL加水稀释适当倍数后进样分析。
•如果是肾病病人的尿样，可以仿照血样1:3蛋白沉淀处理的方案。
样本稀释：处理后的样品按照1:1，1:3，1:5，1:10，1:20等若干比例稀释后，从稀释倍数最大的样品开始进样2~5 uL测试，选择合适的稀释倍数确保反映真实的样品信息，避免检测器饱和、色谱柱过载和系统污染。
QC样：血样或尿样经过前处理以后，从每份样品中取等量体积混合，力求反映整体样品的状况。
•也可以先取等体积原样品混合后再做前处理。
需要制备足够体积量的QC样本穿插分析于在整个分析批中。
色谱条件：血样：ACQUITYUPLC B EH column (C18, 2.1 × 100 mm, 1.7 µm)，柱温50 °C，进样器4°C流动相A：0.1% FA in Water，流动相B：0.1% FA in MEOH，进样量 5 uL•反向色谱分析也可以选用ACQUITYUPLC HSS T3 column (2.1× 100 mm, 1.7 µm)，HILIC色谱分析可以参考尿液文献方法进行优化。
非靶代谢组学流程
非靶代谢组学流程引言：非靶代谢组学是一种系统性地研究生物体内代谢产物的方法。
与传统的靶向代谢组学不同，非靶代谢组学不仅可以发现已知代谢产物，还可以发现未知的代谢产物，从而全面了解生物体内的代谢状态。
本文将介绍非靶代谢组学的流程，包括样品准备、代谢物提取、代谢物分析和数据处理等步骤。
一、样品准备样品准备是非靶代谢组学的第一步，其目的是获得代表性的样品，以便后续的代谢物提取和分析。
样品可以是生物体组织、细胞培养物、血液等。
在样品准备过程中，需要注意避免样品的污染和损伤，以及保持样品的代谢状态。
常用的样品处理方法包括冷冻保存、离心分离、组织切片等。
二、代谢物提取代谢物提取是非靶代谢组学的核心步骤，其目的是将样品中的代谢产物提取出来，以便后续的分析。
代谢物提取的方法多种多样，常用的方法包括溶剂提取、蛋白酶处理、超声波处理等。
在代谢物提取过程中，需要注意选择合适的提取方法，以获得高质量的代谢物。
三、代谢物分析代谢物分析是非靶代谢组学的关键步骤，其目的是对提取得到的代谢产物进行定性和定量分析。
代谢物分析的方法有很多种，常用的方法包括质谱分析、核磁共振分析、色谱分析等。
这些方法可以对代谢物的结构、相对含量和绝对含量等进行分析。
在代谢物分析过程中，需要注意选择合适的分析方法，以获得准确可靠的结果。
四、数据处理数据处理是非靶代谢组学的最后一步，其目的是对代谢物分析得到的数据进行整理和分析。
数据处理的方法有很多种，常用的方法包括数据归一化、主成分分析、聚类分析等。
这些方法可以对代谢物的差异和相关性进行分析，从而找出与特定生物学过程相关的代谢物。
在数据处理过程中，需要注意选择合适的方法，以获得有意义的结果。
结论：非靶代谢组学是一种研究生物体代谢状态的有效方法。
通过样品准备、代谢物提取、代谢物分析和数据处理等步骤，可以全面了解生物体内各种代谢产物的变化，从而揭示生物体的代谢机制和生物学功能。
非靶代谢组学在生物医学研究、药物开发和环境监测等领域具有广泛的应用前景。
代谢组学小常识
代谢组学小常识Prepared on 21 November 2021代谢组学小常识概念：代谢组：指一个细胞、组织或器官中所有代谢物的集合, 包含一系列不同类型的小分子（通常分子量<1000）, 比如肽、碳水化合物、脂类、核酸等。
代谢组学：通过考察生物体系（细胞、组织或生物体）受刺激或扰动后，其代谢产物的变化或其随时间的变化，来研究生物体系的一门科学。
实验流程：（以液质联用为基础的代谢组学为例）样本前处理：在保证小分子代谢物完整的前提下，处理的步骤越简单越好，以保证操作容易重复，也为大批量样本的处理节约时间。
数据采集：依据实验目的有所不同。
o非目标代谢组学：选用高分辨质谱仪（TOF，Orbitrap等），有助于检测到尽可能多的化合物，另外高分辨的质核比数据也有助于数据库检索以及化合物的鉴定。
o目标代谢组学：通常使用三重四极其杆质谱，提高检测的灵敏度以及定量的准确性。
数据预处理：峰提取，排列，归一化。
o多数质谱商家都提供了配套的预处理软件，例如安捷伦公司的MassHunter，热电的Sieve，沃特世的MarkerLynx以及Progenisis QI。
o同时也有一些基于网络的可以免费获取的软件。
建议使用配套的软件，因为不需要额外的数据转换，不需要上传数据，节省时间。
数据分析：多元统计分析包括主成份分析（PCA）,偏最小二乘判别分析（PLS-DA），正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA），聚类分析（HCA）等。
各个厂商也提供了相应的统计分析软件，比如安捷伦的MPP，热电的Sieve，沃特世的Ezinfor。
目前常用的第三方软件是Simca-p，同时也有一些网络的开源软件可以使用。
化合物鉴定：数据库检索，标准品对比，二级质谱对比。
代谢组学文章中常见的统计图（一）主成分分析（PCA）PCA得分图（score plot），用来看样本天然的分组情况，在分析时不加任何分组信息。
图中每一个点代表一个样本，样本在空间中所处的位置由其中所含有的代谢物的差异决定。
非靶向代谢组的测序流程
非靶向代谢组的测序流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。
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代谢组学概述
代谢组学概述代谢组学(metabonomics/metabolomics)是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想，对生物体内所有代谢物进行定量分析，并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式，是系统生物学的组成部分。
其研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。
先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。
一：代谢组学分析流程一般来说，代谢组的分析流程有：首先将代谢组分进行预处理，预处理的方法由测量分析方法决定，如使用质谱方法分析，则需要预先对代谢组分进行分离和离子化。
接着，再对预处理后的组分进行定性和定量分析。
预处理中，常用分离方法包括：气相色谱（Gas chromatography，GC），高效液相色谱（High performance liquid chromatography，HPLC）。
气相色谱具有较高的分辨率，但需要对代谢组分进行气化，并且对组分分子质量有一定的限制。
高效液相色谱也在代谢组分析中被广泛地使用，因其在液相中对代谢组分进行分离，因此不用对组分进行气化，相较气相色谱具有测量范围更广，更灵敏的优点。
此外，毛细管电泳法（Capillary electrophoresis）也可以对代谢组分进行分离，其应用较少，但在理论上其分离效率比高效液相色谱法高。
在预处理时，常常会加入内参（internal standards），以方便后续对样品的质量进行监控和对比，由于不同的实验批次、样品顺序对后续测量也有一定对影响，因此，还会加入空对照和混合样品对照来进行质量监控。
对不同的代谢组分进行定性和定量分析的方法包括质谱分析法（Mass spectrometry，MS)和核磁共振谱（Nuclear Magnetic Resonance Imaging，NMR）等。
其中，质谱分析法具有灵敏度高，特异性强等优点，被广泛地应用于检测代谢组分，可以对经过分离、离子化处理后的代谢组分进行定性和定量。
非靶向代谢组学代谢物鉴定流程
非靶向代谢组学代谢物鉴定流程非靶向代谢组学是一种全新的代谢组学技术，它可以对大量的生物样本进行高通量代谢物分析，从而发现新的生物标志物和生物通路。
与传统的靶向代谢组学不同，非靶向代谢组学不需要预先确定感兴趣的代谢物，因此可发现更多未知的化合物。
非靶向代谢组学的代谢物鉴定是其核心部分，本文将介绍非靶向代谢组学代谢物鉴定的流程和方法。
一、实验前的样本准备在进行非靶向代谢组学实验之前，首先需要准备好研究样本。
样本的准备工作包括收集样本、样本处理和储存等环节。
样本的选择应符合实验研究的目的，例如可以选择血清、尿液、细胞培养上清液等。
在收集样本时，需要严格遵守实验室操作规范，避免外源性污染。
收集后的样本需要进行处理，包括离心、去蛋白等步骤。
处理完的样本需要立即储存，避免代谢物的降解和损失。
二、样本的提取和分析样本的提取是非靶向代谢组学实验的关键环节。
在样本提取中，需要选择合适的提取溶剂，并采用适当的提取方法来提取代谢物。
一般来说，氯仿/甲醇（2:1）的混合溶剂是常用的提取溶剂。
提取完成后，样本将被转移到色谱柱或质谱仪进行分析。
三、色谱-质谱分析色谱-质谱技术是非靶向代谢组学的核心技术之一。
在色谱-质谱分析中，通常采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）或气相色谱-质谱联用（GC-MS）。
通过色谱-质谱分析，可以将样本中的代谢物进行分离和检测，并获取代谢物的质谱图谱。
四、数据处理和分析色谱-质谱分析后，需要对得到的数据进行处理和分析。
数据处理的主要步骤包括数据校正、峰识别、质谱数据库检索、代谢物定量等。
数据处理完成后，可以进行生物信息学分析，探索代谢物之间的相关性和通路的变化。
五、代谢物鉴定代谢物鉴定是非靶向代谢组学的核心环节，也是非常具有挑战性的一部分。
在代谢物鉴定中，需要对质谱数据进行解释和比对，以确定代谢物的化学结构和标识。
在鉴定过程中，通常需要借助质谱数据库、碎片图谱、保留指数等信息来进行分析和鉴定。
六、验证和分析代谢物代谢物鉴定完成后，需要对代谢物进行验证和分析。
非靶向代谢组学,你想知道的都在这里
一、研究概述代谢组学是随着质谱分析技术日益发展成熟起来的一门学科，同基因组学、转录组学、蛋白组学同属系统生物学。
代谢组学是最接近表型的组学，基因组学、转录组学及蛋白组学告诉我们机体可能发生的事件，代谢组学则告诉我们业已发生的事情。
近年来，代谢组学研究备受顶级期刊的青睐。
做代谢组学大体可以分为两类，一类是有目的的检测关注物质，我们称为靶向代谢检测，一类是广筛性无目标物质检测，像撒网打鱼一样，捞到什么是什么，称作非靶向代谢组学。
今天我们就非靶向代谢组学做个简单科普。
二、什么时候可以做非靶向代谢组学呢1.没有明确的关注物质；2.想知道对照组合实验组的代谢物有哪些；3.想要找到对照组合实验组的差异代谢物；5.寻找疾病biomarker。
三、非靶向代谢组学的流程非靶向代谢组学使用的技术平台是LC-MS，用高效液相色谱作为分离系统，高分辨率质谱作为检测系统的一种串联分析平台。
其检测流程是是实验设计——样本收集——代谢物提取——代谢物检测——质谱数据采集——定性定量分析。
非靶流程如下图：四、非靶代谢组学做的好不好由什么决定非靶向代谢组学希望能够最大程度上体现生物样品体系中总的代谢物信息，筛选到的物质数越多越好；尽可能地去定性和定量（相对）所有的代谢物，准确度越高越好，这取决于多种因素，例如仪器、数据预处理及鉴定、生信分析手段。
仪器决定我们检测的灵敏度是多少、检测到物质峰有多少，数据库决定我们坚定出的物质是否准确、全面，生信分析手段决定我们面对从庞大的数据中获得想要的信息，怎样把我们找到的信息表达出来。
下面我们就从仪器、数据库、生信分析手段方法看一下如何做好非靶代谢组学。
仪器做代谢组学的仪器平台大体分为三种：核磁共振（NMR）、气质联用（GC-MS）、液质联用（LC-MS）。
它们各有优缺点，适合不同情境使用。
比如核磁共振可以做无创检测，如果你想检测活体小鼠的代谢情况，就可以选核磁共振，但是这种方法的灵敏度很低，不适合与灵敏度需求高的情境。
非靶向代谢组学代谢物鉴定流程
非靶向代谢组学代谢物鉴定流程1.样品采集后，首先进行样品的预处理和制备。
After sample collection, the first step is to preprocess and prepare the sample.2.预处理包括去除蛋白质、除去盐类以及溶解样品。
Preprocessing involves removing proteins, removing salts, and dissolving the sample.3.样品制备完成后，进行质谱分析。
After sample preparation, mass spectrometry analysis is conducted.4.质谱分析是非靶向代谢组学研究的关键步骤。
Mass spectrometry analysis is a key step in untargeted metabolomics research.5.通过质谱分析，可以获得大量的代谢物特征峰。
Mass spectrometry analysis can provide a large number of characteristic peaks of metabolites.6.接着进行代谢物的鉴定和鉴定。
Next, the identification and verification of metabolites is carried out.7.代谢物的鉴定是通过比对数据库中的标准谱图进行确认的。
The identification of metabolites is confirmed by comparing with standard spectra in the database.8.针对质谱数据进行预处理和峰拾取，去除噪声数据。
Pre-processing and peak picking of mass spectrometry data are carried out to remove noisy data.9.在代谢物鉴定过程中，需要注意可能存在的假阳性结果。
靶向代谢组 流程
靶向代谢组流程【原创实用版】目录一、靶向代谢组的概念二、靶向代谢组的流程1.样本准备2.代谢物提取3.代谢物鉴定4.数据处理与分析5.生物信息学分析6.结果解释与应用正文靶向代谢组是代谢组学研究的一个重要分支，主要通过对生物体内代谢物的定性和定量分析，揭示生物体在特定条件下的代谢状态和代谢途径。
在疾病诊断、药物研发和生物技术等领域具有广泛的应用前景。
靶向代谢组的流程主要包括以下几个步骤：一、样本准备样本准备是靶向代谢组分析的基础，需要从实验对象中获取合适的组织、体液或细胞等生物样本。
在样本获取过程中，要注意保持样本的完整性和稳定性，防止代谢物的降解或丢失。
二、代谢物提取提取代谢物是靶向代谢组的关键步骤，需要采用合适的提取方法将代谢物从生物样本中分离出来。
常用的提取方法包括液相萃取、固相萃取和离子交换等。
提取过程中需要注意避免代谢物的降解或转化。
三、代谢物鉴定代谢物鉴定是靶向代谢组分析的重要环节，通过对提取到的代谢物进行定性和定量分析，确定代谢物的种类和含量。
常用的鉴定方法包括质谱法、核磁共振法和红外光谱法等。
四、数据处理与分析数据处理与分析是靶向代谢组分析的核心环节，需要对鉴定出的代谢物数据进行统计分析，挖掘代谢物种类和含量的变化规律。
常用的数据处理与分析方法包括主成分分析、偏最小二乘法和机器学习等。
五、生物信息学分析生物信息学分析是靶向代谢组分析的高级阶段，通过对代谢物数据的生物信息学处理，揭示代谢物的生物学功能和代谢途径。
常用的生物信息学方法包括基因注释、代谢途径分析和功能富集分析等。
六、结果解释与应用结果解释与应用是靶向代谢组分析的最后阶段，需要根据代谢物数据的生物学意义和生物信息学分析结果，对实验问题进行解释和解答。
代谢组学分析流程
代谢组学分析流程肝癌的分子背景越来越得到重视，与肝癌的病因以及进展有关的基因组水平的调控和表观遗传学水平的调节一直推动着新的治疗策略，探讨病人个体化病理体征和疾病状态之间的关系。
基因组学和蛋白组学技术可以揭示肝癌发生和发展的分子机制，促进肝癌治疗的改善。
代谢组学，作为一种包括生物大分子的合成和分解的新兴分析技术，已被证明能够准确反映细胞和组织中代谢物水平变化，这种变化可能伴随着疾病发生。
因此，肝癌组织和肝癌细胞代谢组学研究对明确肝癌治疗战略和改善患者有效治疗十分重要。
肝癌代谢组学研究是将代谢组学技术应用于肝癌细胞和��癌组织，以反映肝癌细胞中的代谢变化，同时结合基因表达分析，以揭示肝癌致病机制，指导戊糖核酸（DNA）检测，基因检测，DNA损伤，突变提取和肿瘤生物标志物的检测等。
一般而言，肝癌代谢组学分析流程包括三个主要步骤：分析准备，代谢物检测和数据分析。
第一步是充分收集肝癌组织或肝癌细胞样本，确保样本完好，并进行取材。
收集完整的肝癌组织或肝癌细胞样本是肝癌代谢组学研究的前提。
第二步是代谢物检测，包括代谢物提取、信号传感器分析和定量分析等步骤，将新鲜肝癌细胞标本置于冰箱中，在凉的条件下用酶和碱，收集组成细胞的关键代谢物，包括脂质、氨基酸、糖质和芳香族化合物等；然后，在电泳过程中，使用信号传感器分析和定量分析区分代谢物类型，可以用彩色有机模式，以及化学质谱、气相质谱等相关技术，进一步区分类型，寻找罹患者特异性常见物质。
最后，在数据分析步骤中，使用相关分析软件将所有检测出的数据进行数据处理和复杂分析，以获取肝癌细胞中的生物大分子代谢物的组成和丰度变化，并进行标准化处理后，与正常细胞中或者不同肝癌状态细胞，进行比较，提取有细胞代谢不同的肝癌患者，以提示病理特异性和疾病进展的代谢物 Marker。
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代谢组学的研究方法和研究流程
代谢组学是一门研究生物体内代谢物（代谢产物）的学科，主要通过
高通量分析技术和生物信息学方法来研究生物体内代谢物谱系的变化以及
代谢途径的调控。
下面将介绍代谢组学的研究方法和研究流程。
研究方法：
1.采样与预处理：代谢组学研究的第一步是采集生物样本，包括血液、尿液、组织等。
采样完毕后，需要进行预处理，如去除杂质、蛋白质沉淀、离心等，以获得纯净的代谢物样本。
2.检测与定性：常见的代谢组学检测方法包括质谱和核磁共振等技术。
使用质谱技术时，可以通过气相色谱质谱（GC-MS）或液相色谱质谱（LC-MS）来检测和定性代谢物。
核磁共振技术（NMR）则可以用于测定溶液中
的代谢物。
3.数据处理与峰识别：通过对检测到的代谢物进行数据分析和峰识别，可以得到代谢物的质谱峰图谱。
峰识别是根据峰形、相对分子质量和峰面积，对代谢物进行定性和定量的过程。
4.信息提取与统计分析：通过统计学方法，可以对代谢物的峰数据进
行分析，找出差异显著的代谢物并进行注释。
此外，还可以应用多变量统
计方法，如主成分分析（PCA）、偏最小二乘判别分析（PLS-DA）等，寻
找样本组之间的差异。
研究流程：
1.定义研究目标：明确研究的目的和问题，例如研究代谢通路的变化、寻找生物标志物等。
2.采样与预处理：选择合适的样本类型及数量，并进行样本预处理，如去除蛋白质、除去杂质等。
3.代谢物分析与检测：选择合适的检测方法，如质谱技术或核磁共振技术，对样本中的代谢物进行定性和定量分析。
4.数据处理与统计分析：根据代谢物的峰数据，进行数据处理和统计分析，找出差异显著的代谢物，并进行生物信息学注释和功能富集分析。
5.结果解释与验证：根据数据分析结果，解释研究中发现的代谢物变化或代谢通路的调控。
进一步可以进行实验验证，如基因敲除、代谢酶活性测定等。
6.结论提出与研究应用：根据研究的结果，提出相关结论，并将其应用于生物医学、农业和食品科学等领域。
总结：
代谢组学通过研究生物体内代谢物的变化和代谢通路的调控，可以深入了解生物体的代谢过程，并在诊断、治疗和监测疾病等方面发挥重要作用。
研究方法和研究流程的规范化和标准化，有助于提高代谢组学研究的效率和可靠性，推动其在生命科学领域的广泛应用。