胚系变异分类
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I-II类变异有详细解读
➢ Ⅲ类变异（尚无相关临床证据） ➢ IV类变异（已知无临床意义，报告未列）
The Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 19, No. 1, January 2017
突变丰度在组织检测中的解读：
1. 肿瘤组织中的突变丰度需与肿瘤细胞占比 结合来解读。 2. 多个突变的相对丰度提示亚克隆的占比
突变丰度=肿瘤细胞占比 * 突变亚克隆在肿瘤中占比 * [0.5（杂合突变）or 1.0（纯合突变）]
10%-90%
突变丰度怎么定义？（血液）
突变丰度在血液检测中的解读： 突变丰度=ctDNA在所有cfDNA中占比 * 突变亚克隆在肿瘤中占比 * [0.5 or 1.0]
2：体细胞变异及解读
体细胞变异及解读
基因变异形式 突变丰度 靶向药物及证据级别：A？B？C？D？
突变丰度怎么定义？（组织）
Wild type 野生型 == “G” Mutation 突变型 == “A”
Allele Fraction(AF) = “A” / total depth 突变丰度 = 测到A的次数/总深度
TP53、
BRCA1、BRCA2、MLH1/MSH2/MSH6/PMS2/EPCAM(12~40% )、FH(子宫平滑肌瘤/肉瘤）PTEN、STK11、CHEK2
MLH1/MSH2/MSH6/PMS2/EPCAM(12~86% )、APC(100%)、BMPR1A(39%)、SMAD4(39%)、MUTYH(80%)、BRAF、PTEN、 STK11（39%）、TP53、GREM1、POLD1、POLE、ATM、BLM、CHEK2、
遗传变异分类
遗传变异分类
遗传变异是指在基因组中发生的某种改变，可以导致表型的差异。
遗传变异可以分为一般变异和突变两种类型。
一般变异包括单倍型、等位基因、多倍性、染色体结构变异和易位。
单倍型是指同一基因座上不同等位基因的排列方式，等位基因是指同一基因座上不同的基因型，多倍性是指某些细胞具有比正常细胞更多的染色体，染色体结构变异是指染色体的一部分发生了变化，易位是指不同染色体之间的片段互相交换，并不影响基因数量。
突变包括点突变和结构变异。
点突变是指单个核苷酸的改变，可以导致错义突变、无义突变或者同义突变。
结构变异是指大片段的DNA序列发生了改变，包括插入、缺失、倒位等。
遗传变异的类型可以通过不同的分子生物学技术进行检测和鉴定。
研究不同类型的遗传变异对于深入理解基因组的结构和功能、揭示遗传疾病的发病机制以及开发精准医学治疗手段具有重要意义。
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Lynch综合征1例
叶消化肿瘤杂志渊电子版冤曳圆园21年12月第13卷第4期允阅蚤早韵灶糟燥造渊耘造藻糟贼则燥灶蚤糟灾藻则泽蚤燥灶冤袁December圆园21袁灾燥造13袁晕燥援4Lynch综合征1例丁伟杰袁李庆贤东莞市人民医院普济院区普外科二区袁广东东莞523045
揖摘要铱目的Lynch综合征又名遗传性非息肉病性结直肠癌袁是由MS2的胚系突变导致微卫星不稳定性渊microsatelliteinstability袁MSI冤而引起的常染色体显性遗传性癌症易感性疾病遥MSH2失活引起DNA错配修复袁造成MSH2蛋白表达缺失袁出现致病变异遥Lynch综合征是最常见的遗传性结肠癌易感综合征袁占比高达2%~5%且患者平均发病年龄较为年轻渊40~50岁冤袁其结直肠癌及其他恶性肿瘤的患病风险也大大增加,例如胃癌尧大肠癌尧子宫内膜癌等遥对于Lynch综合征的筛查与诊疗一直是临床上难以解决的问题遥本文通过1例确诊Lynch综合征病例展开讨论Lynch综合征的诊断手段及其原理遥
揖关键词铱Lynch综合征曰结直肠癌曰错配修复基因曰微卫星不稳定
Lynchsyndrome:onecasereportDingWeijie,LiQingxianTheSecondDepartmentofGeneralSurgery,PujiDistrictofDongguanPeople'sHospital,Dongguan523045,Guangdong,China揖粤遭泽贼则葬糟贼铱Lynchsyndrome(LS)袁hasbeenknownashereditarynon-polyposiscolorectalcancer,anautosomaldominantinheriteddiseasewhichiscausedbymicrosatelliteinstabilityofMS2germlinemutation.LSisthemostcommonhereditarycolorectalcancersyndrome,accountingforashighas2%~5%,andtheaverageageofonsetisrelativelyyoung(40~50yearsold).LSplacesthepatientsathigherriskofcolorecalcancerandothermalignanttumors.ThescreeninganddiagnosisofLSisalwaysdifficultproblemtosolveinclinical.ThispaperdiscussesthediagnosticmethodsandprinciplesofLSthroughaconfirmedLScase.揖运藻赠憎燥则凿泽铱Lynchsyndrome;Colorectalcancer;Mismatchrepairegene;Microsatelliteinstability
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I-II类变异有详细解读
➢ Ⅲ类变异（尚无相关临床证据） ➢ IV类变异（已知无临床意义，报告未列）
The Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 19, No. 1, January 2017
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送检临床样本，却出现质控不过关的情况？
单基因异常分析—罕见耐药突变EGFR L747P
患者基本信息： 61岁男性患者，吸烟史30年，120支/年；病理 诊断：腺癌；IV期，多处肋骨及脊柱转移。
燃石NGS液体活检结果提示为EGFR L747P
治疗方案： 一线， 六个周期的培美曲塞+顺铂化疗，PD。
二线，EGFR-TKI（厄洛替尼）1个月，PD。 带有EGFR-L747P突变的NSCLC对于TKI不敏感
NGS应用的局限性
读懂NGS报告，你首先需要知道 报告核心信息有哪些？
核心结构
➢Summary小结 ➢体细胞突变 对应有何药物？ ➢胚系突变 遗传风险？ ➢TMB/MSI等结果 免疫治疗获益？ ➢质控 样本是否符合要求
1：总体小结
信息提取
临床信息：肺癌，血浆样本 有临床意义变异：NTRK基因融合 肿瘤突变负荷：7.9个突变/Mb 胚系致病变异：无 样本质量评估：合格
CDH1(40~83%)、STK11(29%)、BMPR1A、SMAD4、MUTYH、MLH1/MSH2/MSH6/PMS2/EPCAM、SDHA、SDHB(77%)、SDHC、 SDHD(86%)、SDAF2、MET、PDGFR、KIT
林奇综合征相关性子宫内膜癌的研究进展
林奇综合征相关性子宫内膜癌的研究进展支文雪;詹阳【期刊名称】《中日友好医院学报》【年(卷),期】2018(032)005【总页数】4页(P298-300,303)【作者】支文雪;詹阳【作者单位】首都医科大学附属北京妇产医院病理科,北京100006;首都医科大学附属北京妇产医院病理科,北京100006【正文语种】中文【中图分类】R737.33林奇综合征（lynch syndrome，LS），既往称为遗传性非息肉病性结直肠癌（hereditary nonpolyposis colorectal cancer，HNPCC），是一种常染色体显性遗传病，由DNA错配修复（mismatch repair，MMR）基因MLH1、MSH2、MSH6 或（和）PMS2的胚系突变导致微卫星不稳定性（microsatellite instability，MSI）而引起。
其家族易感者一生中均具有发展成癌的危险性，主要表现为结直肠癌、子宫内膜癌及其它的癌，包括小肠癌、胃癌、胆管癌、卵巢癌、肾盂/输尿管癌、皮脂腺肿瘤等。
LS患者约占所有子宫内膜癌（endometrial cancer，EC）患者的2%～3%，EC是LS患者肠外最常见的肿瘤，约50%的LS女性患者临床首发症状表现为EC[1]，因此 LS相关性EC（LS-EC）逐渐成为医学界关注的焦点之一。
确诊EC与LS相关对LS患者及其家属的早期诊断、筛查和预防等均有重大意义。
近年来，欧美等发达国家对于LS-EC的研究取得了长足进展，但国内相应的研究仍处在起步阶段，并未得到相应的重视。
本文将就LS-EC的相关分子机制、检测方法、临床病理意义等方面的研究进展进行综述。
1 分子机制LS 患者由错配修复（mismatch repair，MMR）基因胚系突变导致。
当 MMR 基因（MLH1、MSH2、MSH6、PMS2）有缺陷时，错配不能被修复进而产生突变，尤其是在微卫星这种具有重复序列的区域，从而产生微卫星不稳定性（microsatellite instability，MSI）表型。
遗传变异分类
遗传变异分类
遗传变异是指基因或染色体发生改变，导致个体的遗传物质与父母或同种相比有所不同。
遗传变异可分为以下几种分类：
1. 染色体变异：指染色体的数量或结构发生改变，如染色体数目增多或减少、染色体片段的丢失或重复等。
2. 基因变异：指基因序列发生改变，如突变、插入、缺失等。
3. 染色体结构变异：指染色体的形态结构发生改变，如倒位、倒置、转座等。
4. 点突变：指单个碱基序列发生改变，如错义突变、无义突变、同义突变等。
5. 多态性：指在同一基因位点上，不同个体间存在不同的基因型，如人类ABO血型系统。
6. 复杂遗传变异：指涉及多个基因、环境因素、表观遗传等多个因素共同作用的遗传变异。
例如，复杂疾病的遗传变异就属于此类。
以上是常见的遗传变异分类，不同类型的遗传变异对于个体的影响也不同，有些可能无影响，有些则可能导致疾病或功能障碍。
因此，深入研究各类遗传变异的机制和影响，对于人类健康和疾病治疗有重要意义。
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儿童急性髓系白血病的遗传基因异常及其意义
中国小儿血液与肿瘤杂志 ２０２１年 ６月第 ２６卷第 ３期 ＪＣｈｉｎａＰｅｄｉａｔｒＢｌｏｏｄＣａｎｃｅｒ，Ｊｕｎｅ２０２１，Ｖｏｌ２６，Ｎｏ．３
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２ 异常基因在 ＭＲＤ监测中的作用 ２１ 融 合 基 因 ＲＵＮＸ１ＲＵＮＸ１Ｔ１／ｔ（８；２１）和 ＣＢＦＢＭＹＨ１１／ｉｎｖ（１６）／ｔ（１６；１６）均可用 于 治 疗 后 的 ＭＲＤ监测 。 ［１，８１１］ 诱导或巩固结束后，ＲＴｑＰＣＲ 检测其转录产物 ｍＲＮＡ拷贝数（ＡＢＬ做内参），较初 诊时降低 ＞３个 ｌｏｇ者预后良好。究竟在诱导后还 是巩固后降低 ＞３个 ｌｏｇ较有预后意义，视不同方案 而定。如果诱导结束后降低不足 ３个 ｌｏｇ，在巩固期 间继续降低，直到治疗完全结束后 ＜初诊时的 ４个 ｌｏｇ者预后仍好，提示连续监测的重要性。但如果将 ＲＵＮＸ１ＲＵＮＸ１Ｔ１和 ＣＢＦＢＭＹＨ１１分开统计，可 能 有不同 的 结 果，因 此 需 后 续 更 多 的 研 究［１０］。关 于 ＫＭＴ２Ａ（ＭＬＬ）基 因 重 排，在 ＡＭＬ 只 有 ＭＬＬＴ３ ＫＭＴ２Ａ／ｔ（９；１１）有详细研究［４］，结果显示诱导缓解 后 ＲＴｑＰＣＲ ＜１０－３和后续监测仍 ＜１０－３复发率低。 ＢＣＲＡＢＬ融合基因在 ＡＭＬ发生率低，用于 ＭＲＤ监 测的意义尚未有足够的临床验证 。 ［１１］ 以上研究结 果提示在用融合基因检测 ＭＲＤ方面，连续监测的 重要性，治疗结束后仍低度阳性不影响预后。 ２２ 突变基因 不是所有与 ＡＭＬ相关的突变基因 都适用于 ＭＲＤ监 测 。 ［１，４５，１０１１］ 造 血 干 细 胞 基 因 突 变后，获得竞争优势导致克隆造血，但仍有多系分化 和成熟的造血功能不属于白血病细胞，只有在继发 其他突变后才出现分化阻滞和无限增殖，发展为白 血病。随年龄增长干细胞的突变率增加，因此克隆 造血主要见于老年人，儿童少见。较常见的克隆造 血突变基因是编码表观遗传修饰因子的基因 ＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２、ＩＤＨ、ＡＳＸＬ１，以 及 ＲＮＡ 剪 接 子 和 Ｃｏｈｅｓｉｎｓ蛋 白 的 基 因 等。胚 系 突 变 基 因 ＲＵＮＸ１、 ＧＡＴＡ２、ＣＥＢＰＡ、ＤＤＸ４１和 ＡＮＫＲＤ２６也 不 适 用 于 ＭＲＤ检测。与治疗前比较，缓解后突变基因的表达 水平仍没有明显下降，需考虑是克隆造血突变或胚 系突变基因。胚系突变基因可通过检测胚系组织 ／ 细胞（例如口腔黏膜等）ＤＮＡ发现。
上皮性卵巢癌体系及胚系基因检测指南：ASCO推荐汇总
上皮性卵巢癌体系及胚系基因检测指南：ASCO推荐汇总本文作者：张欣欣责任编辑：张德普前沿据估计，2020年美国将有21,750例卵巢癌新确诊患者;尽管治疗取得了一些进展，但估计仍有13,940名妇女将死于该病。
卵巢癌在女性癌症死亡人数中排名第五，是女性生殖系统中死亡人数最多的一种癌症。
女性一生中患卵巢癌的风险约为1 / 78。
一生死于卵巢癌的几率大约是1/108。
卵巢癌的最大危险因素是有乳腺癌或卵巢癌的家族史，大约25%的卵巢癌是由遗传基因引起的。
在有家族史的卵巢癌患者中由BRCA1和BRCA2突变引起的占到40%，大约四分之一(6%的卵巢癌/输卵管癌/腹膜癌)是由BRCA1和BRCA2以外,包括许多与Fanconi贫血通路相关的基因或参与同源重组通路的基因引起的。
了解卵巢癌的潜在分子变化可以为患者提供更个性化的诊断、预测、预后和治疗策略，同时也可对其家庭成员采取具有临床意义医学措施。
许多医学协会建议对所有被诊断为卵巢癌的妇女进行基因检测，但实际上只有大约30%的妇女进行了基因检测。
此外，肿瘤诊疗参与者仍然缺乏足够的理解和/或资源以及如何将基因测试更好地融入他们实践的策略。
临床实践指南的目的是为临床医师(包括但不限于肿瘤学家,放射肿瘤学家,妇科肿瘤学家,和妇产科医师)和其他卫生保健从业者、护士和社会工作者、患者和护工等提供基于最佳支持证据来对基因测试的相关问题进行推荐。
在本文中，术语“胚系”指的是体内所有细胞的DNA序列，术语“体系”指的是肿瘤细胞的DNA发生的改变。
由于这是一个快速发展的主题，未来的方向和更新也将持续报告。
更多信息可在/gynecologic-cancer guidelines获得。
患者信息可在查询。
新的ASCO指南解决了临床实践中面临的真正挑战。
BRCA突变的高发率和针对这些突变的治疗手段的出现，使得有必要开发一种工具，指导肿瘤学诊疗参与者如何更好地将卵巢癌基因组检测纳入他们的实践。
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胚系变异分类
胚系变异是指个体在发育过程中，由于遗传信息的突变而导致形态
或功能的改变。这种变异可以分为遗传胚系变异和环境胚系变异两
种类型。
遗传胚系变异是指由基因突变引起的变异。基因是决定个体遗传特
征的基本单位，突变是基因序列发生改变的过程。遗传胚系变异可
以是染色体水平的改变，也可以是基因水平的改变。染色体水平的
改变包括染色体缺失、重复、倒位、易位等，而基因水平的改变则
包括点突变、插入、缺失等。这些变异会导致基因的功能发生改变，
从而影响个体的形态、生理和行为等方面。
环境胚系变异是指个体在发育过程中受到环境因素的影响而引起的
变异。环境因素包括温度、光照、营养等外界条件，以及内部因素
如母体激素、代谢产物等。这些环境因素可以改变个体的生长速度、
器官发育、性别表达等特征。
胚系变异的分类是基于变异的原因和影响。遗传胚系变异是由于基
因突变导致的，而环境胚系变异则是由于环境因素引起的。遗传胚
系变异在个体的后代中可以遗传，而环境胚系变异则不会遗传给后
代。
胚系变异在生物进化中起着重要的作用。通过胚系变异，个体可以
适应环境的改变，从而增加生存的机会。在自然选择的作用下，具
有有利变异的个体更容易生存下来并繁殖后代，从而传递这些有利
变异的基因。
总的来说，胚系变异是个体在发育过程中由于遗传信息的突变或环
境因素的影响而导致形态或功能的改变。这种变异分为遗传胚系变
异和环境胚系变异两种类型，它们在个体的进化和适应过程中起着
重要的作用。通过了解胚系变异的分类和机制，我们可以更好地理
解生物进化和适应的过程。