土壤dna提取方法
土壤DNA提取Part II 化学篇
土壤DNA提取Part II 化学篇接着前一篇文章关于如何提高土壤DNA提取得率的话题。
我们已经十分彻底的谈了样品研磨裂解、选择研磨珠类型的重要性、研磨设备以及裂解缓冲液。
从中你也可以发现，裂解步骤是提高得率的最值得钻研的地方。
研磨裂解后最终DNA抽提前，需要清洗去杂。
这一步主要由抑制因子去除技术（IRT）完成。
跟着操作说明书流程走，抑制因子去除完成后，文章的再下一段就是使用化学溶液配合硅胶离心柱抽提DNA了。
去除抑制因子：把土壤样品研磨破碎后就可以进行PCR抑制因子去除工作。
所谓的腐植酸其实就是使得样品呈现棕色的物质。
如果样品中有植物残骸甚至生物薄膜（Biofilm），杂质中还会含多糖类物质。
MO BIO以及Powersoil kits之所以在同行、同类试剂盒中出类拔萃就是因为其抑制因子去除。
MO BIO实验室开发出了一个专利技术，叫抑制因子去除技术（IRT）。
它能从细胞裂解物中沉淀去除腐植酸、多糖、多酚等。
IRT技术分两步，先去除蛋白质和其它残骸，然后去除不溶性大分子絮状沉淀物。
IRT处理后，样品看起来就清亮很多了。
PowerSoil 和PowerWater经过实验计算使用了充足的IRS量来对付最最难搞的问题土壤。
若最终依然存在有抑制因子（PCR扩增检测），重复一次IRS步骤。
IRT的第一步需要低温来加强絮状物形成。
而第二步，我们建议不要延长孵育时间超过5min。
试验证明过长孵育时间会降低DNA得率。
中点？如果要临时中止实验，时间点最好是在IRS结束后，加入绑定液之前。
把溶解产物存放在-20℃留到第二天再做硅胶离心柱绑定。
绑定到硅胶薄膜上：此时，DNA已经可以过硅胶薄膜用于抽提了。
一般上一步得到的细胞裂解产物应该是清亮的（如果土壤有机物含量很多，有可能微微发黄）。
为了把DNA吸附到硅胶薄膜上，需要离液盐的帮助。
绑定液（C4溶液）与溶解产物的比例是得率的又一关键点。
绑定液用太多，会导致降解RNA过多回收；要是太少，大分子量的基因组DNA回收率就不高。
mobio试剂盒提取土壤DNA的步骤(翻译)
UltraClean SoilDNA Isolation Kit Sample详细过程全过程戴上手套1、在2 ml Bead Solution Tubes 里加入0.25—1g 土样（注意：请参照提示和纠错指南确定加入土壤的量）。
发生的反应：土样或废渣样本被装入到Bead Tube中。
这是溶解过程的第一步。
Bead Solution 是一种打散土壤颗粒的溶液并开始溶解腐殖酸。
2、轻微地漩涡混合。
发生的反应：混合样本和Bead Solution。
3、检查S1溶液，如果S1溶液有沉淀，使用前加热到60℃使沉淀溶解。
发生的反应：S1溶液中含有SDS。
如果冷却了就会产生沉淀。
加热到60℃会使SDS 溶解。
S1溶液在温热的时候可以使用。
4、加入60 μl S1溶液，漩涡几次或简短地漩涡（3-4s）。
发生的反应：S1溶液含有SDS。
这是一种帮助细胞溶解的洗涤剂。
这种洗涤剂可以破坏脂肪酸和几种微生物细胞膜相关的脂类。
5、加入200μl IRS溶液（抑制剂去除的溶液）。
只有当DNA要用于PCR时才进行此步。
发生的反应：IRS是一种专门设计的用于沉淀腐殖酸和其他PCR抑制物的试剂。
DNA 要用于PCR时需要进行此步沉淀。
腐殖酸通常呈棕色。
他们属于有机化合物的一个大组分，存在于大多数富含有机质的土壤中。
6、确保使用MO BIO Vortex Adapter tube holder 进行漩涡时bead tube 是水平放置的。
最大速度漩涡10min。
（更少量的DNA剪切见可选择的溶解方法）注意：如果使用可放置多于12支试管的24空位的Vortex Adapter，增加5—10min 的漩涡时间。
发生的反应：略，见使用说明。
7、将试管在10000 × g离心30s。
注意：不能超过10000 × g 否则试管会坏。
发生的反应：此时细胞的残骸、土壤、珠子和腐殖酸等的微粒将结合成沉淀。
DNA在液体状的上清液中。
土壤DNA和植物DNA提取方法
土壤DNA和植物DNA提取方法现在主要的提取方法有：氯仿异戊醇抽提法、离心柱试剂盒法和磁珠法。
其中磁珠法作为一种新型核酸提取法，相较于传统方法来说优势明显：（1）生物磁珠具有小尺寸效应和表面效应，能够高效提取DNA；（2）磁珠表面能够进行化学修饰，从而与DNA进行特异性吸附；（3）磁珠法用时少，操作简单，且对环境无污染。
一、提取难点要想在土壤和植物中提取DNA，样本的液化是关键的一步，像土壤和植物都是固体样本，很难直接在试剂盒的作用下用于核酸提取。
提取过程中固体样本会跟杂质一样，严重阻碍磁珠吸附核酸，并且损耗大量的磁珠位点，很难取得良好的提取效果。
所以，在土壤和植物DNA提取时，要对样本进行预处理。
土壤的预处理首先需要浸泡，必要时可以进行水浴，因为从土壤中提取DNA并非提取土壤本身，而是提取土壤中存在的微生物DNA。
然后在样本中加入氧化锆-二氧化硅微珠和缓冲液，接着对其进行离心，取上清液即可用于进一步提取。
在植物中提取DNA时，需要剪取适量样本，对其进行研磨。
研磨时如果需要保护RNA，可以采用液氮研磨的方式。
如果不需要提取RNA，也可以加入裂解液或者生理盐水帮助研磨成匀浆状态，如果所得匀浆较为浑浊，可对其进行适当离心处理，取上清液即可用于进一步提取。
二、磁珠法提取试剂盒深圳市朗司医疗科技有限公司，开发出了新型高效的土壤和植物基因组DNA提取试剂盒，能够最大限度的去除土壤和植物提取DNA过程中所产生的杂质，保留目标所需DNA。
【图：使用朗司土壤试剂盒提取4种土壤样本的电泳结果】【图：使用朗司植物试剂盒提取叶片（50mg）总DNA的电泳结果，S1-S16为重复实验】三、磁珠法核酸提取仪（16通量）结合磁珠法核酸纯化技术，配合公司自主研发的16通量LemnisCare MGX-1600全自动核酸提取仪，可以完成目标核酸的自动提取，更加安全可靠，大大节省科研人员操作的同时，得到高纯度的土壤和植物DNA。
竹林土壤微生物总DNA提取方法研究
竹林土壤微生物总DNA提取方法研究摘要：本文使用细菌16srRNA基因的V3区引物对三种方法提取的DNA进行PCR-DGGE验证，实验结果表明：三种方法均能获得23Kb以上的DNA片段，但不同方法提取的DNA产量和质量存在明显差异。
其中采用振荡、反复冻融、蛋白酶K、十二烷基磺酸钠(SDS)裂解细胞和酚—氯仿抽提DNA法，结合异硫氢酸胍—硅胶膜核酸纯化柱DNA纯化法能有效的去除土壤中腐植酸等杂质，是一种较理想的竹林土壤微生物总DNA的提取方法，可以为竹林土壤微生物群落分析提供可靠的分子生物学方法。
Study on Extracting DNA from Bamboo SoilAbstract: Three methods for extracting total microbial DNA from environmental soil were compared. The DNA were amplified with 16SrRNA-based primers by use of the polymerase chain reaction, and the products of PCR then subjected to denature gradient gel electrophoresis (DGGE). The results showed that the three methods all can get large DNA from Bamboo soil, but the effectiveness of them and the quality of DNA were different. The method described as lysing with shaking –freezing thaw-proteinaseK-SDS could get the highest yield of soil microbial DNA, which was considered to be an effective method for extracting DNA from Bamboo soil. The humid and other contamination can be removed by using of phenol-chloroformisoamyl alcohol (25:24:1) and isothioureas hydrogen acid guanidine, combining with the treatment of passing through Silica membrane purification columns. Finally, an effective method to obtain DNA from Bamboo soil was established..Key words:Bamboo; Microbial; DNA extraction; PCR—DGGE我国竹类资源十分丰富，约占全世界1/3左右，在我国工农业生产和国民经济中占有重要地位[1]。
土壤DNA kingfisher Flex 提取(Magen)
土壤DNA kingfisher Flex 提取（Magen）（该方案采用Kingfisher Flex 自动化核酸提取仪，适用于从0.25-0.5g 土壤样品中自动化提取DNA）1.土壤的匀浆裂解（根据实际情况选择）手工涡旋：在2ml beads Tube 中，加入0.25—0.5 g土壤样品和0.7 ml Buffer SOL.在我选以上最高速度涡旋5-10分钟；再加入70 ul buffer SDS 至样品中，涡旋均匀60秒。
按第二步进行操作。
珠磨仪：在2ml Beads Tube 中，加入0.25-0.5 g土壤样品和0.7 ml Buffer SOL 和35 ul BufferSDS ,在珠磨仪上进行匀浆。
不同的珠磨仪因功率不一样，应根据仪器进行调整。
举例：采样Fast-Prep-249(MP)时，推荐速度为6.0，时间为40秒。
按第二步进行操作；推荐用珠磨仪如Fast-Prep-249(MP)来匀浆土壤样品，珠磨仪高能量高，短时间匀浆就能达到效果可减少DNA断裂，用涡旋仪涡旋匀浆土壤时，因效率低，时间长，对DNA完整性和产量方面会有影响，若样品含水量很多，可先离心去除水分后再进行操作。
2.（可选）进一步裂解细菌：对多数微生物70℃水浴10分钟对极难破裂的细菌：90℃水浴10分钟部分细菌或真菌带有很厚的细胞壁，如葡萄菌属等，这些微生物极难裂解，90℃水浴10分钟可提高其裂解效果，但90℃处理会引起DNA的片段化。
推荐先采用70℃水浴来提取DNA,在根据结果调整水浴温度和珠磨时间。
处理某些样品时（如富含有机质的底泥），70℃加热也可能会引起DNA的片段化，此时可省略这一步。
DNA的片段化不会影响唱过的PCR运用。
3.12,000xg 离心3分钟4.转移400 ul上清液至1.5 ml 离心管中。
加入100 ul Buffer PS 至上清液中。
涡旋混匀20秒5.再加入150 ul absorber solution ,涡旋混匀2-秒，-20℃放置10分钟。
PowerSoil 试剂盒提取土壤DNA
PowerSoil 试剂盒提取土壤DNA1、加入0.25g 土壤样品到一个PowerBead Tubes中。
2、轻轻涡旋混匀。
3、检测Solution C1。
若出现沉淀，60℃水浴至全溶解。
4、加入60μl Solution C1，上下颠倒数次混匀。
5、把PowerBead Tubes固定在涡旋仪适配器上，最大转速（3200rpm，若涡旋仪达不到此速度，可适当延长5~10min）涡旋连续振荡10min。
6、室温10000g离心30s。
7、转移上清至一个干净的2ml Collection Tube（试剂盒提供）中。
8、加入250μl Solution C2到上清中，涡旋混匀5s。
4℃孵育5min。
9、室温10000g离心1min。
10、避开沉淀小珠，转移上清≤600μl 到一个新的收集管（2ml Collection Tube）中。
11、加入200μl Solution C3到上清中，涡旋混匀。
4℃孵育5min。
12、室温10000g离心1min。
13、避开沉淀小珠，转移上清≤750μl到一个新的收集管中。
14、Solution C4 使用前先摇匀。
加入1200μl Solution C4到上清中，涡旋混匀5s。
15、加载约675μl 上清到Spin Filter 中，室温10000g离心1min。
弃去滤液，继续加载675μl 上清，室温10000g离心1min。
重复直至过滤完所有上清。
（每个样品共需加载3 次。
）16、加500μl Solution C5到Spin Filter 中，室温10000g离心30s。
17、弃去上清18、室温10000g 离心1min。
19、小心转移Spin filter 到2ml Collection Tube 中，尽量避免Solution C5 污染。
20、加入100μl Solution C6到白色滤膜中心。
21、室温10000g 离心30s。
22、弃去Spin Filter。
3.土壤微生物DNA的提取及PCR-马燕天 (1)
F：NS1（5′-GTA GTC ATA TGC TTG TCT C-3′）； R：GC-Fung（5′-CGC CCG CCG CGC CCC GCG CCC GGC CCG CCG CCC CCG CCC C ATT CCC CGT TAC CCG TTG-3′）
模板DNA template： 10-100ng 引物Primers： 0.1-0.4μM dNTPs： 0.2mM 聚合酶Polymerase: 1U 缓冲液Buffer: 1 ×Buf. MgCl2: 1.5mM H2O: 补足体系
提取土壤微生物DNA的方法很多，具体要根据土壤 样品特点来选择。
土壤DNA提取的难点：
微生物的释放； DNA的分离。
硫酸铝—玻璃珠法的特点：
硫酸铝有效去除腐殖酸； 玻璃珠加速微生物的释放与破碎。
1. 调pH=8.0；
2. 玻璃珠（配平）； 3. 转移上清；
500 μL 动作要轻缓
polya?先制好1wv琼脂糖凝胶020g琼脂糖加入20ml1tae缓冲液放入电泳槽中使缓冲液没过胶孔再点入pcr产物marker点在最左边5lpcr产物1l6loadingbuffer120v电压下电泳40min电泳结束后置于照胶仪上观察
指导老师：吴 兰（教授） 钟丽梅（讲师）
土壤微生物是指生活在土壤中的细菌、真菌、放线 菌、藻类的总称。它们在土壤中进行氧化、硝化、 氨化、固氮、硫化等过程，促进土壤有机质的分解 和养分的转化。
梯度稀释（1,20,100）2μL 0.5μL(10μM) 2 μL 0.125μL 2.5 μL 3 μL 14.875μL
1. 配置反应体系（25 μL）： 模板DNA template： 2 μL 引物Primers： 各0.25 μL dNTPs： 2 μL 聚合酶Polymerase: 0.125 μL 缓冲液Buffer: 2.5 μL MgCl2: 3μL H2O: 14.875μL 2. 分装：23 μL 3.加模板：2μL 4.设置PCR反应程序
大量土壤样品dna提取处理流程
大量土壤样品dna提取处理流程 下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。文档下载后可定制随意修改，请根据实际需要进行相应的调整和使用，谢谢! 并且，本店铺为大家提供各种各样类型的实用资料，如教育随笔、日记赏析、句子摘抄、古诗大全、经典美文、话题作文、工作总结、词语解析、文案摘录、其他资料等等，如想了解不同资料格式和写法，敬请关注! Download tips: This document is carefully compiled by theeditor. I hope that after you download them,they can help yousolve practical problems. The document can be customized andmodified after downloading,please adjust and use it according toactual needs, thank you! In addition, our shop provides you with various types ofpractical materials,such as educational essays, diaryappreciation,sentence excerpts,ancient poems,classic articles,topic composition,work summary,word parsing,copy excerpts,other materials and so on,want to know different data formats andwriting methods,please pay attention!
大量土壤样品DNA提取的处理流程详解 在环境科学、微生物学以及生态学等领域，对土壤样品的DNA提取是一项基础且重要的工作。这项工作能够揭示土壤中的生物多样性，帮助我们理解土壤生态系统。以下是大量土壤样品DNA提取的一般处理流程，包括预处理、提取、纯化和后期处理四个主要步骤。 一、预处理阶段 1. 样品收集：首先，需要收集代表性土壤样品，确保样品的多样性和完整性。避免在采样过程中引入污染，如使用无菌工具，迅速密封样品容器。
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土壤dna提取方法
土壤DNA提取是分子生物学研究和环境微生物学研究中的重要步骤，可以帮助我们了解土壤微生物的多样性和功能。
下面我将详细介绍几种常用的土壤DNA 提取方法。
1. 酚类方法
酚类方法是最早采用的土壤DNA提取方法之一。
它利用酚和氯仿等有机试剂，通过物理和化学作用将细胞膜破裂，释放出DNA。
这种方法简单易行，但提取的DNA质量可能较差。
此外，酚类方法需要大量有害的有机溶剂，对环境和操作人员有潜在的危害。
2. 商业提取试剂盒方法
随着分子生物学技术的进步，商业化的土壤DNA提取试剂盒逐渐出现。
这些试剂盒通常包含缓冲液、蛋白酶和柱式离心管等。
这种方法操作简单，操作时间短，并具有更高的DNA提取质量和稳定性。
而且，这些试剂盒被广泛应用于土壤微生物群落结构和功能的研究中。
3. 超声波方法
超声波方法是利用超声波的机械震荡作用使细胞壁破裂，释放DNA。
这种方法操作简单，提取时间短，不需要有机试剂，且适用于多种土壤类型。
然而，超声波提取的DNA可能存在碎片化和氧化的问题。
此外，超声波震荡也可能导致DNA的降解。
4. 磁珠法
磁珠法是一种新兴的土壤DNA提取方法。
它利用磁珠表面特异性的修饰物（如硅烷基或羧基）与DNA结合，然后通过磁力作用将DNA与其他成分分离。
这种方法有效地提取高质量的DNA，且可以通过调节磁珠表面的化学修饰来选择性地富集目标DNA。
磁珠法具有高效、高灵敏度和高特异性的特点，是目前土壤DNA提取的研究热点之一。
总结起来，土壤DNA提取方法种类繁多，每种方法都有其优缺点。
在选择合适的方法时，需要考虑实验目的、样本特性、实验设备和实验操作的复杂程度等多个因素。
此外，不同土壤样品可能需要不同的提取方法进行优化和比较，以获得高质量的土壤DNA。
因此，在进行土壤DNA提取实验时，我们应该结合实际情况选择合适的方法，并进行充分的前期准备、优化和实验控制，以确保提取到高质量、高纯度的土壤DNA。