土壤dna提取方法
土壤总DNA提取方法
土壤总DNA的几种提取方法SDS 高盐法(方案1)具体步骤:称取1g 土壤,放入研钵中,倒入适量的液氮,立即研磨;再倒入适量的液氮,研磨,重复3 次,使土壤颗粒研成粉末;将13.5 ml 提取缓冲液(0.1 mol/L磷酸盐[pH = 8.0 ] ,0.1 mol/L EDTA [pH 8.0 ] ,0.1 mol/L Tris-HCl [pH 8.0 ] ,1.5 mol/L NaCl ,1.0 % CTAB) 和50μl 蛋白酶K(10 g/L ) 与5 g 土壤置于50 ml 的离心管中,放入37 ℃恒温摇床上, 225 r·min - 1振荡30 min ;加入1.5 ml20 % SDS ,轻轻混匀,65 ℃水浴加热2 h ,每隔15～30 min 轻轻摇匀1 次;5 000 r·min - 1离心10 min ,将上清液转入新的50 ml 离心管中;取4.5 ml 提取缓冲液加入原离心管,摇匀泥浆,加入0.5 ml 20 % SDS ,65 ℃水浴15 min ,用上述同样的离心速度离心10 min ,将上清液与原上清液合并;再重复此步骤1 次;用与上清液等量的三氯甲烷于离心管中混匀,5000 r·min - 1离心20 min ;收集上清液,并加入0.6 倍体积的异丙醇,室温静置1 h ;25 ℃下12 000 r·min - 1离心20 min ,倒出上清液,干燥后加入500μl 去离子水,溶解粘附于离心管壁的DNA 及其杂质,并收集于1.5 ml 的微型离心管中.变性剂加SDS 高盐法(方案2)具体步骤：取1 g 土样和等量的灭菌石英砂在研钵中混合,加入1 ml 变性剂(4 mol/L异硫青酸胍,10mmol/L Tris-HCl [pH 7.0 ] ,1 mmol/L EDTA[pH 8.0 ] ,0.5 % 2-巯基乙醇) ;液氮冰冻,研磨至溶解,重复3 次;转入50 ml 离心管中,加入9 ml 提取缓冲液(0.1 mol/L磷酸钠[pH 7.0 ] , Tris -HCl [ pH 7.0 ] , 0.1 mol /L EDTA [ pH8.0 ] ,1.5 mol/L NaCl ,1 %CTAB ,2 %SDS) ;65 ℃水浴1 h ,每10 min 轻轻混匀1 次;5 000 r·min - 1 离心10 min ,取上清;在原管中加入5 ml 提取缓冲液,混合后,65 ℃水浴10min ,离心,取上清,合入上述上清液;重复一次;加入等体积的氯仿混合,5 000 r·min - 1离心20 min ,取上清;加入0.6 倍体积的异丙醇,室温沉淀1 h ;20～25 ℃,12 000 r·min - 1离心20 min ,TE 溶解沉淀.SDS-酚氯仿抽提法（方案3）称取1g土壤样品，加入1ml 0.1mol/l PH8.0 磷酸缓冲液，玻璃珠振荡1min。
四种提取土壤DNA的方法
四种提取土壤DNA的方法OMEGA试剂盒法1称取500mg玻璃珠于15ml离心管中，加入0.2-0.5g土壤样品。
加1ml Buffer SLX Mlus，以最大转速涡旋震荡3-5min，以溶解土样。
2.加入100μl Buffer DS，震荡混匀。
3.70o C水浴10min,水浴过程中，轻轻震荡。
4.于室温离心（3000rpm）3min，上清吸取800μl至2ml离心管，加入270μl Buffer SP2，充分震荡混匀。
5.冰浴5min, 4o C、12000rpm离心5min。
6.小心将上清移至新的2ml离心管中，加入0.7倍体积异丙醇，反复颠倒混匀（轻轻地20-30次），于室温放置30min。
7.4o C、12000rpm离心10min，以沉淀DNA。
8.弃上清，确保不将DNA团块倒掉，将管口至于卫生纸上1min，以流干液体。
9.加入200μl Elution Buffer于管内，轻轻震荡10s。
10.加入50-100μl HTR Reagent ,轻轻震荡10S。
11.室温放置2min，12000rpm离心2min。
12.将上清移至新的离心管中，加入等体积XP2 Buffer，轻轻震荡混匀。
13.将上一步中的样品转移到插有柱子的收集管中，10000rpm室温离心1min，弃上清。
14.加入300μl XP2 Buffer， 10000rpm离心2min，弃收集管。
15.将柱子插入新的收集管，加入700μl SPW Wash Buffer（提前用无水乙醇配好）， 10000rpm离心1min，弃上清。
16.重复上一步。
17.弃液体，12000rpm室温离心2min。
18.将柱子插入新的离心管中，加入30-50μl Elution Buffer于柱子中央，65o C水浴10-15min。
19.12000rpm离心1min，洗脱DNA，洗脱液保留。
20.重复步骤18、19。
周法1.称取5g土壤样品于50ml离心管中，加入13.5ml提取缓冲液（2％CTAB提取液pH8.0）和50μl蛋白酶K（20mg／ml），置于37o C恒温摇床上（水平放置），150-180rpm摇1h。
土壤DNA提取方法汇总
土壤DNA提取方法汇总土壤中的DNA提取是研究土壤微生物群落结构和功能的重要步骤之一、本文将对目前常用的土壤DNA提取方法进行汇总，并介绍其原理、优缺点以及适用性。
1.CTAB法CTAB（氯化己基三甲基铵）法是最常用的土壤DNA提取方法之一、其原理是利用CTAB与蛋白质和多糖发生作用，使DNA与其他组分分离。
该方法的优点是提取得到的DNA纯度高、适用性广。
缺点是操作步骤多，时间长，适用于提取含有较多植物残渣的土壤。
2.基于磁珠的DNA提取方法基于磁珠的DNA提取方法利用磁珠表面修饰特定的配体来提取DNA。
该方法的优点是操作简单、快速，适用于大样本数量的高通量提取。
缺点是DNA提取量可能较少，且磁珠的价格较高。
3.基于柱式纯化的DNA提取方法基于柱式纯化的DNA提取方法利用离心共沉淀、结合柱过滤和洗脱等操作步骤将DNA分离、纯化。
该方法的优点是操作简单、纯度高、适用性广。
缺点是提取过程中可能有一定的DNA损失，适用于土壤中DNA含量较高的样品。
4.基于酚/氯仿的DNA提取方法基于酚/氯仿的DNA提取方法通过酚提取蛋白质，然后用氯仿提取DNA。
该方法的优点是操作简单、时间短。
缺点是提取得到的DNA纯度较低、约30%-50%，适用于低含量的DNA提取。
5.基于快速筛选管的DNA提取方法基于快速筛选管的DNA提取方法是一种快速、高通量的DNA提取方法。
该方法将土壤样品与诸如琼脂、蛋白酶和密度调节溶液等混合，然后离心过滤来净化DNA。
该方法适用于大样本数量，但提取得到的DNA纯度可能较低。
6.基于盐法的DNA提取方法基于盐法的DNA提取方法利用高盐溶液和酒精共同作用来提取DNA。
该方法的优点是操作简单，适用性广。
缺点是提取得到的DNA纯度较低、约60%-70%。
适用于含有较少结构复杂的土壤样品。
7.基于微环境酶法的DNA提取方法基于微环境酶法的DNA提取方法通过添加酶裂解细胞壁和膜来提取DNA。
该方法的优点是提取得到的DNA纯度高、适用性广，适用于含有许多植物遗传物质的土壤。
实验室土壤DNA提取方法
实验室土壤DNA提取方法引言：土壤DNA提取是土壤微生物研究的重要步骤之一、随着分子生物学和生物技术的飞速发展，土壤DNA提取方法也在不断更新和改进。
本文将介绍几种常用的实验室土壤DNA提取方法，并对其优缺点进行分析。
1.简化版CTAB方法CTAB(Cetyltrimethylammonium bromide)方法是最早用于植物基因组DNA提取的方法之一，后来也被应用于土壤DNA提取。
该方法的主要原理是CTAB与蛋白质结合，沉淀DNA。
该方法适用于各种土壤类型，但操作繁琐，时间长。
在简化版CTAB方法中，可以只使用CTAB和柠檬酸溶液进行土壤细胞破碎和沉淀DNA。
优点：适用于多种土壤类型，提取效果较好。
缺点：操作繁琐，时间长。
2.快速离子交换层析法快速离子交换层析法是一种快速、高效的土壤DNA提取方法。
该方法利用离子交换层析介质的特异性吸附性质，选择性地提取DNA。
该方法不需要昂贵的实验室设备，操作简便，快速。
优点：操作简便快速，不需要昂贵的实验室设备。
缺点：提取效果受土壤样品质量的影响较大。
3.商用土壤DNA提取试剂盒商用土壤DNA提取试剂盒是目前最常用的土壤DNA提取方法之一、这些试剂盒根据不同原理设计，一般包括土壤细胞破碎缓冲液、蛋白酶、DNA结合试剂等。
使用时只需要按照说明书的步骤操作即可，具有方便、快速的特点。
同时，商用试剂盒通常能保证较高的提取效率和较低的污染率。
优点：操作简便快速，提供高效率的DNA提取。
缺点：试剂盒价格较高。
4.冷冻磨砂法冷冻磨砂法是一种相对简单、快速的土壤DNA提取方法。
该方法利用液氮的低温和研钵的摩擦破碎土壤细胞，释放DNA。
提取过程中需要尽快将土壤样品置于液氮中进行冷冻，以避免DNA降解。
优点：操作简便快速。
缺点：需要较多的液氮。
结论：不同的土壤DNA提取方法各有优缺点，选择适合自己实验室的方法需考虑到实验目的、样品类型和实验室条件等因素。
因此，实验人员应了解不同提取方法的原理和应用，并结合实际需要选择合适的方法进行土壤DNA提取。
土壤DNA和植物DNA提取方法
土壤DNA和植物DNA提取方法现在主要的提取方法有：氯仿异戊醇抽提法、离心柱试剂盒法和磁珠法。
其中磁珠法作为一种新型核酸提取法，相较于传统方法来说优势明显：（1）生物磁珠具有小尺寸效应和表面效应，能够高效提取DNA；（2）磁珠表面能够进行化学修饰，从而与DNA进行特异性吸附；（3）磁珠法用时少，操作简单，且对环境无污染。
一、提取难点要想在土壤和植物中提取DNA，样本的液化是关键的一步，像土壤和植物都是固体样本，很难直接在试剂盒的作用下用于核酸提取。
提取过程中固体样本会跟杂质一样，严重阻碍磁珠吸附核酸，并且损耗大量的磁珠位点，很难取得良好的提取效果。
所以，在土壤和植物DNA提取时，要对样本进行预处理。
土壤的预处理首先需要浸泡，必要时可以进行水浴，因为从土壤中提取DNA并非提取土壤本身，而是提取土壤中存在的微生物DNA。
然后在样本中加入氧化锆-二氧化硅微珠和缓冲液，接着对其进行离心，取上清液即可用于进一步提取。
在植物中提取DNA时，需要剪取适量样本，对其进行研磨。
研磨时如果需要保护RNA，可以采用液氮研磨的方式。
如果不需要提取RNA，也可以加入裂解液或者生理盐水帮助研磨成匀浆状态，如果所得匀浆较为浑浊，可对其进行适当离心处理，取上清液即可用于进一步提取。
二、磁珠法提取试剂盒深圳市朗司医疗科技有限公司，开发出了新型高效的土壤和植物基因组DNA提取试剂盒，能够最大限度的去除土壤和植物提取DNA过程中所产生的杂质，保留目标所需DNA。
【图：使用朗司土壤试剂盒提取4种土壤样本的电泳结果】【图：使用朗司植物试剂盒提取叶片（50mg）总DNA的电泳结果，S1-S16为重复实验】三、磁珠法核酸提取仪（16通量）结合磁珠法核酸纯化技术，配合公司自主研发的16通量LemnisCare MGX-1600全自动核酸提取仪，可以完成目标核酸的自动提取，更加安全可靠，大大节省科研人员操作的同时，得到高纯度的土壤和植物DNA。
实验室土壤DNA提取方法
改良CTAB-SDS法1、称取1 g土壤样品，加1ml DNA提取液（0.1 mol/L Tris-Hcl；0.1 mol/L EDTA；0.1 mol/L 磷酸钠；1.5 mol/L Nacl；1％CTAB；pH 8.0,将各种试剂按配置的体积数称量混合即可。
），在漩涡震荡仪上混匀。
2、加入100ul溶菌酶温和37℃裂解30min,液氮冷冻10 min，65℃水浴10 min，反复冻融3次。
3、加入20％ SDS缓冲液溶液100µl，65℃水浴2h，每20 min轻轻颠倒几次。
8000 r/min离心10 min，取上清。
4、剩余残渣中再加500µl DNA提取液和100µl SDS 缓冲液，65℃水浴30 min，8000 r/min室温离心10 min，取上清，合并两次的上清液。
5、等体积的氛-氯仿-异戊醇（25：24：1）抽提2至3次(氯仿：异戊醇（24：1）抽提一次)，静置10min，12000rpm，10min取上清。
6、加入0.1倍体积的NaAc和0.6倍体积的无水乙醇混匀，4℃沉淀过夜。
7、13000 r/min离心5 min，70%乙醇清洗2次，30µl ddH2O溶解。
8、提取粗DNA在0.6%（1%）的Agrose，70 V（100V）电压下电泳1.5 h（40min）。
注意事项：这个千万不要4℃过夜啊，4℃过夜你会发现很多的絮状悬浮物，我之前犯过类似错误，这个是SDS和高浓度的盐在低温条件下析出来了。
室温放置1－2h就好。
提取土壤微生物总DNA的纯度和浓度检测对提取的土壤微生物总DNA进行琼脂糖凝胶电泳检测,同时采用紫外分光光度计分别测定提取土壤微生物总DNA稀释液在230 nm，260 nm，280 nm处的光密度值。
以OD260/OD280（DNA/蛋白质），OD260/OD230（DNA/腐植酸）比值检测DNA纯度。
DNA浓度=OD260值×50µg／ml×80×DNA 溶液体积／干土质量[68]试剂的配置：1、0.1 mol/L Tris-HclTris（三羟甲基氨基甲烷），Mr = 121.14，称取12.114g Tris溶解900ml的蒸馏水中，加水定容至1000ml。
实验室土壤DNA提取方法
实验室土壤DNA提取方法1.样品收集和处理：首先，选择代表性的土壤样品进行采集。
可以使用一支消毒过的勺子或铲子，在表层土壤（0-10厘米深度）从多个点上采集土壤样品。
将采集的土壤样品放入带有滴涤酒精的消毒塑料袋中，密封并标记。
2.去除有机污染物：将收集的土壤样品放在室温下放置48小时，以除去土壤中的有机污染物。
然后，使用筛网（孔径为2毫米）将土壤样品筛选，以去除大颗粒物。
3.细胞破碎：将筛好的土壤样品放入5毫升的离心管中，加入细胞破碎缓冲液（含有Tris-HCl缓冲液、EDTA、蛋白酶K和SDS），并加入玻璃珠。
用震荡器将土壤样品在高速震荡下破碎数分钟，直至土壤样品完全均质。
4.DNA提取：将土壤样品离心10分钟，以除去残余的土壤颗粒物。
将上清转移到新的离心管中。
加入NaCl和CTAB（cetyltrimethylammonium bromide）缓冲液，并轻轻倒置混匀。
将样品在65摄氏度的水浴中孵育30分钟。
加入异丙醇并轻轻倒置混匀，然后继续孵育5分钟。
用塑料吸管吸取上层的异丙醇溶液，避免吸取到DNA混淆物。
将异丙醇溶液转移至新的离心管中，并加入冷异丙醇，使DNA沉淀。
将离心管放置在-20摄氏度的冰箱中，孵育至少2小时，以沉淀DNA。
使用离心机将混悬液离心10分钟，以将沉淀的DNA分离出来。
去除上清液，并用70%乙醇洗涤DNA沉淀，以去除异丙醇和其他杂质。
将洗涤后的DNA沉淀风干，然后加入含有TE缓冲液（含有Tris-HCl和EDTA）的管中重溶。
对DNA溶液进行浓度和纯度检测，可以使用比色法或分光光度计来确定DNA的浓度和 A260/A280比值。
将DNA溶液储存在-20摄氏度的冰箱中，以便后续分析。
土壤DNA提取具有许多优点，如操作简单、成本低廉，并且可以获得大量的DNA，适用于各种微生物的遗传分析。
然而需要注意的是，土壤样品中存在有机物和多种离子，可能会对DNA提取的效果产生影响，因此在提取过程中需要仔细操作，以确保提取到高质量的DNA。
土壤微生物总DNA提取及其PCR优化
土壤微生物总DNA提取及其PCR优化土壤中的微生物是土壤生态系统中非常重要的组成部分，对于土壤的生物地球化学循环和植物生长起着至关重要的作用。
因此，了解土壤中的微生物群落结构和功能对于研究土壤生态系统和提高农田肥力具有重要意义。
土壤微生物群落分析通常需要进行土壤微生物总DNA的提取，并利用PCR技术对其进行检测和分析。
本文章将介绍土壤微生物总DNA提取的步骤，并对PCR反应进行优化。
1.土壤样品采集：将土壤样品收集到干净的塑料袋中，并尽快将其带回实验室进行处理。
2.土壤样品处理：将土壤样品通过筛网过滤，去除大颗粒物质。
然后，将土壤样品进行均匀混合，以保证提取的土壤微生物样品的代表性。
可以根据具体的研究目的和需求，选择不同的土壤样品处理方法，例如：酶处理、分离培养等。
3.DNA提取：根据所选用的DNA提取试剂盒的说明书，按照其提取方案进行操作。
一般而言，土壤微生物总DNA提取的步骤包括：细胞破碎、蛋白质沉淀、DNA溶解和纯化等步骤。
4. DNA质量检测：提取的土壤微生物总DNA可以通过紫外分光光度计或凝胶电泳等方法进行检测。
常用的DNA浓度检测方法为：通过分光光度计检测DNA的吸光度260 nm/280 nm比值，一般DNA的260 nm/280 nm比值在1.7-1.9之间为纯净的DNA样品。
PCR是一种被广泛应用于土壤微生物群落分析的技术，可以检测和分析微生物群落结构和功能。
下面是PCR反应优化的几个关键步骤：1.引物设计：选择适当的引物对于PCR反应的成功至关重要，引物应能够特异性地扩增所需的目标基因片段。
引物的设计可以根据所研究的微生物基因组序列进行，也可以利用已有的引物库进行。
2.酶和缓冲液优化：PCR反应中酶的选择和相应的缓冲液对于PCR反应的效果有着重要的影响。
可尝试不同品牌和类型的聚合酶和缓冲液，根据实验结果选择最适合的组合。
3.PCR温度参数优化：PCR反应的温度参数也会对PCR反应的效果产生重要影响。
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土壤dna提取方法
土壤DNA提取是指从土壤样本中获取土壤微生物DNA的过程。
它是研究土壤微生物群落结构和功能的关键步骤之一。
土壤微生物是土壤生态系统的重要组成部分，对土壤养分循环、生物地球化学循环和土壤质量具有重要影响。
因此，研究土壤微生物DNA有助于深入了解土壤生态系统的功能和稳定性。
土壤DNA提取方法可以根据不同的研究目的选择不同的方法。
下面我将介绍几种常用的土壤DNA提取方法。
1. CTAB法：CTAB（十六烷基三甲基溴化铵）法是最经典的土壤DNA提取方法之一。
它的原理是利用CTAB与DNA形成离子对，离子对会与蛋白质、多糖等溶于水的杂质结合，然后通过离心去除杂质，最后用溶剂将DNA沉淀下来。
这种方法的优点是提取得到的DNA质量较高，适用于较小的土壤样本。
但是，它的缺点是操作步骤繁琐，耗时长。
2. 磁珠法：磁珠法是一种常用的高通量土壤DNA提取方法。
它利用表面带电的磁珠与DNA结合，通过磁场将DNA捕获在磁珠上，然后用洗涤缓冲液去除杂质，最后用洗脱缓冲液将DNA从磁珠上溶解下来。
这种方法的优点是操作简单、快速，适用于大规模样本处理。
然而，提取得到的DNA质量可能较低，因为磁珠结合的特异性可能不如其他方法。
3. 快速法：快速法是一种在提取过程中省去DNA纯化步骤的方法。
其中，一种
常用的快速法是表面粘贴法。
该方法通过在提取缓冲液中添加琼脂糖，并将土壤样本与缓冲液充分混合，将DNA留在微粒的表面上，然后通过离心将DNA粘在微粒上，最后用洗涤缓冲液去除杂质。
快速法的优点是操作简单、快速，适用于大规模样本处理。
但是，提取得到的DNA可能带有较多的杂质，对后续分析可能产生影响。
除了上述介绍的几种常用的土壤DNA提取方法外，还有其他一些特殊情况下使用的方法。
例如，对于硅酸盐土壤样品，可以使用硅酸盐法提取DNA；对于高含沙量的土壤样品，可以使用聚乙二醇（PEG）沉淀法提取DNA。
这些方法在不同的研究条件和样品类型下都有着特定的优势。
总结起来，土壤DNA提取方法的选择应根据研究目的、样品类型和研究条件来确定。
无论选择哪种方法，关键的是保证提取得到的DNA质量和纯度，以便后续的分子生物学分析。
此外，还应注意消除外源DNA污染、避免操作中的交叉污染，以确保实验结果的准确性和可重复性。