Sequencher序列分析软件
各类生物软件汇总
三维分子类RASMOL 2.7.2.1 观看生物分子3D微观立体结构的软件。
非常有名，巨棒！RasTop 2.03 为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME 2.6 SP5 直接在浏览器中观看3D分子。
MolMol 2k.2 将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件。
CrystInfo 1.0 用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3d结构。
PDViewer PDB格式文件的查看程序。
DS ViewerPro 5.0 trail 3维分子浏览工具。
ICMLite 2.8 3维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能。
VMD 1.82 3维分子浏览工具，可以进行动态显示。
CN3D 4.1 3D分子结构观察软件。
WPDB 2.2 PDB文件检索显示分析软件。
DTMM 4.1 Demo 3维分子模型显示、编辑与构建程序。
gopenmol2.32 显示并分析分子结构及其特性的软件。
POV-Ray 3.6b3 生成三维图像工具软件。
WinMegaPov 1.0 3D渲染软件POV-Ray非官方编译软件。
MolPOV 2.0.8 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。
Mol2Mol 5.2.1Demo 分子文件格式转换软件。
PovChem 2.1.1 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。
Ortep-3 for Windows 1.076 生成分子的热椭圆形点图软件。
PLATON1.07 通用结晶学软件工具。
Mage 6.35 读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。
Prekin 6.35 将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件的软件。
Swiss-PdbViewer 3.7 sp5 PDB文件显示与分析软件。
DINAMO 蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具软件。
PCMolecule2 Lite 查看PDB格式文件的免费软件。
StrukEd Demo 化学分子编辑与三维模型生成软件。
生物学软件_大全(二)
引言概述：生物学软件在现代科学研究中扮演着重要的角色，它们为生物学家们提供了数据分析、模拟实验等功能，帮助他们更好地理解生命的复杂性。
本文将为大家介绍一系列生物学软件，帮助生物学家们在研究中更高效地工作。
正文内容：1.生物信息学软件1.1基本基因序列分析软件1.1.1BLAST：用于序列比对和相似性搜索，帮助确定生物序列的功能和结构。
1.1.2ClustalOmega：用于多序列比对的工具，帮助研究人员查找序列间的共同特征。
1.1.3EMBOSS：一套开源的生物信息学软件，包含各种工具用于序列分析、蛋白质结构分析等。
1.2基因组数据分析软件1.2.1GATK：广泛用于基因组重测序数据的分析和变异检测。
1.2.2BEDTools：用于处理基因组坐标的工具，帮助研究人员在基因组中定位感兴趣的特定区域。
1.2.3HMMER：用于比对蛋白质序列和荧光探针序列的隐马尔可夫模型工具。
2.结构生物学软件2.1Rosetta：一套用于结构预测和蛋白质构象优化的软件，帮助研究人员研究蛋白质的结构和功能。
2.2PyMOL：一种用于可视化分子结构的工具，它可以高质量的分子图像，并为研究人员提供结构分析的功能。
2.3Coot：用于蛋白质结构分析和模型建立的软件，可帮助研究人员在解析蛋白质结构时进行手动操作和调整。
2.4CCP4：一个用于蛋白质晶体学的软件套件，用于解析晶体结构和进行结构决策。
2.5SwissPdbViewer：一种用于蛋白质结构可视化和分析的软件，具有多种功能和工具。
3.蛋白质互作软件3.1STRING：综合性的蛋白质互作数据库和分析工具，帮助研究人员理解蛋白质之间的相互作用关系。
3.2Cytoscape：一个用于细胞网络分析和可视化的软件，可用于研究蛋白质之间的相互作用网络。
3.3ClusPro：一种用于蛋白质蛋白质和蛋白质配体互作的软件，可用于预测互作模型和分析互作强度。
3.4InterProSurf：一种用于预测和分析蛋白质间相互作用界面的工具，可以帮助研究人员理解蛋白质互作的机制。
生物信息学软件的使用
多序列比对实例
输入文件的格式(fasta)： >KCC2_YEAST NYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN…… >DMK_HUMAN DFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYAMKIMNK……. >KPRO_MAIZE TRKFKVELGRGESGTVYKGVLEDDRHVAVKKLEN…… >DAF1_CAEEL QIRLTGRVGSGRFGNVSRGDYRGEAVAVKVFNALD…… >1CSN HYKVGRRIGEGSFGVIFEGTNLLNN……
Clustal简介
CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个 序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两 两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化 指导树，对关系密切的序列进行加权；然后从 最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列 并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入 为止。ClustalW是现在用的最广和最经典的多 序列比对软件
多序列比对工具－clustalX
Clustalx是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对 工具，由Higgins D.G. 等开发。和网络版的Clustalw 有异曲同工之效. 有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版， DOS版的clustlw，windows版本的clustalx等。
输入控 制命令 输入文 件名称
输出控 制命令
程序 名称
结果保存 uscle进行比对过程演示
Genedoc与BioEdit的简单介绍
GeneDoc是一个特别的排列程序，有很好的 蛋白质排列注释和分析、描影和结构定义功能 部件，就像一个反映排列的内在的进化树。 BioEdit也是一个生物序列编辑器，它的基本 功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、处理和 分析
分子生物学实验中的分析软件使用方法介绍
分子生物学实验中的分析软件使用方法介绍随着科技的发展和进步，分子生物学实验的数据量不断增加，对于这些大量的数据进行分析成为了科研工作者不可或缺的一部分。
为了更好地处理和解读这些数据，科研人员们使用各种分析软件来辅助他们的研究工作。
本文将介绍一些常用的分析软件及其使用方法。
一、基因序列分析软件基因序列分析软件是分子生物学实验中最常用的软件之一，它们用于分析DNA或RNA序列以及蛋白质序列。
其中，NCBI Blast是一种非常常用的基因序列比对软件，它可以通过将待比对的序列与已知的序列数据库进行比对，从而确定序列的相关性和相似性。
使用NCBI Blast，我们可以快速找到与我们研究对象相关的序列信息。
二、基因表达分析软件基因表达分析软件用于分析基因在不同组织或条件下的表达水平，以及基因调控网络等。
在这方面，R语言是一种非常强大的工具。
通过使用R语言中的各种包和函数，我们可以对基因表达数据进行聚类分析、差异表达分析、通路富集分析等。
同时，R语言还提供了丰富的数据可视化功能，可以帮助我们更好地展示和解读实验结果。
三、蛋白质结构分析软件蛋白质结构分析软件主要用于预测蛋白质的三维结构以及模拟蛋白质的动力学行为。
其中，Swiss-PdbViewer是一种常用的蛋白质结构可视化软件，它可以帮助我们观察和分析蛋白质的结构特征。
而GROMACS则是一种常用的分子动力学模拟软件，它可以模拟蛋白质在不同环境下的运动轨迹，帮助我们理解蛋白质的功能和机制。
四、基因组学分析软件基因组学分析软件主要用于处理和分析整个基因组的数据，包括基因组序列、基因组注释以及基因组变异等。
在这方面，Ensembl是一种非常常用的基因组分析软件。
它提供了大量的基因组数据和工具，可以帮助我们进行基因组注释、基因组比对以及基因组变异的分析。
五、细胞图像分析软件细胞图像分析软件用于分析和处理细胞图像数据，帮助我们了解细胞的形态和功能。
其中，ImageJ是一种非常流行的细胞图像分析软件，它提供了丰富的图像处理和分析工具，可以帮助我们进行细胞计数、细胞形态分析以及细胞追踪等。
基于高通量测序的基因序列分析软件
基于高通量测序的基因序列分析软件基因序列分析软件是基于高通量测序（high-throughput sequencing）技术的生物信息学工具。
这些软件能够帮助研究人员分析和解释基因组中的DNA序列信息，从而帮助他们理解基因的结构和功能，以及基因与疾病之间的关系。
以下是一些常用的基因序列分析软件：1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是生物信息学领域最常用的工具之一、它能够在数据库中相似的DNA或蛋白质序列，从而进行序列比对和注释。
研究人员可以使用BLAST来识别已知序列的同源性，以帮助理解基因的功能。
2. GeneiousGeneious是一款强大的基因序列分析软件，具有丰富的功能和用户友好的界面。
它可以帮助研究人员进行DNA和蛋白质序列的比对、组装和注释，以及基因启动子和开放阅读框的预测。
除此之外，Geneious还提供了诸如基因家族和物种多样性分析等高级功能。
3. CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench是一款全面的基因组学分析软件，适用于从原始测序数据开始的所有分析阶段。
它提供了一整套工具，包括测序质量控制、组装、变异检测、基因表达分析等。
CLC Genomics Workbench还具有可视化和报告功能，可以帮助用户更好地理解和解释分析结果。
4. TrinityTrinity是一款专门用于转录组分析的软件。
转录组分析是指通过测序和比对RNA序列，对特定组织或时间点的基因表达进行定量分析。
Trinity可以帮助研究人员对RNA测序数据进行预处理、组装和注释，以获得转录本及其转录水平的信息。
5. IGV（Integrative Genomics Viewer）IGV是一款基因组可视化工具，可以帮助研究人员在线浏览和分析基因组数据。
它支持多种数据类型，包括基因组、转录组、甲基化和染色体互作数据等。
生命科学中常用的软件及其应用
生命科学中常用的软件及其应用生命科学是一个涉及多个学科交叉的领域，其中运用到的软件非常丰富。
这些软件可以帮助生命科学研究人员完成从基因组测序到蛋白质结构分析的各种复杂任务。
在这篇文章中，我们将介绍一些生命科学中常用的软件及其应用，帮助读者更好地了解这个领域。
1. BLASTBLAST（基本局部序列比对工具）是基因组测序领域中最常用的软件之一。
它可以在数据库中进行序列比对，并根据相似性评分进行排序和过滤。
BLAST的应用非常广泛，包括在基因组测序和蛋白质结构分析中用于序列比对，DNA和蛋白质序列注释，以及进化分析等。
2. CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench是一个功能强大的基因组分析软件，可以用于基因组测序和生物信息学分析。
它可以处理各种不同类型的数据，包括RNA测序数据、DNA测序数据和蛋白质序列数据。
使用该软件，科学家可以进行基因组组装、基因表达分析、SNP检测、CNV分析等多种复杂的分析任务。
3. PyMOLPyMOL是一个用于分子可视化和分析的软件。
它可以用于可视化蛋白质、DNA和RNA结构，以及与其他分子的相互作用。
在生物学研究中，PyMOL被广泛用于研究蛋白质结构和功能。
化学公式、分子等多种形式，都能够被轻松制作出来。
4. RR是一个免费的数据分析软件，主要用于统计分析、数据可视化和预测模型的建立。
在生命科学中，R被广泛用于基因表达分析、蛋白质结构预测、生存分析等多个领域。
它是生命科学研究者进行大规模数据分析的首选工具之一。
5. CytoscapeCytoscape是一款网络分析软件，用于研究生物分子间的相互作用，例如蛋白质-蛋白质相互作用，基因调控网络等。
Cytoscape具有丰富的图形界面，可以使用各种插件来进行网络建模、可视化和分析。
6. HMMERHMMER是用于进行隐马尔可夫模型（HMM）建模和分析的工具软件。
在生命科学领域，HMMER被用于进行蛋白质序列比对和蛋白质家族分类。
核酸序列格式转化工具
核酸序列格式转化工具是用于将不同格式的核酸序列文件进行转换的软件。
这些工具通常支持多种常见的序列格式，如FASTA、GENBANK等，并允许用户轻松地在这些格式之间进行转换。
以下是一些常见的核酸序列格式转化工具：
Geneious：这是一个功能强大的生物信息学软件平台，支持多种序列格式，并提供直观的界面来进行序列的导入、编辑和导出。
BioEdit：BioEdit是一个免费的生物序列编辑器和分析工具，支持多种序列格式，并具有序列转换功能。
Sequencher：这是一个商业化的序列分析软件，支持多种序列格式，并提供高级的序列编辑和转换功能。
EMBOSS：EMBOSS是一个开源的生物信息学软件包，其中包含多个用于序列格式转换的工具，如seqret。
Format Converter：一些在线工具网站也提供序列格式转换功能，用户可以通过上传文件并选择目标格式来进行转换。
使用这些工具时，请确保您了解不同格式之间的差异和限制，以便正确地进行转换。
此外，建议在转换前备份原始文件，以防出现意外情况。
如果您不确定如何选择合适的工具或如何进行转换，请参考相关软件的文档或在线教程。
核酸序列分析软件介绍
核酸序列分析1、核酸序列检索可通过NCBI使用Entrez系统进行检索，也可用EBI的SRS服务器进行检索。
在同时检索多条序列时，可通过罗逻辑关系式按照GenBank接受号进行批量检索。
如用“AF113671 [ac] OR AF113672 [ac]”可同时检索这两条序列。
其中“[ac]”是序列接受号的描述字段。
2、核酸序列的基本分析（1）分子质量、碱基组成、碱基分布分子质量、碱基组成、碱基分布可通过一些常用软件等直接获得。
如:BioEdit（/BioEdit/bioedit.html），DNAMAN（）。
（2）序列变换进行序列分析时，经常需要对DNA序列进行各种变换，例如反向序列、互补序列、互补反向序列、显示DNA双链、转换为RNA序列等。
这些用DNAMAN软件可很容易实现，这些功能集中在Sequence→Display，从中可选择不同的序列变换方式对当前通道的序列进行转换。
（3）限制性酶切分析该方面最好的资源是限制酶数据库（Restriction Enzyme Database，REBASE）。
REBASE数据库（，/rebase）中含有限制酶的所有信息，包括甲基化酶、相应的微生物来源、识别序列位点、裂解位点、甲基化特异性、酶的商业来源及公开发表的和未发表的参考文献。
其它资源还有：WebGene：/~tjyin/WebGene/RE.html，/personal/tyin.htmlWebCutter2：http://www//firstmarkert/firstmarket/cutter/cut2.html同时，很多软件也能够识别REBASE限制酶数据库。
强烈推荐使用集成化的软件如BioEdit和DNAMAN等。
所得出的结果给出指定DNA序列的酶切位点信息，为克隆鉴定和亚克隆提供了重要信息。
在实际进行分子生物学实验中，有时需要对多条相关序列（如发生突变的一批序列）同时进行酶切分析，以便为后续的克隆鉴定提供参考。
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Sequencher序列分析软件
Sequencher是DNA序列集合和分析软件。
它可以和所有的自动序列分析仪一同工作，并且因为它的快速 Contig 组装、友好的编辑工具，以及卓越的技术支持而众所周知。
Sequencher 被生命科学研究者们应用于不同的DNA序列分析中，包括基因重组、突变检测、法医的人体辨别，以及分类学等等。
序列编辑
Sequencher为您提供了DNA序列编辑工具，它可以让您知道一个序列是否是完全正确的。
您可以按照1序列/次的速度查看色谱图数据，或通过正向和反向观察多种排列图谱。
它能非常方便快捷的在您的匹配数据中滚动，您还可以通过Sequencher的选项工具来突出显示有差异或低质量的区域。
序列整理
自动的DNA序列器偶尔会导致低质量的阅读，尤其阅读到靠近序列引物位点的和位于长序列末尾的位置。
DNA库的克隆序列一般包括了矢量序列、多聚腺苷尾巴或其他无关的序列。
基因内区和引物序列经常位于扩大外显子序列的侧面。
除非通过调整来删除，否则这些伪像将使您的序列集和下级的序列分析变形。
Sequencher提供了使用简单易用但功能强大的工具，它可以帮您删除低质量或模糊的数据：
Trim Ends 可以从序列片段的末端删除误导性数据
Trim Vector可以删掉破坏序列末尾的确切序列数据
Trim to Reference排除超出组合参考序列的末端。
优先执行调整命令，Sequencher显示出建议整理的图形表述，它可以进一步完善您的标准。
序列集合
Sequencher直观的控制功能允许用户设置自己的序列集合参数并在数秒内调整它们，同时允许用户快速精确地组合DNA碎片。
Sequencher会自动对比正向和反向补充取向来集合最有可能的重叠群，这样您就可以在不考虑方向的情况下集合DNA序列。
Sequencher的万能集合工具可以用于：
1. 对比基因变异和参考序列
2. 确定矢量结构
3. 将病毒和细菌基因组集合起来
4. 从cDNA库中聚类成千上万的序列数集群
5. 将cDNA和基因组序列集合起来
6. 创建初级地图
Sequencher展示项目窗口，序列编辑器和序列的信息获取窗口中的可信任的和总体信任的信息（如果它存在于您的DNA序列文件中），这样您可以非常轻松的监控您的数据质量。
您甚至可以为您的置信值指定截止范围，并通过彩色代码查看这些变化范围。
基因库特征操作
Sequencher将GenBank Features（基因库特征）输入到您的文件并且提供了许多管理，添加或者编辑特征的工具。
您可以输入Genbank Feature keys（基因库特征密钥）或标识您个人的特征。
Define Feature Key Default Style定义特征默认形式用户更愿意让您设置自己的颜色和特征注释，所以您可以从外含子中区分出内含子并找出序列错误。
SNP检测
Sequencher有一些功能强大的工具帮您检测DNA序列的变异和SNPs。
您可以用Sequencher 来比较一组序列中的序列校正，或者将1个或更多序列同参考序列比较。
Sequencher的调用二级峰值功能分析了您所有序列的潜在异性合子。
您可以非常容易地控制严格定义的异合子。
您可以从一个异合子移到下一个；只需要点击Bases浏览处的空格键。
浏览共有序列和参考序列的蛋白质转换。
参考序列保证了您的SNPs数量可以与下一个DNA集保持一致。
方差表
强大的SNP分析工具
现在有一个非常简单的方法来比较DNA序列或重叠共有序列并找出这些序列的所有不同之处，这些指令只需要通过几个按键就能完成。
方差表使您可以从大量的序列数据中筛选出感兴趣的内容。
方差表中的每一个细胞都是同原始数据相连的，这样您就可以直接在表格中轻易的验证或编辑每个假定差异，并自动获取序列和色谱图数据。
如果您发现了所有的差异，Sequencher为您提供多种输入和输出的选项。
转化方差表
方差表的转化总结了所有的已选样本的氨基酸区别。
因为这个表格同隐藏的序列数据相连的，它是一个理想的验证变异工具，可以导致氨基酸转化和检查矢量的改变。
与方差表不同的是，它的展示不是同空白细胞结合而是和浅灰结合。
您可以看到密码子的不同并导致氨基酸的配对。
您甚至可以看到两个表的浏览模式，可以决定是否将DNA序列转化成蛋白质序列。
限制图谱
Sequencher提供了大量用来管理DNA序列线性规划的图谱工具。
通过频率、性质或已知序列的长度来过滤酶的选择。
您还可以区分特殊矢量和多接头序列来设置您的克隆计划。
Sequencher批处理使用易懂的，用户自定义的方法来处理您的DNA序列数据。
并且Sequencher 永远不会损坏您的科学结论的有效性。
Sequencher同样为您提供序列编辑的最终选择。
Sequencher是为您保存了两种类型的数据备份，编辑过的和原始输入数据。
当您转化实验数据指令的时候您可以撤销所有或一部分编辑。
通过命名工具集合使您可以选择片段名称的一部分来作为共享标识符或集合手柄。
Sequencher 可以自动选择和命名重叠群。
Sequencher甚至支持正则表达式并以此设置匹配的独特IDs！
比如，通过点击按钮，您可以将90个文件，45对正向和反向序列，转换至45个根据Patient IDs 命名的重叠群中。
序列集合参数的改变会重新组合片段，您可以通过克隆ID、日期、引物或任何其他特征来记录您的序列名称。
名称集合对处理大量序列来说是非常有帮助的。
它的作用还包括：
1. 对MHC进行序列处理并对线粒体基因进行认证和研究
2. PCR产品的候选基因分析
3. 监测病毒基因组序列与跟踪抗联疫苗或抗病毒药物
定制您的工作地点
您可以定义窗口默认的位置，而且Sequencher能记住格式和协调选项的设置。
您还可以保存您的全部设置，包括作为项目模板的参考序列，还可以重复使用，以此节省分析设置的时间！
∙使用主题突出、定义的子序列
∙记住两部分间的尺寸设定
∙为您的工作方式选择最佳的窗口布局并保存它们
∙自定义您的项目窗口展示方式
报告
Sequencher最新输出报告功能可以创建数据的打印形式。
报告提供了一些分析工具，如人口报告的样本集。
人口报告是方差表数据的独特总结。
每个人口报告都是由两种表格组成，人口表格和个别的细节表格，这些细节表格对每一组都进行了描述。
方差细节报告提供了Sequencher所有已有信息来支持方差表格，如独立方差报告中，总结表格列出了每个样本或者纵队中方差。
而且，在方差细节报告里，一个细节表格是附属在方差表格里的。
表格的细节情况包括序列名称、方位和任何数据的基本要求。
如果存在置信或色谱图数据，这些也应该包含在序列表格里。
这些色谱图数据包括二级顶点构成和达到每方差六个tracelets 的色谱形象。