大肠杆菌的基因型
常用大肠杆菌 (K-12株来源) 的基因型

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大肠杆菌基因型及遗传符号说明系列一DXY

大肠杆菌基因型及遗传符号说明系列一点击次数:982 作者:佚名发表于:2009-09-27 00:00转载请注明来自丁香园来源:丁香园实验室的一般大肠杆菌拥有4288条基因,每条基因的长度约为950bp,基因间的平均间隔为118bp (基因Ⅷ)。
E.coli基因组中还包含有许多插入序列,如λ-噬菌体片段和一些其他特殊组份的片段,这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的,由此表明了基因组具有它的可塑造性。
利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造,使其中的某些基因发生突变或缺失,从而给大肠杆菌带来可以观察到的变化,这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型(Phenotype),把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型(Genotype)。
具有不同基因型的菌株表现出不同的特性。
分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按Demerec等1966年提出的命名原则,采用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态,除非在基因型上另外注明。
大肠杆菌基因型的表示方法(Demerec, et, al. 1966):一、一般规则:1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成3个小写斜体字母来表示。
例如:D NA Adenine Methylase→dam。
2、不同的基因座,其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同,其表示方法是在3个小写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。
例如:Recombination→recA、recB、recC。
3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。
如supE44(sup基因座E的44位突变)。
如果不知道几个等位基因中哪一/几个发生了功能性突变,则用连字符“ -”代替大写字母,如trp-31。
4、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。
这些符号包括菌株携带的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。
其基因符号应与基因座的表示符号明显区别,符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内;质粒或附加体上的突变基因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。
常用大肠杆菌 (K-12株来源) 的基因型

supE44,hsdR17,recA1,endA1,gyrA96,thi-1,relA1
DH5α
supE44, ΔlacU169 (φ80lacZΔM15), hsdR17,recA1,endA1,gyrA96,thi-1,relA1
DP50supF
supE44,supF58,hsdS3 (rB-mB-) ,dapD8,lacY1,glnV44, Δ (gal-uvrB) 47,tyrT58,gyrA29,tonA53, Δ (thyA57)
常用大肠杆菌(K-12株来源)的基因型
Strain
Genotype
BB4
supF58,supE44,hsdR514,galK2,galT22 ,trpR55,metB1,tonA, ΔlacU169/F' [proAB+,lac Iq,lacZΔM15 Tn10(tetr) ]
BL21(DE3)
F-,ompT,hsdSB(rB-mB-) , gal (λc I857,ind1,Sam7,nin5,lacUV5-T7gene1) ,dcm(DE3)(B株来源)
K803
F-,lacY1 or Δ (lac Iq-Y) 6 (lac-3) ,supE44,galK2,galT22,mcrA, rfbD,metB1,mcrB1,hsdR3
LE392
supE44,supF58,hsdR514,galK2,galT22,metB1,trpR55,lacY1
MC1061
hsdR, mcrB,araD139, Δ (araABCห้องสมุดไป่ตู้leu) 7679, ΔlacX74,galU, galK, rpsL, thi
MV1184
大肠杆菌基因工程菌常用类型

1、大肠杆菌DH5a菌株DH5a是世界上最常用的基因工程菌株之一。
由于DH5α是DNA酶缺陷型菌株,有利于基因克隆,保存质粒,但该菌株的蛋白酶没有缺陷,表达的蛋白容易被降解,因此通常不作为表达菌株。
E.coli DH5a在使用pUC系列质粒载体转化时,可与载体编码的β-半乳糖苷酶氨基端实现α-互补。
可用于蓝白斑筛选鉴别重组菌株。
基因型:F-,φ80dlacZΔM15,Δ(lacZYA-argF)U169,deoR,recA1,endA1,hsdR17(rk-,mk+),phoA,supE44,λ-,thi-1,gyrA96,relA12、大肠杆菌BL21(DE3) 菌株该菌株用于高效表达克隆于含有噬菌体T7启动子的表达载体(如pET系列)的基因。
T7噬菌体RNA聚合酶位于λ噬菌体DE3区,该区整合于BL21的染色体上。
该菌适合表达非毒性蛋白。
基因型:F-,ompT,hsdS(rBB-mB-),gal,dcm(DE3)3、大肠杆菌BL21(DE3) pLysS菌株该菌株含有质粒pLysS,因此具有氯霉素抗性。
PLysS含有表达T7溶菌酶的基因,能够降低目的基因的背景表达水平,但不干扰目的蛋白的表达。
该菌适合表达毒性蛋白和非毒性蛋白。
基因型:F-,ompT hsdS(rBB-mB-),gal,dcm(DE3,pLysS ,Camr4、大肠杆菌JM109菌株该菌株在使用pUC系列质粒载体进行DNA转化或用M13 phage载体进行转染时,由于载体DNA产生的LacZa多肽和JM09编码的LacZΔM15进行α-互补,从而显示β-半乳糖苷酶活性,由此很容易鉴别重组体菌株。
基因型:recA1,endA1,gyrA96,thi-1,hsdR17,supE44,relA1,Δ(lac-proAB)/F’[traD36,proAB+,lacIq,lacZΔM15]5、大肠杆菌TOP10菌株该菌株适用于高效的DNA克隆和质粒扩增,能保证高拷贝质粒的稳定遗传。
细菌菌株基因型及基因符号说明

大肠杆菌基因型及遗传符号说明前言:实验室的一般大肠杆菌拥有4288条基因,每条基因的长度约为950bp,基因间的平均间隔为118bp(基因Ⅷ)。
E.coli基因组中还包含有许多插入序列,如λ-噬菌体片段和一些其他特殊组份的片段,这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的,由此表明了基因组具有它的可塑造性。
利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造,使其中的某些基因发生突变或缺失,从而给大肠杆菌带来可以观察到的变化,这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型(Phenotype),把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型(Genotype)。
具有不同基因型的菌株表现出不同的特性。
分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按Demerec等1966年提出的命名原则,采用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态,除非在基因型上另外注明。
大肠杆菌基因型的表示方法(Demerec, et, al. 1966):一、一般规则:1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成3个小写斜体字母来表示。
例如:DNA Adenine Methylase→dam。
2、不同的基因座,其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同,其表示方法是在3个小写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。
例如:Recombination→recA、recB、recC。
3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。
如supE44(sup基因座E的44位突变)。
如果不知道几个等位基因中哪一/几个发生了功能性突变,则用连字符“-”代替大写字母,如trp-31。
4、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。
这些符号包括菌株携带的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。
其基因符号应与基因座的表示符号明显区别,符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内;质粒或附加体上的突变基因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。
大肠杆菌基因组和代谢相关基因的研究

大肠杆菌基因组和代谢相关基因的研究大肠杆菌是一种广泛存在于自然界的细菌,也是人类肠道中最常见的菌类之一。
它拥有一个相对简单的基因组,而且基因组中含有大量的代谢相关基因,因此成为微生物代谢学和分子生物学研究的重要对象。
近年来,科学家们在大肠杆菌基因组和代谢相关基因的研究方面取得了大量的进展。
大肠杆菌基因组的特点大肠杆菌的基因组约有4.6百万个碱基对,主要由单一的圆形染色体组成。
与其他生物相比,大肠杆菌的基因组异常简单。
由于其基因组的规模相对较小,大肠杆菌的遗传表达水平较高。
同时,它也是一种广泛应用于基因工程的模式微生物。
大肠杆菌代谢相关基因的研究代谢是生物体维持生命活动的重要途径,而大肠杆菌中大约有2000个基因与代谢相关。
这些基因编码的酶负责合成能量、生长和耐受各种环境压力所需的物质。
此外,大肠杆菌也是一种重要的产生酶制剂的微生物。
大肠杆菌代谢相关基因的分类大肠杆菌的代谢相关基因主要分为以下几类:1.碳水化合物代谢相关基因碳水化合物代谢是生物体维持生命活动的重要途径,大肠杆菌的碳水化合物代谢主要分为糖酵解和异生作用两类。
其中糖酵解途径是其最重要的代谢途径之一。
大肠杆菌的糖酵解途径包含了环磷酸型途径、直线型途径和剪切型途径等多种不同的途径,其中直线型途径是最主要的途径之一。
2.氨基酸代谢相关基因大肠杆菌能够利用多种氨基酸作为碳源和能源来生长。
其代谢途径主要包括氨基酸降解途径和氨基酸合成途径两种。
在氨基酸降解途径中,大肠杆菌将氨基酸降解为酮酸、氨和一些其他代谢产物,如丙氨酸和谷氨酸等。
而在氨基酸合成途径中,则是将一些合成中间体和小分子化合物最终合成为氨基酸。
3.核酸代谢相关基因核酸是基因组和遗传信息的主要组成部分之一,也是细胞分裂和生长的必备物质。
大肠杆菌能够合成核苷酸,同时也有一些核酸降解途径。
大肠杆菌的核酸代谢相关基因主要分为核苷酸合成相关基因和核苷酸降解相关基因等。
4.脂质代谢相关基因脂质在生物体内发挥着多种重要的生物活动功能,包括结构支持、信号传导和代谢调节等。
常用大肠杆菌感受态的区别

常用大肠杆菌感受态JM109,DH5a,BL21等的区别1:DH5a菌株DH5a是一种常用于质粒克隆的菌株。
E.coli DH5a在使用pUC系列质粒载体转化时,可与载体编码的β-半乳糖苷酶氨基端实现α-互补。
可用于蓝白斑筛选鉴别重组菌株。
基因型:F-,φ80dlacZΔM15,Δ(lacZYA-argF)U169,deoR,recA1,endA1,hsdR17(rk-,mk+),phoA,supE44,λ-,thi-1,gyrA96,relA12:BL21(DE3) 菌株该菌株用于高效表达克隆于含有噬菌体T7启动子的表达载体(如pET系列)的基因。
T7噬菌体RNA聚合酶位于λ 噬菌体DE3区,该区整合于BL21的染色体上。
该菌适合表达非毒性蛋白。
基因型:F-,ompT,hsdS(rBB-mB-),gal,dcm(DE3)3:BL21(DE3) pLysS菌株该菌株含有质粒pLysS,因此具有氯霉素抗性。
PLysS含有表达T7溶菌酶的基因,能够降低目的基因的背景表达水平,但不干扰目的蛋白的表达。
该菌适合表达毒性蛋白和非毒性蛋白。
基因型:F-,ompT hsdS(rBB-mB-),gal,dcm(DE3,pLysS ,Camr4:JM109菌株该菌株在使用pUC系列质粒载体进行DNA转化或用M13 phage载体进行转染时,由于载体DNA产生的LacZa多肽和JM09编码的LacZΔM15进行α-互补,从而显示β-半乳糖苷酶活性,由此很容易鉴别重组体菌株基因型:recA1,endA1,gyrA96,thi-1,hsdR17,supE44,relA1,Δ(lac-proAB)/F’[traD36,proAB+,lacIq,lacZΔM15]5:TOP10菌株该菌株适用于高效的DNA克隆和质粒扩增,能保证高拷贝质粒的稳定遗传。
基因型:F- ,mcrAΔ(mrr-hsd RMS-mcrBC),φ80 ,lacZΔM15,△lac Ⅹ74,recA1 ,araΔ139Δ(ara-leu)7697,galU ,galK ,rps,(Strr) endA1,nupG6:HB101菌株该菌株遗传性能稳定,使用方便,适用于各种基因重组实验基因型:supE44,hsdS20(rB-mB-),recA13,ara-14,proA2,lacY1,galK2,rpsL20,xyl-5,mtl-1,leuB6,thi-17:M110或SCS110大多数大肠杆菌菌株中含有Dam甲基化酶和Dcm甲基化酶,前者可以在GATC序列中腺嘌呤N-6位上引入甲基,后者在CCA/TGC序列的第一个胞嘧啶C-5位置上引入甲基。
常用大肠杆菌感受态JM109-DH5a-BL21等的区别(1)

【引用】常用大肠杆菌感受态JM109,DH5a,BL21等的区别生命科学2011-03-31 14:48:42 阅读80 评论0 字号:大中小订阅本文引用自xxrrzq《常用大肠杆菌感受态JM109,DH5a,BL21等的区别》1:DH5a菌株DH5a是一种常用于质粒克隆的菌株。
E.coli DH5a在使用pUC系列质粒载体转化时,可与载体编码的β-半乳糖苷酶氨基端实现α-互补。
可用于蓝白斑筛选鉴别重组菌株。
基因型:F-,φ80dlacZΔM15,Δ(lacZYA-argF)U169,deoR,recA1,endA1,hsdR17(rk-,mk+),phoA,supE44,λ-,thi-1,gyrA96,relA12:BL21(DE3) 菌株该菌株用于高效表达克隆于含有噬菌体T7启动子的表达载体(如pET系列)的基因。
T7噬菌体RNA聚合酶位于λ噬菌体DE3区,该区整合于BL21的染色体上。
该菌适合表达非毒性蛋白。
基因型:F-,ompT,hsdS(rBB-mB-),gal,dcm(DE3)3:BL21(DE3) pLysS菌株该菌株含有质粒pLysS,因此具有氯霉素抗性。
PLysS含有表达T7溶菌酶的基因,能够降低目的基因的背景表达水平,但不干扰目的蛋白的表达。
该菌适合表达毒性蛋白和非毒性蛋白。
基因型:F-,ompT hsdS(rBB-mB-),gal,dcm(DE3,pLysS ,Camr4:JM109菌株该菌株在使用pUC系列质粒载体进行DNA转化或用M13 phage载体进行转染时,由于载体DNA产生的LacZa多肽和JM09编码的LacZΔM15进行α-互补,从而显示β-半乳糖苷酶活性,由此很容易鉴别重组体菌株基因型:recA1,endA1,gyrA96,thi-1,hsdR17,supE44,relA1,Δ(lac-proAB)/F’[traD36,proAB+,lacIq,lacZΔM15]5:TOP10菌株该菌株适用于高效的DNA克隆和质粒扩增,能保证高拷贝质粒的稳定遗传。
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