水稻基因组学的的研究进展
水稻营养功能基因组学研究
水稻营养功能基因组学研究水稻作为全球最重要的粮食作物之一，其生产和质量对全球粮食安全至关重要。
然而，水稻在人类历史上一直面临着各种问题，其中包括疾病、虫害、干旱和土壤贫瘠等。
为了解决这些问题，科学家们一直在进行研究，以提高水稻产量和质量，同时改善其抗性和适应性。
近年来，随着营养和基因组学的不断发展，水稻营养功能基因组学研究逐渐成为研究的热点。
该领域研究的主要目的是利用分子生物学和生物化学等技术手段，探索水稻营养代谢和生长发育的分子机制，以及水稻的营养价值和功能。
一、水稻营养功能基因组学研究的进展水稻营养功能基因组学研究主要包括以下方面：水稻性状基因的克隆和鉴定、水稻代谢途径基因的克隆和表达分析、水稻营养成分基因组学研究等。
其中，水稻性状基因的研究是水稻营养功能基因组学研究的重要组成部分。
由于水稻的特殊生命周期和复杂的基因组，研究人员一直在尝试开发新的分子生物学和遗传学技术来破解这些问题。
近年来，利用转录组和基因组学等高通量技术，研究人员成功鉴定了大量水稻基因，并对其进行了分类和注释。
在这些基因中，一些和营养相关的基因成为了研究的热点，比如水稻中的蛋白质、油脂、糖类、维生素和矿物质等。
据报道，这些基因不仅与水稻生长发育有关，还对水稻的耐逆性和质量改善等方面具有重要作用。
二、水稻营养功能基因组学研究的应用水稻营养功能基因组学研究的应用非常广泛。
首先，研究人员可以利用基因组学技术来开发高产、抗旱、耐盐、抗虫和抗病等优质的水稻品种。
其次，人们可以通过研究水稻代谢途径来探索其极端环境适应性，并开发具有更高适应性的新水稻品种。
与此同时，也可以利用营养功能基因组学研究结果来改善和增加水稻的营养价值和品质，提高水稻的营养价值和健康效益。
最后，基因组学技术也可以帮助人们开发更高效和环保的水稻育种策略，实现水稻的可持续种植和发展。
三、水稻营养功能基因组学研究的未来展望虽然近年来，在水稻营养功能基因组学研究领域取得了一定的进展，但仍然面临着巨大的挑战。
同源染色体重组和多倍体水稻的研究进展
同源染色体重组和多倍体水稻的研究进展随着科研技术的发展，植物遗传育种领域也迎来了新的突破。
同源染色体重组和多倍体水稻成为了当前研究的热点，以其独特的途径和方法为人们研究植物遗传提供了新的思路和途径。
一、同源染色体重组的研究进展同源染色体重组是指某一个物种的两个不同个体之间，在特定的条件下，染色体的重组和交叉使得后代染色体具有多样性的现象。
同源染色体重组的发生突破了同源染色体之间的空气隔离，无论是通过基因重组还是基因转移，都有可能产生新的基因组组合，进而推动物种的快速演化。
与传统的染色体重组不同，同源染色体重组直接涉及到不同个体间的基因组水平的多向交换和重组，在多倍体物种的研究中尤其重要。
随着分子生物学和生物技术的发展，人们逐渐深入了解了同源染色体重组的本质和机制，并将其用于多种作物植物遗传育种中。
在水稻的研究中，同源染色体重组技术得到了广泛应用。
对于水稻基因组的显性和隐性等性状进行分析和探究，同源染色体重组能够快速地破解植物基因组中的难题。
例如，在水稻的种子颜色和品质等方面，通过同源染色体重组技术的研究和应用，植物育种者可以通过混合和重组不同基因组之间的基因得到新的水稻种类，加速了水稻遗传育种的进程。
另外，在育种和单倍型图构建等方面，同源染色体重组技术同样具有巨大的优势。
例如，在多个水稻基因型之间进行育种时，可以通过同源染色体重组技术对基因在不同染色体之间的过程进行探究，为植物的遗传育种提供了新的思路。
二、多倍体水稻的研究进展多倍体水稻，即由多个水稻倍性基因形成的多倍体水稻，是由于水稻受到高剂量γ-射线、化学物质、细胞电击等多种方式诱导，由一个或多个细胞体产生核和染色体倍增而形成的。
多倍体水稻既有传统水稻的优点，又有高生产力和微量元素含量等优点，因此受到了广泛的关注。
多倍体水稻的研究进展使植物遗传育种得到了巨大的推进。
通过对多倍体水稻的进化分析，人们能够更好地理解其形成机制，进而推进其遗传改良。
水稻基因功能和分子育种的研究进展
水稻基因功能和分子育种的研究进展随着人口的不断增长，粮食的需求也在不断上升。
在如何提高粮食产量方面，农业科技的作用一直是不可忽视的。
在水稻栽培中，遗传改良一直是一个重要的研究方向，因为水稻是许多人的主要粮食来源。
基因功能和分子育种的研究，为实现高产优质水稻的目标提供了新的追求。
本文将介绍水稻基因功能以及分子育种的研究进展。
一、基因功能的探究从人类基因组计划开始，基因测序和基因功能的研究已经成为了整个生命科学中必不可少的一个领域。
在20世纪60年代，稻米开始成为基因改良的对象，并成为一些实验室的研究人员的关注点。
当然在那个时候，还不可能进行广泛的基因测序和分析，因为许多必要的技术和工具还未被发明。
因此，在这个时候，探究基因功能的方法主要是基于随机诱变的筛选设计，以及与整合数据库时代相比更为原始的生物学技术。
但在1980年左右，技术进步和计算能力的提高使得基因测序变得越来越容易。
导致研究集中在了单基因疾病的研究中，同时，在水稻的研究方面，也以此为基础。
因此，对非许多基因的功能进行长期研究成为了一种必要的选择。
大多数的研究的结果都是基于遗传改良领域从其他的研究中已经被证实的方案转移到水稻种植中。
随着时间的推移，基因功能研究的技术也不断改进和更新，不断产生更新的重大成果。
遗传变异测序成为一个更加完善的方法和工具，可以进一步帮助我们精细化地了解基因与染色体交互作用，以及它们在实现遗传多样性和发展中的作用。
二、分子育种的应用分子育种的研究是栽培优化的积累了长期的基础，分子育种要比传统的育种方法更准确和可靠。
创造变异体只是育种的第一步，如何确定抗性基因、环境适应性、产量等性状就成了育种的多步骤。
由于分子生物学和基因组学的不断发展，现代育种与传统的育种方法已经大有不同。
与传统育种方法相比，分子育种可以更快，更容易关注种植与植物物质代谢关系的生物过程。
另外，现代分子育种将农业生产和技术处理的素材提供给了第二个生产阶段。
水稻基因组和遗传育种的研究进展
水稻基因组和遗传育种的研究进展水稻，作为世界上最为重要的粮食作物之一，一直以来都受到人们的重视。
为了提高水稻的产量和质量，科学家们不断探索水稻的基因组和遗传育种，取得了许多研究进展。
第一部分：水稻基因组的研究进展1.1高质量水稻基因组测序和注释2002年，国际水稻基因组组织(IRGSP)启动了水稻基因组测序工作，历时十年，于2012年公布了高质量水稻基因组序列。
该项目不仅提供了水稻基因组的底图，也为全球的水稻研究工作提供了重要的资源。
除了基因组测序，对基因组的注释也至关重要。
2018年，中国、日本、美国等国的科学家们联合发表了一篇名为“HostPathogen”(Waxman)，通过整合多种表达组学数据，对水稻基因组的注释进行了更新，共发现了14614个新的基因，有效地促进了水稻基因组研究的深入。
1.2水稻基因组结构和功能特点的研究水稻基因组大小为389Mb，包含大约4.29万个基因。
其中，基因密度比拟其他植物要大，基因的组织分布也呈现出显著的区分。
此外，水稻的基因序列中还含有许多支配了基因表达和基因功能的调控因子，如调控元件、非编码RNA等。
这些结构和特点的研究有助于更深层次的解析水稻的遗传机制。
第二部分：水稻遗传育种的研究进展2.1利用基因编辑技术改良水稻水稻主要遗传特征的研究为利用基因编辑技术改良水稻提供了核心思路。
近年来，科学家们通过CRISPR-Cas9等基因编辑技术，针对水稻各个方面的遗传特征进行了深入的研究。
其中具有代表性的成果有：（1）使水稻茎粗略化的“SNU-16”基因的敲除，使其茎干更粗壮，抗风能力更强；（2）针对水稻的“脱粒非白化”基因进行靶向基因编辑，在保持其他基因不变的情况下，成功实现了水稻产量的提升。
2.2水稻病虫害抗性的研究水稻的病虫害是影响水稻丰产的主要因素之一。
研究表明，水稻的病虫害抗性主要由多个基因共同作用而得。
因此，为了实现水稻病虫害抗性的提升，科学家们也探寻了许多新的遗传调控方法。
水稻基因组的测序和解读
水稻基因组的测序和解读水稻是人类的重要粮食作物之一，也是世界上最重要的粮食作物之一，每年为全球人口提供了大量的食物和营养。
随着科技的发展，人们对水稻的研究也在不断深入，对其基因组的测序和解读成为了当前研究的重点之一。
本文着重介绍水稻基因组的测序和解读情况。
1. 水稻基因组的测序历程水稻基因组的测序过程始于2002年，当时由美国、日本和中国的科学家合作进行了首次水稻基因组测序实验，取得了重大突破。
截至目前，水稻基因组的测序工作已经完成了多次，并对其基因组的结构和组成进行了多次深入的研究和探究。
2. 水稻基因组的结构和组成水稻基因组是由约4.5亿个碱基对组成的，其中包括大约3.7万个基因，基因密度为每50kb一个。
与其他作物的基因组相比，水稻的基因组包含了更多的基因，并具有更高的基因密度和较小的基因间距离。
此外，水稻基因组还包含了许多反复元件和ABA反应元件，这些元件对水稻的适应能力和生长发育具有重要意义。
3. 水稻基因组的功能研究由于水稻基因组已经被测序，科学家们可以对其基因的结构、功能和调控机制进行更加深入的研究。
对水稻基因组的研究可以帮助我们更好地了解水稻的遗传特性、生长发育过程和适应环境能力，有助于人们开发高产、优质、抗性强的新品种，提高水稻的产量和品质，保证人类的食品安全。
4. 水稻基因组在水稻育种中的应用水稻基因组的测序和解读对水稻育种具有重要的意义。
通过对水稻基因组的研究，科学家们可以筛选出含有高产、优质、抗逆、抗病等优良基因的水稻品种，并针对这些基因进行定向培育，进一步提高水稻的生产效益和质量。
此外，对水稻基因组的研究还可以帮助人们更好地了解水稻与其他作物的遗传相似性和差异性，为植物育种研究提供指导和辅助。
5. 水稻基因组的未来趋势水稻基因组的测序和解读还处于不断发展和完善中。
下一步，科学家们将继续探索水稻基因组的结构和组成，研究基因的调控机制，发现更多的有用基因，并将其应用到实际的育种中。
水稻基因组序列研究进展
关键 词 ： 稻 ； 因 组 ； 列 水 基 序
中 图分 类 号 ： ５ １ Ｑ ４ Ｓ １；７ 文献 标 识 码 ： Ａ 文 章 编 号 ：０ ２ ２ ８ （ ０ ０ １ — ０ ４ ０ １ ０ — ４ １ ２ １ ）０ ０ ７ — ４
Ｈｉｈｉｈｓｉ ｅ ｕ ｎ ｉｇｏ ｉｅ Ｏ ｙ ｎｓ ｔ ａＬ）Ｇｅ ｏ ｇ ｌ ｔ ｎ Ｓ ｑ ｅ ｃ ｆ ｃ （ ｒ ｚ ｎｉ ｇ ｎ Ｒ ｖ ｎ ｍｅ
山西农 业 科 学 ２ １ ，８ １ ）７ — ７ ０ ０ ３ （０ ：４ ７
ｄ ｉ ０３ ６ ／ｉ ｎ１ ０ — ４ １ ０ ０ １ ． ｏ： ． ９ｊｓ ． ２ ２ ８ ． １ ． ２ １ ９ ．ｓ ０ ２ ０ １
Ｊｕｎ ｌｆＳ ａｘ ｇｉ ｈ ｒ ｃ ｎｅ ｏｒａ ｏ ｎ ｉ ｒ ｕ ｕｄ Ｓｉ ｃ ｓ ｈ Ａ ｃ ｅ
水 稻 基 因组序 列研ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ究进 展
王 瑞 云 ， 计 平 ， 润 植 王 李
（ 山西 农 业 大 学 农 学 院 ， 西 太 谷 ０ ０ ０ ） 山 ３ ８ １
摘 要 ： 水稻是 世界上最重要 的粮食作物之 一， 是禾本科植物 的模式植物 。 综述了基于图位克隆 的水稻基因 组序列 ， 基因组大小为 ３９Ｍｂ 包括 ３ ４ 个非转座 因子相关蛋白的基因。９ ％的基因组序列 被精确测定 ， ８ ， ７５ ４ ５ 包 括全部 的常染 色质 、 ２个完整的着 丝点及 ６条完整的染色体。基因组中串联重复序列 占 １％， ４ 平均每 Ｍ ｂ 为 ５ 个 ＳＲ ｗＩ １ Ｓ 。Ｓ ａ 光学 限制性（ 酶切 ） 图谱 的构建使 图距缩短 了 １％， ｌ 使基因组 大小变为 ３ ２１ 。 ８ ． Ｍｂ ７
c4 水稻的研究现状及机制
C4 水稻的研究现状及机制
C4水稻的研究现状及机制如下:
C4水稻的研究在近年来取得了一定的进展。
C4水稻的研究目标是实现高光效和高产量的杂交稻，以适应气候变化和人口增长对粮食安全的需求。
目前，C4水稻的研究主要集中在育种、基因编辑、生物技术等方面。
在育种方面，研究者通过传统育种方法和现代分子育种技术。
培育出了一些具有C4光台作用的优异水稻品种。
这些品种在光合作用效率、产量、抗逆性等方面表现出了较好的潜力。
在基因编辑方面，研究者利用CRISPR-Cas9等基因编辑技术，对水稻基因组进行精确的编辑和改造，以提高其光合作用效率和产量。
目前，已经有一些研究团队成功地实现了对水稻基因组的编辑和改造，为C4水稻的研究提供了新的工具和手段。
在生物技术方面，研究者通过基因转移和表达调控等技术，实现了对水稻光合作用途径的优化和改造。
这些技术可以进一步提高光合作用效率和产量，为C4水稻的研究提供了新的思路和方法。
至于C4水稻的机制，它涉及到一系列复杂的生物化学过程。
在光合作用过程中，C47水稻能够通过一系列生化反应，将大气中的二氧化碳转化为有机物，并将其存储在植物体内。
这种机制可以提高光合作用效率，塔加植物对光能的利用率。
从而提高产量。
此外，C4水稻还具有较高的水分利用效率和抗送性等特点，这些特点为其适应不同的环境提供了有利条件。
总体来说，C4水稻的研究仍然处于探索阶段。
但已经取得了-些重要的进展。
随若科技的不断进步和创新，相信C4水稻的研究将会取得更多的突破和成果。
水稻基因组重组技术及应用研究
水稻基因组重组技术及应用研究水稻是世界上最重要的粮食之一。
由于人口的增长与城市化的发展，而且因气候变化和有限资源，水稻的生产及其效率成了农业发展和食品安全的重要问题。
因此，开发和推广新技术和新方法来提高水稻产量和质量具有十分重要的意义。
在这方面，水稻基因组重组技术及其应用研究成为了一项前沿科学研究的重要内容。
一、水稻基因组的研究进展1987年，日本的一个团队首次完成了水稻基因组的测序。
随着科技和计算能力的进步，这项工作的水平和速度有了很大的提高。
2005年底，八个国家和地区的研究者合作完成了水稻基因组的重组分析，确定了水稻有38,016个基因。
当时，人们认为这是一个重要的科学突破，记者甚至预测，水稻的基因组重组可能会带来革命性的变化。
在此基础上，科学家们发现了一些重要的水稻基因和基因家族。
例如，水稻有一个叫做SD1的基因，它编码一个调节农作物高度的激素，有效的利用它可以增加产量。
此外，水稻基因组中还有众多的转录因子、丝氨酸蛋白酶抑制剂、微RNA等，对于调节水稻开花、抗病、调节光合作用等，都有着重要的作用。
二、水稻基因组重组技术的发展在对水稻基因组的深入了解以后，科学家们开始着手开发水稻基因组重组技术，以实现包括优质，高产，抗病等特点的水稻品种的培育。
1、基因诱变技术基因诱变通过诱发基因组发生突变，来产生新的品种，这是一种比较成熟的方法。
科学家们主要通过辐射或使用化学物质来诱导遗传变异。
在辐射诱变时，普遍使用的是X线、γ射线、中子或质子，这些粒子能够通过杀死细胞或破坏细胞，达到目的。
此外，还有基于X-射线的仪器，运用微电子学的原理，对植物进行基因诱变。
2、基因组编辑技术随着CRISPR-Cas9技术的发展，基因组编辑技术的应用变得越来越广泛。
CRISPR-Cas9技术相较其他的转基因技术更为高效，便于实施，能够快速生成特定的编辑作用，并且能够针对不同类型的基因组重组。
应用于水稻上的编辑技术，例如基因剪切、基因组插入、基因调控，极大的促进了优质，高产水稻品种的培育。
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基因组学课程论文所在学院生命科学技术学院专业14级生物技术（植物方向）姓名金祥栋学号2014193012水稻基因组学的研究进展摘要：随着模式植物——拟南芥和水稻基因组测序的完成，近年来关于植物基因组学的研究越来越多。
水稻是世界上重要的粮食作物之一，养活着全世界近一半的人口。
同时南于水稻基冈组较小、易于转化及与其他禾本科植物基因组的同线性和共线性等特点，一直被作为禾本科植物基因组研究的模式作物。
水稻基因组测序的完成及种质资源的基因组重测序，为水稻功能基因组研究奠定了基础。
现综述我国水稻基因组测序和功能基因组研究历史，重点介绍了近年来在水稻基因组序列分析中获得的几项最新的研究结果。
关键词：水稻；基因组测序；功能基因组；研究历史；基因组学；研究进展The recent progress in rice genomics researchAbstract: With the completion of genome sequencing ofthe model plant-- Arabidopsis and rice，more and more researches on plant genomics emerge in recent years. Rice i s one of the most important crops in the world, raised nearly half of the world popul ation. At the same time in south rice Keegan group is smaller, with linear and linear features such as easy transformation and other gramineous plant genome, has been use d as a model crop for plant genome research of Gramineae. Genome sequencing and germplasm resources the rice genome sequencing completed laid the foundation for ric e functional genomics research. This article reviews the history and function of our ge nome sequencing of rice genome research, introduces several latest research results in recent years in the analysis of rice genome sequences.前言基因组是1924年提出用于描述生物的全部基因和染色体组成的概念，是研究生物基因结构与功能的学科，是在遗传学的基础上发展起来的一门现代生物技术前沿科学，也是现代分子生物学和遗传工程技术所必要学科，是当今生物学研究领域最热门、最有生命力、发展最快的前沿科学之一。
基因组学的主要任务是研究探索生物基因结构与功能，生物遗传和物理图谱构建，建立和发展生物信息技术，为生物遗传改良及遗传病的防治提供相关技术依据。
进入21 世纪，随着全球化、市场化农业产业发展和全球贸易一体化格局的逐步形成，我国种业正面临前所未有的严峻挑战，主要表现在：依靠传统育种技术难以大幅度提高粮食单产；土地资源短缺，农业环境污染日益突出；种质资源发掘、基因组育种技术亟需创新等。
水稻不仅是重要的粮食作物，由于其基因组较小且与其他禾本科作物基因组存在共线性，以及具有成熟高效的遗传转化体系，已成为作物功能基因组研究的模式植物。
因此，水稻基因组研究对发展现代农作物育种技术、提升种业国际竞争力和保障粮食有效供给具有重大战略意义。
基因组研究主要包括三个层次:①结构基因组学，以全序列测序为目标，构建高分辨率的以染色体重组交换为基础的遗传图谱和以DNA 的核苷酸序列为基础的物理图谱。
②功能基因组学，即“后基因组计划”，是结构基因组研究的延伸，利用结构基因组提供的遗传信息，利用表达序列标签，建立以转录图谱为基础的功能图谱( 基因组表达图谱），系统研究基因的功能，植物功能基因组学是当前植物学最前沿的领域之一。
③蛋白质组学，是功能基因组学的深入，因为基因的功能最终将以蛋白质的形式体现。
水稻( Oryza sativa）是第一个被全基因组测序的作物，目前栽培稻2个亚种全基因组测序工作已经完成：粳稻品种日本晴(Nipponbare)通过全基因组鸟枪法和逐步克隆法被测序，籼稻品种扬稻6号(9311)通过全基因组鸟枪法被测序。
除核基因组外，水稻叶绿体和线粒体基因组也于1989年和2002年分别被测序。
水稻2个亚种的全基因组测序完成，一方面开启了植物比较基因组学的大门，另一方面为人们在基冈组水平上鉴定出所有水稻基因并分析其功能奠定了基础，同时也使得人们对植物进化的认识，尤其是对禾本科植物进化的了解，逐步从系统分类和分子标记水平进入到了基因组序列水平。
许多研究者通过对水稻基因组序列的分析，利用生物信息学工具，对水稻在基因组水平上的进化进行了大量研究。
1、水稻基因组学的研究1.1、水稻基因组测序的开启水稻基因组测序相对简单然而最终目的不是测序注释序列认识基因的内含子或外显子的结构更重要的是知道每个基因的功能。
水稻反向遗传学和插入引起的突变为水稻功能基因组研究提供了强有力的工具。
继“人类基因组计划”“拟南芥基因组计划”提出之后，各国科学家为抢夺下一个生物学科研前沿，将水稻基因组计划提上日程。
1991 年日本将水稻基因组制图列入研究规划。
我国于1990年开始研讨水稻基因组测序，并于1992 年正式宣布开展水稻基因组测序，同时在上海成立了中国科学院国家基因研究中心。
历时 4 年，中国在国际上率先完成了水稻( 籼稻) 基因组物理图的构建，为水稻基因组测序提供了材料基础。
1997 年9 月，日本和中国作为主要参与国牵头发起“国际水稻基因组测序计划”(International Rice Genome Sequencing Project, IRGSP)。
1998 年2 月，IRGSP 正式启动，主要内容是开展水稻遗传图和物理图的绘制，完成基因组序列的测定及基因序列的注释分析等工作。
IRGSP 确定以主要栽培品种——粳稻“日本晴”作为测序对象，基于基因组物理图谱进行测序。
水稻1 2 条染色体的测序工作分别由日本(6 条)、美国(3条)、中国(1 条)、中国台湾(1 条)、法国(1 条)承担，其中印度、韩国、巴西等参与了部分染色体的测序工作。
中国科学院上海生命科学研究院国家基因研究中心作为中国大陆的参加单位，承担第4号染色体的测序工作。
由于水稻种质资源丰富且控制重要农艺性状的基因存在大量的序列变异，随着新一代测序技术的发展及测序成本降低，近年来开展了大量种质的基因组重测序。
2011 年，我国科学家对50 个水稻品种进行基因组重测序并构架遗传变异数据库，首次对野生稻和栽培稻的基因组进行大规模的遗传多样性分析，为挖掘野生稻优良基因，加快高产、优质水稻品种培育奠定了理论基础。
1.2我国水稻功能基因组研究计划水稻基因组序列的获得为基因功能研究奠定了基础。
“功能基因组学”的主要任务是解析这些序列的功能及组装结构，并在此基础上揭示各种生命现象所涉及的基因及其表达调控的机理，最终阐明基因组的功能。
我国在水稻基因组测序取得进展的同时，适时启动了水稻功能基因组研究。
1999 年，科技部通过国家重点基础研究发展计划(“973”项目) 和国家高技术研究发展计划(“863”计划) 开始资助中国水稻功能基因组研究。
起初，中国水稻功能基因组研究主要包括 3 部分内容：(1) 建立功能基因组研究平台；(2) 开展重要农艺性状功能基因组研究；(3) 重要基因的分离克隆和功能分析。
随着水稻功能基因组研究的深入，逐步拓展了功能基因组组学研究平台，主要包括：种质资源、转录组、表观组、代谢组、表型组及生物信息数据库等组学平台。
重要农艺性状功能基因组研究主要包括功能基因和调控因子的分离克隆、重要农艺性状形成的调控网络解析。
功能基因组研究的最终目标是应用于基因组技术育种，培育高产、优质、多抗的水稻新品种。
2 水稻基因组的测序2.1遗传图谱水稻是已知的单子叶植物中基因组最小的植物之一，基因组大小为450 Mb，共有12 条染色体。
自1988年MeCoueh等[6]利用IR34583(籼）×Bulu Dalam(爪哇）的F2群体构建了第一张水稻分子连锁图谱(含135 RFLP标记）以来，高密度的图谱相继产生。
近年来，随着分子遗传学的迅速发展，国际水稻基因组测序计划(International Rice GenomeSequencing Pr oject，IRGSP）成员国以Nipponbare、Kasalath、IR64和Azucena等水稻品种为材料，构建了1 0个饱和的遗传图谱并与表型的标记进行了整合，以创造新的遗传资源。
1998年，Harushima 等[7]构建了一张高密度水稻遗传连锁图，包含2275个遗传标记，覆盖水稻基因组1521．6 c M。
2001年Rice Genome Program(RGP）公布了包含3 267个RFLP分子标记的水稻分子连锁图。
还利用次级三体和终级三体(telotrisomics）将经典遗传图和分子遗传图中的着丝粒位置确定，修正了分子图谱的方向，把RFLP标记定位到特定的染色体臂上；Wu等[8]构建了水稻第11和第12染色体短臂末端重复基因组区域的图谱，重复基因组区域大小是2．5 Mb，表明水稻也存在大染色体片段的重复区域。
上述遗传图谱在基因定位、物理图谱的构建和基因测序中发挥了或即将发挥巨大作用。
2.2 物理图谱水稻物理图谱的构建有利于以图位克隆技术分离目的基因,因此,基因物理定位研究是水稻基因组研究计划的一个重要方面。
国际水稻基因组测序计划(IRGSP）已于2002年12月宣布，利用克隆连克隆(逐步克隆）测定法(clone by clone sequencing），提前3年完成了水稻12条染色体的碱基测序工作。
日本在其中发挥着主导作用，并最先以99．99％的精度完成了最长的第1条染色体的测序工作。
另外，中国12家单位，于1998年至2001年利用全基因组霰弹法(whole- genome shotgun sequencing，WGS），构建了籼稻93—11基因组工作框架图和低覆盖率的培矮64S草图，并最先向全世界公布了水稻93—11全基因组框架图。