捕获测序_V20131121
pannal靶向捕获测序流程
pannal靶向捕获测序流程Pannal靶向捕获测序流程引言•什么是Pannal靶向捕获测序流程•Pannal靶向捕获测序的应用领域流程概述1.样品准备–DNA/RNA提取–文库构建2.靶向捕获–寡核苷酸探针设计–探针与样本杂交–杂交后捕获复合物的富集3.文库测序–测序文库的准备–高通量测序技术的应用4.数据分析–数据预处理–序列比对与变异检测–功能注释和通路分析5.结果解读与呈现–变异位点解读–通路分析结果解读–结果展示形式和报告撰写样品准备•DNA/RNA提取是首要步骤，可采用商用试剂盒进行提取。
•文库构建是将提取的DNA/RNA样品进行加工处理，以适应后续捕获和测序需要。
靶向捕获•寡核苷酸探针设计是根据研究需要，设计能够特异性结合目标序列的寡核苷酸探针。
•探针与样本进行杂交，通过探针与目标序列的互补性进行特异性结合。
•杂交后，通过富集技术将探针与目标序列复合物从其他非特异性结合物中分离出来。
文库测序•测序文库的准备是将捕获到的目标序列进行处理，并连接引物序列。
•高通量测序技术如Illumina平台可广泛应用于文库测序，获得高质量的测序数据。
数据分析•数据预处理包括对原始测序数据进行质量控制和去除低质量序列。
•序列比对与变异检测是将测序数据与参考基因组进行比对，并检测样本中的变异位点。
•功能注释和通路分析则是对检测到的变异位点进行注释，分析其功能和所处通路。
结果解读与呈现•变异位点解读需要结合目标物种的基因组数据库和相关文献资料，对其潜在影响进行分析。
•通路分析结果的解读可以通过富集分析和差异表达等方法，识别出与目标序列相关的关键通路。
•结果可以以表格、图表和报告的形式进行展示和呈现。
结论•Pannal靶向捕获测序流程是一种有效的分析工具，用于研究特定基因组区域或基因的变异情况。
•通过准确的样品准备、靶向捕获、文库测序、数据分析以及结果解读和呈现，可以获得有关目标物种的丰富信息。
引言Pannal靶向捕获测序流程是一种基于高通量测序技术的分析方法，用于研究特定基因组区域或基因的变异情况。
基因捕获测序诊断血癌
基因捕获测序诊断血癌
本刊编辑部
【期刊名称】《中国医疗器械杂志》
【年(卷),期】2015(000)002
【摘要】澳大利亚新南威尔士大学和加文医学研究所的科研人员开发了一种新的
基因测序技术，被称为“捕获测序”，其精度大大高于现有方法，它尤如一台倍数更高的显微镜，可用于对基因组进行精细研究，并帮助快速诊断血癌（即白血病）。
【总页数】1页(P107-107)
【作者】本刊编辑部
【作者单位】本刊编辑部
【正文语种】中文
【相关文献】
1.全外显子及靶向文库捕获测序在多囊肾病基因诊断中的应用比较
2.基于目的基因捕获的二代测序技术对质谱检测阳性患儿的分子诊断
3.目标序列捕获二代测序技
术在苯丙酮尿症基因诊断中的应用4.全外显子组测序和目标序列靶向捕获测序在
遗传性视网膜变性基因诊断中的差异5.澳新型基因测序技术可快速诊断血癌
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《捕获测序V》课件
Part Three
捕获测序V的优缺 点
优点
准确性高：捕获测序V具有较高的准确性，能够准确检测出目标基因
效率高：捕获测序V的测序效率较高，能够快速完成测序任务
成本低：捕获测序V的成本相对较低，适合大规模的测序项目
应用广泛：捕获测序V的应用范围广泛，适用于多种类型的基因测序项目
缺点
成本较高：捕 获测序V需要 较高的成本， 包括试剂、设 备、人力等
测序流程
扩增：使用PCR技术对捕获 区域进行扩增
捕获：使用特异性探针捕获 目标区域
样品制备：提取DNA或 RNA，进行片段化处理
测序：使用测序仪对扩增产 物进行测序
数据分析：对测序数据进行 质量控制和变异检测
结果解读：分析变异结果， 提供生物学解释和临床建议
Part Two
捕获测序V的应用
基因组学研究
技术改进和优化
提高测序精度和准确性 降低测序成本和周期 提高数据质量和分析能力 开发新的应用领域和场景
应用领域的拓展
医学领域：用于疾病诊断和治疗 农业领域：用于农作物基因改良和育种 环境领域：用于环境监测和污染治理 生物技术领域：用于生物制药和生物工程 食品领域：用于食品安全检测和食品加工 法医学领域：用于犯罪现场DNA分析和身份鉴定
未来发展方和前景
技术进步：不断优化捕获测序V技术，提高准确性和效率 应用领域：拓展捕获测序V在医学、农业、环境等领域的应用 市场规模：随着市场需求的增加，捕获测序V市场规模将持续扩大 竞争格局：行业内竞争加剧，企业需要不断创新和优化产品以保持竞争力
THANKS
汇报人：
技术难度大： 捕获测序V需 要较高的技术 水平，需要专 业的技术人员
进行操作
NCBI网站BLAST使用方法介绍完整版
息学方法
BLAST
宿主菌
细胞转化
几周的时间 蛋白质分离纯化及性质测定
Gene family Or
Protein Family
几分钟的时间
Function annotation
BLAST
Web Access
Text
Wang LS, Gao PJ, cellulase,et al.
? RPS BLAST
– searches a database of PSSMs – tool for conserved domain searches
Basic Local Alignment Search Tool
? Widely used similarity search tool
? Heuristic approach based on
ACATGGACCCT ...
Protein Words
Query : GTQITVEDLFYNIATRRKALKN
WGoTrdQsize = 3 (default)
TQI
Word size can only be 2 or 3
Make a lookup table of words
QIT ITV
Basic Local Alignment Search Tool
?Why use sequence similarity? ?BLAST algorithm ?BLAST statistics ?BLAST output ?Examples
Why Do We Need Sequence Similarity Searching?
11-mer
GTACTGGACAT
WORD SIZE
靶向捕获测序原理
靶向捕获测序原理
靶向捕获测序是一种高通量测序技术，通过选择性富集目标序列，从而快速获得感兴趣的DNA片段的测序信息。
其原理基
于引物的特异性结合性质，结合特定的富集策略，通过PCR
扩增来获取目标片段。
首先，需要设计引物来选择性结合目标序列。
引物通常设计成长度为20-120个碱基对的寡核苷酸，其序列应与目标序列的
特定区域匹配，以保证引物与目标序列的特异性结合。
接下来，将目标DNA样品进行DNA片段的打断，并将打断
后的DNA末端修复，添加接头，形成文库。
文库中的DNA
片段与引物相互结合，通过PCR扩增可以富集目标片段。
然后，使用特定的方法，如亲和捕获、杂交捕获等，将与目标片段结合的DNA分离出来，去除其他非目标片段的DNA。
这样，就得到了特异富集的目标片段。
最后，对富集后的目标片段进行高通量测序，可以获得目标片段的测序信息，并通过比对分析来确定它们在基因组中的位置。
靶向捕获测序技术在研究基因功能、研究疾病基因、进行肿瘤个性化治疗等方面具有广泛应用前景。
生物信息学测序介绍
生物信息学测序介绍
生物信息学测序是一种高通量技术，用于测定DNA或RNA序列的方法。
通过测序技术，我们可以获取生物体中基因组或转录组的序列信息，从而揭示生命的基本结构和功能。
生物信息学测序的过程包括样品准备、DNA或RNA提取、文库构建、聚合酶链反应（PCR）
扩增、高通量测序以及数据分析等步骤。
首先，我们通过样品准备和提取DNA或RNA，以获
得待测物的纯净样品。
然后，将DNA或RNA片段通过文库构建操作，将其连接至引物或适
配体，以便进行后续的扩增和测序。
接下来是PCR扩增步骤，该步骤利用特定引物与DNA结合，在一系列有规律的温度循环中，
使DNA进行多轮放大，从而得到大量的DNA片段。
这些片段随后会进入高通量测序平台进
行测序。
高通量测序平台可以同时测序数百万到数十亿个片段，产生大量的序列数据。
常用的高通量测序技术包括Sanger测序、454测序、Illumina测序、Ion Torrent测序和PacBio测序等。
这些技
术在测序原理和仪器设备上有所区别，但都可以完成DNA或RNA的测序。
最后是数据分析步骤。
测序产生的大量序列数据需要进行整理、质量控制以及比对、拼接和注释等分析。
通过生物信息学的软件工具，我们可以将海量的序列数据转化为有用的生物学信息，例如基因识别、功能注释、进化分析和比较基因组学等研究。
生物信息学测序在分子生物学、遗传学、进化生物学、医学和农业等领域具有广泛应用。
通过获取生物序列信息，我们可以深入研究基因的功能和调控机制，揭示生物多样性和物种演化的规律，还可以在医学诊断和治疗中发挥重要作用。
外显子捕获结题报告
外显子捕获结题报告2010-11-22内容1 项目信息 (1)2 工作流程介绍 (2)2.1 Agilent液相捕获平台 (2)2.2 NimbleGen 液相捕获平台 (3)2.3 生物信息分析流程 (4)3 分析报告 (5)结果 (5)3.1 标准生物信息分析 (5)3.1.1 数据产出统计 (5)3.1.2 目标区域单碱基深度分布图 (6)3.1.3外显子捕获测序的均一性 (7)3.1.4一致序列组装和SNP检测 (7)3.1.5 SNP注释 (8)3.1.6插入/缺失(indels)检测 (9)3.1.7插入/缺失(indels)注释 (9)3.2个性化分析 (9)3.2.1氨基酸替换预测 (9)3.2.2群体SNP检测和等位基因频率估计 (12)3.2.3孟德尔遗传病分析 (13)3.2.4 NGS-GW AS 分析 (14)3.2.5正向选择信号的检测 (14)4 数据分析方法说明 (15)4.1信息分析软件及常用参数介绍 (15)4.2参考数据库 (16)4.3数据文件格式 (17)1 项目信息2 工作流程介绍采用Aglient SureSelect外显子靶向序列富集系统和NimbleGen SeqCap EZ人全外显子捕获系统。
这两个系统都采用液相系统进行高特异性和高覆盖率的外显子区域捕获。
2.1 Agilent液相捕获平台图2.1 Aglient外显子捕获和测序流程基本流程：首先将基因组DNA随机打断成150-200bp左右的片段，随后在片段两端分别连接上接头制备杂交文库。
文库经纯化后经过LM-PCR的线性扩增与SureSelect Biotinylated RNA Library (BAITS)进行杂交富集，再经过LM-PCR 的线性扩增，文库检测合格后即可上机测序（Hiseq2000测序仪）。
对每个捕获文库进行高通量测序并保证测序深度达到要求，原始图像文件经过Illuminabasecalling Software 1.7进行碱基读取，获得读长为90bp双末端序列（reads）。
基因捕获技术发展历程
基因捕获技术发展历程
基因捕获技术是一种高通量的测序方法，用于选择性地富集目标基因组中的基因序列并进行测序分析。
这种技术的发展历程可以追溯到20世纪70年代末期。
最初的基因捕获技术是靶标探针法，其中使用的探针是一组已知的DNA序列，可以通过杂交捕获目标DNA片段。
但是，这种方法仅适用于已知的基因序列，并且需要对每个基因进行单独的探针设计。
随着PCR技术的发展，引入了PCR捕获方法。
这种方法使用PCR 扩增目标基因组中的特定区域，并将其片段进行测序分析。
但是，PCR 捕获方法存在一些问题，如扩增偏差和PCR产物的复杂性。
近年来，基因捕获技术已经有了很大的发展，进入了下一代测序时代。
目前最流行的基因捕获方法是靶向区域测序（targeted region sequencing, TRS）和全外显子测序（whole exome sequencing, WES）。
TRS方法可以选择性地捕获基因组中的特定区域，如重要的癌症基因。
WES方法则可以捕获所有外显子序列，可以用于寻找罕见的基因变异。
总的来说，基因捕获技术的发展历程经历了从靶标探针法到PCR 捕获方法，再到TRS和WES等下一代测序方法的演变。
这种技术的进步为基因组学、生物医学研究和个性化医学提供了强有力的工具。
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几种捕获技术的比较
罗氏 Agilent Illumina MyGenostics NimbleGen 探针类型 生物素化寡 生物素化RNA DNA探 单链DNA探 探针 针 针 DNA核酸探针 基因捕获覆盖度 一般 好 一般 好 基因捕获效率 差 一般 一般 好 成熟Panel 少 少 少 25个 个性化定制周期 3个月 2个月 3个月 30天 (¥2000-3000)*n (¥1000-2000)*n (¥10003-5W 捕获试剂盒 2000*n 定制价格 （无论多少样本） （50个以上）
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捕获测序能够降低1/2的测序费用
检测100个多基因遗传病样本？
• 直接用全外显子测序
1、先用捕获测序
• 100*0.5W=50W • 2、假设有80个样品发现都是已知突变， 再对剩下的20个样做全外显子组测序。 • 20*1.8W=36W
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Deletion
测序结果
吻合
aCGH发现D-WMXN样本在X染色体 31.8~31.9Mb处，存在约110Kb的缺失片 段
A2.Wang, Z., Cui, F., Chen, D., Pu, C., Chen, Z., Yang, F., Wu, H. and Huang, X. (2013), Coexistence of peripheral myelin protein 22 and dystrophin mutations in a chinese boy. Muscle Nerve. doi: 10.1002/mus.23918
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我们的优势
1.专业：
除了能够运用自主专利技术满足客户的个性化定制方案，而且我们还开发了25个成 熟的panel，覆盖了大多数遗传疾病。
2.特色：
我们还有拥有线粒体捕获测序panel（成过发表于Nature），HIV、HBV、EBV等病毒 整合位点检测panel。
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应用实例
应用实例1：DMD全基因捕获测序 应用实例2：线粒体相关疾病 应用实例3：NF1外显子缺失诊断 应用实例4：TSC2外显子缺失诊断 应用实例5：多囊肾、成骨不全、马凡综合症 应用实例6：利用全外显子测序对病人进行诊断 应用实例7：线粒体相关眼病家系 应用实例8：血片基因筛查 应用实例9：眼科疾病基因筛查 应用实例10：新生儿遗传疾病确诊 应用实例11：X染色体全基因捕获测序 应用实例12：癫痫疾病辅助诊断 应用实例13：耳聋患者基因检测实例 应用实例14：ALS疾病相关基因检测实例 应用实例15：CMT疾病相关基因检测实例 应用实例16：新生儿疾病辅助诊断实例
3.快速：
30天。
4.价格：
检测几百个基因只要5000元左右，而同样的价格，别的公司只能检测几个基因。
5.无附加条款：
不分享客户文章署名。
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ห้องสมุดไป่ตู้
成熟Panel
新生儿代谢疾病筛查Panel(筛查版)：苯丙酮尿，丙酸血症，同行半胱氨酸血症等 新生儿代谢疾病筛查Panel（全面版）：糖原累积病，尿素循环障碍等 自闭症筛查Panel：2013/7月以前所有报道过与自闭症相关的基因 耳聋基因Panel：2012年以前报道过与耳聋相关的基因 700种新生儿遗传疾病基因Panel：(包括发病率较高的各个方面，但每科不是最全的) 遗传性肿瘤相关基因Panel：家族性乳腺癌，大肠癌，前列腺癌，胃癌等 肿瘤个体化用药Panel：(42个药物代谢+118个高频突变肿瘤基因） 肿瘤高频突变基因Panel：Cosmic中肿瘤突变频率最高的基因 神经系统基因Panel：（ALS，CMT,LGMD,HSP） 眼科疾病基因Panel：（视网膜色素变性，青光眼，小眼球，黑朦，staugart等） 心血管疾病基因Panel：（肥厚心肌，扩张心肌，马凡等等） 癫痫疾病基因Panel：所有有癫痫症状的疾病相关基因 血液系统疾病基因Panel：（范可尼贫血，地中海贫血，血小板增多症等） 脑白质病基因Panel：脑白质症状相关基因 线粒体病基因Panel：线粒体病相关的所有核基因，包括leigh综合症 线粒体基因全长16569bp:检测每个位点0.5%以上的杂合度 DMD全基因（2.2Mbp）：包括内含子，外显子；检测突变，插入缺失，重复，能给出大片度重复缺失的断裂点 序列 12 脑血管病Panel:CADASIL等脑血管病相关的基因 10 软骨发育不全Panel: 5 成骨不全Panel: 9 白化病Panel: 白化病相关的基因 Kinome Panel: 所有Kinase基因 537 HBV、HIV、HPV、EBV病毒整合位点检测 12 基因数 153 392 905 102+线粒体 505 91 160 725 411 371 328 308 290 154 1033
目录页
CONTENTS PAGE
01 02 03 04
捕获技术简介 技术比较 应用实例 附录
—2 — 2
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•
全基因捕获技术发明人
• Bert Vogelstein， 美国科学院院士； • 霍普金斯大学Sidney Kimmel癌症研究中心教授 • 世界界最著名的肿瘤基因专家，TP53抑癌基因发现者， • 肿瘤中唯一一个演发模型VogelGram的发明人， • 为肿瘤的基因学研究做出了重要的贡献。 • 伍建博士 • • • •
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Test Result for Sample CD3
Sample: CD3 Deletion:chrX:3179244131848733
说明：Y轴为序列的数量，X轴为染色体位置，Y值加倍表示重复；Y值趋于0意味着缺失； 本样本在chrX:31792441-31848733区间发生大片段缺失，是导致DMD疾病的致病原因。下图是正 常样本的覆盖图作为对照参考。
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GenCapTM 全基因捕获技术
• A technology invented from Johns Hopkins University
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DMD基因检测结果
无扩增或缺失 突变
缺失
扩增
AAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCACTC TTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCAC CTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCAC TCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCAC TTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCA CTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTC ACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTT TACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACT ATACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTAC AATACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTA
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和传统测序（Sanger）比较
传统测序 样本处理技术 突变检测限 成功率 通量/仪器 100个基因测序 价格 图形展示 PCR扩增 15% 90% 2M/周 10-20万 新一代测序 基因捕获 0.5% >98% 300G/周 5000-10000元
• 100*1.8W=180W
6
• 50+36=86W
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基因捕获技术原理
针上，进而通过生物素和
streptavidin的磁珠结合被吸附到磁珠上； 通过洗脱处理就能将非目标区域 的DNA片段洗掉，得到我们所需要的目的基 因, 利用新一代高通量测序技术对目标去 域基因组进行测序、分析，从而找出研究 或临床上所需要的生物信息。
检测出扩增或缺失（~60-65%）
桑格测序技术
检测出碱基突变（~35-40%）
传统技术和捕获测序技术流程对比
A2.Wang, Z., Cui, F., Chen, D., Pu, C., Chen, Z., Yang, F., Wu, H. and Huang, X. (2013), Coexistence of peripheral myelin protein 22 and dystrophin mutations in a chinese boy. Muscle Nerve. doi: 10.1002/mus.23918