系统发育树的编辑
Word编辑法修改系统发育树序列标签教程
Word编辑法修改系统发育树序列标签教程
系统树在文章发表时一定要符合学术常规，如系统树上每个分枝的序列标签名。
这些序列标签名一般都包含菌的登录号和菌的拉丁名等。
当二者放在一起时，登录号需要用正体，而菌名的拉丁文需要用斜体来表示。
（注：或许你会发现在某些已发表的文章中有些作者却忽略了这样的处理）。
你是否也遇到了如何编辑系统树中序列标签名的问题呢？
今天的教程给大家带来另一种系统树编辑的简单方法（Word编辑法），这种方法对于一些同学可能是有些陌生的。
原因在于我们构建完系统树后，保存成的jpg、pdf、tif等格式图往往不知道如何对图片上的标签名进行更改。
Word编辑系统发育树标签名（登录号等正体、拉丁文斜体）操作：
例：MEGA建树
1.采用MEGA软件构建完成系统发育树如下图：
2.然后点击MEGA工具栏里的Image按钮，会看到如下图的保存类型的选项。
系统发育树构建教程(PHYLIP)
系统发育树构建教程（PHYLIP）PHYLIP网址：/phylip.html（一）序列的前期准备1．用ENTREZ或SRS搜索同源DNA/蛋白质序列(same sequence in different organisms) 2．用CLUSTALX进行多条序列比对，在output format option选定PHY格式,构建进化树需要这个phy文件。
Figure 4.1 用clustalx进行多条序列比对3．解压缩phylip-3.68.exe，得到三个文件夹，doc文件夹里是关于所有PHYLIP子程序的使用说明，exe文件夹里是直接可以使用的各个子程序，src文件夹里是所有程序的源文件。
4．打开exe文件夹，双击SEQBOOTt子程序（SEQBOOT是一个利用bootstrap方法产生伪样本的程序），输入刚刚生成的phy文件的路径，点击enter。
5．所有PHYLIP程序默认的输入文件名为infile, 输出文件名为outfile。
如果在exe文件夹里找不到默认的输入文件，会提示can’t find input file “infile”。
Figure 4.2 seqboot程序起始界面6．进入程序参数选择页面（Figure 4.3）。
第一列中的D、J、%、B、R、W、C、S等代表可选的参数。
想改变哪个参数，就键入此参数对应的字母，并点击回车键，对应参数将会发生改变。
当我们设置好所有参数后，（这里我们可以不做任何修改），键入Y，按回车。
此时程序询问“random numbe r seed? <must be odd>”，这是询问生成随机数的种子是多少，输入一个4N+1的数，点击回车程序开始运行，输出结果到文件outfile，保存在当前文件夹里。
.Figure 4.3 seqboot程序参数选择页面主要参数解释：D: 数据类型，有Molecular sequence、discrete morphology、restriction sites和gene frequencies4个选项。
系统发育树构建
1、找模式菌株
Blast后，在LPSN内先找到属，再找到种，点击序列号，fasta后，复制文档至记事本，备注名称为（储藏所编号，序列号）
2、比对
打开GENEDOC，file-import-下载的序列，project-edit sequences list 删除不需要的序列，edit-pairwise alignment-align，edit-clear gap columns，+—号，人工比对（左键添加gaps,右键删除gaps），掐头去尾（edit-select columns-选择需要删除的末尾列-edit-delete all data）-file-export
输出的序列----最上面一行输入序列长度，然后将文档中的>和点号替换掉，除blast登录号外，其他的删除。
3、建树
打开TREECONW，找到treeconw exe打开，distantce estimation –start distantce estimation-找到文档，选择所有文件-打开目标文件-select all-taken into account，yes-ok-boots samples-1000, 后面选择YES,OK。
最后draw phylogenetic tree，点file下的空白。
标尺0.1，统计学50%。
File-copy-任一word文档
4、修改名字
种名（斜体），保藏号，模式菌株加上标T，括号blast序列号。
构建系统发育树的流程
构建系统发育树的流程
1.选择系统学单元：确定研究对象，比如可以是种、属、科、门等分类单元。
2. 收集分类学特征：通过对系统学单元进行形态学、生理学、生态学等多方面的观察和分析，收集其分类学特征，并对这些特征进行编码。
3. 建立相似性矩阵：将不同系统学单元之间的特征相似性进行比较，并将比较结果编码成相似性矩阵。
4. 构建分子系统发育树：利用分子生物学技术，如DNA条形码、基因序列分析等，构建分子系统发育树。
5. 应用系统发育树：利用系统发育树进行分类、进化以及生物多样性研究。
树形图表达了不同物种之间的关系，可以更好地理解生物界的多样性和进化历程。
6. 更新和修订系统发育树：随着研究的不断深入，对系统发育树进行更新和修订，以更好地反映生物系统间的亲缘关系。
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系统发育树的编辑
系统发育树的编辑与图形输出* 可用于系统发育树编辑与图形输出的软件很多，可根据研究目的和使用习惯选择其中的一种或几种使用。
与系统发育分析软件一样，各种编辑系统发育树的软件也可在一下网址下载：/phylip/software.html#Plottinghttp://bioinfo.unice.fr/biodiv/Tree_editors.htmlDendroscope的使用* 该软件可免费下载，地址是：rmatik.uni-tuebingen.de/software/dendroscope* 该软件安装后必须注册，否则部分功能无法解锁，注册密码可在下载软件的网页内的“Dowload”条目下点击“Obtain a license key online”[Use of the program requires a license. Academic licenses are freely available to all academic users. Usage in non-academic settings requires a free commerical license. All uses of the program must be acknowledged by citing our paper on Dendroscope.Obtain a license key online.]Your personal licence-key is:fuiceGUANGXI NORMALfuicewww@11590779一、树的导入和选择运行“Dendroscope”，点击“Fil e→Open”，在弹出的“打开”对话框中指定要打开的树文件，点击“确定”按钮即可导入树文件。
如果一个文件中包含多棵树，可用“Tre e→Next Tree”和“Tre e→Previous Tree”菜单命令选择。
用“Fil e→Recent Files”可直接打开最近编辑过的树文件。
教程：如何给系统发育树的不同部位添加颜色渐变
教程：如何给系统发育树的不同部位添加颜色渐变
系统树的美化可以使用MEGA、Figtree、Treeview等软件，这些软件可以调整系统树中分支的上下位置等（但不影响其系统学关系）。
调整好树形后小编认为PS处理是相当方便的（包括拉丁文斜体，颜色添加等），这也是本人比较喜欢的系统树处理方法。
通过对比以下两张图大家就可以知道哪种背景更合适发文章啦！
大家也许在期刊文章中经常见到系统树中的重要部分添加了背景颜色，但这些背景颜色从左到右均是相同程度的（见下图）。
而在文章中使用渐变样式的背景较为好看（见下图），那么如何添加一种从左到右颜色渐变的背景呢？
今天的教程给大家分享一下如何将系统树中重要分支部分添加颜色渐变。
系统树的美化处理可以让系统树的外观看起来更顺眼，更美观。
首先我们来对比一下两张系统树的图：
下面这个系统树是没有经过添加背景颜色的系统树：
而下面这张图是经过背景颜色渐变之后的系统树：
接下来小编将教大家如何添加背景颜色渐变：
注：当我们把系统树的分支上的bootstrap值添加及标签中拉丁文斜体后我们就可以进行颜色渐变处理了。
步骤：
1.新建一空白图层（操作见下图）
2.点击左侧工具栏中的矩形选框工具，将需要添加渐变背景的区域用矩形选框
画出，见下图红色框标出的区域：。
贝叶斯法构建系统发育树
贝叶斯法构建系统发育树1.打开PAUP软件，打开目标文件和primates文件，将目标文件修改成primates文件格式。
2. 用modeltest3.7软件分析模型参数。
3. 打开mrbayes软件，文件输入。
命令：>execute 文件名.nex4. 设置参数，模型（上面modeltest3.7软件分析模型参数）。
命令：>lset nst＝6/2 rates ＝gamma/invgamma/propinv,若要检查模型的参数，输入命令showmodel。
若设定lset nst＝2，需输入命令report tratio＝dirichlet。
3.1 >mcmc ngen=100000(1000000) (samplefreq=10(100)),注意：代数可以先设为10000，以便估计时间的长短。
>help mcmc来确认设置。
3.2 运行结束前，标准误差要小于0.01,否则增加代数，继续运行4.1 >sump burnin=250(2500);抽样的25％划为老化样本，舍去。
PSRF值需约等于1.0,否则要运行更长时间。
4.2 >sumt burnin=250(2500),输出所得的进化树，可用treeview打开.Modeltest 3.7基本操作步骤（中文）Moedltest是进行似然法计算必须的软件之一，它可以帮助大家为所获数据选择最佳的模型进行计算，得到最优的结果。
目前该软件的这里介绍一下Modeltest3.7的基本操作步骤：1. 下载Modeltest3.7软件和模型文件modelblockPAUPb10.txt；2. 将序列同源排序后保存为XXX.nex文件；全部拷贝到C盘。
3. 打开模型文件，将文件内容拷贝到XXX.nex文件的末尾，可以将该文件另存为XXX.test.model.nex，保留原来的*.nex文件；；4. 打开PAUP4.0应用程序，将XXX.test.model.nex文件拖入PAUP窗口，然后在命令行输入：execute XXX.test.model.nex，回车后PAUP就开始对数据进行模型估计，结果将保存为model.scores文件和modelfit两个文件，文件位于PAUP4.0软件的文件夹中；5. 将model.scores文件拷贝到Modeltest3.7.win.exe所在的文件夹中。
分子系统发育树构建的简易方法
分子系统发育树构建的简易方法
分子系统发育树的构建是根据分子序列的差异来推断不同物种之间的进化关系。
下面是一个简易的分子系统发育树构建方法：
1. 选择目标基因序列：选择与所研究物种相关的基因序列（如核糖体RNA或蛋白质编码基因）作为目标序列。
2. 数据收集：收集各个相关物种的目标基因序列数据。
可以通过公共数据库（如NCBI）或研究文献中的已有数据进行获取。
3. 序列比对：使用序列比对软件将收集到的序列进行比对，找出相同和不同的碱基或氨基酸位置。
常用的比对软件有CLUSTALW和MAFFT。
4. 构建进化树：根据序列比对结果，使用进化树构建软件（如MEGA）进行系统发育树的构建。
常用的进化树构建方法包括最大简约法（UPGMA）和最大似然法（ML）。
5. 进化树评估：对构建的系统发育树进行评估，可以使用Bootstrap方法进行支持值分析，提高树的可靠性。
6. 结果解读：根据构建的系统发育树，可以解读不同物种之间的进化关系和群体间的分化程度。
需要注意的是，分子系统发育树是基于目标基因序列的进化关系推断，仅仅代表目标基因的进化历史，并不一定能完全反映
整个物种的进化历史。
因此，在研究中还需要综合考虑其他重要因素，如形态特征和生态行为等。
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系统发育树的编辑与图形输出* 可用于系统发育树编辑与图形输出的软件很多，可根据研究目的和使用习惯选择其中的一种或几种使用。
与系统发育分析软件一样，各种编辑系统发育树的软件也可在一下网址下载：/phylip/software.html#Plottinghttp://bioinfo.unice.fr/biodiv/Tree_editors.htmlDendroscope的使用* 该软件可免费下载，地址是：rmatik.uni-tuebingen.de/software/dendroscope* 该软件安装后必须注册，否则部分功能无法解锁，注册密码可在下载软件的网页内的“Dowload”条目下点击“Obtain a license key online”[Use of the program requires a license. Academic licenses are freely available to all academic users. Usage in non-academic settings requires a free commerical license. All uses of the program must be acknowledged by citing our paper on Dendroscope.Obtain a license key online.]Your personal licence-key is:fuiceGUANGXI NORMALfuicewww@11590779一、树的导入和选择运行“Dendroscope”，点击“Fil e→Open”，在弹出的“打开”对话框中指定要打开的树文件，点击“确定”按钮即可导入树文件。
如果一个文件中包含多棵树，可用“Tre e→Next Tree”和“Tre e→Previous Tree”菜单命令选择。
用“Fil e→Recent Files”可直接打开最近编辑过的树文件。
用“Window s→Enter Tree”菜单命令可以在弹出的“Input”小窗口中直接用键盘输入一棵Newick 格式的树。
二、树的编辑1. 分支的选择：用“Selec t→……”菜单命令可根据需要选择部分或全部分支。
“Selec t→Select All”：选择全部分支和节点。
用“Selec t→Deselect All”或将鼠标移到非树区域点击左键可取消全部选择。
“Selec t→Select Nodes”：选择全部分支节点，包括末端分类单元；按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支节点。
用“Selec t→Deselect Nodes”可取消对节点的选择。
“Selec t→Select Edges”：选择全部分支；按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支。
用“Selec t→Deselect Edges”可取消对分支的选择。
“Selec t→Select Labeled Nodes”：选择有标签的节点；按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支节点。
用“Selec t→Deselect Nodes”可取消对这些节点的选择。
“Selec t→Select Labeled Leaves”：选择树的分支末端（即树叶leaves），按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支末端。
用“Selec t→Deselect Nodes”可取消对这些分支末端的选择。
“Selec t→Select Root”：选择树根节点，用“Selec t→Deselect Nodes”可取消对树根节点的选择。
“Selec t→Select Non-terminal”：选择不与分支末端相连的分支，按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的非末端分支。
用“Selec t→Deselect Edges”可取消对这些分支的选择。
“Selec t→Invert Selection”：可选定与刚才的选定的对象相反的对象。
例如，先用“Selec t→Select Nodes”命令选定分支节点，则用“Selec t→Invert Selection”命令可转而选定所有分支；先用“Selec t →Select Non-terminal”命令选定了不与分支末端相连的分支，则用“Selec t→Invert Selection”命令可转而选定所有的与分支末端相连的分支；先用“Selec t→Select Root”选定了树根节点，则用“Selec t →Invert Selection”命令可转而选定所有的非根节点和分支；其余类推。
2. 分支塌陷、提取子树及导入分类单元图像“Optio n→Collapse”：[Collapse selected nodes]可以使选定节点以后的分支塌陷，合并为一个关系不确定的分支群。
用“Optio n→Uncollapse”命令可以指定恢复塌陷的分支；用“Optio n→Uncollapse Subtree”命令可以恢复选定节点以下的所有塌陷的子树。
“Optio n→Collapse Complement”：[Collapse the complement of currently selected nodes]使当前选定节点的互补分支（即与选定节点构成单系的分支？）塌陷。
用“Optio n→Uncollapse”命令可以指定恢复塌陷的分支；用“Optio n→Uncollapse Subtree”命令可以恢复选定节点以下的所有塌陷的子树。
“Optio n→Collapse At Level”：[Collapse all nodes at given depth in tree]在指定的分支水平上使分支塌陷；分支水平的计算方法是从树根算起，第1个不与末端分支直接连接的分支为1级分支，1级分支之后的不与末端分支直接连接的分支为2级分支，其余类推。
用“Optio n→Uncollapse”命令可以指定恢复塌陷的分支；用“Optio n→Uncollapse Subtree”命令可以恢复选定节点以下的所有塌陷的子树。
“Optio n→Extract Subtree”：[Extracts the subtree induced by the set of selected nodes]提取由选定的节点集形成的子树。
“Optio n→Load Taxon Images”：[Load taxon images from a directory]，从指定路径导入分类单元图像（导入后若想删除，应该如何操作？）。
“Optio n→Set Image Size”：可设置导入的分类单元图像的高度。
“Optio n→Image Position”：[Set layout of images to the given position of label]调节分类单元图像在与分支末端标签（分类单元名称）的相对位置。
* 在“Optio n→……”菜单命令下还可生成不同要求的合一树，但一般用户不会使用该功能。
3. 线条及分支末端标签（分类单元名称）的编辑（1）一般特性的编辑选定分支或分支末端标签，点击“Edi t→Format”菜单命令（或将鼠标移到选定的对象上单击右键，在弹出菜单中选择“Edit Edge Label”选项），在弹出来的“Format”对话框中可编辑线条粗细（Edge width）、线条形状（Edge style）、节点大小（Node size）、节点形状（Node shape）、线条和末端标签的颜色（在调色板Swatches中调节，要选中“Line color”和“Label color”才能调节，“Recent”小调色板记录了最近使用过的颜色，因此，只要小调色板中有需要的颜色，也可以从小调色板中选择调整）、标签的字体（Font）/字号（Size）/粗体（Bold）/斜体（Italic）甚至旋转标签（“rotate labe left”和“rotate label right”图标，要使标签恢复原来的位置，点击“Vie w→Reposition labels”菜单命令）。
（2）末端分支标签的查找与替换用“Edi t→Find/Replace”菜单命令可以查找指定的末端分支标签并用新的标签替换。
选定末端分支标签后单击右键，在弹出菜单中点击“Edit Node Label”选项将弹出“Input”对话框，在“Edit Node Label”栏内输入新的标签名称，点击“OK”按钮即可替换原来的标签。
4. 系统发育树的图形布局编辑使用“Tre e→……”菜单命令可以选择自己喜欢的或符合需要的图形布局。
5. 图形的缩放与节点/线条标签的显示及隐藏。
（1）图形的放大与缩小：点击“Vie w→Fully Contract ”或“Vie w→Zoom to Fit”菜单命令可以使树紧缩而在屏幕上显示整棵树的轮廓；点击“Vie w→Fully Expand ”菜单命令可以使树的分类单元紧密排列但又可以清楚浏览（程序默认的最佳显示比例）；将鼠标移到树的区域内的任何位置，滚动鼠标滚轮可调节树的分类单元之间的间隔（即紧缩或扩展程度），以便浏览；点击“Vie w→Use Magnifier”菜单命令可以显示放大镜用于放大和缩小图的显示比例（放大镜以鱼眼方式显示树的分类单元之间的间隔，即屏幕中间的分类单元之间间隔最宽，两侧依次紧缩，一般情况下不必使用），再次点击该命令可以隐藏放大镜。
将鼠标移到窗口右侧的滚动条区域，滚动鼠标滚轮可以上下滚动浏览树的分支，也可直接用鼠标拖动滚动条或点击滚动条上下两端的“▲”和“▼”图标来滚动浏览。
（2）节点/线条标签的显示、隐藏及查找/替换用“Vie w→Show Node Labels”菜单命令可以显示节点标签，用“Vie w→Hide Node Labels”可以隐藏节点标签。
用“Vie w→Show Edge Weights”或“Vie w→Show Edge Labels”菜单命令可以显示线条标签，“Vie w →Hide Edge Labels”可以隐藏线条标签。
“Vie w→Sparse Labels”：Show sparse non-overlapping subset of all labels.“Vie w→Radial Labels”：Rotate labels to match directions of edges.“Vie w→Reposition Labels”：Reset the positions of all labels.三、树的输出1. 以文本形式保存树文件经过编辑后的树文件若想以文本形式保存，最好使用“Fil e→Save As…”另存，以便保留系统发育分析时生成的原始树文件供不同分析时使用。