中国首个NGS在临床肿瘤学实践中的大规模调研报告

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NGS在肺癌中的应用与报告解读

随机（手术、穿刺切片）
肿瘤负荷
（病灶大小多少，是否转移）
ctDNA有什么特点？丰度低！
真实世界48.3%样本 ctDNA占比不足1% 如此低丰度的突变是否有临床意义？
3000例肺癌血液样本中ctDNA丰度的分布
ctDNA中的低丰度突变真实存在且有临床意义
在成对血液与组织样本中，血液中检出的丰度为1%以下的突变中 82.8%为与组织吻合的突变位点这些突变所对应的组织中突变丰度平均为12%
C
肿瘤细胞占比66%，突变丰度33%
肿瘤组织中的突变丰度与肿瘤细胞占比密切相关
*在发生拷贝数变异的情况下，突变丰度可能会超过50%
问题6 组织中的低丰度突变是否意义不大？
组织病理评估可以帮助解读肿瘤组织的检测结果，突变的丰度与肿瘤细胞占比密切相关。未有研究表明，低丰度突变不能指导用药。传统ARMS检测不区分丰度
突变的相对丰度
T790M的相对丰度（RAF）低可能提示合并有其他耐药机制
NGS报告解读案例
病例一 MET 14号跳读使用TKI之后继发耐药机制
基线检测：MET exon14skip
MET TKI耐药后检测：MET激酶域点突变
NGS可以发现新的耐药机制
合作发表 Lung Cancer. 2017 Sep 16
病例二 ALK罕见融合对ALK TKI敏感
基线检测：MET exon14skip
NGS可以发现新的耐药机制
CEBPZ:exon3
ALK:exon20
NGS可以检测未知的融合基因
• 精确定位断点，精确区分融合类型 • 发现novel 融合基因
约86% ALK融合为经典的EML4-ALK融合
14% 有

NGS技术在肿瘤个体化治疗中的应用研究

NGS技术在肿瘤个体化治疗中的应用研究引言：肿瘤是世界范围内一种常见病，其发病率和死亡率仍然居高不下。

多年来，人们持续不断地进行着与肿瘤治疗相关的研究和探索，目的是为了找到更有效的治疗方法。

近年来，基因组测序技术（Next Generation Sequencing，NGS）在肿瘤的个体化治疗方面取得了显著的突破。

本文将探讨NGS技术在肿瘤个体化治疗中的应用研究。

一、肿瘤个体化治疗的概念和意义肿瘤个体化治疗，也被称为精准医学或个性化治疗，是根据患者肿瘤的个体遗传特征和其它相关因素，通过对患者进行基因组测序和分析，来制定适合患者个体情况的治疗方案。

相较于传统的肿瘤治疗方法，个体化治疗可以更准确地指导治疗方案的制定，从而提高治疗的成功率和患者的生存率。

因此，肿瘤个体化治疗被认为是未来肿瘤治疗的一个重要发展方向。

二、NGS技术在肿瘤个体化治疗中的应用1. 肿瘤基因组测序NGS技术可以快速高效地对肿瘤样本进行基因组测序，以获取肿瘤细胞中遗传变异的信息。

通过对肿瘤基因组的测序分析，可以发现肿瘤细胞中潜在的致病突变和基因的异常表达，为制定个体化治疗方案提供依据。

同时，肿瘤基因组测序还可用于监测肿瘤的进展和转移，以及评估肿瘤治疗的效果。

2. 靶向治疗的指导NGS技术不仅可以揭示肿瘤的遗传变异，还可以预测肿瘤对特定药物的敏感性。

通过整合多组学数据，如基因组、转录组和蛋白质组等信息，可以寻找到与肿瘤发生和发展相关的关键突变，并进一步预测肿瘤对特定靶向治疗药物的敏感性。

这种个体化的药物选择可以增强治疗的针对性，提高抗肿瘤疗效。

3. 肿瘤免疫治疗的筛选免疫治疗是目前最热门的肿瘤治疗方法之一。

NGS技术可以用于分析肿瘤细胞的免疫组库，并发现肿瘤细胞中存在的免疫逃逸机制和潜在的靶点抗原。

通过对患者肿瘤免疫组库的分析，可以评估免疫疗法的应用前景，并为制定个体化的免疫治疗方案提供依据。

4. 微环境治疗的优化肿瘤微环境是肿瘤细胞周围的细胞和分子组成的复杂网络系统。

从外科视角看NGS的实际临床应用

从外科视角看NGS的实际临床应用自动化高通量测序技术（NGS）作为一项革命性的基因分析工具，已经在临床研究和诊断中得到广泛应用。

从外科视角来看，NGS在实际临床应用中具有许多优势和潜在的应用价值。

首先，NGS可以快速获得大量的基因组信息。

传统的基因测序方法需要对单个基因进行分析，而NGS能够在相对短的时间内对数万个基因进行扩增和测序。

这样，医生可以更全面地了解患者的疾病基因组特征，从而更好地进行诊断和治疗。

其次，NGS可以帮助外科医生进行个体化治疗。

患者的基因组是独一无二的，因此治疗方法也应该因人而异。

NGS可以帮助医生确定患者患其中一种疾病的风险，并为个体化治疗提供依据。

例如，在癌症治疗中，医生可以通过NGS确定患者个体基因组的突变特征，从而选择更加有效的治疗攻击方式。

NGS还可以在外科手术中提高术前、术中和术后的治疗效果。

术前，医生可以通过对患者基因组的全面分析，预测手术的风险，帮助医生更好地为患者做手术准备。

术中，医生通过NGS可以实时监测手术过程中的基因组变化，及时调整手术策略，提高手术成功率。

术后，医生可以通过对患者基因组的分析，指导术后护理和康复，降低术后并发症的发生。

此外，NGS还可以用于外科病例的基因组筛查和研究。

临床外科常见的疾病包括肿瘤、先天性畸形、心血管疾病等，而这些疾病往往与基因组的异常有关。

通过对大量病例的NGS分析，可以更深入地了解这些病例的基因组特征，并发现与疾病相关的新基因。

这有助于科学家和医生进一步研究疾病的发病机制，并开发更精准的治疗方法。

然而，NGS在外科领域的应用仍然存在一些挑战和限制。

首先，NGS的成本较高，且需要复杂的技术和设备支持。

这使得它在一些资源有限的医疗机构难以普及。

其次，NGS分析的数据量庞大，需要高度专业的生物信息学分析能力进行数据解读。

此外，NGS技术在一些特定的基因序列分析上仍存在局限性，如复杂的基因结构和一些基因的多样性。

综上所述，NGS作为一项革命性的基因分析工具，在外科视角下具有重要的临床应用价值。

NGS深度基因测序技术在疾病诊断医学中的前景展望

NGS深度基因测序技术在疾病诊断医学中的前景展望NGS（Next-Generation Sequencing）深度基因测序技术是近年来迅速发展的一项重要技术，其在疾病诊断医学中有着广阔的前景。

NGS技术具有高通量、高灵敏度、高准确性和低成本等优势，已经被广泛应用于疾病的诊断、预测、治疗和个体化医疗等方面。

首先，NGS技术在疾病诊断中的应用前景广阔。

传统的基因测序技术需要耗费大量时间和资源，不能满足快速准确诊断的需求。

而NGS技术通过并行测序大量DNA片段，可以在较短的时间内完成大规模基因测序，从而为疾病的早期诊断和个体化治疗提供有力支持。

通过对患者基因组的全面分析，可以发现潜在的致病基因变异，帮助医生做出准确的诊断。

此外，NGS技术还能够识别疾病的基因模式和相关的基因表达变化，为病理生理过程的理解提供更多线索。

其次，NGS技术可以为疾病的预测和风险评估提供更准确的方法。

通过对大规模样本的基因组分析，可以发现潜在的致病基因和易感基因，为疾病的患病风险评估提供基础。

NGS技术的高通量和高灵敏度能够检测极低频率的基因变异，从而发现对特定疾病易感的遗传变异。

此外，NGS技术还能够对复杂疾病的遗传因素、环境因素和生活方式因素进行深入研究，为疾病的预防和干预提供更全面的信息。

NGS技术在疾病治疗中也具有巨大的发展潜力。

通过对患者基因组的深度测序，可以预测个体对特定药物的反应，从而实现个体化的药物选择和用药方案设计。

NGS技术还可以帮助医生监测疾病的微环境和基因表达变化，为精准治疗和药物研发提供重要参考。

此外，NGS技术还可以通过筛查患者、亲属和群体中潜在的致病基因变异，为基因治疗和基因编辑提供有力支持。

值得注意的是，NGS技术在疾病诊断医学中的应用还面临一些挑战和障碍。

首先，NGS技术的数据处理和分析需要强大的计算和存储能力，这对医疗机构的硬件设施和人员技术素养提出了要求。

其次，如何对庞大的基因组数据进行准确解读和诊断，仍然是一个亟待解决的问题。

二代测序(NGS)在肿瘤检测中的应用

二代测序（NGS）在肿瘤检测中的应用什么是二代测序？二代测序是一种高通量测序技术，又称为下一代测序，指的是与Sanger测序技术相比，能同时进行大量DNA或RNA序列测序的新一代测序技术。

二代测序主要包括Illumina、Ion Torrent、BGI等不同平台，都具有高通量、高灵敏度、高精度、低成本等优势。

它已经广泛应用于基因组学、转录组学、表观基因组学以及其他生命科学领域的研究和应用中。

二代测序的优缺点相较于传统的sanger测序、PCR技术、FISH等，二代测序优点有哪些？01产量高：能够一次性测序数百万到数千万条读段，比传统高出好几个数量级，大大提高了测序数据的覆盖率和可靠性。

02准确性高：高质量的测序和分析能够避免Sanger测序中的一些错误，如Sanger测序就很难以高的可信度将7个A和8个A区分开来。

03灵敏度高：能够检测到低浓度样本中的DNA或RNA。

04检测范围广：能够同时进行多种基因检测。

对于只能切一次的小样本，又同时需要多种基因检测，二代测序是最好的选择，这对患者意义重大。

二代测序也能够用于基因组学、转录组学、表观遗传学等多个领域的研究和应用。

05成本低：相比传统测序技术，二代测序每个基因的成本更低。

当然二代测序也有些短板：01对样本质量要求较高：如果样本有大量炎症、坏死、氧化等可能导致数据质量的下降。

02数据分析难度较大：由于数据量大、质量不一和分析方法复杂等问题，对数据分析和解读的要求较高。

03报告周期长：相对于传统检测，二代测序复杂的实验流程和分析需要耗费时长更长。

二代测序对肿瘤患者有什么意义呢？二代测序在肿瘤领域中，可以帮助医生更好地了解肿瘤的性质、演化过程和药物敏感性等，从而为肿瘤的诊断、治疗和预后评估提供更精准的指导。

具体包括以下几个方面：01帮助诊断二代测序技术可对患者的基因组进行全面测序，帮助医生判断某些疾病是否是遗传性的。

对于有明显家族肿瘤史者，有必要进行特定的遗传性肿瘤综合征基因检测。

ngs发展现状及未来趋势分析

ngs发展现状及未来趋势分析随着科技的不断发展，基因组学领域的NGS（Next Generation Sequencing）技术也在不断进步和变革。

NGS技术的广泛应用已经改变了我们对基因组及其功能的认识，并在许多领域中发挥着重要的作用。

本文将对NGS技术的发展现状进行概述，并分析未来的趋势。

首先，让我们回顾一下NGS技术的发展历程。

NGS技术是一种高通量的DNA测序技术，相比传统的测序方法，它具有更快、更便宜和更准确的特点。

首次商用化的NGS平台是2005年由Illumina推出的Solexa测序技术。

这项技术在测序长度、通量和准确性方面都有重大突破，为基因组学研究提供了强大的工具。

此后，其他公司如Roche/454、ABI/SOLiD等也相继推出了自己的NGS平台，推动了NGS技术的快速发展。

NGS技术的应用领域广泛，其中最重要的就是基因组学研究。

基因组学是研究基因组结构、功能和演化的学科，而NGS技术使得研究人员能够高效地获取大规模的基因组信息。

通过NGS技术，人类基因组计划（Human Genome Project）得以顺利完成，为人类基因组的理解奠定了坚实的基础。

NGS技术还被广泛应用于肿瘤学、遗传学、种群遗传学、微生物学等领域，加速了这些领域的研究进展。

在NGS技术的发展中，不断提高测序质量和降低测序成本是一项重要任务。

随着NGS平台的不断升级和改进，测序质量得到了大幅提升，错误率大大降低。

同时，NGS技术的成本也在逐渐降低，使得更多的研究者能够负担得起这项技术。

这些改进和降低成本的努力有助于推动NGS技术的普及和应用。

未来，NGS技术仍然有许多发展的空间和潜力。

首先，随着单次测序长度的不断增加，NGS技术将能够更全面地读取基因组信息。

这将有助于更好地理解基因组结构和功能。

其次，NGS技术的应用领域将进一步扩展。

例如，在临床医学中，NGS技术已经开始应用于个体化医疗和疾病预测。

未来，随着技术的进一步发展，NGS技术可能成为早期癌症筛查和疾病诊断的重要工具。

NGS技术在医学诊断中的应用

NGS技术在医学诊断中的应用随着科技的不断进步，新一代测序技术（NGS）已经被越来越广泛地应用于临床诊断领域。

NGS技术在医学诊断中的应用可以帮助我们更准确地了解疾病的发病机制、预后以及疾病的治疗效果等方面，进而更加精确地制定个性化的治疗方案，为患者提供更好的医疗服务。

本文将深入探讨NGS技术在医学诊断中的应用。

NGS技术简介NGS技术是指在高通量的测序平台下，同时对多个待测样品进行高通量测序的技术。

NGS技术的优势在于速度快、数量大、准确性高，并且可以高通量同时检测多个样品。

随着NGS技术的不断发展，它已经广泛应用于医学领域，如基因筛查、个性化医学、汉斯顿分析、癌症诊断和治疗等。

NGS技术在医学诊断中的应用被广泛应用于人类疾病的遗传学研究、癌症分子生物学和基因组医学等领域。

NGS技术在遗传学研究中的应用NGS技术可以用于分析人类遗传学。

在过去，遗传学分析主要是用单一的基因测序技术来检测一些已知的遗传缺陷。

随着NGS 技术的出现，遗传学分析变得快速、准确和全面。

NGS技术可以同时测定数百万个单核苷酸多态性（SNPs）和数千个基因，甚至可以进行全基因组测序，从而得出更加全面的遗传学分析结果。

此外，NGS技术可以实现快速的基因检测，并为存在疑难病例的患者提供解决办法。

通过NGS技术的应用，可以将传统的遗传分析从单一遗传突变研究扩展到多基因或全基因组突变研究，从而更好地诊断和治疗常见的遗传性疾病，例如先天性免疫缺陷病、遗传性失聪、先天性心脏病等疾病。

NGS技术在癌症分子生物学和基因组医学中的应用NGS技术可以大大拓展癌症分子生物学和基因组医学的研究范围。

NGS技术可以检测癌症基因组中的突变，包括癌症基因、肿瘤抑制基因和其他机制相关的基因突变。

这对于研究癌症分子生物学和基因组医学是非常重要的。

此外，NGS技术可以用于建立癌症基因组数据库，实现大规模的癌症基因组分析和数据处理，为新型抗癌药物的开发提供基础研究支持。

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中国首个NGS在临床肿瘤学实践中的大规模调研报告
2018年《JCO Precision Oncology》发表了一项具有美国NGS 代表性的肿瘤医生调研报告：75.6% 的美国肿瘤医生都在用NGS 基因检测技术指导肿瘤治疗！1
2019年9月19日，CSCO燃石卫星会上报告了一项具有中国NGS代表性的肿瘤医生调研报告：95.4%的中国肿瘤医生愿意在未来推荐更多患者选择NGS检测，同时，在不考虑经济因素的情况下，46.5%的医生会推荐NGS大panel，大panel 的NGS已经逐渐成为临床选择趋势！2
▲中国NGS在临床肿瘤学实践中的调研报告
二代测序（NGS）又称大规模平行测序，能够同时对上百万甚至数十亿个DNA分子进行测序，实现了大规模、高通量测序的目标，是继Sanger 测序之后的革命性进步。

近年来，NGS技术发展迅速，其应用已进展至临床肿瘤检测，尤其在中国的普及发展，由于没有受到监管的控制，NGS的普及应用程度可能比国外更高。

中国肿瘤NGS临床普及应用程度有多高？没人统计过，基于此背景，CSCO肿瘤生物标志物委员会携手燃石医学共同发起和完成了具有中国NGS代表性的肿瘤医生调研报告。

（ppt内容来自2019年CSCO 燃石卫星会，旨在进行学习交流，侵删！）
✦调研方式：线上调研。

✦调研对象：30个省市的临床肿瘤医生（三甲医院，主治及以上为主）。

✦调研数量：1020名（980名曾推荐患者进行NGS检测的医生+ 40名未曾推荐患者进行NGS检测的医生）。

✦调研医生背景：看诊癌种与中国癌症流行数据一致（Globocan2018）。

中国首个NGS在临床肿瘤学实践中的大规模调研报告将分为以下
三个部分进行介绍：
① NGS临床应用习惯；② 不同癌种Biomarker 认知程度；③ NGS检测规范化情况。

① NGS临床应用习惯：
✦ NGS使用频率：>30%肿瘤医生每个月NGS检测处方量超过5个；表明NGS检测已成为中国肿瘤临床医生的常规检测工具！✦ NGS 检测主要目的：临床指导用药！（国内临床NGS检测主要目的：1. 临床指导用药；2. 复发监控、疗效评估；3. 跨适应症用药vs 美国临床NGS检测主要目的：1. 临床指导用药；2. 复发监控、疗效评估；3. 跨适应症用药）✦NGS使用目的与各癌种目前诊治现状高度相关：辅助诊断和用药：肺癌，结直肠癌，乳腺癌等；复发监控疗效评估：子宫内膜癌，淋巴瘤，肝癌等；跨适应症用药：淋巴瘤，乳腺癌，胃癌/食管癌等；临床入组：尿路上皮癌，卵巢癌，肝癌等。

✦遗传筛查关注度最高癌种：卵巢癌（54%）> 子宫内膜癌（38%）=乳腺癌（38%）> 结直肠癌（37%）等。

✦ NGS应用场景：以一线治疗为主导，NGS检测在临床诊疗的各阶段都有应用；晚期一线治疗（胰腺癌，淋巴瘤，肺癌等）> 术后辅助治疗（子宫内膜癌，肝癌，结直肠癌等）> 晚期后线治疗（胰腺癌，卵巢癌，淋巴瘤等） > 新辅助治疗（尿路上皮癌，前列腺癌，胃癌/乳腺癌等）。

✦NGS主要参数关注顺序：肿瘤医生在具体推荐检测panel 时，基因数目是临床考虑的主要参数。

基因数目 > 变异类型是否覆盖 > 测序深度 >最低检测限。

目前，超过半数临床医生开始关注NGS的具体质控参数。

在不考虑经济因素的情况下，46.5%的医生会推荐大panel，大panel的NGS已经逐渐成为临床选择趋势！
② 不同癌种 Biomarker 认知程度：
✦肺癌Biomarker：EGFR、ALK、ROS1、KRAS、PD-L1等。

62.8%的医生同时关注EGFR、ALK、ROS1这三个基因；免疫治疗在肺癌中受到认可，>50%医生关注PD-L1的表达；单次检测已经无法满足肺癌的临床需求，多基因平行检测是肺癌的刚需。

✦结直肠癌Biomarker：KRAS/NRAS、BRAF、MSI等。

✦胃癌/食管癌/EGJ
癌 Biomarker：MSI，PD-L1，TMB，HER2等。

✦乳腺癌 Biomarker：HER2，BRCA1/2，CDK4/6等。

✦全癌种免疫Biomarker：绝大多数医生重视免疫治疗，最为关注PD-L1的检出，此外，67.5%医生同时关注PD-L1和TMB。

③ NGS检测规范化情况：
✦选择检测平台时，精准检测、生信解读、质控成为临床医生最重要考量因素。

✦规范化检测背书：国际认证、NMPA审批；75.4%的医生认为，拥有国际质量管理体系证书代表NGS检测规范化！
✦ 23.27%临床专家对NGS实验室认证体系完全不了解。

✦月均>10个患者进行NGS检测的医生中，30.36%从未收到过送检样本不合格/样本质量警示提醒。

燃石内部数据显示样本质检不达标比例在0.5~5%。

✦ 58.47%的医生常规推荐1-2家检测公司，41.53%的医生常规推荐≥3家检测公司。

推荐比较多的检测公司有燃石医学，艾德生物，华大基因，世和基因，思路迪等。

✦中国NGS临床应用主要限制因素：价格高、是否有临床价值、缺少接触渠道。

价格高在美国也是主要限制因素。

✦超过 95% 医生愿意在未来推荐更多患者选择NGS检测！
重点总结：✦在推荐患者进行NGS检测的医生中，超过 30% 临床医生每月NGS检测大于5个，NGS已经成为肿瘤临床肿瘤医生常用检测工具；✦不同医生对NGS检测目的、临床应用场景略有不同，但均与各癌种目前诊治现状高度匹配；✦基因数目是临床选择NGS考虑的主要参数，在不考虑经济条件下，超过300基因的大panel成为临床选择趋势；✦免疫Biomarker如 PD-L1，TMB已经成为常用靶点之后临床最为关注的分子标志物；✦ 23% 的临床医生对NGS实验室认证体系完全不了解，超过 30% 常用NGS的临床医生从未收到不合格/警戒提示，90% 医生临床医生NGS报告需要解读，说明国内NGS检测的规范化及教育仍任重道远。

参考资料：
1.Freedman A N, Klabunde C N, Wiant K, et al. Use of next-generation sequencing tests to guide cancer treatment: results from a nationally representative survey of oncologists in the United States[J]. JCO Precision Oncology, 2018, 2: 1-13.
2.张绪超.,中国NGS在临床肿瘤学实践中的调研报告，PPT，CSCO燃石卫星会,20190919.
来源：基因Talk。