下一代测序技术与其他技术平台
生物基因组学中的NGS技术
生物基因组学中的NGS技术NGS技术是指下一代测序技术，其进一步推动了生物基因组学领域的发展。
传统的基因组测序方法在相对较长的时间内都是主流，然而NGS技术的出现彻底颠覆了这种局面。
NGS技术创造了一种更快、更精确、更经济实惠的方法来检测和分析基因组信息，从而为科学家们提供了更多的探索基因和分析基因组组成的机会。
首先，我们必须理解传统测序技术的局限性。
然后，我们可以深入探讨NGS技术与传统方法的区别。
最后，我们将论述NGS技术能如何快速、精确地解决基因组研究中的问题。
传统的基因组测序技术：Sanger测序人类基因组计划是第一个完成测序的计划，一开始使用的是Sanger测序技术，也称为“链终止法”。
Sanger测序是通过DNA聚合酶不断地复制DNA，然后使用特殊的链终止剂来标记链的末端，并制造出一系列不同大小的DNA碎片，然后将它们一一分离和排序，以获得完整的DNA序列。
尽管此方法是非常准确的，但由于技术局限，它无法应对大量数据和时间成本。
NGS技术与传统技术的区别NGS技术是一种新的测序技术，通过不同的方法并行扫描整个DNA，从而快速高效地产生大量的数据。
相对于传统的测序方法，NGS技术的处理速度更快，通过短读长序列来表示更高分辨率的基因组信息。
NGS技术允许将DNA分成许多不同的区域，以并行获得一种更准确的DNA序列。
实际应用中，NGS技术被广泛应用于生物领域，探究整个生物体和基因组中的活动，从而发现与健康和疾病有关的突变或DNA组成。
NGS技术还可以对DNA进行测序，确保正常细胞中免疫関连受体(TCR)和B细胞受体（BCR）的正确参数。
举例来说，利用NGS技术进行全基因组测序，有助于显著降低DNA测序成本，从而扩大了许多生物学和医学研究的范围。
而尽管NGS技术仍未完全完善，可是一旦获得DNA序列，这种方法就能够实现大规模、全面、有条理地对序列进行研究和分析。
NGS技术的应用NGS技术在基因组学方面的应用，基本上是将基因组和转录组数据进行分析，并以此寻找DNA片段和基因的变异情况。
分析下一代DNA测序技术的优缺点并比较
分析下一代DNA测序技术的优缺点并比较近年来，基因测序技术取得了快速发展，其发展速度远高于摩尔定律规律。
第一代测序技术“链终止法”虽然技术成熟，但其高成本和低效率限制了其广泛应用。
随着第二代测序技术的出现，基因测序不断向着高通量、高准确度和低成本的方向发展。
本文将分析下一代DNA测序技术的优缺点并比较，希望为读者提供更多的技术资讯和了解。
一、下一代DNA测序技术的优点1. 高通量：下一代DNA测序技术具有高通量的特点，可同时对一个物种或个体的全基因组进行快速测序，达到高通量基因组测序的目标。
这种高通量使得科学家可以在较短时间内提取大量基因信息。
2. 快速速度：下一代DNA测序技术具有极高的速度，一晚上可以测序数千万条序列，并在几个小时内将结果生成和分析。
这种快速速度使得科学家可以在更短的时间里完成大量的测序工作，为基因组研究提供了更强大的工具。
3. 高准确度：下一代DNA测序技术具有很高的准确度，一般达到99.9%或更高。
这种高准确度使检测结果更加准确，从而更好地发现细微的变化或突变。
4. 低成本：下一代DNA测序技术的成本相对较低，能够快速进行测序并且价格低廉，使得大规模的测序在实践中得到了广泛的应用。
二、下一代DNA测序技术的缺点1. 数据分析困难：下一代DNA测序技术获得的数据量大，处理数据的复杂性也增加。
因此需要使用计算机等自动化工具进行数据分析，但是这些应用需要更高的计算能力和存储容量，而且也需要高水平的数据分析人员。
2. 测序误差率高：虽然下一代DNA测序技术具有很高的准确性，但由于基因数据量惊人，在处理过程中仍存在一定误差。
虽然这些误差比较小，但是在分析工作中仍然可能影响结果。
因此需要运用质量控制等手段来保持数据的准确性和可靠性。
3. 长序列难以获得：虽然下一代DNA测序技术能够产生大量序列，但其获得的序列长度均较短，通常只有较短的几百个碱基。
由于每个基因组都包含大量的重复序列和复杂序列，这些情况可能导致测序效率低，难以覆盖全部基因组情况。
高通量测序技术简介
高通量测序技术简介
高通量测序技术又称“下一代”测序技术，以能一次并行对几十万到几 百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。目前用于微生物群 落多样性研究的高通量测序平台主要有来自罗氏公司的 454法、Illumina公 司Solexa法和 ABI 的 SOLiD 法
罗氏454法测序原理
GS FLX系统的测序原理是基于焦磷酸测序法，依靠生物发光对DNA序列进 行检测。在DNA聚合酶，ATP硫酸化酶，荧光素酶和双磷酸酶的协同作用下， GSFLX系统将引物上每一个dNTP的聚合与一次荧光信号释放偶联起来。通过 检测荧光信号释放的有无和强度，就可以达到实时测定DNA序列的目的。
罗氏454法测序流程
Solexa测序法测序流程
• 1.添加接头：利用物理方法将待测 样品DNA打碎，在单链DNA碎片两端 加上接头
• 表面结合：Solexa的测序时利用微注 射系统将已经加过接头和待测片断随 机添加到玻璃Flow Cell内，每一个 Flow Cell又补分成8条Lane，每条 Lane的内表面上能与共价键的形式随 机固定单链接头序列和带接头的单链 待测DNA片断
四种荧光标记的染料应用边合成边测序（ Sequencing By Synthesis ） 的原理，在每个循环过程里，荧光标记的核苷和聚合酶被加入到单分子阵列中。 互补的核苷和核苷酸片断的第一个碱基配对，通过酶加入到引物上。多余的核苷 被移走。这样每个单链 DNA 分子通过互补碱基的配对被延伸，利用生物发光蛋 白，比如萤火虫的荧光素酶，可通过碱基加到引物后端时所释放出的焦磷酸盐来 提供检测信号。针对每种碱基的特定波长的激光激发结合上的核苷的标记，这个 标记会释放出荧光。荧光信号被 CCD 采集，CCD 快速扫描整个阵列检测特定的 结合到每个片断上的碱基。通过上述的结合，检测可以重复几十个循环，这样就 有可能决定核苷酸片断中的几十个碱基。
第三代测序技术(单分子实时DNA测序)与第二代测序技术(高通量测序技术)简介
第三代测序技术（单分子实时DNA测序）与第二代测序技术（高通量测序技术）简介第三代测序技术(单分子实时DNA测序)与第二代测序技术(高通量测序技术)简介第三代测序技术简介如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会认为他异想天开，没有一点生物的sense。
我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了～这个就是被称为第三代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time(SMRT) DNA Sequencing”(单分子实时DNA测序)。
我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解记录整理一下。
要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。
显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子”。
但是它可以实时记录荧光的强度变化。
当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时候，它的荧光就同时能在DNA链上探测到。
当它与DNA链形成化学键的时候，它的荧光基团就被DNA聚合酶切除，荧光消失。
这种荧光标记的脱氧核苷酸不会影响DNA聚合酶的活性，并且在荧光被切除之后，合成的DNA链和天然的DNA链完全一样。
第二个是纳米微孔。
因为在显微镜实时记录DNA链上的荧光的时候，DNA链周围的众多的荧光标记的脱氧核苷酸形成了非常强大的荧光背景。
这种强大的荧光背景使单分子的荧光探测成为不可能。
Pacific Biosciences公司发明了一种直径只有几十纳米的纳米孔[zero-mode waveguides (ZMWs)]，单分子的DNA聚合酶被固定在这个孔内。
在这么小的孔内，DNA链周围的荧光标记的脱氧核苷酸有限，而且由于A，T，C，G这四种荧光标记的脱氧核苷酸非常快速地从外面进入到孔内又出去，它们形成了非常稳定的背景荧光信号。
而当某一种荧光标记的脱氧核苷酸被掺入到DNA链时，这种特定颜色的荧光会持续一小段时间，直到新的化学键形成，荧光基团被DNA聚合酶切除为止(见图)。
DNA测序技术的进展及应用
DNA测序技术的进展及应用DNA测序技术是基因组学领域中关键的技术之一，具有广泛的应用场景。
随着技术的不断进步，越来越多的应用场景被揭示出来。
本文将介绍DNA测序技术的进展和应用。
一、DNA测序技术的进展DNA测序技术首次被开发于1977年，但当时的技术限制了测序长度和准确性。
随着技术的发展和成本的降低，测序技术已经被广泛应用于各种领域。
1.第一代测序技术第一代测序技术基于Sanger测序方法，通过DNA聚合酶链反应和荧光染料标记的阴离子交换色谱分离技术，可以对较短的DNA序列进行测序。
该技术的受限于测序长度、掩模效应和成本，但是该技术对DNA序列的研究做出了重要的贡献。
2.第二代测序技术第二代测序技术基于高通量测序平台，其通过同步测量大量的核酸序列，可以对长达数百万个核酸片段进行测序。
这些片段会被并行地进行测序，从而大大提高了测序效率和准确性。
同时，该技术还一定程度上缓解了第一代技术的限制。
3.第三代测序技术第三代测序技术基于单分子测序平台，该平台可以实现长DNA序列的直接读取，大大提高了测序的准确性，消除了掩模效应和信号叠加的问题。
与此同时，该平台还大大降低了测序的时间和成本，为研究人员提供了新的研究手段和解决方案。
二、DNA测序技术的应用1.基因组辅助育种DNA测序技术可以快速、准确地鉴定和筛选一些具有重要经济价值的性状，如多种疾病的遗传模式、抗病性、产量性状等。
该技术可以通过检测育种动物的SNP序列，提高育种效率和质量，促进现代农业可持续发展。
2.个性化医疗DNA测序技术可以通过检测个体基因组序列的突变，提供个性化的医疗解决方案。
临床医生可以基于患者的个体基因组序列信息，制定个性化的治疗方案，提高治疗效果和预后。
3.生态环境监测DNA测序技术可以通过检测环境中的微生物和植物DNA序列，揭示生态系统的结构和功能，并评估环境的质量状况。
该技术可以用于监测自然生态系统，评估生态系统的健康状况，对环境污染及时响应和治理。
下一代DNA测序技术的发展趋势
下一代DNA测序技术的发展趋势DNA测序技术是基因组学研究的基石，也是生物学和医学领域最重要的技术之一。
现阶段，常用的DNA测序技术主要有Sanger测序、Illumina测序、Ion Torrent测序、PacBio测序等。
然而，传统DNA测序技术的局限性已经逐渐显露：首先是Sanger测序技术测序速度、成本较高，适合于研究小片段和验定结果准确性；Illumina测序技术则具有高测序速度和低成本，但其测序长度较短，不利于研究长链基因；Ion Torrent测序技术私胶中等测序速度和成本，并且其仪器规模小巧，方便携带，适合现场测序。
然而，其测序准确度受到生物体内电离辐射等因素的影响；PacBio测序技术具有高测序速度和单分子测序优势，但其测序准确率不如其他技术高，并且样品需求较高。
因此，研究界积极探索新一代DNA测序技术。
下一代DNA测序技术的发展趋势可以从以下几个方面来探讨。
1. 单分子测序技术的发展单分子测序技术由于其优秀的分辨率和高精度的测序结果，受到越来越多的关注。
第三代单分子测序技术的代表是Oxford Nanopore Technologies（ONT）和Pacific Biosciences（PacBio）。
ONT的Nanopore测序技术通过使用膜上纳米孔来实现单分子测序。
测序过程中，DNA单链通过纳米孔和电场的相互作用，逐个测序核酸碱基，使得单分子测序成为可能。
该技术具有高度可移植性和实时测序能力，并且样品处理简单，可以在现场进行测序。
最近，ONT推出了新的测序芯片，测序能力大幅提升，单个芯片可以测序数十G的数据，且无需对DNA进行任何预处理。
PacBio的SMRT（Single-Molecule Real-Time）技术则利用透镜式检测系统，通过实时监测DNA聚合酶活性以及引物上的荧光标记，实现单分子测序。
这种技术能够获得长读长序列，有效克服了传统测序技术短读长的缺陷。
此外，PacBio最新推出的HiFi技术（High-Fidelity Sequencing）还可以获得高质量的双端读长序列，有望在复杂基因组破解中发挥巨大作用。
高通量测序技术
的玻璃表面(即Flow cell)，这些DNA片段经过延伸和桥式扩增后，在Flow cell上形成了数以亿计Cluster，每个Cluster是具有数千份相同模板的单分子簇。
然后利用带荧光基团的四种特殊脱氧核糖核苷酸，通过可逆性终止的SBS(边合成边测序)技术对待测的模板DNA进行测序。
ABI SOLiD连接法测序(sequence by ligation)技术应用测序技术推进科学研究的发展。
随着第二代测序技术的迅猛发展，科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。
比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序(de novo sequencing)，获得该物种的参考序列，为后续研究和分子育种奠定基础;对有参考序列的物种，进行全基因组重测序(resequencing)，在全基因组水平上扫描并检测突变位点，发现个体差异的分子基础。
在转录组水平上进行全转录组测序(whole transcriptome resequencing)，从而开展可变剪接、编码序列单核苷酸多态性(cSNP)等研究;或者进行小分子RNA测序(small RNA sequencing)，通过分离特定大小的RNA分子进行测序，从而发现新的microRNA分子。
在转录组水平上，与染色质免疫共沉淀(ChIP)和甲基化DNA免疫共沉淀(MeDIP)技术相结合，从而检测出与特定转录因子结合的DNA区域和基因组上的甲基化位点。
这边需要特别指出的是第二代测序结合微阵列技术而衍生出来的应用--目标序列捕获测序技术(Targeted Resequencing)。
这项技术首先利用微阵列技术合成大量寡核苷酸探针，这些寡核苷酸探针能够与基因组上的特定区域互补结合，从而富集到特定区段，然后用第二代测序技术对这些区段进行测序。
目前提供序列捕获的厂家有Agilent和Nimblegen ，应用最多的是人全外显子组捕获测序。
科学家们目前认为外显子组测序比全基因组重测序更有优势，不仅仅是费用较低，更是因为外显子组测序的数据分析计算量较小，与生物学表型结合更为直接。
基因测序的方法
基因测序的方法
这些基因测序方法各有优缺点，适用于不同的研究目的和实验条件。根据具体的研究需求 ，科学家可以选择合适的测序方法来获取所需的基因组信息。
3. 单分子测序：单分子测序技术可以直接测序单个DNA分子，而无需进行扩增。其中， PacBio测序和Oxford Nanopore测序是两种常见的单分子测序技术。PacBio测序使用一种 叫做单分子实时测序（Single Molecule Real-Time sequencing）的方法，通过观察DNA 聚合酶合成DNA链时的荧光信号来测序。Oxford Nanopore测序则利用DNA分子通过纳米 孔时的电信号变化来测序。
基因测序的方法
基因测序是确定DNA序列的过程，它可以帮助我们了解基因组的组成和功能。以下是几 种常见的基因测序方法：
1. Sanger测序：Sanger测序是最早被广泛应用的测序方法之一。它使用特殊的DNA聚合 酶（DNA polymerase）和一种叫做二进制链终止法（dideoxy chain termination method）的技术来合成DNA链。通过在DNA合成过程中加入特殊的、能够终止合成的二进 制链终止核苷酸，可以生成一系列不同长度的DNA片段，然后通过电泳分离并确定DNA片段 的顺序。
ห้องสมุดไป่ตู้ 基因测序的方法
2. 下一代测序（Next-generation sequencing, NGS）：下一代测序技术是一组高通量 测序技术的总称，包括Illumina测序、Ion Torrent测序和PacBio测序等。这些技术使用不同 的方法来并行地测序多个DNA分子。通常，DNA样本会被分割成小片段，然后通过不同的方 法进行扩增和测序。NGS技术具有高通量、高灵敏度和较低成本的优势，已经广泛应用于基 因组学和生物医学研究。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
人类遗传病DNA检测技术的发展趋势
2005 大规模重测序 GWAS鉴定SNP 2010 SNP芯片大 样本量筛查 2015 目标测序、疾 病检测模块 几百美元 对于一种疾病 几十个基因， 几百个位点
几千万美元 3. Gb全基因组
几十万美元 500Kb SNP
一个反应对96个样本中的，6500个区段扩增，检测目标区段多态性。唐氏综合证产 前筛查、耳聋基因筛查、癌症几率报告等等（华大收购了Ion Torrent PGM)
Sanger 测序法 (ABI 3730 XL sequencer)
Illumina 测序仪的结构பைடு நூலகம்基本术语
Flowcell: 流动槽, 盛有磁珠的芯片 Lane: 泳道, 每 一次测序操作需要一周，成本花费10万元 Read: 读长
Illumina HiSeq 系列测序仪
三代测序技术：Pacific Biosciences 单分子测序仪
founded in 2004, 4亿美元融资
ZMW: Zero-mode waveguides
SMRT 测序原理
• 1. 用4种荧光分别标记4种dNTP • 2. 在测序芯片的底部做出许多用与入射光 波长相应的小孔，特定的孔径保证了入射 光在小孔中只以走很短的矩离。只够照到 正好与酶在相互作用的荧光dNTP底物 • 3. 把聚合酶锚定在测序芯片的底部 • 4. 让DNA链与酶结合，进行测序 • 5测序时，荧光dNTP与酶+DNA模板型成 复合物，短暂结合 • 6. 荧光dNTP被激光照射，发出荧光，荧 光被检测到 • 7. 酶反应过程，一方面使链延伸，同时使 dNTP上的荧光基团脱落 • 8. 聚合反应持续进行，测序同时持继进行 • 9. 用摄像机记录这个过程
谢谢！
1. 线性回归模型
候选育种材料的收集(农家) (候选群体 ~10,000)
基因组测序(基因型)
基因组测序(基因型)
鉴定控制优良性状的基因型 (基因组关联分析)
基因-性状连锁图谱
候选材料的育种价 值 (GEBV)评估 对产量、抗性等性 状进行预测
选择育种价值较高的材料 (实验群体 ~100)
周期从7到8年缩短到3到5年
• 基于全基因组测序的方法 （500~1000个体) 初步在一个群体里鉴定所有可能的SNP，~百万个 • 基于SNP芯片杂交的方法 (几万个体，千元以下/个体） 仍属于大规模群体筛选，建立SNP-疾病关联，确定 该群体内准确的SNP分子标记。 • 基于目标测序的方法 （商业化基因型SNP检测试剂盒) 目标基因、分子标记比较明确，个性化医疗 • 基于SNP位点设计引物扩增的方法（荧光和质谱） 用明确的致病基因的SNP标记、分子标记
>read_1 ACGTCAGTACGGATGCTAGTCGGCACCATCATTGTGTC
Reaction: 加入一种颜色标记的碱基 Barcode: 在一条泳道里标记多样本 Base-calling: 识别碱基
Illumina 测序原理
DNA template
Adaptor 1
Adaptor 2
病人DNA样品
已知的所有致病SNP
Douglas Scientific: Lab Automation
8小时
15万样品
Soellex® High Throughput PCR Thermal Cycler
Thermal Cycle 230,400 Data Points in a Single Run
SNP芯片设计和工作原理
正常 癌症
样品制备 荧光标记 杂交
扫描
数据分析
Affymetrix SNP芯片
SNP genotyping using the Sequenom MassARRAY iPLEX platform
抗虫基因型: (AA) ACGTGACGTGTAGGTCACTCTACCGTAGCGTCATGT ACGTGACGTGTAGGTCACTCTACCGTAGCGTCATGT 易感基因型：(aa) ACGTGACGCGTAGGTCACTCTACCGTAGCGTCATGT ACGTGACGCGTAGGTCACTCTACCGTAGCGTCATGT 杂合基因型：(Aa) ACGTGACGTGTAGGTCACTCTACCGTAGCGTCATGT ACGTGACGCGTAGGTCACTCTACCGTAGCGTCATGT (AA) X (aa) F1代： (Aa) x F1 (Aa) F2 代：(AA): (Aa):(aa) = 1:2:1 以T和G作为SNP分子标记筛选带有AA基因型的植株
0 设计大田育种实验方案
一、二、三代测序技术原理介绍
2, 3代一般统称为Next Generation Sequencing (NGS)
测序技术发展里程
第一代测序：Sanger法测序， 1970年，30亿美元测人类基因组（一条1 Kbp DNA序列） 第二代测序：(或新一代 Next Generation，或高通量测序 High-throughput sequencing，或并 行测序Parallel sequencing, 或深度测序Deep sequencing，或边合成边测序 Sequencing by Synthesis, 等很多名称) 1. 454焦磷酸测序 2004 （几万条读长＝200~500nt） 2. Solexa测序 2006 （几百万读长＝36nt） 3. ABI SOLiD测序 2006 （几百万读长=50nt） 4. Illumina GA II 2007 (几千万条读长=70nt) 5. HeliScope单分子测序 2009 6. ION torrent 测序 2010-2014 （准三代，几十万条读长=500nt） 7. Illumina HiSeq2000测序平台 2010-2013年 (几千万条100-nt短序列) 8. Illumina HiSeq2500, Next 500, MiSeq, X Ten系列，(1000美元一个基因组) 9. Complete genomics, BGI, (华大收购，个性医疗，500美元一个基因组） 第三代测序： （Third Generation or Single Molecule Sequencing，单分子测序) 1. Pacific Biosciences 单分子实时测序平台 2012 （几万条10kb序列=300 Mb） 2. Oxford Nanopore纳米孔测序 2013
SMRT (Single Molecule Real Time） Cell
拍摄萤光变化的电影
图像解码，推测序列SMRT 的构建（环形DNA)1、环形不易断裂，可以周而复始地测序，充分利用PacBio的读长 2、插入序列的正向链和反向链都可以被读到，起到自我校正作用 3、两端的已知接头序列，可以用作计数器，用于计算模板被周而复始 地测了几次
应用PacBio测序补齐人类基因组上的Gap，大多是高 GC含量区和重复序列 2014， Nature
三代与二代区别（4）：方便检测可变剪切转录本
二代
无法准确区分每一个isoform 表达量
三代
准确区分每一个Isoform产生的转录本
总结：一、二、三代测序平台比较
X X X ?
其他基因型检测技术平台
LGC KASP genotyping assay
本质就是荧光定量PCR，需要荧光标记，成本较高 1. 在SNP位点设计Allele-specific 引物 CC 纯合基因型 CA 杂合基因型
2. 仅带有C引物的DNA被扩增出来
AA 纯合基因型
3. 仅带有C的DNA被加上荧光标记
KASP的免费软件 SNPviewer
扩增 ACGTGACGTGTAGGTCACTCTACCGTAGCGTCATGT ACGTGACGCGTAGGTCACTCTACCGTAGCGTCATGT 80% 为易感基因型 DNA (aa) 7% 为抗性基因型 DNA (AA) 13% 为杂合基因型 DNA (Aa)
Sequenome genotyping 软件
第二部分：
下一代测序技术与其他技术平台
孟山都现代SNP分子标记辅助的精确耕种
种子（条形码编码）切割机器人 种植带有优良基因型
基因型选种
从种子上取一小块组织
道格拉斯Array Tape利用SNP分子 标记对几万颗种子鉴定基因型
基因组选择(Genomic selection)辅助的精确育种策略
农艺性状优良品种 (训练群体~100) 基因组选择预 测模型的构建
Araya® In-Line Fluorescence Detection System
荧光扫描
大数据分析方法的利器 — 机器学习
机器学习理论主要是设计让计算机可以自动“学习”的算法和模型，从先验 “知识”中获得规律，从而对未知数据进行预测的智能技术。 与统计检验(Model-driven)相比，机器学习(Data-driven)的最大优势是通 过“知识”与“数据”的整合，采用监督式的学习方式对预测模型进行优化。
利用质谱的原理分离SNP，不 需要荧光标记，成本低通量高
maldi tof （飞行时间质谱原理）
利用分子量(MASS)大小不同的核苷酸、氨基酸片段 在电场里飞行的时间(time of flying)不同
数据分析 与数据库比较，预测 氨基酸序列
DNA上样 最多384个样品
运行
iPLEX 工作流程
Allele-specific primer for PCR 引物设计 引物1：TGTAGGTCACTCTACC 引物2：CGTAGGTCACTCTACC
三代与二代区别（1）：读长(read length)
读长很长，单条Read读长可以平均达到10kb，二代只有100bp
三代与二代区别（2） ：检测甲基化的碱基
A, C, G, T加入的时间间隔不一样，带有甲基化的位点，加入的碱基时间延迟