简单重复序列标记名词解释
《园艺植物育种学》形考3参考答案
《园艺植物育种学》形考3参考答案一、名词解释（30）每题5分倍性育种：采用人工诱变的方法，成倍的改变染色体基数，育成新品种的途径。
多倍体：体细胞中含有三套或三套以上染色体的植物。
单倍体：体细胞中含有该物种配子染色体数的生物个体。
二、填空题（24）每空6分请用给出的关键词填空。
同源多倍体分子生物学DNA序列浸渍法1．多倍体按其来源可分为同源多倍体和异源多倍体两大类。
2．秋水仙素处理的具体方法，依处理的器官、药剂溶媒的不同而有多种，主要有浸渍法、涂抹法、滴液法、套罩法四种。
3．细胞工程是应用细胞生物学和分子生物学的方法，通过类似于工程学的步骤在细胞整体水平或细胞器水平上，遵循细胞的遗传和生理活动规律，有目的地制造细胞产品的一门生物技术。
4．分子标记是继形态标记、细胞标记和生化标记之后发展起来的一种新的较为理想的遗传标记，它通过遗传物质DNA序列的差异进行标记。
填空题(24 分) (请按题目中的空缺顺序依次填写答案)三、单项选择题（18分）每题6分1．原生质体融合获得多倍体属于多倍体人工培育途径中的（D）。
单选题(6 分) A.化学诱变B.物理方法C.有性杂交培育多倍体D.离体培养获得多倍体2．拟南芥油菜的获得是利用了细胞工程技术中的（B）。
单选题(6 分)A.突变体筛选技术B.体细胞杂交技术C.单倍体诱导技术D.组培快繁技术3．简单重复序列标记是DNA分子标记技术中的（D）。
单选题(6 分)A.RFLP标记B.RAPD标记C.AFLP标记D.SSR标记四、问答题（28分）请用给出的关键词填空。
育种材料选择效果效率化学药剂花粉子房育种年限孤雌生殖双生苗简述单倍体在遗传育种中的作用及获得单倍体的方法。
作用：（1）提供遗传研究和育种材料（2）提高选择效果（3）缩短育种年限，节省人力、物力（4）提高育种效率获得单倍体的方法：（1）远缘花粉刺激孤雌生殖（2）辐射、处理诱导孤雌生殖（3）从双生苗中选择（4）花药、花粉培养（5）未受精子房培养填空题(18 分) (请按题目中的空缺顺序依次填写答案) 请用给出的关键词填空。
ssr标记原理
ssr标记原理
SSR标记，即简单重复序列标记，是一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术。
它利用了DNA序列中的简单重复序列，这些重复序列通常由1-6个碱基组成，形成长串重复。
由于这些重复序列在不同个体间的数量存在差异，因此能揭示比其他标记技术更高的多态性。
SSR标记的基本原理是，根据微卫星序列两端互补序列设计引物，通过PCR反应扩增微卫星片段。
由于核心序列串联重复数目不同，能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR产物。
将这些产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。
SSR 标记具有一些优点，如一般检测到的是一个单一的多等位基因位点、微卫星呈共显性遗传，可鉴别杂合子和纯合子、所需DNA量少等。
在采用SSR技术分析微卫星DNA多态性时，必须知道重复序列两端的DNA序列的信息。
RNA-seq基础知识
RNA-seq基础知识1.RNA-Seq名词解释2.测序名词解释3.高通量测序常用名词解释4.转录组测序问题集锦RNA-Seq名词解释1.index 测序的标签，用于测定混合样本，通过每个样本添加的不同标签进行数据区分，鉴别测序样品。
2.碱基质量值（Quality Score或Q-score）是碱基识别（Base Calling）出错的概率的整数映射。
碱基质量值越高表明碱基识别越可靠，碱基测错的可能性越小。
3.Q30 碱基质量值为Q30代表碱基的精确度在99.9%。
4.FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Millionfragments mapped）每1百万个map上的reads中map到外显子的每1K个碱基上的fragment个数。
计算公式为公式中，cDNAFragments 表示比对到某一转录本上的片段数目，即双端Reads数目；Mapped Reads(Millions)表示Mapped Reads总数，以10为单位；Transcript Length(kb)：转录本长度，以kb个碱基为单位。
5.FC（Fold Change）即差异表达倍数。
6.FDR（False Discovery Rate）即错误发现率，定义为在多重假设检验过程中，错误拒绝(拒绝真的原(零)假设)的个数占所有被拒绝的原假设个数的比例的期望值。
通过控制FDR来决定P值的阈值。
7.P值（P-value）即概率，反映某一事件发生的可能性大小。
统计学根据显著性检验方法所得到的P 值，一般以P<0.05为显著，P<0.01为非常显著，其含义是样本间的差异由抽样误差所致的概率小于0.05或0.01。
8.可变剪接（Alternative splicing）有些基因的一个mRNA前体通过不同的剪接方式（选择不同的剪接位点）产生不同的mRNA剪接异构体，这一过程称为可变剪接(或选择性剪接，alternative splicing)。
真核基因组 重复序列
真核基因组重复序列
一、概述
真核基因组中的重复序列是指基因组中重复出现的DNA片段。
这些重复序列可以是简单的重复，例如多次重复的短序列，也可以是复杂的重复，例如转座子、反转录转座子等。
真核基因组中的重复序列在基因组中占据了相当大的比例，并且在基因组的进化、基因表达调控、细胞分化等方面发挥了重要作用。
二、分类
1.简单重复序列：由多个相同的短序列组成，如CGGCGCGGCGC等。
简单重
复序列可以形成DNA的二级结构，影响基因的表达。
2.复杂重复序列：包括转座子、反转录转座子等。
这些序列可以在基因组中
移动位置，造成基因组的重排和进化。
三、功能
1.基因表达调控：一些重复序列可以作为顺式作用元件，影响基因的表达。
例如，一些重复序列可以作为增强子或沉默子，调节基因的表达水平。
2.细胞分化：一些重复序列在特定类型的细胞中特异性表达，参与细胞分化
过程。
例如，一些重复序列在精子或卵细胞中特异性表达，影响生殖细胞的分化。
3.基因组进化：复杂重复序列可以在基因组中移动位置，造成基因组的重排
和进化。
此外，一些重复序列可以产生新的基因或基因变异，促进物种的进化。
四、研究方法
目前对于真核基因组重复序列的研究方法主要包括高通量测序和生物信息学分析。
通过这些方法可以获得基因组的序列信息，并对重复序列进行定位、分类和功能分析。
同时，这些方法也可以用于研究重复序列的进化和表达调控机制。
分子生物名词解释
分子生物学之迟辟智美创作名词解释：1.基因组（genome）：指生物体或细胞中，一套完整单体的所有遗传物质的总和；或指原核生物染色体、质粒，真核生物的单倍染色体组、细胞器，病毒中所含有的一整套基因组.2.顺式作用元件(cis-acting element)：具有调节功能的特定DNA序列只能影响同一分子中的相关基因，发生在一个序列中的突变不会改变其他染色体上等位基因的表达，这样的序列称为顺式作用元件.3.反式作用因子（trans-acting factor）：与顺式作用元件相反的调节卵白，可通过扩散结合于细胞内的多个靶位点，当发生突变后将同时影响分歧染色体上等位基因的表达，暗示出反式作用的调节卵白.4.可读框（ORF）：指从起始密码子到终止密码子的一般连续的密码子区域，或DNA序列测定中，由计算机识别出的可能的编码区域.5.癌基因：其基因产物具有转化真核细胞的能力，使之与肿瘤细胞相同的方式生长.即一类与癌的生成有关的基因.控制细胞分裂的基因由于突变或肿瘤病毒的入侵而失去调节功能，原癌基因转酿成癌基因.6.核酶（ribozyme）：泛指一类具有催化功能的RNA分子，一般指无需卵白质介入或不与卵白质结合，就具有催化功能的RNA分子.7.管家基因（house-keeping genes）：为组成型基因，指在各种细胞中都能表达的一类基因，其产物是维持细胞基本生命活动所需的物质.8.ESTS（表达序列标签）：从一个随机选择的cDNA克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA部份序列，代表一个完整基因的一小部份.在数据库其标准从20~7000bp不等.9.GMO（Genetcallly Modified Organisms）：基因修饰生物，在不导入外源基因的情况下，通过对生物体自己遗传物质的加工、敲除、屏蔽等方法以改变生物体的遗传特性，获得人们希望获得的性状.10.Terminator（终止子）：是DNA分子中决定转录产物3’-OH端酶分子停止聚合，释放出已合成的RNA分子的位点.11.Zinc Finger region（锌指结构）：是一种常呈现在DNA结合卵白中的结构.由一个含有年夜约30个氨基酸的环和一个与环上的4个Cys或2个His配位的Zn构成，结构似指状.它有一个α-螺旋和一个β-螺旋，与DNA双螺旋的年夜沟结合影响转录.12.rho factor（P因子）：为一种单体分子质量为46Kda的卵白质，通常以同源年夜聚体的活性形式存在，分子质量约为275Kda.它是RNA聚合酶的一种重要的卵白质辅助因子，只在转录的终止过程中发挥作用.13.nucleosome（核小体）：核小体是构成真核生物染色质的基本结构单元.由组卵白核心和盘旋其上的DNA共同构成的紧密结构形成.（4种组卵白（H2A, H2B, H3 和 H4）以八聚体的形式形成核心颗粒，DNA环绕纠缠在颗粒概况形成核小体）.14.Hybridization（分子杂交）：利用双螺旋结构的各种性质在DNA复性后可以获得恢复加持性，可以将两个分歧来源的互补序列退火形成双链的过程叫分子杂交.posite transpasons（复合型转座子）：一类除有转座酶基因外，还带有抗药性基因标识表记标帜，其两末端由相同的IS序列或末端由38bp的反向重复序列组成的结构.年夜而复杂的转座子.16.冈崎片段（Okazaki fragment）：指在半不连续复制中，新合成链方向为3’→5’端，实际上是由许多5’→3’方向合成的DNA片段连接起来的，首先沿5’→3’方向合成的较短的DNA片段，随后被连接成完整的方向为3’→5’DNA的新链.17.TM（解链温度）：DNA发生变性时，使DNA双螺旋链结构解开一半或e（P）吸收值到最高值的一半时的温度.melting temperature.18.Pribnow box：又称-10序列，细菌启动子起始点上游约-10处找到的6bp的守旧序列TATAAT，是转录的解链区.19.SSR（简单序列重复）：也称微卫星DNA，一种简单串连重复DNA序列，其重复单元为1~6个核苷酸，由10~50个变性单元串连组成，在整个基因组中分布且密度高，在遗传图和物理图的研究中有重要作用.20.antisemseRNA（反义RNA）：通过碱基互补配对与特定mRNA上包括SD序列、起始密码子AUG及部份N端密码子的序列结合，抑制mRNA翻译的一类RNA.21.replion（复制子、复制单元）：基因组中能自力进行复制的单元.包括复制起始点到终止点的一段DNA序列.22.SDS reaction（应急反应）：由许多能造成DNA损伤或抑制DNA复制的过程引起的一系列复杂的诱导效应，这种效应称为应急效应.23.promoter（启动子）：是RNA聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA序列，含有RNA聚合酶特异性结合和转录起始所需的守旧序列位点，不被转录.24.Operon（操纵子）：是原核生物在分子水平上基因表达调控的单元，与功能相关的基因相连，由同一控制区控制转录，这些基因包括结构基因、操纵子基因、启动调节基因几部份.25.Enhancer（增强子）：是指能使和它连锁的基因转录效率明显增加的DNA序列.26.SD sequence（SD序列）：mRNA上位于起始密码子AUG序列上游10个碱基左右的区域能与16S核糖体RNA3’端反SD序列7个嘧啶碱基互补识别，以帮手从起始AUG处开始翻译的一段富含嘌呤碱基的序列.27.cDNA和cccDNA：cDNA：加工成熟的mRNA经逆转录合成互补的DNA.cccDNA：自力于细菌及某些真核细胞染色体外的共价闭合环状DNA.28.RNA剪接：基因的外显子和内含子都转录在一条原初转录本RNA分子中.在加工过程中切除内含子、连接外显子发生成熟RNA分子的过程叫RNA splicing.29.ITS（内转录间隔区）：真核生物基因组中编码核糖体的基因，包括28SrDNA，5SrDNA，18SrDNA和5.8SrDNA四种.它们在染色体上头尾相连，串连排列，相互间由间隔区分开.30.gratuitous inducer（抚慰诱导物）：能够诱导酶合成，但又不能被所诱导酶分解的分子.31.triplet codons（三联体密码子）：mRNA链上决定一个特定的氨基酸的三个连续的核苷酸序列.（mRNA上特定的核苷酸序列对应卵白质链上特定的氨基酸序列）32.STS（序列标签位点）：基因组物理图谱中起标识作用的位置已知的共同的小段单拷贝DNA序列.长度一般为300~500bp.在染色体上有一定的位置.33.intron and exon（内含子、外显子）：内含子：不连续基因中无编码功能的区段，或者说，在初始转录产物hnRNA加工发生成熟的mRNA时，被切除的非编码序列.外显子：在不连续基因中有编码功能的区段，与mRNA的序列行对应.34.sence strand（有义链）：在体内DNA的两条链仅有一条用于转录，或某些区段以这条链转录，这时，不用于转录的链称为非模板链，又称有义链.非模板链与合成的RNA产物链从一个方向阅读时，序列完全相同，所以又称编码链.35.衰减子（弱化子）：attenuator：对色氨酸操纵子的转录水平进行微调DNA中可招致转录过早终止的一段核苷酸序列.36.CAP卵白超级调控因子：CAP是E.coli分解代谢物基因活化卵白，这种卵白可将葡萄糖饥饿信号传递给许多操纵子，使细菌在缺乏葡萄糖时可利用其他碳源.。
SSR分子标记.
SSR分子标记的步骤
B.银染法操作： 固 定 30min → 去 离 子 水 洗 涤 30s ， 2 次 → 染 色 30min→去离子水洗涤2次(每次不超过30S) →显色 至所要程度→去离子水洗30s终止显影。
SSR分子标记的步骤
第五步：结果分析
图1为一对引物对多对玉米亲本SSR电泳图
SSR分子标记引物设计
Thank you !
共显性：说白了就是可以分辨出纯合的和杂合的。 （如图示）
对于RAPD是随机引物，(可以理解只有正向引物， 没有反向引物。)因此，它扩增出来的为引物结合位 点到终点的长度。当然一条链上会有很多该引物结合 位点，也就出现了很多片段。对于一个特定位点，我 们可以理解只有一条正链可被扩增。因此，在该链上 只有2种情况，有和没有。
SSR标记
SSR标记是一种通过直接分析遗传物质的多 态性来鉴别生物内在的核苷酸排布及其外在 状态表现规律的技术。
SSR分子标记的分子学基础
微卫星在真核生物的基因组中的含 量非常丰富，而且常常是随机分布 于核DNA中。微卫星中重复单位的 数目存在高度变异，这些变异表现 为微卫星数目的整倍性变异或重复 单位序列中的序列有可能不完全相 同，因而造成多个位点的多态性。 如果能够将这些变异揭示出来，就 能发现不同的SSR在不同的种甚至 不同个体间的多态性，基于这一想 法，人们发展了SSR标记。
SSR分子标记原理
根据两端序列的保守性，设计引物；进行 PCR，电泳分离，染色显带以检测、分析微卫 星序列多态性；并确定基因排布序列及表型， 最终达到成功鉴定的目的。
简而言之，就是通过对样本DNA多态性的分 析，从而来得到样本DNA序列以及在遗传性状 上的调控和差异。
SSR标记原理示意图
分子生物学名词解释
转化：一种生物由于接受了另一种生物的遗传物质而表现出后者的遗传性状，或发生遗传性状改变的现象叫做转化熔解温度Melting temperature ：即通过加热由双链变为单链这一系列温度的位于中部的那点复性Renaturation(annealing)：DNA双螺旋分子变性后的互补单链再结合成双链的过程称为复性点突变：是包括单碱基改变的一种变化回复突变Revertants ：通过逆转已发生变化的突变细胞或有机体而获得自发突变Spontaneous mutations ：是由于自然界的影响而发生，其产生原因是由于DNA复制发生错误或是由于环境的损伤转换Transition：是一种突变，即指一种嘧啶被另一种嘧啶代替，一种嘌呤被另一种嘌呤代替，G-C对被A-T对替换，或者相反如亚硝酸作为氧化脱氨基试剂将胞嘧啶转化为尿嘧啶颠换Transversion ：是一种突变，即嘌呤被嘧啶代替或者相反，因此A-T对变成了T-A或C-G 突变热点：是突变发生频率高的位点或重组频率高的那些位点修饰碱基Modified bases ：是除了那些在DNA(T、C、A、G)、RNA(U、C、A、G) 合成时的四种通用碱基之外的一些碱基，由核酸合成后修饰产生等位基因Allele：是指位于染色体同一位置分别控制两种不同性状的基因。
eg：现有一基因型Aa，A和a就互为等位基因。
同位基因：是指位于染色体上同一位置控制同一性状的基因。
eg：现有一基因型AA，A和A就互为同位基因。
(染色体上同一基因座上的基因，相互作用主要表现为显性、隐性和共显性）。
共显性：一对等位基因的两个成员在杂合体中都表达的遗传现象——人类的ABO血型。
互补测验：比较顺式和反式构型个体的表型以判断两突变是否发生在一个基因座内的测验，称为互补测验又称顺反测验功能获得型突变Gain-of-function mutation ：表示使蛋白质获得新的活性(或功能)，这种性质显性的无效突变Null mutation：一个基因被确定后，可以构建一个缺失该基因的体系来检测它的功能。
重复序列名词解释
重复序列名词解释
1、重复序列名词解释：重复序列系指基因组中重复出现的DNA序列。
2、重复序列(repeated sequence): 基因序列的多拷贝。
自然状态下，重复序列并不发生失活现象，基因工程中转基因失活与多拷贝有关，它可串联排列在染色体同一位点，也可以分散在都能造成转基因失活。
可能是重复序列之间通过异位配对形成染色体构型的不同染色体位置，变化，使重复序列位点染色体发生收缩(是染色质化)，从空间上阻碍了转录因子与转基因的接触，使基因处于关闭状态。
3、DNA序列可按照其在基因组中出现的次数分为单一序列和重复序列。
重复序列系指基因组中重复出现的DNA序列，占人基因组至少50%。
根据重复次数可以分为，中度重复序列（10^2~10^5）和高度重复序列。
根据来源和分布特点又可以分为串联重复和分散重复。
分子标记技术的种类
分子标记技术的种类根据不同的核心技术基础，DNA分子标记技术大致可分为三类: 第一类以Southern杂交为核心, 其代表性技术为RFLP；第二类以PCR技术为核心，如RAPD、SSR、AFLP、STS、SRAP、TRAP等；第三类以DNA序列(mRNA或单核苷酸多态性)为核心，其代表性技术为EST标记、SNP标记等。
理想的分子标记应达到以下的要求：①具有高的多态性；②共显性遗传；③能够明确辨别等位基因；④分布于整个基因组中；⑤选择中性(即无基因多效性)；⑥检测手段简单、快速；⑦开发成本和使用成本尽量低廉；⑧在实验室内和实验室间重复性好。
目前，没有任何一种分子标记均满足以上的要求，它们均具有各自的优点和不足。
其特点比较见表一。
1限制性内切酶片段长度多态性标记（Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP）1974年，Grozdicker 等人鉴定温度敏感表型的腺病毒DNA突变体时，发现了经限制性内切酶酶解后得到的DNA片段产生了差异，由此首创了第一代DNA分子标记技术——限制性内切酶片段长度多态性标记(RFLP)。
其原理是由于不同个体基因型中内切酶位点序列不同(可能由碱基插入、缺失、重组或突变等造成)，利用限制性内切酶酶解基因组DNA时，会产生长度不同的DNA酶切片段，通过凝胶电泳将DNA片段按各自的长度分开，通过Southern印迹法，将这些大小不同的DNA片段转移到硝酸纤维膜或尼龙膜上，再用经同位素或地高辛标记的探针与膜上的酶切片段分子杂交，最后通过放射性自显影显示杂交带，即检出限制性片段长度多态性。
进行RFLP时，酶切要彻底，注意内切酶的选择，对于亲缘关系很近的物种，可增加内切酶的使用种类。
目前RFLP的使用领域很广泛，其具有以下优点：①RFLP标记源于基因组DNA的自身变异，理论上可覆盖整个基因组，能提供丰富的遗传信息；②标记不受组织、环境和发育阶段的影响；③呈共显性，即杂交时等位DNA片段均呈现带，能区分纯合基因型和杂合基因型，F2表现出 1∶2∶1的孟德尔分离定律[3]，提供标记座位完全的遗传信息；④由于限制性内切酶的专一性使结果稳定可靠，重复性好。
分子标记技术
CAPACITY
RFLPs
HiSpeed sequ
DArT SNPs Multi-SSRs SRAP, TRAP SSRsAFLPs RAPDs
1985
1990
1995
2000
2 分子标记来源于DNA水平的突变
突变(Mutation)是指DNA水平的可遗传的变异，不
管这种DNA变异能不能导致可检测的表型或生化改 变，突变产生的变异是自然选择的基础，可遗传 的突变在群体中扩散从而产生多态性。
7. 近10年来，在人类基因组研究计划的 推动下，分子标记的研究与应用得到迅 速的发展。
分子标记的历史
第一代分子标记技术
RFLP （Restriction Fragment Length Polymorphism，限制性片段长度多态性）
第二代分子标记技术
RAPD（Random Amplified Polymorphic DNA，
RFLP
原理：
DNA
限制性内切酶酶切
电泳
转移到硝酸纤维素滤膜
同位素或非放射标记（如地高辛等）的探针杂交
胶片放射自显影，显示酶切片段大小
RFLP的应用
1.遗传学图的构建 结合RFLP连锁图， 任何能用RFLP探针检测出的基因及其 DNA片段都可以通过回交，快速有效地 进行转移。
2.基因定位 利用RFLP技术能够准确地 标记定位种质中的目标基因，结合杂交， 回交及组织培养等技术就可以快速有效的 将所需目标基因的DNA片段引入栽培品 种中，实现品种改良。
都有害； ✓ 探针的制备、保存和发放也很不方便； ✓ 分析程序复杂、技术难度大、费时、成本高。
2.随意扩增多态性DNA标记—RAPD
Random Amplified Polymorphismic DNA
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简单重复序列标记（Simple Sequence Repeat，SSR）是一种基于PCR技术的分子标记技术，用于检测DNA序列中的重复序列。
这些重复序列通常由几个到几十个核苷酸组成，并且在基因组中以串联的形式重复出现。
SSR标记的原理是利用PCR技术扩增这些重复序列，并通过凝胶电泳或毛细管电泳检测扩增产物的大小，从而确定不同个体或种群之间的遗传多样性。
SSR标记具有多态性高、重复性好、共显性等优点，因此在遗传学、基因组学、进化生物学和遗传育种等领域得到了广泛应用。
例如，SSR标记可以用于研究物种的遗传多样性、亲缘关系和系统发育，也可以用于基因定位和分子标记辅助育种。
在SSR标记的应用中，通常需要设计特定的引物来扩增特定的重复序列。
这些引物可以通过已知的基因组序列或EST序列来设计，也可以通过生物信息学的方法来预测和设计。
在PCR扩增后，可以通过凝胶电泳或毛细管电泳来分离扩增产物，并通过一些特定的软件来分析扩增产物的大小和数量，从而确定不同个体或种群之间的遗传多样性。
此外，SSR标记还可以用于法医鉴定、亲子鉴定和人类遗传学研究等领域。
例如，通过检测犯罪现场遗留的DNA样本中的SSR标记，可以确定犯罪嫌疑人的身份或亲缘关系。
在人类遗传学研究中，SSR标记可以用于研究人类基因组的遗传多样性和进化历程。
总之，简单重复序列标记是一种重要的分子标记技术，在多个领域得到了广泛应用。
随着技术的不断发展和完善，SSR标记的应用前景将更加广阔。