如何查找一个基因的启动子序列
基因启动子序列的查找
启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 进入P53基因mRNA的详细信息界面
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启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 进入P53基因mRNA的详细信息界面，找到exon（第一外显子）的位置：1-174bp
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启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； •进入P53基因FASTA信息的界面，确定第一外显子的长度： •第一外显子位于基因5’端1-174bp的位置，由于基因为从右向左反向转录，第一外 显子位于启动子（ 7687550-7689550bp ）的左侧174bp：7687376--7687550bp； •第一外显子+启动子： 7687376--7689550bp
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启动子序列的查找
4、下载启动子区与第一外显子区的序列；下载启动子区与第一外显子区的序列； 数据保存为FASTA格式，用word打开。
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启动子序列的查找
4、下载启动子区与第一外显子区的序列； 去除序列中的段落标记：Word-查找替换-特殊格式-段落标记-全部替换
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启动子序列的查找 1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）
选择特定物种的P53基因，例如human.
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启动子序列的查找
1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例） 获得human p53基因的详细信息
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启动子序列的查找
2、确定此基因在染色体上的位置和转录方向（正向/反向）； •在染色体上的位置： Chromosome 17 - NC_000017.11 •转录方向：从右向左，反向转录，说明启动子区与第一外显子区位于 此段基因的右侧。
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基因序列查找
基因组区域，转录，产出：p53基因在不同转录本中的信息—点击GenBank
启动子查询
基因编号调节情况查找基因功能查找基因的dna序列启动子区查找mapviewmapview当前位置当前序列标尺移动标尺使mapviewfocus到基因起始位置序列的获得转录起始点对比序列将序列copy到primerpremier50中网站查找方法http
查找启动子序列
研究生：温 强
基因编号
调节情况
查找基因功能
查找基因的DNA序列
启动子区查找
mapview
Map-view
当前位置
当前序列
标尺
移动标尺使mapview focus到基因起 始位置
序列的获得
转录起始点
对比序列
将序列copy 到primer premier5.0中
网站查找方法
http://genome.ucΒιβλιοθήκη /
遇到的障碍
确定启动子位置的方法(一)
确定启动子位置的方法(一)确定启动子位置引言启动子是指基因的一个特殊区域，它在基因转录过程中起着重要的作用。
确定启动子位置是基因组学研究中的一项重要任务，对于深入理解基因的调控机制有着非常重要的意义。
本文将介绍几种常见的方法来确定启动子位置。
1.实验方法5’ RACE5’ RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) 是一种常用的实验方法，用于确定基因的启动子位置。
该方法通过引物扩增方法，在未知启动子区域的5’端合成一条cDNA链，并通过PCR扩增获得启动子序列。
5’ RACE在启动子区域进行测序，可获得启动子的精确位置。
Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)ChIP是一种通过抗体和染色质上的特定蛋白结合来确定启动子位置的方法。
该方法首先通过交联和剪切处理来固定染色质上的蛋白质-DNA复合物，然后使用特定的抗体来免疫沉淀（IP）所要分析的蛋白质，最后通过PCR或测序来检测与启动子相关的DNA序列。
2.计算方法基于序列保守性的方法基于序列保守性的方法通过比对物种间的基因组序列来确定启动子位置。
这种方法假设启动子处的序列在不同物种间具有高度的保守性，因此可以通过比对序列中的保守区域来确定启动子的位置。
基于转录因子结合位点的方法许多转录因子结合在启动子区域，因此基于转录因子结合位点的方法可以帮助确定启动子位置。
通过分析转录因子结合位点的分布情况，并结合表观遗传学修饰等信息，可以预测启动子的位置。
基于表达谱和转录本结构的方法基于表达谱和转录本结构的方法可以通过分析基因的表达谱和转录本结构来确定启动子位置。
这种方法假设在基因的表达谱和转录本结构中存在着与启动子相关的特征，通过分析这些特征可以推断出启动子的位置。
总结确定启动子位置是基因组学研究中的一项重要任务。
本文介绍了几种常见的方法，包括实验方法和计算方法。
实验方法包括5’ RACE 和ChIP等，而计算方法则包括基于序列保守性、转录因子结合位点和表达谱转录本结构等方法。
干货7个步骤教你找到启动子
干货7个步骤教你找到启动子
作者：解螺旋·子非鱼
如需转载请注明来源：解螺旋·医生科研助手
导语
看到一大串密码一样的序列，要怎么找出启动子呢？其实很简单，也就7步，跟着小鱼做就行。
师弟对着电脑上的一大串序列发呆，小鱼问道，“师弟，你这是在格物致知吗？”
“没有啦，我在想怎么把这个基因启动子找出来。
”
“试试用Map viewer吧！”
下面小鱼就以人的K-RAS基因为例讲述一下找基因启动子序列的具体操作步骤:
1.打开NCBI的Map viewer页面，
/mapview/index.html
2.点击“GO”出现如下页面：
3.出现下图，RAS参考序列给出了两个，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
现在普遍采用的是“reference”那个序列。
4.点击上述两条序列第一条序列（即12 reference）对应的“Genes seq”，出现新的页面，点击下图出现的“Download/ViewSequence/Evidence ”，即可下载查看序列等功能。
5.出现的页面提示K-ras基因在染色体上的位置：
6.因为启动子一般在-2000~+200区域，把页面中的参数修改一下：
7.那么就得到K-ras的启动子区域，如下图：。
如何查找一个基因的启动子序列
点击Promoter返回的页面正好是启动子区
2 基因启动子序列的预测分析
真核细胞的基因表达调节虽然是多个水平的调节,但主要是转录水平的调节. 转录水平的调节基础就是转录因子蛋白与启动子DNA序列之间的结合和激活. 转录因子蛋白的结构可以分成结合域(BD，binding domain)以及激活域(AD，activation domain). 作为基因启动子DNA的序列也具有特征性的结构. 但是相比较而言，目前基因启动子以及转录因子蛋白结合的种类，积累的资料还十分有限，数据库容量偏小，计算技术相对滞后，其预测结果仅供参考，还必须结合其他的分子生物学技术进行证实.
对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5′端和3′端非翻译区。
起连接作用的内含子以非常细的线条表示。翻译的方向由沿着细线的箭头指示。
Known Genes来自LocusLink内的mRNA参照序列，已经利用BLAT程序将这些序列与基因组序列进行比对排列。
Ensembl Gene Predictions路径由Ensembl提供。Ensembl基因通过许多方法来预测，包括与已知mRNA和蛋白质进行同源性比较，ab initio基因预测使用GENSCAN和基因预测HMMs。 /ensembl/ Fgenesh++ Gene Predictions路径通过寻找基因的结构特征来预测基因内部的外显子，例如剪接位点的给位和受位的结构特征，利用一种动态的程序算法推定编码区域和推定外显子5′端和3′端的内含子区域；这个方法也考虑到蛋白质相似性的资料。
如何找一个基因的启动子序列呢
如何找一个基因的启动子序列呢一个基因的启动子序列是一个基因组区域，位于基因的上游，并能够识别和结合转录因子，调控基因的转录活性。
寻找一个基因的启动子序列可以通过多种方法和技术来进行。
1. 基因组数据挖掘：最简单的方法是使用公开的基因组数据库，例如Ensembl、NCBI等，使用基因名或序列信息目标基因，并获取其序列信息。
这些数据库通常会提供基因的起始位置和上游区域的信息。
2.序列比对和多序列比较：如果基因组数据库中没有目标基因的启动子序列信息，可以通过对已知相关物种的基因组进行序列比对来获取启动子序列。
过去研究或其他相关文献中可能已经报道了该基因位点的启动子信息，可以通过多序列比较来找到高度保守的区域进行分析。
3.实验方法：寻找基因的启动子序列也可以通过实验方法来进行。
以下是几个常用的实验方法：-基因克隆：通过PCR扩增目标基因的上游区域，然后将PCR产物克隆到适当的载体中进行测序。
从测序结果中截取相应的序列作为启动子序列。
- 5' RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)：通过5' RACE技术，可以找到目标基因的转录起始位点，从而确定启动子序列。
这种方法从mRNA上游端引导逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)，然后再通过测序获取启动子序列。
-转录组学方法：RNA测序和转录组学方法可以检测到基因的转录产物，从而很大程度上能够帮助确定启动子序列。
RNA测序可以生成从基因的5'端到3'端的转录产物的序列信息，因此可以利用这些数据来识别基因的启动子区域。
4. 计算方法：计算方法可以利用一些生物学特征或机器学习算法来预测基因的启动子序列。
例如，启动子序列通常富含一些特定的DNA序列模式，如TATA box、CAAT box和GC box等。
利用这些DNA序列模式的分布和相互作用关系，可以预测和确定基因的启动子区域。
在寻找基因的启动子序列时，需要根据研究目的选择适当的方法。
应用UCSC_Ensembl查找基因启动子(promoter)、内含子、外显子序列-表观遗传学论坛-生物秀论坛
在讲述某个基因的启动子查询之间，我们有必要对基础知识进行一下复习和总结。
先看一下中心法则：启动子是在DNA转录为RNA这一步过程中发挥作用的，在此要与顺序数为负（-1，-2，……），向下游（3’端）数的碱基为正（+2，+3，……）区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于为/。
进入项Genome Browser,进入基因组浏览器入口，如下图在Organism的下拉菜单中选择Rat，在assembly的下拉菜单中选择最新日期Nov. 2004可，如下图所示：然后点击Submit，返回的页面如下：结果显示该基因的已知序列和相关mRNA序列，点击Known Gene中的第一个序列，出现包含这序列的图解概要。
为了获得这个区域更清晰的图像，可以点击紧靠zoom out的1.5X按钮，如下图：对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5′端和3′端非翻译区。
起连接作用的内含子以非常细的线条表示。
翻译的方向由沿着细线的箭头指示。
本例的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。
按照视图利用页面底部的Track Controls按钮，将一些路径设置为hide模式（即不显示），其他设置为dense模式（所有资料密集在一条直线上）；另一些路径设置为full模式（每个特征有一个分开的线条，最多达300）。
在考虑这些路径内究竟存在那些资料之前，对这些路径的内容和表现做一个简要的讨论是必要的，许多这些讨论是由外界提供给UCSC的。
Ensembl Gene Predictions路径由Ensembl提供。
Ensembl基因通过许多方法来预测，包括与已知mRNA和蛋白质进行同源性比较。
若查询启动子区域，我们需要将Ensembl Genes选择为dense 或full模式，点击Refresh，即刷新，出现下图：图中多出了Ensembl Genes的预测路径，我们在红框中圈出。
基因的启动子序列，你是怎么找到的？
基因的启动子序列，你是怎么找到的？
启动子（promoter）是与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。
UTR（Untranslated Regions)：即非翻译区，是信使RNA （mRNA）分子两端的非编码片段。
5'UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子，3'UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的末端。
那今天我们就和大家说说如何用万能的PubMed来查找出基因的启动子序列~
首先，打开PubMed（网址：/pubmed）
然后我们可以直接在搜索栏进行查找自己想要的基因
以IL17A为例进行搜索
我们点开第二天进行查看说明
结果中首先说明了这个基因的主要内容
在这，我们可以看见这个基因的一些基本信息
我们在这选择Tools中的Sequence Text View
可以看见，这是基因的一些信息，同时，我们还能查找到相应的区域
选择FASTA
在这，我们就能看见promoter的相关区域，还能查找到不同位置区域的基因。
找到之后，复制出来，就是我们需要的启动子序列了~。
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定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。
包含核心启动子区域和调控区域。
核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。
一般查阅外文文献，老外从转录起始位点（Transcription Strart Site，TSS，记为＋1位）开始上溯2K －3K的区间算做是启动子区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。
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Do One Thing, And Do It Well. mybbff edited on 2005-07-22 08:41
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2005-05-07 11:23 分享
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下面以BCL-2基因为例，查找查找该基因的启动子区域，首先要找到该基因的基因组序列。
去NCBI吧，在Search的下拉菜单里找到Gene，在检索项里输入Bcl-2，检索第一项就是bcl-2 for human，点进去看看啥样。
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Do One Thing, And Do It Well.
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•••2005-05-07 11:29 分享
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首先你可以看到该基因的参考序列（reference sequence）,然后看到bcl-2的位置和基因组背景。
bcl-2上游是PHLPP，下游是FVT1基因。
在这个长长的网页的最后是已经注册的Bcl-2基因的信息。
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Do One Thing, And Do It Well. Revelation edited on 2005-05-07 11:59 •
•2005-05-07 11:35 分享分享到哪里？
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看到基因组序列了么，点进去，根据序列信息自己就能定位转录起始位点，上游就是promoter了，简单吧。
不！我觉得麻烦。
有更简单的方法么？有！注意到在网页的开头有这么个链接么？HGNC：990
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2005-05-07 11:38 分享
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点进去，看看吧。
原来是BCL-2的symbol report，各种各样的连接。
注意到左下角的Ensembl GeneView 了么，很有用的，点击。
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•••2005-05-07 11:42 分享
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呵呵，原来到了Ensemble了，是Ensemble的report。
列出了一堆令人兴奋的信息，太全了，只要是和这个基因相关的信息都能找到，包括SNP，Isoforms，等等等。
我们感兴趣的是，这个连接“View genomic sequence for this gene with exons highlighted”
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•2005-05-07 11:48 分享分享到哪里？
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点击，看看，原来是bcl-2的基因组结构，红底色碱基是exon，绿底色碱基是SNP，太牛了。
别光高兴，忘了找promoter，默认的这个report只是显示bcl-2，上游600bp，下游600bp。
想想，短了一点。
怎么样让5'端多显示几百个碱基呢？秘密在这里。
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2005-05-07 11:55 分享
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把“5' Flanking sequence”的值改成5000bp，哼！小样！！不行？10000，20000，。
，靠，上一个基因的exon都露出来，算了吧（最大值99999）。
如果保守估计可以做起始位点上游2000bp内的区域，如果最大化估计，可以用起始位点上游至上有基因的最后一个exon结尾处，算你狠
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•••2005-05-07 11:57 分享
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然后就分析吧，先到MATCH分析一下转录因子结合位点然后，然后。
，不管我的事了。
对方有大狙，撤
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2005-05-07 15:07 分享
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不错，顶！票数
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••2005-05-07 15:16 分享分享到哪里？
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好文！不过CXCR4的基因点了ensamble后怎么没有结果呢？？
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•••2005-05-07 22:14 分享
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这个我check了一下，主要的问题出在NCBI数据库和Ensemble数据库之间的融合性上，也就是说目前二者之间的统一性与一致性还有一些小小的运转不灵。
解决方案： 1，我说过你可以看到四项： 1)Ensembl GeneView 2)GENATLAS 3)GeneCards 4)GeneClinics/GeneTests 第一项不行，其他的试试，当看到第三项GeneCards的时候就会发现CXCR4的蛋白的Ensemble注册号：ENSP00000241393 2，点击进去会看到相应的核酸序列的Ensemble注册号：ENSG00000121966。
点击去就回看到你要找的东西了。
3，这时候你会注意到Ensemble给的ID是CXCR4_HUMAN ，而
NCBI给的ID是CXCR4,用CXCR4检索Ensemble数据库确实不能检索到任何东西，而用CXCR4_HUMAN 作关键词就可以。
所以，问题出在这两大数据库之间命名的一致性上，偌大的两个数据库，肯定大量存在这种问题，所以，我上门查找启动子的根本思路就是找到Ensemble注册号，不要局限于一种方法，get it！！ Good Luck！！。