细菌种属
细菌种属分类
细菌种属分类细菌是一类单细胞微生物，它们广泛存在于自然界中，包括土壤、水体、空气、动植物体内等各种环境中。
细菌种属分类是对细菌进行分类的一种方法，它是根据细菌的形态、生理特征、生态习性等方面的差异来进行分类的。
本文将介绍几种常见的细菌种属分类。
1. 革兰氏阳性菌革兰氏阳性菌是一类细菌，它们的细胞壁含有大量的肽聚糖和穿过细胞壁的脂肪酸，这使得它们在革兰染色中呈现出紫色。
革兰氏阳性菌包括许多病原菌，如金黄色葡萄球菌、链球菌、炭疽杆菌等。
此外，革兰氏阳性菌还包括一些产生抗生素的菌株，如放线菌属、链霉菌属等。
2. 革兰氏阴性菌革兰氏阴性菌是一类细菌，它们的细胞壁相对较薄，不含有大量的肽聚糖和脂肪酸，这使得它们在革兰染色中呈现出红色。
革兰氏阴性菌包括许多病原菌，如大肠杆菌、沙门氏菌、克雷伯菌等。
此外，革兰氏阴性菌还包括一些产生抗生素的菌株，如铜绿假单胞菌属、鲍曼不动杆菌属等。
3. 厌氧菌厌氧菌是一类不能在氧气存在下生长的细菌，它们需要在缺氧或微氧的环境中生长。
厌氧菌包括许多产生有机酸、酒精、气体等化合物的菌株，如乳酸菌属、酵母菌属、甲烷菌属等。
此外，厌氧菌还包括一些产生毒素的菌株，如肉毒杆菌属、产气荚膜梭菌属等。
4. 嗜热菌嗜热菌是一类能够在高温环境下生长的细菌，它们的生长温度通常在50℃以上。
嗜热菌包括许多生活在地热泉、海底热液等高温环境中的菌株，如嗜热菌属、嗜热蓝菌属等。
此外，嗜热菌还包括一些产生酶类的菌株，如热稳定性蛋白酶的产生菌株。
5. 光合细菌光合细菌是一类能够进行光合作用的细菌，它们能够利用光能将二氧化碳转化为有机物质。
光合细菌包括许多生活在水体中的菌株，如蓝藻属、紫细菌属等。
此外，光合细菌还包括一些生活在土壤中的菌株，如光合细菌属等。
细菌种属分类是对细菌进行分类的一种方法，它能够帮助我们更好地了解细菌的形态、生理特征、生态习性等方面的差异。
通过对细菌种属分类的研究，我们能够更好地认识细菌的生态、生物学特性，为细菌的应用和控制提供科学依据。
16S鉴定细菌的种属
16S rDNA在原核生物中普遍存在。
16 S rDNA的相对分子量大小适中，约1500 bp，便于序列分析。 在16S rRNA分子中， 既含有高度保守的序列区域，又有中度保
守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类
生物亲缘关系的研究。 bp=base pair
图 16S rDNA基因组成（灰色为保守区，绿色为可变区）
16S rDNA基因全长1542 bp，由9个可变区和10个保守区组成。其中保守区反 映了生物物种间的亲缘关系，而可变区则表明物种间的差异，且变异程度与细 菌的系统发育密切相关。
DNA的提取
挑取单菌落,然后置于装有100 μLPrepMan Ultra的离心管中, 涡旋震荡混匀30s左右，然后100℃水浴10min 后，以离心机 最大转速离心 3min ，取 10μL 上清液与 490μL ddH2O （即稀 释50 倍），混匀作为下步PCR 的模板DNA 。提取的DNA 于-20℃保存。
利用16S rDNA鉴定细菌 的种属
1.什么是 16S rDNA？ 16SrRNA 为原核生物核糖体 RNA 的一个亚基， 16SrDNA 就是编
码该亚基的基因。 原核生物的rRNA含有3种类型：23S、16S、5S rRNA，它们分别
含有2900、1540和120个核苷酸。
2.用16S rDNA进行细菌鉴定的原因
检测：核酸蛋白仪/琼脂糖凝胶电泳
525R 5' AAG GAG GTG WTC CAR CC 3'
试剂使用量（ 20μL体系）
模板DNA （10ng~100ng） 2μL
PCR 反应条件
Taq 酶(5U/μL)
10×Taq Buffer(Mg2+) dNTPs(2.5mM) 引物F(10 μM) 引物R(10 μM) ddH2O
16S鉴定细菌的种属 PPT
图 16S rDNA基因组成（灰色为保守区，绿色为可变区）
16S rDNA基因全长1542 bp，由9个可变区和10个保守区组成。其中保守区反 映了生物物种间的亲缘关系，而可变区则表明物种间的差异，且变异程度与细 菌的系统发育密切相关。
码该亚基的基因。 原核生物的rRNA含有3种类型：23S、16S、5S rRNA，它们分别
含有2900、1540和120个核苷酸。
2.用16S rDNA进行细菌鉴定的原因 16S rDNA在原核生物中普遍存在。 16 S rDNA的相对分子量大小适中，约1500 bp，便于序列分析。 在16S rRNA分子中， 既含有高度保守的序列区域，又有中度保
检测：核酸蛋白仪/琼脂糖凝胶电泳
1525R 5' AAG GAG GTG WTC CAR CC 3'
试剂使用量（ 20μL体系）
PCR 反应条件
模板DNA （10ng~100ng） Taq 酶(5U/μL) 10×Taq Buffer(Mg2+) dNTPs(2.5mM) 引物F(10 μM) 引物R(10 μM) ddH2O
2μL 0.2 μL 2 μL 1 μL 0.5 μL 0.5 μL 13.8 μL
1min30s
判断16Sr DNA序列扩增是否成功:经琼脂糖凝胶电泳在1500 bp附近 出现条带，说明16s rDNA已经扩增成功。
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精选pptdna的提取挑取单菌落然后置于装有100lprepmanultra的离心管中涡旋震荡混匀30s左右然后100水浴10min后以离心机最大转速离心3min取10l上清液与490lddh2o即稀释50倍混匀作为下步pcr的模板dna
细菌学：第二章 细菌的分类形态和进化
免疫学技术
• 2、酶免疫技术 • 利用抗原、抗体反应高度特异性和酶
促反应高度敏感性，通过肉眼或显微 镜观察及分光光度计测定，达到在细 胞或亚细胞水平上示踪抗原或抗体部 位，及对其进行定量目的。
免疫学技术
• 3、免疫印迹技术
↓ cDNA序列测定
↓ 反推rRNA序列 – 细菌基因组16S rDNA 可以直接以PCR 放大，然后测序
Eubacteria （真细菌界）
Archaebacteria （古细菌界）
Eukarya （真核生物界）
利用16SrRNA建立分子进化树
• 同一菌种的各个细菌，在某些方面仍有一定的差异， 可再分成亚种（subspecies）
☆分类是根据微生物的相似性和亲缘关系，将微生物归入不同的分类类群。 ☆鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过程。
☆命名是根据国际命名法规给微生物分类单元以科学的名称。
5 界 论
6 界 论
8 界 论
三域学说
古古生生菌菌
– 系统分类学Phylogenetic Classification
• 亚种以下的分类等级为型（type），以区别某些特殊 的特征。
• 例如：抗原结构不同而分的血清型（serotype）；对 噬菌体敏感性不同的噬菌体型（phagetype）；对细菌 素敏感性不同的细菌素型（bacteriocin-type），生化 反应和某些生物学性状不同的生物型（biotype）。
4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取；
5）16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同 源分子是18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。
细菌的结构与类型
球菌（ 球菌（coccus） ）
双球菌
链球菌
葡萄球菌
杆菌（ 杆菌（bacillus） ）
杆菌形态多数呈直杆状
多种形态的杆菌
双歧杆菌
棒状杆菌
分枝杆菌
螺形菌（ 螺形菌（spiral bacterium） ）
弧菌
螺菌
螺杆菌
第二节 细菌的结构
基本结构 细胞壁、细胞膜、细胞质、 细胞壁、细胞膜、细胞质、核质 特殊结构 荚膜、鞭毛、菌毛、 荚膜、鞭毛、菌毛、芽孢
第一章 细菌的形态与结构
细菌（ 细菌（bacterium）：是属原核生物界 ） 的一种单细胞微生物。 广义细菌： 包括细菌、衣原体、支原体、立 克次体、螺旋体、放线菌 狭义细菌： 专指其中数量最大、种类最多、 具有典型代表性的细菌
第一节 细菌的大小与形态
测量单位： 测量单位： 微米 （µm） ） 基本形态三种： 基本形态三种： 球菌；杆菌； 球菌；杆菌；螺形菌
形态大小不一， 形态大小不一，G－ 临床意义： 临床意义：
慢性和反复感染 常规细菌检查阴性
（二）细胞膜
组成：脂质双层，蛋白质（无胆固醇） 组成：脂质双层，蛋白质（无胆固醇） 功能： 功能： 物质转运 呼吸作用 合成作用 参与细菌分裂
中介体（mesosome) )
细胞膜内陷、折叠形成的囊状膜性结 构，多见于Ｇ＋菌。 功能：与分裂有关；类似真核细胞线粒体。
（四）核质（nuclear material） 核质（ ）
细菌的遗传物质； 集中于细胞质的某一区域； 无核膜、核仁；
单一密闭环状DNA.
二、细菌的特殊结构
1.荚膜（capsule） 1.荚膜（capsule） 荚膜
某些细菌细胞壁外包绕一层粘 某些细菌细胞壁外包绕一 层粘 液样物质， 液样物质 ， 牢固地与细胞壁结 分为荚膜和薇荚膜。 合，分为荚膜和薇荚膜。 普通染色不易着色 不易着色， 普通染色 不易着色 ， 光镜下可 见透明环。 见透明环。
细菌总论
Plasma Membrane Structure
中介体(mesosome)：
细胞膜向细胞浆内凹陷，折叠形成 的囊状物,一端连在细胞膜上，令一端 与核质相连，参与细菌的分裂，起着 类似纺锤丝的作用（细菌分裂时一分 为二）。 G+多见，其扩大了细胞膜的表面积， 加强了细胞呼吸，其功能类似真核细 胞线粒体，故有拟线粒体(chondroid) 之称。
(1)形态：多形态性 (2)培养：须在高渗、低琼脂含血清的培 养基中生长，多呈油煎蛋状菌落 (3)原生质体：革兰阳性菌（仅有细胞膜） 原生质球：革兰阴性菌（有外膜保护） (4) 对作用于细胞壁的抗生素无效 (5) 常规细菌培养阴性 (6) 细菌L型仍有一定的致病能力 ，引起慢性感 染
The conversion of walled bacterial cells to L forms
肽聚糖（Peptidoglycan），又称粘肽。 细菌细胞壁的主要成分. 由聚糖骨架、四肽侧链和五肽交联 桥3部分组成（G-菌肽聚糖无交联桥） 形成坚韧的三维立体结构。各种细菌聚 糖骨架均相同，但四肽侧链的组成极其 联结方式随菌种而异。
G-与G+肽聚糖结构区别
聚糖骨架
聚糖骨架
G +菌
四肽侧链
G-菌
㈠ 细菌的基本 结构: 1、细胞壁 2、细胞膜 3、细胞质 4、核质
一、细胞壁（Cell wall)
1、细胞壁的主要功能：
在体菌细胞的最外层，坚韧而有弹性. (1) 维持细菌固有形态，保护细菌抵抗低渗 环境，起到屏障作用。 (2) 参与细胞内外物质交换。 (3) 带有多种表位，决定细菌的抗原性。
细胞壁(cell wall) 的主要成分
对人体细胞无毒性作用。
2009—2012年发现的人口腔细菌新种属简介
2009—2012年发现的人口腔细菌新种属简介细菌是人口腔微生物的优势种群，不断有新的种属被发现和命名。
本文介绍2009—2012年从人口腔分离的5个新菌属和16个新菌种的主要生物学特性。
标签：新菌属；新菌种；人口腔细菌是人口腔内微生物的优势种群，与口腔健康和疾病密切相关。
随着医学理论和技术的发展和完善，人口腔内不断有新的细菌种属被发现和命名，其在微生物系统内的分类位置也会发生变动。
了解这些新的种属有助于全面了解口腔微生物的分类现状，对口腔基础和临床研究也具有重要意义。
新的细菌种属被发现后，在《国际微生物分类进化学杂志》（International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology）上发表后才能被业界认可，本文即介绍2009—2012年发表在该期刊上，从人口腔分离的5个新菌属和16个新菌种的主要生物学特性。
1 新菌属1.1 锥形杆菌属（Pyramidobacter）（Downes，et al.2009）[1]命名：因在培养基上形成锥形样菌落而得名。
特性：革兰阴性杆菌，专性厌氧、无芽胞、无动力；蛋白胨-酵母提取物-葡萄糖（peptone yeast ex-tract glucose，PYG）肉汤培养物的主要终末代谢产物是乙酸、少量的异戊酸和痕迹量到少量的丙酸、异丁酸、琥珀酸、苯乙酸。
模式种：鱼腥味锥形杆菌（Pyramidobacter pisco-lens），DNA的G+C摩尔分数为59%，分离自人的口腔。
1.2 拟普雷沃菌属（Alloprevotella）（Downes，et al.2012）[2]命名：因与普雷沃菌有相似性而被命名为拟普雷沃菌属。
特性：革兰阴性杆菌，专性厌氧、无芽胞、无动力；发酵碳水化合物的终末代谢产物是乙酸和琥珀酸。
模式种：坦纳拟普雷沃菌（Alloprevotella tanne-rae），DNA的G+C摩尔分数为45%～47%，分离自人的口腔。
简述细菌种属的分类鉴定流程
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进行细菌种属分类鉴定首先要进行样本采集。
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需氧革兰 阴性杆菌 —发酵菌 （非肠杆 菌科） 巴斯德菌 巴斯德菌属 科 假单胞菌属 昏迷单胞菌属 窄食单胞菌属 产碱杆菌属 需氧革兰 伯克霍尔德菌 阴性杆菌 假单胞菌 金色杆菌属 —非发酵 科 黄杆菌属 菌、非肠 杆菌科 莫拉菌属 不动杆菌属 玫瑰单胞菌 鞘氨醇单胞菌 放线杆菌属 阿菲菌属 巴尔通体属 鲍特菌属 鞘杆菌属 弯曲杆菌属 二氧化碳嗜纤 维菌属 心杆菌属
厌氧革兰 韦荣球菌 韦荣球菌属 阴性球菌 科 放线菌属 Actinomyces 隐秘杆菌属 阿托波菌属 革兰阳性 双歧杆菌属 无芽胞杆 放线菌科 菌 真杆菌属 乳杆菌属 动弯杆菌属 丙酸杆菌属 厌氧革兰 阴性杆菌 —形成芽 梭菌科 梭菌属 线状杆菌属 孪生球菌属 消化球菌属 消化链球菌属 厌氧革兰 阳性球菌
多杀巴斯德菌 铜绿假单胞菌（绿脓杆菌） 微小假单胞菌 睾酮单胞菌 粪产碱杆菌 洋葱伯克霍尔德菌 脑膜败血症金色杆菌 IIe群黄杆菌 卡他莫拉菌 非液化莫拉菌 鲍曼不动杆菌 洛菲不动杆菌 颈玫瑰单胞菌 血神经鞘单胞菌 人放线菌 克利夫兰阿菲菌 杆状巴尔通体 百日咳杆菌 肉芽肿鞘杆菌 大肠弯曲杆菌 芽龈二氧化碳嗜纤维菌 人心杆菌 肺炎衣原体 沙眼衣原体 鹦鹉热衣原体 伯氏考克斯体（Q热病原体） 犬埃里希体 土拉热弗朗西丝菌 流感嗜血杆菌 幽门螺杆菌 金氏菌 嗜肺菌团菌 静止嗜冷杆菌 斑疹伤寒立克次体 念珠状链杆菌 产吲哚萨顿菌 脆弱拟杆菌 核梭杆菌 不解糖卟啉单胞菌 口颊普雷活菌 产琥珀酸厌氧螺菌 叉型棍状厌氧菌 简明弯曲杆菌 惰性脱硫单胞菌
类 螺旋体
支原体
需氧革兰 阳性球菌
需氧革兰 阴性球菌
需氧革兰 阴性杆菌
细菌类、科、属、种 种 属 密螺旋体属 梅毒螺旋体 密螺旋体 疏螺旋体属 回归热螺旋体 科 钩端螺旋体属 钩端螺旋体 短螺旋体属 B aallborgi 支原体属 肺炎支原体 Mycoplasma 人支原体 支原体科 脲原体属 解脲脲原体 Ureaplasma 微球菌属 四联球菌 Micrococcus 微球菌科 葡萄球菌属 金黄色葡萄球菌 Staphylococcu 表皮葡萄球菌 s 凝固酶阴性葡萄球菌 化脓性链球菌 无乳链球菌 链球菌属 犬链球菌 Streptococcus 肺炎链球菌 轻型链球菌 唾液链球菌 肠球菌属 粪肠球菌 Enterococcus 屎肠球菌 链球菌科 气球菌属 草绿色气球菌 Aerococcus 孪生菌属 麻疹双球菌 Cemella 溶血双球菌 片球菌性 乳酸片球菌 Pediococcus 微细片球菌 明串珠菌属 乳链球菌 Leuconostoc 类肠系膜链球菌 奈瑟球菌 奈瑟球菌属 脑膜炎奈瑟球菌 科 Neisseria 淋病奈瑟球菌 放线菌属 伊氏放线菌 放线菌科 Actinomyces 牛放线菌 炭疽芽孢杆菌 芽孢杆菌属 蜡状芽孢杆菌 芽孢杆菌 Vacillus 枯草芽孢杆菌 科 短杆菌属 表皮短小杆菌 Brevibacteriu 白喉棒状杆菌 棒装杆菌 棒状杆菌属 棒状杆菌JK 科 丹毒丝菌属 红斑丹毒丝菌 乳杆菌属 链状乳杆菌 乳杆菌科 李斯特菌属 产单核细胞李斯特菌 结核分支杆菌 分支杆菌 分支杆菌属 麻风杆菌 科 科
放线菌科 巴尔通体 科 弯曲杆菌 科 心杆菌科
需氧革兰 衣原体属 衣原体科 阳性球杆 菌 考克斯体属 埃里希氏体属 弗朗西丝菌属 埃里希体 嗜血杆菌属 科 螺杆菌属 金氏菌属 军团菌属 军团菌科 嗜冷杆菌属 立克次体属 立克次体 链杆菌属 科 萨顿菌属 拟杆菌属 梭杆菌属 卟啉单胞菌属 拟杆菌科 普雷活菌属 需氧革兰 其他拟杆菌属 阴性杆菌 棍状厌氧菌属 弯曲杆菌 弯曲杆菌属 科 硫还原菌 脱硫单胞菌属
小韦荣球菌 伊氏放线菌 牛放线菌 化脓隐秘杆菌 小阿托波菌 芽双歧杆菌 迟钝真杆菌 短真杆菌 链状乳杆菌 柯氏动弯杆菌 痤疮丙酸杆菌 破伤风杆菌 产气荚膜杆菌 绒毛产线菌 麻疹孪生球菌 黑钯消化球菌 厌氧消化链球菌 不解糖消化链球菌 白色瘤胃球菌
瘤胃球菌属 葡萄球菌属 解糖葡萄球菌 Staphylococcu 咽峡炎链球菌 链球菌属 Streptococcus 中间链球菌 多形链球菌
阴性杆菌
分支杆菌 分支杆菌属 科 诺卡菌科 诺卡菌属 埃希菌属 爱德华菌属 柠檬酸菌属
沙门菌属
志贺菌属 克雷伯菌属 肠杆菌属 哈夫尼亚菌属 需氧革兰 沙雷菌属 肠杆菌科 阴性杆菌 变形杆菌属 普罗威登斯菌 属 摩根菌属 耶尔森菌属 克吕活尔菌属 勒克菌属 布丘菌属 西地西菌属 爱文菌属 塔特姆菌属 拉恩菌属 米勒菌属 勒米诺菌属 多源杆菌属 预研菌属 需氧革兰 阴性杆菌 弧菌科 —发酵菌 （非肠杆 菌科） 巴斯德菌 科 弧菌属 邻单胞菌属 气单胞菌属 巴斯德菌属
鸟细胞内分支杆菌 星型诺卡菌 巴西诺卡菌 大肠埃希菌 迟钝爱德华菌 弗劳地柠檬酸杆菌 异型柠檬酸杆菌 伤寒沙门菌 副伤寒甲型沙门菌 副伤寒乙型沙门菌 副伤寒丙型沙门菌 猪霍乱沙门菌 鼠伤寒沙门菌 肠炎沙门菌 弗氏志贺菌 宋内志贺菌 肺炎克雷伯菌 产酸克雷伯菌 产气肠杆菌 阴沟肠杆菌 蜂窝哈夫尼亚菌 粘质沙雷菌 奇异变形杆菌 普通变形杆菌 斯氏普罗威登斯菌 雷氏普罗威登斯菌 摩根摩根菌 鼠疫耶尔森菌 假结核耶尔森菌 肠结肠炎耶尔森菌 抗坏血酸克品活菌 非脱羧勒克菌 乡间布丘菌 戴氏西地西菌 美洲爱文菌 痰塔特姆菌 水生拉恩菌 威斯康星米勒菌 理查勒米诺菌 凝团多源杆菌 雷金斯堡预研菌 霍乱弧菌 El Tor弧菌 副溶血弧菌 类志贺邻单胞菌 嗜水气单胞菌 溶血巴斯德菌