分子生态学在环境微生物领域的应用
分子生物学在微生物生态学中的应用
分子生物学在微生物生态学中的应用摘要：本文针对于分子生物学技术在微生物生态学中的研究进展进行了各方面的分析，首先探索了分子生物学技术的基本内容，并对微生物生态学中的一些问题进行了重点分析，接着便对分子生物学技术在微生物生态学中的研究进展进行了深刻的探索，对未来的发展情况做出了一系列的畅想。
关键词：分子生物学；微生物生态学；研究进展引言：其实探索分子生物学技术在微生物生态学中的研究进展，要对各方面情况进行重点探索。
首先要明白什么是分子生物学技术，自诞生以来有着怎样的重大突破，而微生物生态学中的主要问题主要矛盾又是什么，相对应的分子生物学技术有哪些应用，这样才能够相对应的去联系分子生物学技术，在微生物生态学中的研究进展。
1.分子生物学技术简介其实可以从一些基本的例子来分析，这样有助于更好的分析分子生物学的技术概念，在分子生物学诞生之前，在分析个体的时候，从最初的精神面貌以及身体状况来分析，其实这也就是从人体的一些表面来探索是否发生疾病，是否有一些潜在的问题。
而判断一个人是否健康，在分析各种各样生物的过程中也都是如此，如果一个生物的身体情况表现不佳，精神状态不好，就可以初步的判断其存在一定的疾病，或者是身体出现一定的问题，这种办法是比较科学的，但是相对来说依然是不够准确的。
在分析问题的时候，仅仅从表面来看是很难看到实质的，也很难针对性的进行分析，往往能够判断人们的疾病却不能够更好的治疗人们的疾病。
对于生物学的研究也是如此，很难有大的突破，但是在近些年来我们会发现，人们可以通过各种各样的方式来研究身体内的一些物质，可以通过手术的方式来研究身体内脏的病变以及动物的发展原理，也包括生物的进化情况。
在这一层次上分析则能够更好的去分析病灶，更好的去抓住问题，也能够进行相对应的治疗。
从最基本的概念入手，从最基本的内容入手，能够有效的发现问题，也能够有效的进行改善，这对于生物学的研究进展有着巨大的突破。
人们对于蛋白质体系，蛋白质核算体系，蛋白质脂质体系有了新的认识，在未来的几十年内，发展进一步有了新的突破，人们也能够更好的认识到生物学的本质。
微生物学中的微生物资源和微生物分子生态学
微生物学中的微生物资源和微生物分子生态学微生物是地球上最早出现的生物体，祖先最可能是非细胞体的原核生物，具有非常灵活和多样的基因，随着演化逐渐演变成目前细菌、古菌、真核生物等三个领域，同时又派生出不计其数的亚型、种等。
虽然人类已经大规模研究微生物很多年，但微生物的汇聚现象、多样性和功能仍不为人类所完全掌握。
微生物资源是指自然界中的微生物，它们有利于人类的生产和生活。
微生物界种类多样，数量极其庞大，它们生存的环境和方式也非常复杂多样。
微生物资源主要包括抗生素、生物农药、生物肥料、微生物修复剂、微生物工程菌等。
微生物资源的主要价值在于它们能代替人类繁琐的工作，同时在很多领域中，微生物资源能为我们创造更好的生活。
而同样重要的是，微生物对于环境和生态的重要作用，其中微生物分子生态学就是一个十分重要的研究方向。
微生物分子生态学是指以基于微生物分子的研究方法为主的生态学，它通过对微生物群体结构和功能变化进行研究，探讨微生物的生态演化和种群动态变化，为研究各种生态环境提供生物学基础数据。
微生物分子生态学的研究对象包括环境微生物、肠道微生物、人体微生物群落、土壤微生物生态系统等。
研究方法包括PCR- DGGE 技术、微生物组学、微生物群落构成分析、功能基因组学等多种方法。
其中PCR-DGGE 技术是当前研究微生物分子生态学中使用较为广泛的一种，它可以检测微生物群体内已知或未知的细菌主要峰，通过检测各种峰的强度确定微生物群体的多样性指数、丰度等指标，为研究微生物群体评估生态演化及其生态重要性提供了一个快速和可靠的方法。
微生物分子生态学的研究发现，微生物通过累积基因的变异和重组等遗传方式，形成了非常复杂的群体结构，产生了一系列的群体效应。
而生态系统中生物与环境之间的相互关系非常复杂，微生物的活动对环境的影响不单单是直接生长和代谢所产生的物质变化，还包括在多种生物和非生物因素作用下产生的种群和交互效应，如融合、竞争和共生等。
微生物分子生态学及其应用
微生物分子生态学及其应用随着科技的不断进步和生物学研究的深入，微生物分子生态学逐渐成为了一个热门的研究领域。
微生物分子生态学是指通过分析微生物的分子组成和动态变化，揭示微生物间的相互作用及其与环境的关联，探索微生物生态系统的演变和调控机制的学科。
相较于传统的微生物学研究，微生物分子生态学能够更准确、更全面地研究微生物与环境间的关联，使得微生物的研究更具针对性。
微生物分子生态学通过分析微生物的分子生物学信息，可以深入探究微生物的生理、代谢、生态等各个方面，并进一步揭示微生物的生境分布、演化和生态功能。
这不仅有助于更深入地理解微生物的生态系统，也为微生物的应用研究提供了有力的支撑。
1. 微生物分子生态学的研究方法微生物分子生态学一般通过以下方法进行研究：（1）高通量测序技术高通量测序技术大大提高了微生物分子生态学研究的效率和准确度，尤其在微生物群落结构和功能的研究中应用广泛。
基于高通量测序技术，不仅能够分析微生物群落的构成，还可以揭示微生物间的相互作用及其与环境的关联。
（2）荧光原位杂交技术荧光原位杂交技术常用于微生物群落结构和空间分布的研究。
该技术通过使用荧光标记引物，能够将特定细菌、真菌或病毒等微生物直接标记并固定在试样中，观察其在不同空间中的分布情况，进而分析微生物间的相互作用。
（3）质谱分析技术质谱分析技术可以分析微生物的代谢产物，并结合高通量测序技术或荧光原位杂交技术等技术，深入探究微生物的代谢途径和功能。
2. 微生物分子生态学在环境保护中的应用微生物在环境保护中有着重要的作用，而微生物分子生态学则为环境保护提供了更加有效的手段。
（1）土壤污染修复土壤污染是一个长期而严重的问题，微生物可以分解或转化污染物，促进土壤的简易修复。
通过微生物分子生态学的研究，不仅可以深入了解微生物的生理代谢机制，还能针对特定污染物的生态功能和代谢途径，实现更加精准的修复。
（2）环境监测微生物群落是环境中的重要组成部分，通过对微生物群落的组成、分布和转化过程的研究，可以更加精准地评估环境状况。
微生物多样性的分子生态学研究
微生物多样性的分子生态学研究微生物多样性是指各种形态、类型、数量和功能各异的微生物在自然环境中存在的程度和组成，包括细菌、真菌、病毒等。
微生物是地球上存在时间最长，数量最多，功能最丰富的物种。
微生物多样性是自然生态系统的重要组成部分，对于维持自然生态平衡、促进农业、医药、环保等方面都具有重要的价值。
因此，微生物多样性的研究一直是生态学和环境科学中的重要研究方向。
分子生态学是生态学的一个分支学科，主要是利用分子生物学技术解决生态学问题的一种方法。
分子生态学的关键是将生物多样性和生态系统的结构、功能及其相互作用联系起来，通过研究DNA、RNA、蛋白质和代谢物等分子水平的细节，从而更加全面地了解生态系统的复杂性。
微生物多样性的研究需要从分子生态学的角度进行，利用现代分子生物学技术，对细菌、真菌、病毒等微生物进行分离、纯化、鉴定以及对其功能进行分析。
在微生物多样性的研究中，分子生态学扮演了重要的角色。
在过去，人们从微生物的外在形态、结构、生长特性等宏观特征入手，来进行微生物多样性的研究。
但是，由于微生物的数量巨大，形态、特征、环境适应能力高度多样，因此无法用传统的分类学方法来进行鉴定和分类。
而分子生态学的出现，则提供了新的思路和技术手段。
目前，分子生态学在微生物多样性研究中的应用主要有以下几个方面。
一、16S rRNA测序16S rRNA是所有细菌和古菌都具有的基因，与其它部位不同的是，16S rRNA序列具有相对保守和相对变异的两个区域。
利用PCR方法扩增16S rRNA序列，根据序列分析可以区分菌种、菌株、类系等信息。
16S rRNA测序是微生物分类学中一种现代的化学发展出来的技术，通过在不同生态系统中分离出的微生物，提取出它们的16S rRNA序列，利用生物信息学分析手段对其进行分类、鉴定和多样性研究。
通过16S rRNA测序，可以系统地研究微生物的多样性，探究微生物在不同环境中的分布和变化规律，探明微生物群落的组成和结构，揭示不同微生物之间的生态关系。
第5讲 环境微生物分子生态
高等环境微生物学
2、茎、叶和果实上的微生物
植物的茎、叶和果实为附生微生物种群提供了良好的栖息场所， 在植物的这些部分也发现有大量的异养细菌、光合细菌、真菌(特别 是酵母)、地衣和藻类等。
高等环境微生物学
3、植物的微生物病害——植物病原体
植物的绝大多数病害都与微生物有关，也就是说很多 微生物(病毒、细菌和真菌)可引起植物疾病，不仅会产生 严重的生态问题，也会造成重大的经济损失。植物病害甚 至还会引起饥荒和人口迁移。如1845年发生在欧洲特别是 在爱尔兰的马铃薯软腐病就引起了大规模的饥荒，造成了 约1/4人口的死亡，大量的移民从爱尔兰涌入北美。
高等环境微生物学
很多研究发现，根际周围微生物的数量远远高于周围土壤 中的微生物数量，同时，根际微生物的种类受植物的种类和根 分泌物的影响, 例如，在黄瓜和玉米的根际土壤中, 荧光假单胞 菌较高, 而在大麦根际, 恶臭假单胞菌的数量较高。73%－91％ 的根的分泌物可被周围微生物用做碳源和能源。苜蓿的生长促 进根际假单胞菌的生长，而假单胞菌能够合成假单胞菌素 （pseudobactin），进一步刺激根瘤菌的生长，加强微生物－ 植物的共生固氮作用，假单胞菌不仅仅生活在根的周围土壤中， 还能侵入根的表皮以下组织 。
根瘤(Nodules)、根瘤菌及联合固氮作用
固氮菌可以与许多植物，特别是豆科植物形成根瘤结构的共生关系。 根瘤中的固氮菌从植物根系中获取其他所需营养，但其最重要的作 用是可以将大气中的氮气转化成氨，以供植物及其本身生长所需。根瘤 中根瘤菌的固氮作用对于维持土壤肥力是极为重要的。在农业生产上， 可以用于提高作物产量。根瘤形成过程是根瘤菌与植物根系一系列复杂 的相互作用的结果。
高等环境微生物学
（二）种群内部的相互作用
分子生物学技术在生态环境中的应用
分子生物学技术在生态环境中的应用随着科技的不断创新和进步，分子生物学技术的应用范围越来越广泛，不仅涉及到医学、农业、畜牧、生产等众多领域，同时也在环境保护和生态治理中发挥了重要作用。
本文将针对分子生物学技术在生态环境中的应用进行详细阐述。
一、生态环境中的分子生物学技术生态环境是指消息环境、食品环境、空气环境、土壤环境和水环境等各种不同类型的环境，其中每一种环境都会直接或间接地影响到生物体的发育和生存。
在这样的生态环境中，生物体中的基因和分子结构通常是不稳定的，因此需要利用分子生物学技术来对其进行监测和分析。
分子生物学技术的主要包括基因克隆技术、PCR技术、基因表达分析技术、蛋白质组学以及生物芯片技术，并且在生态环境中的应用也十分广泛。
下面，我们将从不同领域的角度来探讨分子生物学技术在生态环境中的应用。
二、在环境污染监测中的应用1.水污染监测随着经济水平的提高和人口的增加，很多地区遭受着严重的水污染问题。
因此在水环境治理中，分子生物学技术被广泛应用以监测水中的微生物污染和有机污染物。
其中最为常见的是PCR技术，使用特异性引物和探针进行定量检测和鉴定致病微生物和污染物。
此外，生物芯片技术可以同时检测多种污染物和微生物，为水环境治理提供了更为有效的手段。
2.空气污染监测分子生物学技术在空气环境中的应用主要涉及到检测空气中的微生物和致病菌。
PCR技术和蛋白质组学被广泛应用于空气微生物的定量检测和鉴定，通过监测空气中的微生物数目以及其变化可以了解到环境的空气质量变化。
这对于保护大众的健康和改善城市环境有着十分重要的意义。
三、在环境保护中的应用1.生物多样性保护生物多样性是地球上不同生物种类和生态系统的多样性，是维持自然平衡和生态稳定的重要基础。
以前的生物多样性研究主要依赖于人工标本和普通生态学方法，建立物种名录和种实体库。
然而，随着分子生物学技术的发展，生物多样性研究也可以通过评估物种多样性和遗传多样性的变异性来实现。
分子生态学的研究方法及应用
分子生态学的研究方法及应用随着生物学研究的深入，科学家们开始关注微观生态环境——分子生态学。
分子生态学是一门利用分子生物学技术研究生物群体与其生态环境相互作用的学科。
本文将介绍分子生态学的研究方法和应用。
一、分子生态学的基本研究方法1. DNA条形码DNA条形码是一种将物种DNA序列编码的技术，用于区分物种和确定其演化关系。
该技术可应用于分子生态学研究中，通过分析环境样本中不同物种DNA条形码的相对丰度，可以了解生态环境中不同生物群体的分布情况。
例如，利用DNA条形码技术可以在同一个地理区域内对比测定不同水域中鱼类的种类和数量，探究环境因素对鱼类群体生态演化的影响。
2. 基因测序基因测序是分子生态学的重要研究方法之一。
该技术可以揭示不同生物群体的遗传信息，包括基因型、表型和生境适应性等。
例如，在对植被群体进行基因测序时，可以分析群体内的基因多样性，了解不同地理区域植被群体的进化和生态适应性。
3. 元转录组测序元转录组测序是利用高通量测序技术对环境样本中不同生物体细胞的RNA序列进行分析，用于研究生态环境中不同生物群体在代谢、生长和免疫方面的差异。
例如，在研究微生物群落的时候，可以通过元转录组测序分析不同类群微生物的代谢途径和生境适应能力，并了解它们在环境中的功能角色。
二、分子生态学的应用1. 生态环境监测随着人类活动不断增多，自然环境受到了威胁。
分子生态学技术可以用于生态环境监测，了解环境变化对生物群体的影响。
例如，通过分析水域样本中不同微生物群体的丰度，可以说明水质是否受到了污染。
2. 种群生态学研究分子生态学可以用于种群生态学研究，了解种群的基因流动和遗传多样性变化情况。
例如，在研究蝴蝶种群时可以通过基因测序分析不同种群的基因型，了解种群间的遗传多样性和遗传流量。
3. 生物多样性研究生物多样性是生态学的重要研究内容，分子生态学技术可以揭示生物多样性的内在规律。
例如，通过元转录组测序分析植物、昆虫、哺乳动物等不同生物群体间的基因表达和环境适应性，可以为保护生物多样性提供科学依据。
分子生物学技术在微生物群落研究中的应用
分子生物学技术在微生物群落研究中的应用作者：刘华健来源：《科学与财富》2019年第07期摘要：微生物群落有个体小，种类多，不易观察等特点，分子生物技术的兴起弥补了传统方法对于微生物群落研究的不足，简单介绍了DGGE技术、T？RFLP技术、高通量测序等目前应用较为广泛的分子生物学技术，包括技术原理，研究过程，和优缺点等。
关键词：微生物群落;DGGE技术;T-RFLP技术;高通量测序技术微生物数量大种类多，在生物地球化学循环中起着至关重要的作用，传统的培养法等很难对微生物群落的作出全面深入的研究，自PCR法发明后，基于分子生物学技术方法应运而生，在微生物群落的研究中正广泛的应用起来。
一、DGGE技术DGGE（Denatured Gradient Gel Electrophoresis）技术，即变性梯度凝胶电泳技术，它最早是由Fischer和Lerman于1979年提出的，最初用于检测DNA的点突变。
1993年Muyzcr等人首次将DEEG技术运用于微生物群落结构的研究中，并且发现此项技术对于微生物群落的种群差异和遗传多样性方面的研究具有很大的优势[1]。
此电泳技术分离DNA的原理主要利用相同长度的DNA片段由于其碱基组成不同，解链时需要的变性剂浓度不同，导致DNA链在由低到高浓度的聚丙烯酰胺凝胶中移动时，会在不同的浓度下变性而减慢移动速度，从而把DNA 链分离开来。
此项技术已经成为微生物群落分子生态学的主要研究方法之一。
实验流程为，微生物DNA的提取：可用CTAB法或生物公司的DNA提取试剂盒在无菌工作台上提取微生物DNA。
目的基因扩增：根据其所研究微生物的种类不同选取具有高度保守区的基因序列进行扩增，如原核微生物一般选取16S rDNA的V3、V4、V5等区域，真核微生物一般对其ITS和18S rDNA基因片段等进行扩增。
电泳及电泳图谱分析：电泳与琼脂糖电泳相似，制胶时需要注意根据所扩增的目的基因制备合适浓度的变性凝胶。
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分子生态学研究方法与技术在环境微生物领域的应用（专业：09微生物姓名：柴化建学号：s9071005478）摘要：对环境微生物的研究有助于利用环境微生物解决环境污染的问题。
微生物是废水处理、城市生活垃圾填埋或堆肥处理等系统中的主要功能生物，充分认识其中的微生物学原理能为改进处理工艺、提高处理效率提供依据。
通过利用分子生态学的研究方法和技术，从分子的活动变化规律来闸释环境微生物生态变化及生物分子活动过程与机理，从而应用于环境治理领域。
关键字：环境微生物荧光杂交蛋白质组学宏基因组学微阵列环境在不同的生命层次（分子水平，个体水平，种群水平，及群落水平，甚至生态系统水平）对生命活动产生不同的影响，生物体也是通过在不同水平层次上的调节来适应和改变环境。
在环境微生物领域，对环境中微生物的主要类群及它们的生理、生态特性、微生物与环境污染的关系、污染物的微生物降解及转化规律等进行研究是重要的。
目前研究环境微生物的主要方法仍是基于培养和分离纯化的传统技术，已经无法满足研究者对环境微生物进行快速、准确的分析与鉴定的要求。
故从分子生态学方向入手将会给环境微生物的研究起到很大的推动总用。
分子生态学应用分子生物学的原理和方法来研究生命系统与环境系统相互作用的生态机理及其分子机制。
从微观研究层次它主要涉及生态现象与生态规律的发生、演化与发展的分子生物学过程与机理，即怎样利用DNA(基因)，蛋白质(酶)等生物活性分子的活动变化规律来闸释生态变化的生物分子活动过程与机理。
利用分子生态学研究方法与技术，从分子种群生物学、分子环境遗传学和分子适应等几个方面的内容对环境微生物进行研究。
以求改进微生物处理污染物的工艺、提高处理效率。
一．环境mRNAandrRNA同时荧光原位杂交Giovannoni等在1988年首次将荧光原位杂交(fluorescenceinsituhybirdization，FISH)引入细菌学的研究，当时使用的是放射性标记rRNA寡核苷酸探针来检测微生物。
随着荧光标记的发展，放射性标记被非同位素染料代替。
1989年，DeLong首次使用荧光标记寡核苷酸探针检测单个微生物细胞，荧光标记寡核苷酸探针比放射性探针更安全和具有更好的分辨力，并且不需要额外的检测步骤。
荧光原位杂交是利用荧光标记的特异核酸探针与细胞内相应的靶DNA分子或RNA分子杂交，通过在荧光显微镜或共聚焦激光扫描仪(confocallaserscanningmicroscope，CLSM)下观察荧光信号，来确定与特异探针杂交后被染色的细胞或细胞器的形态和分布，或者是结合了荧光探针的DNA或RNA分子在染色体或其它细胞器中的定位。
由于rRNA在微生物体内的拷贝数较高、分布广泛、功能稳定，而且在系统发育上具有适当的保守性，因此通常使用rRNA 作为探针，但以rRNA作为探针的FISH只能分析群落的遗传结构，不能明确揭示群落结构与功能的关系。
Anneliepernthaler等将rRNA和mRNA同时FISH来研究环境细菌结构和某一代谢活性之间的关系，作为一个例证研究，同时检测环境微生物mRNA和rRNA，他们研究了pmoA(编码甲烷单氧化酶A亚基)基因的在环境中的表达，很好地与群落功能活性联系起来。
可见，将环境rRNA和mRNA同时FISH来研究微生物群落功能是可行的。
FISH技术可确定细胞和组织中特异性转录物定位及其表达的相对水平，它是用一标记生物素或地高辛的非同位素探针，和所制备样本中的RNA进行杂交。
地高辛内标记的反义多聚核苷酸探针，在反转录过程中杂交到细菌细胞中，这一技术将是研究复杂群落环境中原位基因表达较为有利的手段。
另外，结合报告基因分析的FISH技术对于复杂微生物群落的结构与功能分析也是十分方便有利的。
在微生物群落研究中利用FISH技术将原位杂交与功能研究结合是必然的发展趋势，可以进行基因表达和代谢水平的研究。
二．稳定性同位素联合宏基因组技术宏基因组(metagenomics)或环境基因组(environmentalgenomics)是特定环境内所有生物遗传物质的和，是一种不依赖于人工培养的微生物基因组分析技术。
它于1998年首先由Handelsman等¨提出，与传统方法相比，宏基因组学是一种不依赖于纯培养(cultivation—independent)的技术方法。
它直接从环境样品中提取基因组DNA(environmentDNA，eDNA)，以获得某一环境或共生体中所有微生物基因组的集合，然后将环境eDNA克隆到适当的载体上，通常是质粒、粘粒、细菌人工染色体(BAC)和不同类型的广宿主或穿梭载体然后让其在大肠杆菌、链霉菌、假单胞菌或根瘤菌等适宜宿主中表达H，构建一个复杂度极高的宏基因组文库，最后运用各种分析手段筛选出功能基因，并可以进一步对功能基因测序，推测活性产物的结构，建立系统发生树等。
宏基因组技术能够基于序列分析得到微生物群落潜在生态功能信息，但是，不能够明确预测功能特别是在特异条件下才表达的基因。
而且要从由环境复杂群落构建的宏基因组文库中获得特定的目标基因需要筛选和测序成千上万的克隆。
尽管通过宏基因组学的方法筛选到了一些功能基因，但随机性太大。
稳定性同位素联合宏基因组技术(SIPenabledmetagenomics)可大大减少克隆的数量。
通过稳定性同位素(SIP)实验使参与特定代谢过程(例如甲烷氧化)的生物基因组得到富集，克隆从SIP实验中获得的”C标记的核酸，从而构建出在某一特定的环境过程中执行特定代谢功能(如可吸收或转化、代谢特定的标记基质)的环境微生物的功能宏基因组文库，就可重建一个较小、针对性强的目标微生物功能群基因组，从而极大地减少需要筛选的基因克隆数量。
并且可直接利用分离出的”C一核酸构建宏基因组克隆文库。
稳定性同位素联合宏基因组技术可用于环境甲基营养菌(甲烷营养菌和甲醇营养菌)、有机污染物降解菌、根际微生物生态(植物．微生物．微动物相互作用)、厌氧环境中互营微生物等群落结构和特定代谢过程功能分析，在微生物的种类鉴定和功能鉴定间建立了直接的联系。
三．微阵列技术微阵列技术自1995年由Schena创立以来J，已逐渐发展成为功能基因组学研究的最有力的工具之一。
它作为一种强有力的基因技术，被广泛地用于研究生物过程。
虽然微阵列技术已被成功用于分析纯培养全基因的表达，但是由于特异性、灵敏度和定量等问题，它在环境微生物群落研究中仍存在挑战。
根据探针的类型可将环境研究中的微阵列分为3类：功能基因微阵列(functionalgenearrays，FGAs)、群落基因组微阵列(communitygenomearrays，CGAs)和系统发育寡核苷酸微阵列_9J。
其中，功能基因微阵列以代谢途径中关键基因作为探针，研究微生物群落中的功能菌群在环境中的功能活性及其代谢途径。
为了构建含有大片段DNA的FGAs，需要通过PCR方法从环境样品的克隆中扩增制备探针，因此，对于得到不同环境样品的克隆仍具有挑战性。
由于寡核苷酸微阵列特异性高，便于构建，它可能是微生物生态学研究的重要方法。
不过，虽然它在环境微生物群落功能研究中大有希望，但是这种微阵列技术并未得到严格的测试和环境中应用的验证Rhee等发展了一个50个碱基的寡核苷酸微阵列技术，用来自2402个已知的生物降解和重金属抑制有关基因中的1657个探针研究了环境群落生物降解潜力和功能活性。
结果证实50个碱基的寡核苷酸微阵列开发为微生物群落功能研究提供了新的快速、强大、高通量分析工具，可用于监测生物修复潜力及功能活性微阵列技术已广泛应用于研究废水处理系统以及环境污染物中微生物参与的反应和调节过程和机制、养物循环和富营养作用的微生物多样性、微生物生态学原理以及生物学过程中与环境胁迫反应相关的基因能和调节控制研究，并建立了基因表达谱，特别是寡核苷酸微阵列是当前环境微生物群落功能研究中的一有效手段。
四．环境蛋白质组技术蛋白质组是一个细胞或组织所表达的全部蛋白质组分。
现在比较公认的概念是，在一种细胞内存在的全部蛋白质组分。
对于微生物群落来讲，蛋白质组学是对生物系统中所有蛋白的综合分析，能够揭示遗传信息是怎样转变为微生物群落功能的多样性。
在后基因组时代，微生物群落分析的一个主要的挑战就是阐述宏基因组的功能，并把微生物群落遗传结构和它们的功能多样性联系起来。
除前面所述的环境mRNA和rRNA同时荧光原位杂交和稳定性同位素联合宏基因组技术外，微生物群落功能也能通过转录组学(Metranscriptome)的方法研究，即提取环境样品中的所有微生物的RNA，构建16SrRNA基因克隆文库或cDNA 文库，再做进一步研究。
然而，由于RNA的半衰期较短，在抽提过程中难以去除腐殖质，相似基因在不同群体中有不同的转录动态，RNA和蛋白质的低相关性，这些阻碍了Metranscriptome在土著微生物群落研究中的应用。
正是这些限制，才使蛋白质组学的方法逐步在微生物群落研究中开始得到应用。
环境蛋白质组学(Metaproteomics)最初由Wilmes和Bond命名，指大规模鉴定给定时间和地点的环境样品的整个蛋白组分。
基本程序包括：环境中总蛋白的提取、通过一维或二维凝胶电泳对蛋白进行分离、质谱分析、数据统计分析将群落遗传结构与功能结构联系起来，同时也可鉴定蛋白进行反向遗传学研究。
Wilmes和Bond成功地抽提和纯化了来自优化的生物除磷活性污泥的总蛋白，采用二维聚丙烯酰氨凝胶电泳进行分离和蛋白指纹图谱分析，并将高表达的蛋白质点进行切除，确定了以四级杆．飞行时间质谱从头多肽测序，分离的蛋白质分别被鉴定为外膜蛋白(porin)、乙酰辅酶A乙酰转移酶和ABC型支链氨基酸运输系统蛋白组分，这些蛋白可能来自于活性污泥中尚未纯培养的积累磷酸盐的微生物。
这是将蛋白质组学方法用于研究水生微生物群落。
自然界的微生物群落是极其复杂的动态系统，在后基因组时代，基于核酸分析的方法(不能够揭示微生物群落的原位功能。
大规模研究土著微生物表达蛋白(Metaproteome)能提供微生物在生态系统中的功能信息，它有望把微生物群落的遗传和功能多样性联系起来，更具体地说，对于不同环境的Metaproteomics的分析：(1)可以捕捉新的功能基因和代谢途径；(2)鉴定与特异胁迫有关的蛋白。
蛋白质组学联合宏基因组数据可以更好地揭示环境群落分类多样性、功能多样性和生物过程。
五．面临的问题和展望荧光原位杂交技术在微生物群落分析上有一定的应用，但是也存在许多缺陷和干扰因素：如许多霉菌、酵母菌和细菌(如假单胞菌属、军团菌属)会有自身荧光，干扰荧光信号强度；在群落分析时，探针缺乏特异性等。
微阵列技术由于实验条件的限制，不能被广泛接受。