肿瘤细胞软琼脂克隆形成实验
Soft Agar Colony Formation Assay
Darren Carpizo, M.D.
Overview: This assay is designed to assay a cell's ability to grow unattached to a surface and therefore suspended in agar. The assays are done in 6cm plates. A bottom layer of enriched media + agar is poured first (2.5ml), after solidifying this is followed by a layer containing a lower amount of agar and containing a specified number of cells (cell layer = 5ml), after solidifying a top layer is poured. The plates are placed in the incubator and after two weeks or so, colonies are counted by naked eye.
1)Make sol'ns of 2X Iscove's Media (Gibco BRL, dissolve one 1L packet in 500ml of water)
and filter sterilize, make about 100 ml of 1X by diluting the 2X, separate from this 100ml make 100 ml of 1X Iscove's containing 10% FBS
2)Make Noble Agar (Difco) at 1.3% and place in 55° C water bath to keep in liquid phase
3)Determine the number of sample pairs you will be making (a sample pair consists of one
plate control and one plate experimental. I usually made 4 sample pairs or an n of 4. Add one to this, so n of 4 +1 = 5
4)The bottom and top layer solutions are made as one and divided in half. The cell layer
solution is made separately.
5)Determine the volume of reagents that make up each of the above solutions according to the
following formula:
Bottom/Top layer - 2X Iscove's 5ml X n sample pairs (5) = 25 ml
FBS - 1ml X n sample pairs (5) = 5ml
100X Glutamine .1 ml X n sample pairs = 0.5 ml
1.3% Noble Agar - 5ml X n sample pairs = 25ml
pour these volumes into a 50 ml conical and separate the total volume in 1/2 into one tube for the bottom and the other for the top
**Do Not add the Agar until you are just ready to pour, so separate the total (without the agar) into a bottom and top tubes (the volume of agar that will be added to each will be
12.5ml)
Cell Layer media - 2X Iscove's 2 X n = 10ml
1X Iscove's 4 X n = 20ml
FBS 1 X n = 5ml
100X glutamine 0.08 x n = .4 ml
Noble agar 2 X n = 10ml (again do not add this until ready to pour)
6)Pour 12.5 ml of 1.3% Noble agar to the bottom layer tube, mix thoroughly and pipette 2.5 ml
to each of 8 plates, place in 37° C incubator
7)Trypsinize cells, collect disattached cells and spin down, rususpend pellet in 5ml of 1X
Iscove's + 10% FBS for counting. Determine the conc of cells in cells/ml and then calculate
the volume of media that will yield 2 X 104 cells (one sample pair or n = 2 X 104 cells, or 1 X 104 cells/ 6cm plate)
8)Add volume for 2 X 104 cells in a 15 ml Falcon tube containing 1 ml of 1x Iscove's media.
Do this for n samples ( in this case 4 Falcon tubes, 2 control, 2 experimental)
9)Add the volume of agar calculated for the cell layer to the tube containing the cell layer
solution and mix thoroughly and add 9ml of the cell layer solution to each of the four Falcon tubes and mix thoroughly.
10) Remove plates from incubator (bottom layer has solidified at this point) and add 5ml from
each Falcon tube to each plate and allow to solidify for 30 min at RT.
11)Add the last 12.5 ml of agar to the tube containing the top solution, mix throughly and pipette
2.5ml to each plate.
12)Place plates in incubator and remove when colonies can be seen with naked eye, (timing
depends of the tumorgenicity of the cell line but typically is around two weeks.
13)To count colonies, take a digital picture of each 6cm plate by placing the plate on a light box
and using a digital gel photography set up. Print out a picture of each plate and manually count the number of colonies per plate. Determine the average number of colonies per plate for both control and experimental groups。
检验技师考点：软琼脂培养法克隆
检验技师考点：软琼脂培养法克隆
检验技师考点：软琼脂培养法克隆
(1)软琼脂的配制：含有20%NCS(小牛血清)的.2倍浓缩的RPMI1640.
①1%琼脂水溶液：高压灭菌，42℃预热。
②0.5%琼脂：由1份1%琼脂加1份含20%小牛血清的2倍浓缩的RPMI1640配制而成。
置42℃保温。
(2)用上述0.5%琼脂液(含有饲养细胞)15ml倾注于直径为9cm的平皿中，在室温中待凝固后作为基底层备用。
(3)按100/ml，500/ml或5000/ml等浓度配制需克隆的细胞悬液。
(4)1ml 0.5%琼脂液(42℃预热)在室温中分别与1ml不同浓度的细胞悬液相混合。
(5)混匀后立倾注于琼脂基底层上，在室温中10min，使其凝固，孵育于37℃、5%CO2孵箱中。
(6)4～5天后即可见针尖大小白色克隆，7～10天后，直接移种至含饲养细胞的24孔中进行培养。
(7)检测抗体，扩大培养，必要是地再克隆化。
软琼脂克隆形成实验步骤完整版
软琼脂克隆形成实验步骤完整版The latest revision on November 22, 2020注意：软琼脂克隆形成试验方法简单，适用于贴壁生长的细胞。
适宜底物为玻璃的、塑料瓶皿。
试验成功的关键是细胞悬液的制备和接种密度。
细胞一定要分散得好，不能有细胞团，接种密度不能过大。
软琼脂培养法常用检测肿瘤细胞和转化细胞系。
接种细胞的密度每平方厘米不超过35个，正常细胞在悬浮状态下不能增殖，不适用于软琼脂克隆形成试验。
1、配制100ml的1.2%Argrose和0.7%Argrose，Argrose用DNA电泳用BIOWESTREGULARArgroseG10（4℃），溶剂用双蒸水（DDW），高压灭菌后，维持在42℃中不会凝固；配制500ml的2×1640和0.005%的结晶紫。
2、实验前，将水浴锅放入超净台内，紫外照射，设定温度42℃。
提前融化血清和双抗。
3、如已制好上下胶，则在微波炉中溶解1.2%Argrose下胶和0.7%Argrose上胶，降温后放入42℃水浴锅中保持。
4、根据实验需要的量配制20%FBS+2×1640+2×PS（5种细胞配40ml），每种细胞设3个复孔。
5、铺下胶：按1:1比例使1.2%Argrose下胶和20%FBS+2×1640+2×PS混合，6孔盘每孔迅速加入1.5ml混合液，轻轻混匀，室温静置待下胶凝固（加混合液时不能产生气泡）。
对于一个6孔盘，配5ml上述培养液+5ml1.2%Argrose下胶于50ml离心管中（离心管要一直置于水浴锅中）。
6、细胞计数：取对数生长期细胞，用0.25%胰蛋白酶消化并轻轻吹打，使之成为单细胞，作活细胞计数，用正常培养液调整细胞密度至40×104／ml以上，这样加的体积小于100ul，不会影响其他成分的稀释程度。
每孔铺1万个细胞，准备4个孔的细胞数，即4×104。
软琼脂克隆形成实验
➢ 铺下层胶：1.2%的琼脂糖胶与2X培养基1:1混 合，加入到6孔板中，每孔1.5mL,室温等其凝 固。
➢ 细胞计数：将细胞用PBS的洗一遍，用胰酶消 化终止后离心，加入新的培养基混匀稀释，调 整细胞浓度为5X104/mL,每孔加入100uL的细胞 悬液。
三、注意事项
➢ 软琼脂培养法常用检测肿瘤细胞和转化细胞系。
➢ 试验中琼脂与细胞相混时，琼脂温度不宜超过40℃。
➢ 接种细胞的密度每平方厘米不超过35个，一般6cm的平皿 接种1000个细胞。
➢ 软琼脂克隆形成实验主要用于非贴壁生长的细胞，某些细 胞（如正常成纤维细胞）在悬浮状态下不能增殖，不适用 此种方法。
软琼脂克隆形成实验
➢ 铺上层胶：0.7%的琼脂糖胶与2X培养基1:1混合，加入100uL的细胞悬 液，即5000个细胞，混合均匀后，每孔加入1.5mL。
➢ 放入37℃，CO2培养箱培养，隔三天后补加培养基，约3周后收细胞。 计数比较对照组与实验组的细胞数量，最后进行分析，计算单克隆形 成率。
软琼脂克隆形成实验
➢ 软琼脂培养法常用来检测肿瘤细胞和转化细胞的增殖能力。
➢ 克隆形成率反映细胞群体依赖性和增殖能力两个重要性状。由于细胞 生物学性状不同，细胞克隆形成率差别也很大正常细胞克隆形成率弱 ，肿瘤细胞强。
软琼脂克隆形成实验
二、实验方法
➢ 配制1.2%和0.7%的琼脂糖，高压灭菌后置于 55℃的水浴锅中，目的是为了使其保持融化状 态。
THANKS
Hale Waihona Puke 软琼脂克隆形成实验（Soft Agar Assay）
软琼脂克隆形成实验
克隆形成实验
克隆形成实验
克隆形成实验是用来检测细胞增殖能力、侵袭性、对杀伤因素敏感性等项目的常用方法之一。
当单个细胞在体外增殖6代以上，其后代所组成的细胞群体成为集落或克隆，其中细胞克隆形成率即细胞接种存活率，表示接种细胞后贴壁的细胞成活并形成克隆的数量。
贴壁后的细胞不一定每个都能增殖和形成克隆，而形成克隆的细胞必为贴壁和有增殖活力的细胞。
克隆形成率反映细胞群体依赖性和增殖能力两个重要性状。
克隆形成依据采用的培养介质的不同，分为平板克隆（Colony formation）和软琼脂克隆（soft agar colony formation）两类。
平板克隆即细胞培养在培养基中，应用于贴壁的细胞；软琼脂克隆即细胞被琼脂糖挂起来，主要应用于悬浮的肿瘤细胞和转化细胞系。
克隆形成率=（克隆数/接种细胞数）×100%。
软琼脂克隆形成实验PPT课件
➢ 软琼脂培养法常用来检测肿瘤细胞和转化细胞的增殖能力。
➢ 克隆形成率反映细胞群体依赖性和增殖能力两个重要性状。由于细胞 生物学性状不同，细胞克隆形成率差别也很大正常细胞克隆形成率弱 ，肿瘤细胞强。
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软琼脂克隆形成实验
二、实验方法
➢配制1.2%和0.7%的琼脂糖，高压灭菌后置于 55℃的水浴锅中，目的是为了使其保持融化状态 。
三、注意事项 ➢软琼脂培养法常用检测肿瘤细胞和转化细胞系。
➢试验中琼脂与细胞相混时，琼脂温度不宜超过40℃。
➢接种细胞的密度每平方厘米不超过35个，一般6cm的平皿接 种1000个细胞。
➢软琼脂克隆形成实验主要用于非贴壁生长的细胞，某些细 胞（如正常成纤维细胞）在悬浮状态下不能增殖，不适用此 种方法。
➢配制含20%FBS、2X双抗PS的2X1640培养基，用 0.2微米的滤器过滤除菌。
➢铺下层胶：1.2%的琼脂糖胶与2X培养基1:1混合 ，加入到6孔板中，每孔1.5mL,室温等其凝固。
➢细胞计数：将细胞用PBS的洗一遍，用胰酶消化 终止后离心，加入新的培养基混匀稀释，调整细 胞浓度为5X104/mL,每孔加入100uL的细胞悬液。
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THANKS
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琼脂糖胶与2X培养基1:1混合，加入100uL的细胞悬 液，即5000个细胞，混合均匀后，每孔加入1.5mL。
➢放入37℃，CO2培养箱培养，隔三天后补加培养基，约3周后收细胞。 计数比较对照组与实验组的细胞数量，最后进行分析，计算单克隆形成 率。
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软琼脂克隆形成实验
软琼脂克隆形成实验
（Soft Agar Assay）
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软琼脂克隆形成实验
一、实验原理
细胞克隆实验步骤及注意事项
细胞克隆实验步骤及注意事项实验步骤一、平板克隆形成实验基本步骤：1.取对数生长期的各组细胞，分别用0.25%胰蛋白酶消化并吹打成单个细胞，并把细胞悬浮在10%胎牛血清的DMEM培养液中备用。
2.将细胞悬液作梯度倍数稀释，每组细胞分别以每皿50、100、2 00个细胞的梯度密度分别接种含10mL 37℃预温培养液的皿中，并轻轻转动，使细胞分散均匀。
置37℃ 5% CO2及饱和湿度的细胞培养箱中培养2～3周。
3.经常观察，当培养皿中出现肉眼可见的克隆时，终止培养。
弃去上清液，用PBS小心浸洗2次。
加4%多聚甲醛固定细胞5mL固定15分钟。
然后去固定液，加适量GIMSA应用染色液染10～30分钟，然后用流水缓慢洗去染色液，空气干燥。
4.将平皿倒置并叠加一张带网格的透明胶片，用肉眼直接计数克隆，或在显微镜（低倍镜）计数大于10个细胞的克隆数。
最后计算克隆形成率。
克隆形成率 =（克隆数/接种细胞数）×100%二、软琼脂培养克隆形成试验基本步骤：1.取对数生长期细胞，用0.25%胰蛋白酶消化并轻轻吹打，使之成为单细胞，作活细胞计数，用含20%胎牛血清的DMEM培养液调整细胞密度至1×106细胞/L。
然后根据实验要求作梯度倍数稀释。
2.用蒸馏水分别制备出1.2%和0.7%两个浓度的低溶点琼脂糖液，高压灭菌后，维持在40℃中不会凝固。
3.按1:1比例使1.2%的琼脂糖和2×DMEM培养基(含有2×抗生素和20%的小牛血清)混合后，取3mL混合液注入直径6cm平皿中(1 0cm平皿加7～10mL)，冷却凝固，可作底层琼脂置CO2温箱中备用。
4.按1:1比例让0.7%的琼脂糖和2×DMEM培养基在无菌试管中相混以后，再向管中加入0.2mL的细胞悬液，充分混匀，注入铺有1. 2%琼脂糖底层平皿中，逐形成双琼脂层。
待上层琼脂凝固后，置入37℃ 5%CO2温箱中培养10～14天。
软琼脂集落形成实验
1.双层软琼脂集落形成率实验于24 孔板中, 下层低熔点琼脂浓度为0. 5 % , 上层为0. 33 %,每孔上层低熔点琼脂含细胞数为2 000 个,每种细胞共铺5 孔。
把培养板移入CO2 孵箱,在37 ℃、5 %CO2 及饱和湿度环境下培养2～3 周后倒置显微镜下计数直径大于100μm或含50 个细胞以上的克隆,并计算克隆形成率(克隆形成数/ 接种细胞数×100 % = 克隆形成率) 。
2.软琼脂克隆形成实验将p27Kip1转染组、空载体转染组和未转染组细胞以每组600个细胞接种于60 mm 含底层5 g/L琼脂糖和顶层3 g/L琼脂糖的软琼脂中;37℃培养箱中培养14 d;倒置显微镜下观察克隆形成情况.计算克隆形成率.软琼脂克隆形成率=克隆数/接种细胞数×100%对照组克隆数-实验组克隆数抑制率= ×100%对照组克隆数3.软琼脂克隆形成实验用去离子水配制7 g．L-1和12 g．L -1琼脂溶液，高温高压灭菌后，于45℃水浴保温备用. 配制2×DMEM培养液，高温高压灭菌后45℃水浴保温. 将2×DMEM与12 g．L-1琼脂溶液等体积混匀后，按1 mL/孔加入24孔培养板，4℃放置30 min使之凝固. 再将2×DMEM与7 g．L-1琼脂溶液等体积混匀，之后加入单细胞悬液并调整细胞终浓度为1×106个．L-1，此混悬液按每孔0.5 mL加入上述24孔板，铺平后室温放置使琼脂凝固，之后置于37℃，50 mL．L-1 CO2孵箱中培养2 wk，观察细胞克隆形成情况并计算克隆形成率. 同时设HO-8910为空白对照和8910-pcDNA3为空载体对照.4.软琼脂克隆形成试验细胞在35 mm的平皿中长至70％～80％铺满，然后与20 μμmol·I-1的AS －ODN。
共孵育4h，之后将细胞重悬于新鲜培养液配制6mL·L-1的底层琼脂，lml／孔加入24孔板中，调整细胞浓度并与 4 mL·L-1的琼脂混合，以每孔0.5 mL中含500个细胞加到底层琼脂上，置37℃培养2Wk后计数克隆形成数克隆大于100个细胞着计数。
细胞克隆形成实验步骤及方法
细胞克隆形成实验步骤及方法细胞克隆形成实验步骤及方法一、技术简介细胞克隆形成实验是用来检测细胞增殖能力、侵袭性、对杀伤因素敏感性等的重要技术方法。
实验方法包括平板克隆形成实验和软琼脂克隆形成实验。
由于细胞生物学性状不同，细胞克隆形成率差别也很大，正常细胞克隆形成率弱，肿瘤细胞强；初代培养细胞克隆形成率弱，传代细胞系强；二倍体细胞克隆形成率弱，转化细胞系强。
由于克隆形成率与接种密度有一定关系，做克隆形成率测定时，接种细胞一定要分散成单细胞悬液，随时检查，到细胞形成克隆时终止培养。
当单个细胞在体外增殖6代以上，其后代所组成的细胞群体，成为集落或克隆。
每个克隆含有50以上的细胞，大小在0.3-1.0 mm之间。
集落形成率表示细胞的独立生存能力。
各种理化因素可能导致细胞的克隆形成能力发生改变。
通过一定的实验方法可以对细胞的克隆形成能力进行检测，细胞克隆形成率即细胞接种存活率，表示接种细胞后贴壁的细胞成活并形成克隆的数量。
贴壁后的细胞不一定每个都能增殖和形成克隆，而形成克隆的细胞必为贴壁和有增殖活力的细胞。
克隆形成率反映细胞群体依赖性和增殖能力两个重要性状。
二、实验流程A．平板克隆形成实验：适用于贴壁生长的细胞。
1. 取对数生长期的各组细胞，制备细胞悬液。
2. 将细胞悬液作梯度倍数稀释，分别接种含培养液的皿中，培养2-3周。
3. 经常观察，当培养皿中出现肉眼可见的克隆时，终止培养。
4. 弃去上清液，4%多聚甲醛固定，GIMSA染色液染10-30 min。
5. 计算克隆形成率，克隆形成率=（克隆数/接种细胞数）× 100%。
6. 结果统计分析。
B．软琼脂克隆形成实验：适用于非锚着依赖性生长的细胞。
1. 制备细胞悬液，梯度倍数稀释。
2. 分别制备1.2%和0.7%琼脂糖溶液。
3. 下层琼脂凝固后放入37℃培养箱备用。
4. 加入细胞悬液，待上层琼脂凝固后，培养10-14天。
5. 计算克隆形成率，克隆形成率=（克隆数/接种细胞数）× 100%。
克隆形成琼脂平板.doc
学海无涯
克隆形成-琼脂平板
1、(细胞被干预（药物处理，转染，电转，感染）24小时后，作活细胞计数（台盼蓝染色），用完全培养基调整细胞密度至1×105 /ml（活细胞）；
2、(用超纯水分别配制1%的标准琼脂糖和0.7%的低溶点琼脂糖，高压灭菌后4℃保存，使用时，微波炉加热溶解，然后放在40℃水浴中至少平衡30min；
3、按1:1比例把1%的标准琼脂糖和完全培养基混合后，取1.5mL混合液加入35mm平皿中，冷却凝固作为底层琼脂；
4、把0.75 ml 0.7%的低溶点琼脂糖和0.75 ml完全培养基混合后，再向管中加入5,10,15,20,25或30μl细胞悬液，充分混匀，加入铺有底层琼脂的35mm平皿中，待上层琼脂凝固后，加入0.5-1ml完全培养基，置入37℃，5%CO2温箱中培养7-14天，每隔3-4天更换培养液；
5、待细胞克隆长至合适大小（100-200uM）取出，结晶紫染色，然后把盖子拿掉，用照相机拍照，注意拍6孔板的全貌, 手工计数克隆的数量，对数据进行统计分析；
6、实验周期比较长，一定要注意无菌操作，可以在培养液中加抗生素防止污染；注意事项：
1. 每孔接种细胞的数量，上面设计了6个细胞梯度，已经充分考虑了各种细胞的大小与生长速度；
3. 注意无菌操作，整个检测窗口为期7-14天，期间污染风险一定要控制；
4. 细胞接种至6孔板是否继续进行细胞干预？决定于处理因素起作用的时间；。
肿瘤细胞软琼脂克隆形成实验
Soft Agar Colony Formation AssayDarren Carpizo, M.D.Overview: This assay is designed to assay a cell's ability to grow unattached to a surface and therefore suspended in agar. The assays are done in 6cm plates. A bottom layer of enriched media + agar is poured first (2.5ml), after solidifying this is followed by a layer containing a lower amount of agar and containing a specified number of cells (cell layer = 5ml), after solidifying a top layer is poured. The plates are placed in the incubator and after two weeks or so, colonies are counted by naked eye.1)Make sol'ns of 2X Iscove's Media (Gibco BRL, dissolve one 1L packet in 500ml of water)and filter sterilize, make about 100 ml of 1X by diluting the 2X, separate from this 100ml make 100 ml of 1X Iscove's containing 10% FBS2)Make Noble Agar (Difco) at 1.3% and place in 55° C water bath to keep in liquid phase3)Determine the number of sample pairs you will be making (a sample pair consists of oneplate control and one plate experimental. I usually made 4 sample pairs or an n of 4. Add one to this, so n of 4 +1 = 54)The bottom and top layer solutions are made as one and divided in half. The cell layersolution is made separately.5)Determine the volume of reagents that make up each of the above solutions according to thefollowing formula:Bottom/Top layer - 2X Iscove's 5ml X n sample pairs (5) = 25 mlFBS - 1ml X n sample pairs (5) = 5ml100X Glutamine .1 ml X n sample pairs = 0.5 ml1.3% Noble Agar - 5ml X n sample pairs = 25mlpour these volumes into a 50 ml conical and separate the total volume in 1/2 into one tube for the bottom and the other for the top**Do Not add the Agar until you are just ready to pour, so separate the total (without the agar) into a bottom and top tubes (the volume of agar that will be added to each will be12.5ml)Cell Layer media - 2X Iscove's 2 X n = 10ml1X Iscove's 4 X n = 20mlFBS 1 X n = 5ml100X glutamine 0.08 x n = .4 mlNoble agar 2 X n = 10ml (again do not add this until ready to pour)6)Pour 12.5 ml of 1.3% Noble agar to the bottom layer tube, mix thoroughly and pipette 2.5 mlto each of 8 plates, place in 37° C incubator7)Trypsinize cells, collect disattached cells and spin down, rususpend pellet in 5ml of 1XIscove's + 10% FBS for counting. Determine the conc of cells in cells/ml and then calculatethe volume of media that will yield 2 X 104 cells (one sample pair or n = 2 X 104 cells, or 1 X 104 cells/ 6cm plate)8)Add volume for 2 X 104 cells in a 15 ml Falcon tube containing 1 ml of 1x Iscove's media.Do this for n samples ( in this case 4 Falcon tubes, 2 control, 2 experimental)9)Add the volume of agar calculated for the cell layer to the tube containing the cell layersolution and mix thoroughly and add 9ml of the cell layer solution to each of the four Falcon tubes and mix thoroughly.10) Remove plates from incubator (bottom layer has solidified at this point) and add 5ml fromeach Falcon tube to each plate and allow to solidify for 30 min at RT.11)Add the last 12.5 ml of agar to the tube containing the top solution, mix throughly and pipette2.5ml to each plate.12)Place plates in incubator and remove when colonies can be seen with naked eye, (timingdepends of the tumorgenicity of the cell line but typically is around two weeks.13)To count colonies, take a digital picture of each 6cm plate by placing the plate on a light boxand using a digital gel photography set up. Print out a picture of each plate and manually count the number of colonies per plate. Determine the average number of colonies per plate for both control and experimental groups。