肠炎沙门菌随机扩增多态性DNA分子分型(一)

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肠道沙门菌的分离鉴定及其药敏分析

肠道沙门菌的分离鉴定及其药敏分析

国际 检验 医学杂志 21 1 02年 月第 3 卷 第 1 3 期 It a d,a u r 0 Z, L3 No 1 n JLb Me Jn ayZ 1 Vo 3, .


12 ・ 7

内 集 合 淋 巴结 和 孤立 淋 巴 滤 泡 , 淋 巴管 可 达 肠 膜 淋 巴 结 及 其 经
沙 门菌 属 是肠 杆 菌 科 中 的 一 个 重 要 菌 属 , 一 群 形 态 、 是 培
养 特 性 、 化 反 应 相 似 的 革 兰 阴性 杆 菌 。本 属 菌 种 繁 多 , 原 生 抗 结 构 复 杂 , 已 发 现 近 2 5 0个 血 清 型 , 国 已 发 现 近 2 0 现 0 中 0

16・ 2
讨 论

坠医学杂志21 年 1 0 2 月第 3 卷第 1 3 期 I IbM dJ ur 21 ,o 3 ,o 1 n J m e , na 2V 1 3 . t a y0 . N

(09)超过 1 6/0 , O万 的 有 2 5例 , 过 3 超 O万 有 8例 , 少 占 1 1 减 /o
131 标本处理 ..
养 后 , 种 于 木 糖 一 氨 酸 一 氧 胆 酸 琼 脂 培 养 基 ( L 平 板 接 赖 脱 X D) 3 7℃ 培 养 1 ~ 2 , 将 可 疑 菌 落 转 种 至 X D、 氏 双 糖 管 , 8 4h 再 L 克
才 能 引起 健 康 人 胃肠 炎 。原 因是 沙 门 菌 经 口腔 进 人 人 体 后 , 需 克 服 共 生 细 菌 的抑 制 和 小 肠 黏 膜 吞 噬 细胞 的 作 用 , 能 在 肠 道 才 大 量 繁 殖 , 而 引 起 局 部 微 绒 毛 变 性 、 膜 固 有 层 充 血 、 肿 和 进 黏 水 点 状 出血 等炎 性 反 应 , 导致 分 泌 物 增 加 , 使肠 蠕 动 增 快 , 重 并 严 感 染 者 可 发 生 呕 吐 、 泻 等 胃 肠 炎 症 状 。如 沙 门菌 直 接 侵 犯 肠 腹

食源性病原菌检测材料

食源性病原菌检测材料

食源性疾病是指通过摄食而进入人体的有毒有害物质(包括生物性病原体)等致病因子所造成的疾病。

一般可分为感染性和中毒性,包括常见的食物中毒、肠道传染病、人畜共患传染病、寄生虫病以及化学性有毒有害物质所引起的疾病。

当前食源性引起的疾病社会现象随着经济的全球化,食源性疾患的发病率居各类疾病总发病率的前列,食源性疾患对食品卫生造成严重影响,食品卫生与安全成为备受关注的热门话题。

近几年来,世界上一些国家和地区食品安全的恶性事件不断发生,随着食品加工过程中化学品和新技术的广泛使用,新的食品安全问题不断涌现。

尽管现代科技己发展到了相当水平,但食源性疾病不论在发达国家还是发展中国家,都没有得到有效的控制,仍然严重地危害着人民的健康,成为当今世界各国最关注的卫生问题之一。

因此,就食品安全问题本身的严峻性而言,重视并大力解决好这一问题依然迫在眉睫食源性疾病种类食源性疾病除最常见的食物中毒外,还包括经食物而感染的肠道传染病、食源性寄生虫病和有毒食物引起的中毒性疾病。

目前,已经了解的食源性疾病有250多种,其中以细菌、病毒和寄生虫等引起的最常见。

近两年多发的食源性疾病主要包括以下几大类:第一类是细菌及其毒素引起的。

这些细菌又可细分为病原菌引起肠道传染病,如志贺菌引起痢疾,霍乱弧菌引起的霍乱等;大肠杆菌、大肠埃希菌、葡萄球菌等病原菌引起的细菌性食物中毒;炭疽、猪链球菌和结核等病原菌引起的人畜共患病,其病原体可通过病畜的肉、奶或直接接触进入人体,引起人类患病。

第二类为病毒,常见的有引起甲肝流行的甲型肝炎病毒,1998年上海居民就因食入被甲型肝炎病毒污染的毛蚶而导致甲型肝炎爆发性流行;其次为引起婴幼儿秋季腹泻的常见病毒,如轮状病毒、柯萨奇病毒、腺病毒等。

第三类为真菌,典型的为黄曲霉素引起的急、慢性肝细胞坏死。

第四类为寄生虫及其虫卵,人食入了寄生虫及其虫卵污染的食物,如肝吸虫囊蚴、广州管圆线虫幼虫、蛔虫卵等,引起相应的寄生虫病,多数为人畜共患病。

脉冲场凝胶电泳技术在致病菌分型技术的应用

脉冲场凝胶电泳技术在致病菌分型技术的应用

脉冲场凝胶电泳技术在致病菌分型技术的应用脉冲场凝胶电泳(pulse-field gelelectrophoresis,PFGE),又称脉冲式交变电场电泳,该技术是将电泳电场方向交替性改变,并优化脉冲时间和其他条件,可以分辨凝胶中35~10 000 kb的DNA分子。

该方法应用于分子流行病学中,通过观察电泳条带的差异,为确定菌株之间的亲缘关系提供了可靠的技术手段。

该技术在致病菌溯源(细菌性传染性疾病溯源、细菌性食源性疾病溯源)、医院内感染流行监测等方面都有广泛的应用。

标签:脉冲场凝胶电泳;致病菌分型;致病菌溯源;院感监测[Abstract] Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE)is a new technique of gelelectrophoresis developed in1980’s. It can be used to separate large DNA molecules ranging from 35 to10 Mb. It has been widely applied to the pathogen molecular typing ,identification of species groups ,Source-tracking of pathogen and nosocomial infection surveillance.[Key words] PFGE;Pathogen molecular typing;Traceability pathogens;Hospital infection surveillance脉冲场凝胶电泳(pulse-field gelelectrophoresis,PFGE),又称脉冲式交变电场电泳,是上世纪80年代后期发展起来的一种新型的电泳技术,主要用来分离大分子量线性DNA。

传统的琼脂糖凝胶电泳技术仅能分离50 kb以下的DNA分子,对于超过50 kb的DNA分子,传统的琼脂糖凝胶其分子筛作用较弱,无法清晰分辨电泳条带[3]。

用PCR技术检测常见致病菌的临床应用

用PCR技术检测常见致病菌的临床应用

用PCR技术检测常见致病菌的临床应用吴许文;李沛樟;简仕铭【摘要】以聚合酶链反应(PCR)为基础的分子检测技术具有特异性强、灵敏度高、操作简便、耗时短的特点,此技术已越来越多地应用于致病菌的临床检测.大肠埃希菌(Escherichia coli、肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、沙门菌属(Salmonella)、志贺菌属(Shigella)等细菌是临床较为常见的致病菌,往往对患者造成严重的危害.本文主要讨论了PCR技术对以上常见致病菌检测的临床应用研究状况,并展望了应用前景.【期刊名称】《临床检验杂志》【年(卷),期】2013(031)006【总页数】3页(P442-444)【关键词】聚合酶链反应;常见致病菌;临床检测【作者】吴许文;李沛樟;简仕铭【作者单位】澳门镜湖医院检验科,中国澳门999078;澳门镜湖医院检验科,中国澳门999078;澳门镜湖医院检验科,中国澳门999078【正文语种】中文【中图分类】R446.5传统的致病菌检验与鉴定方法一般包括增菌培养、生化鉴定、免疫学技术检测和药敏试验等程序,费时费力,对某些培养条件要求苛刻的病原菌较难得出准确的结果。

因此,需要建立更可靠、快捷的检测手段,以协助医生尽早做出正确诊断并合理用药。

PCR自1985年问世以来,已发展出更多优良的扩增方法,如反转录PCR(reverse transcription PCR)、多重PCR(multiplex PCR)、随机扩增多态性DNA-PCR(random amplified polymorphic DNA-PCR)、实时荧光定量PCR(real-time PCR)等。

各种PCR技术均具有灵敏度高、特异性强、耗时短等特点,在临床微生物的快速检测、耐药机制研究等领域得到应用[1]。

本综述介绍PCR技术在几种常见病原菌临床检测中的应用情况,并探讨未来该领域的发展趋势。

微卫星标记

微卫星标记

鳗及其近交后代微卫星分子标记研究RAPD指纹方面的初步研究,但采用微卫星分子标记进行分析的研究还相对较少。

而微卫星分子标记方法在动植物育种上己经作为一种育种辅助标记广泛应用。

2遗传标记的发展及应用遗传标记(GelleticMarkers)是指与目标性状紧密连锁,同该性状共同分离可以明确反映遗传多态性的生物特征,是基因型特殊的可识别的表现形式,它是生物分类学、育种学、遗传学和物种起源与进化等研究的主要技术指标之一。

广义的遗传标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质,狭义的遗传标记概念只是指DNA分子标记(Parke:。

tal.,1998)。

理想的遗传标记一般必须达到以下几个要求: (1)具有高度的多态性;(2)共显性遗传,即利用分子标记可鉴别二倍体中杂合和纯合基因型;(3)能明确辨别等位基因;(4)遍布整个基因组;(5)除特殊位点的标记外,要求分子标记的位点均匀分布于整个基因组;(6)选择中性,即无基因多效性;(7)检测片段简单、快速,实验程序易自动化;(8)开发成本和使用成本尽量低廉;(9)在实验室内和实验室间重复性好,便于数据交换。

但是,目前发现的任何一种分子标记均不能满足以上所有要求(贾继增,1996;邱芳等,1998;赵淑清等,2000)。

遗传标记已作为一种辅助育种标记广泛应用于动、植物及其它领域。

从不同层次水平上看,它可分为形态学标记、细胞学标记、生化标记、分子标记四种2.1形态学标记形态学标记(MO甲hologicalmarkers)是指那些从表型上看显示遗传多态性的特征,即生物特征,如鱼的体高、体长、体色等。

由于形态学标记易观察、识别,因此它一直是选种、育种的重要标记,也是孟德尔遗传学创立的重要基础。

由自发突变或物理化学诱变均可获得具有特定优良性状的形态特征,通过人工选育工作使那些优良胜状稳定遗传下来,从而达到选育的目的和效果,自上个世纪80年代,我国科研工作者就开始采用形态学方法对鱼类种质资源鉴定进行研究,李思发等(1990) 对长江、珠江、黑龙江鳞、墉、草鱼种质资源进行了调查和研究。

腹泻病例中5种致泻性大肠埃希菌的分子分型研究

腹泻病例中5种致泻性大肠埃希菌的分子分型研究

分析检测腹泻病例中5种致泻性大肠埃希菌的分子分型研究王雪梅,张 苗(淄博市疾病预防控制中心,山东淄博 255206)摘 要:目的:对腹泻病例中致泻性大肠埃希菌(DEC)进行PCR毒力基因检测,了解其流行特征,通过脉冲场凝胶电泳确定菌株之间的相关性,为预防疾病提供技术支持。

方法:采集腹泻患者粪便,利用毛细管电泳仪对可疑DEC进行确认,收集患者信息,采用PFGE技术进行分子分型,用BioNumerics 软件进行聚类分析。

结果:检出的92例DEC阳性病例中,0~12岁患者15例;13~44岁患者60例;45~59岁患者9例;≥60岁患者8例。

92株DEC中共有89种带型,DNA条带相似度为9.36%~100.00%。

结论:不同年龄人群检出率有所差异,年龄在13~44岁检出率最高。

DEC菌株分子分型带型分散,呈现高度多态性。

关键词:致泻性大肠埃希菌;流行特征;脉冲场凝胶电泳Molecular Typing of Five Diarrheagenic Escherichia coliin Diarrhea CasesWANG Xuemei, ZHANG Miao(Zibo Center for Disease Control and Prevention, Zibo 255206, China) Abstract: Objective: PCR virulence gene detection of diarrheagenic Escherichia coli (DEC) in diarrhea cases was carried out to understand its epidemic characteristics. The correlation between strains was determined by pulsed field gel electrophoresis, provide technical support for disease prevention. Method: Collect feces from diarrhea patients, confirm suspicious DEC using capillary electrophoresis, collect patient information, use PFGE technology for molecular typing, and use BioNumerics software for cluster analysis. Result: Among the 92 DEC positive cases detected, there were 15 cases aged 0~12 years old; 60 patients aged 13~44; 9 cases detected between 45 and 59 years old; 8 patients ≥60 years old. 92 strains of DEC have a total of 89 band types, with a DNA band similarity of 9.36%~100.0%. Conclusion: The detection rate varies among different age groups, with the highest detection rate occurring between the ages of 13 and 44. The molecular typing bands of DEC strains are scattered and exhibit high polymorphism.Keywords: diarrheagenic Escherichia coli; popular characteristics; pulsed field gel electrophoresis大肠埃希氏菌是人体的正常菌群,后来人们发现某些大肠埃希菌可引起腹泻并在人群中流行,称为致泻大肠埃希菌(Diarrheagenic Escherichia coli,DEC)。

16S rRNA基因及16S~23S rRNA基因区间在临床细菌学检验中的应用

16S rRNA基因及16S~23S rRNA基因区间在临床细菌学检验中的应用

第39卷 第4期2003年12月青岛大学医学院学报ACTA ACADEMIAE MEDICINAE QIN G DAO UNIV ERSITATISVol.39,No.4December 2003[收稿日期]2002210218; [修订日期]2003202216[作者简介]毕春霞(19692),女,硕士,主管检验师。

16S rRNA 基因及16S ~23S rRNA 基因区间在临床细菌学检验中的应用毕春霞1,闫志勇2,王 斌2(1 青岛市市立医院检验科,山东青岛 266011; 2 青岛大学医学院微生物学教研室) 核糖体16S RNA (16S rRNA )为所有细菌所共有,其编码基因兼保守性和变异性于一身,素有细菌的“分子化石”之称。

通过对16S rRNA 基因保守区引物进行聚合酶链反应(PCR )扩增,可早期、快速判断细菌的存在与否,因此在临床细菌感染的检验中有较高的应用价值。

本文就细菌16SrRNA 基因的特征、在检测临床细菌感染中的应用,以及一种新方法———16S ~23S rDNA 区间序列在分类及鉴别细菌的应用研究等作一综述。

1 16S r RNA 基因及16S ~23S r RNA 基因区间的基本特征细菌的核糖体RNA 按沉降系数分3种,分别为5S 、16S 和23S 。

其编码基因(rDNA )的链长依次为3300、1540和120个核苷酸。

一般来说,原核生物基因组结构不像真核生物那样具有高度重复序列,但细菌中的rDNA 在染色体上却以多拷贝形式存在,且微生物中rDNA 的拷贝数与其生长速率相关,现已确知大肠杆菌中rDNA 的拷贝数是7,结核杆菌中为2,枯草杆菌是10,这就使针对细菌rRNA 基因进行的分子生物学检测具有较高的灵敏度。

rRNA 操纵子被转录成前rRNA 时包含以下几个成分(从5′→3′):16S 、区间、tRNA 、区间、23S 、区间和5S rDN A 序列[1]。

KPC酶研究进展

KPC酶研究进展

SUMMARY
如果临床菌株对第三、第四代头孢菌素"R",
厄他培南≥2μg/ml〔19-21mm>
*亚胺培南、美罗培南2-4μg/ml 〔16-
21mm>
应进行改良 Hodge 试验
对碳氢酶烯类抗生素敏感而Hodge 试验 〔+的菌 株,CLSI建议:报告MIC值,但不报告"S"
放映结束 感谢各位的批评指导!
肠杆菌属
注解
源于肺炎克雷伯菌的暴发流行 源于产酸克雷伯菌的散在发生
大肠埃希菌
沙门菌属 弗劳地枸橼酸杆菌
散在发生
沙雷菌属
铜绿假单胞菌– 哥伦比亚 &波多黎各
两株肺炎克雷伯菌的RAPD分析
对上海地区分离的肺炎克 雷伯菌〔A1500和XX地 区分离的肺炎克雷伯菌 〔K1做随机扩增的多态性 DNA〔 RAPD分析,证明 两株菌株不是同一克隆型
KPC酶的检测
实验室检测产KPC菌株
问题: 1> 一些菌株表现为低水平的碳氢酶烯类抗
生素耐药,甚至敏感
2> 有些自动化系统尚不能发现低水平耐药
产KPC菌株对亚胺培南的敏感性
No. of Isolates
60 40 20 0
≤1
S*
Im ipe ne mI
R
2
4
8
16
32
>32
12%的检测MIC菌(m株g/m对l) 亚胺培南敏感
KPC, SME, 肠杆菌科
IMI, NMC, (铜绿中报道较少) GES
Class B
IMP, VIM, 铜绿假单胞菌
(金属-b-内酰胺酶) GIM, SPM 肠杆菌科细菌
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肠炎沙门菌随机扩增多态性DNA分子分型(一)
【关键词】肠炎沙门菌;随机扩增多态性DNA(RAPD);分型
摘要:目的对不同来源的12株肠炎沙门菌分离株进行分子分型。

方法分别提取不同菌株基因组DNA,建立和优化随机扩增多态性DNA(RAPD)反应体系,试用22条随机引物对不同菌株进行RAPD扩增,筛选清晰稳定的扩增条带做统计分析。

结果筛选到OPG-03、OPG-06、OPG-07和OPG-13共4条随机引物具有鉴别作用,每一菌株均可扩增出4~10条DNA片段,大多数片段在100~2000bp之间,共扩增出42条RAPD条带,其中共有条带7条,多态性条带35条,多态性为833%。

不同来源的肠炎沙门菌分离株之间的遗传相似系数在426%~100%之间,在0850的相似性水平上可将12株肠炎沙门菌分离株分为5个不同的亚型。

结论应用RAPD技术在分子水平上对肠炎沙门菌进行鉴别和分型具有简便、快速和辨别能力高的优势,对肠炎沙门菌的分子流行病学研究具有较好的应用前景。

关键词:肠炎沙门菌;随机扩增多态性DNA(RAPD);分型ApplicationofRAPDinmoleculartypingSalmonellaenteritidisisolates
Abstract:ObjectiveMoleculartyping12strainsoftheSalmonellaenteritidisisolatedfromdifferentorigins.Metho dsThegenomicDNAofdifferentSalmonellaenteritisstrainswereextractedandrandomamplifiedpolym orphicDNA(RAPD)systemwasdevelopedandoptimized.22randomprimersweretestedtotheanalysiso n12strainsofSalmonellaenteritisisolatedfromdifferentsources,andtheclearandconstantfingerprints wereselectedforstatisticalanalysis.Results4effectiveprimersnamedOPG-03,OPG-06,OPG-07andOP G-13wereselected,withwhicheachstraincouldbeamplified4to10DNAfragmentsof100bp~2000bp.42RAPDbandswereamplified,833%ofthembeingpolymorphic.Thecomparativeresearchoft heclusteranalysisbasedontheRAPDbandsspectrashowedthatthesimilaritycoefficientbetweentwodi fferentstrainsvariedfrom426%to100%,and12Salmonellaenteritisstrainsinthisexperimentcouldbecl assifiedto5groupsaccordingtotheirgeneticrelationship.ConclusionUsingRAPDtosubtypeandcharact erSalmonellaenteritisatmolecularlevelismorerapidandsensitivethanothertypingmethods,whichind icatebroadfutureofapplication.
Keywords:Salmonellaenteritis;RAPD;type
菌株分型对肠炎沙门菌的流行病学调查,以及研究其感染和传播机制具有重要意义。

随机扩增多态DNA(RandomAmplifiedPolymorphicDNA,RAPD)具有操作简便、快速、敏感及不需先了解目的基因的核酸序列等优点,目前广泛应用于微生物的分子分型和鉴定、物种亲缘关系的确定及分子流行病学等领域的研究〔1-3〕。

本研究应用RAPD技术对12株不同来源的肠炎沙门菌进行分子分型,分析指纹图谱对其鉴别的价值并确定不同菌株间亲缘关系,为肠炎沙门菌食源性疾病预防控制和鉴别诊断提供新方法。

结果报告如下。

1材料与方法
11材料(1)菌株与来源:12株肠炎沙门菌分别来自病人分离株4株(菌株号为SEWX01~04),生猪肉分离株2株(菌株号为SEWX05,06),熟食样品分离株1株(菌株号为SEYZ08),鸡分离株3株(菌株号为SEYZ11~13),生鸡肉分离株2株(菌株号为SENT19,20)。

(2)酶与试剂:TaqDNA聚合酶,DNAMarker,dNTPs(大连宝生物工程有限公司);溶菌酶,蛋白酶K,RNA 酶,Sarkosyl(上海申能博彩生物工程公司);其他试剂均为国产分析纯。

(3)随机引物:22条随机引物(编号为OPG-01~OPG-22)由上海申能博彩生物工程公司合成,均为10bp,经筛选用于分型的共有4条,分别为:OPG-03:5'-AATCGGGCTG-3';OPG-06:5'-CGGCCCCTGC-3';OPG-07:5'-GGATCCTGAC-3';OPG-13:5'-CAGCTCCTGT-3'。

12方法
121基因组DNA提取挑取单菌落接种100ml乳糖发酵(LB)培养基,37℃震荡培养18h,4℃冷
却;6000r/min离心15min,去上清,用预冷三羟甲基氨甲烷(TE)缓冲液洗涤和重悬菌体至
3ml;加04ml溶菌酶(10g/L),37℃温浴10min;加04ml30%Sarkosyl溶液在70℃和37℃分别作用20和60min;加蛋白酶K,56℃作用2h;经苯酚多次抽提后加RNA酶37℃作用6h;苯酚抽提直至水相澄清;用无水乙醇沉淀,70%乙醇洗涤1次,自然干燥后溶解于1mlTE缓冲液。

取10μlDNA样品用1%的琼脂糖凝胶电泳,检测DNA的完整性;取50μlDNA稀释到500μl,测定吸光度A260nm和A280nm检验纯度并计算DNA浓度。

122PCR扩增在总体积为25μl的反应体系中包含基因组DNA50ng作为模板,25μl10×PCR反应缓冲液,25mmol/LMg2+,Taq酶15U,200μmol/LdNTPs,25pmol随机引物,双蒸水空白做阴性对照;循环参数为:93℃2min,36℃1min,72℃2min1次循环;93℃1min,36℃1min,72℃2min,40次循环;93℃1min,36℃1min,72℃10min1次循环。

扩增结束后取10μl产物在14%的琼脂糖凝胶上电泳(电压5V/cm)15h,经溴化乙锭(EB)染色后在凝胶成像系统上观察并拍照记录。

123RAPD多态性谱带确定与分析对12株肠炎沙门菌分离株进行RAPD扩增,每次实验重复2次,筛选多态性和重复性较好的扩增条带做统计分析。

将12个菌株对应的同一电泳迁移位置上扩增条带按"1"和"0"进行统计,建立数据矩阵。

按Nei等〔4〕公式F=2Nxy/(Nx+Ny)计算不同菌株间的遗传相似系数,其中F是菌株x和y的遗传相似系数,Nxy是菌株x和y共同具有的条带数,Nx是菌株x扩增的条带数,Ny是菌株y扩增的条带数。

根据遗传相似系数利用类平均法(UPGMA法)进行聚类分析。

2结果
21模板DNA提取(图1)纯度检测结果表明,提取的基因组DNA的A260nm/A280nm在18~20范围内,符合模板DNA的纯度要求。

基因组DNA的琼脂糖凝胶电泳结果表明,基因组DNA 条带均一,未见断裂和降解现象,DNA模板完整,可以用于RAPD分析。

M:DNAmarker(λDNA/HindⅢ);1:SEWX01;2:SEWX02;3:SEWX03;4:SEWX04;5:SEWX05;6:SEWX06;7: SEYZ08;8:SEYZ11;9:SEYZ12;10:SEYZ13;11:SENT19;12:SENT20
图1基因组DNA凝胶电泳结果(略)
22随机引物筛选(表1)利用22条随机引物分别对12株肠炎沙门菌基因组DNA进行RAPD扩增。

结果显示,随机引物OPG-01、OPG-02、OPG-04、OPG-10、OPG-19没有扩增出任何条带;随机引物OPG-05、OPG-08、OPG-09、OPG-11、OPG-12、OPG-14~OPG-18、OPG-20~OPG-22能够扩增出条带,但扩增的指纹图谱中没有多态性条带;而随机引物OPG-03、OPG-06、OPG-07、OPG-13条引物可以扩增出较好的多态性条带。

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