生存分析SPSS课件
【IBM-SPSS课件】生存分析与Cox模型

生存分析的方法
▪ ①參數方法,數據必須滿足相應的分佈。常用的參數模型有: 指數分佈模型、Weibull分佈模型、對數正態分佈模型、對數 Logistic分佈模型、gamma分佈模型。
▪ ②半參數方法,是目前非常流行的生存分析方法,相對而言, 半參數方法比參數方法靈活,比非參數方法更容易解釋分析結 果。常用的半參數模型為Cox模型。
▪ Kaplan-Meier 法—比較因數
Hale Waihona Puke ▪ Kaplan-Meier 法—保存
▪ Kaplan-Meier 法—選項
模組解讀 --- Cox回歸
▪ Cox回歸—定義事件
▪ Cox回歸—分類
▪ Cox回歸—繪圖
▪ Cox回歸—保存
▪ Cox回歸—選項
▪ Cox回歸—Bootstrap
生存時間具有:分佈類型不確定,一般表現為 正偏態分佈; 數據中常含有刪失數據。
(2)基本的概念②
▪ 完全數據:指從事件開始到事件結束,觀察對 象一直都處在觀察範圍內,我們得到了事件從 開始到結束的準確時間。
▪ 刪失數據:指在研究分析過程中由於某些原因 ,未能得到所研究個體的準確時間,這個數據 就是刪失數據,又稱為不完全數據。產生刪失 數據的原因有很多:在隨訪研究中大多是由於 失訪所造成;在動物實驗研究中大多由於觀察 時間已到,不能繼續下去所造成。
模組解讀 ---時間依存變數Cox 模型
模組解讀 ---時間依存變數Cox 模型
實例講解
▪ 例19.1:某醫院對114例男性胃癌患者術後生存 情況進行11年隨訪,據此計算男性胃癌患者術 後各年的生存率。具體數據見19-1.sav資料庫。
實例講解
▪ 例19.2:某醫院對44例某病患者隨機化分組後 ,一組為對照組,一組為實驗組,實驗組採用 某種干預措施,對照組不採用任何干預措施, 觀察患者生存時間。
SPSS生存分析PPT课件

5
Cox回归应用示例
• 例子:有一组关于肺癌患者生存时间的数据, 利用Cox回归模型辨认预测因素。
• 这组数据一共有九个变量,137个观测。 • 下面的表格是数据的变量名表。
• 选择status变量 送入状态框中。
• 单击定义事件按 钮。
9
Cox回归示例
• 在单值选项中填入0, 表示事件发生。
• 点击继续按钮。
10
Cox回归示例
• 选择therapy, cell, kps, diagtime, age, prior 作为协 变量。
• 在方法框中选择向 后:Wald项。
14
Cox回归示例
• GET • FILE='E:\生存分析数据\Cox回归分析.sav'. • COXREG time • /STATUS=status(0) • /CONTRAST (cell)=Indicator • /CONTRAST (therapy)=Indicator • /CONTRAST (prior)=Indicator • /METHOD=BSTEP(WALD) therapy cell diagtime
2
常用的生存时间函数
• 生存函数 S(t):个体生存时间长于t的概率 S(t)=P(个体生存时间长于t)
• 概率密度函数f(t): f(t)=lim P(个体在区间(t, t+△t)中死亡)/△t
△t→0
• 危险率函数h(t): h(t)=lim P (年龄为t的个体在(t, t+△t)中死
亡)/△t
SPSS生存分析过程

SPSS Survival(生存分析)菜单SPSS Survival菜单包括Life Tables过程、Kaplan-Meier过程、Cox Regression过程、Cox w/Time-Dep Cov过程。
这里只介绍Life Tables过程和Kaplan-Meier过程。
Life Tables过程Life Tables过程用于:1、估计某生存时间的生存率。
2、绘制各种曲线如生存函数、风险函数曲线等。
3、对某一研究因素不同水平的生存时间分布进行比较,控制另一因素后对研究因素不同水平的生存时间分布进行比较,包括从总体上比较和不同水平之间进行两两比较。
一、建立数据文件定义两个列变量:时间变量:取名“time”,label标上“survival time(week)”。
生存状态变量:取名“status”,并赋值:0=“删失”,1=“死亡”。
二、操作过程从菜单选择1、Analyze==>Survival ==>Life Tables2、Time框:选入time3、Display Time Intervals框:在by前面的框内填入生存时间上限,本例填入20(此区间必须包括生存时间的最大值);在by后面的框内填入生存时间的组距,本例填入5,以保证结果列出“15-”的组段。
4、Status框:选入status;击define events钮,在single value框右边的空格中输入15、单击Option按钮,弹出对话框:Life Table(s) 输出寿命表,系统默认Plots: 选Survival(累积生存函数曲线)击Continue6、单击OK钮附:界面说明图1 寿命表主对话框【Time】框选入生存时间变量。
【Display Time Intervals】框欲输出生存时间范围及组距。
在by前面的框内填入生存时间上限,本例填入200(此区间必须包括生存时间的最大值);在by后面的框内填入生存时间的组距,本例填入20,以保证结果列出“100-”的组段。
《生存分析SPSS单因素和多因素对生存率的可能分析》PPT模板课件

1
51 48 1 0 0 1 0 120
0
52 72 0 1 0 1 0 24
1
53 42 0 0 0 1 0
2
1
54 63 1 0 1 1 0 120
0
55 55 0 1 1 0 0 12
1
56 39 0 0 0 1 0
5
1
57 44 0 0 0 1 0 120
0
58 42 1 1 1 0 0 120
生存分析SPSS单因素和多因素对生存率的 可能分析
(Excellent handout training template)
生存分析的理论复习
1. 何为生存分析?
生存分析(survival analysis)是将事件的结果(终点事件)和 出现结果经历的时间结合起来分析的一种统计分析方法。
2. 生存分析的目的:
.0%
100.0%
2-1.模型检验(全变量模型)
模 型 系 数 的 综 合 a , b测 试
倍对整 数体 (得分 从) 上一步骤开始 从更 上改 一块开始更改
似然值 卡方 df Sig.卡方 df Sig.卡方 df Sig.
.02 50 2.174
6.02 01 3.942
6.02 01 1.942
o
g
o
Kaplan-Meier 过程
Kaplan-Meier过程用于(尤其小样本资料): 1. 估计各生存时间的生存率以及中位生存时间。 2. 绘制各种曲线:如生存函数、风险函数曲线等。 3. 比较某研究因素不同水平的生存时间有无差异。 4. 控制某个分层因素后对研究因素不同水平的生存时间
分布进行比较。 5. 对多组生存时间分布进行两两比较。 (各总体分布比较采用Log-rank等非参数方法)
SPSS统计分析(第6版)(高级版)教学课件SPSS 第8章 生成分析

Cox 依时协变量回归分析实例输出结果1
Time与PR1_1的散点图
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Cox 依时协变量回归分析实例输出结果2
处在编辑状态的散点图
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Cox 依时协变量回归分析实例输出结果3
添加拟合线的散点图
返回目录
Cox 依时协变量回归分析实例输出结果4
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习题8及答案(答案略)
1. 什么是寿命表和Cox模型? 2. data19-05数据为3期和4期黑瘤患者的数据,其中:id变量为编号,
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Kaplan-Meier分析概述
对于Kaplan和Meier(1958年)所提出的估 计生存函数的乘积限(Product-Limit,PL)方法, 很多作者也把它称为寿命表估计,二者的差别是: PL估计是基于一个个的数据,而寿命表估计是 基于按区间分组数据。PL估计可看成是寿命表 估计的特殊情形。
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Cox 回归分析实例输出结果1
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Cox 回归分析实例输出结果2
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Cox 回归分析实例输出结果3
模型系数综合检验
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Cox 回归分析实例输出结果3
进入方程变量的统计量
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Cox 回归分析实例输出结果3
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Cox依时协变量回归模型分析
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Cox依时协变量回归模分类协变量对话框
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Cox 回归分析过程
Cox模型图形对话框
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Cox 回归分析过程
保存Cox模型新变量对话框
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Cox 回归分析过程
Cox模型选项对话框
Bootstrap对话框
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Cox回归分析实例
第17章spss21教程完整版

•
17.2.2 实例分析
1.参数设置 选择菜单“分析→生存函数→寿命表”,则弹出如图17-6所示对话框,此对话框用 于生命表分析过程中的参数设置。 如图17-6所示,选入变量Months with service到“时间”变量框中,其下的“显示 时间间隔”选项栏中,设置到为60,步长为3。选中变量Churn within last month到“状 态”变量框中。选中变量custcat到“因子”变量框。
17.3 Kaplan-Meier分析
17.3.1 Kaplan-Meier分析的步骤 选择菜单“分析→生存函数→Kaplan-Meier。 1.时间选项 此选项用于选中生效时间变量。 2.状态选项 此选项用于选入生存状态变量。选入变量后,系统会自动激活“定义事 件”按钮,单击此按钮,则会弹出图17-14所示对话框。 • 单值:当生存状态为二元变量时,选中此项,并在后面的输入框中指定状 态变量的代表事件发生的取值即可。
(2)因子水平的线性趋势选项 此栏用于指定分组因素各水平之间的线性趋势检验。 (3)图17-15最后的一组单选框用来指定进行总体比较还是两两比较,以及分层变量的 处理方式,各选项含义如下所述。 • • • • 在层上比较所有因子水平:对各因素变量取值水平下的生存曲线作整体比较,此为 默认选项。 对于每层:按照分层变量的不同取值,对每一层分别进行因素变量各取值水平间的 整体比较,如果没有指定分层变量,则不会输出。 在层上成对比较因子水平:作因素变量各水平之间的两两比较。对线性趋势检验无 效。 为每层成对比较因子水平:按照分层变量的不同取值,对每一层分别进行因素变量 各取值水平间的两两比较。对线性趋势检验无效。
① 协变量栏:用于存放选入的所有分类协变量。 ② 分类协变量栏:用于选入指定为分类变量的协变量,变量名后的括号里显示的是正 在使用的对照方法。 ③ 更改对比栏:此栏用于设置对指定协变量的对照方式,修改后,可以单击“要改” 按钮以确认。Contrast下拉菜单有7种对照方式,具体如下所示。 • 指示符:用于指示是否属于某一个分类; • 简单:用于预测变量的每个分类都与参考分类进行比较; • 差值:除了第一类外,预测变量的每个分类都与前面所有分类的平均效应进行比较; • Helmert比较:除了最后一类外,预测变量的每个分类都与其后面的所有分类的平均 效应进行比较; • 重复比较:除了第一类外,预测变量的每个分类都与前面所有分类进行比较; • 多项式:此方法假设各类别间距相等,仅适用于数值型变量; • 偏差:预测变量的每个分类都与总体效应进行比较。 ④ 参考类别:此栏用于指定参考分类。如果选择了指示符、简单、偏差方法,则需要 指定一个参考类别,可以选择:First(第一类)和Last(最后一类),系统默认为 Last。
生存分析(管理统计学与SPSS 16.0应用课件)

10.1.4 生存分析的方法
• 参数法
– 观察的生存时间t服从某一特定的分布 – 估计分布中的参数获得生存率的估计值 – 生存时间的分布可能为指数分布、Weibull分布、对数正态分布等
• 这些分布曲线都有相应的生存函数形式,只需求得相应参数的估计 值,即可获得估计值和曲线
• 基本思想
– 将观测区间划分为很多小的时间区间,对每一个区间所估计的概 率都用来估计事件发生在不同的时间点上的概率
• 原理
– 某一个期望观测到的在[ x, x 1]岁间的死亡个数等于实际死亡个 数,即
E ( Dx ) S i ri qx ri d x
i 1
nx
si ri qx ri ( si ri )qx
• 寿命表的由来
–格兰特于1662年完成《关于死亡表的自然和政 治的观察》(简称(死亡率表)),提出了寿命表 概念
• 基本思想
–将观测区间划分为很多小的时间区间,对每一 个区间所估计的概率都用来估计事件发生在不 同的时间点上的概率
10.2.1 寿命表分析
• 寿命表的由来
– 格兰特于1662年完成《关于死亡表的自然和政治的观察》(简称 (死亡率表)),提出了寿命表概念
管理统计学
2010年
10 生存分析
10.1 基本概念 10.2 寿命表分析 10.3 Kaplan-Meier分析 10.4 Cox 回归分析
10.1.1 基本术语
• 失效时间:也被称为“死亡”事件或失败事件, 表示观察到随访对象出现了我们所规定的结局 • 截尾(删失)值:当观察对象的资料不能提供完 全的信息时,这些对象的观察值称为截尾值(或 删失),常用符号“+”表示 • 生存时间:即随访观察持续的时间,按失效事件 发生或失访前最后一次的随访时间记录,常用符 号t表示 • 生存率:生存概率,指某个观察对象活过 时刻的 概率,常用 p( X t )表示
SPSS(7)生存分析

第十四章生存分析在临床诊疗工作的评价中,慢性疾病的预后一般不适合用治愈率、病死率等指标来考核,因为其无法在短时间内明确判断预后情况,为此,只能对患者进行长期随访,统计一定时期后的生存或死亡情况以判断诊疗效果。
这就是生存分析。
第一节Life Tables过程14.1.1 主要功能调用此过程时,系统将采用即寿命表分析法,完成对病例随访资料在任意指定时点的生存状况评价。
14.1.2 实例操作[例14-1]用中药+化疗(中药组,16例)和单纯化疗(对照组,10例)两种疗法治疗白血病患者后,随访记录存活情况如下所示,试比较两组的生存率。
中药组对照组随访月数是否死亡随访月数是否死亡10 21213 18 6 19 26 9 8 6 43 9 4 31 24 否是是否否是是否是是是是否否21371161113177是否是是否否否否否14.1.2.1 数据准备激活数据管理窗口,定义变量名:随访月数的变量名为TIME,是否死亡的变量名为DEATH,分组(即中药组与对照组)的变量名为GROUP。
输入原始数据:随访月数按原数值;是否死亡的,是为1,否为0;分组的,中药组为1,对照组为2。
14.1.2.2 统计分析激活Statistics菜单选Survival中的Life Tables...项,弹出Life Tables对话框(图14.1)。
从对话框左侧的变量列表中选time,点击 钮使之进入time框;在Display Time Intervals栏中定义需要显示生存率的时点,本例要求从0个月显示至48个月,间隔为2个月,故在0 through框中输入48,在by框中输入2。
选death,点击 钮使之进入Status框,点击Define Event...钮弹出Life Tables:Define Event for Status Variable对话框,在Single value栏中输入1,表明death = 1为发生死亡事件者;点击Continue钮返回Life Tables对话框。
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三、主要输出结果
1. 10月生存率的估计:
甲法 48%,标准误 0.1
乙法 30%,标准误 0.1 2. 两组的中位生存期估计:
3. 绘制生存曲线:
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4. 两组生存时间分布的比较:
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Kaplan-Meier 过程
Kaplan-Meier过程用于(尤其小样本资料):
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一、建立数据文件(data-01.sav)
定义5个变量:
生存时间变量:t,值标签“生存时间(月)”
生存状态变量 :status,取值“1=死亡,0=删失或存活” 频数变量:freq,值标签“人数” 分组变量:group,取值“1=甲组,2=乙组” 生存时间序号变量(可无):i
二、操作过程
2)
√
水平间的两两比较。
6. 单击Save按钮,弹出保存新变量Save new variables 对话框:
√ √
三、主要输出结果
1. 生存表: 略 2. 两组的中位生存期估计:
3. 绘制生存曲线:
4. 两组生存时间分布的比较:
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Cox回归过程
Cox回归过程用于: 1. 多个因素对生存时间的影响作用分析和比较
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一、建立数据文件(同前)
二、操作过程
主菜单:分析Analyze生存SurvivalKaplan-Meier
对话框参数设置: 1. 时间time框:选入 “t”。 2. 状态status框:选入“status”,击define events 钮,在single value 框填入“1”。 3. 因子factor框:选入“group”。 4. 单击选项option按钮,弹出对话框: 1)统计量: √生存分析表,系统默认。 √ 均值和中位生存时间,系统默认。 2)图: √生存函数 5. 单击比较因子Compare Factor按钮,弹出对话框: 1)检验统计量Test Statistics: 都用于检验时间分布是否相同。 √对数秩Log-rank:各时间点的权重一样。 Breslow:按各时间点的观察例数赋权。 Tarone-Ware:按各时间点观察例数的平方根赋权。
生存分析(Survival Analysis)菜单
寿命表(Life Tables)过程
Life tables 过程用于(小样本和大样本资料):
1. 估计某生存时间的生存率,以及中位生存时间。
2. 绘制各种曲线:如生存函数、风险函数曲线等。 3. 对某一研究因素不同水平的生存时间分布的比较。 4. 控制另一个因素后对研究因素不同水平的生存时间分 布的比较。 5. 对多组生存时间分布进行两两比较。 (比较总体生存时间分布采用wilcoxon检验)
实例分析
例1:为了比较不同手术方法治疗肾上腺肿瘤的疗效, 某研究者随机将43例病人分成两组,甲组23例、乙组20 例的生存时间(月)如下所示:
其中有“+”者是删失数据,表示病人仍生存或失访,括号内为死亡人数。
(1)计算甲、乙两法术后10月的生存率和标准误。 (2)估计两组的中位生存期。 (3)绘制各组生存函数曲线。 (4)比较两组的总体生存时间分布有无差别。
实例分析
例2:(数据同例1)为了比较不同手术方法治疗肾上腺 肿瘤的疗效,某研究者随机将43例病人分成两组,甲组 23例、乙组20例的生存时间(月)如下所示:
其中有“+”者是删失数据,表示病人仍生存或失访,括号内为死亡人数。
(1)计算甲、乙两法各生存时间的生存率和标准误。 (2)估计两组的中位生存期。 (3)绘制各组生存函数曲线。 (4)比较两组的总体生存时间分布有无差别。
2. 生存(或死亡)风险预测
实例分析
例3:为探讨某恶性肿瘤的预后,某研究者收集了63 例患者的生存时间、生存结局及影响因素。影响因素 包括病人年龄、性别、组织学类型、治疗方式、淋巴 结转移、肿瘤浸润程度,生存时间以月计算。变量的 赋值和所收集的资料分别见表17-8和表17-9。试用 Cox回归模型进行分析。
生存分析SPSS过程
(SPSS of Survival Analysis)
生存分析的理论复习
1. 何为生存分析?
生存分析(survival analysis)是将事件的结果(终点事件) 和出现结果经历的时间结合起来分析的一种统计分析方法。
2. 生存分析的目的:
(1)描述生存过程:估计不同时间的总体生存率,计算中位生存期, 绘制生存函数曲线。统计方法包括 Kaplan-Meier ( K-M )法、 寿命表法。 (2)比较:比较不同处理组的生存率,如比较不同疗法治疗脑瘤的 生存率,以了解哪种治疗方案较优。统计方法log-rank检验等。 (3)影响因素分析:研究某个或某些因素对生存率或生存时间的影 响作用。如为改善脑瘤病人的预后,应了解影响病人预后的主 要因素,包括病人的年龄、性别、病程、肿瘤分期、治疗方案 等。统计方法cox比例风险回归模型等。 (4)预测:建立cox回归预测模型。
1. 估计各生存时间的生存率以及中位生存时间。
2. 绘制各种曲线:如生存函数、风险函数曲线等。 3. 比较某研究因素不同水平的生存时间有无差异。 4. 控制某个分层因素后对研究因素不同水平的生存时间 分布进行比较。 5. 对多组生存时间分布进行两两比较。 (各总体分布比较采用Log-rank等非参数方法)
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二、操作过程
主菜单:分析Analyze生存Survival寿命表Life tables
对话框参数设置: 1. 时间time框:选入 “t”。 2. 显示时间间隔Display time intervals框:步长by前面填入最大生存时 间的上限(必须包括生存时间最大值),步长by后面填入生存时 间的组距。本例上限填“60”,组距填“1”。 3. 状态status框:选入“status”,击define events 钮,在single value 框填入“1” 4. 因子factor框:选入“group”,定义最小值“1”,最大值“2”。 5. 单击选项option按钮,弹出对话框: 1)√寿命表,系统默认。 2)图: √生存函数 3)比较第一个因子的水平: √整体比较