已发表基因组动植物分类-20120725
已完成基因组测序的生物(植物部分)分析解析
水稻、玉米、大豆、甘蓝、白菜、高粱、黄瓜、西瓜、马铃薯、番茄、拟南芥、杨树、麻风树、苹果、桃、葡萄、花生拟南芥籼稻粳稻葡萄番木瓜高粱黄瓜玉米栽培大豆苹果蓖麻野草莓马铃薯白菜野生番茄番茄梨甜瓜香蕉亚麻大麦普通小麦西瓜甜橙陆地棉梅毛竹桃芝麻杨树麻风树卷柏狗尾草属花生甘蓝物种基因组大小和开放阅读框文献Sesamum indicum L. Sesame 芝麻（2n = 26）293.7 Mb, 10,656 orfs 1Oryza brachyantha短药野生稻261 Mb, 32,038 orfs 2Chondrus crispus Red seaweed爱尔兰海藻105 Mb, 9,606 orfs 3Pyropia yezoensis susabi-nori海苔43 Mb, 10,327 orfs 4Prunus persica Peach 桃226.6 of 265 Mb 27,852 orfs 5Aegilops tauschii 山羊草（DD） 4.23 Gb (97% of the 4.36), 43,150 orfs 6Triticum urartu 乌拉尔图小麦（AA） 4.66 Gb (94.3 % of 4.94 Gb, 34,879 orfs 7moso bamboo (Phyllostachys heterocycla) 毛竹 2.05 Gb (95%) 31,987 orfs 8Cicer arietinum Chickpea鹰嘴豆~738-Mb，28,269 orfs 9 520 Mb (70% of 740 Mb), 27,571 orfs 10Prunus mume 梅280 Mb, 31,390 orfs 11Gossypium hirsutum L.陆地棉 2.425 Gb 12Gossypium hirsutum L. 雷蒙德氏棉761.8?Mb 13Citrus sinensis甜橙87.3% of ~367 Mb, 29,445 orfs 14甜橙367 Mb 15Citrullus lanatus watermelon 西瓜353.5 of ~425 Mb (83.2%) 23,440 orfs 16Betula nana dwarf birch，矮桦450 Mb 17Nannochloropsis oceanica CCMP1779微绿球藻（产油藻类之一）28.7 Mb，11,973 orfs 18Triticum aestivum bread wheat普通小麦17 Gb, 94,000 and 96,000 orfs 19Hordeum vulgare L. barley 大麦 1.13 Gb of 5.1 Gb，26,159 high confidence orfs，53,000 low confidence orfs 20Gossypium raimondii cotton 雷蒙德氏棉 D subgenome,88% of 880 Mb 40,976 orfs 21Linum usitatissimum flax 亚麻302 mb (81%), 43,384 orfs 22Musa acuminata banana 香蕉472.2 of 523?Mb, 36,542 orfs 23Cucumis melo L. melon 甜瓜375 Mb（83.3%）27,427 orfs 24Pyrus bretschneideri Rehd. cv. Dangshansuli 梨（砀山酥梨）512.0 Mb (97.1%), 42,812 orfs 25,26Solanum lycopersicum 番茄760/900 Mb，34727 orfs 27S. pimpinellifolium LA1589野生番茄739 MbSetaria 狗尾草属（谷子、青狗尾草）400 Mb，25000-29000 orfs 28,29Cajanus cajan pigeonpea木豆833 Mb，48,680 orfs 30Nannochloropis gaditana 一种海藻~29 Mb, 9,052 orfs 31Medicago truncatula蒺藜苜蓿350.2 Mb, 62,388 orfs 32Brassica rapa 白菜485 Mb 33Solanum tuberosum 马铃薯0.73 Mb,39031 orfs 34Thellungiella parvula条叶蓝芥13.08 Mb 29,338 orfs 35Arabidopsis lyrata lyrata 玉山筷子芥? 183.7 Mb, 32670 orfs 36Fragaria vesca 野草莓240 Mb，34,809 orfs 37Theobroma cacao 可可76% of 430 Mb, 28,798 orfs 38Aureococcus anophagefferens褐潮藻32 Mb, 11501 orfs 39Selaginella moellendorfii江南卷柏208.5 Mb, 34782 orfs 40Jatropha curcas Palawan麻疯树285.9 Mb, 40929 orfs 41Oryza glaberrima 光稃稻（非洲栽培稻）206.3 Mb (0.6x), 10 080 orfs (>70% coverage) 42Phoenix dactylifera 棕枣380 Mb of 658 Mb, 25,059 orfs 43Chlorella sp. NC64A小球藻属40000 Kb, 9791 orfs 44Ricinus communis蓖麻325 Mb, 31,237 orfs 45Malus domestica (Malus x domestica)苹果742.3 Mb 46Volvox carteri f. nagariensis 69-1b一种团藻120 Mb, 14437 orfs 47Brachypodium distachyon 短柄草272?Mb，25,532 orfs 48Glycine max cultivar Williams 82栽培大豆 1.1 Gb, 46430 orfs 49Zea mays ssp. Mays Zea mays ssp. Parviglumis Zea mays ssp. Mexicana Tripsacum dactyloides var. meridionale 无法下载附表50Zea mays mays cv. B73玉米 2.06 Gb, 106046 orfs 51Cucumis sativus 9930 黄瓜243.5 Mb, 63312 orfs 52Micromonas pusilla金藻21.7 Mb, 10248 orfs 53Sorghum bicolor 高粱697.6 Mb, 32886 orfs 54Phaeodactylum tricornutum 三角褐指藻24.6 Mb, 9479 orfs 55Carica papaya L. papaya 番木瓜271 Mb (75%), 28,629 orfs 56Physcomitrella patens patens小立碗藓454 Mb, 35805 orfs 57Vitis vinifera L. Pinot Noir, clone ENTAV 115葡萄504.6 Mb, 29585 orfs 58Vitis vinifera PN40024葡萄475 Mb 59Ostreococcus lucimarinus绿色鞭毛藻13.2 Mb, 7640 orfs 60Chlamydomonas reinhardtii 莱茵衣藻100 Mb, 15256 orfs 61Populus trichocarpa黑三角叶杨550 Mb, 45000 orfs 62Ostreococcus tauri 绿藻12.6 Mb, 7892 orfs 63Oryza sativa ssp. japonica 粳稻360.8 Mb, 37544 orfs 64Thalassiosira pseudonana 硅藻25 Mb, 11242 orfs 65Cyanidioschyzon merolae 10D红藻16.5 Mb, 5331 orfs 66Oryza sativa ssp. japonica粳稻420 Mb, 50000 orfs 67Oryza sativa L. ssp. Indica籼稻420 Mb, 59855 orfs 68Guillardia theta -蓝隐藻，551 Kb, 553 orfs 69Arabidopsis thaliana Columbia拟南芥119.7 Mb, 31392 orfs 70参考文献1 Zhang, H. et al. Genome sequencing of the important oilseed crop Sesamum indicum L. Genome Biology 14, 401 (2013).2 Chen, J. et al. Whole-genome sequencing of Oryza brachyantha reveals mechanisms underlying Oryza genome evolution. Nat Commun 4, 1595 (2013).n, J. et al. 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已基因组测序物种
已完成植物基因组测序情况（更新至2014年11月）中文名拉丁名发表时间刊物科、属基因组大小拟南芥Arabidopsis thaliana 2000.12 Nature 十字花科、鼠耳芥属125M水稻Oryza sativa. ssp. indica 2002.04 Science 禾本科、稻属466M水稻Oryza sativa. ssp.japonica2002.04 Science 禾本科、稻属466M杨树Populus trichocarpa 2006.09 Science 杨柳科、杨属480M 葡萄Vitis vinifera 2007.09 Nature 葡萄科、葡萄属490M衣藻Chlamydomonasreinhardtii2007.01 Science 衣藻科、衣藻属130 M小立碗藓Physcomitrella pattens 2008.01 Science 葫芦藓科、小立碗藓属480M 番木瓜Carica papaya 2008.04 Nature 番木瓜科、番木瓜属370M 百脉根Lotus japonicus 2008.05 DNA Res. 豆科472 Mb三角褐指藻Phaeodactylumtricornutum2008.11 Nature 褐指藻属27.4M高粱Sorghum bicolor 2009.01 Nature 禾本科、高粱属730M 玉米Zea mays ssp. mays 2009.11 Science 禾本科、玉米属2300M 黄瓜Cucumis sativus 2009.11 Nature Genetics 葫芦科、黄瓜属350M 大豆Glycine max 2010.01 Nature 豆科、大豆属1100M二穗短柄草Brachypodiumdistachyon2010.02 Nature 禾本科、短柄草属260M褐藻Ectocarpus 2010.06 Nature 水云属196M 团藻Volvox carteri 2010.07 Science 团藻属138M蓖麻Ricinus communis 2010.08 NatureBiotechnology大戟科、蓖麻属350M小球藻Chlorella variabilis 2010.09 Plant Cell 小球藻科46M苹果Malus × domestica 2010.09 Nature Genetics 蔷薇科、苹果属742M森林草莓Fragaria vesca 2010.12 Nature Genetics 蔷薇科、草莓属240M可可树Theobroma cacao 2010.12 Nature Genetics 梧桐科、可可属430-Mb 野生大豆Glycine soja 2010.12 PNAS 豆科、大豆属915.4 Mb褐潮藻类Aureococcusanophagefferens2011.02 PNAS 57M麻风树Jatropha curcas 2010.12 DNA Res. 大戟科、麻风树属410M 卷柏Selaginella moellendorffii 2011.05 Science 卷柏属212M枣椰树Phoenix dactylifera 2011.05 Naturebiotechnology棕榈科685M琴叶拟南芥Arabidopsis lyrata 2011.05 Nature Genetics 十字花科、鼠耳芥属206.7 Mb 马铃薯Solanum tuberosum 2011.07 Nature 茄目、茄科、茄属844M条叶蓝芥Thellugiella parvula 2011.08 Nature Genetics 盐芥属140M白菜Brassica rapa 2011.08 Nature Genetics 十字花科、芸薹属485M 印度大麻Cannabis sativa 2011.1 Genome biology 大麻属534M木豆Cajanus cajan 2011.11 Naturebiotechnology豆科、木豆属833M蒺藜苜蓿Medicago truncatula 2011.11 Nature 豆科苜蓿属500M 蓝载藻Cyanophora paradoxa 2012.02 Science 灰胞藻门70M谷子Setaria italica 2012.05 Naturebiotechnology禾本科、狗尾草属490M谷子Setaria italica 2012.05 Naturebiotechnology禾本科、狗尾草属预估510M，组装出400M番茄Solanum lycopersicum 2012.05 Nature 茄科、茄属900Mb 甜瓜Cucumis 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Gb蝴蝶兰Phalaenopsis equestris2014.11 Nature Genetics 兰科、蝴蝶兰属 1.16 Gb。
生物分类图表
尾索动物亚门
尾海鞘纲
住囊虫、巨尾虫
海鞘纲
乳突皮海鞘、柄海鞘
樽海鞘纲
小海樽、磷海鞘
头索动物亚门
头索纲
鳃口科
文昌鱼
脊椎动物亚门
圆口纲
鱼纲
两栖纲
四足类
恒温动物
羊膜类
爬行纲
鸟纲
哺乳纲
原兽亚纲
单孔目
鸭嘴兽科
针鼹科
后兽亚纲
有袋目
真兽亚纲
食虫目
皮翼目
翼手目
贫齿目
鳞甲目
复齿目（兔形目）
啮齿目
食肉目
生物分类图表
生物
域
界
门
纲
目
科
属
种
非细胞生命形态
病毒
DNA病毒
细胞生命形态
原核生物
细菌
杆菌、球菌弧菌、螺旋菌、乳酸菌
蓝藻
发菜
放线菌
链霉菌
土壤泥腥味
立克次氏体
支原体
衣原体
真核生物
界
门
纲
原生生物
甲藻门
金藻门
（硅藻）
裸藻门
（眼虫藻）
（动植物的原祖）
粘菌门
（粘菌）
原生动物门
肉足虫纲
鳍足目
鲸目
偶蹄目
奇蹄目
蹄兔目
长鼻目
海牛目
管齿目
树鼩目
象鼩目
灵长目
原猴亚目
猴类
原始的猴类
简鼻亚目类人猿亚目
眼镜猴科
卷尾猴科
青猴科
僧面猴科
蜘蛛猴科
猴科
人猿类
长臂猿科
猩猩科
人科
生物学中的动植物分类与演化
生物学中的动植物分类与演化一、动植物分类1.生物分类等级：生物分类等级从大到小依次为：界、门、纲、目、科、属、种。
2.动植物分类依据：生物的形态结构、生理功能、生活习性等特征。
3.植物分类：根据植物的形态结构特点，将植物分为种子植物和孢子植物。
种子植物包括裸子植物和被子植物；孢子植物包括蕨类植物、苔藓植物和藻类植物。
4.动物分类：根据动物的内部构造和生理功能特点，将动物分为无脊椎动物和脊椎动物。
无脊椎动物包括原生动物、腔肠动物、扁形动物、线形动物、环节动物、软体动物和节肢动物；脊椎动物包括鱼类、两栖类、爬行类、鸟类和哺乳类。
二、生物演化1.生物进化理论：生物进化是指生物在长时间内逐渐发生的遗传变化，从而使生物种类和数量发生变化。
生物进化理论主要包括：种群遗传学、自然选择、基因流和基因漂变等。
2.生物化石：生物化石是保存在地层中的古生物遗骸或遗迹。
通过对生物化石的研究，可以了解古生物的形态结构和生活习性，推测生物的演化过程。
3.生物演化历程：从原始生命到原始单细胞生物，再到原始的无脊椎动物和脊椎动物，最后演化出现代的各类生物。
4.生物适应性：生物在演化过程中，逐渐形成了对环境的适应性。
适应性包括形态结构、生理功能和生活习性等方面的适应。
5.生物多样性的形成：生物在演化过程中，由于地理隔离、生态环境的差异等原因，逐渐形成了多样的生物种类。
6.生物演化证据：比较解剖学、古生物学、分子生物学等证据均表明生物在演化过程中，由简单到复杂、由低等到高等逐渐演化而来。
7.人类起源与演化：人类起源于非洲，经过长期的演化，逐渐形成了现代人类。
人类演化的重要事件包括：直立行走、大脑发育、语言产生等。
三、生物分类学与生物地理学1.生物分类学：研究生物分类体系和分类方法，以及生物分类单位的划分和命名。
2.生物地理学：研究生物的地理分布规律、生物区系形成和演变的历史，以及生物地理分布与生态环境的关系。
四、生物演化机制1.自然选择：自然选择是生物进化的重要机制，是指生物在生存斗争中，适应环境的个体能够生存下来并传递基因给后代，不适应环境的个体被淘汰。
动植物分类表
动植物分类表一、以植物茎的形态来分类1.乔木有一个直立主干、且高达5米以上的木本植物称为乔木。
与低矮的灌木相对应，通常见到的高大树木都是乔木，如木棉、松树、玉兰、白桦等。
乔木按冬季或旱季落叶与否又分为落叶乔木和常绿乔木。
2.灌木主干不明显，常在基部发出多个枝干的木本植物称为灌木，如玫瑰、龙船花、映山红、牡丹等。
3.亚灌木为矮小的灌木，多年生，茎的上部草质，在开花后枯萎，而基部的茎是木质的,如长春花、决明等。
4.草本植物草本植物茎含木质细胞少，全株或地上部分容易萎蔫或枯死，如菊花、百合、凤仙等。
又分为一年生、二年生和多年生草本。
5.藤本植物茎长而不能直立，靠倚附它物而向上攀升的植物称为藤本植物。
藤本植物依茎的性质又分为木质藤本和草质藤本两大类，常见的紫藤为木质藤本。
藤本植物依据有无特别的攀援器官又分为攀缘性藤本，如瓜类、豌豆、薜荔等具有卷须或不定气根，能卷缠他物生长；缠绕性藤本，如牵牛花、忍冬等，其茎能缠绕他物生长。
二、以植物的生态习性来分类1.陆生植物生于陆地上的植物。
2.水生植物指植物体全部或部分沉于水的植物，如荷花、睡莲等。
3.附生植物植物体附生于它物上，但能自营生活，不需吸取支持者的养料为生的植物，如大部分热带兰。
4.寄生植物寄生于其他植物上，并以吸根侵入寄主的组织内吸取养料为自己生活营养的一部分或全部的植物，如桑寄生、菟丝子等。
5.腐生植物生于腐有机质上，没有叶绿体的植物，如菌类植物、水晶兰等。
三、以植物的生活周期来分类1.一年生植物植物的生命周期短，由数星期至数月，在一年内完成其生命过程，然后全株死亡，如白菜、豆角等。
2.二年生植物植物于第一年种子萌发、生长，至第二年开花结实后枯死的植物，如甜菜。
3.多年生植物生活周期年复一年，多年生长，如常见的乔木、灌木都是多年生植物。
另外还有些多年生草本植物，能生活多年，或地上部分在冬天枯萎，来年继续生长和开花结实。
动物分类目前，动物分类学家根据动物的各种特征（形态、细胞、遗传、生理、生化、生态和地球分布）进行分类，即自然分类法，将动物依次分为各种等级。
已基因组测序植物列表
编号中文名拉丁名发表时间 刊物科、属基因组大小1拟南芥Arabidopsis thaliana 2000.12Nature 十字花科、鼠耳芥属125 Mb 2水稻Oryza sativa. ssp. indica 2002.04Science 禾本科、稻属466 Mb 3水稻Oryza sativa. ssp. japonica 2002.04Science 禾本科、稻属466 Mb 4杨树Populus trichocarpa2006.09Science 杨柳科、杨属480 Mb 5葡萄Vitis vinifera 2007.09Nature 葡萄科、葡萄属490 Mb 6衣藻Chlamydomonas reinhardtii 2007.01Science 衣藻科、衣藻属130 Mb 7小立碗藓Physcomitrella pattens2008.01Science 葫芦藓科、小立碗藓属480 Mb 8番木瓜Carica papaya 2008.04Nature 番木瓜科、番木瓜属370 Mb 9百脉根Lotus japonicus 2008.05DNA Research豆科、百脉根属472 Mb 10三角褐指藻Phaeodactylum tricornutum2008.11Nature 褐指藻属27.4 Mb 11高粱Sorghum bicolor2009.01Nature禾本科、高粱属730 Mb 12玉米Zea mays ssp. mays 2009.11Science 禾本科、玉米属2300 Mb 13黄瓜Cucumis sativus 2009.11Nature Genetics葫芦科、黄瓜属350 Mb 14大豆Glycine max 2010.01Nature豆科、大豆属1100 Mb 15二穗短柄草Brachypodium distachyon 2010.02Nature 禾本科、短柄草属260 Mb 16褐藻Ectocarpus 2010.06Nature 水云属 196 Mb 17团藻Volvox carteri2010.07Science团藻属138 Mb 18蓖麻Ricinus communis 2010.08Nature Biotechnology大戟科、蓖麻属350 Mb 19小球藻Chlorella variabilis 2010.09Plant Cell 小球藻科46 Mb 20苹果Malus × domestica 2010.09Nature Genetics 蔷薇科、苹果属742 Mb 21森林草莓Fragaria vesca 2010.12Nature Genetics 蔷薇科、草莓属240 Mb 22可可树Theobroma cacao 2010.12Nature Genetics梧桐科、可可属430- Mb 23野生大豆Glycine soja2010.12PNAS 豆科、大豆属915.4 Mb 24褐潮藻类Aureococcus anophagefferens2011.02PNAS 57 Mb 25麻风树Jatropha curcas2010.12DNA Research大戟科、麻风树属410 Mbs ci en ce ne t.cn : Gr an t l uj i an g26卷柏Selaginella moellendorffii 2011.05Science 卷柏属212 Mb 27枣椰树Phoenix dactylifera 2011.05Nature Biotechnology 棕榈科685 Mb 28琴叶拟南芥Arabidopsis lyrata 2011.05Nature Genetics十字花科、鼠耳芥属206.7 Mb 29马铃薯Solanum tuberosum 2011.07Nature 茄目、茄科、茄属844 Mb 30条叶蓝芥Thellugiella parvula 2011.08Nature Genetics 盐芥属140 Mb 31白菜Brassica rapa 2011.08Nature Genetics 十字花科、芸薹属485 Mb 32印度大麻Cannabis sativa 2011.01Genome Biology 大麻属534 Mb 33木豆Cajanus cajan 2011.11Nature Biotechnology豆科、木豆属833 Mb 34蒺藜苜蓿Medicago truncatula 2011.11Nature 豆科苜蓿属500 Mb 35蓝载藻Cyanophora paradoxa2012.02Science 灰胞藻门70 Mb 36谷子Setaria italica 2012.05Nature Biotechnology 禾本科、狗尾草属490 Mb 37谷子Setaria italica 2012.05Nature Biotechnology禾本科、狗尾草属510 Mb 38番茄Solanum lycopersicum2012.05Nature 茄科、茄属900 Mb 39甜瓜Cucumis melo 2012.07PNAS 葫芦科、甜瓜属450 Mb 40亚麻Linum usitatissimum 2012.07Plant Journal 亚麻科、亚麻属373 Mb 41盐芥Thellungiella salsuginea2012.07PNAS 十字花科、盐芥属260 Mb 42香蕉Musa acuminata 2012.07Nature 芭蕉科、芭蕉属523 Mb 43雷蒙德氏棉 Gossypium raimondii 2012.08Nature Genetics锦葵科、棉属775.2 Mb 44大麦Hordeum vulgare 2012.01Nature禾本科、大麦属 5.1 Gb 45梨Pyrus bretschneideri 2012.11Genome Research 蔷薇科、梨属527 Mb 46西瓜Citrullus lanatus 2012.11Nature Genetics 葫芦科、西瓜属425 Mb 47甜橙Citrus sinensis 2012.11Nature Genetics芸香科、柑橘属367 Mb 48小麦Triticum aestivum 2012.11Nature 禾本科、小麦属17 Gb 49两种小型藻Bigelowiella natans, Guillardiatheta2012.11Nature 95 Mb, 87 Mb 50棉花（雷蒙德氏棉）Gossypium raimondii2012.12Nature 锦葵科、棉属761.4 Mb 51梅花Prunus mume 2012.12Nature Communications 蔷薇科、梨属280 Mb 52鹰嘴豆Cicer arietinum2013.01Nature Biotechnology豆科、鹰嘴豆属738 Mbs ci en ce ne t.cn :Gr an tl uj i an g53橡胶树Hevea brasiliensis 2013.02BMC Genomics 大戟科、橡胶树属2.15 Gb 54毛竹Phyllostachys heterocycla 2013.02Nature Genetics 竹科、钢竹属 2.075 Gb 55短花药野生稻Oryza brachyantha 2013.03Nature Communications禾本科稻属342 Mb-362 Mb56小麦A Triticum urartu 2013.03Nature 禾本科、小麦属 4.94 Gb 57小麦D grassAegilops tauschii 2013.03Nature 禾本科、小麦属 4.36 Gb 58桃树Prunus persica 2013.03Nature Genetics 蔷薇科、梨属265 Mb 59丝叶狸藻Utricularia gibba 2013.05Nature 狸藻科、狸藻属82 Mb 60中国莲Nelumbo nucifera Gaertn2013.05Genome Biology睡莲科、莲属929 Mb 61挪威云杉Picea abies 2013.05Nature 松科、云杉属19.6 Gb 62海洋球石藻Emiliania huxleyi 2013.06Nature 定鞭藻纲141.7 Mb 63虫黄藻Symbiodinium minutum 2013.07Current Biology甲藻门1.5 Gb 64油棕榈Elaeis guineensis 2013.07Nature棕榈科、油棕榈属1.8 Gb 65枣椰树Phoenix dactylifera 2013.08Nature Communications棕榈科、刺葵属671 Mb 66醉蝶花Tarenaya hassleriana 2013.08Plant Cell 醉蝶花科、醉蝶花属290 Mb 67莲Nelumbo nucifera 2013.08Plant Journal 睡莲科、莲属879 Mb 68桑树Morus notabilis 2013.09Nature Communications 桑科、桑属357 Mb 69猕猴桃Actinidia chinensis 2013.01Nature Communications 猕猴桃属616.1 Mb 70胡杨Populus euphratica 2013.11Nature Communications杨属496.5 Mb 71八倍体草莓 F. x ananassa 2013.12DNA Research 草莓属698 Mb 72康乃馨Dianthus caryophyllus L.2013.12DNA Research石竹属622 Mb 73甜菜Beta vulgaris ssp. vulgaris 2013.12Nature 藜科甜菜属566.6 Mb 74无油樟（互叶梅）Amborella trichopoda 2013.12Science 无油樟属748 Mb 75辣椒Capsicum annuum 2014.01Nature Genetics 辣椒属 3.48 Gb 76芝麻Sesamum indicum 2014.02Genome Biology胡麻科胡麻属274 Mb 77辣椒Capsicum annuum (Zunla-1)2014.03PNAS 辣椒属 3.48 Gb 78火炬松Pinus taeda (Loblolly pine)2014.03Genome Biology 松属23.2 Gb 79棉花（亚洲棉）Gossypium arboreum2014.05Nature Genetics锦葵科、棉属1694 Mbs ci en ce ne t.cn : Gr an t l uj i a n g80萝卜Raphanus sativus L. 2014.05DNA Research 十字花科、萝卜属402 Mb 81甘蓝Brassica oleracea 2014.05Nature Communications十字花科、芸薹属630 Mb 82菜豆Phaseolus vulgaris L .2014.06Nature Genetics 豆科，菜豆属587 Mb 83野生大豆Glycine soja 2014.07Nature Communications豆科、大豆属868 Mb 84普通小麦Triticum aestivum 2014.07Science 禾本科17 Gb 85野生西红柿Solanum pennellii 2014.07Nature Genetics茄科942 Mb 86非洲野生稻Oryza glaberrima 2014.08Nature Genetics禾本科316 Mb 87油菜Brassica napus 2014.08Science 十字花科630 Mb 88中果咖啡Coffea canephora 2014.09Science 茜草科，咖啡属710 Mb 89茄子Solanum melongena2014.09DNA Research 茄科、茄属1093 Mb 90多个野生大豆Glycine soja 2014.09Nature Biotechnology 豆科、大豆属889.33~1,118.34 Mb91枣Ziziphus jujuba 2014.10Nature Communications鼠李科、枣属444 Mb92绿豆Vigna radiata 2014.10Nature Communications 豆科、豇豆属543 Mb 93啤酒花Humulus lupulus 2014.11Plant and Cell Physiology 大麻科、葎草属 2.57 Gb 94蝴蝶兰Phalaenopsis equestris 2014.11Nature Genetics 兰科、蝴蝶兰属 1.16 Gb 95铁皮石斛Dendrobium officinale2014.12Molecular Plant 兰科、石斛属 1.35 Gb 96青稞Lasa goumang 2015.01PNAS 禾本科、大麦属 4.5 Gb 97报春花Primula veris2015.01Genome Biology 报春花科、报春花属479 Mb 98陆地棉（南农）Gossypium hirsutum L. acc. TM-12015.03Nature Biotechnology 锦葵科、棉属 2.5 Gb 99陆地棉（棉花所）Gossypium hirsutum L. acc. TM-12015.03Nature Biotechnology 锦葵科、棉属2.173 Gb 100海带Saccharina japonica 2015.04Nature Communications 海带科、海带属537 Mb 101长春花Catharanthus roseus 2015.04The Plant Journal夹竹桃科、长春花属738 Mb 102科民茄Solanum commersor 2015.04Plant cell 茄科、茄属830 Mb 103茭白Zizania latifolia 2015.06The Plant Journal 禾本科、菰属590 Mb 104黑麦草Lolium perenne 2015.09The Plant Journal 禾本科、黑麦草属 2 Gb 105小豆Vigna angularis 2015.10Nature Communications豆科、豇豆属542 Mb 106菠萝Ananas comosus2015.11Nature Genetics 凤梨科、凤梨属526 Mbs ci en ce ne t.cn : Gr an t l uj i an g107复活草Oropetium thomaeum 2015.11Nature 虎尾草亚科245 Mb 108丹参Salvia miltiorrhiza 2015.12GigaScience 唇形科、鼠尾草属641 Mb 109铁皮石斛Dendrobium catenatum 2016.01Scientific Reports 兰科、石斛属 1.11 Gbs ci en ce ne t.cn : Gr an t l uj i a n g。
已测序植物基因组汇总
CompleteG
enome
GCF_000001735.2
Arabidopsisthaliana(thalecress)
拟南芥
Chromosom
e
GCA_000835945.1
Arabidopsisthaliana(thalecress)
拟南芥
Contig
GCA_000222325.1
Arabidopsisthaliana(thalecress)
GCA_000512335.1
Dianthuscaryophyllus(clovepink)
香石竹
Scaffold
GCA_001633215.1
Dichantheliumoligosanthes(monocots)
*
Scaffold
GCA_000774125.1
GCA_000238415.1
Citrulluslanatus(wildmelon)
野生甜瓜
Contig
GCF_000493195.1
Citrusclementina(eudicots)
柑橘
Scaffold
GCA_000695605.1
Citrussinensis(sweetorange)
甜橙
Scaffold
Chenopodiumpallidicaule(eudicots)
苍白茎藜
Scaffold
GCA_001683475.1
Chenopodiumquinoa(quinoa)
奎奴亚藜
Scaffold
GCA_001687025.1
Chenopodiumsuecicum(eudicots)
藜
已发表动植物基因组
已发表动植物基因组在分子生物学领域的“圈内人”，如果还不了解全基因组测序的飞速发展，用娃娃的话说，那真是一个“奥特曼”了。
高通量测序技术出现掀开了生命科学研究的新篇章，促进了许多研究方向的的复苏和蓬勃发展，同时也涌现了一些交叉学科。
2011年德国爆发急性肠出血性流行病疫情——极大困扰着英国剑桥市新生儿护理病房的医护人员。
来自Sanger研究院的研究人员从多个患者身上取样，并采用Illumina MiSeq进行全基因组测序。
通过生物信息学分析得知，在疫情爆发过程中发生了一系列小规模突变，流行病学家据此绘制出一个进化树，追踪疫情逐步靠近可疑的源头。
文章作者Julian Parkhill表示：“基因测序提供了明晰的线索，这是其他方法难以做到的。
”文章发表在流行病学顶级杂志The Lancet Infectious Diseases。
2012年发表在science杂志旗下Science Translational Medicine另外一篇文章也同样表明了全基因组测序技术在流行病学中重要作用。
位于马里兰州贝塞斯达市医疗中心出现了严重的血液传染病事件，在此次事件中，共有17名病人感染了血液传染病，并造成6人死亡。
来自美国NIH人类基因组研究所的研究人员从病人体内和医院一些设备上采集了细菌样本，并对不同菌株的基因组进行测序。
通过对突变菌株进行聚类分析，将病人分组，再结合病例住院的记录（入院时间、所在病房等）画出了最可能的传播路线。
全基因组测序提供的详尽细节让传染病学家们真正地理解了疾病传播途径，详尽的追踪技术将带来更加完善的公共健康领域内的传染病学研究。
所以流行病学家更有可能找到事件发生的真正原因，而非最简单的原因。
这两件事让我们真实的看到了全基因组测序在流行病学的重要作用。
事实上，媲美曼哈顿和登月计划的“人类基因组计划”所带来的巨大作用正在逐渐显现，高通量测序技术走向个性化医疗已是大势所趋。
全基因组测序使得生命可以测量，人们可以更加方便快捷的了解生命的奥秘。
已公布全基因组序列的动植物种类及分类
多房棘球绦虫 （115M；Nature）
微小膜壳绦虫 （141.1M；Nature）
猪蛔虫
（272M；Nature）
南方根瘤线虫（50M；Nat. Biotechnol.）
罗阿丝虫 （91.4M；Nat. Genet.）
海胆
（1G；Science）
旋毛虫 秀丽线虫 线虫 马来丝虫
牡蛎
（16.44MG;；DNNaAt.RGeesenaertc.）h） （97M；Science） （104M；PLoS Biol.） （90M；Science）
家鸽
（1.3G；Science）
游隼 猎隼
（1.2G；Nat. Genet.） （1.2G；Nat. Genet.）
鸭嘴兽 短尾负鼠 袋獾 袋鼠 猛犸象 牛 牦牛
（1.84G；Nature） （3.4G；Nature） （3.3G；PNAS） （2.9G；Genome Biol.） （4.7G；Nature） （2.87G；Science） （2.6G；Nat. Genet.）
黄瓜属 甜瓜属
西瓜属
小立碗藓 （480M；Science）
卷柏
（212M；Science）
枣卷椰柏树
卷（柏685M；Nat. Biotechnol.）
短花卷药柏野生稻 卷(柏281M； Nat. Commum.)
水稻
（466M；Science）
二穗短柄草 （260M；Nature）
高粱
（730M；Nature）
双子叶植物纲
葡萄目
豆目
葡萄科、葡萄属
大豆属
豆科
木豆属 苜蓿属 豌豆属
葡萄
（490M；Nature）
大豆 野生大豆
生物分类表
本表以NCBI Taxonomy上的分类为基础，但目前其它中文维基分类表可能依照其它标准，请注意其区别。
包含嗜盐菌、一些超嗜热菌、嗜酸菌等。
参见古菌分类表。
本表以Bergeys Taxonomic Outline2004年5月5.0版上的分类为基础，同时参考NCBI Taxonomy，但目前其它科印百科分类表可能依照其它标准，请注意其区别。
中文名称采用惯例（包括网上搜索途径）以及拉丁名直接意译，部分参考《细菌名称》第二版，拉丁文意译参考原核生物名称(英文)网站。
翻译问题欢迎在原文中添加或者在讨论页中提出。
编辑目标：将此表列到属级。
后面带*者为尚未被列入Bergey's大纲的分类。
参见古细菌。
目录[隐藏]1 初古菌门(Korarchaeota)*2 纳古菌门(Nanoarchaeota)*3 泉古菌门(Crenarchaeota)3.1 热变形菌纲(Thermoprotei)4 广古菌门(Euryarchaeota)4.1 甲烷杆菌纲(Methanobacteria)4.2 甲烷球菌纲(Methanococci)4.3 甲烷微菌纲(Methanomicrobia)4.4 盐杆菌纲(Halobacteria)4.5 热原体纲(Thermoplasmata)4.6 热球菌纲(Thermococci)4.7 古丸菌纲(Archaeoglobi)4.8 甲烷火菌纲(Methanopyri)[编辑][编辑]1. 纳古菌属(Nanoarchaeum)*[编辑][编辑]热变形菌纲(Thermoprotei)1. 热变形菌目(Thermoproteales)1. 热变形菌科(Thermoproteaceae)1. 热变形菌属(Thermoproteus)2. 暖枝菌属(Caldivirga)3. 火棒菌属(Pyrobaculum)4. 热分支菌属(Thermocladium)5. 火山鬃菌属(Vulcanisaeta)2. 热丝菌科(Thermofilaceae)1. 热丝菌属(Thermofilium)2. 暖球形菌目(Caldisphaerales)1. 暖球形菌科(Caldisphaeraceae)1. 暖球形菌属(Caldisphaera)3. 除硫球菌目(Desulfurococcales)1. 除硫球菌科(Desulfurococcaceae)1. 除硫球菌属(Desulfurococcus)2. 酸叶菌属(Acidilobus)3. 气火菌属(Aeropyrum)4. 燃球菌属(Ignicoccus)5. 葡萄热菌属(Staphylothermus)6. (Stetteria)7. 厌硫球菌属(Sulfophobococcus)8. 热盘菌属(Thermodiscus)9. 热球形菌属(Thermosphaera)2. 热网菌科(Pyrodictiaceae)1. 热网菌属(Pyrodictium)2. 超热菌属(Hyperthermus)3. 火叶菌属(Pyrolobus)4. 硫化叶菌目(Sulfolobales)1. 硫化叶菌科(Sulfolobaceae)1. 硫化叶菌属(Sulfolobus)2. 喜酸菌属(Acidiamus)3. 生金球形菌属(Metallosphaera)4. 憎叶菌属(Stygiolobus)5. 硫磺球形菌属(Sulfurisphaera)6. 硫磺球菌属(Sulfurococcus)5. 餐古菌目(Cenarchaeales)*1. 餐古菌科(Cenarchaeaceae)*1. 餐古菌属(Cenarchaeum)* [编辑][编辑]甲烷杆菌纲(Methanobacteria)1. 甲烷杆菌目(Methanobacteriales)1. 甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)1. 甲烷杆菌属(Methanobacterium)2. 甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)3. 甲烷球形菌属(Methanosphaera)2. 甲烷热菌科(Methanothermaceae)1. 甲烷热菌属(Methanothermus)[编辑]甲烷球菌纲(Methanococci)1. 甲烷球菌目(Methanococcales)1. 甲烷球菌科(Methanococcaceae)1. 甲烷球菌属(Methanococcus)2. 甲烷热球菌属(Methanothermococcus)2. 甲烷暖球菌科(Methanocaldococcaceae)1. 甲烷暖球菌属(Methanocaldococcus)2. 甲烷炎菌属(Methanotorris) [编辑]甲烷微菌纲(Methanomicrobia)1. 甲烷微菌目(Methanomirobiales)1. 甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)1. 甲烷微菌属(Methanomicrobium)2. 甲烷囊菌属(Methanoculleus)3. 甲烷泡菌属(Methanofollis)4. 产甲烷菌属(Methanogenium)(Methanolacinia)6. 甲烷盘菌属(Methanoplanus)2. 甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae)1. 甲烷粒菌属(Methanocorpusculum)3. 甲烷螺菌科(Methanospirillaceae)1. 甲烷螺菌属(Methanospirillum)4. 科未定1. 甲烷砾菌属(Methanocalculus)2. 甲烷八迭球菌目(Methanosarcinales)1. 甲烷八迭球菌科(Methanosarcinaceae)1. 甲烷八迭球菌属(Methanosarcina)2. 甲烷类球菌属(Methanococcoides)3. 甲烷盐菌属(Methanohalobium)4. 甲烷嗜盐菌属(Methanohalophilus)5. 甲烷叶菌属(Methanolobus)(Methanomethylovorans)7. 甲烷微球菌属(Methanimicrococcus)8. 甲烷咸菌属(Methanosalsum)2. 甲烷鬃菌科(Methanosaetaceae)1. 甲烷鬃菌属(Methanosaeta) [编辑]盐杆菌纲(Halobacteria)1. 盐杆菌目(Halobacteriales)1. 盐杆菌科(Halobacteriaceae)1. 盐杆菌属(Halobacterium)2. 盐盒菌属(Haloarcula)3. 盐棒菌属(Halobaculum)4. 盐二型菌属(Halobiforma)5. 盐球菌属(Halococcus)6. 富盐菌属(Haloferax)7. 盐几何菌属(Halogeometricum)8. 盐微菌属(Halomicrobium)9. 盐棍菌属(Halorhabdus)10. 盐红菌属(Halorubrum)11. 盐简菌属(Halosimplex)12. 盐陆生菌属(Haloterrigena)13. 钠白菌属(Natrialba)14. 钠线菌属(Natrinema)15. 盐碱杆菌属(Natronobacterium)16. 盐碱球菌属(Natronococcus)17. 盐碱单胞菌属(Natronomonas)18. 盐碱红菌属(Natronorubrum)[编辑]热原体纲(Thermoplasmata)1. 热原体目(Thermoplasmatales)1. 热原体科(Thermoplasmataceae)1. 热原体属(Thermoplasma)2. 嗜苦菌科(Picrophilaceae)1. 嗜苦菌属(Picrophilus)3. 铁原体科(Ferroplasmataceae)1. 铁原体属(Ferroplasma) [编辑]热球菌纲(Thermococci)1. 热球菌目(Thermococci)1. 热球菌科(Thermococcaceae)1. 热球菌属(Thermococcus)2. 古老球菌属(Palaeococcus)3. 火球菌属(Pyrococcus) [编辑]古丸菌纲(Archaeoglobi)1. 古丸菌目(Archaeoglobales)1. 古丸菌科(Archaeoglobaceae)1. 古丸菌属(Archaeoglobus)2. 铁丸菌属(Ferroglobus)3. 地丸菌属(Geoglobus)[编辑]甲烷火菌纲(Methanopyri)1. 甲烷火菌目(Methanopyrales)1. 甲烷火菌科(Methanopyraceae)1. 甲烷火菌属(Methanopyrus)包含蓝藻、放线菌、衣原体、支原体、立克次体等。
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人科
黑猩猩属
已发表基因组动物分类
眼虫门 多孔动物门 扁盘动物门 腔肠动物门 刺胞动物门 锥虫科、锥虫属 丝盘虫纲、丝盘虫目、丝盘虫科、丝盘虫属 水螅纲 螅属 珊瑚纲 珊瑚虫纲 海葵目 石珊瑚目、鹿角珊瑚科、鹿角珊瑚属 海绵 克氏锥虫 丝盘虫 水螅 海葵 鹿角珊瑚 曼氏血吸虫 扁形动物门 吸虫纲、复殖目、裂体科、裂体属 日本血吸虫 埃及血吸虫 线形动物门 棘皮动物门 线虫纲 蛔虫目、蛔科、蛔属 垫刃目、异皮科、根结线虫属 猪蛔虫 （190M；Nature） （67M；Science） （104M；Nature） （1.05G；Nature） （357M；Science） （420M；Nature） （360M；Nature） （397M；Nature） （385M；Nat. Genet.） （272M；Nature）
玻璃海鞘 住囊虫 文昌鱼 姥鲨 黑斑鲀 红鳍东方豚 青鳉鱼 大西洋鳕鱼 非洲爪蟾 鳄鱼 缅甸蟒 绿蜥蜴 火鸡 鸡 珍珠鸟 鸭嘴兽 短尾负鼠 袋獾 袋鼠 猛犸象 牛
（150M；Science） （148M；Science） （520M；Nature） （910M；Plos Biology） （340M；Nature） （380M；Science） （700M；Nature） （830M；Nature） （1.7G；Science） （2.5G；Genome Biol.） （1.4G；Genome Biol.） （1.78G；Nature） （1.1G；PLoS Biol.） （1.06G；Nature） （1.2G；Nature） （1.84G；Nature） （3.4G；Nature） （3.3G；PNAS） （2.9G；Genome Biol.） （4.7G；Nature） （2.87G；Science） （2.6G；Nat. Genet.） （2.7G；Science） （2.25G；Nature） （2.4G；PNAS） （2.7G；Genome Res.） （2.5G；Nature） （2.75G；Nature） （2.5G；Nature） （2.6G；Nature） （2.87G；Science） （2.87G；Nat. Biotechnol.） （2.85G；Nat. Biotechnol.） （3G；Genome Biol Evol.） （2.7G；Nature） （3.09G；Nature） （3.04G；Nature） （3G；Nature）
二穗短柄草 （260M；Nature） 高粱 玉米 （730M；Nature） （2.3G；Science）
粟（谷子） （423M；Nat. Biotechnol.） 香蕉 蓖麻 麻风树 黄瓜 甜瓜 可可树 葡萄 大豆 （523M；Nature） （350M；Nat. Biotechnol.） （410M；DNAM；PNAS） （430M；Nat. Genet.） （490M；Nature） （1.1G；Nature）
海胆纲、海胆目 带腺纲 矛线目、毛形科、毛形属 小杆目、小杆科 胞管肾纲 旋尾目、丝虫科、布鲁格氏丝虫属 虱目、虱科、人虱属 同翅目 蚜虫科、无网蚜属 蚕蛾科 鳞翅目 蛱蝶科 鞘翅目 蚕属 斑蝶属 袖蝶属
线虫动物门
马来丝虫 人类体虱 豌豆蚜虫 家蚕 帝王蝶 诗神袖蝶 赤拟谷盗 按蚊 库蚊 伊蚊 果蝇 弓背蚁 印度跳蚁 阿根廷蚁 红色收割蚁 火蚁 切叶蚁 顶切叶蚁 意蜂 金小蜂
淡水枝角水蚤 （200M；Science） 二斑叶螨 （90M；Nature）
海鞘纲 尾海鞘纲 头索纲 软骨鱼纲 文昌鱼科、鱼属 鼠鲨目、姥鲨科、姥鲨属 鲀属 鲀形目、鲀科 硬骨鱼纲 鹤鱵目 鳕形目 两栖纲 无尾目 鳄目 爬行纲 有鳞目 异鳉科、青鳉属 鳕科、鳕属 负子蟾科、非洲爪蟾属 鳄科、鳄属 蟒科、蟒属 蜥蜴科、蜥蜴属 火鸡属 原鸡属 梅花雀科、梅花雀属 鸭嘴兽科、鸭嘴兽属 负鼠科、短尾负鼠属 袋鼬科、袋獾属 袋鼠科、大袋鼠属 象科、猛犸象属 牛科、牛属 马科、马属 熊科 食肉目 猫科、猫属 犬科、犬属 鼠科 滨鼠科 大家鼠属 鼠属 裸鼹鼠属 大熊猫属 熊属 东方鲀属
脊 索 动 物 门
鸡形目、雉科 鸟纲 雀形目 雉科 单孔目 负鼠目 袋鼬目 双门齿目
长鼻目 偶蹄目
奇蹄目 哺乳纲
牦牛 马 熊猫 北极熊 猫 狗 褐家鼠 小家鼠 裸鼹鼠 猕猴
啮齿目
猴科
猕猴属
食蟹猕猴 恒河猴
指猴科 灵长目 猩猩科
指猴属 黑猩猩属 猩猩属 大猩猩属
指猴 黑猩猩 红毛猩猩 大猩猩 倭黑猩猩
南方根瘤线虫 （50M；Nat. Biotechnol.） 海胆 旋毛虫 隐杆线虫属 秀丽线虫 线虫 （1G；Science） （64M；Nat. Genet.） （97M；Science） （104M；PLoS Biol.） （90M；Science） （110M；PNAS） （517M；PLoS Biol.） （428M；Science） （273M；Cell） （269M；Nature） （204M；Nature） （280M；Science） （540M；Nature） （1.38G；Science） （120M；Science） （240M；Science） （330M；Science） （250M；PNAS） （284M；PNAS） （484M；PNAS） （300M；PLoS Genet.） （313M；Genome Res.） （236M；Nature） （295M；Science）
动 物
拟步行虫科、 拟谷盗属 按蚊属 蚊科 库蚊属 伊蚊属 果蝇科 果蝇属 弓背蚁属 镰猛蚁属 Linepithema 蚁科 Pogonomyrmex 火家蚁属
昆虫纲
双翅目
节肢动物门 膜翅目
美切叶蚁属 顶切叶蚁属 蜜蜂科 金小蜂科 蜜蜂属 Nasonia
甲壳纲 蛛形纲 脊索动物门
枝角目、溞科、溞属 蜱螨目、叶螨科、叶螨属
已发表基因组植物分类
苔藓植物 蕨类植物 裸子植物 槟榔目 槟榔科 稻属 短柄草属 植 物 单子叶植物纲 禾本目 禾本科 高粱属 玉米属 狗尾草属 姜目 金虎尾目 芭蕉科 大戟科 芭蕉属 雉科 蓖麻属 雉科 麻风树属 黄瓜属 被子植物 葫芦目 锦葵目 葡萄目 葫芦科 梧桐科、可可属 葡萄科、葡萄属 大豆属 野生大豆 豆目 双子叶植物纲 蔷薇目 蔷薇科 苹果属 鼠耳芥属 琴叶拟南芥 （207M；Nat. Genet.） 十字花科 盐芥属 十字花目 番木瓜科 茄目 茄科、茄属 番茄 杨柳科、杨属 金虎尾目 亚麻科、 亚麻属 荨麻目 大麻科 大麻属 亚麻 印度大麻 （302M；The Plant Journal） （534M；Genome Biol.） 杨树 （760M；Nature） （480M；Science） 芸苔属 番木瓜属 条叶蓝芥 盐芥 白菜 番木瓜 马铃薯 （140M；Nat. Genet.） （140M；PNAS） （485M；Nat. Genet.） （370M；Nature） （844M；Nature） 苹果 拟南芥 豆科 木豆属 苜蓿属 草莓属 木豆 蒺藜苜蓿 森林草莓 （915M；PNAS） （833M；Nat. Biotechnol.） （500M；Nature） （240M；Nat. Genet.） （742M；Nat. Genet.） （125M；Nature） 甜瓜属 藓纲、葫芦藓目、葫芦藓科、小立碗藓属 石松纲、卷柏目、卷柏科、卷柏属 小立碗藓 卷柏 卷柏 卷柏 枣椰树 水稻 （480M；Science） （212M；Science） 卷柏 卷柏 （685M；Nat. Biotechnol.） （466M；Science）